The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
73
|
structure length |
73
|
Chain Sequence |
AVSDVWSLSKTSMTFQPKKASLQPLTISLDELFSSRGEFISVGGNGRMSHKEAILLGLRYKKLYNQARVKYSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid in complex with the nucleocapsid-binding domain of the small polymerase cofactor, P.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phosphoprotein
|
| molecule tags |
Viral protein/rna
|
| source organism |
Vesicular stomatitis indiana virus
|
| total genus |
9
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| structure length |
73
|
| sequence length |
73
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-05-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HHW A; 3HHZ A; 2K47 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MMP A; 1IXS B; 1UFZ A; 3R9X B; 1IBM M; 3C3D A; 3FTE A; 1HQC A; 1PJJ A; 5JI2 E; 4GIT A; 4IJE A; 1WIV A; 4LZZ A; 4LFB M; 3ZC7 B; 1R5L A; 1G71 A; 3VDU A; 4GC5 A; 5H37 D; 1SXJ A; 2EO2 A; 2RRU A; 4I5S A; 3QWL A; 3B7N A; 2MJ5 B; 2M60 A; 2EJS A; 5KO3 A; 1IBK M; 2CWB A; 4XK8 F; 2C99 A; 2D7H A; 3HHY A; 1NJG A; 5ITX E; 4JI2 M; 1QAM A; 1ZMV A; 2CFO A; 2XF3 A; 4PDG A; 4JN6 A; 4ITQ A; 1I94 M; 2OQ4 A; 4DV0 M; 3KSX A; 4I8O A; 4DR2 M; 4X64 M; 2R46 A; 2BJW A; 2D7G A; 2HCB A; 3UJN A; 4DR1 M; 2Z3X A; 1ORY B; 1TH4 A; 2DEN A; 2MGW A; 2YNM D; 4DV7 M; 4CHT B; 1G3I A; 4RNA A; 3FE3 A; 3LQR A; 1QAQ A; 1D2N A; 1XMQ M; 1WGN A; 2R45 A; 4FCW A; 3KXE C; 4DUY M; 2JXN A; 2QP9 X; 3AOE A; 4S12 A; 5EQT A; 2HWJ A; 1Q02 A; 2JNH A; 2EKK A; 4W5W A; 3W68 A; 2P5T A; 4DV5 M; 1I4W A; 2Y0Q A; 5JI3 E; 3HHW A; 4DR5 M; 2L7I A; 2DWL A; 2ZTD A; 3VDP A; 4B3M M; 1D0M A; 3U6D A; 4NC6 A; 2O01 F; 3U6E A; 3KDS E; 4GHA A; 3QYE A; 3HHZ A; 2DAG A; 3CF6 E; 4LF4 M; 1GJS A; 1WJ7 A; 3LQQ A; 3GQ5 A; 1E9S A; 5C1B A; 3TL4 X; 3AKZ A; 4QOZ C; 1AIP C; 3GLH E; 1J7K A; 2BWE A; 2QZ4 A; 1MN3 A; 2X49 A; 4F1I A; 1VDL A; 3DFZ A; 4AG6 A; 3D8L A; 2VF8 A; 3AJI B; 3U61 A; 4LZJ A; 2LXE A; 4CGY B; 5FSW A; 4B7H A; 3R8F A; 1AUA A; 1XNQ M; 2C98 A; 3I04 M; 1GL6 A; 3U5Z A; 5LMN M; 4TUW A; 5L8R F; 1E9R A; 2V6Z M; 4FWG A; 1D0K A; 4NOO B; 4FCV A; 3TQS A; 1QZM A; 2UUA M; 1N32 M; 4LFA M; 2L6O A; 4AQY M; 1Y8G A; 1K3W A; 3GLH B; 3L25 A; 2DNA A; 1XHB A; 3SMP A; 1C7Y A; 3FTC A; 1X37 A; 2CRU A; 3MK6 A; 3GLI A; 2ZAM A; 4Q7J A; 1PM5 A; 2XGN A; 4JI8 M; 1SXJ C; 1QUT A; 4DV4 M; 2EA0 A; 4M9Z A; 4NSO B; 5FTL A; 1YE9 A; 4GIP A; 3IG8 A; 2DHY A; 3M0E A; 1L1Z A; 1UM8 A; 2ZAO A; 1P3Q Q; 4Z6Y A; 1ZMU A; 3U6M A; 1L2D A; 3LW5 F; 3AOG A; 1OFH A; 2D7E A; 3E21 A; 4BBA A; 2QPA A; 1XB2 B; 2Y0T A; 3PNV A; 3SAW A; 2C9C A; 2L09 A; 2UU9 M; 4WP2 A; 4DBG B; 1EIJ A; 1JR3 A; 3QYB A; 2F5N A; 1C1K A; 3TPZ A; 1DGF A; 4B08 A; 7CAT A; 3A45 A; 3AOE C; 2L7H A; 4GMQ A; 2KA6 B; 2DWN A; 1NHG C; 4M0D A; 3GQ4 A; 1XXH A; 1KYI A; 2A5Y B; 1PJQ A; 3FRH A; 3MHV C; 3SBJ A; 1N78 A; 5EP2 A; 2EUC A; 1NV8 A; 1YSY A; 2KEB A; 3L27 A; 3KS4 A; 4L16 A; 2LH0 A; 2CE7 A; 3BOS A; 2JY7 A; 1YLA A; 1FNN A; 2H5X A; 2KW0 A; 3TE6 A; 5KPT A; 3SYL A; 2G5G X; 3U6L A; 2K0B X; 1N75 A; 3FUU A; 3MJ5 A; 4AZF A; 3J81 S; 1J09 A; 1R4G A; 1IY0 A; 1OIP A; 2ERC A; 2QBY A; 2JZ0 A; 1NVM A; 2RKO A; 4JI1 M; 4JI4 M; 3KS8 A; 2F5Q A; 2I7P A; 3DOA A; 3LVV A; 4JI3 M; 3SC3 A; 1TH2 A; 3ZH9 B; 3CGW A; 2VQE M; 1WHC A; 4X62 M; 4MGH A; 3SHG B; 4L15 A; 1OFI A; 1PRB A; 1A5T A; 1GL7 A; 4JYA M; 2DAM A; 3E9S A; 4HLQ A; 3GLF E; 3T1H M; 1HNZ M; 3FUW A; 4BLC A; 2XLJ A; 4XGI A; 2YQZ A; 1NO1 A; 3SYK A; 3KOX E; 3VFD A; 2X8A A; 3T1Y M; 2N35 A; 2CHV A; 4B3S M; 2XZF A; 3U6Q A; 4IBE A; 3I4Y A; 3TWK A; 1VEK A; 1T3T A; 3GLG E; 3VK7 A; 4GEW A; 4NXM M; 4X66 M; 3KFU G; 5ITU A; 4AW4 A; 2LTU A; 3KOY E; 3PFI A; 2ZAN A; 2UXD M; 4NSR A; 2QCU A; 5IWA