The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
64
|
structure length |
64
|
Chain Sequence |
VNLSACEVAVLDLYEQSNIRIPSDIIEDLVNQRLQSEQEVLNYIETQRTYWKLENQKKLYRGSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Functional Domain of {Varphi}29 Replication Organizer: Insights Into Oligomerization and DNA Binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Bacillus phage phi29
|
| molecule keywords |
EARLY PROTEIN GP16.7
|
| total genus |
22
|
| structure length |
64
|
| sequence length |
64
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-03-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2C5R A; 1ZAE A; 2BNK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MGW A; 3H4M A; 4GH9 A; 4IIW A; 4AG5 A; 3GLG A; 3U6D A; 3HU1 A; 3VKG A; 2BWB A; 1HJP A; 3E9S A; 3EIH A; 4NXM M; 2OOA A; 1D2N A; 5EXX A; 4LJ4 A; 1KYI A; 1NJF A; 4IJE A; 4P16 A; 3W68 A; 5IWA M; 1X37 A; 5DYG A; 1IY2 A; 3TL4 X; 4LRS A; 2Z4R A; 4QOZ C; 3BXW A; 2QHO B; 2R65 A; 1XHB A; 2QCU A; 2CE7 A; 4AKI A; 2BJW A; 3HWS A; 5FTM A; 1UM8 A; 4W5W A; 4DBG B; 4LJ8 A; 4AKH A; 1P3Q Q; 3VLF B; 1C1K A; 2LHG A; 4IBF A; 4X66 M; 4GMQ A; 4LJ5 A; 4G4Q A; 3MHV C; 3UK6 A; 1Z5C A; 3DFZ A; 3UGJ A; 4DUZ M; 5FTN A; 3SYL A; 2HL7 A; 4CGY B; 4JI4 M; 4GIT A; 1CUK A; 1DGB A; 2MRO B; 2XLJ A; 4PDG A; 3FUU A; 1OTR A; 1SXJ E; 4FD2 A; 5JI3 E; 1QUS A; 2OPF A; 2DAG A; 3JAM S; 1NSF A; 4G3O A; 4IBD A; 3HJS A; 4L4U A; 1R2Z A; 4L16 A; 1PJJ A; 4HLQ A; 2HKJ A; 4II7 A; 1TH3 A; 4DR4 M; 2C99 A; 1VEG A; 3MK6 A; 4LFB M; 4MH0 E; 4LZJ A; 4DR3 M; 2F4V M; 1IXZ A; 4NRW A; 3AOE A; 3RGP A; 4AZF A; 2CUZ A; 2VDB B; 1IQP A; 1NHG C; 1OIZ A; 1WJ7 A; 2YQZ A; 1GKI A; 3HU2 A; 2R46 A; 2R4E A; 1N32 M; 5IRE B; 3FUX A; 1PJQ A; 3HHX A; 1TGU A; 4HL4 A; 1G71 A; 4R7G A; 3EIE A; 5ITY A; 5FTK A; 1HQY E; 2JY7 A; 4IBC A; 2UUB M; 3A45 A; 