The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
50
|
structure length |
50
|
Chain Sequence |
ESEAAEEAVMALAALGFKEAQARAVVLDLLAQNPKARAQDLIKEALKRLR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the RuvA-RuvB Complex: A Structural Basis for the Holliday Junction Migrating Motor Machinery
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule keywords |
Holliday junction DNA helicase ruvA
|
| total genus |
16
|
| structure length |
50
|
| sequence length |
50
|
| ec nomenclature |
ec
3.6.4.12: DNA helicase. |
| pdb deposition date | 2002-07-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07499 | RuvA_C | RuvA, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JY8 A; 2DAK A; 2WZJ A; 5DFL A; 5JI2 E; 1E94 E; 3GLF E; 4G3O A; 1DO0 A; 1OQY A; 1IM2 A; 3E46 A; 1V92 A; 1EFU B; 2LVO C; 2CP8 A; 1VEJ A; 1VQ1 A; 3GLG E; 2LVA A; 1UFZ A; 2JUJ A; 1DO2 A; 1ZMU A; 2KNZ A; 2G3Q A; 2CWB A; 2JZ1 A; 3IEC A; 3LCV B; 2DNA A; 1DV0 A; 1YLA A; 2BWB A; 2L4E A; 4F1I A; 4DBG B; 1HQY E; 1VDL A; 1C7Y A; 2MRO B; 3GLI E; 2DAM A; 1R4G A; 2MJ5 B; 1G3I A; 2KNV A; 3F92 A; 3E21 A; 1ZV1 A; 2K0B X; 3K9P A; 2DEN A; 1AIP C; 1F4I A; 1TR8 A; 1BVS A; 3MMP A; 1KYI A; 2QHO B; 1G4A E; 2JP7 A; 1NV9 A; 2JNH A; 1WIV A; 2DAE A; 2DKL A; 4HEO A; 1MN3 A; 2LVQ D; 2DAG A; 2HWJ A; 1ZMV A; 4Q7J A; 2JY6 B; 2O25 A; 1HT1 E; 2K9D A; 2OOB A; 2DI0 A; 2JY7 A; 3H4J A; 1IFY A; 3IHP A; 1VG5 A; 2ZTC A; 1QZE A; 1ZMW A; 1Q02 A; 1WGN A; 1Y8G A; 2L2D A; 2LBC A; 2RRU A; 3B89 A; 2ZTD A; 2HAK A; 2DHY A; 2KNA A; 3K9O A; 2OO9 A; 4UN2 B; 2JY5 A; 2EKF A; 1XXH E; 3BBZ A; 1WJ7 A; 1A5T A; 1SG9 A; 1JR3 E; 2EKK A; 2QSF X; 1PGY A; 1GO5 A; 3FE3 A; 1WHC A; 1OTR A; 2LVP C; 3T6P A; 3GLH E; 1TTE A; 2H5X A; 1OKS A; 1NV8 A; 2L4F A; 3LCU A; 1WR1 B; 2OOA A; 1T6O A; 2LVN C; 4GEW A; 1HJP A; 1VEK A; 2JZ0 A; 1P3Q Q; 3FRH A; 2B3T A; 4R71 A; 1IXS A; 1VEG A; 4F2L A; 1T43 A; 1G41 A; 2DAI A; 2LTU A; 2EJS A; 1OAI A; 2MR9 A; 2R0I A; 2BWE A; 2DZL A; 2MGW A; 1WGL A; 4WP2 A; 1HT2 E; 2QNJ A; 3FRI A; 1CUK A; 1XB2 B; 2KHH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JAM S; 2DWL A; 2J7N A; 2WZJ A; 4S12 A; 1E9R A; 1ORY B; 4G3O A; 1DO0 A; 4LGY A; 4IJF A; 4JYA M; 2EO2 A; 2FE8 A; 1XMQ M; 1IXR C; 1QUT A; 4QNM A; 5KQ8 A; 1PJJ A; 2Y21 A; 4JXJ A; 1OIZ A; 4LZZ A; 2A5Y B; 1VEJ A; 1VQ1 A; 3M6A A; 2LVA A; 1UFZ A; 4TUW A; 1DGH B; 2G3Q A; 3IEC A; 1VDD A; 3RFW A; 3R9X B; 1QAO A; 1T3T A; 3KW6 A; 1YLA A; 4IBD A; 3VLF B; 4FVM A; 4DBG B; 5ITT A; 1NHG C; 1C7Y A; 3HX3 A; 3KSJ A; 4OU7 A; 3J7B A; 4LJA A; 3ZH9 B; 2R4E A; 2C98 A; 3DA1 A; 2W82 A; 2YQZ A; 3E9S A; 5IRE B; 2LWX A; 3AOE C; 2K0B X; 4IBJ A; 2YFQ A; 2OQ4 A; 1DGG A; 3CF0 A; 1EIJ A; 1KYI A; 2QHO B; 1G4A E; 3KOY E; 3B7Z A; 3KOX E; 5ITR A; 2BJW A; 1WIV A; 2DAE A; 3GRV A; 4I5S A; 4B7G A; 1EE8 A; 1TH3 A; 1PJQ A; 1N32 M; 1JB0 F; 4NRW A; 3HZJ A; 1MX0 A; 3TWL A; 3FUT A; 4JV5 M; 3KVW A; 2DAG A; 2G5G X; 1R7R A; 2LHG A; 5FTM A; 1HT1 E; 3GLI B; 2K9D A; 2JY7 A; 3NBI A; 1SXJ D; 3IHP A; 4OX9 M; 1PJS A; 1HNW M; 3PNY A; 2DZN B; 3A45 A; 5KPR A; 4LCB A; 4R3D A; 2BJV A; 2H1R A; 1WGN A; 4NOO B; 4MGK E; 4DV1 M; 2DXI A; 2RGO A; 1HNX M; 1XMO M; 4P16 A; 1UM8 A; 2HAK A; 1QZM A; 3HKP A; 4DV2 M; 2DHY A; 3VKG A; 7CAT A; 3GRU A; 4AG6 A; 2EKF A; 3LMM A; 4LF5 M; 4FCT A; 5EXX A; 1OFH A; 5FTN A; 4MGZ E; 1GO5 A; 1QAM A; 5FTK A; 3W67 A; 1OTR A; 3GLH A; 3H4M A; 4IBB A; 3GPU A; 2EUC A; 1DGF A; 2V6Z M; 3C9P A; 3GLH E; 2GNO A; 4LJ4 A; 4D80 A; 5ITQ A; 4YHH M; 4QHS A; 3SFZ A; 1NV8 A; 2L4F A; 2G8L A; 5LMU M; 3K1J A; 2UUA M; 3J27 B; 1T6O A; 2LVN C; 1I4W A; 1VEK A; 4B7H A; 2BNK A; 4JI6 M; 2KW0 A; 3SYL A; 1R2Y A; 4B7F A; 4WW0 A; 1VEG A; 4P17 A; 2CUZ A; 1W5S A; 3J81 S; 2XGN A; 1DGB A; 1OAI A; 2Y20 A; 5EJC A; 3R8F A; 2I7P A; 2BWE A; 5EP4 A; 2UXB M; 1NJG A; 4WP2 A; 3U6E A; 1HT2 E; 4KT0 F; 3WHL A; 4R7G A; 3HU3 A; 1D0K A; 4PT5 A; 1XB2 B; 3VK8 A; 1K82 A; 5FTL A; 1K3X A; 2KDL A; 4L78 A; 3GP1 A; 4G6Z A; 3U60 A; 1GJT A; 3WHK A; 3CF2 A; 1Z59 A; 3K8Z A; 1YE9 A; 4I4L A; 3GLF A; 4DUZ M; 3C3E A; 1TGU A; 5JI2 E; 3FUW A; 1WXQ A; 2XLJ A; 3GLF E; 3UK6 A; 5GKN A; 1V92 A; 2LVO C; 3BOS A; 3TL4 X; 4X64 M; 3AV0 A; 1J7K A; 1XWI A; 3HHW A; 2CHG A; 4Z6Y A; 3W0F A; 1G71 A; 2L7H A; 3B7N A; 4IBG A; 3THG A; 3GLG A; 1HNZ M; 5ITU A; 3NBX X; 4MH0 E; 4MGI E; 5H37 D; 2EA0 A; 4AW4 A; 1IN8 A; 3GLG E; 3ZC7 B; 4DR4 M; 4JI4 M; 4FWD A; 3JR5 A; 2JZ1 A; 1N78 A; 2QPA A; 5FTJ A; 2Z4S A; 3U6P A; 2Y0T A; 2VQF M; 4F1I A; 4YY3 M; 2DZO B; 1PJI A; 4AKI A; 1HQY E; 4LG2 A; 4BBA A; 1QYR A; 3FUX A; 4KOD A; 4FW9 A; 