The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
57
|
structure length |
57
|
Chain Sequence |
MSLAPEADLDSLIIRNDSLSGAVIAAIMQEAGLRAVRKNRYVILQSDLEEAYATQVK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| publication title |
Structural basis for the recognition between the regulatory particles Nas6 and Rpt3 of the yeast 26S proteasome
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Probable 26S proteasome regulatory subunit p28
|
| total genus |
17
|
| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| chains with identical sequence |
D, F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-09-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LV7 A; 2HCB A; 3BOS A; 4KLN A; 5EP3 A; 3CF2 A; 2CEA A; 2DVW B; 1NJF A; 4LZZ A; 5EXT A; 4L16 A; 1JQJ C; 2C96 A; 5FTK A; 3M0E A; 4D80 A; 4LJ6 A; 3H4M A; 3MHV C; 3WHL A; 3ZH9 B; 2CHV A; 1W5S A; 1IXR C; 1XXH A; 4FCW A; 1JR3 A; 1HT1 E; 4KOD A; 3KDS E; 1SXJ C; 2R62 A; 3VLF B; 1G41 A; 3WHK A; 1FNN A; 3U61 B; 1XXH B; 4L4U A; 1NY6 A; 4QHT A; 2CHQ A; 4FCT A; 3SYL A; 4LY6 A; 3SYK A; 1G3I A; 3KW6 A; 2ZAO A; 1IY1 A; 3CF0 A; 2XSZ A; 1HT2 E; 1NSF A; 4A3V B; 4WW0 A; 1KSF X; 2BJW A; 2VII A; 3K1J A; 5FTN A; 4QNR A; 2ZAM A; 2DZO B; 1J7K A; 3VFD A; 5DYG A; 4LJ5 A; 3GLG B; 3EIH A; 4LJ4 A; 5JI2 E; 1L8Q A; 5EXX A; 2QEN A; 1OJL A; 5EQT A; 4GIT A; 1IN7 A; 1G4A E; 2KRK A; 5FTM A; 3M6A A; 2DZN B; 4L15 A; 4QOS A; 2C9O A; 4Z8X A; 2RKO A; 2BJV A; 5EP4 A; 4QHS A; 5EXP A; 1IN8 A; 1D2N A; 1SXJ A; 1QZM A; 1X37 A; 4LJ8 A; 3GLF A; 1IM2 A; 1XWI A; 1JR3 D; 1IN5 A; 1IXZ A; 1R7R A; 2QBY A; 1NJG A; 1SXJ B; 4FCV A; 2C99 A; 4JN6 A; 4FWH A; 1IY0 A; 3AJI B; 3GLF B; 4KO8 A; 3R8F A; 2QP9 X; 3D8B A; 4I81 A; 3SC3 A; 1NVM A; 1IY2 A; 4D82 A; 4LJ9 A; 1IN4 A; 3EIE A; 1W5T A; 1HQC A; 1KYI A; 1C1K A; 3PFI A; 4I4L A; 4LCB A; 2C9C A; 2R65 A; 4EIW A; 1OFH A; 5EP2 A; 2V1U A; 4QNM A; 1QVR A; 3U5Z B; 5DYI A; 5FTJ A; 2CE7 A; 4FD2 A; 3HU2 A; 2Z4S A; 1IQP A; 1DO2 A; 2DHR A; 2QPA A; 3HU3 A; 5C1B A; 3GLI A; 5EXS A; 1S3S A; 2DWZ B; 3U60 B; 1IN6 A; 2C98 A; 2QZ4 A; 3UK6 A; 5JI3 E; 4ZPX A; 1IXS B; 3HU1 A; 4FWD A; 3GLI B; 4LRT A; 2FNA A; 5FTL A; 2QBY B; 4LRS A; 4FW9 A; 1SXJ E; 2ZAN A; 1OFI A; 1E32 A; 1R6B X; 2X8A A; 2V6Z M; 4LJA A; 5EP1 A; 