The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
84
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sequence length |
288
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structure length |
288
|
Chain Sequence |
PEGPEVALTADILEKYFKGKTLEYIDFISGRYSKSEPEGYDDFIANLPLKVSNVDTKGKFLWFELFDPNDKSNKWYIWNTFGLTGMWSLFEAKYTRAVLSFDNELMAYFSDMRNFGTFKFSNSEKELKRKLNELGPDFLKNDDIDISKIKKYKQPIVALLMDQKKIGSGLGNYLVAEILYRAKIDPHKLGSNLTDQEIENLWYWIKYETKLAYDSNHIGYMVNLENESSKIGRKNYHPNIHPTEKEFDFLVYRKKKDPNGNKVIADKIIGSGKNKRTTYWAPAIQKLE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of a Viral NEIL1 Ortholog Unliganded and Bound to Abasic Site-containing DNA
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Acanthamoeba polyphaga mimivirus
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| molecule keywords |
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
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| total genus |
84
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| structure length |
288
|
| sequence length |
288
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.23: DNA-formamidopyrimidine glycosylase. |
| pdb deposition date | 2009-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01149 | Fapy_DNA_glyco | Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain |
| A | PF06831 | H2TH | Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins | MutM-like, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PM5 A; 2UXB M; 3SAW A; 4JV5 M; 4K0K M; 4DV1 M; 2UUB M; 3GQ3 A; 4JI4 M; 3GPU A; 2OQ4 A; 4DR5 M; 2ZM6 M; 3SAU A; 2F5P A; 5ITU A; 4JI6 M; 3DOA A; 1Q3B A; 1TDH A; 2UXC M; 3SAS A; 4YY3 M; 4DV0 M; 3A46 A; 2UUC M; 1HNW M; 3U6M A; 1MX0 A; 4LF5 M; 4DV5 M; 4PDG A; 3GPY A; 2XZF A; 2F5O A; 1XMO M; 4GKJ M; 3T1H M; 1HNX M; 3U6E A; 4LF8 M; 3U6O A; 5ITQ A; 1Q3C A; 2XZU A; 1Q39 A; 4X65 M; 3W0F A; 1IBL M; 3VK8 A; 3SAR A; 1HR0 M; 1TDZ A; 1PJJ A; 4NXM M; 5ITR A; 3A42 A; 4JI3 M; 3J7A S; 1Z59 A; 2F5S A; 1NNJ A; 2VQF M; 1L2C A; 4X66 M; 1XC8 A; 1FJG M; 3SAT A; 3SBJ A; 4G4R A; 4B3S M; 3U6D A; 1L2D A; 2F4V M; 4B3R M; 4DUY M; 5A2Q S; 4LF9 M; 1PJI A; 4JI5 M; 4PD2 A; 1N34 M; 4LF6 M; 