The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
75
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structure length |
75
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Chain Sequence |
NTSVVLGDHFQAFIDSQVADGRYGSASEVIRAGLRLLEENEAKLAALRAALIEGEESGFIEDFDFDAFIEERSRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Conserved Mode of Protein Recognition and Binding in a ParD-ParE Toxin-Antitoxin Complex.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Toxin protein parE-1
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| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Caulobacter crescentus na1000
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| total genus |
24
|
| structure length |
75
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| sequence length |
75
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF03693 | ParD_antitoxin | Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KXE C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV1 M; 3K9O A; 1VEJ A; 2F5O A; 2DAE A; 4IBF A; 2DZL A; 2C5R A; 2XF3 A; 2KDL A; 4DUY M; 2V6Z M; 3SBJ A; 4NXN M; 1VEK A; 1GJT A; 2CRU A; 3BBZ A; 1Z6T A; 3FUT A; 1WGN A; 3I51 A; 3W0L B; 3FYD A; 4M9S A; 3OTO M; 1L2C A; 3A42 A; 1R7R A; 3ZCB B; 1R6B X; 1JQJ C; 2LH0 A; 3DZD A; 3M7G A; 4GIP A; 4DV5 M; 3GO8 A; 2F4V M; 3B74 A; 3HX3 A; 1XXH E; 4A3V B; 3AOG A; 3AFH A; 4DV2 M; 2ZTC A; 1IBM M; 2DVW B; 3KSX A; 4QHT A; 5FTJ A; 5EP3 A; 4IBJ A; 5LMN M; 2ERC A; 3C58 A; 2BWE A; 1QZE A; 1TR8 A; 5IZ7 D; 2L7H A; 1S3S A; 3U6O A; 5IWA M; 2HAK A; 2NQ8 C; 3RGP A; 2JNH A; 3UJN A; 5DNY A; 1QUS A; 2M5Z A; 4HEO A; 2Z4S A; 4KOD A; 2JA2 A; 2KA6 B; 1IXS A; 2DKL A; 4G4R A; 3U60 A; 3IG5 A; 3SAW A; 1VEG A; 3ILK A; 2K0B X; 1VQ1 A; 3SAS A; 4IBG A; 3M0E A; 4LRS A; 1NVM A; 4OX9 M; 5FTM A; 2LHC A; 4I81 A; 1GJS A; 1Q3B A; 4ITQ A; 2LVA A; 1ZMV A; 3E4R A; 4JI0 M; 1A5T A; 1Q3C A; 1QQW A; 2G3Q A; 2JUJ A; 1XNQ M; 1UM8 A; 2CV0 A; 3HHY A; 3GLG A; 3FD9 A; 1IY1 A; 4IBE A; 5KPZ A; 4DR5 M; 2XSZ A; 3U6P A; 4GMQ A; 1HT1 E; 3FUW A; 1N36 M; 2F5S A; 1C1K A; 2CV1 A; 2UUB M; 3KDS E; 4L8R C; 3GRV A; 2QNJ A; 3RFW A; 4DR7 M; 1J5E M; 2C9O A; 1SXJ A; 4IJE A; 5KQ8 A; 3U5Z B; 2JXN A; 2QSF X; 4AG5 A; 2OQ4 A; 1G3I A; 1QAQ A; 1WR1 B; 4DV6 M; 3MHV C; 1Z59 A; 2Z8Y M; 1YE9 A; 2BNK A; 1PJS A; 4MGI E; 1QAM