3HWS A; 3PVS A; 4D81 A; 2CHG A; 3GLH A; 5C18 A; 4FWG A; 1SXJ D; 1DO0 A; 1HQY E; 1NY5 A; 2XSZ D; 3DZD A; 3GLG A; 2Z4R A; 3GLH B; 4LJ7 A; 1UM8 A; 3B9P A; 1E94 E; 3PXG A; 4LGM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JY8 A; 1ZQ9 A; 2DNA A; 4M9S A; 3U6S A; 1TF0 B; 3ZCB B; 1N36 M; 4L6V 6; 4PT5 A; 1QAM A; 2DVW B; 1VEG A; 3KOY E; 4GRI A; 4I5S A; 4LZZ A; 4S12 A; 4XK8 F; 2N35 A; 2HKJ A; 3PNY A; 2LWX A; 2XF3 A; 3MHV C; 2JY6 B; 8CAT A; 4AW4 A; 4AI6 A; 1TDH A; 1W5S A; 2WSF F; 3GRU A; 4FCW A; 4ANR A; 3AOE A; 3FD9 A; 2MR9 A; 1OAI A; 2R62 A; 1GL7 A; 1G41 A; 3VLF B; 1FNN A; 1VEK A; 1ZMU A; 2LNH C; 2DWM A; 2FE8 A; 2LVP C; 2R4E A; 4FCT A; 3JR5 A; 1Z59 A; 3HHY A; 4AKI A; 2HAK A; 4R3D A; 4G4Q A; 2JZ0 A; 4IJE A; 1HT2 E; 1NSF A; 4DV4 M; 1PM5 A; 1VQ1 A; 1LTM A; 1MU5 A; 1YUB A; 1TH2 A; 4IBE A; 2DAK A; 4G4O A; 1OAO C; 2Y0Q A; 1G71 A; 3CTW B; 3EIH A; 3AL0 C; 3SMS A; 1L8Q A; 2UXB M; 3C3D A; 5E6J A; 5EXX A; 3H4J A; 1L2B A; 1GJS A; 4K0K M; 3C9P A; 5FSW A; 4CJ6 A; 5L8R F; 2H1R A; 2KA6 B; 3E21 A; 3I04 M; 1TH4 A; 1D0K A; 3T1H M; 4GMQ A; 3U60 A; 1QYR A; 3PNV A; 1N32 M; 2BJV A; 4NRW A; 2KXE A; 3U6C A; 1SXJ A; 2MRO B; 4GC5 A; 4X64 M; 4LJ8 A; 1MJG M; 1WGN A; 4HEO A; 1G59 A; 3HJQ A; 2QBY A; 1ZV1 A; 4RF0 A; 1NJG A; 1SXJ B; 4DR5 M; 2G5G X; 3AJI B; 4DR7 M; 3D8B A; 4I81 A; 3SHG B; 1HJP A; 2VDB B; 1FJG M; 1IY2 A; 3E9S A; 4D82 A; 1OQY A; 4LFB M; 4DR3 M; 2L7I A; 3LW5 F; 1C1K A; 1QAN A; 1XHB A; 2R44 A; 4I4L A; 5KPZ A; 1OTR A; 4QNM A; 4IBD A; 2CP8 A; 3I4Y A; 5KQ8 A; 1C7Y A; 4OX9 M; 1V34 A; 1Z6T A; 5DYI A; 2J7N A; 2R6F A; 5FTJ A; 4CIS A; 1XMO M; 2Z4S A; 3Q8X A; 1DO2 A; 3BXW A; 4B7F A; 3TPZ A; 2BWE A; 1I4W A; 3K92 A; 3DA1 A; 2LHG A; 4GHA A; 3U6L A; 2XFS A; 3L29 A; 1TH3 A; 1L2D A; 2QQ8 A; 2E5L M; 1VG5 A; 2GNO A; 1IXS B; 3AOE C; 4FWD A; 2CV0 A; 4Y28 F; 4LRT A; 1HNZ M; 2LVQ D; 3KOX E; 3R9X B; 2F5S A; 4NSO B; 2JA2 A; 2FNA A; 1PJS A; 1R4G A; 3I51 A; 4MM3 B; 2LVO C; 1L2C A; 4LRS A; 2KDL A; 4X66 M; 4LF6 M; 4JI7 M; 1OFI A; 2V6Z M; 2KZS A; 2APL A; 4II7 A; 4D81 A; 4PCZ A; 3I4V A; 5C18 A; 5FLX S; 1DO0 A; 1TDZ A; 2NQ8 C; 2KNZ A; 4CGY B; 1IFY A; 2Z4R A; 4LJ7 A; 3SAV A; 3B9P A; 4IBB A; 4MGI E; 5KPR A; 4LF9 M; 2Y20 A; 4LGM A; 1GVN A; 1PGY A; 3FTF A; 1LV7 A; 4KLN A; 3BOS A; 3HHZ A; 5IT9 S; 3J7B A; 5EP3 A; 3TWL A; 3GRY A; 2C5R A; 1R5L A; 1RU3 A; 4IBC A; 3VKH A; 1JQJ C; 3LMM A; 4BLC A; 5ITQ A; 3M0E A; 2ZM6 M; 4PD2 A; 2Z7J A; 3WHL A; 3V76 A; 2RGO A; 4REZ A; 5F3W A; 3ZC7 B; 3U61 A; 1HT1 E; 4NRV A; 3KDS E; 2JP7 A; 1SXJ C; 3SHF A; 4DV0 M; 3WHK A; 1VEJ A; 3UJN A; 3U61 B; 2CHQ A; 2X4A A; 4WP2 A; 2EUC A; 4LFA M; 4YY3 M; 2UXD M; 3SMP A; 2KNA A; 4BB9 A; 3SYK A; 3SAS A; 3GLH E; 3U6M A; 4AG5 A; 3GQ4 A; 3KW6 A; 1IY1 A; 2JZ1 A; 4A3V B; 2EO2 A; 4DV7 M; 4PDG A; 2BJW A; 3I01 M; 4P16 A; 1XNQ M; 3Q8G A; 2QHO B; 3T38 A; 5ITT A; 3E46 A; 3SAU A; 1PJQ A; 3DFZ A; 2B3T A; 1E9S A; 3NBI A; 2DAE A; 2KNV A; 2ZAM A; 3VFD A; 1OIP A; 4JI2 M; 4RF1 A; 1MN3 A; 3IG5 A; 4B3T M; 4DR1 M; 2QEN A; 5EQT A; 4JI0 M; 1G8P A; 1DGF A; 5ITY A; 3F92 A; 5FTM A; 1PJT A; 3M6A A; 4XGI A; 2DI0 A; 1Z5B A; 4Z8X A; 1WXQ A; 4IIW A; 3TL4 X; 1GL6 A; 3T1Y M; 1XXH E; 1A5T A; 3FE3 A; 2D7H A; 3BBZ A; 3IG8 A; 1D2N A; 3VDU A; 5DFL A; 1QDT A; 1IM2 A; 1XWI A; 1IN5 A; 2FOI C; 1WJ7 A; 5H37 D; 2FS1 A; 4R7G A; 4JN6 A; 2L2D A; 4FWH A; 2VQE M; 3B74 A; 3THG A; 1ZMV A; 3SC3 A; 2MGW A; 3AOG A; 1F4I A; 2JY5 A; 3GQ5 A; 4CIZ A; 1HQC A; 1KYI A; 3J2P B; 2XZF A; 1QAO A; 4LCB A; 3U5Z A; 2R65 A; 4JI3 M; 3TE6 A; 4EIW A; 2V1U A; 1H6U A; 2RGH A; 2O5R A; 1GLN A; 2P5T A; 3U5Z B; 2OO9 A; 4OU7 A; 1XMQ M; 3W68 A; 3U6O A; 4X65 M; 3SFZ A; 4FD2 A; 3HU2 A; 5ITU A; 3L26 A; 2DHR A; 1VDL A; 5ITR A; 3CF6 E; 3MK6 A; 3GLI A; 4AQY M; 1HNX M; 2UUC M; 4FVM A; 3D8L A; 4RKU F; 3U60 B; 4Z6Y A; 2YR0 A; 4ZPX A; 1YLA A; 3HU1 A; 4IBJ A; 1T6O A; 4WUR A; 3GLI B; 4IBG A; 3FTC A; 2M5Z A; 3HHW A; 3K9P A; 3M7G A; 5FTL A; 4IJF A; 5ITX A; 2CV2 A; 2QBY B; 3K2L A; 1EIJ A; 4LJA A; 1E32 A; 3SBJ A; 4LFC M; 1QUT A; 3HWS A; 2JWS A; 1IBM M; 2CHG A; 3GLH A; 2MJ5 B; 4F1I A; 3C3E A; 3KOZ E; 4JI6 M; 1KFV A; 1NY5 A; 3B7Q A; 3U6E A; 2Y0T A; 3GLH B; 4YHH M; 4NC6 A; 3GPP A; 3UGJ A; 2K9D A; 3A98 B; 4DV5 M; 1E94 E; 2LVA A; 1YSY A; 3FTD A; 4LF4 M; 1DGG A; 2DEN A; 2XGN A; 3T15 A; 2HCB A; 1I94 M; 3HX3 A; 3L2A A; 1N75 A; 1GKI A; 2KEB A; 3QYE A; 2Z3X A; 4DUZ M; 5A2Q S; 2XFT A; 4M0D A; 3TQS A; 2DWN A; 3KS4 A; 1NJF A; 2LH0 A; 1WHC A; 1CUK A; 2XZU A; 4DR4 M; 4Q7J A; 1E9R A; 2A5Y B; 2DHY A; 4D80 A; 3JAM S; 1GO5 A; 2LXE A; 3H4M A; 2OOA A; 3ZH9 B; 1NHG