M; 2JY6 B; 1PGY A; 3HWS A; 3GLF B; 2MH8 A; 4FW9 A; 2F5P A; 1DGH A; 3FYC A; 4K0K M; 4NL4 H; 2R4E A; 5GKN A; 5ITQ A; 4KLN A; 3Q8X A; 5LMU M; 5EJC A; 2DI0 A; 2XFT A; 4A3V B; 1L2B A; 4GKJ M; 3K1J A; 3GLG B; 1GVN A; 4D81 A; 3SAS A; 3SAV A; 3K2L A; 2X4A A; 3Q8G A; 2APL A; 3FYD A; 3JR5 A; 2Y20 A; 3BBZ A; 4GC9 A; 4G4R A; 2DWZ B; 4LJ9 A; 4KOD A; 3T15 A; 4OVZ B; 2QNJ A; 4YY3 M; 4QOS A; 2CHQ A; 2M5Z A; 1NY5 A; 1Q39 A; 3B74 A; 2HAK A; 4LFC M; 3CF0 A; 1QDR A; 2QHO B; 1CUK A; 2QSF X; 2J7N A; 2LNH C; 2CV0 A; 1HNW M; 1IY2 A; 4R7G A; 4P17 A; 4LRT A; 4DV6 M; 2DZL A; 2JZ1 A; 2Z4R A; 3HZJ A; 2H1R A; 4MGZ E; 1TF0 B; 2CUZ A; 2FH0 A; 4MGI E; 3B89 A; 3PXG A; 2F4V M; 3NWL A; 2DAI A; 5EP1 A; 3U6P A; 1SXJ D; 2UXC M; 2B3T A; 4B3T M; 1FJG M; 1K82 A; 2FFJ A; 3HJQ A; 1QDT A; 4P16 A; 4I4L A; 2RGH A; 1VDD A; 5C18 A; 2K9D A; 5DYI A; 4RF1 A; 5KPR A; 2R62 A; 2CV1 A; 3JAM S; 4R71 A; 1WGL A; 3K8Z A; 4PD2 A; 1S3S A; 2DWM A; 1GKI A; 5DFL A; 1QAO A; 2L4F A; 4FVM A; 3HU2 A; 4IBB A; 1R6B X; 2OOB A; 4IBC A; 4LJ6 A; 3J7B A; 2RGO A; 3L26 A; 3VKH A; 3NBX X; 4NXN M; 3VK8 A; 4NRW A; 3GRV A; 4IBI A; 1N33 M; 1OAO C; 1V92 A; 5DNY A; 2KXE A; 5KPZ A; 1SXJ E; 1GLN A; 5FTM A; 3F92 A; 4UN2 B; 4LGY A; 2JUJ A; 2R4J A; 1MX0 A; 3UK6 A; 1GJT A; 1TR8 A; 1V33 A; 1Z5A A; 3HJ8 A; 1V34 A; 3GRY A; 3K9P A; 4PCZ A; 5FTN A; 2ZM6 M; 2FOI C; 1IXS A; 3NBI A; 4AI6 A; 3HU3 A; 4PT5 A; 1OAI A; 1TH3 A; 3E46 A; 4G4Q A; 3SHF A; 2HKJ A; 5DYG A; 5EXS A; 2OPF A; 4L4U A; 5FTJ A; 4D80 A; 2EKF A; 3CF2 A; 1L2C A; 4RKU F; 1OJL A; 1SXJ B; 2MRO B; 3GLF A; 1D0L A; 3GP1 A; 1RU3 A; 1ZAE A; 4JV5 M; 1K3X A; 2WSF F; 5ITY A; 4X65 M; 1GAB A; 4M9S A; 2G3Q A; 3VLF B; 1T6O A; 1R2Z A; 1G8P A; 1IY1 A; 1XMO M; 1IFY A; 3B9P A; 1LV7 A; 2R44 A; 3BXW A; 1N34 M; 3LVW A; 2Z8Y M; 3GQ3 A; 4LRS A; 3SAT A; 2BWB A; 4GHL A; 2Z7J A; 1QUS A; 1ZV1 A; 3ZCB B; 4B3R M; 1J5E