The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
MDEFVKGLMKNGYLITPSAYYLLVGHFNEGKFSLIELIKFAKSRETFIIDDEIANEFLKSIGAEVELPQEIK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the N-terminal domain of the archaeal D-family DNA polymerase small subunit reveals evolutionary relationship to eukaryotic B-family polymerases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA polymerase II small subunit
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| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Pyrococcus horikoshii
|
| total genus |
18
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| structure length |
72
|
| sequence length |
72
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2010-04-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KXE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MRO B; 3BOS A; 3GQ5 A; 1PJI A; 2XFT A; 3GPP A; 1VDL A; 2KZU A; 3TQS A; 4JI0 M; 2JZ0 A; 3MMP A; 3RE8 A; 3SAW A; 2LVA A; 3KXE C; 1E9S A; 1GKI A; 4I81 A; 4QNR A; 2CHG A; 4LGY A; 2LWX A; 2EKF A; 3H4M A; 1SXJ D; 2Y0Q A; 4FD2 A; 2RKO A; 3L27 A; 1GVN A; 1VEJ A; 1OFI A; 2WSF F; 1YSY A; 1DGB A; 1N75 A; 4B3T M; 3HHY A; 4OU7 A; 1AIP C; 1PRB A; 3L26 A; 5DNY A; 2QNJ A; 3GPU A; 3AV0 A; 2RRU A; 1Z5A A; 3HU2 A; 2F5S A; 5E6J A; 1TR8 A; 3I4Y A; 4REZ A; 4R3D A; 3DOA A; 2OQ4 A; 5EP3 A; 2DAE A; 3KOZ E; 4AKG A; 3VFD A; 1E32 A; 4NSR A; 3K2L A; 2DHY A; 5BPV A; 1QDR A; 4PT5 A; 3TPZ A; 2HKJ A; 4D80 A; 2QCU A; 3GLF B; 3FUW A; 2I7N A; 5KQD A; 3K1J A; 1HNZ M; 1T6O A; 5ITX E; 1HR0 M; 4CJ6 A; 3U6P A; 1F4I A; 3GRU A; 4DR3 M; 4F1I A; 3VKG A; 3TWM A; 2DZL A; 4PCZ A; 4JI4 M; 1KFV A; 3GPX A; 1IBK M; 5EP1 A; 5EXP A; 2DZN B; 4DV3 M; 1C7Y A; 4KOD A; 4LJ5 A; 3IG5 A; 2G3Q A; 1HQY E; 2LVO C; 3J27 B; 5FSW A; 2CFO A; 3GLF A; 2LBC A; 4KT0 F; 4IBC A; 2CRU A; 4R7G A; 3W67 A; 1QAO A; 1VG5 A; 2DAI