The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
MAPERLRSRALSAFKLRGLLLRGEAIKYLTEALQSISELELEDKLEKIINAVEKQPLSSNMIERSVVEAAVQESS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Solution Structure of the Amino-Terminal Domain of Human DNA Polymerase Epsilon Subunit B is Homologous to C-Domains of Aaa+ Proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
DNA POLYMERASE EPSILON SUBUNIT 2
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| total genus |
27
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| structure length |
75
|
| sequence length |
75
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2007-07-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF12213 | Dpoe2NT | DNA polymerases epsilon N terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C1K A; 4I4L A; 3GLG A; 1IY0 A; 1IN5 A; 3GLF A; 4LJ5 A; 3BOS A; 2DWZ B; 1SXJ A; 2C99 A; 2FNA A; 4L16 A; 3HU3 A; 1E32 A; 4LZZ A; 5EP1 A; 2V1U A; 2BJW A; 3MHV C; 3B9P A; 1IN7 A; 5DYI A; 2CHQ A; 1OFH A; 3U61 B; 5EXS A; 4ZPX A; 2CE7 A; 5EXP A; 1J7K A; 4FWG A; 4LJA A; 2CHG A; 3PXG A; 5DYG A; 2Z4R A; 1X37 A; 3DZD A; 4LJ9 A; 4Z8X A; 1LV7 A; 2ZAM A; 3PVS A; 4FCW A; 5C18 A; 3GLF B; 1OJL A; 4GIT A; 3M0E A; 4QHT A; 1IXR C; 5FTN A; 1IM2 A; 5C1B A; 1E94 E; 1W5S A; 5FTK A; 4LRS A; 2ZAO A; 4FWH A; 2CHV A; 2KRK A; 1UM8 A; 3VFD A; 3HU1 A; 1DO0 A; 1KYI A; 3M6A A; 5EXT A; 4KLN A; 4LJ7 A; 2QBY B; 3U5Z B; 1OFI A; 2X8A A; 4LGM A; 2Z4S A; 3SYK A; 1G4A E; 1SXJ D; 2DZO B; 4LJ6 A; 4EIW A; 4LY6 A; 4LCB A; 4QNR A; 1HQY E; 5FTJ A; 4LJ8 A; 1IQP A; 1NY5 A; 2VII A; 3AJI B; 1JR3 A; 4KOD A; 4A3V B; 2C96 A; 2QBY A; 3WHL A; 3WHK A; 2QPA A; 3H4M A; 1XXH A; 1W5T A; 1G3I A; 2R65 A; 4FCV A; 1FNN A; 5FTM A; 3CF2 A; 1HT2 E; 3EIH A; 4LJ4 A; 3D8B A; 2QZ4 A; 4JN6 A; 1SXJ C; 5FTL A; 4I81 A; 1L8Q A; 1SXJ E; 1NSF A; 2C9O A; 1XWI A; 2XSZ A; 1D2N A; 2ZAN A; 1HQC A; 1NJG A; 4QNM A; 1XXH B; 4L4U A; 3U60 B; 1IXZ A; 4FD2 A; 1IN4 A; 4L15 A; 1R6B X; 5JI3 E; 4QHS A; 3GLI B; 1QZM A; 1IN6 A; 2DHR A; 4FCT A; 3VLF B; 3K1J A; 2RKO A; 4LRT A; 4D82 A; 3EIE A; 1IN8 A; 1QVR A; 3HU2 A; 3R8F A; 1JR3 D; 1KSF X; 1HT1 E; 2V6Z M; 2QEN A; 4WW0 A; 4D80 A; 5JI2 E; 2DVW B; 3GLI A; 5EP3 A; 1NY6 A; 5EXX A; 3UK6 A; 1IY1 A; 2DZN B; 1JQJ C; 3CF0 A; 3PFI A; 1IXS B; 4FWD A; 3SYL