The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
85
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structure length |
85
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Chain Sequence |
GHSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINRLCEEMLDNRATLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural genomics of the severe acute respiratory syndrome coronavirus: nuclear magnetic resonance structure of the protein nsP7.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Replicase polyprotein 1ab (pp1ab) (ORF1AB)
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Sars coronavirus
|
| total genus |
19
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| structure length |
85
|
| sequence length |
85
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2005-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08716 | nsp7 | nsp7 replicase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AHM A; 1YSY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZAO A; 4X64 M; 3MHV C; 4G4R A; 5LMU M; 3GRU A; 3KSX A; 4DV1 M; 2L6O A; 3SBJ A; 3KS8 A; 2L7I A; 3BBZ A; 5KPZ A; 1ZMV A; 1PJT A; 2D7E A; 2V1C A; 2X4A A; 2YFQ A; 4D82 A; 4NXN M; 3E9S A; 3FYD A; 4RF1 A; 3B7Z A; 1Q02 A; 4DV7 M; 3W67 A; 4JV5 M; 3SHF A; 1GAB A; 2I7N A; 4AI6 A; 3B89 A; 2JZ0 A; 3GLI B; 2DI0 A; 2CV0 A; 1HT2 E; 2HAK A; 4LF4 M; 1A5T A; 1NY6 A; 4FCW A; 3THG A; 2LVP C; 3UJN A; 4JI8 M; 1IY1 A; 2BWB A; 3A42 A; 3AOE C; 3TPZ A; 3LQR A; 2LBC A; 1XB2 B; 1XMQ M; 1IXS A; 2D7G A; 1TTE A; 1WJ7 A; 4P16 A; 5JI3 E; 4IBD A; 2MR9 A; 2F5N A; 3U60 B; 4M9Z A; 4F2L A; 1LV7 A; 4LF9 M; 1IXR C; 2FS1 A; 2H1R A; 3KW6 A; 1OTR A; 2LVA A; 4IJF A; 5FTN A; 1OKS A; 3SMS A; 3FE3 A; 1IN5 A; 2XFT A; 3Q8G A; 2KRU A; 5DFL A; 3C3D A; 1JR3 D; 3UZU A; 1BVS A; 1DGB A; 3TWM A; 3UMM A; 4JI1 M; 3J7B A; 1DGG A; 2CP8 A; 2DKL A; 1NHW C; 5BR8 M; 3I04 M; 3K1J A; 3U6Q A; 3HHZ A; 3NBI A; 5BPV A; 4LZZ A; 3L29 A; 4NC6 A; 4R3D A; 2JY7 A; 1TH4 A; 1D0M A; 4GHL A; 4X65 M; 1DO0 A; 4CIZ A; 1ZAE A; 1IBK M; 1QYR A; 4TUW A; 3HWS A; 4DV4 M; 4IJE A; 1D0K A; 1QAO A; 1K82 A; 2G8L A; 2CHQ A; 4JI7 M; 3EIE A; 4I81 A; 1MX0 A; 3I51 A; 4OX9 M; 1V92 A; 3CF2 A; 4MGK E; 2QBY A; 2N35 A; 2V1U A; 1GL7 A; 4KOD A; 4QHT A; 4IBI A; 2QSF X; 3RGS A; 4LZJ A; 2WSC F; 3PVS A; 2P5T A; 3J27 B; 2VII A; 3SAS A; 