M; 2XSZ A; 2OO9 A; 2FNA A; 2LVN C; 1VG5 A; 5KQD A; 1IXR C; 4DV2 M; 2LHC A; 2QEN A; 2YFQ A; 1DO0 A; 3EIH A; 2BJV A; 2O25 A; 2R0I A; 5EXP A; 3W0L B; 2V1U A; 3I01 M; 2Y21 A; 3HHX A; 2KZS A; 1L1T A; 2J5Y A; 5ITX A; 3HY5 A; 1T43 A; 3J27 B; 3GPP A; 5BR8 M; 4MGK E; 2ZBK B; 4RF0 A; 1Z6T A; 4DV1 M; 3RGP A; 1BVS A; 2KZU A; 2DZO B; 4LG2 A; 4IBJ A; 5IZ7 D; 4F2L A; 1MJG M; 1N77 A; 2UXB M; 2Z4S A; 4CJ6 A; 1EE8 A; 1HQY E; 1VEG A; 3LMM A; 4L6V 6; 4QNM A; 1OKS A; 3GO8 A; 3UZU A; 8CAT A; 1Z5B A; 2LBC A; 2VF7 A; 4Y28 F; 1JR3 D; 3GLI E; 2VQF M; 2GNO A; 5IRE B; 2NQ8 C; 5IT9 S; 4IBK A; 1E32 A; 5FTK A; 3L29 A; 2LHG A; 4GRI A; 4DUZ M; 4LGM A; 1Z59 A; 3W0F A; 4OU7 A; 3U60 B; 3U5Z B; 4LF5 M; 1DGG A; 1WR1 B; 4FWD A; 4R3D A; 4JXJ A; 4JI5 M; 3PNY A; 2LVA A; 3HGI A; 4QHT A; 1PJS A; 3GLH A; 3FUV A; 2ZTC A; 2F5S A; 3M7G A; 1JR3 E; 4G3O A; 3GLI B; 4ANR A; 4IBF A; 4B7F A; 1IN8 A; 2XH9 A; 2JY5 A; 4HEO A; 3U6C A; 2AHM A; 3SMS A; 2XEP A; 2LVQ D; 4LJA A; 4LF7 M; 4IJF A; 2XFS A; 2WZJ A; 4JI6 M; 3CTW B; 2JA2 A; 1E94 E; 1JQJ C; 1XXH E; 3C58 A; 3TWL A; 1NHW C; 3C3E A; 3SAU A; 2LWX A; 4JI0 M; 3SFZ A; 1GO5 A; 3KSJ A; 4GH9 A; 2I7N A; 1MU5 A; 1HT1 E; 1HR0 M; 3KVW A; 2O5R A; 3A42 A; 3IHP A; 3KOZ E; 3H4J A; 4ZPX A; 5ITR A; 2LVP C; 3J2P B; 4IIW A; 1HNX M; 2KNV A; 1KFV A; 1NJF A; 3K92 A; 2FE8 A; 1QZE A; 1IXZ A; 1H6U A; 2DVW B; 1WXQ A; 2L2D A; 4NRV A; 3M6A A; 2XZU A; 4DR6 M; 4JI7 M; 5EP4 A; 3U6S A; 1NNJ A; 2GQF A; 3I51 A; 1NY6 A; 3DZD A; 1XXH B; 1F4I A; 2OOA A; 1NSF A; 4LCB A; 4MM3 B; 2DAK A; 3RE8 A; 1OIZ A; 5EXT A; 2CV2 A; 3W67 A; 1IN6 A; 3THG A; 4G6Z A; 3J7A S; 4MB7 A; 4OW0 A; 3GRR A; 4AG5 A; 1QAN A; 2K47 A; 4I81 A; 2QBY B; 2KNZ A; 1L8Q A; 1NNU C; 4KT0 F; 3FTF A; 4DR4 M; 3V76 A; 3B7Q A; 4L78 A; 1IQP A; 3RFW A; 3FD9 A; 4KO8 A; 4QNR A; 1TDH A; 3T38 A; 2C96 A; 1G4A E; 3E4R A; 4AKH A; 1IN7 A; 2CEA A; 3RGS