A; 3ZH9 B; 2R62 A; 1S3S A; 2C98 A; 3KW6 A; 1DO2 A; 4D81 A; 1IY2 A; 1R7R A; 4FW9 A; 5EP4 A; 2XSZ D; 1NJF A; 3GLH B; 2C9C A; 4QOS A; 3KDS E; 2CEA A; 3GLG B; 4KO8 A; 5EQT A; 1NVM A; 1SXJ B; 3SC3 A; 5EP2 A; 2QP9 X; 2BJV A; 1G41 A; 3HWS A; 2HCB A; 3GLH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4XBO A; 5ITR A; 4DBG B; 3GLG A; 3I51 A; 4ITQ A; 4KHP M; 1I94 M; 3GLF A; 4W5W A; 1JB0 F; 2DWZ B; 1SXJ A; 2C99 A; 2OQ4 A; 3SFZ A; 1E9S A; 1E32 A; 3A98 B; 3GRR A; 3QAU A; 2V1U A; 3MHV C; 4L8R C; 1IN7 A; 2DAG A; 3I01 M; 1Q02 A; 2JUJ A; 4AQY M; 5IT9 S; 1OFH A; 3B7Q A; 2BWB A; 2YFQ A; 1RU3 A; 5GKN A; 5ITX E; 2M5Z A; 2JNH A; 3T1H M; 4M9Z A; 1GO5 A; 1XMO M; 4DV6 M; 2CHG A; 3PXG A; 3OTO M; 1X37 A; 3SAU A; 4GRI A; 1G59 A; 3KXE C; 4WP2 A; 3U6Q A; 2JY7 A; 1WGL A; 4DV0 M; 3U6S A; 4NXM M; 2HWJ A; 2L2D A; 3V76 A; 4PCZ A; 1J5E M; 3FUT A; 3C9P A; 4NC6 A; 5FTN A; 3GPP A; 4OVZ A; 1Q3C A; 1QAM A; 4JI1 M; 3HZJ A; 3K92 A; 1R2Z A; 3M7G A; 4LRS A; 3JR4 A; 1J09 A; 3B7N A; 4S12 A; 3QWL A; 3VFD A; 2L6O A; 1ZAE A; 2R4E A; 1KYI A; 2XH9 A; 4GKK M; 1WGN A; 2HKJ A; 4KLN A; 3C58 A; 3L27 A; 2X8A A; 2MH8 A; 5ITQ A; 4IJE A; 5FLX S; 2FS1 A; 4AG5 A; 4LY6 A; 4GHL A; 3Q8X A; 4QNR A; 4RNA A; 2KEB A; 4JI0 M; 1IQP A; 3AJI B; 3C3E A; 1JR3 A; 2KW0 A; 4HLQ A; 4KOD A; 3HHX A; 1IBL M; 1WXQ A; 3GRU A; 4G4Q A; 3VKH A; 1NV9 A; 1G71 A; 1XXH A; 1L2B A; 2R65 A; 4FCV A; 1IBM M; 3SBJ A; 2I7P A; 1VQ1 A; 3CF2 A; 2G5G X; 1ZQ9 A; 1HT2 E; 4LZJ A; 3K9P A; 1QAO A; 4R7G A; 1K82 A; 2B3T A; 2XEP A; 2QZ4 A; 3AV0 A; 3U6C A; 4CHT B; 2VQF M; 4DR6 M; 1Z59 A; 2DAI A; 3GLF E; 1SXJ E; 1NSF A; 2FOI C; 1D2N A; 3FUW A; 4L6V 6; 3SHF A; 1BVS A; 2DI0 A; 2QCU A; 4FVM A; 4L4U A; 1IXZ A; 4DV4 M; 1YLA A; 1QZE A; 4NSR A; 3GP1 A; 2LHC A; 3KFU G; 4DV5 M; 2QNJ A; 3A46 A; 3KP1 E; 1IN6 A; 2DHR A; 2JY8 A; 2V1C A; 5F3W A; 2D7H A; 2L7I A; 3FRI A; 4MB7 A; 2RKO A; 1T6O A; 3HJ8 A; 4DV2 M; 2EA0 A; 1QVR A; 3FE3 A; 2L7H A; 3R8F A; 2UU9 M; 2QHO B; 4NL4 H; 3HX3 A; 3FUU A; 1GLN A; 4WW0 A; 2KNV A; 5EP3 A; 4GC5 A; 1C7Y A; 1XNR M; 1VEG A; 1Z5B A; 2R45 A; 3NWL A; 3ZH9 B; 2J5Y A; 4L78 A; 4B3T M; 2R62 A; 1S3S A; 3FYD A; 2Y20 A; 1ZV1 A; 1AUA A; 4D81 A; 1R7R A; 1KFV A; 1NJF A; 3SMS A; 2HL7 A; 3LCU A; 3GLG B; 2APL A; 4GC9 A; 1SXJ B; 3BXW A; 4XK8 F; 3SC3 A; 1JR3 E; 2AHM A; 5EP2 A; 2ERC