The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
5
|
sequence length |
45
|
structure length |
45
|
Chain Sequence |
QEKEAIERLKALGFPESLVIQAYFACEKNENLAANFLLSQNFDDE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Biochemical and structural analysis of the interaction between the UBA(2) domain of the DNA repair protein HHR23A and HIV-1 Vpr
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
DNA REPAIR PROTEIN HHR23A
|
| total genus |
5
|
| structure length |
45
|
| sequence length |
45
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-01-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00627 | UBA | UBA/TS-N domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1A5T A; 1TTE A; 2K9D A; 4F1I A; 5DFL A; 2QHO B; 1F4I A; 2LVO C; 1WJ7 A; 3LCU A; 2K0B X; 3LCV B; 2KHH A; 2LVQ D; 3IEC A; 1HJP A; 2HWJ A; 1G4A E; 1YLA A; 2DEN A; 3H4J A; 3FE3 A; 2MJ5 B; 1E94 E; 1VQ1 A; 2OOA A; 1HT2 E; 1TR8 A; 2B3T A; 2LVN C; 3E46 A; 1DO2 A; 2DAM A; 1BVS A; 1WGL A; 2JP7 A; 1R4G A; 2L4E A; 2L2D A; 4R71 A; 2DAI A; 1ZMU A; 4F2L A; 1C7Y A; 1G3I A; 3T6P A; 1WGN A; 1XB2 B; 3K9O A; 2DAE A; 2DAK A; 1UFZ A; 2JNH A; 3BBZ A; 1WHC A; 4HEO A; 1EFU B; 2CP8 A; 1OAI A; 1SG9 A; 1NV9 A; 1IXS A; 1NV8 A; 3FRI A; 2H5X A; 3E21 A; 1IFY A; 1IM2 A; 1JR3 E; 2DHY A; 1Y8G A; 1WIV A; 4DBG B; 1HT1 E; 2QSF X; 2OOB A; 1MN3 A; 2ZTD A; 2JUJ A; 2KNZ A; 2WZJ A; 4UN2 B; 1P3Q Q; 2O25 A; 2EJS A; 2LBC A; 1Q02 A; 1VEJ A; 2JY8 A; 1GO5 A; 3GLG E; 1T6O A; 2BWB A; 2BWE A; 2JY5 A; 1AIP C; 1DO0 A; 2EKF A; 1OQY A; 2ZTC A; 2HAK A; 3FRH A; 2KNA A; 1VEK A; 2EKK A; 3IHP A; 3MMP A; 1VG5 A; 1XXH E; 4WP2 A; 2G3Q A; 1OTR A; 2MRO B; 3GLI E; 1HQY E; 2LVA A; 2JZ1 A; 1VDL A; 2L4F A; 2MR9 A; 2DKL A; 3B89 A; 2CWB A; 3GLH E; 1ZMV A; 2R0I A; 1CUK A; 1WR1 B; 2DNA A; 1PGY A; 2QNJ A; 1QZE A; 1ZMW A; 2MGW A; 2DI0 A; 2RRU A; 2LTU A; 1DV0 A; 2OO9 A; 1KYI A; 1G41 A; 2JY7 A; 4Q7J A; 5JI2 E; 2LVP C; 2JY6 B; 2JZ0 A; 1ZV1 A; 2DZL A; 2DAG A; 1V92 A; 4G3O A; 4GEW A; 1OKS A; 2KNV A; 3GLF E; 3K9P A; 1VEG A; 3F92 A; 1T43 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L7H A; 2HHH M; 3B7Q A; 4GIP A; 4GKK M; 3ZQJ A; 2UXC M; 3V76 A; 3KP1 E; 2QHO B; 3I4Y A; 5FTJ A; 2LNH C; 3HU3 A; 1F4I A; 3C3D A; 4PT5 A; 1HNZ M; 5DNY A; 