A; 3B9P A; 3SYL A; 1NNJ A; 3FUU A; 2A5Y B; 1MN3 A; 1IN5 A; 3NBX X; 3TL4 X; 5KO3 A; 3T1H M; 4QOZ C; 1OQY A; 4X64 M; 2JUJ A; 1BVS A; 3K8Z A; 2LTU A; 1TH2 A; 1G71 A; 1DGF A; 2BJW A; 2R46 A; 3J7B A; 4LJ6 A; 4L15 A; 2HWJ A; 2KRU A; 4D81 A; 2FNA A; 3A45 A; 1QYR A; 3FYD A; 2JNH A; 2LVN C; 3KOW E; 8CAT A; 5KPT A; 1HNX M; 3GLH B; 2QHO B; 1D0M A; 3KW6 A; 4W5W A; 1V34 A; 1VQ1 A; 4B3R M; 1TTE A; 4LJA A; 4QOS A; 3FTE A; 4MGK E; 2YNM D; 2HAK A; 4GMQ A; 2F5P A; 2N35 A; 3CTW B; 3HJS A; 4DBG B; 3R9X B; 4DR6 M; 4Y28 F; 1XNR M; 2KA6 B; 1DGH B; 3GRY A; 2JP7 A; 3Q8X A; 2NQ8 C; 2CP8 A; 2WSE F; 2QPA A; 2W82 A; 4DV0 M; 3GLH A; 3SAT A; 5IT9 S; 1WR1 B; 2XGN A; 2DAG A; 2MJ5 B; 1A5T A; 1NSF A; 1SXJ C; 1W5S A; 2G8L A; 2Z3X A; 3U6M A; 2Z4R A; 4JI7 M; 1IY1 A; 1L1Z A; 2D7G A; 5KQ8 A; 1OKS A; 3FRI A; 3AOE A; 1NHG C; 3VDP A; 2UXD M; 2OOA A; 2E5L M; 1DO0 A; 3K92 A; 3SAU A; 2BNK A; 2DXI A; 4FWD A; 1NNU C; 1OFH A; 2D7E A; 1NJG A; 1G41 A; 3RFW A; 2G5G X; 3I51 A; 1NJF A; 5DFL A; 2R4J A; 3KSJ A; 2VF8 A; 2MR9 A; 1GL6 A; 4L6V 6; 4DR7 M; 4DV2 M; 2VQF M; 4JI6 M; 3MK6 A; 5A2Q S; 2DVW B; 3HJQ A; 3FD9 A; 2JY5 A; 2UXB M; 3L28 A; 4A3V B; 3C3E A; 1ZMV A; 3U6Q A; 3EIE A; 1L2B A; 1OIZ A; 2CHQ A; 2L7I A; 4KHP M; 4D82 A; 3KDS E; 2YQZ A; 3KOX E; 4JN6 A; 3B7N A; 3FE3 A; 3B74 A; 3FUV A; 3HGI A; 3GLH E; 1R7R A; 3GRV A; 1GJS A; 3D8L A; 1K3X A; 1VEK A; 4AI6 A; 1WHC A; 2Q2E B; 3KS4 A; 2K9D A; 3B7Z A; 4B7F A; 4M0W A; 1AUA A; 3JAM S; 4B7H A; 4NXM M; 3CF2 A; 2L7H A; 2Y21 A; 3QYE A; 3A46 A; 3SAR A; 2DNA A; 4F2L A; 2AHM A; 3THG A; 5LMN M; 1XXH B; 4GEW A; 2C9O A; 4WP2 A; 3LMM A; 1Z59 A; 4QNM A; 3SMS A; 2F5O A; 4JI8 M; 1NV9 A; 1J09 A; 3LQR A; 4AW4 A; 1TGU A; 5F3W A; 1Q3B A; 4LFC M; 2CV2 A; 3M0E A; 3HX3 A; 1Q39 A; 4AKI A; 3VDU A; 3I01 M; 4G3O A; 1OAO C; 5ITQ A; 2RGO A; 1KYI A; 1NV8 A; 1IXS B; 4LF9 M; 4JV5 M; 1XXH A; 3KP0 E; 2JA2 A; 