The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
59
|
structure length |
59
|
Chain Sequence |
PTLSPEQQEMLQAFSTQSGMNLEWSQKCLQDNNWDYTRSAQAFTHLKAKGEIPEVAFMK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for the Interaction between the Tap/Nxf1 Uba Domain and Fg Nucleoporins at 1 A Resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Nuclear transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
NUCLEAR RNA EXPORT FACTOR
|
| total genus |
24
|
| structure length |
59
|
| sequence length |
59
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-01-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03943 | TAP_C | TAP C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SG9 A; 1WHC A; 2JZ0 A; 2JUJ A; 4Q7J A; 1BVS A; 1DO0 A; 2DZL A; 1WR1 B; 2QSF X; 1HT1 E; 2DI0 A; 2JP7 A; 3MMP A; 2KHH A; 1PGY A; 2KNZ A; 4G3O A; 4HEO A; 1P3Q Q; 2LVO C; 2R0I A; 2JNH A; 1NV9 A; 1YLA A; 2EJS A; 2WZJ A; 1HQY E; 2JY5 A; 3GLG E; 2LVP C; 1KYI A; 1VEK A; 4UN2 B; 1F4I A; 1R4G A; 1VQ1 A; 2JY8 A; 4F2L A; 2EKF A; 2DHY A; 4F1I A; 3IEC A; 1OTR A; 2MJ5 B; 1IFY A; 1IXS A; 2DEN A; 2JY7 A; 2DAK A; 1XB2 B; 1HT2 E; 1G41 A; 3K9P A; 2HWJ A; 1VEJ A; 1TR8 A; 3H4J A; 1JR3 E; 2B3T A; 3IHP A; 3T6P A; 2DNA A; 4DBG B; 1CUK A; 2ZTC A; 5JI2 E; 2K0B X; 1ZMW A; 1GO5 A; 2H5X A; 2OOA A; 2RRU A; 2MRO B; 2LBC A; 2DKL A; 2DAM A; 2LTU A; 1NV8 A; 1HJP A; 2L4F A; 2O25 A; 4GEW A; 1DV0 A; 3E21 A; 2MGW A; 1ZMV A; 1UFZ A; 2CP8 A; 1QZE A; 2DAI A; 3GLI E; 2LVQ D; 1T6O A; 2G3Q A; 1OKS A; 4R71 A; 3LCU A; 2OOB A; 1T43 A; 1VDL A; 1OAI A; 1IM2 A; 1A5T A; 2CWB A; 1V92 A; 3GLH E; 3FRI A; 2DAE A; 2OO9 A; 1WGN A; 1Y8G A; 2K9D A; 1G3I A; 1AIP C; 3LCV B; 1MN3 A; 2LVA A; 2QNJ A; 2HAK A; 1TTE A; 4WP2 A; 3B89 A; 1EFU B; 1OQY A; 2LVN C; 3F92 A; 2KNV A; 1WGL A; 2EKK A; 3FE3 A; 1XXH E; 5DFL A; 2QHO B; 1E94 E; 1G4A