The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
GSPLGQDVFLDYCQKLLEKFRYPWELMPLMYVILKDADANIEEASRRIEEGQYVVNEYSRQHNLNIYDGGELRNTTRQCG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Doublesex and the Regulation of Sexual Dimorphism in Drosophila melanogaster: STRUCTURE, FUNCTION, AND MUTAGENESIS OF A FEMALE-SPECIFIC DOMAIN.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein doublesex
|
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
|
| total genus |
19
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08828 | DSX_dimer | Doublesex dimerisation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WGL A; 3GLG E; 1QZE A; 2DAK A; 1G41 A; 1VEG A; 2LVA A; 4WP2 A; 1MN3 A; 1ZMW A; 3GLF E; 2LTU A; 1Q02 A; 1IXS A; 1VG5 A; 3F92 A; 1DO2 A; 1WIV A; 3FE3 A; 1NV9 A; 1WR1 B; 2BWE A; 2DKL A; 2K9D A; 2CWB A; 2MRO B; 2JP7 A; 1DV0 A; 2DAE A; 1WHC A; 2DZL A; 2MR9 A; 1ZV1 A; 1Y8G A; 1OKS A; 2RRU A; 1YLA A; 4G3O A; 4F1I A; 3FRH A; 5DFL A; 1GO5 A; 2EJS A; 1HQY E; 2DEN A; 1HT2 E; 2EKK A; 2KNV A; 1DO0 A; 1SG9 A; 4R71 A; 1UFZ A; 1CUK A; 2QHO B; 3FRI A; 3MMP A; 1TR8 A; 1EFU B; 2OO9 A; 2CP8 A; 2B3T A; 3K9P A; 3T6P A; 1XXH E; 2H5X A; 1IM2 A; 2KNA A; 2HAK A; 1TTE A; 4HEO A; 3GLI E; 2JUJ A; 2LVO C; 1VDL A; 3GLH E; 2BWB A; 2K0B X; 3LCU A; 1ZMU A; 2O25 A; 1AIP C; 2LVP C; 1WJ7 A; 2L2D A; 1T43 A; 2QNJ A; 5JI2 E; 2DHY A; 2LVN C; 1R4G A; 3IEC A; 1WGN A; 1V92 A; 2MGW A; 1A5T A; 2QSF X; 1F4I A; 1IFY A; 2JY6 B; 2L4E A; 2KHH A; 2OOB A; 1HT1 E; 2OOA A; 2R0I A; 2DAM A; 2DAI A; 2JZ1 A; 1VQ1 A; 2EKF A; 2HWJ A; 2ZTC A; 2LVQ D; 1BVS A; 2LBC A; 4F2L A; 1KYI A; 4Q7J A; 1C7Y A; 1T6O A; 2MJ5 B; 1JR3 E; 2JZ0 A; 3E46 A; 2L4F A; 2JNH A; 1HJP A; 2DAG A; 1OTR A; 1XB2 B; 2JY5 A; 2JY7 A; 1VEJ A; 3E21 A; 3H4J A; 2KNZ A; 1P3Q Q; 4DBG B; 1OAI A; 3B89 A; 4UN2 B; 1VEK A; 1E94 E; 3LCV B; 2ZTD A; 1G4A E; 1OQY A; 3BBZ A; 2WZJ A; 3K9O A; 1G3I A; 3IHP A; 1PGY A; 1ZMV A; 1NV8 A; 2G3Q A; 2DI0 A; 2DNA A; 4GEW A; 2JY8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G71 A; 2KRK A; 2KW0 A; 3T38 A; 3KP1 E; 3J81 S; 2Z8Y M; 5IWA M; 1L2B A; 1YUB A; 1QDT A; 1IY0 A; 4LRS A; 3SYL A; 3GLI A; 3B74 A; 4IBE A; 3U5Z A; 2HL7 A; 4M0W A; 4JI2 M; 1H6U A; 3AL0 C; 1VG5 A; 1QVR A; 4B7H A; 1SXJ E; 