A; 3UZU A; 2CFO A; 2LNH C; 1XXH E; 1F4I A; 3HWS A; 3KS8 A; 2HCB A; 1OKS A; 3GLH A; 1C1K A; 2JP7 A; 4B3M M; 1QDR A; 1TGU A; 3F92 A; 1WHC A; 1XB2 B; 1MN3 A; 3I04 M; 4L16 A; 3TE6 A; 5EP1 A; 2BJW A; 5KPR A; 1TDH A; 4LGY A; 5ITY A; 3J7A S; 5EXS A; 2G8L A; 4X66 M; 4G4R A; 2BNK A; 3L26 A; 2GNO A; 2LBC A; 4OVZ B; 5KPZ A; 1J7K A; 5DYG A; 2Z4R A; 1R5L A; 1MU5 A; 4LJ9 A; 4Z8X A; 3W0F A; 4IBJ A; 1LV7 A; 2ZAM A; 2HAK A; 3FUV A; 4B7G A; 3PVS A; 5H37 D; 1QYR A; 4RF1 A; 1OJL A; 1PJI A; 4AKI A; 2JY6 B; 1HNW M; 3KOW E; 4GIT A; 4CIZ A; 2DAK A; 2QSF X; 2KRU A; 4YHH M; 4M9S A; 2N35 A; 3A45 A; 3W0L B; 1OAI A; 1Y8G A; 5FTK A; 2DEN A; 5L8R F; 3FTE A; 4FWH A; 2CHV A; 4BB9 A; 2ZBK B; 1PJJ A; 3ZC7 B; 2LHG A; 3HGI A; 2I7N A; 2JWS A; 1DO0 A; 2JZ0 A; 3LCV B; 2K0B X; 1E9R A; 3AOE A; 4ANR A; 5DFL A; 5BPV A; 1Z5C A; 2O5R A; 1OFI A; 4AW4 A; 4B3R M; 4LGM A; 1YSY A; 2Z4S A; 4DR2 M; 1G4A E; 1SXJ D; 2DZO B; 2YR0 A; 3LVW A; 4EIW A; 3FKE A; 4LG2 A; 4AKG A; 5E26 A; 2UUA M; 1VG5 A; 2ZTD A; 2DWM A; 2VDB B; 4LJ8 A; 2CUZ A; 1NY5 A; 4DV3 M; 4NRW A; 2QBY A; 2FE8 A; 3U5Z A; 1ZMU A; 2Y0T A; 3FD9 A; 1K3W A; 2W82 A; 4M0W A; 1FNN A; 2KZU A; 3T6P A; 4IJF A; 4OX9 M; 1A5T A; 1Z5A A; 4MGY E; 3EIH A; 3GLH E; 4JN6 A; 3W68 A; 1IBK M; 1NNU C; 5FTL A; 3DA1 A; 4LFB M; 1L8Q A; 2C9O A; 2ZAN A; 1R4G A; 2WSC F; 2XSZ A; 2K47 A; 3AFH A; 5LMN M; 1NJG A; 2H5X A; 3KSJ A; 2DHY A; 5DNY A; 2CV2 A; 3J7B A; 2VQE M; 1H6U A; 1IN4 A; 5BR8 M; 2L09 A; 4L15 A; 1R6B X; 1N75 A; 2UXD M; 4IIW A; 1YUB A; 1VEJ A; 2MGW A; 3I4V A; 4AZF A; 3U6M A; 4FCT A; 3JR5 A; 2KNZ A; 1EFU B; 1DGG A; 4MGZ E; 3K1J A; 4LRT A; 4X64 M; 1QDT A; 1UFZ A; 1ZMW A; 3IHP A; 3TWL A; 2L4F A; 4D82 A; 4X62 M; 3U60 A; 1JR3 D; 4MH0 E; 2BWE A; 1T3T A; 3B89 A; 3HJS A; 1QUS A; 4GMQ A; 4D80 A; 4MGK E; 2DVW B; 1QUT A; 1NY6 A; 3W67 A; 3GPY A; 4DUZ M; 2LVA A; 3PNV A; 2UUC M; 4CIS A; 5ITT A; 2Z3X A; 1IY1 A; 1DGH A; 5IZ7 D; 3GO8 A; 4FWD A; 4WUR A; 1MJG M; 5KQD A; 4IBD A; 3J81 S; 3SAV A; 3KW6 A; 1QAQ A; 2WSE F; 1IY2 A; 4MM3 B; 1NNJ A; 3FTD A; 1VDL A; 3GLH B; 3HKP A; 4GEW A; 2C9C A; 2A5Y B; 2KNA A; 3KDS E; 4BBA A; 3GRV A; 2D7E A; 5EQT A; 2F5Q A; 1L2D A; 1PGY A; 1IXS A; 1TH3 A; 2QP9 X; 3J2P B; 3L28 A; 2BJV A; 1D0K A; 2EJS A; 4II7 A; 3NBX X; 1N36 M; 4UN2 B; 3D8L A; 4M9X A; 1QAN A; 3GPX A; 3U6P A; 3A42 A; 