4DR2 M; 1K3W A; 1XNQ M; 4LFA M; 4B3T M; 2UUA M; 2HKJ A; 5BR8 M; 1XMQ M; 4B3M M; 1IBK M; 3TWK A; 1K82 A; 1IBM M; 1N32 M; 3OTO M; 4CIS A; 4JI7 M; 4GKK M; 2F5Q A; 1R2Y A; 4LF4 M; 4DV6 M; 3U6C A; 5ITX A; 1J5E M; 4OX9 M; 1L1Z A; 4MB7 A; 3C58 A; 4G4N A; 5ITX E; 4X64 M; 4DR3 M; 3TWM A; 4AQY M; 2HHH M; 1N36 M; 4DV7 M; 4DV3 M; 4NRV A; 3GQ4 A; 1L1T A; 4DR4 M; 4LFC M; 4DR6 M; 1EE8 A; 4JI0 M; 3JAM S; 4KHP M; 3TWL A; 1L2B A; 2Q2E B; 4JYA M; 4JI1 M; 3J81 S; 3J80 S; 5IWA M; 3GP1 A; 2UXD M; 4JI8 M; 2OPF A; 5FLX S; 3JR5 A; 4DV2 M; 3U6P A; 4DV4 M; 4LFB M; 4PDI A; 3T1Y M; 3GPP A; 5ITT A; 3U6L A; 4DR1 M; 1Z5A A; 1HNZ M; 2UU9 M; 4X62 M; 3U6S A; 3SAV A; 1XNR M; 3GPX A; 5IT9 S; 1Z5B A; 4JI2 M; 4DUZ M; 1MU5 A; 4G4O A; 4PCZ A; 3VK7 A; 3GQ5 A; 1Z5C A; 5ITY A; 4YHH M; 4LF7 M; 2F5N A; 2ZBK B; 4ITQ A; 5LMN M; 1I94 M; 3U6Q A; 3A45 A; 1N33 M; 2EA0 A; 1R2Z A; 3JR4 A; 4DR7 M; 2E5L M; 4G4Q A; 3GO8 A; 5LMU M; 4NRW A; 4NXN M; 1KFV A; 2VQE M; 1K3X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2UXB M; 4GHL A; 4EIW A; 3GLF A; 4K0K M; 1KSF X; 2JWS A; 2R44 A; 2QCU A; 3B7N A; 3GPU A; 3AL0 C; 1VDL A; 2DAG A; 1Y8G A; 4DR5 M; 2DHR A; 2ZM6 M; 4KT0 F; 4WW0 A; 1OQY A; 3M6A A; 2FNA A; 4Z8X A; 2LVN C; 3D8L A; 2Z3X A; 1JQJ C; 1EFU B; 2R6F A; 3FRH A; 5EXX A; 1ZAE A; 3NWL A; 3UGJ A; 1HNW M; 4CGY B; 1IXS A; 2JXN A; 3HU2 A; 1MX0 A; 1VEG A; 2JZ1 A; 3BOS A; 3FUX A; 7CAT A; 4LF5 M; 2XH9 A; 3GPY A; 2F5O A; 1HT2 E; 2K0B X; 2C5R A; 3U6O A; 2CHG A; 4X65 M; 2KRU A; 4LJ5 A; 1NSF A; 1QQW A; 2B3T A; 3VLF B; 2CEA A; 3RGP A; 1XXH B; 3VDP A; 2LH0 A; 1E32 A; 3B9P A; 3K2L A; 1NJG A; 4JI3 M; 3J7B A; 3J7A S; 4FCV A; 1TH3 A; 3LQR A; 3LW5 F; 1NNU C; 3CF2 A; 4RNA A; 3THG A; 1XC8 A; 3FTD A; 3SBJ A; 3D8B A; 4B3S M; 2XFS A; 3U6D A; 3FUV A; 4B3R M; 3L29 A; 3HKP A; 4MGZ E; 4DUY M; 1I4W A; 4GRI A; 5A2Q S; 4FW9 A; 2L7H A; 4PD2 A; 4LF6 M; 4LF9 M; 1XNQ M; 2D7H A; 2VF7 A; 2DHY A; 3MHV C; 1R7R A; 2HKJ A; 3K8Z A; 3U60 A; 1XMQ M; 4IBE A; 1V33 A; 4B3M M; 1VEJ A; 4WUR A; 1D0L A; 2CHV A; 2V6Z M; 1DO2 A; 3R8F A; 4GKK M; 3HJS A; 2F5Q A; 3GLI A; 4LRS A; 1NV8 A; 4R7G A; 5EP2 A; 3U6C A; 4QOS A; 2Y0Q A; 5ITX A; 2XSZ A; 1CUK A; 3KW6 A; 1TGU A; 3FKE A; 2XLJ A; 2CFO A; 