3GQ3 A; 2OPF A; 2CEA A; 4FVM A; 1PJJ A; 4IBK A; 5EJC A; 3SFZ A; 3ZC7 B; 4JI5 M; 3U61 B; 4LJ8 A; 4MGY E; 2FE8 A; 4B7G A; 2KNA A; 1ZAE A; 3B89 A; 3GP1 A; 2DWN A; 2R0I A; 4DV1 M; 3TE6 A; 1G59 A; 4CGY B; 1IXS A; 2XSZ A; 3B7Q A; 3KP1 E; 4I5S A; 1PJT A; 4LRT A; 1G8P A; 1QAN A; 1T3T A; 1CUK A; 2CUZ A; 2VDB B; 1K82 A; 4B3M M; 3CGW A; 3L25 A; 2EO2 A; 2FFJ A; 1D2N A; 3HHX A; 5C18 A; 3U61 A; 1XMQ M; 3T15 A; 2DAK A; 4X62 M; 1DV0 A; 3AOE C; 1FJG M; 2HL7 A; 3W0F A; 2XSZ D; 2L2D A; 3ILK A; 4L16 A; 1MU5 A; 4AQY M; 7CAT A; 2UXC M; 4DV4 M; 4LF6 M; 3U60 B; 1RU3 A; 3PFI A; 3QWL A; 1YUB A; 3GRR A; 1KSF X; 1ZQ9 A; 2B3T A; 2JY8 A; 4I8O A; 3W68 A; 3U6L A; 3U6O A; 4JXJ A; 3QAU A; 2QZ4 A; 1WXQ A; 4LY6 A; 1XXH E; 2JXN A; 4L4U A; 2ZAO A; 5KPR A; 2ZBK B; 4K0K M; 1YE9 A; 4MGI E; 3U6S A; 2M60 A; 2OOB A; 3KFU G; 2F5Q A; 3SBJ A; 1QUS A; 1I4W A; 2R44 A; 1Q02 A; 1C1K A; 2KNZ A; 1IXZ A; 4M9X A; 2LVP C; 5GKN A; 4FW9 A; 4DUZ M; 2L09 A; 2VF7 A; 4OX9 M; 3GPY A; 3IHP A; 4AKH A; 1S3S A; 3V76 A; 2KHH A; 4FWH A; 3AJI B; 1HT1 E; 4YY3 M; 4IBG A; 2I7P A; 2DHR A; 4LFA M; 1D0L A; 4IBD A; 4RF1 A; 4LGM A; 2H5X A; 4ANR A; 3F92 A; 4G4R A; 3T1Y M; 1ZV1 A; 4IBF A; 2JY6 B; 2DWZ B; 2OO9 A; 1NO1 A; 2Y20 A; 3RGS A; 2ZTD A; 4G4Q A; 2LHG A; 2WZJ A; 4LZJ A; 5L8R F; 2F5N A; 3UJN A; 3HWS A; 1P3Q Q; 1JR3 D; 3ZH9 B; 1R5L A; 1VDD A; 4WW0 A; 2LNH C; 4M9S A; 2R65 A; 4IJF A; 1EIJ A; 2DWM A; 3LVV A; 3QYB A; 2BWE A; 3KS8 A; 4G4O A; 4GKJ M; 1L2C A; 2Y0T A; 3FRH A; 1W5T A; 1DGH A; 3E21 A; 5DYG A; 5ITR A; 5E26 A; 2CV1 A; 3GO8 A; 2L6O A; 2DZO B; 1N33 M; 1XMO M; 1VEG A; 1Z6T A; 4DR2 M; 2R62 A; 3HZJ A; 4OW0 A; 3A42 A; 2ERC A; 1JR3 E; 4KO8 A; 2YR0 A; 1ZMW A; 1IFY A; 4I4L A; 2EA0 A; 1IQP A; 4CIS A; 2DEN A; 4LRS A; 4Z8X A; 4RF0 A; 2FH0 A; 2LXE A; 1K3W A; 2C9C A; 3UGJ A; 1PM5 A; 1T43 A; 3SMP A; 3MHV C; 4FCV A; 2CV0 A; 2VII A; 2YFQ A; 2QSF X; 3FUX