C; 2F5Q A; 1IXR C; 4HLQ A; 2UXC M; 1XXH A; 3HZJ A; 2JNH A; 2OQ4 A; 4KOD A; 1BVS A; 2ERC A; 1XXH B; 4L4U A; 4QHT A; 2F5O A; 3L27 A; 3E4R A; 3GRV A; 4LY6 A; 2F5P A; 1QAQ A; 4M9X A; 1DGB A; 3GPU A; 2LBC A; 2Q2E B; 1WR1 B; 2YNM D; 4LF5 M; 3CF0 A; 2VF8 A; 2XSZ A; 3DOA A; 4MGH A; 3GLG E; 4IBF A; 2JUJ A; 1KSF X; 4LZJ A; 4DR2 M; 3HJ8 A; 4DV1 M; 1N33 M; 2HWJ A; 4MB7 A; 5FTN A; 3GPY A; 1L1T A; 4QNR A; 3VK8 A; 1K82 A; 3GRR A; 1QUS A; 2DZO B; 1J7K A; 3LQQ A; 3KVW A; 3MJ5 A; 4KT0 F; 2CFO A; 5DYG A; 1J5E M; 2L4F A; 2DAG A; 3QWL A; 4R71 A; 1WIV A; 3GLI E; 4AG6 A; 3UMM A; 4MGK E; 2X49 A; 3J80 S; 3HKP A; 3JR4 A; 1XC8 A; 4LG2 A; 1R2Z A; 4B3R M; 1G4A E; 2KRK A; 2VF7 A; 1K3W A; 3J81 S; 4L15 A; 4BBA A; 2CWB A; 2K0B X; 5ITX E; 2OOB A; 4G3O A; 3GQ3 A; 1IBL M; 2RKO A; 4B08 A; 2K6B A; 3FTE A; 2KW0 A; 3B7Z A; 5EXP A; 3QYB A; 1IN8 A; 4NSR A; 4TUW A; 4P17 A; 1NV9 A; 1Z5C A; 2CRU A; 2EKK A; 2JXN A; 1JR3 D; 3IEC A; 1IXZ A; 4GH9 A; 5GKN A; 3R8F A; 1Q3C A; 4KO8 A; 2F5N A; 1PRB A; 4M0W A; 1MX0 A; 4NL4 H; 1XNR M; 4W5W A; 2CUZ A; 3EIE A; 2I7P A; 2R46 A; 1W5T A; 3HY5 A; 3AFH A; 4PDI A; 2XH9 A; 2UUB M; 1OFH A; 4AKG A; 4DR6 M; 1QVR A; 2HL7 A; 3GPX A; 1P3Q Q; 3OTO M; 3A45 A; 2D7E A; 1SG9 A; 2KHH A; 3FKE A; 1ZMW A; 1T3T A; 3ILK A; 1IQP A; 1T43 A; 5C1B A; 4DV2 M; 3FUV A; 1V33 A; 1D0L A; 1NHW C; 5EXS A; 3VKG A; 1AIP C; 1S3S A; 2DWZ B; 4B7G A; 4CHT B; 2C98 A; 2QZ4 A; 4GEW A; 5JI3 E; 3J7A S; 3B7N A; 3MMP A; 1NO1 A; 3FUW A; 1N77 A; 2M60 A; 4QOZ C; 2YFQ A; 1EE8 A; 3NWL A; 1IBK M; 2QCU A; 4FW9 A; 2ZAN A; 3A42 A; 2LTU A; 5EJC A; 3GLF E; 3VDP A; 3VK7 A; 2Y21 A; 1PJI A; 1HQY E; 3U6D A; 2XSZ D; 3GLG A; 3DZD A; 2I7N A; 2V1C A; 3KP1 E; 2WSE F; 4JI1 M; 3RFW A; 1YE9 A; 1Q39 A; 2F4V M; 3PXG A; 3GLG B; 3SAT A; 4GKK M; 2LVN C; 4B3M M; 3KOW E; 5E26 A; 1OKS A; 2BNK A; 3CF2 A; 2CEA A; 2QSF X; 5EXT A; 2R4J A; 2LHC A; 5IWA M; 4L16 A; 2C96 A; 1NV8 A; 3L25 A; 1D0M A; 3A46 A; 4L8R C; 2ZBK B; 5FTK A; 4JI5 M; 4DBG B; 2ZTD A; 4LJ6 A; 1N78 A; 2R0I A; 1OIZ A; 2QNJ A; 3AV0 A; 5IRE B; 2CHV A; 4GHL A; 1JR3 A; 2L09 A; 4NXN M; 2H5X A; 4OW0 A; 7CAT A; 3KP0 E; 3LCV B; 5DNY A; 1QQW A; 4F2L A; 4DV3 M; 1NY6 A; 3LVV A; 3GP1 A; 4LF8 M; 2O01 F; 3SYL A; 3SAW A; 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