2Q2E B; 2V6Z M; 3VK7 A; 1HNW M; 1WR1 B; 2XSZ A; 1QYR A; 5EQT A; 3DA1 A; 1IBK M; 2CV0 A; 2K9D A; 3FYC A; 4KO8 A; 2XLJ A; 4TUW A; 1IN8 A; 3MJ5 A; 1I94 M; 1GAB A; 4Z8X A; 3SAU A; 4IBG A; 3U6C A; 3C58 A; 2KDL A; 4A3V B; 5JI3 E; 4P16 A; 3GP1 A; 1K3W A; 1NVM A; 1NNJ A; 8CAT A; 1GKI A; 2MR9 A; 3U6L A; 3HJS A; 4NL4 H; 1GL6 A; 4JI1 M; 2RRU A; 4LF5 M; 3GLH B; 1N34 M; 5DFL A; 3W0F A; 2C9O A; 3Q8G A; 4LF7 M; 1GO5 A; 1TGU A; 2K6B A; 1K3X A; 4REZ A; 1SG9 A; 1XWI A; 3CF6 E; 3CTW B; 4LF9 M; 1ZAE A; 3HGI A; 2D7G A; 3DZD A; 5EXS A; 1S3S A; 4X62 M; 2CP8 A; 3SBJ A; 1XNR M; 3HJ8 A; 3T6P A; 5KPZ A; 1XXH E; 2GNO A; 4JI0 M; 4DUZ M; 2KXE A; 4AQY M; 1IN6 A; 1IM2 A; 4OU7 A; 4HLQ A; 3TL4 X; 2QBY A; 2LVO C; 3OTO M; 3JR4 A; 3LVW A; 1YSY A; 1DGH A; 1ZMU A; 3ZCB B; 3AJI B; 4JI7 M; 2L7H A; 1JQJ C; 1G59 A; 1D0L A; 4G6Z A; 3J80 S; 1IBL M; 4L15 A; 3D8B A; 2KRU A; 3U60 B; 5KQD A; 2R6F A; 5EXP A; 1MX0 A; 2DHR A; 2LVN C; 4GC9 A; 2Z4S A; 2FFJ A; 3GLG A; 4X66 M; 4FD2 A; 4MGZ E; 1NY6 A; 1WGN A; 3K92 A; 3CF2 A; 5DYI A; 3LW5 F; 2M5Z A; 1A5T A; 4AKI A; 2UXB M; 3DOA A; 1E9R A; 2YQZ A; 2YNM D; 3M7G A; 2KHH A; 2R44 A; 4QNR A; 3R8F A; 3J27 B; 3BOS A; 3K2L A; 4I4L A; 5ITQ A; 2OOA A; 4G4O A; 3HHZ A; 1I4W A; 2BJV A; 2DAM A; 4RKU F; 2J5Y A; 1YE9 A; 1XMQ M; 3IG8 A; 1N32 M; 4I8O A; 2ZTC A; 1KFV A; 1IY2 A; 1R2Z A; 1OAO C; 2D7H A; 1IXZ A; 2R62 A; 3PVS A; 4IJE A; 4KLN A; 1EE8 A; 4NRV A; 1T6O A; 4DR7 M; 4P17 A; 3DFZ A; 1SXJ C; 3FD9 A; 1HJP A; 1DGB A; 1XB2 B; 3MHV C; 4LFA M; 4JI5 M; 1VEJ A; 3H4J A; 3T1H M; 3WHK A; 1W5T A; 2XH9 A; 4MGK E; 2KNZ A; 2XSZ D; 3KS4 A; 2L7I A; 2QQ8 A; 2DVW B; 1OAI A; 5IT9 S; 4UN2 B; 1E94 E; 3UK6 A; 3HY5 A; 1HQC A; 2R4E A; 3VK8 A; 1QAN A; 1G3I A; 4NSR A; 1ORY B; 1ZMV A; 2G3Q A; 4B08 A; 2P5T A; 2N35 A; 4Z6Y A; 5EP3 A; 2VQE M; 3KOZ E; 5C18 A; 4I5S A; 2VQF M; 1MJG M; 4FCT A; 1G41 A; 5ITR A; 1MN3 A; 5EP2 A; 3W68 A; 4B7G A; 4WW0 A; 1IXS B; 3HU1 A; 4MB7 A; 1LV7 A; 1J7K A; 3KDS E; 3GLF E; 4JXJ A; 4I81 A; 3QWL A; 4LCB A; 4EIW A; 4RF0 A; 4IBK A; 4LRT A; 3SFZ A; 4QOS A; 4LJ8 A; 4LY6 A; 2K47 A; 1EIJ A; 2CHQ A; 3FE3 A; 1XHB A; 5E26 A; 3GRV A; 4L16 A; 3SYK A; 5EP1 A; 2EA0 A; 2ZBK B; 4FWD A; 2C99 A; 4LF6 M; 3UMM A; 5GKN A; 3SC3 A; 4L6V 6; 5KPR A; 3FUT A; 4FCW A; 4K0K M; 4CHT B; 