A; 1V34 A; 4LJ7 A; 3RGS A; 3GLI A; 4Y28 F; 2YQZ A; 3Q8X A; 2XLJ A; 2MGW A; 4PT5 A; 2KZU A; 3BXW A; 2QHO B; 4FWH A; 4LY6 A; 2YR0 A; 1L2B A; 1D0K A; 2CHQ A; 1PM5 A; 4IBB A; 4LG2 A; 2GNO A; 2O01 F; 2LNH C; 3C3D A; 3WHK A; 4DV3 M; 2R46 A; 4LJ4 A; 1IM2 A; 4GC5 A; 1KSF X; 2Z7J A; 2R4J A; 4B3S M; 4HLQ A; 5EP2 A; 4LJ8 A; 3D8B A; 1XB2 B; 4FCW A; 4NSO B; 3GQ3 A; 4AKG A; 1OJL A; 3NWL A; 1E9R A; 2EO2 A; 3FUV A; 3U61 A; 3SFZ A; 4MB7 A; 7CAT A; 5FLX S; 3MK6 A; 5ITT A; 3T1Y M; 2DZO B; 3NBI A; 3SYK A; 5IRE B; 3FTD A; 4D81 A; 4Q7J A; 1Z5A A; 2X49 A; 5LMU M; 4MGZ E; 4LJ9 A; 1GL6 A; 1IXZ A; 3SAV A; 3J7A S; 4FWD A; 3GPU A; 3QYB A; 2JY6 B; 4L15 A; 3J80 S; 2ZAM A; 4FW9 A; 3ZC7 B; 4WUR A; 3B7Z A; 1MJG M; 4QOZ C; 2DHY A; 4YHH M; 3SAT A; 3HJQ A; 3HU2 A; 1FNN A; 2JY5 A; 3FUX A; 2KEB A; 4GRI A; 4JI3 M; 3SAU A; 4DR6 M; 1IXR C; 1V33 A; 2EKK A; 4JXJ A; 1HJP A; 2R62 A; 1FJG M; 2RGO A; 2M60 A; 1OIZ A; 1HT2 E; 3L28 A; 1IXS B; 2J7O A; 3U60 B; 2UXB M; 1CUK A; 4XGI A; 1PJJ A; 4EIW A; 4GEW A; 4P16 A; 4Z8X A; 1ORY B; 2HKJ A; 1IY0 A; 2J5Y A; 3HHW A; 4IIW A; 1W5T A; 3QAU A; 4RKU F; 2XSZ D; 4DR4 M; 1C7Y A; 4REZ A; 4LF4 M; 1HNX M; 4B3T M; 2X4A A; 2R6F A; 1TGU A; 2KRU A; 5JI2 E; 5ITU A; 3EIE A; 1QZM A; 2UUA M; 4LGY A; 3H4J A; 3M6A A; 3SC3 A; 4PDG A; 4X64 M; 3FTC A; 5ITY A; 1SXJ C; 4RF1 A; 2Y0Q A; 2OO9 A; 2G5G X; 5F3W A; 1D2N A; 3LMM A; 4NRW A; 3ZH9 B; 5DFL A; 2BJV A; 1NSF A; 4DR3 M; 2UXD M; 1R4G A; 2LBC A; 1PJQ A; 3B89 A; 3U6M A; 4JI6 M; 4FD2 A; 1NY5 A; 3SAR A; 4GHL A; 1E9S A; 1VDL A; 4MM3 B; 2R4E A; 4AG6 A; 1IN7 A; 1XHB A; 3I4Y A; 2X8A A; 1KFV A; 4LF7 M; 1GO5 A; 3PNV A; 3KOY E; 1BVS A; 1MX0 A; 2QBY A; 1HR0 M; 2H5X A; 2JY7 A; 3DFZ A; 3D8L A; 3VKH A; 3CF2 A; 1MN3 A; 3WHL A; 3TWM A; 1NV8 A; 4CIS A; 1G71 A; 4B7H A; 3VKG A; 1DO2 A; 2DWZ B; 2LTU A; 4KLN A; 2DEN A; 4NC6 A; 4RF0 A; 5JI3 E; 2L7I A; 3R9X B; 5EXX A; 2DWN A; 1X37 A; 4X66 M; 4QOS A; 2Y21 A; 3K8Z A; 4ZPX A; 4X62 M; 5KO3 A; 4JI7 M; 2OOB A; 3T15 A; 3QWL A; 1HQC A; 4OVZ B; 3UZU A; 3HKP A; 4LFB M; 3U6L A; 1EFU B; 3E21 A; 2ZBK B; 1ZMW A; 2OOA A; 2HCB A; 4M0D A; 2K9D A; 4RNA A; 2C99 A; 1L8Q A; 2DXI A; 2QCU A; 1GL7 A; 4LFC M; 2R44 A; 3SMS A; 3VDP A; 1OAO C; 1G41 A; 2RKO A; 2DWL A; 5FTL A; 2MR9 A; 5IT9 S; 3ZQJ A; 1JB0 F; 3MMP A; 4L78 A; 1K3W A; 5FTN A; 4M9Z A; 3KVW A; 3NBX X; 4D80 A; 3U6Q A; 2EJS A; 4K0K