3MMP A; 1TR8 A; 2LVQ D; 2CRU A; 1IM2 A; 2FOI C; 2OOA A; 3MJ5 A; 5ITX A; 3ZQJ A; 4AW4 A; 4BB9 A; 3AKZ A; 2WZJ A; 3W68 A; 4GH9 A; 2ZTC A; 3AV0 A; 4L78 A; 1DGH A; 3LW5 F; 4Y28 F; 3R8F A; 3Q8X A; 2LHG A; 4L15 A; 2Y20 A; 3GLH B; 1QDT A; 3HJS A; 4CGY B; 4W5W A; 3HHX A; 3QYE A; 5ITX E; 2FNA A; 4AKG A; 2UUA M; 2KEB A; 4DR6 M; 1E32 A; 4L16 A; 1R2Z A; 1IY2 A; 4NRV A; 1AUA A; 2R65 A; 2LTU A; 1GO5 A; 1QAM A; 2BWE A; 2KNV A; 2XF3 A; 3QWL A; 1SXJ D; 5DYI A; 2CV1 A; 1N33 M; 2C9C A; 4CHT B; 4IBK A; 1IFY A; 1GVN A; 4CJ6 A; 4M9X A; 1XXH A; 2Z8Y M; 5C18 A; 2Y0Q A; 3GLG B; 2VQE M; 2H5X A; 2R46 A; 3KS4 A; 4B7F A; 4B3R M; 1NVM A; 3KP0 E; 3KP1 E; 3L28 A; 1WXQ A; 5EJC A; 3GO8 A; 5EQT A; 4A3V B; 5ITU A; 1UFZ A; 1YUB A; 4X62 M; 4G4O A; 1J7K A; 2Z4R A; 1XXH E; 4LFA M; 1OFI A; 1TH2 A; 5H37 D; 2XH9 A; 2DVW B; 3U6O A; 1EE8 A; 4RNA A; 1G41 A; 1NV8 A; 4DUY M; 1R4G A; 4OVZ A; 2R0I A; 5F3W A; 2LH0 A; 3B9P A; 4GC5 A; 4D81 A; 1T43 A; 5FTL A; 4LF7 M; 4DR7 M; 3I01 M; 4MGZ E; 4FW9 A; 4OW0 A; 3UK6 A; 4JI4 M; 3IG5 A; 1C1K A; 3OTO M; 3GPY A; 2LVO C; 3E46 A; 2KXE A; 3U6P A; 2DZN B; 4IBE A; 4DV3 M; 4DR3 M; 3FUV A; 1XMO M; 1GJT A; 2J7N A; 1PJJ A; 2GNO A; 1J09 A; 2KNZ A; 3TE6 A; 2DEN A; 3T15 A; 1VEG A; 3KDS E; 4UN2 B; 4LGY A; 5FTM A; 2X49 A; 1QUS A; 3HZJ A; 4DV6 M; 1Z5B A; 3LVW A; 1L2D A; 3ZC7 B; 1L2C A; 4JI0 M; 3VDP A; 2M60 A; 2LXE A; 3C58 A; 4DV0 M; 1FJG M; 1IXS B; 5KO3 A; 3B7Q A; 1OAO C; 1H6U A; 4BLC A; 4LFB M; 5E26 A; 4GMQ A; 2C9O A; 2QZ4 A; 3U6C A; 2JNH A; 2C96 A; 1QVR A; 1YE9 A; 3F92 A; 4L4U A; 4PDG A; 2Z4S A; 1IN8 A; 4GIP A; 4LRT A; 1PJS A; 3A45 A; 5EP2 A; 4AQY M; 3L25 A; 4IIW A; 4JI5 M; 3GPU A; 2Q2E B; 1EFU B; 2ERC A; 3DFZ A; 3IG8 A; 1W5S A; 2L2D A; 1PGY A; 3LMM A; 3NWL A; 2CEA A; 5EP4 A; 1NY5 A; 2XLJ A; 3B7N A; 1OQY A; 4NSR A; 4LJ5 A; 5KPR A; 1KFV A; 2R4E A; 3E4R A; 5EXX A; 2HKJ A; 1IBM M; 2AHM A; 3T38 A; 4GEW A; 5E6J A; 4F1I A; 1W5T A; 4LRS A; 3U61 A; 5DNY A; 3FTC A; 4LCB A; 1K3X A; 1XC8 A; 2K6B A; 2UXB M; 2JA2 A; 3SAT A; 1WGL A; 3KOW E; 4KHP M; 2BJV A; 3AOE A; 2Z3X A; 1NHG C; 2DAE A; 1Y8G A; 1NO1 A; 2EA0 A; 2OO9 A; 1HJP A; 2B3T A; 4NOO B; 5L8R F; 2JY6 B; 3FYC A; 3SYL A; 3U5Z A; 4LJ9 A; 4LF8 M; 4YY3 M; 1QQW A; 2O25 A; 3AFH A; 5EP3 A; 4AKH A; 3BOS A; 4QOS A; 3J80 S; 2Y0T A; 4LJ7 A; 2APL A; 1DGH B; 1KYI A; 1RU3 A; 1J5E M; 1JB0 F; 3HHY A; 4M0D A; 