A; 5FTJ A; 2X8A A; 2KEB A; 3I04 M; 4X65 M; 3R8F A; 4JI3 M; 1OJL A; 1IN8 A; 3L2A A; 5JI2 E; 2K6B A; 4DV7 M; 2EJS A; 2CE7 A; 4JI1 M; 1R2Y A; 3HKP A; 2C5R A; 1UFZ A; 1LTM A; 3L29 A; 4G6Z A; 1XHB A; 3AFH A; 4DV5 M; 1IM2 A; 5JI3 E; 2D7H A; 3J81 S; 4EIW A; 2VQE M; 4LF4 M; 3J7A S; 2O25 A; 3PXG A; 3FTD A; 2F4V M; 2DAM A; 2LHC A; 5H37 D; 1PJQ A; 1GLN A; 4P17 A; 4G4N A; 3TWK A; 3KVW A; 4DR5 M; 3SAS A; 5EXT A; 4L8R C; 2KDL A; 1TDH A; 1IN6 A; 2ZAM A; 4GH9 A; 2QBY B; 2L4F A; 3JR4 A; 1ORY B; 1QQW A; 1L8Q A; 3ZCB B; 3VKH A; 1OIP A; 3HJ8 A; 1XC8 A; 3CF0 A; 4JI2 M; 3K9O A; 3D8B A; 4FCW A; 5EXX A; 4B3S M; 1JB0 F; 2KNV A; 3U6C A; 2CWB A; 1TF0 B; 4LF8 M; 3VLF B; 4RKU F; 1TH3 A; 2C96 A; 3C3D A; 2R45 A; 4XBO A; 2H1R A; 2V1U A; 3M7G A; 1QZE A; 3J80 S; 1PGY A; 5C1B A; 2Z7J A; 2XZF A; 2EKK A; 3SYK A; 4PDI A; 3U5Z B; 1QUT A; 4LF5 M; 1LV7 A; 5IRE B; 4LJ9 A; 4NSO B; 4HL4 A; 2P5T A; 3E4R A; 4NL4 H; 1QVR A; 2QP9 X; 4RNA A; 4DR4 M; 2DI0 A; 4BLC A; 4BB9 A; 2KW0 A; 4QHS A; 3NBI A; 1QDT A; 2C98 A; 3W0L B; 3T38 A; 3U5Z A; 1R6B X; 4M0D A; 2Z8Y M; 1HQC A; 1NVM A; 4IBJ A; 1IBL M; 2HHH M; 1ZMU A; 1FNN A; 2QQ8 A; 2RGH A; 4GC5 A; 3PVS A; 5BR8 M; 1E9R A; 3AL0 C; 1G3I A; 4IIW A; 2WSC F; 3IG8 A; 4CHT B; 2XF3 A; 1WGN A; 4GRI A; 5FTM A; 1N34 M; 1IN7 A; 1NY6 A; 2ZM6 M; 3U60 A; 1WGL A; 3ZQJ A; 2L4E A; 5EP4 A; 4LJ7 A; 2Z4S A; 3LQQ A; 3PNV A; 3SAV A; 3A98 B; 3VK8 A; 2DKL A; 3EIH A; 3C9P A; 4BBA A; 1XWI A; 4NC6 A; 2LH0 A; 3LW5 F; 1V92 A; 2FS1 A; 3FYC A; 2J7N A; 1Y8G A; 4PDG A; 2APL A; 1D0K A; 1JR3 A; 4QHT A; 3DFZ A; 1HNW M; 3KOY E; 4MGH A; 1SXJ E; 1IN4 A; 5FTK A; 5ITY A; 3M6A A; 3UZU A; 2O5R A; 4AG5 A; 3GLI B; 3FKE A; 4GIP A; 4Z6Y A; 4DUY M; 2K47 A; 3GQ4 A; 3AOG A; 1G4A E; 4IBB A; 3U6D A; 2ZTC A; 1EE8 A; 1Z5B A; 5EQT A; 5IZ7 D; 4R71 A; 2UUB M; 1L2D A; 2V1C A; 1OAI A; 4LF7 M; 3E9S A; 4S12 A; 2ZAN A; 3SC3 A; 4ZPX A; 