2LVA A; 3U5Z A; 4X64 M; 2O25 A; 1C7Y A; 1SXJ B; 1IY2 A; 2M5Z A; 4DV3 M; 3HGI A; 2QP9 X; 3QYB A; 4LFC M; 3SYL A; 3W67 A; 5E6J A; 4RF0 A; 3KFU G; 4KHP M; 1J09 A; 4IJE A; 2LTU A; 3SHF A; 2O5R A; 2XGN A; 4R71 A; 1L2B A; 4JI1 M; 2EUC A; 4RF1 A; 3L25 A; 2RKO A; 4UN2 B; 4FWD A; 3J80 S; 2CUZ A; 2D7G A; 2DAK A; 3IHP A; 2ZAM A; 5EQT A; 5IWA M; 3GP1 A; 3ZH9 B; 3IG8 A; 2WSF F; 4DV2 M; 1DGH B; 2H5X A; 3GLH A; 3HJQ A; 2XSZ D; 4PDI A; 2QHO B; 3T1Y M; 4LFB M; 5EP3 A; 4CIZ A; 4F1I A; 3GPP A; 3CGW A; 1IN8 A; 1D0K A; 1PGY A; 4LGY A; 2DZL A; 3HU3 A; 3TL4 X; 4XBO A; 2C98 A; 2KNA A; 1KYI A; 4GMQ A; 1Q02 A; 4IBF A; 4MGH A; 4QHT A; 5IT9 S; 1GO5 A; 2XFT A; 4JI2 M; 3RE8 A; 3C9P A; 4AG6 A; 4DBG B; 3PXG A; 5ITY A; 2DWM A; 2ZBK B; 3K9P A; 1TR8 A; 4QNR A; 3U6Q A; 2DNA A; 3ILK A; 2ZAO A; 1R2Z A; 1OAO C; 1VG5 A; 4DR7 M; 4B08 A; 2KZS A; 3GO8 A; 3TWM A; 1DO0 A; 4NRW A; 4B7G A; 1KFV A; 1K3X A; 5EXP A; 1C1K A; 4L8R C; 3KSX A; 3GQ3 A; 1TF0 B; 2LWX A; 1NHW C; 4BB9 A; 3T38 A; 1T43 A; 1WIV A; 1G41 A; 1NY6 A; 3LCU A; 2OQ4 A; 3SAU A; 3GLF E; 2F5P A; 3KS8 A; 1QZE A; 2CHQ A; 4JI6 M; 2L2D A; 4W5W A; 2DAI A; 1Q3B A; 4D81 A; 2ZTC A; 5KPR A; 8CAT A; 3SAS A; 4GC9 A; 3GRY A; 4LY6 A; 3U6M A; 4WP2 A; 3HHY A; 3I4V A; 2CP8 A; 2X8A A; 2KEB A; 3VFD A; 4PDG A; 4DV5 M; 1MN3 A; 1OFH A; 4FVM A; 2L09 A; 4AG5 A; 4FWH A; 3GLG A; 3U61 A; 4LF8 M; 2CV1 A; 4OU7 A; 4L4U A; 4PT5 A; 1IXR C; 1OIP A; 2MR9 A; 1IBL M; 1XWI A; 2APL A; 2G3Q A; 1EIJ A; 3DFZ A; 4IIW A; 3E4R A; 1PJJ A; 3VKG A; 5GKN A; 2QNJ A; 1N75 A; 3H4J A; 2XEP A; 3AOG A; 2F5S A; 1WGN A; 4TUW A; 1VEK A; 1DGF A; 2EO2 A; 1L2C A; 2JZ0 A; 3SAT A; 3E21 A; 4G4R A; 1JR3 D; 2LHG A; 3DA1 A; 1L2D A; 1W5T A; 2M60 A; 5EXS A; 1PJI A; 1E94 E; 2HCB A; 4NOO B; 2MJ5 B; 4LFA M; 1R4G A; 2VII A; 4MGI E; 5JI2 E; 1SXJ C; 3IEC A; 3KSJ A; 2QQ8 A; 3TWK A; 2QBY A; 4LZJ A; 1QAN A; 3FTF A; 3GRV A; 2DAM A; 2L6O A; 2Y20 A; 1YLA A; 3L27 A; 2JNH A; 4P16 A; 1R2Y A; 4KLN A; 2A5Y B; 4L16 A; 2LHC A; 4GC5 A; 3W0L B; 4L15 A; 4IBD A; 3T15 A; 3CTW B; 3GLI E; 4OX9 M; 3WHK A; 1IFY A; 1T3T A; 4LJA A; 4G4N A; 5ITX E; 2QSF X; 1N36 M; 4G3O A; 2C99 A; 3BBZ A; 4FWG A; 2KDL A; 4DV7 M; 4NRV A; 4DR4 M; 1D2N A; 4NSR A; 2J7O A; 1OTR