E; 2DAG A; 1VG5 A; 3GLF E; 2JY6 B; 1DO2 A; 1VEG A; 2BWB A; 2L2D A; 2KNA A; 2ZTD A; 1ZV1 A; 3BBZ A; 3E46 A; 1WJ7 A; 2L4E A; 3FRH A; 3K9O A; 2BWE A; 1Q02 A; 1WIV A; 1C7Y A; 1ZMU A; 2JZ1 A; 2MR9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SG9 A; 1WHC A; 2UUA M; 2JZ0 A; 3GPP A; 3TWM A; 4W5W A; 2UUC M; 1DGG A; 1L2D A; 1WXQ A; 1IY2 A; 3GRV A; 4AKH A; 3RFW A; 4GC9 A; 3OTO M; 1DGH A; 2DZL A; 1HT1 E; 2DI0 A; 2KZS A; 1T3T A; 2Y21 A; 3M7G A; 1Z5A A; 3B7N A; 1FNN A; 1Z59 A; 3HZJ A; 2A5Y B; 3FTC A; 1YLA A; 4I5S A; 1XWI A; 2VII A; 4MGZ E; 4QOS A; 3U61 A; 2JY5 A; 1XC8 A; 1Q39 A; 2WSC F; 2QQ8 A; 3M0E A; 4UN2 B; 1VEK A; 4LJ6 A; 3NBX X; 5C18 A; 3ZQJ A; 3UK6 A; 3SMP A; 1W5T A; 3W67 A; 1OIZ A; 2G8L A; 4GRI A; 4LG2 A; 4F2L A; 1Z5B A; 1V33 A; 2CV2 A; 1IFY A; 3IEC A; 4L15 A; 4LZJ A; 4GIP A; 4DV7 M; 3VK7 A; 3DZD A; 1TGU A; 2DAK A; 1HT2 E; 3KS8 A; 5KQ8 A; 4G6Z A; 3FUU A; 4YY3 M; 3K9P A; 3SHF A; 1VEJ A; 2DXI A; 5EP2 A; 1HQC A; 3BXW A; 2ZM6 M; 3L28 A; 1TR8 A; 2CHG A; 3PXG A; 5L8R F; 4R7G A; 2L6O A; 2I7N A; 3LQR A; 4WUR A; 5ITT A; 1OFH A; 3C3D A; 4K0K M; 1ZAE A; 1D2N A; 1YSY A; 4LFA M; 4DBG B; 7CAT A; 3HJ8 A; 2ZTC A; 2M5Z A; 3GLI A; 4IBG A; 1GAB A; 2DWN A; 3AFH A; 2CFO A; 1HNZ M; 3FUV A; 2LWX A; 3L26 A; 1NHG C; 2LBC A; 4LF9 M; 2XH9 A; 1G59 A; 4DR1 M; 1ZQ9 A; 4DR6 M; 2RKO A; 4LGM A; 5FTL A; 1HJP A; 3K1J A; 4RF1 A; 2C99 A; 3GLH A; 2XF3 A; 3SYL A; 4NSO B; 3TQS A; 5E6J A; 1N33 M; 2FS1 A; 3CF6 E; 2D7E A; 3RGS A; 5FTJ A; 3J7A S; 1R6B X; 4NRV A; 4DV3 M; 2BJW A; 4IJF A; 4CGY B; 5ITQ A; 2D7G A; 5DNY A; 5EP4 A; 4LF8 M; 1IY0 A; 4NL4 H; 2Y0Q A; 1G8P A; 1IM2 A; 2V6Z M; 3DFZ A; 4LJ9 A; 4G4R A; 3J80 S; 5ITU A; 3KP1 E; 3U5Z B; 2Y0T A; 2K9D A; 3QYE A; 3AKZ A; 1AIP C; 2C9O A; 2QP9 X; 2CRU A; 3LCV B; 1MN3 A; 2JWS A; 2LVA A; 1NNJ A; 1EIJ A; 3FYC A; 1NSF A; 2VF7 A; 1PJS A; 3B89 A; 4NC6 A; 4CIZ A; 3F92 A; 3U6D A; 2LXE A; 4MH0 E; 2L7H A; 5ITX A; 2KA6 B; 2N35 A; 1D0K A; 2EUC A; 3W0F A; 1WGL A; 2ZAO A; 1XXH E; 3SAU A; 3UJN A; 3AOG A; 2Q2E B; 2YFQ A; 4MB7 A; 2QHO B; 4GMQ A; 2CUZ A; 1VEG A; 3THG A; 2KNA A; 4RF0 A; 3ILK A; 3FD9 A; 4IBE A; 4FCV A; 4JI4 M; 4LF4 M; 1Q02 A; 2RGH A; 3T15 A; 4AG6 A; 4DV0 M; 1XMQ M; 1C7Y A; 1XHB A; 2R6F A; 2XSZ A; 3A46 A; 1PRB A; 2QSF X; 4FWG A; 4IJE A; 4BBA A; 3MK6 A; 3T1Y M; 4Q7J A; 2GNO A; 1R2Z A; 1BVS A; 3HWS A; 4GIT A; 3UGJ A; 3L25 A; 5KPZ A; 2C5R A; 1TH2 A; 3VDU A; 1QAQ A; 4I8O A; 1PGY A; 3I04 M; 5DYG A; 1N34 M; 2VQE M; 3HHX A; 4AI6 A; 2FNA A; 2QZ4 A; 2E5L M; 2LVO C; 4G4N A; 2Y20 A; 3J2P B; 3Q8X A; 1QVR A; 2J7N A; 3FTF A; 1NV9 A; 2EJS A; 3EIH A; 2F5S A; 3KDS E; 4YHH M; 1TH4 A; 3SC3 A; 3GLG E; 2LVP C; 2YQZ A; 1XNQ M; 1YE9 A; 1C1K A; 1VQ1 A; 4QHS A; 3KW6 A; 3QAU A; 1N36 M; 1JR3 A; 3FUW A; 4D81 A; 3PNV A; 4M9X A; 3AV0 A; 2VQF M; 3U5Z A; 1J5E M; 2EKF A; 1HR0 M; 4DR4 M; 3UMM A; 2GQF A; 1ORY B; 1OTR A; 2MJ5 B; 2OQ4 A; 2F5O A; 2JY7 A; 2O01 F; 3GPY A; 4RNA A; 3QYB A; 3T38 A; 3CF2 A; 3CTW B; 3A42 A; 4A3V B; 4JV5 M; 3LVV A; 1G41 A; 5GKN A; 1QAN A; 4AZF A; 1IN6 A; 4NOO B; 3HGI A; 2Z3X A; 1IBM M; 2EA0 A; 3H4J A; 2QEN A; 4X62 M; 2B3T A; 2V1U A; 4Z6Y A; 1OFI A; 4DV6 M; 5JI2 E; 4LF6 M; 1IBK M; 2K0B X; 1ZMW A; 1GO5 A; 2H5X A; 2RRU A; 3IG8 A; 5FTM A; 4KO8 A; 2DAM A; 2FOI C; 1EE8 A; 1NJF A; 4KLN A; 1XMO M; 4FCW A; 3J81 S; 4TUW A; 2D7H A; 1NV8 A; 1IN4 A; 4MGI E; 2OPF A; 2UXD M; 3VK8 A; 4MGK E; 2X4A A; 5EXX A; 2APL A; 3GO8 A; 2I7P A; 2YNM D; 3A45 A; 5JI3 E; 3E21 A; 1NY5 A; 4II7 A; 1RU3 A; 4FCT A; 4OVZ B; 1X37 A; 3FTE A; 2FH0 A; 3RE8 A; 4ITQ A; 3HHY A; 2Z4S A; 4DR2 M; 1VDL A; 3SFZ A; 2CEA A; 2F5N A; 3AL0 C; 3W68 A; 4JN6 A; 2XZU A; 1K3X A; 1I4W A; 4IBF A; 2EO2 A; 4GHA A; 4REZ A; 2KRK A; 1J7K A; 2NQ8 C; 3B9P A; 3VDP A; 1R7R A; 1PM5 A; 