5DYI A; 4HLQ A; 5FTN A; 4M9Z A; 4WUR A; 3VK7 A; 1R2Z A; 1XB2 B; 3HHW A; 1HJP A; 3GLI A; 1MX0 A; 3UK6 A; 4LZZ A; 2EUC A; 3CF6 E; 2V6Z M; 1IBM M; 5ITT A; 1GAB A; 5IWA M; 3NWL A; 3C58 A; 3Q8G A; 3HU3 A; 2BWB A; 3HU1 A; 2HCB A; 2MGW A; 3IEC A; 4MH0 E; 3E46 A; 4OVZ B; 2KRK A; 3KSX A; 5FTL A; 4NRV A; 4GC9 A; 4B08 A; 1Z5C A; 4P16 A; 4FWG A; 1R4G A; 1IY2 A; 1N32 M; 1IY0 A; 4NXN M; 4LFB M; 2X4A A; 2MH8 A; 2XFS A; 1SG9 A; 2XLJ A; 3GLG B; 1GL7 A; 2M5Z A; 3TWL A; 1Q3C A; 4OVZ A; 3GLF E; 3U6E A; 5FLX S; 3SHF A; 1QZM A; 2UU9 M; 1X37 A; 3DZD A; 3HY5 A; 1NHW C; 1DGG A; 3I4V A; 2XZU A; 2UUA M; 5KPZ A; 4PD2 A; 3LCV B; 1J7K A; 2KZS A; 3J2P B; 4TUW A; 4HEO A; 1IXR C; 2R18 A; 2LVQ D; 4KLN A; 5EP2 A; 3GLG A; 2JWS A; 1L1T A; 3JR5 A; 4UN2 B; 3GLI E; 1PJS A; 1HT2 E; 3SHG B; 2XEP A; 3LVW A; 4GIT A; 4DV6 M; 3HHZ A; 1QAM A; 1QAQ A; 3UMM A; 4IJE A; 1OTR A; 4AZF A; 4MB7 A; 4LCB A; 3DA1 A; 1J5E M; 1UM8 A; 1V33 A; 4FCT A; 1MJG M; 4II7 A; 3FTF A; 2BJV A; 1YLA A; 4NRW A; 2C99 A; 3T6P A; 2J5Y A; 1WJ7 A; 4NOO B; 1GJT A; 4ITQ A; 4Q7J A; 2GQF A; 1I94 M; 2FOI C; 1EFU B; 2QEN A; 3H4J A; 4L78 A; 4AG6 A; 4LG2 A; 2UUC M; 4MGZ E; 3AKZ A; 3BXW A; 1TH4 A; 1NY5 A; 2X49 A; 3FUT A; 4XK8 F; 5ITU A; 1N36 M; 2J7O A; 4MM3 B; 4JYA M; 1GO5 A; 2R4E A; 3RGP A; 2R6F A; 3PNY A; 4XGI A; 3FTC A; 2DWL A; 4DR1 M; 4YHH M; 2GNO A; 3LCU A; 4IBE A; 3WHL A; 4IBI A; 4X66 M; 1DO2 A; 3BBZ A; 3OTO M; 1SXJ B; 2K0B X; 3GLG E; 2O01 F; 2QBY A; 4LJ4 A; 1WIV A; 1H6U A; 2CHV A; 4CIZ A; 4GKK M; 1N78 A; 4GHL A; 5ITX A; 1JQJ C; 1XNQ M; 2JZ1 A; 4GHA A; 3MJ5 A; 2JY7 A; 3K9P A; 5LMU M; 1E94 E; 2KXE A; 1TDZ A; 1N77 A; 2XH9 A; 5EXS A; 1SXJ A; 3WHK A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3BOS A; 3GQ5 A; 1PJI A; 2XFT A; 3GPP A; 2KZU A; 3TQS A; 4JI0 M; 3RE8 A; 3SAW A; 3KXE C; 1E9S A; 1GKI A; 4I81 A; 4QNR A; 2CHG A; 4LGY A; 2LWX A; 3H4M A; 