4I4L A; 1PJQ A; 3VK7 A; 2VF8 A; 1IN5 A; 2KHH A; 2X49 A; 1TH2 A; 4LJ5 A; 3GQ3 A; 2FNA A; 2O01 F; 1TTE A; 1OIP A; 3HU3 A; 4B7F A; 2DWL A; 5KO3 A; 3AKZ A; 2F4V M; 3B9P A; 1HNX M; 2CHQ A; 4DR4 M; 2R0I A; 4FWG A; 4LJA A; 4K0K M; 3DZD A; 2R46 A; 1EE8 A; 3LQR A; 3RE8 A; 1WR1 B; 4JYA M; 2UXB M; 2R44 A; 3I4Y A; 4MGI E; 1MX0 A; 2F5P A; 1N32 M; 3GLF B; 3KOZ E; 3U61 A; 3HY5 A; 3M0E A; 1IXR C; 2L4E A; 2OOA A; 3L25 A; 1OQY A; 1IM2 A; 5C1B A; 1OAO C; 1E94 E; 4JI7 M; 2DAM A; 2GQF A; 1W5S A; 1AIP C; 1GL7 A; 1T43 A; 4IBB A; 1CUK A; 2X4A A; 1UM8 A; 1DGF A; 2F5N A; 3FUX A; 3VDU A; 3SMP A; 3TWM A; 3KOY E; 3ZQJ A; 4DR7 M; 4LJ7 A; 2JXN A; 1GKI A; 3U5Z B; 3PNY A; 2QBY B; 2R18 A; 1GAB A; 3AOG A; 2YQZ A; 1YE9 A; 3B74 A; 3GQ5 A; 4JI4 M; 3AL0 C; 2CV1 A; 4LJ6 A; 1HJP A; 4RF0 A; 4GKJ M; 3VKG A; 3HJQ A; 3T15 A; 2OPF A; 5FTJ A; 1Q39 A; 2MJ5 B; 4M0D A; 4CJ6 A; 3SAW A; 5FSW A; 2EKF A; 1XC8 A; 1I4W A; 2C96 A; 2KA6 B; 4NSO B; 3WHK A; 3H4M A; 1W5T A; 1GJS A; 1G3I A; 1XMQ M; 5FTM A; 3KS4 A; 3MK6 A; 1N34 M; 4B7H A; 4JXJ A; 3D8B A; 2XGN A; 1HNZ M; 2D7G A; 3J27 B; 1SXJ C; 2P5T A; 2Z8Y M; 2Y21 A; 5EJC A; 3UMM A; 4LF5 M; 4REZ A; 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3THG A; 4G6Z A; 3CF6 E; 1NHW C; 4ZPX A; 2CE7 A; 5EXP A; 2NQ8 C; 2LVN C; 3R9X B; 2R4J A; 4B08 A; 4DV7 M; 4GHA A; 4TUW A; 4JI2 M; 3HHZ A; 1D0M A; 4FCW A; 5C18 A; 1PJS A; 2F5S A; 1DGB A; 4PDI A; 4QHT A; 3RGS A; 2OO9 A; 4DUY M; 3FTF A; 4JI5 M; 3FRH A; 1NHG C; 1VEK A; 2LXE A; 4F2L A; 2XFS A; 3DOA A; 4PT5 A; 2ZAO A; 1G8P A; 3LMM A; 3GPU A; 3LW5 F; 2KRK A; 3GLG E; 4JI8 M; 3FYC A; 3HU1 A; 3GLI E; 3M6A A; 5EXT A; 4BLC A; 1ZMV A; 5IWA M; 2ZTC A; 4R71 A; 3HHW A; 4YY3 M; 2MRO B; 2DAE A; 1GL6 A; 3SYK A; 2DNA A; 2UXC M; 4LCB A; 4NXN M; 3L29 A; 1HQY E; 2J7N A; 4G3O A; 2XZU A; 2VII A; 1TDZ A; 1N78 A; 3RGP A; 4A3V B; 3LVV A; 3MMP A; 2CP8 A; 3WHL A; 3U6D A; 2QPA A; 4DR5 M; 4JI3 M; 4DR3 M; 1N77 A; 1TF0 B; 3E9S A; 2DXI A; 1TH4 A; 2MR9 A; 1GVN A; 3NBI A; 3ZCB B; 3U6L A; 4HL4 A; 3RFW A; 3SAT A; 1GJT A; 2DZL A; 1N33 M; 2ZM6 M; 4GH9 A; 4LJ4 A; 2WZJ A; 3IG8 A; 2M60 A; 3E46 A; 1P3Q Q; 3K8Z A; 4I81 A; 2FFJ A; 1XWI A; 2VF7 A; 2K9D A; 4I8O A; 4Q7J A; 2Q2E B; 2RRU A; 4P16 A; 1NV8 A; 5E6J A; 5ITX A; 4AG6 A; 4F1I A; 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