4NXM M; 1Y8G A; 5KPT A; 3H4M A; 3SAW A; 1N32 M; 2MH8 A; 4LRT A; 1GKI A; 3TWK A; 3K92 A; 4DUY M; 2QNJ A; 1QZM A; 2DZO B; 3J7B A; 4WP2 A; 3GP1 A; 3KFU G; 2LVN C; 1N77 A; 5KQD A; 4M0D A; 2JXN A; 1V34 A; 3KSJ A; 5FTK A; 4L6V 6; 4IBJ A; 1XNR M; 1G4A E; 2DAG A; 1E9R A; 2VDB B; 3GLF E; 3BBZ A; 3EIE A; 3FKE A; 3FTD A; 5EXP A; 1ZV1 A; 3GLF B; 2FFJ A; 2LHG A; 3SYK A; 3FRH A; 3A98 B; 1SXJ E; 4CHT B; 2XEP A; 2CE7 A; 4KT0 F; 2ZBK B; 3CF0 A; 1PJQ A; 4GC5 A; 2C98 A; 2R46 A; 2DWZ B; 5LMU M; 4P16 A; 1Z5C A; 2Z8Y M; 1K3W A; 4B7F A; 5EXT A; 1TDH A; 4QNM A; 5EQT A; 2KW0 A; 3LVW A; 3B7Q A; 1L8Q A; 2R4J A; 3WHL A; 2K6B A; 1WR1 B; 1OIP A; 4X64 M; 3C58 A; 1IN5 A; 3RGP A; 5IT9 S; 4MGY E; 2JP7 A; 1L1Z A; 4LJ7 A; 1TH3 A; 2Z4R A; 2R45 A; 3HJQ A; 4HEO A; 4LGY A; 1LV7 A; 1XXH B; 1P3Q Q; 4OVZ A; 2HHH M; 4GHL A; 4PDI A; 4AQY M; 3SHG B; 4P17 A; 3U6C A; 1QAM A; 3HX3 A; 1GLN A; 3C3E A; 3T1H M; 1HNW M; 5IRE B; 1F4I A; 4LY6 A; 4DV4 M; 3U6O A; 2X8A A; 1OAO C; 1AUA A; 1R4G A; 4OW0 A; 3SAT A; 3D8L A; 1QUS A; 4KHP M; 2LHC A; 2FE8 A; 4B3S M; 3W0L B; 2R4E A; 2DHY A; 4D80 A; 2L09 A; 2V1C A; 3PFI A; 4AG5 A; 2W82 A; 1H6U A; 2J7O A; 3KOX E; 3UZU A; 1XB2 B; 3R9X B; 3KOW E; 4LRS A; 4PCZ A; 4B3M M; 4GKK M; 1QYR A; 4I81 A; 2HWJ A; 4RKU F; 5C1B A; 1GJT A; 4JI0 M; 1KSF X; 1L2C A; 2P5T A; 1GL7 A; 1G71 A; 3U6S A; 4BLC A; 4JI5 M; 4LJ8 A; 5KPR A; 4JXJ A; 2DNA A; 3GRY A; 4B08 A; 1CUK A; 1HNX M; 4LFB M; 4LJA A; 3TL4 X; 4BB9 A; 3SAS A; 1SXJ C; 2LNH C; 3HKP A; 5H37 D; 2MRO B; 4PT5 A; 2KEB A; 2JA2 A; 4M9S A; 2DKL A; 2YR0 A; 4B3T M; 1K82 A; 2QBY B; 2XLJ A; 3GLG B; 1L1T A; 1SXJ D; 3GQ3 A; 4LJ5 A; 5FSW A; 3NBI A; 2L4F A; 2O25 A; 1MX0 A; 3L27 A; 2AHM A; 4IBK A; 1IY1 A; 2MGW A; 2DAI A; 4Y28 F; 1QZE A; 3GLI E; 2LVQ D; 5BPV A; 4M9Z A; 4G4Q A; 2G3Q A; 2RGO A; 1OKS A; 3M6A A; 5E26 A; 4R71 A; 3KOY E; 1IBL M; 2R44 A; 1KFV A; 2ZAN A; 3DOA A; 4IIW A; 3JR4 A; 1LTM A; 2ERC A; 2OOB A; 3I51 A; 4L16 A; 2DWM A; 3HU2 A; 5F3W A; 1NHW C; 2R62 A; 1OAI A; 3HHZ A; 1N75 A; 1V92 A; 3GLH E; 4LF5 M; 2G5G X; 3GRU A; 1QDT A; 3KS4 A; 4AKI A; 3SAV A; 2DAE A; 3D8B A; 3FYD A; 3FUT A; 1XXH A; 3I4Y A; 4S12 A; 3GQ5 A; 4QOZ C; 5DYI A; 1OJL A; 4L78 A; 1IXS B; 1G3I A; 3E4R A; 4B3R M; 2HCB A; 3LW5 F; 1PJJ A; 4OX9 M; 2KRU A; 4OU7 A; 3I4V A; 2C9C A; 1PJI A; 4XGI A; 3B7Z A; 2HAK A; 2F5Q A; 2XGN A; 3TPZ A; 4EIW A; 3QWL A; 1EFU B; 4LZZ A; 2DZN B; 4M0W A; 3GQ4 A; 1NO1 A; 5EP1 A; 4I4L A; 1IQP A; 1VDD A; 2EKK A; 3FE3 A; 4JI3 M; 1TDZ A; 2Z7J A; 4GKJ M; 2KZU A; 1GVN A; 2DHR A; 4AW4 A; 2JY6 B; 3IG5 A; 2M60 A; 1N78 A; 2L2D A; 3BOS A; 1I94 M; 4XBO A; 1YUB A; 2BJV A; 2L4E A; 2HKJ A; 2BWE A; 3MJ5 A; 4DR5 M; 3U6Q A; 1L2B A; 1QQW A; 1WIV A; 3B74 A; 1S3S A; 3HJS A; 4LCB A; 4G4O A; 2UUB M; 2QCU A; 1E9S A; 5KO3 A; 5ITX E; 2F4V M; 1QAO A; 1ZMU A; 2JZ1 A; 1IXZ A; 4ANR A; 2CV0 A; 4PD2 A; 1W5S A; 2DVW B; 3KXE C; 1QUT A; 2JUJ A; 4QNR A; 5EXS A; 3MHV C; 4NSR A; 2QBY A; 4ZPX A; 3GLG A; 3SMS A; 1DGF A; 1DO0 A; 4Z8X A; 3I01 M; 1NY6 A; 2XFT A; 2UU9 M; 3MMP A; 2KHH A; 2KNZ A; 2QPA A; 2WSF F; 3C9P A; 4G3O A; 3U6E A; 2J5Y A; 4DR7 M; 2R0I A; 2JNH A; 3TE6 A; 3ZH9 B; 3U6L A; 3HU3 A; 1IXR C; 3VLF B; 3K2L A; 2WSE F; 3DA1 A; 2WZJ A; 8CAT A; 1HQY E; 2C96 A; 1FJG M; 2K47 A; 1D0M A; 1NVM A; 3KSX A; 4JI1 M; 1KYI A; 4HL4 A; 3NWL A; 1E32 A; 1SXJ B; 2CV1 A; 4FVM A; 4HLQ A; 2JY8 A; 4NXN M; 1R5L A; 1IN8 A; 3HY5 A; 4F1I A; 1IXS A; 1Q3C A; 2DEN A; 3GPX A; 4LJ4 A; 5BR8 M; 4CIS A; 3L29 A; 4QHT A; 3AOE C; 2O5R A; 4IBI A; 4AKG A; 1J09 A; 3WHK A; 1Z6T A; 4JI7 M; 4DV5 M; 2R65 A; 4JYA M; 1JQJ C; 1MU5 A; 5FTN A; 3GPU A; 4FWD A; 2R18 A; 1JR3 E; 3IHP A; 3T6P A; 4IBB A; 3VKH A; 3AOE A; 5EJC A; 5LMN M; 4R3D A; 5ITY A; 4X66 M; 1NJG A; 4MGH A; 2UXB M; 3U60 B; 2H1R A; 