A; 4AKG A; 2UUC M; 2G8L A; 4XBO A; 2VDB B; 3L2A A; 4FCT A; 1Z5C A; 4IBD A; 1VQ1 A; 3J80 S; 2KRU A; 2KNA A; 3UMM A; 2DKL A; 3GPY A; 4LF9 M; 3WHL A; 1DGB A; 2R6F A; 3PVS A; 4G4N A; 3GPX A; 3ILK A; 3IG5 A; 4LY6 A; 4Z8X A; 1YUB A; 3IEC A; 5EXX A; 3U60 A; 2FS1 A; 3L28 A; 4LF6 M; 1R2Y A; 4DR7 M; 4DR3 M; 1KSF X; 2VII A; 3HX3 A; 4FWH A; 2CHG A; 2CP8 A; 4LJ7 A; 3WHK A; 3A98 B; 3ZQJ A; 1G59 A; 1N36 M; 2JY8 A; 3UGJ A; 2DXI A; 4BB9 A; 3VKG A; 3HKP A; 4L8R C; 1DGH B; 1PJT A; 2DZN B; 4HL4 A; 4D82 A; 3A46 A; 4LF8 M; 1NV9 A; 2J7O A; 3AFH A; 1DV0 A; 3FUT A; 4B7G A; 3EIE A; 1IN5 A; 3H4M A; 3B7Z A; 3GLG A; 2C9O A; 3I4V A; 4IBG A; 4EIW A; 2KHH A; 4DV3 M; 1LTM A; 3AL0 C; 5BPV A; 1W5T A; 3JR4 A; 3TWM A; 3OTO M; 1SG9 A; 4OVZ A; 2DHR A; 1PJI A; 1DO2 A; 2HHH M; 2UUB M; 3GPU A; 1QYR A; 4LJ5 A; 1OQY A; 4CIZ A; 1Q3C A; 3SAR A; 2V1C A; 2YR0 A; 4MH0 E; 1IM2 A; 1HJP A; 2W82 A; 5E6J A; 5EP3 A; 2R18 A; 3LCU A; 5F3W A; 2F5O A; 4CIS A; 4AKI A; 3FTD A; 2KDL A; 4REZ A; 1R7R A; 4GKK M; 4MGY E; 5FLX S; 2HL7 A; 2KRK A; 2E5L M; 3C9P A; 4KHP M; 2Q2E B; 1JB0 F; 1TDZ A; 1XWI A; 3KOW E; 3GRU A; 4M0W A; 3KP1 E; 1IBL M; 4YHH M; 1ZQ9 A; 4WUR A; 3K9O A; 3AV0 A; 3FKE A; 3LCV B; 4II7 A; 5E26 A; 3U6O A; 1VEJ A; 2DAE A; 3U61 B; 1TGU A; 1ZMW A; 2JP7 A; 2K6B A; 1HT2 E; 2MR9 A; 3KW6 A; 3D8B A; 4WW0 A; 5A2Q S; 2QQ8 A; 3HJS A; 3DA1 A; 3FRI A; 1TTE A; 1W5S A; 2JWS A; 1EFU B; 1QQW A; 3HU1 A; 5ITT A; 4FD2 A; 2XSZ D; 1G41 A; 4QHS A; 2LVO C; 1QVR A; 3FUX A; 4LJ4 A; 2WSC F; 4G4O A; 1Q3B A; 4OX9 M; 2R65 A; 2L4E A; 2WSE F; 1XC8 A; 1OTR A; 3QAU A; 5KQ8 A; 2C5R A; 4M9X A; 3T6P A; 1IN4 A; 3KP0 E; 2BNK A; 4LJ8 A; 1XNR M; 4PDI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1IXS B; 3R9X B; 1IBM M; 3FTE A; 1HQC A; 1PJJ A; 5JI2 E; 4GIT A; 4IJE A; 4LFB M; 4LZZ A; 3ZC7 B; 3VDU A; 4GC5 A; 5H37 D; 1SXJ A; 2EO2 A; 4I5S A; 3QWL