2QZ4 A; 3HZJ A; 5ITR A; 3SAR A; 1N33 M; 3LCV B; 4L4U A; 3IEC A; 1KFV A; 3A42 A; 1QAO A; 3H4J A; 1G4A E; 1YLA A; 3GLI B; 2MJ5 B; 3U6L A; 4QOZ C; 2OOA A; 3L28 A; 4B3S M; 3VK8 A; 2Z3X A; 1VDD A; 1GLN A; 1QAQ A; 1HNW M; 4L15 A; 1N75 A; 1K82 A; 4LFA M; 4A3V B; 2UUB M; 4B7H A; 3UMM A; 3ZCB B; 2CRU A; 3KW6 A; 2Y0Q A; 4FCV A; 4LJ6 A; 4OU7 A; 4GH9 A; 4DR1 M; 1WGL A; 2BJV A; 1R4G A; 2L4E A; 2XF3 A; 4WW0 A; 5IWA M; 4F2L A; 5C18 A; 2O01 F; 1G3I A; 3TE6 A; 1IN6 A; 2DAE A; 1WXQ A; 1N36 M; 1MX0 A; 2ZBK B; 3DA1 A; 4X64 M; 1E32 A; 3JAM S; 5GKN A; 3J81 S; 1XNQ M; 2FOI C; 2CHQ A; 4LF4 M; 4Y28 F; 3BOS A; 2CP8 A; 4RF0 A; 1OAI A; 4DUZ M; 1PJT A; 1NV9 A; 4JI4 M; 1IXS A; 1LV7 A; 1NV8 A; 4IBE A; 3GPU A; 3FRI A; 4LZJ A; 2L7I A; 3IG8 A; 4IBF A; 4IBK A; 3A45 A; 1IM2 A; 1QYR A; 1IXZ A; 1TH4 A; 2CV2 A; 1Y8G A; 2I7P A; 4GHA A; 5ITU A; 1OIZ A; 3L26 A; 2L6O A; 1LTM A; 1DGH A; 2I7N A; 5LMN M; 2JUJ A; 2WZJ A; 2RGO A; 2E5L M; 1P3Q Q; 2O25 A; 3FUV A; 4WUR A; 1YUB A; 3J27 B; 1IBL M; 2LBC A; 2DVW B; 4LGY A; 1R2Z A; 1OAO C; 2JY8 A; 3FUU A; 2VF8 A; 4REZ A; 3HJS A; 3FTE A; 1AIP C; 2EKF A; 5KPR A; 1KSF X; 2DWL A; 2Y0T A; 3ZH9 B; 1XMO M; 3U6O A; 1R6B X; 3GRR A; 3T38 A; 2ZM6 M; 4IBC A; 2GQF A; 1OJL A; 2WSE F; 1XXH E; 2KZU A; 2G3Q A; 1XHB A; 1NNU C; 3CF6 E; 3LVW A; 3K8Z A; 1PJS A; 1HQY E; 2LVA A; 5KQ8 A; 4I4L A; 2WSF F; 3KOW E; 2L4F A; 4RKU F; 4LG2 A; 2JA2 A; 4ANR A; 1D2N A; 3B89 A; 3HHY A; 1OIP A; 3RGP A; 2CE7 A; 2KW0 A; 1ZMV A; 4NL4 H; 2FH0 A; 1QUS A; 3KVW A; 4MB7 A; 2F5Q A; 4AKG A; 1XXH A; 2QNJ A; 4MGH A; 1L1T A; 4LZZ A; 1D0L A; 2NQ8 C; 4QOS A; 4DV3 M; 3CGW A; 2YQZ A; 2OO9 A; 3W0L B; 2LVP C; 4L16 A; 3J2P B; 1NJG A; 4AZF A; 5BR8 M; 1J5E M; 1TGU A; 1Q3C A; 4LCB A; 2A5Y B; 1GKI A; 2C99 A; 4LGM A; 4XBO A; 2QQ8 A; 1V92 A; 1EIJ A; 4M9X A; 4G3O A; 4FWG A; 3GO8 A; 3U61 B; 2Z8Y M; 3UGJ A; 1SXJ A; 4IJF A; 2BNK A; 4ZPX A; 3AL0 C; 3JR4 A; 1OKS A; 1JR3 D; 1QDT A; 3GLF E; 4JV5 M; 2KXE A; 1N77 A; 1VEG A; 1E9R A; 5EXX A; 4BLC A; 2M5Z A; 3GLG B; 3Q8G A; 2DXI A; 1HNX M; 2W82 A; 1NHW C; 5KO3 A; 1IXR C; 4CHT B; 3Q8X A; 4GIT A; 4NXM M; 3GLF A; 2QBY B; 1GL6 A; 2K0B X; 2KHH A; 2LVQ D; 2XSZ D; 4LJA A; 3MJ5 A; 5C1B A; 1XWI A; 2J7O A; 3U6E A; 3U5Z A; 5F3W A; 2F5N A; 2F5O A; 3HKP A; 2RKO A; 3RGS A; 3U6D A; 4MGK E; 2CEA A; 4B3R M; 2H1R A; 5EXP A; 4LY6 A; 2B3T A; 4X66 M; 3GLH B; 1NSF A; 1C1K A; 2LVN C; 1PRB A; 2G8L A; 4GRI A; 4LF5 M; 3L2A A; 3A46 A; 5IRE B; 1IY1 A; 1G8P A; 4OVZ B; 4AG5 A; 1IY0 A; 2EUC A; 2JP7 A; 2O5R A; 3AFH A; 2L2D A; 3DOA A; 5EP3 A; 3KOX E; 1ZMU A; 4R71 A; 3GPY A; 3KSX A; 3T6P A; 4I8O A; 1K3W A; 1WGN A; 1XB2 B; 5KPT A; 1V33 A; 3LMM A; 4XGI A; 3UJN A; 2JNH A; 4R7G A; 3BBZ A; 3D8L A; 4L78 A; 4HEO A; 3FYC A; 4I81 A; 2X4A A; 3ILK A; 3HJ8 A; 4B7G A; 3NWL A; 2WSC F; 5E26 A; 4DR3 M; 4NOO B; 1YSY A; 2K47 A; 2UUC M; 2R44 A; 2H5X A; 3B7Z A; 4KO8 A; 2KA6 B; 3SC3 A; 2EA0 A; 3L25 A; 1IFY A; 1W5S A; 3I01 M; 3I4V A; 4Z6Y A; 2QP9 X; 3QYB A; 3KSJ A; 1H6U A; 1OFH A; 2JWS A; 2L09 A; 1PJQ A; 2XZF A; 2VQE M; 2KNZ A; 1Z5B A; 2J5Y A; 1IY2 A; 4YHH M; 4G4R A; 2CV1 A; 3L27 A; 2BJW A; 2G5G X; 3QWL A; 1Q02 A; 1PM5 A; 3K92 A; 1VEJ A; 1Z5A A; 4FVM A; 4MM3 B; 1J09 A; 1IBM M; 2OPF A; 3SAW A; 3HU1 A; 4NXN M; 1L2D A; 2ZTC A; 3HX3 A; 4PD2 A; 3DZD A; 1TH2 A; 4GMQ A; 4IJE A; 4G4O A; 4YY3 M; 2XLJ A; 1IBK M; 2EKK A; 2EO2 A; 2C5R A; 3KFU G; 3VKH A; 2JXN A; 4Z8X A; 1IXS B; 8CAT A; 1XC8 A; 1QDR A; 1OTR A; 1IN7 A; 2FE8 A; 1JB0 F; 2XFT A; 3LW5 F; 4AQY M; 2CHG A; 1VDL A; 4IBD A; 3SAT A; 4ITQ A; 3NBI A; 1QAN A; 2YR0 A; 4MGI E; 2DKL A; 3QAU A; 3T1Y M; 3KS8 A; 4B3T M; 3GQ5 A; 3I04 M; 1DGH B; 2VF7 A; 3VKG A; 1CUK A; 4M0D A; 2DNA A; 5FTK A; 3SAV A; 1ZMW A; 3TWL A; 3ZC7 B; 2DI0 A; 4MGZ E; 4M0W A; 2LTU A; 3B74 A; 4BB9 A; 4EIW A; 1G41 A; 4Q7J A; 4QNM A; 5JI2 E; 3SBJ A; 1NHG C; 1TF0 B; 4HL4 A; 3GPP A; 5BPV A; 2DZL A; 3RE8 A; 4AW4 A; 2R46 A; 4B08 A; 4K0K M; 5E6J A; 4IBI A; 2KRU A; 1FNN A; 4LJ8 A; 4NC6 A; 3LQR A; 4S12 A; 3TL4 X; 4GC9 A; 3AOE C; 2KNV A; 1YE9 A; 3KXE C; 3K2L A; 3FTD A; 2V1U A; 1N78 A; 1OQY A; 3CF2 A; 1A5T A; 2DWM A; 2K9D A; 4W5W A; 4IBJ A; 5EXT A; 5FTM A; 1QAM A; 4KOD A; 4M9Z A; 2ERC A; 3AJI B; 4LRS A; 4F1I A; 4GHL A; 2UUA M; 3CF0 A; 3AV0 A; 3D8B A; 2LVO C; 3M0E A; 2AHM A; 1L2C A; 3KOY E; 1EE8 A; 4LFC M; 4DR4 M; 4G4N A; 2KRK A; 1K3X A; 2XH9 A; 4LF9 M; 2R65 A; 1E94 E; 1VQ1 A; 4GKJ M; 4JI6 M; 4IIW A; 2VDB B; 4FW9 A; 4JI2 M; 2LWX A; 3WHL A; 3GQ4 A; 2R6F A; 3E46 A; 2M60 A; 1Z59 A; 4QHT A; 1SXJ B; 1IN5 A; 1BVS A; 3EIE A; 4KHP M; 2XGN A; 3LVV A; 3HJQ A; 1C7Y A; 4LJ5 A; 1NO1 A; 5ITT A; 2LXE A; 4AKH A; 1V34 A; 2DAK A; 1UFZ A; 1Z6T A; 2DWZ B; 2XFS A; 3FTC A; 3W0F A; 4AG6 A; 4D82 A; 1SXJ D; 4B7F A; 3UZU A; 1QZM A; 2KDL A; 1EFU B; 4D80 A; 5FSW A; 5JI3 E; 3T15 A; 1SG9 A; 4MH0 E; 3U61 A; 3HGI A; 3GLF B; 4FCT A; 4XK8 F; 2ZAM A; 4QNR A; 4P16 A; 3AKZ A; 3FYD A; 1W5T A; 2D7G A; 1GJT A; 3U6C A; 2QEN A; 3E21 A; 3U5Z B; 4DV2 M; 1L8Q A; 2CV0 A; 5H37 D; 3GQ3 A; 2DHY A; 2Z7J A; 4FWD A; 1WIV A; 1NVM A; 2CHV A; 4DBG B; 1HT1 E; 1HR0 M; 2C9O A; 3U6P A; 1IN4 A; 1IN8 A; 5KQD A; 5DYI A; 2ZTD A; 2Z4S A; 3GPX A; 3HY5 A; 2KEB A; 4DV4 M; 2DZN B; 3HU2 A; 5IZ7 D; 1E9S A; 4LRT A; 2DWN A; 3PNY A; 3C9P A; 4JI3 M; 4NRW A; 2QCU A; 2BWB A; 3B9P A; 1IQP A; 3FUX A; 4X62 M; 4DR2 M; 2X49 A; 1G71 A; 4FD2 A; 3SAU A; 4TUW A; 3IG5 A; 3K1J A; 3AOG A; 5FTL A; 2HAK A; 3FRH A; 5EP4 A; 2LHG A; 1NY6 A; 2CFO A; 2J7N A; 3IHP A; 1DGG A; 3DFZ A; 4QHS A; 1VG5 A; 3U60 A; 4WP2 A; 3J80 S; 4G6Z A; 1N34 M; 3GLI E; 2JZ1 A; 3GRV A; 1OFI A; 2MR9 A; 5FTN A; 3VK7 A; 3J7A S; 5EP2 A; 4AI6 A; 1UM8 A; 2Q2E B; 3E4R A; 3HHW A; 3L29 A; 2R4J A; 1JQJ C; 2FNA A; 3VDP A; 4B3M M; 1NY5 A; 2D7E A; 1DGF A; 1QQW A; 1D0K A; 1QZE A; 1ZAE A; 2QPA A; 3MHV C; 4JI7 M; 4II7 A; 4JI0 M; 3GLI A; 3THG A; 1DV0 A; 1HQC A; 1GL7 A; 2CUZ A; 1KYI A; 3U6Q A; 1TDZ A; 2JY6 B; 2K6B A; 3W67 A; 7CAT A; 2JZ0 A; 5L8R F; 3FD9 A; 4KLN A; 2GNO A; 3TWK A; 2RGH A; 4LF6 M; 5EXS A; 4JI5 M; 1GVN A; 3FUW A; 2HL7 A; 4DV1 M; 4DV7 M; 4LF8 M; 3K9P A; 3TWM A; 2R4E A; 4HLQ A; 3VFD A; 1TTE A; 2YNM D; 4RNA A; 5A2Q S; 2LHC A; 5DFL A; 4DR5 M; 4L8R C; 4CGY B; 2APL A; 3JR5 A; 4PDI A; 1WJ7 A; 2C9C A; 1Q3B A; 2V1C A; 4NSR A; 3LCU A; 4NSO B; 4R3D A; 3BXW A; 3SYL A; 3CTW B; 5DYG A; 3EIH A; 4JYA M; 1HJP A; 2HWJ A; 2DEN A; 2VII A; 2Y20 A; 2R62 A; 3FE3 A; 4LJ9 A; 4JN6 A; 1XNR M; 1HT2 E; 1TR8 A; 2MH8 A; 1L2B A; 3R9X B; 4GC5 A; 1J7K A; 3J7B A; 3PNV A; 4FWH A; 1DO2 A; 2ZAO A; 1Q39 A; 2N35 A; 2R18 A; 4PCZ A; 2DAM A; 3C3E A; 1ORY B; 2C96 A; 3R8F A; 2HKJ A; 4OW0 A; 1L1Z A; 2DAI A; 3TQS A; 3SHF A; 4BBA A; 4G4Q A; 1ZQ9 A; 4LFB M; 3K9O A; 3HHX A; 5KPZ A; 4PDG A; 3HHZ A; 2V6Z M; 1SXJ C; 1WHC A; 5ITQ A; 4DV0 M; 1Z5C A; 2ZAN A; 5LMU M; 4CIS A; 1XXH B; 4I5S A; 3U6M A; 3GP1 A; 2LH0 A; 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