1GL6 A; 2OOA A; 3JR5 A; 2LTU A; 3KOZ E; 3L2A A; 5ITR A; 2VF8 A; 1R2Y A; 1JB0 F; 1DGH B; 5IZ7 D; 3E9S A; 3FUX A; 3LQQ A; 4IBD A; 1D0L A; 4GEW A; 1DV0 A; 3KP0 E; 1ZMV A; 1QDR A; 1UFZ A; 2CP8 A; 4DUZ M; 4DV1 M; 3R8F A; 4LF7 M; 4NRW A; 2X49 A; 1DGB A; 1T6O A; 3ZCB B; 4JI2 M; 3LCU A; 3PNY A; 3ZC7 B; 4XK8 F; 3U61 B; 2CHV A; 2L7I A; 3JAM S; 1T43 A; 2CWB A; 2LH0 A; 1A5T A; 2ZAM A; 3VFD A; 4JI6 M; 3FRI A; 3LMM A; 2HL7 A; 2XZF A; 2XSZ D; 2OO9 A; 3HU1 A; 4FWH A; 2DWL A; 3VKG A; 1WGN A; 3GLF A; 3AJI B; 1PJT A; 5A2Q S; 3Q8G A; 3K8Z A; 4IBC A; 3U6P A; 4KOD A; 1IN7 A; 1TTE A; 4JI8 M; 2KXE A; 2F5P A; 1SXJ A; 4B7H A; 1NNU C; 1OQY A; 3GRR A; 2KNV A; 4DR3 M; 2KDL A; 5IWA M; 4B7G A; 3HHW A; 4L8R C; 4CJ6 A; 4L4U A; 1UM8 A; 2UXC M; 1GJS A; 5DFL A; 5EP3 A; 3GLI B; 4DV2 M; 1E94 E; 3SAR A; 1VG5 A; 4FD2 A; 3CGW A; 4D82 A; 1DO2 A; 2ZTD A; 2BWB A; 3E46 A; 4GH9 A; 4WW0 A; 5FLX S; 4X65 M; 1WJ7 A; 3K9O A; 2CHQ A; 3V76 A; 4MM3 B; 1Q3B A; 2BNK A; 1JR3 D; 3GLH B; 3TWL A; 4PDG A; 3SBJ A; 2XFS A; 3U6M A; 3PVS A; 3J27 B; 1TF0 B; 1MJG M; 2MR9 A; 4LFC M; 4FW9 A; 3KVW A; 3U60 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1SG9 A; 1WHC A; 2JZ0 A; 2JUJ A; 4Q7J A; 1BVS A; 1DO0 A; 2DZL A; 1WR1 B; 2QSF X; 1HT1 E; 2DI0 A; 2JP7 A; 3MMP A; 2KHH A; 1PGY A; 2KNZ A; 4G3O A; 4HEO A; 1P3Q Q; 2LVO C; 2R0I A; 2JNH A; 1NV9 A; 1YLA A; 2EJS A; 2WZJ A; 1HQY E; 2JY5 A; 3GLG E; 2LVP C; 1KYI A; 1VEK A; 4UN2 B; 1F4I A; 1R4G A; 1VQ1 A; 2JY8 A; 4F2L A; 2EKF A; 2DHY A; 4F1I A; 3IEC A; 1OTR A; 2MJ5 B; 1IFY A; 1IXS A; 2DEN A; 2JY7 A; 2DAK A; 1XB2 B; 1HT2 E; 1G41 A; 3K9P A; 2HWJ A; 1VEJ A; 1TR8 A; 3H4J A; 1JR3 E; 2B3T A; 3IHP A; 3T6P A; 2DNA A; 4DBG B; 1CUK A; 2ZTC A; 5JI2 E; 2K0B X; 1ZMW A; 1GO5 A; 2H5X A; 2OOA A; 2RRU A; 2MRO B; 2LBC A; 2DKL A; 2DAM A; 2LTU A; 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