3CTW B; 1OAI A; 1V33 A; 3KOY E; 1IBM M; 1A5T A; 5EP3 A; 4KLN A; 4LJ6 A; 1Q3C A; 2B3T A; 2KNZ A; 4JI1 M; 3FTC A; 2XSZ D; 3SFZ A; 3L25 A; 4D82 A; 2XFS A; 2ZBK B; 3GLF B; 1L2C A; 3J7A S; 1FNN A; 2DHR A; 1NNU C; 3GLI B; 2CV2 A; 4DV5 M; 2XF3 A; 4OU7 A; 2D7G A; 5KPR A; 3A46 A; 2FS1 A; 4GHA A; 3GQ5 A; 4RF0 A; 1MU5 A; 3ZC7 B; 5LMN M; 1OKS A; 2J7N A; 3ILK A; 2HCB A; 1J7K A; 3U61 B; 2DWL A; 1TH4 A; 4B3T M; 1V92 A; 3UMM A; 2ZM6 M; 1LV7 A; 1Q02 A; 4X64 M; 2R62 A; 3FUT A; 3GLF A; 2KW0 A; 3VDU A; 2V1U A; 2EO2 A; 3I04 M; 3D8L A; 3FE3 A; 1DGG A; 1QDR A; 4B7G A; 2F5O A; 3GLI A; 4UN2 B; 2CV0 A; 4B3M M; 1DO2 A; 1JR3 D; 2R6F A; 3U6E A; 1ZV1 A; 3SAU A; 5DFL A; 1W5S A; 2DZN B; 1PJS A; 3T15 A; 3ZQJ A; 1K3W A; 1IN6 A; 4AG6 A; 4GRI A; 3L26 A; 1LTM A; 2FH0 A; 1GLN A; 2RRU A; 3LQR A; 3KSJ A; 3Q8X A; 4NRV A; 3VDP A; 1C7Y A; 2KA6 B; 1XNR M; 4L78 A; 4G4R A; 4G4O A; 3J27 B; 1DGF A; 2O25 A; 2JZ0 A; 2XGN A; 1ZMV A; 3H4J A; 3CGW A; 4QNR A; 3T38 A; 5H37 D; 4NOO B; 2GQF A; 5ITX A; 2C5R A; 3KOZ E; 1BVS A; 5FTL A; 1NV9 A; 4NSO B; 3GPX A; 2OO9 A; 1OJL A; 1D0L A; 3KVW A; 4XBO A; 4B3S M; 1WR1 B; 2LVO C; 4OW0 A; 1TTE A; 1IFY A; 4GEW A; 3AL0 C; 4AW4 A; 1DO0 A; 3PFI A; 4NC6 A; 4OVZ B; 4P17 A; 2X8A A; 1L2D A; 1Z5B A; 2I7P A; 4MGH A; 1G8P A; 2JA2 A; 2MJ5 B; 1H6U A; 1QUT A; 2ZAN A; 2AHM A; 3FRH A; 5EP1 A; 1SG9 A; 2VF8 A; 3FUW A; 2ZAM A; 1ZMU A; 2L4F A; 3TWK A; 5KPT A; 4A3V B; 3GPP A; 4D81 A; 2LNH C; 1QAQ A; 4PCZ A; 4LF7 M; 2QNJ A; 3KOW E; 4M9X A; 5KQ8 A; 3OTO M; 4OX9 M; 2F5Q A; 5BR8 M; 4MGZ E; 1I94 M; 2UXB M; 3GLH A; 3R9X B; 2DNA A; 2APL A; 1QZM A; 2KHH A; 2J7O A; 2WSE F; 2RGO A; 4JV5 M; 4TUW A; 2LXE A; 2DAK A; 2X4A A; 2BWE A; 2Z3X A; 3HJQ A; 5LMU M; 2JY5 A; 4KOD A; 3J2P B; 4FWD A; 2F5S A; 1HQC A; 4JI8 M; 2JUJ A; 4OVZ A; 2W82 A; 4JI3 M; 3GQ3 A; 2HHH M; 4DV2 M; 4DV3 M; 2QZ4 A; 1QQW A; 1XXH E; 1PGY A; 1OFH A; 4CHT B; 3C58 A; 2DWN A; 1IXR C; 3HZJ A; 5EXT A; 5EXS A; 1YUB A; 1Q39 A; 2C96 A; 2QQ8 A; 3T6P A; 3HU3 A; 1GVN A; 4AI6 A; 4DR6 M; 3K92 A; 2Z7J A; 3JR4 A; 1XB2 B; 3L2A A; 4QHS A; 4DR5 M; 1N36 M; 4B7F A; 4IBE A; 2YFQ A; 3C3E A; 3FD9 A; 2NQ8 C; 1XXH A; 5ITR A; 3V76 A; 1NNJ A; 1PRB A; 2HWJ A; 3K9P A; 1YE9 A; 3BBZ A; 5KO3 A; 2KRK A; 4LRT A; 4R3D A; 1FJG M; 2UUA M; 4D80 A; 2XZU A; 1WHC A; 2DAE A; 1JR3 E; 2WSF F; 4IBB A; 1VG5 A; 3NBI A; 2DEN A; 5E26 A; 4FWH A; 3I51 A; 2G5G X; 5KPZ A; 3KFU G; 2KZS A; 1OAO C; 3GRV A; 1XMO M; 4FCV A; 1EE8 A; 1MJG M; 2D7E A; 2VF7 A; 4DV6 M; 3W67 A; 2F5P A; 1TH2 A; 2UU9 M; 3IG8 A; 3M6A A; 1GL6 A; 2QBY B; 4I4L A; 3LMM A; 2JP7 A; 1SXJ A; 1VDD A; 3AOG A; 3LVW A; 3U6M A; 1J5E M; 2WZJ A; 4XK8 F; 1WGN A; 3PVS A; 3SAS A; 2G8L A; 3HHW A; 2C9C A; 4LFC M; 2A5Y B; 2L7I A; 3B7N A; 1EFU B; 4LZZ A; 3W0L B; 5BPV A; 5ITT A; 4PT5 A; 1Z6T A; 2KNA A; 4MB7 A; 4DR2 M; 2LVA A; 3RFW A; 1V34 A; 4B3R M; 3HHY A; 2DAI A; 2Q2E B; 3W0F A; 4DV7 M; 1WXQ A; 2C9O A; 3LW5 F; 2FNA A; 3J7B A; 5ITQ A; 4EIW A; 4G4N A; 1JB0 F; 2QBY A; 4DR7 M; 4MGY E; 2R45 A; 2CWB A; 3IEC A; 3M7G A; 2DXI A; 4DR1 M; 4L15 A; 3FKE A; 4GC9 A; 4AKG A; 3AOE C; 1SXJ C; 2HAK A; 4ZPX A; 5EQT A; 1G41 A; 3HHZ A; 3GRY A; 2P5T A; 4YY3 M; 5ITU A; 1J09 A; 3AFH A; 4KO8 A; 2CP8 A; 2H1R A; 3L27 A; 1KFV A; 4JYA M; 4CJ6 A; 7CAT A; 4F1I A; 4PD2 A; 4G6Z A; 2R4J A; 3HJ8 A; 4DV0 M; 3IG5 A; 4HEO A; 1ZAE A; 4Z6Y A; 2JZ1 A; 1HT1 E; 2H5X A; 3U6L A; 3B7Q A; 1D0K A; 2KXE A; 2E5L M; 5KQD A; 1N33 M; 3HY5 A; 4S12 A; 2LVP C; 4KT0 F; 2Y21 A; 1G4A E; 3GP1 A; 2LWX A; 4DV4 M; 3SAV A; 2KNV A; 2BJV A; 2CFO A; 4LY6 A; 1R4G A; 1OFI A; 5FSW A; 3HX3 A; 1QYR A; 2K47 A; 3I4V A; 4JI0 M; 2I7N A; 1QZE A; 1K82 A; 4JI6 M; 4X65 M; 3FUV A; 3Q8G A; 1S3S A; 2JY6 B; 3A98 B; 3PNY A; 4LGY A; 2M60 A; 2F5N A; 4Z8X