M; 2I7N A; 3CGW A; 3LW5 F; 5EXP A; 2EUC A; 3PXG A; 1OFH A; 1QUT A; 2LWX A; 2QEN A; 2R0I A; 3AJI B; 3GLH A; 2R45 A; 4R71 A; 4GKK M; 4KT0 F; 4G4O A; 1Z5B A; 1NV9 A; 2RGH A; 3C9P A; 3H4M A; 1NNJ A; 2DHR A; 4IBI A; 1GAB A; 2JWS A; 1GKI A; 3KW6 A; 4G4Q A; 3L25 A; 5FTK A; 3QYE A; 2EA0 A; 4M9X A; 2EKF A; 1IBL M; 1XWI A; 1XXH B; 1ZAE A; 2FE8 A; 2KNA A; 3E9S A; 4FVM A; 4NOO B; 4PD2 A; 5L8R F; 3U6S A; 4LJA A; 1N78 A; 4PCZ A; 2FOI C; 3U6D A; 3VK7 A; 2HHH M; 2HWJ A; 4CIZ A; 1PRB A; 1SG9 A; 3R8F A; 1DGB A; 2YFQ A; 4G3O A; 3KS4 A; 2XFS A; 2GQF A; 3GLG E; 2QQ8 A; 3HJ8 A; 3CF6 E; 1NO1 A; 4JV5 M; 1OAI A; 3PFI A; 1L2D A; 1TDH A; 1NJF A; 2DWM A; 1DGG A; 4FCT A; 1SXJ E; 1WHC A; 3GLH E; 4GIT A; 4I4L A; 3T38 A; 3TWK A; 1T43 A; 2XH9 A; 1OKS A; 2ZTD A; 3VDU A; 4QHS A; 1I94 M; 4F1I A; 2KHH A; 3W0F A; 3KS8 A; 3TL4 X; 2MRO B; 3I01 M; 2Y20 A; 2QPA A; 3JR4 A; 3GLI E; 1K3X A; 1YUB A; 1D0L A; 4XK8 F; 1P3Q Q; 2LVQ D; 4P17 A; 1Q02 A; 1TDZ A; 1IBK M; 1ZQ9 A; 5KPR A; 4TUW A; 3AV0 A; 3W67 A; 4B7G A; 3KSJ A; 3IG8 A; 2Z4R A; 5BR8 M; 1J09 A; 1DO0 A; 5C1B A; 1NHG C; 2FS1 A; 3HZJ A; 2QP9 X; 1N34 M; 4AKH A; 1IFY A; 1R2Z A; 3B9P A; 3KOW E; 4LRT A; 1VDD A; 1UFZ A; 2ZAN A; 1HNW M; 3UK6 A; 4MGH A; 2DI0 A; 2VQE M; 2CV2 A; 2H1R A; 2WSC F; 4AW4 A; 4M0W A; 1OTR A; 2F5Q A; 2C9C A; 3V76 A; 4DV4 M; 1IY2 A; 4IBK A; 2C98 A; 4IBC A; 4R7G A; 1N32 M; 1ZMU A; 3HHX A; 3GPX A; 3AOE A; 1JR3 A; 2DAG A; 1G8P A; 3SMP A; 5E6J A; 3U6C A; 3AKZ A; 3K2L A; 1XNR M; 3GQ4 A; 4JN6 A; 3C3E A; 1PJT A; 1VG5 A; 4WW0 A; 4MH0 E; 3GLG B; 2KNZ A; 1R5L A; 3KOZ E; 2YNM D; 2OPF A; 2CEA A; 5FSW A; 4G6Z A; 2DAM A; 1DV0 A; 3HWS A; 1NJG A; 3U5Z A; 4NXM M; 2VF7 A; 1SXJ D; 1SXJ B; 1YLA A; 3GLH B; 4DBG B; 2Q2E B; 4HL4 A; 2K6B A; 3BOS A; 5EP1 A; 2VDB B; 3F92 A; 2O5R A; 4FWG A; 4Z6Y A; 3UMM A; 1N33 M; 4LZZ A; 1OFI A; 4JI8 M; 3GLI B; 1ZV1 A; 3IEC A; 2XZU A; 4YY3 M; 4DR1 M; 1NHW C; 5GKN A; 2ZAO A; 2F5P A; 3GRY A; 2J7N A; 1JR3 E; 2CWB A; 2DZN B; 4IJF A; 3DOA A; 1WIV A; 3PVS A; 4L6V 6; 3K9P A; 2L2D A; 3DA1 A; 4F2L A; 8CAT A; 2L09 A; 1QDT A; 1IN6 A; 3Q8G A; 1AIP C; 3FRH A; 2V1U A; 3HJS A; 1TF0 B; 1LV7 A; 4II7 A; 1E32 A; 2A5Y B; 2JP7 A; 4NL4 H; 3FTE A; 1YSY A; 3IHP A; 3FTF A; 2QZ4 A; 1T3T A; 2BWB A; 4GC9 A; 3TQS A; 3HU1 A; 1AUA A; 3E46 A; 4GH9 A; 4I5S A; 5ITQ A; 3RE8 A; 1D0M A; 2L6O A; 1K82 A; 1QDR A; 3U61 