2XFT A; 1IN4 A; 2R46 A; 2DAE A; 1IXR C; 1XXH B; 3FUW A; 2WSE F; 3HZJ A; 1WHC A; 3KXE C; 5ITX A; 3TE6 A; 2DZL A; 3SAT A; 1Y8G A; 1JB0 F; 1OKS A; 1WXQ A; 2C96 A; 1XMO M; 1LTM A; 3B9P A; 3U6O A; 2DEN A; 1HT2 E; 2EKK A; 3U60 A; 3FTE A; 2KNV A; 4CIZ A; 3ZQJ A; 1NHW C; 4R71 A; 1CUK A; 5FTK A; 4G4R A; 4LG2 A; 1TR8 A; 1EFU B; 1Z5B A; 3HHX A; 1QAQ A; 3HHY A; 2CHG A; 1JR3 A; 1C1K A; 3FTC A; 3TWM A; 4ZPX A; 2UUC M; 3I51 A; 4AG5 A; 2H5X A; 2D7E A; 3L27 A; 5E6J A; 4CJ6 A; 1E32 A; 4LJ5 A; 2KNA A; 2HAK A; 5FTJ A; 4HEO A; 3NBX X; 3GPU A; 1PRB A; 2JUJ A; 4GH9 A; 4LJA A; 3JR5 A; 1HNZ M; 4GHA A; 1Z6T A; 2BWB A; 2ZAM A; 4YHH M; 2VII A; 3H4M A; 4LF8 M; 2LVP C; 1AIP C; 2GQF A; 4M9Z A; 4LGY A; 4DR6 M; 2L2D A; 3AKZ A; 2QNJ A; 3I04 M; 2AHM A; 5JI2 E; 3M6A A; 2LXE A; 3B7Q A; 2FOI C; 4GIT A; 4LFB M; 2CEA A; 3PNY A; 3TPZ A; 4JI8 M; 1NJF A; 1R4G A; 2X49 A; 1L1T A; 1V92 A; 5EXX A; 2CFO A; 2X8A A; 4R3D A; 1L2C A; 4B3S M; 3R9X B; 2QSF X; 1NHG C; 2FE8 A; 5BR8 M; 1IFY A; 2L4E A; 2XF3 A; 3I01 M; 1L1Z A; 3TWL A; 1TH4 A; 5ITU A; 1G8P A; 2CV1 A; 2J7N A; 4MGY E; 3AOE C; 4IBJ A; 2DAI A; 2VF7 A; 3GQ4 A; 2JZ1 A; 1VQ1 A; 2EUC A; 2EKF A; 2HWJ A; 2JXN A; 2LVQ D; 4DV7 M; 3L26 A; 1KYI A; 2LNH C; 2UU9 M; 1C7Y A; 3RE8 A; 2MJ5 B; 3L28 A; 2JZ0 A; 2FH0 A; 5FTL A; 4IBI A; 3GRU A; 2DAG A; 5IRE B; 2ZM6 M; 2UUB M; 3E9S A; 4IIW A; 1Q3B A; 1HNX M; 2HHH M; 1VDD A; 2OPF A; 3I4V A; 3SAV A; 4IBB A; 1FNN A; 2OQ4 A; 2RGO A; 2VF8 A; 2XFS A; 3ILK A; 3GLF B; 3AV0 A; 2F5S A; 3HU3 A; 2ZTD A; 2G8L A; 5F3W A; 3LMM A; 3BBZ A; 3HX3 A; 2WZJ A; 4LGM A; 4GC5 A; 3K9O A; 2Z7J A; 1R5L A; 4LJ6 A; 7CAT A; 3GQ5 A; 1PGY A; 3M0E A; 3PXG A; 2DI0 A; 2DNA A; 4GEW A; 4Y28 F; 4AKH A; 2DWM A; 1D0M A; 2DWZ B; 3TWK A; 1IN5 A; 1QZE A; 2O5R A; 3VFD A; 1QZM A; 2DAK A; 1XXH A; 3HJQ A; 4PDI A; 1VEG A; 2DWN A; 3FTD A; 3LQQ A; 4WP2 A; 1ZMW A; 2QZ4 A; 2YR0 A; 1PJJ A; 1QAO A; 1XNQ M; 2H1R A; 2LTU A; 3I4Y A; 1NY5 A; 2C98 A; 4M0D A; 3U6M A; 1E9S A; 1JR3 D; 1DO2 A; 1WIV A; 4ITQ A; 3U6P A; 2DKL A; 2DZO B; 1GJS A; 4NXN M; 4JI3 M; 2R4J A; 3KSJ A; 2WSC F; 5L8R F; 4L8R C; 1SXJ B; 3KSX A; 4BLC A; 4X65 M; 3KVW A; 1QDR A; 4DV0 M; 2F5N A; 3B7N A; 2JP7 A; 1DV0 A; 2RKO A; 3KW6 A; 3QAU A; 4DR4 M; 3C3E A; 3EIE A; 3KS8 A; 3U6S A; 1ZV1 A; 1Q39 A; 