The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
287
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sequence length |
983
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structure length |
934
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Chain Sequence |
HAPVVAARLRNIWPKFPKWLHEAPLAVAWEVTRLFMHCKVDLEDESLGLKYDPSWSTARDVTDIWKTLYRLDAFRGKPFPEKPPNDVFVTAMTGNFESKGSAVVLSAVLDYNPDNSPTAPLYLVKLKPLMFEQGCRLTRRFGPDRFFEILIPSPTSTSPSVPPVVSKQPAAVEEVIQWLTMGQHSLVGRQWRAFFAKDAGPKPIIKERVHFFAETGITFRPDVFQRTEFKVSQMLDWLLQLDNNTWQPHLKLFSRIQLGLSKTYAIMTLEPHQIRHHKTDLLSPSGTGEVMNDGVGRMSRSVAKRIRDVLGLGDVPSAVQGRFGSAKGMWVIDVDDTGDEDWIETYPSQRKWECDFVDKHQRTLEVRSVASELKSAGLNLQLLPVLEDRARDKVKMRQAIGDRLINDLQRQFSEQKHALNRPVEFRQWVYESYSSRATRVSHGRVPFLAGLPDSQEETLNFLMNSGFDPKKQKYLQDIAWDLQKRKCDTLKSKLNIRVGRSAYIYMIADFWGVLEENEVHVGFSSKFRDEEESFTLLSDCDVLVARSPAHFPSDIQRVRAVFKPELHSLKDVIIFSTKGDVPLAKKLSGGDYDGDMAWVCWDPEIVDGFVNAEMPLEPDLSRYLKKDKTTFKQLMASHGTGSAAKEQTTYDMIQKSFHFALQPNFLGMCTNYKERLCYINNSVSNKPAIILSSLVGNLVDQSKQGIVFNEASWAQLRRELLGGALSLPDPMYKSDSWLGRGEPTHIIDYLKFSIARPAIDKELEAFHNAMKAAKDTEDGAHFWDPDLASYYTFFKEISDKSRSSALLFTTLKNRIGEVEKEYGRDPYPVRVNQVYEKWCAITPSKVIRLLELSFLADREMNTWALLRASTAFKLYYHKSPKFVWQMAGRQLAYIKAQMTSRPGEGAPALMTAFMYAGLMPDKKFTKQYVARLEG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of an Rnai Polymerase Links RNA Silencing and Transcription.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Neurospora crassa
|
| total genus |
287
|
| structure length |
934
|
| sequence length |
983
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-10-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05183 | RdRP | RNA dependent RNA polymerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2J7O A; 2J7N A; 5FSW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VEG A; 1OJL A; 2CHV A; 4GHA A; 2QNJ A; 2F5S A; 2RGO A; 4MM3 B; 3R9X B; 1L2D A; 1G3I A; 3U6L A; 1OQY A; 3SAS A; 3J2P B; 2G3Q A; 4K0K M; 2I7N A; 5ITR A; 2O01 F; 1WGL A; 3TE6 A; 4M9S A; 3SMS A; 3VDU