2RGH A; 4IBC A; 3U6M A; 3M7G A; 2F5Q A; 3M0E A; 4B7G A; 1XNQ M; 1TDH A; 4P17 A; 3HKP A; 4Z6Y A; 3SAW A; 3J7A S; 4K0K M; 5IT9 S; 4B3M M; 1OIZ A; 4AZF A; 2DAG A; 4LG2 A; 3PNY A; 4KO8 A; 2HHH M; 3KOY E; 2EO2 A; 3FRI A; 4PD2 A; 1I94 M; 2QPA A; 3CF6 E; 4FD2 A; 1SXJ B; 1R7R A; 4GKJ M; 1XXH B; 4IBG A; 2QCU A; 1NV9 A; 1UM8 A; 4LF6 M; 4MGY E; 3HY5 A; 5IWA M; 2MH8 A; 1OJL A; 4II7 A; 1E9S A; 1Z5C A; 3GRR A; 1I4W A; 5EXP A; 2LVN C; 4RF0 A; 2XSZ D; 1GLN A; 1T3T A; 3WHK A; 2XSZ A; 2ZBK B; 4REZ A; 4DR4 M; 2CFO A; 3TQS A; 2L4F A; 2LHC A; 1L8Q A; 2ZAN A; 2CUZ A; 5IRE B; 4HL4 A; 4B3S M; 1V33 A; 4OVZ B; 2YR0 A; 1Z59 A; 2F5P A; 1Q39 A; 4KT0 F; 2QQ8 A; 2F4V M; 3HJQ A; 3K92 A; 5EXT A; 8CAT A; 3C9P A; 1HQC A; 4LJ8 A; 3HX3 A; 3RE8 A; 7CAT A; 3BXW A; 3KVW A; 2KZU A; 3GRV A; 4DR2 M; 3SC3 A; 5FTJ A; 1N75 A; 4KLN A; 3KFU G; 1JQJ C; 3K9P A; 2UUC M; 1LTM A; 1DO2 A; 3NBX X; 4LJ4 A; 2C5R A; 2KW0 A; 5KQD A; 1TGU A; 4G6Z A; 2F5O A; 3LVV A; 3I4V A; 4DV5 M; 1QZM A; 3PNV A; 1TH3 A; 4HLQ A; 1N32 M; 3CGW A; 3DZD A; 3L26 A; 2DAK A; 1GKI A; 3TWK A; 4JI2 M; 3IEC A; 4L8R C; 5KQ8 A; 4B7H A; 1R5L A; 1QZE A; 1WIV A; 3VFD A; 1L1T A; 1IN7 A; 3D8L A; 1VG5 A; 3HHW A; 3H4M A; 2F5S A; 3VKH A; 1VDD A; 3JR4 A; 2EJS A; 4LY6 A; 3SAR A; 5KPT A; 3JR5 A; 3LQQ A; 3T1H M; 1OAI A; 4BBA A; 3SHG B; 1ZV1 A; 3W0L B; 3FTD A; 3A46 A; 2DXI A; 2CHV A; 2DWN A; 2XGN A; 2O5R A; 2QEN A; 1DV0 A; 1MU5 A; 4G4Q A; 2DHY A; 3GRY A; 1IXZ A; 3GLF A; 2DWL A; 1TDZ A; 2JWS A; 1GL6 A; 2C98 A; 2FH0 A; 2O01 F; 3GLH E; 1NNJ A; 2CHG A; 5ITY A; 2MJ5 B; 3GLG A; 3VKG A; 1VEJ A; 1N78 A; 3GLF E; 3GPX A; 1QUT A; 2OQ4 A; 2KRK A; 2R4J A; 2V6Z M; 1ZQ9 A; 3HU1 A; 3ZH9 B; 1R6B X; 2DAI A; 3JAM S; 4I8O A; 3U61 B; 3C3E A; 2JXN A; 4JN6 A; 5ITR A; 3QAU A; 2UU9 M; 4EIW A; 2JP7 A; 4WW0 A; 4D80 A; 3SMP A; 4RKU F; 2ZTD A; 5A2Q S; 3GLG E; 2HWJ A; 1GJS A; 3FKE A; 1PM5 A; 3L2A A; 4QHS A; 2L7H A; 3J2P B; 3T1Y M; 2MGW A; 4NRW A; 2JZ1 A; 3I4Y A; 2VF8 A; 4JXJ A; 4M0W A; 2CE7 A; 5ITT A; 2G3Q A; 2QHO B; 3FUW A; 1G71 A; 3ZCB B; 5ITQ A; 1NSF A; 3U5Z B; 1L2B A; 1WHC A; 4WP2 A; 4GHA A; 2LWX A; 1WR1 B; 4B08 A; 2UXC M; 1R2Y A; 1F4I A; 4MB7 A; 4DV2 M; 1T6O A; 2K0B X; 2RKO A; 3K9O A; 4FVM A; 4DBG B; 4FCT A; 3U6D A; 1IN6 A; 3VLF B; 2D7H A; 1ZMU A; 1OIP A; 3D8B A; 4L6V 6; 2GQF A; 2RRU A; 1YSY A; 2HCB A; 2UUB M; 2QBY B; 1G59 A; 2G5G X; 