1SXJ D; 2Y0Q A; 4FD2 A; 2RKO A; 3L27 A; 1GVN A; 1OFI A; 1YSY A; 1DGB A; 1N75 A; 4B3T M; 3HHY A; 4OU7 A; 3L26 A; 5DNY A; 3GPU A; 3AV0 A; 3HU2 A; 1Z5A A; 2F5S A; 5E6J A; 3I4Y A; 4REZ A; 2OQ4 A; 4R3D A; 3DOA A; 5EP3 A; 3KOZ E; 4AKG A; 3VFD A; 1E32 A; 4NSR A; 3K2L A; 5BPV A; 4PT5 A; 3TPZ A; 2HKJ A; 4D80 A; 2QCU A; 3GLF B; 3FUW A; 2I7N A; 5KQD A; 3K1J A; 1HNZ M; 5ITX E; 1HR0 M; 3U6P A; 3GRU A; 4DR3 M; 3VKG A; 3TWM A; 4PCZ A; 4JI4 M; 1KFV A; 3GPX A; 1IBK M; 5EP1 A; 5EXP A; 2DZN B; 4DV3 M; 4KOD A; 4LJ5 A; 3IG5 A; 1HQY E; 3J27 B; 5FSW A; 2CFO A; 3GLF A; 4IBC A; 4R7G A; 1QAO A; 3B9P A; 3SYL A; 1NNJ A; 3FUU A; 2A5Y B; 1IN5 A; 3TL4 X; 5KO3 A; 3T1H M; 4QOZ C; 4X64 M; 3K8Z A; 1TH2 A; 1DGF A; 2BJW A; 2R46 A; 3J7B A; 4LJ6 A; 4L15 A; 2KRU A; 4D81 A; 2FNA A; 3A45 A; 1QYR A; 3FYD A; 3KOW E; 5KPT A; 8CAT A; 1HNX M; 3GLH B; 3KW6 A; 4W5W A; 4B3R M; 4LJA A; 4QOS A; 3FTE A; 4MGK E; 2YNM D; 4GMQ A; 2F5P A; 3CTW B; 3HJS A; 3R9X B; 4DR6 M; 1XNR M; 2KA6 B; 1DGH B; 3GRY A; 3Q8X A; 2NQ8 C; 4DV0 M; 3SAT A; 2QPA A; 2W82 A; 5IT9 S; 3GLH A; 2XGN A; 1NSF A; 1SXJ C; 1W5S A; 2G8L A; 2Z3X A; 3U6M A; 2Z4R A; 4JI7 M; 1IY1 A; 1L1Z A; 2D7G A; 5KQ8 A; 3AOE A; 1NHG C; 3VDP A; 2UXD M; 2E5L M; 1DO0 A; 3K92 A; 3SAU A; 2BNK A; 2DXI A; 4FWD A; 1NNU C; 1OFH A; 2D7E A; 1NJG A; 1G41 A; 3RFW A; 2G5G X; 3I51 A; 1NJF A; 2R4J A; 3KSJ A; 1GL6 A; 4DR7 M; 4DV2 M; 2VQF M; 4JI6 M; 3MK6 A; 5A2Q S; 2DVW B; 3HJQ A; 3FD9 A; 2UXB M; 3L28 A; 4A3V B; 1L2B A; 3U6Q A; 3EIE A; 2CHQ A; 2L7I A; 4KHP M; 4D82 A; 3KDS E; 2YQZ A; 3KOX E; 4JN6 A; 3FUV A; 3HGI A; 1R7R A; 3GRV A; 3D8L A; 1K3X A; 4AI6 A; 2Q2E B; 3KS4 A; 4B7F A; 4M0W A; 3JAM S; 4B7H A; 4NXM M; 3CF2 A; 2L7H A; 2Y21 A; 3A46 A; 3SAR A; 2AHM A; 3THG A; 5LMN M; 1XXH B; 2C9O A; 3LMM A; 1Z59 A; 4QNM A; 3SMS A; 2F5O A; 4JI8 M; 1J09 A; 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