A; 2M60 A; 5KO3 A; 1IBK M; 2C99 A; 2D7H A; 3HHY A; 1NJG A; 5ITX E; 4JI2 M; 1QAM A; 2CFO A; 2XF3 A; 4PDG A; 4ITQ A; 4JN6 A; 1I94 M; 2OQ4 A; 4DV0 M; 3KSX A; 4I8O A; 4DR2 M; 4X64 M; 2R46 A; 2BJW A; 2D7G A; 2HCB A; 3UJN A; 4DR1 M; 2Z3X A; 1ORY B; 1TH4 A; 2YNM D; 4DV7 M; 4CHT B; 1G3I A; 4RNA A; 3LQR A; 1QAQ A; 1D2N A; 1XMQ M; 2R45 A; 4FCW A; 3KXE C; 4DUY M; 2QP9 X; 3AOE A; 4S12 A; 5EQT A; 4W5W A; 4DV5 M; 4DR5 M; 2P5T A; 1I4W A; 2Y0Q A; 5JI3 E; 3HHW A; 2L7I A; 2DWL A; 3VDP A; 4B3M M; 3U6D A; 3U6E A; 3KDS E; 4GHA A; 3HHZ A; 3CF6 E; 4LF4 M; 3LQQ A; 3GQ5 A; 1E9S A; 5C1B A; 3TL4 X; 3AKZ A; 4QOZ C; 1J7K A; 2QZ4 A; 2X49 A; 3DFZ A; 4AG6 A; 3D8L A; 3AJI B; 3U61 A; 4LZJ A; 2LXE A; 4CGY B; 5FSW A; 4B7H A; 3R8F A; 1XNQ M; 2C98 A; 1GL6 A; 3U5Z A; 5LMN M; 4TUW A; 1E9R A; 2V6Z M; 4FWG A; 4NOO B; 4FCV A; 3TQS A; 1QZM A; 2UUA M; 1N32 M; 4LFA M; 2L6O A; 4AQY M; 1K3W A; 3GLH B; 3L25 A; 1XHB A; 3SMP A; 3FTC A; 1X37 A; 3MK6 A; 3GLI A; 2ZAM A; 1PM5 A; 2XGN A; 4JI8 M; 1SXJ C; 4DV4 M; 2EA0 A; 4M9Z A; 4NSO B; 5FTL A; 1YE9 A; 4GIP A; 3IG8 A; 3M0E A; 1L1Z A; 1UM8 A; 2ZAO A; 4Z6Y A; 1L2D A; 3U6M A; 3AOG A; 1OFH A; 2D7E A; 4BBA A; 2QPA A; 2Y0T A; 3SAW A; 3PNV A; 2UU9 M; 2C9C A; 2L09 A; 1JR3 A; 2F5N A; 1C1K A; 3TPZ A; 1DGF A; 4B08 A; 7CAT A; 3A45 A; 3AOE C; 2L7H A; 4GMQ A; 2KA6 B; 2DWN A; 1NHG C; 4M0D A; 3GQ4 A; 1XXH A; 1KYI A; 2A5Y B; 3MHV C; 3SBJ A; 1N78 A; 5EP2 A; 3L27 A; 2EUC A; 1YSY A; 2KEB A; 4L16 A; 3KS4 A; 2LH0 A; 2CE7 A; 3BOS A; 3TE6 A; 1FNN A; 5KPT A; 2KW0 A; 3U6L A; 3SYL A; 2G5G X; 3FUU A; 1N75 A; 3MJ5 A; 3J81 S; 4AZF A; 1J09 A; 1IY0 A; 2ERC A; 2QBY A; 1NVM A; 2RKO A; 4JI1 M; 4JI4 M; 3KS8 A; 2F5Q A; 2I7P A; 3DOA A; 3LVV A; 4JI3 M; 3SC3 A; 1TH2 A; 3ZH9 B; 2VQE M; 4X62 M; 4MGH A; 3SHG B; 4L15 A; 1OFI A; 1GL7 A; 4JYA M; 3E9S A; 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