A; 1HNX M; 1IN5 A; 1DO0 A; 2DWM A; 1PM5 A; 1AUA A; 2JA2 A; 4L4U A; 1GJS A; 4MGK E; 2ZAN A; 1GAB A; 3DA1 A; 3TWK A; 4P17 A; 1R6B X; 2UUA M; 4CHT B; 3U6O A; 3A45 A; 2CP8 A; 3HHX A; 2DWN A; 3DOA A; 4IBF A; 4FVM A; 1XNR M; 4AI6 A; 4X65 M; 1QAN A; 4JI1 M; 1I94 M; 2VF8 A; 2VII A; 1V34 A; 2QPA A; 3LQQ A; 2E5L M; 3TWL A; 2RRU A; 3GLG A; 5F3W A; 2EKF A; 3T6P A; 1WIV A; 1IN4 A; 2L2D A; 4CGY B; 1DGH B; 1GKI A; 3HZJ A; 4B3R M; 5IT9 S; 2DZO B; 3L25 A; 1R2Y A; 2DI0 A; 1Z5C A; 4IBI A; 1T3T A; 1PJI A; 1YSY A; 4RF1 A; 4LF7 M; 2FS1 A; 4FWD A; 1NO1 A; 1S3S A; 2KW0 A; 5JI2 E; 2FH0 A; 1ZQ9 A; 4FD2 A; 1IY2 A; 1HT2 E; 1PGY A; 3B7Q A; 1JR3 A; 2KRU A; 3FYD A; 4NSR A; 2Y0Q A; 1DGG A; 2LVN C; 4OVZ B; 5FTJ A; 3SC3 A; 2H1R A; 4GC9 A; 4NXM M; 3THG A; 4GIP A; 1IXS A; 1KSF X; 1SXJ E; 3KOY E; 4NC6 A; 2UXD M; 2DAG A; 2DNA A; 3K92 A; 1QQW A; 2LVO C; 3AOE C; 3HKP A; 4LFA M; 1N36 M; 3UMM A; 1AIP C; 3GPU A; 3NBX X; 1SG9 A; 3ILK A; 4RKU F; 1R2Z A; 4R71 A; 3EIH A; 3HJQ A; 3JR5 A; 3F92 A; 1UM8 A; 4LJ4 A; 4G4R A; 1XB2 B; 1MU5 A; 1NY5 A; 4II7 A; 3IG5 A; 1VQ1 A; 4D81 A; 4X62 M; 2LTU A; 5A2Q S; 2HWJ A; 3JR4 A; 4WW0 A; 2G5G X; 5JI3 E; 3NWL A; 3U5Z B; 3TPZ A; 4G6Z A; 2D7G A; 2FE8 A; 4M0W A; 2YQZ A; 4JI3 M; 4DV0 M; 4GH9 A; 1QAO A; 2UUC M; 2DHR A; 3A42 A; 2OQ4 A; 3HJ8 A; 4A3V B; 2CUZ A; 4OU7 A; 2EJS A; 2R0I A; 2WSC F; 4FCV A; 3U6S A; 4YHH M; 1XC8 A; 4NSO B; 3J7A S; 3SBJ A; 4JXJ A; 3PNY A; 2X8A A; 1PRB A; 2D7H A; 2QZ4 A; 2LXE A; 2JP7 A; 3WHK A; 3TWM A; 3SAU A; 2ERC A; 3FUX A; 4LJ8 A; 4GKJ M; 3MK6 A; 4IBB A; 1E94 E; 1NV9 A; 5EP4 A; 3T38 A; 4IBD A; 4MH0 E; 1KFV A; 2ZTD A; 1Q3B A; 2CFO A; 2K47 A; 4F2L A; 1PJJ A; 1NV8 A; 3VKG A; 2BWE A; 5IRE B; 1IBK M; 2XZF A; 2J7N A; 3FTE A; 2C98 A; 4RF0 A; 2LVA A; 3MMP A; 4IIW A; 2CRU A; 2KNA A; 4LRT A; 3TQS A; 4DR3 M; 4GHL A; 1N75 A; 1XXH B; 2C96 A; 2Y0T A; 1IN8 A; 1GJT A; 3FUU A; 2KHH A; 3KOX E; 4NL4 H; 1OFI A; 1OIZ A; 3QYE A; 2C9C A; 3A46 A; 4NRW A; 3SHF A; 3ZQJ A; 2UU9 M; 4TUW A; 4Z6Y A; 2A5Y B; 3HHY A; 1FJG M; 5EQT A; 1Q3C