A; 1ZMW A; 2D7E A; 2OOB A; 3MMP A; 4JI0 M; 3JAM S; 1BVS A; 3TWL A; 4JYA M; 1GKI A; 2DAE A; 3TPZ A; 1OJL A; 2DZO B; 2Z7J A; 4HLQ A; 4NSO B; 1FNN A; 1TTE A; 3KP0 E; 4NC6 A; 1IY0 A; 1XHB A; 2DZN B; 1NV9 A; 4G6Z A; 4FCT A; 4GH9 A; 4M0D A; 4Y28 F; 5IZ7 D; 3HHW A; 2YFQ A; 1OKS A; 2DWN A; 1YSY A; 5FTN A; 2L4F A; 2L7I A; 2LVP C; 2LNH C; 4REZ A; 3U6L A; 2QPA A; 2QEN A; 4DR1 M; 1Z5A A; 3K9O A; 3I01 M; 3GLH E; 4LJ9 A; 1HNZ M; 1S3S A; 3PVS A; 3AV0 A; 3ZCB B; 2KRK A; 3U6S A; 1XNR M; 2JUJ A; 3AOE A; 4GIT A; 4BBA A; 5F3W A; 3LVW A; 3FUU A; 3KXE C; 4MGK E; 2Z4S A; 4DUZ M; 1MU5 A; 4OVZ A; 4G4O A; 3V76 A; 2KHH A; 3GQ5 A; 5BPV A; 1MJG M; 2Z4R A; 3SFZ A; 3VDU A; 1P3Q Q; 1R5L A; 3PNV A; 3AOE C; 2OO9 A; 4ITQ A; 2DWL A; 3A45 A; 1W5S A; 3B7Q A; 4JXJ A; 2DWZ B; 2FE8 A; 3GRU A; 4LJ4 A; 3UZU A; 4FD2 A; 3IG5 A; 4G4Q A; 3R9X B; 3KOZ E; 5IRE B; 4XGI A; 3GLF B; 1UFZ A; 1PM5 A; 2VF8 A; 5C1B A; 4DV1 M; 2UUB M; 3J2P B; 3SYK A; 4JI4 M; 5ITU A; 3FUW A; 1YE9 A; 2FFJ A; 2LBC A; 4QHS A; 4ZPX A; 4M9S A; 3Q8G A; 3AKZ A; 1GL7 A; 1TDH A; 3AJI B; 1IN7 A; 1QUT A; 4LG2 A; 3J27 B; 3LCV B; 1IXS B; 4DV0 M; 4QOZ C; 3A46 A; 2UUC M; 1QZM A; 1TH2 A; 4AI6 A; 1XB2 B; 1G71 A; 4AW4 A; 1HJP A; 2R4J A; 3MK6 A; 1ZMV A; 5KQ8 A; 4R3D A; 1XMO M; 3U6E A; 4GKJ M; 2BNK A; 4F2L A; 2LVO C; 1Q39 A; 4IBB A; 3C3D A; 3VK8 A; 3GLG E; 1TDZ A; 4NXM M; 3MJ5 A; 4MGY E; 2YQZ A; 3A42 A; 1XXH A; 4FCW A; 1DGB A; 3KP1 E; 2R62 A; 1OIZ A; 2H1R A; 1NNJ A; 1GL6 A; 1QAM A; 4GEW A; 2ZTD A; 3PFI A; 3HHX A; 3PNY A; 3QAU A; 5KPZ A; 1FJG M; 1NHG C; 1E9R A; 1JR3 A; 2CRU A; 2K6B A; 4HEO A; 3T6P A; 1PJT A; 2F4V M; 1GJS A; 3SMS A; 3FTE A; 1N34 M; 3A98 B; 1IN4 A; 1QUS A; 2R4E A; 2Y0T A; 5DNY A; 4DR2 M; 3U60 B; 1GLN A; 4IBK A; 3Q8X A; 2UUA M; 2JP7 A; 4B3T M; 1GAB A; 1AIP C; 3B7Z A; 5BR8 M; 3E9S A; 4LZZ A; 3VKH A; 1SG9 A; 3FTC A; 1N77 A; 2BWE A; 1X37 A; 1IBM M; 4AKI A; 1A5T A; 3GLI B; 3OTO M; 1N32 M; 1G3I A; 1UM8 A; 2R46 A; 1E9S A; 2RRU A; 2R45 A; 2J7N A; 4LF4 M; 2CV2 A; 4Z6Y A; 3L28 A; 5FTM A; 1J5E M; 3U5Z B; 4GHA A; 4M9Z A; 4MM3 B; 4IBG A; 4KO8 A; 4D82 A; 1AUA A; 4M9X A; 4AQY M; 2Y21 A; 4RKU F; 3AFH A; 4I81 A; 3GQ4 A; 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