1OJL A; 1G3I A; 2KNV A; 3F92 A; 1L8Q A; 2D7E A; 2I7N A; 4FD2 A; 1IBL M; 4B3R M; 1AIP C; 3TQS A; 1F4I A; 4Y28 F; 4M0W A; 1BVS A; 2QEN A; 3MMP A; 3MJ5 A; 4GIT A; 3U6O A; 2VII A; 1QAN A; 4KO8 A; 2CV2 A; 1XNQ M; 1YUB A; 2JNH A; 2UXC M; 3DOA A; 5BR8 M; 3NWL A; 2KZS A; 3U6M A; 2L7I A; 1MN3 A; 1Q3B A; 2R62 A; 3SAU A; 4PDG A; 5EXT A; 4IJE A; 5BPV A; 2C5R A; 3SAR A; 1ZMV A; 2JY6 B; 3K92 A; 4D82 A; 4MM3 B; 5LMN M; 2O25 A; 4LJ8 A; 3M7G A; 4RF0 A; 2GQF A; 4KHP M; 3KOZ E; 2DI0 A; 3H4J A; 3U6Q A; 4AZF A; 5ITX E; 4LZJ A; 3GRY A; 2J7O A; 3FYC A; 1OFI A; 1R6B X; 2KEB A; 3PFI A; 3A46 A; 3U6C A; 4LF4 M; 1GL7 A; 1ZMW A; 3RGP A; 1Q02 A; 3B7Q A; 1Y8G A; 4BLC A; 1TH4 A; 3LVW A; 2RRU A; 1Q39 A; 3QAU A; 5C18 A; 4PCZ A; 4IIW A; 3SHF A; 4UN2 B; 3AFH A; 1JR3 A; 1WJ7 A; 5KO3 A; 1KFV A; 1SG9 A; 3FUU A; 1JR3 E; 3D8L A; 1PGY A; 4IBK A; 3SMP A; 4LJ7 A; 4CIS A; 1J09 A; 1SXJ C; 3U61 B; 3UZU A; 1GLN A; 2LVP C; 2C9O A; 3T6P A; 4DV6 M; 3A98 B; 3AOG A; 4JI7 M; 1Q3C A; 3HWS A; 3PVS A; 2QQ8 A; 2XFT A; 5EXS A; 4DR6 M; 2R65 A; 2OOA A; 1N75 A; 4CJ6 A; 1R5L A; 2KA6 B; 2L09 A; 3GQ5 A; 2JZ0 A; 4XGI A; 3HJ8 A; 4DR7 M; 5EXP A; 2B3T A; 5F3W A; 2C96 A; 2FS1 A; 4X62 M; 4LFB M; 3OTO M; 3LQQ A; 2CHQ A; 1MU5 A; 2FFJ A; 3CGW A; 3CTW B; 3GQ4 A; 2LTU A; 2F5N A; 1SXJ B; 2P5T A; 3C3D A; 5A2Q S; 2HL7 A; 4II7 A; 1YSY A; 4QOZ C; 2UXD M; 3GPP A; 4OVZ A; 3L29 A; 4L4U A; 1FJG M; 1PRB A; 3QWL A; 2KRK A; 1DGH A; 2R6F A; 4QHT A; 2R44 A; 1D2N A; 1QQW A; 1WGL A; 2FNA A; 3FRI A; 4W5W A; 5DYG A; 4LRS A; 2DWZ B; 4LJ9 A; 2LH0 A; 1L2D A; 2JY8 A; 3GLF B; 2XZF A; 2LHC A; 1TF0 B; 3RE8 A; 3FUV A; 1RU3 A; 1E94 E; 3HJS A; 3ZCB B; 2Z7J A; 3W68 A; 4M9Z A; 1OQY A; 1IM2 A; 3E46 A; 2M60 A; 3GPY A; 4DV7 M; 2QBY A; 3GRR A; 2XSZ D; 2E5L M; 4GKJ M; 3BXW A; 3SMS A; 2UU9 M; 4JI2 M; 1GL6 A; 2OPF A; 2C99 A; 2V1C A; 4GMQ A; 1V34 A; 2RGH A; 3GLG B; 4JI1 M; 1IY0 A; 4RKU F; 1IBK M; 3KFU G; 3CF6 E; 1V33 A; 1QUS A; 3T38 A; 2JUJ A; 3FTD A; 4AI6 A; 2APL A; 2K47 A; 2DWM A; 3U6L A; 2CFO A; 2KNZ A; 3T1Y M; 2F5O A; 2XEP A; 3AL0 C; 2AHM A; 4RNA A; 3D8B A; 1E9S A; 2DNA A; 1L1T A; 2CV1 A; 3GLI A; 8CAT A; 2YR0 A; 3AOE A; 1VDL A; 3VKH A; 2MRO B; 3ZQJ A; 3GLI E; 1NY5 A; 3LQR A; 4QNR A; 2MJ5 B; 4QOS A; 3V76 A; 4OW0 A; 3UGJ A; 3LVV A; 5JI3 E; 