A; 2KRU A; 1GJS A; 3KDS E; 1E9R A; 2R44 A; 8CAT A; 1L8Q A; 5JI2 E; 3K1J A; 1RU3 A; 1KSF X; 1R7R A; 2N35 A; 3GQ4 A; 3FTE A; 1NY6 A; 2EKK A; 3DA1 A; 3TWL A; 2VII A; 4CIZ A; 2G3Q A; 3GLH B; 1K3X A; 3AV0 A; 3UJN A; 4IBK A; 4REZ A; 4KHP M; 3E46 A; 3U6Q A; 1N77 A; 3WHK A; 4ANR A; 4DUY M; 2DI0 A; 1E94 E; 3B7Z A; 1Z5A A; 4M9Z A; 1IBK M; 3QAU A; 4I5S A; 2J5Y A; 2O5R A; 4X62 M; 2JY8 A; 2M5Z A; 4GHL A; 1ZMW A; 4MGI E; 4JXJ A; 3RGS A; 4NXN M; 2Y0T A; 4PDI A; 3KW6 A; 2YR0 A; 2ZTC A; 3L28 A; 3B74 A; 4WUR A; 1XWI A; 3IHP A; 3F92 A; 4L6V 6; 4AQY M; 3KS8 A; 4Q7J A; 3R8F A; 2DWZ B; 3VK7 A; 3GPU A; 3QWL A; 4LGM A; 3SBJ A; 4FVM A; 2ZAO A; 1XXH B; 1TDZ A; 2L6O A; 2VQF M; 2DAM A; 4NL4 H; 2DWM A; 4JI2 M; 2MH8 A; 1IN7 A; 1N75 A; 4QHT A; 2BNK A; 1QDT A; 3GLG E; 1NV8 A; 4WW0 A; 4JN6 A; 1ZQ9 A; 4MM3 B; 4QOS A; 3J80 S; 4JI7 M; 5GKN A; 5C1B A; 3VK8 A; 3AJI B; 3JR5 A; 3KOX E; 2KEB A; 3MMP A; 2LBC A; 2X49 A; 2XSZ A; 3A42 A; 1ORY B; 1QAM A; 3GRR A; 1R2Y A; 1GL7 A; 4IBG A; 2R18 A; 2JWS A; 3I01 M; 3THG A; 3VKH A; 1Z59 A; 1HR0 M; 2L7H A; 3U6C A; 1SXJ B; 4LJ7 A; 2ZTD A; 4K0K M; 3KP0 E; 2UUC M; 1IN5 A; 5F3W A; 2FFJ A; 2Y20 A; 3DOA A; 2DZO B; 2JNH A; 3E4R A; 1L2B A; 2RKO A; 2JXN A; 3D8B A; 4LJ9 A; 4FCW A; 1MX0 A; 1NVM A; 1JQJ C; 1IN8 A; 1VEK A; 4M9S A; 4GC5 A; 2V1C A; 3KSX A; 4JI5 M; 3TPZ A; 1DV0 A; 1Y8G A; 3HKP A; 1HNZ M; 3SAW A; 2GNO A; 2XZF A; 1IM2 A; 5FLX S; 1VDL A; 1DGH B; 4RKU F; 2KZU A; 1OIP A; 3I4Y A; 1NJG A; 1QVR A; 2K9D A; 1QAO A; 3GRU A; 1JR3 A; 2EJS A; 2YNM D; 1GO5 A; 3U5Z B; 1AUA A; 2L2D A; 1W5T A; 4LF8 M; 4BLC A; 3U6P A; 4FWG A; 5L8R F; 2DZL A; 4FW9 A; 2OOB A; 2LH0 A; 5IT9 S; 4LF4 M; 4LF6 M; 2OQ4 A; 4NSR A; 1VEJ A; 3U60 B; 1IXS B; 3FRI A; 4LF9 M; 4RF1 A; 3BOS A; 3SMS A; 3KP1 E; 3KS4 A; 1L1Z A; 4IBI A; 5IZ7 D; 1DGH A; 4DV1 M; 4GKJ M; 1TF0 B; 1YSY A; 4YHH M; 3AKZ A; 2R0I A; 1IBL M; 3TE6 A; 5DNY A; 1G59 A; 2FOI C; 2K6B A; 2WSC F; 1UFZ A; 3FTD A; 1TR8 A; 2CHV A; 3U5Z A; 1EIJ A; 3E21 A; 3SAT A; 3TQS A; 3L29 A; 3TWM A; 1NHW C; 3T1H M; 1D0M A; 3SMP A; 3C9P A; 2DKL A; 2QP9 X; 3U60 A; 1N78 A; 2DVW B; 1IXS A; 2CRU A; 3WHL A; 1XNQ M; 2LVQ D; 1IY0 A; 4B7H A; 2RGH A; 4ITQ A; 5EP2 A; 2UXD M; 3U6O A; 4LJA A; 1GAB A; 1OQY A; 2CHG A; 1XC8 A; 1E9S A; 1PJI A; 4L8R C; 3HGI A; 3SHF A; 2C98 A; 5EXP A; 3LQQ A; 4M0W A; 1WGL A; 3K2L A; 1NY5 A; 2ERC A; 4M0D A; 2LHC A; 4MGK E; 3SHG B; 1YLA A; 5C18 A; 3CF0 A; 4CIS A; 4I8O A; 2CV1 A; 4IJF A; 3NBX X; 4WP2 A; 3GLF E; 2UXC M; 3VFD A; 3GLI E; 4BBA A; 2V6Z M; 2EA0 A; 3NWL A; 3PNV A; 1I4W A; 2XEP A; 3FYC A; 4GIP A; 1AIP C; 5EJC A; 3UZU A; 3MJ5 A; 3B9P A; 3U6S A; 3LCV B; 4R71 A; 2QEN A; 3K9O A; 3GO8 A; 3LCU A; 3SC3 A; 3ZH9 B; 3K8Z A; 3CF2 A; 2D7H A; 1SXJ D; 2Z4S A; 1HNX M; 1HNW M; 2LTU A; 4FCT A; 4LCB A; 3J81 S; 3T1Y M; 2O01 F; 3FYD A; 5ITX E; 4QNM A; 5FTJ A; 2FE8 A; 2Y0Q A; 2K0B X; 3C3D A; 2VQE M; 1PM5 A; 2LVN C; 3DZD A; 1MN3 A; 3U61 A; 2CHQ A; 2EKF A; 3SYK A; 1T43 A; 4IBJ A; 4LFA M; 2CEA A; 1R6B X; 3QYB A; 2Z8Y M; 3ZCB B; 4B08 A; 1XMQ M; 3B89 A; 5E6J A; 2QPA A; 1NO1 A; 3LVV A; 4RNA A; 3RE8 A; 3GLG B; 4LG2 A; 4LF5 M; 1VQ1 A; 4Y28 F; 1TDH A; 5DYI A; 3M0E A; 2XH9 A; 1R5L A; 1G3I A; 1GJT A; 2XFT A; 1T3T A; 2KDL A; 1HT2 E; 2QSF X; 1E32 A; 1T6O A; 5A2Q S; 4I81 A; 4GKK M; 1QAN A; 3PXG A; 4XGI A; 1IN4 A; 3GPY A; 1N34 M; 3GLH E; 3SAR A; 2DHY A; 3KXE C; 4F2L A; 3CF6 E; 4BB9 A; 2MR9 A; 1WIV A; 2L4E A; 1Q3B A; 1F4I A; 1L1T A; 2L09 A; 1IY1 A; 3FTF A; 3QYE A; 5EP4 A; 1PJT A; 2EUC A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3H4M A; 4GH9 A; 4IIW A; 4AG5 A; 3GLG A; 3U6D A; 3HU1 A; 3VKG A; 3E9S A; 3EIH A; 4NXM M; 1D2N A; 5EXX A; 4LJ4 A; 1KYI A; 1NJF A; 4IJE A; 4P16 A; 5IWA M; 1X37 A; 5DYG