B; 2N35 A; 3A98 B; 4MGY E; 4G4N A; 2G8L A; 3GRU A; 2LHG A; 5DYG A; 4AKI A; 3L29 A; 1G59 A; 2XEP A; 5H37 D; 1MU5 A; 1IN4 A; 3AL0 C; 4NSR A; 3I04 M; 5EJC A; 2WZJ A; 2RRU A; 3FRI A; 4DV7 M; 2VQF M; 1EE8 A; 3GRR A; 3J81 S; 1L1T A; 3GPP A; 2VII A; 3TPZ A; 1XMO M; 2CP8 A; 2KNV A; 4W5W A; 3GLF A; 3VK8 A; 1T6O A; 2I7P A; 1IQP A; 2LXE A; 1PGY A; 2CHV A; 1LTM A; 2CE7 A; 2CFO A; 3LQQ A; 4QNM A; 3THG A; 3GPY A; 2JZ1 A; 1L1Z A; 4GKJ M; 1IN8 A; 1NNU C; 3UGJ A; 2WSF F; 3J2P B; 3L27 A; 3LCV B; 2XGN A; 2FNA A; 3K1J A; 2AHM A; 1JR3 D; 1TH2 A; 2WSE F; 1WXQ A; 3AOE C; 3HGI A; 4NRV A; 3U6E A; 1N77 A; 2C96 A; 1DGH A; 3T6P A; 4OW0 A; 1Q39 A; 2UU9 M; 1DGF A; 5ITX A; 4X65 M; 1GVN A; 1HQY E; 2D7E A; 1E94 E; 1G4A E; 3L2A A; 3GP1 A; 1Y8G A; 4B3R M; 2JY8 A; 4LZJ A; 2E5L M; 2LVP C; 3KP1 E; 2KRK A; 3KOX E; 3FE3 A; 3KP0 E; 4L4U A; 4DV0 M; 2XZF A; 3GLF E; 2UXC M; 4I8O A; 2KW0 A; 4AZF A; 4B08 A; 3JAM S; 4MGK E; 3HHZ A; 1W5S A; 2DAK A; 2LVO C; 1R2Y A; 3HY5 A; 4GHA A; 2KZS A; 4ANR A; 4D82 A; 3J27 B; 2JZ0 A; 4KHP M; 4XBO A; 2LVN C; 3B7Q A; 1TTE A; 4FCV A; 4LF6 M; 3GQ5 A; 1QAO A; 3TWL A; 4WP2 A; 3J7B A; 3EIH A; 2QBY B; 1PJI A; 3VFD A; 4R3D A; 3KXE C; 1QAN A; 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5EQT A; 1NY6 A; 4CHT B; 3LQR A; 4LF8 M; 4IBD A; 4S12 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4DV1 M; 2F5O A; 4IBF A; 2C5R A; 2XF3 A; 4DUY M; 2V6Z M; 3SBJ A; 4NXN M; 3I51 A; 3FUT A; 1Z6T A; 3W0L B; 3OTO M; 3FYD A; 4M9S A; 1L2C A; 3A42 A; 1R7R A; 3ZCB B; 1R6B X; 1JQJ C; 2LH0 A; 3DZD A; 3M7G A; 4GIP A; 4DV5 M; 3GO8 A; 2F4V M; 4A3V B; 4DV2 M; 3AOG A; 3AFH A; 1IBM M; 2DVW B; 3KSX A; 4QHT A; 5FTJ A; 5EP3 A; 4IBJ A; 5LMN M; 2ERC A; 3C58 A; 5IZ7 D; 2L7H A; 1S3S A; 3U6O A; 5IWA M; 2NQ8 C; 3RGP A; 5DNY A; 3UJN A; 2M5Z A; 2Z4S A; 4KOD A; 2JA2 A; 2KA6 B; 4G4R A; 3U60 A; 3IG5 A; 3SAW A; 3ILK A; 3SAS A; 4IBG A; 3M0E A; 4LRS A; 1NVM A; 4OX9 M; 5FTM A; 4I81 A; 1Q3B A; 4ITQ A; 3E4R A; 4JI0 M; 1Q3C A; 1QQW A; 1XNQ M; 1UM8 A; 2CV0 A; 3HHY A; 3GLG A; 3FD9 A; 1IY1 A; 4IBE A; 5KPZ A; 4DR5 M; 2XSZ A; 3U6P A; 4GMQ A; 1HT1 E; 3FUW A; 1N36 M; 2F5S A; 1C1K A; 2CV1 A; 2UUB M; 3KDS E; 4L8R C; 3GRV A; 3RFW A; 1J5E M; 2C9O A; 1SXJ A; 4IJE A; 5KQ8 A; 3U5Z B; 4AG5 A; 2OQ4 A; 1G3I A; 1QAQ A; 4DV6 M; 3MHV C; 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