A; 2AHM A; 5ITT A; 4LF4 M; 2K9D A; 1D0K A; 1UFZ A; 4DV1 M; 3RGP A; 5ITX A; 4G4Q A; 1HQC A; 3U60 B; 1VDD A; 1WHC A; 3LCU A; 4G4N A; 2Z8Y M; 2DWL A; 3CF2 A; 2ZAM A; 1GLN A; 2CHG A; 5BR8 M; 2R46 A; 1Z59 A; 2WSE F; 4JV5 M; 3E9S A; 1R5L A; 4R7G A; 2V1C A; 4HEO A; 3U61 A; 2ZTC A; 1SXJ A; 1HR0 M; 3TL4 X; 3VK7 A; 3J81 S; 3SAW A; 2Y20 A; 2VF7 A; 1QZM A; 2MGW A; 3GO8 A; 1VEK A; 3SAT A; 3I4V A; 3W67 A; 1K3W A; 1JQJ C; 1N34 M; 2Z7J A; 3GQ4 A; 2YNM D; 2JY8 A; 1IM2 A; 3AV0 A; 4PDI A; 3T15 A; 2R65 A; 3AKZ A; 2ZAO A; 2QHO B; 1W5S A; 3SAV A; 1ZMU A; 2J5Y A; 4CIS A; 3GLI E; 2XF3 A; 2D7E A; 3B74 A; 3AJI B; 1K3X A; 3HU3 A; 3FTF A; 2CEA A; 3BOS A; 4QNM A; 1ZMW A; 1LTM A; 2MR9 A; 2YR0 A; 4L16 A; 3J80 S; 5C18 A; 1D0M A; 2KXE A; 1Z5A A; 1WR1 B; 3LMM A; 3DFZ A; 2UXB M; 2OOB A; 3E46 A; 2DXI A; 1PJQ A; 2DAM A; 3VLF B; 3LCV B; 1L2B A; 3FYC A; 4LF6 M; 1VEJ A; 3HJS A; 4LG2 A; 1IY1 A; 3W68 A; 1MJG M; 4KHP M; 4LJ9 A; 3R8F A; 2QCU A; 4WP2 A; 1XNQ M; 1G59 A; 2CV1 A; 2HAK A; 1DV0 A; 1L8Q A; 5FLX S; 4DV4 M; 1ORY B; 5EXT A; 2KDL A; 3RE8 A; 4PD2 A; 2OPF A; 1T43 A; 4MGZ E; 4IJE A; 1MX0 A; 4IBC A; 2EA0 A; 1VDL A; 1JB0 F; 2L6O A; 4JYA M; 2I7P A; 4P16 A; 4I81 A; 3VDP A; 3M7G A; 3FRH A; 4F1I A; 2GQF A; 4DR2 M; 2BJV A; 2LVQ D; 2WZJ A; 1GVN A; 1N77 A; 2EO2 A; 1H6U A; 3ZCB B; 3T1H M; 2VQE M; 1FNN A; 3U6E A; 3KVW A; 2V1U A; 2L7I A; 3CTW B; 1J09 A; 5ITX E; 3SAR A; 1XXH E; 3L2A A; 3B7Z A; 4EIW A; 3GLG B; 1DGH A; 4PT5 A; 4DR1 M; 1DGF A; 4DUY M; 1QYR A; 2L7H A; 3AFH A; 4JI5 M; 2JZ0 A; 1SXJ C; 1V92 A; 7CAT A; 1YE9 A; 1L1T A; 4IBK A; 1D0L A; 1EE8 A; 1E9R A; 3SMP A; 3GPX A; 4DR4 M; 3J7B A; 1OKS A; 1IXZ A; 3I4Y A; 2GNO A; 4Y28 F; 5KO3 A; 2R4J A; 4AW4 A; 3Q8G A; 2KZS A; 4QHT A; 2N35 A; 2KNZ A; 1A5T A; 4PDG A; 1T6O A; 1XMO M; 2F4V M; 2RGH A; 2G8L A; 1EFU B; 1L2C A; 1EIJ A; 1ZAE A; 2M60 A; 2R62 A; 4ZPX A; 5EXX A; 2BJW A; 3IEC A; 5ITU A; 3I51 A; 1I4W A; 3C58 A; 3FUT A; 3BXW A; 1HQY E; 3VKH A; 3H4M A; 2DAE A; 3E4R A; 1F4I A; 1QUS A; 2OOA A; 4HL4 A; 4L15 A; 2JY6 B; 1QUT A; 