A; 1IY2 A; 3TL4 X; 4LRS A; 2Z4R A; 4QOZ C; 2R65 A; 1XHB A; 2QCU A; 2CE7 A; 4AKI A; 2BJW A; 3HWS A; 5FTM A; 1UM8 A; 4W5W A; 4LJ8 A; 4AKH A; 3VLF B; 1C1K A; 4IBF A; 4X66 M; 4GMQ A; 4LJ5 A; 4G4Q A; 3MHV C; 3UK6 A; 1Z5C A; 3DFZ A; 3UGJ A; 4DUZ M; 5FTN A; 3SYL A; 2HL7 A; 4CGY B; 4JI4 M; 4GIT A; 1DGB A; 2XLJ A; 4PDG A; 3FUU A; 1SXJ E; 4FD2 A; 5JI3 E; 2OPF A; 3JAM S; 1NSF A; 4IBD A; 3HJS A; 4L4U A; 1R2Z A; 4L16 A; 1PJJ A; 4HLQ A; 2HKJ A; 4II7 A; 1TH3 A; 4DR4 M; 2C99 A; 3MK6 A; 4LFB M; 4MH0 E; 4LZJ A; 4DR3 M; 2F4V M; 1IXZ A; 3AOE A; 3RGP A; 4AZF A; 2CUZ A; 1IQP A; 1NHG C; 2YQZ A; 1GKI A; 3HU2 A; 2R46 A; 2R4E A; 1N32 M; 5IRE B; 3FUX A; 3HHX A; 1TGU A; 4HL4 A; 4R7G A; 5ITY A; 3EIE A; 5FTK A; 1HQY E; 4IBC A; 2UUB M; 3A45 A; 3CTW B; 3KOY E; 1IBM M; 5EP3 A; 4KLN A; 4LJ6 A; 1Q3C A; 4JI1 M; 3FTC A; 2XSZ D; 3SFZ A; 3L25 A; 4D82 A; 2XFS A; 2ZBK B; 3GLF B; 1L2C A; 3J7A S; 1FNN A; 2DHR A; 1NNU C; 3GLI B; 2CV2 A; 4DV5 M; 2XF3 A; 4OU7 A; 2D7G A; 5KPR A; 3A46 A; 4GHA A; 3GQ5 A; 4RF0 A; 1MU5 A; 3ZC7 B; 5LMN M; 2J7N A; 3ILK A; 2HCB A; 1J7K A; 3U61 B; 2DWL A; 1TH4 A; 4B3T M; 3UMM A; 2ZM6 M; 1LV7 A; 4X64 M; 2R62 A; 3FUT A; 3GLF A; 2KW0 A; 3VDU A; 2V1U A; 2EO2 A; 3D8L A; 4B7G A; 1DGG A; 2F5O A; 2CV0 A; 4B3M M; 3GLI A; 1DO2 A; 1JR3 D; 3U6E A; 3SAU A; 1W5S A; 2DZN B; 1K3W A; 3T15 A; 1IN6 A; 4AG6 A; 4GRI A; 3L26 A; 1GLN A; 3LQR A; 3Q8X A; 3KSJ A; 4NRV A; 3VDP A; 2KA6 B; 1XNR M; 4L78 A; 4G4R A; 4G4O A; 3J27 B; 1DGF A; 2XGN A; 3T38 A; 5H37 D; 4QNR A; 2C5R A; 4NOO B; 5ITX A; 3KOZ E; 5FTL A; 3GPX A; 4NSO B; 1OJL A; 3KVW A; 4XBO A; 4B3S M; 4OW0 A; 3AL0 C; 4AW4 A; 1DO0 A; 3PFI A; 4OVZ B; 2X8A A; 1L2D A; 1Z5B A; 2I7P A; 4MGH A; 1G8P A; 2JA2 A; 2ZAN A; 1H6U A; 5EP1 A; 2AHM A; 3FUW A; 2ZAM A; 3TWK A; 5KPT A; 4A3V B; 3GPP A; 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