1XNR M; 2HHH M; 2QZ4 A; 3K9P A; 1D0L A; 3PNV A; 4LFA M; 2QCU A; 3KS8 A; 5KQD A; 1TH2 A; 1TR8 A; 3MK6 A; 4IBI A; 4M9S A; 1C1K A; 2Z8Y M; 1GJS A; 2JA2 A; 4DR2 M; 2JP7 A; 4HL4 A; 4GC5 A; 1JQJ C; 1IBM M; 4HEO A; 2C9C A; 1XHB A; 4GHL A; 5EP2 A; 4NRV A; 3IG5 A; 2LVQ D; 3MHV C; 4LRT A; 3I01 M; 2XF3 A; 2XSZ A; 2ZAM A; 4G4N A; 2YNM D; 1ZAE A; 5KPT A; 1NVM A; 5C1B A; 2OOB A; 1JR3 D; 4M9X A; 3EIH A; 4NC6 A; 3SAS A; 4A3V B; 4GIP A; 1J5E M; 3QYE A; 2RKO A; 3KP1 E; 2CEA A; 3U6S A; 1QAQ A; 1QZE A; 2L2D A; 2LBC A; 4FWG A; 1AUA A; 2ZAN A; 3L2A A; 1N33 M; 3PXG A; 4B3S M; 3B89 A; 3L27 A; 1N36 M; 4FWH A; 3HU2 A; 1XXH A; 4DV0 M; 2KNA A; 3K9O A; 2ZBK B; 2OO9 A; 2JY5 A; 4XK8 F; 1XXH E; 2JWS A; 3BBZ A; 1IY1 A; 3QYB A; 5EP1 A; 1IY2 A; 2O01 F; 2D7H A; 1MJG M; 2QSF X; 2X8A A; 2KZU A; 3AJI B; 2WSE F; 3A42 A; 3FE3 A; 1WHC A; 2R45 A; 4X65 M; 4DV3 M; 3T15 A; 5KPZ A; 3SAV A; 1L2B A; 3HHY A; 3HJQ A; 1NNJ A; 4NXM M; 3FTE A; 5FLX S; 1Z5C A; 1TTE A; 1OKS A; 4JI5 M; 1D0M A; 1H6U A; 5ITX A; 4NL4 H; 3FYD A; 3LCU A; 4I8O A; 4L16 A; 1WR1 B; 2UUC M; 2MH8 A; 4AKG A; 4G4R A; 2WSF F; 3KSX A; 4GEW A; 1HJP A; 3JR4 A; 2D7G A; 1P3Q Q; 4DR3 M; 1IXS A; 1FNN A; 4LF7 M; 4AQY M; 4JI8 M; 2KXE A; 4NSR A; 2CHV A; 3I4V A; 1G41 A; 1X37 A; 2DAI A; 2FH0 A; 3GPX A; 2EJS A; 3U5Z A; 1QDR A; 4PD2 A; 4AKH A; 2R0I A; 4OVZ B; 4CHT B; 4DV4 M; 1I94 M; 5DYI A; 3AKZ A; 5IZ7 D; 3TWK A; 3HHZ A; 1NO1 A; 3GLH B; 4D81 A; 2QNJ A; 4B3M M; 3KOW E; 2NQ8 C; 1CUK A; 1Z6T A; 4CIZ A; 3TWM A; 1N34 M; 2ERC A; 3GO8 A; 4LF9 M; 2LXE A; 4GH9 A; 1N77 A; 2DAK A; 2LNH C; 4LJ6 A; 2F4V M; 1E32 A; 3B74 A; 4K0K M; 5DFL A; 3I04 M; 2QBY B; 2Z3X A; 2F5S A; 2X49 A; 1EFU B; 2ZAO A; 4JN6 A; 5EP3 A; 3IG8 A; 2CP8 A; 2L6O A; 1IN4 A; 5DNY A; 5IWA M; 2DWN A; 4G4O A; 2Q2E B; 3KP0 E; 1OAO C; 2FOI C; 3HHX A; 4BB9 A; 4DR5 M; 1GAB A; 1L1Z A; 2VF8 A; 3E4R A; 4B3T M; 4AG5 A; 2J5Y A; 2WSC F; 4IBF A; 4L8R C; 2XFS A; 1DO2 A; 1ZMU A; 5FSW A; 2CWB A; 5E26 A; 3LCV B; 4Z8X A; 1DV0 A; 2HCB A; 4LJ5 A; 3HGI A; 1G8P A; 3SBJ A; 2BWB A; 2L4E A; 3VFD A; 4ZPX A; 4PDI A; 3U60 B; 4I81 A; 2Z4R A; 4DV5 M; 1W5T A; 2DAM A; 1GVN A; 1R4G A; 3LW5 F; 3DZD A; 4L6V 6; 1IN7 A; 1HQC A; 3E21 A; 1ZV1 A; 1ZQ9 A; 2F5P A; 2QP9 X; 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