3RGS A; 1TGU A; 3ZH9 B; 2XZU A; 2BNK A; 3PNV A; 2CHQ A; 4GRI A; 2QBY B; 3GLI B; 5IZ7 D; 5IWA M; 1MN3 A; 4R3D A; 1QDT A; 3K9O A; 5KQD A; 3I01 M; 4B7G A; 1NHW C; 2FOI C; 4AG6 A; 3C9P A; 1XMQ M; 2Z4R A; 2B3T A; 1HJP A; 2KNV A; 5EP3 A; 1R7R A; 1C1K A; 1X37 A; 2CWB A; 4G4O A; 1N32 M; 4B3T M; 3IHP A; 3PFI A; 1G71 A; 4IBG A; 3A98 B; 3KSJ A; 4BLC A; 2XH9 A; 4B3S M; 2XSZ D; 1NHG C; 4DV6 M; 4GKK M; 1G41 A; 2O5R A; 4LCB A; 4UN2 B; 3GLH B; 4BBA A; 2R6F A; 3K8Z A; 4GC5 A; 5LMN M; 3D8B A; 1TF0 B; 3L28 A; 2Q2E B; 1XXH A; 2K0B X; 3PVS A; 2LWX A; 3U6M A; 5LMU M; 1W5T A; 4W5W A; 4XGI A; 2VQF M; 4WUR A; 1TR8 A; 5GKN A; 1TH4 A; 4I8O A; 2Y21 A; 2JNH A; 5DNY A; 2KA6 B; 1TDZ A; 1J5E M; 3V76 A; 3U6C A; 2V6Z M; 1P3Q Q; 2XFS A; 1CUK A; 1NY6 A; 2ZBK B; 3J27 B; 3KOW E; 4QOS A; 3SYL A; 3W0F A; 1BVS A; 1G8P A; 5FTM A; 3B89 A; 1Q39 A; 3CF6 E; 4L8R C; 1QAM A; 3HU2 A; 3HY5 A; 3UK6 A; 4QNR A; 2XGN A; 3GP1 A; 2UUB M; 1NVM A; 4B08 A; 2QSF X; 1IBM M; 3KOZ E; 2L4F A; 2NQ8 C; 3U61 B; 1YUB A; 3FTC A; 1SXJ B; 1Z5B A; 4IBJ A; 4I5S A; 4LFB M; 5EJC A; 2XLJ A; 3BBZ A; 1QDR A; 3QYB A; 2L4E A; 4G3O A; 1TH2 A; 3L27 A; 1YLA A; 3W0L B; 3KDS E; 1HNZ M; 2UXC M; 3GLF B; 3PXG A; 1WXQ A; 5EP2 A; 3I04 M; 2RKO A; 4FW9 A; 5ITQ A; 4Q7J A; 2JUJ A; 4X66 M; 3UJN A; 4XK8 F; 1NNJ A; 1SXJ D; 2HL7 A; 4DUZ M; 1G4A E; 3KS4 A; 4QHS A; 4AG5 A; 3GRR A; 2WSF F; 1GO5 A; 1QZE A; 1J7K A; 2LHG A; 3MHV C; 5BPV A; 4LJA A; 3GPP A; 5KPZ A; 3M6A A; 4IJF A; 4Z8X A; 3SYK A; 2HHH M; 4M0D A; 2QQ8 A; 2K6B A; 2QP9 X; 4JI8 M; 1IFY A; 2OO9 A; 2KRK A; 2VDB B; 3E21 A; 4I4L A; 3IG8 A; 2C5R A; 4D80 A; 5DYG A; 4D82 A; 1OAO C; 5KQ8 A; 1NJG A; 2R45 A; 4PCZ A; 2LVP C; 1IY0 A; 3KP0 E; 4FWH A; 3AOG A; 3SHG B; 4OW0 A; 3VK8 A; 3NBI A; 3DZD A; 3FUV A; 3GRV A; 3GQ3 A; 4DR5 M; 1D2N A; 4MGH A; 4B7F A; 2R4E A; 1ZV1 A; 4JI7 M; 2LBC A; 3K1J A; 5E26 A; 2CV2 A; 2X49 A; 3L29 A; 1OTR A; 3U6D A; 3T1Y M; 3AL0 C; 4KOD A; 2F5P A; 3GLH E; 3U6Q A; 1TTE A; 1WGN A; 4LJ5 A; 5FTL A; 1XWI A; 4LY6 A; 2DHY A; 3B9P A; 4MB7 A; 1GL6 A; 2YFQ A; 2F5N A; 4DBG B; 3K9P A; 3LVV A; 2EUC A; 2KZU A; 4CJ6 A; 3FUW A; 4B3M M; 1C7Y A; 4OVZ A; 4FCW A; 4NRV A; 4LGM A; 4RNA A; 2DAI A; 1IQP A; 4GIT A; 4AZF A; 8CAT A; 1GL7 A; 2DAK A; 2P5T A; 4KLN A; 5L8R F; 3KS8 A; 5KPT A; 2F5O A; 2R18 A; 4LJ6 A; 1IXS B; 4DR6 M; 4BB9 A; 4DV3 M; 2HKJ A; 3KFU G; 4LF9 M; 3MJ5 A; 3JAM S; 2DVW B; 5H37 D; 2MRO B; 3UZU A; 4REZ A; 3OTO M; 3L26 A; 4LJ7 A; 3WHL A; 2O25 A; 1N33 M; 4JI2 M; 2DEN A; 5EXS A; 4S12 A; 2XFT A; 2ZM6 M; 2C99 A; 4AKG A; 1JR3 D; 1OFH A; 1K82 A; 3KP1 E; 1NJF A; 2FNA A; 3FRI A; 3H4J A; 3M0E A; 4JN6 A; 4MGI E; 3U5Z A; 4IBE A; 4LFC M; 1V33 A; 2JY7 A; 2Z4S A; 3GLF E; 2LNH C; 1N78 A; 2CV0 A; 3KXE C; 3KSX A; 3U6P A; 2CE7 A; 1L1Z A; 2MH8 A; 1R4G A; 2C9O A; 2KEB A; 2JZ1 A; 3GPY A; 4XBO A; 2XSZ A; 2M5Z A; 4YY3 M; 2JWS A; 2QBY A; 3GLI A; 3HGI A; 5FTN A; 1DO2 A; 4LZZ A; 2EKK A; 3LVW A; 1IN7 A; 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4M9X A; 1HT1 E; 5ITY A; 2MJ5 B; 3GRU A; 3K2L A; 4AKI A; 5EP1 A; 2H5X A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1OJL A; 2CHV A; 4GHA A; 2F5S A; 2RGO A; 4MM3 B; 3R9X B; 1L2D A; 1G3I A; 3U6L A; 3SAS A; 3J2P B; 4K0K M; 2I7N A; 5ITR A; 1HNX M; 3TE6 A; 4M9S A; 3SMS A; 3VDU A; 1IN5 A; 1DO0 A; 2DWM A; 1PM5 A; 2JA2 A; 4L4U A; 4MGK E; 2ZAN A; 3DA1 A; 3TWK A; 2UUA M; 1R6B X; 4CHT B; 3U6O A; 3A45 A; 3HHX A; 2DWN A; 3DOA A; 4IBF A; 4FVM A; 1XNR M; 4AI6 A; 4X65 M; 1QAN A; 4JI1 M; 1I94 M; 2VII A; 3LQQ A; 2QPA A; 2E5L M; 3TWL A; 5F3W A; 3GLG A; 4CGY B; 1IN4 A; 4B3R M; 1DGH B; 1GKI A; 5IT9 S; 2DZO B; 3L25 A; 1R2Y A; 1Z5C A; 4IBI A; 1T3T A; 1PJI A; 1YSY A; 4RF1 A; 4LF7 M; 4FWD A; 1S3S A; 2KW0 A; 5JI2 E; 1ZQ9 A; 4FD2 A; 1IY2 A; 1HT2 E; 3FYD A; 1JR3 A; 2KRU A; 4NSR A; 2Y0Q A; 1DGG A; 4OVZ B; 5FTJ A; 3SC3 A; 2H1R A; 4GC9 A; 4NXM M; 3THG A; 4GIP A; 1KSF X; 1SXJ E; 3KOY E; 2UXD M; 3K92 A; 1QQW A; 1N36 M; 3AOE C; 3HKP A; 4LFA M; 3UMM A; 3GPU A; 3ILK A; 1R2Z A; 3EIH A; 3HJQ A; 3JR5 A; 1UM8 A; 4LJ4 A; 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