3JAM S; 2NQ8 C; 1FJG M; 3GRR A; 4AG6 A; 4F1I A; 5A2Q S; 3J2P B; 3T15 A; 3UZU A; 4NSO B; 2EJS A; 1HQY E; 5H37 D; 3GLH A; 1DO0 A; 2A5Y B; 4G4Q A; 2L6O A; 3LQR A; 3RFW A; 2C5R A; 3MMP A; 2QHO B; 2Z4R A; 1V34 A; 3FRI A; 4FW9 A; 4MM3 B; 3U61 B; 3MK6 A; 1J5E M; 5ITX E; 1PJI A; 2B3T A; 4DUY M; 5EJC A; 1HR0 M; 4CIS A; 2CHV A; 2I7P A; 1GL7 A; 2DXI A; 3C3D A; 3TQS A; 5FLX S; 2W82 A; 1DGH B; 4MGI E; 5FTN A; 3GLI E; 4JI6 M; 4IBD A; 3KOX E; 1VDL A; 5EP4 A; 3UJN A; 3T1Y M; 4B3R M; 2FNA A; 2K0B X; 1MU5 A; 4GKK M; 2UXC M; 2O25 A; 2CUZ A; 2LHC A; 2V1C A; 2RGH A; 1WJ7 A; 1OFH A; 4GIP A; 4IBF A; 3VDU A; 1T43 A; 2QP9 X; 4MGH A; 4PT5 A; 4B3M M; 2HKJ A; 2V1U A; 1QQW A; 5C1B A; 3B7Z A; 4NC6 A; 4DV3 M; 1KSF X; 1Z59 A; 3IEC A; 1N36 M; 2KZU A; 4DV4 M; 3U6Q A; 4QOZ C; 1TF0 B; 2Y21 A; 2MGW A; 1NJG A; 2C9C A; 2E5L M; 4L4U A; 3CGW A; 2JY6 B; 4QNM A; 2OOB A; 4IBC A; 4DR5 M; 3D8L A; 2L09 A; 1R6B X; 5FSW A; 5KO3 A; 4B3T M; 5KQ8 A; 4FVM A; 2F5O A; 3FTF A; 1N77 A; 2BJW A; 3GPX A; 3SAS A; 2XZU A; 5IZ7 D; 3GPP A; 4AI6 A; 5ITY A; 1IQP A; 4LF4 M; 2J7O A; 1Z5C A; 2YFQ A; 2L4F A; 5EXT A; 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1UFZ A; 3LVV A; 4KOD A; 5FTM A; 5LMU M; 2OO9 A; 3VKG A; 2I7N A; 3K9P A; 1XC8 A; 2UXD M; 1W5S A; 2M60 A; 3FKE A; 4DR1 M; 1QUT A; 3E4R A; 4FWH A; 1PJQ A; 2F5Q A; 3ZH9 B; 1DGG A; 2Y20 A; 3V76 A; 4PCZ A; 1TTE A; 1TH2 A; 2Z3X A; 3J7B A; 2R45 A; 4XBO A; 2CRU A; 1IY1 A; 2EO2 A; 3GLH E; 5LMN M; 3LCU A; 2CV2 A; 2HCB A; 3FUX A; 2G5G X; 3VKH A; 3A46 A; 4ANR A; 2DHY A; 3A98 B; 4BB9 A; 4IJF A; 2Y0Q A; 5KPT A; 2FS1 A; 2JWS A; 2KZS A; 4S12 A; 4GRI A; 2LHG A; 4QHS A; 4D82 A; 4L78 A; 4AZF A; 1AUA A; 3U6E A; 1GJT A; 3FUU A; 2CE7 A; 3GRY A; 3J7A S; 3HWS A; 3EIH A; 2R65 A; 1OIP A; 1PM5 A; 1K82 A; 1F4I A; 2LH0 A; 3A42 A; 2DZN B; 1TDH A; 3SAR A; 3FYD A; 1R2Y A; 1HT1 E; 1SXJ D; 2ZAN A; 3HKP A; 4FWG A; 2BNK A; 2R0I A; 4OVZ A; 3U6D A; 2QBY B; 4GKJ M; 1Q3C A; 3A45 A; 4AKG A; 2F5P A; 3VLF B; 4XGI A; 4PD2 A; 2XGN A; 3PNV A; 2Y0T A; 4GMQ A; 4LJ4 A; 2WSF F; 4LJ9 A; 2XZF A; 1BVS A; 4DR2 M; 2LBC A; 1L8Q A; 3RGS A; 4F2L A; 3Q8X A; 4Q7J A; 5DNY A; 4HL4 A; 2F4V M; 3SMS A; 1JR3 E; 1PJS A; 1N75 A; 3GLG B; 3E46 A; 4W5W A; 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