2K9D A; 4QOZ C; 4I5S A; 2OOB A; 2FFJ A; 1L1Z A; 1NJG A; 4IBB A; 2R45 A; 4HEO A; 2E5L M; 3HU3 A; 3A98 B; 1N34 M; 2QP9 X; 3FUU A; 4NSO B; 4PT5 A; 3AL0 C; 2Z7J A; 3FUT A; 4LJA A; 3U6S A; 2NQ8 C; 4GKK M; 3AJI B; 1HNX M; 3GPP A; 4G3O A; 3J81 S; 4JI6 M; 1IN4 A; 2EKF A; 2XEP A; 2R18 A; 4B3T M; 3PFI A; 1HT1 E; 1FNN A; 5LMN M; 4AG5 A; 2M5Z A; 3HJ8 A; 2DZO B; 2JY8 A; 3SAU A; 3QYB A; 2ZM6 M; 1Z5A A; 1N36 M; 3GQ5 A; 3GLI A; 1JR3 A; 2KA6 B; 4IBF A; 4ITQ A; 4FWD A; 2R44 A; 2BJW A; 1PJQ A; 1MJG M; 3DOA A; 4I4L A; 4X66 M; 3FTE A; 3E21 A; 5DYG A; 4IBJ A; 4M9S A; 2DWZ B; 3GLI E; 1JR3 E; 1Q3B A; 3PXG A; 3VK7 A; 3UGJ A; 2Y21 A; 2EUC A; 3CTW B; 3U60 A; 4JYA M; 4NL4 H; 2FE8 A; 3T6P A; 1E94 E; 4MM3 B; 2HL7 A; 1E9R A; 3RGP A; 1TF0 B; 1PJI A; 3TWL A; 1N77 A; 1Q3C A; 3LCV B; 2UXD M; 1XWI A; 4GRI A; 3ILK A; 5GKN A; 2XFS A; 2WSF F; 3KOZ E; 5JI2 E; 1S3S A; 1G4A E; 1X37 A; 3SYK A; 3V76 A; 2K47 A; 4LJ6 A; 3W0F A; 4Q7J A; 2EKK A; 1VEK A; 2L4E A; 1IY0 A; 1ORY B; 2WSE F; 3GP1 A; 1XNR M; 1HR0 M; 2XZU A; 2CWB A; 2JY5 A; 4XK8 F; 1QDR A; 1ZMW A; 3AOG A; 1D0L A; 2MRO B; 5FSW A; 1WGN A; 2KNA A; 1SXJ C; 2ZAM A; 2QNJ A; 4FWH A; 2YNM D; 1KSF X; 1K3W A; 1AIP C; 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2RGO A; 3EIH A; 3CF0 A; 1EIJ A; 4MH0 E; 4AKI A; 1PRB A; 4NXM M; #chains in the Genus database with same CATH homology 2ZAO A; 4X64 M; 3MHV C; 4G4R A; 5LMU M; 3GRU A; 3KSX A; 4DV1 M; 2L6O A; 3SBJ A; 3KS8 A; 2L7I A; 5KPZ A; 2D7E A; 2V1C A; 2X4A A; 2YFQ A; 4D82 A; 4NXN M; 3E9S A; 3FYD A; 4RF1 A; 4DV7 M; 4JV5 M; 4AI6 A; 3SHF A; 2I7N A; 3GLI B; 2CV0 A; 1HT2 E; 4LF4 M; 1NY6 A; 4FCW A; 3THG A; 3UJN A; 4JI8 M; 1IY1 A; 3AOE C; 3A42 A; 3TPZ A; 3LQR A; 1XMQ M; 2D7G A; 4P16 A; 5JI3 E; 4IBD A; 2F5N A; 3U60 B; 4M9Z A; 1LV7 A; 4LF9 M; 1IXR C; 2H1R A; 3KW6 A; 4IJF A; 5FTN A; 3SMS A; 1IN5 A; 2XFT A; 2KRU A; 1JR3 D; 3UZU A; 1DGB A; 3TWM A; 3UMM A; 4JI1 M; 3J7B A; 1DGG A; 1NHW C; 5BR8 M; 3K1J A; 3U6Q A; 3HHZ A; 3NBI A; 5BPV A; 4LZZ A; 3L29 A; 4R3D A; 1TH4 A; 4GHL A; 4X65 M; 1DO0 A; 1ZAE A; 1IBK M; 1QYR A; 4TUW A; 3HWS A; 4DV4 M; 4IJE A; 1K82 A; 1QAO A; 2G8L A; 2CHQ A; 4JI7 M; 3EIE A; 4I81 A; 1MX0 A; 3I51 A; 4OX9 M; 3CF2 A; 4MGK E; 2QBY A; 2V1U A; 1GL7 A; 4KOD A; 4QHT A; 4IBI A; 3RGS A; 4LZJ A; 3PVS A; 2P5T A; 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