The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
90
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structure length |
90
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Chain Sequence |
ALEKAAAARRERAEVKNRLKHSGASLHEVIKQGQENDVIGKMKVSALLESLPGVGKVRAKQIMERLGISESRRVRGLGSNQIASLEREFG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A novel nucleoid-associated protein specific to the actinobacteria.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Gene regulation, structural protein/dna
|
| source organism |
Streptomyces coelicolor
|
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein SCO1480
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| total genus |
30
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| structure length |
90
|
| sequence length |
90
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J80 S; 4DV3 M; 4KHP M; 3VK7 A; 1XNR M; 4JI8 M; 1L2C A; 4JV5 M; 1Z5C A; 3GO8 A; 1HNX M; 1PJI A; 1J5E M; 2F5Q A; 2UUB M; 5LMN M; 4GKJ M; 2UXD M; 3SAV A; 4DV4 M; 4JI6 M; 4YY3 M; 4X62 M; 2OPF A; 1XNQ M; 3U6O A; 2ZBK B; 4AQY M; 1N33 M; 4LFA M; 1HNW M; 5A2Q S; 1IBM M; 3OTO M; 5LMU M; 2XZF A; 4JI5 M; 4LF6 M; 4LFC M; 3GPU A; 4JI4 M; 1TDZ A; 1TDH A; 4NRW A; 5ITX E; 5ITQ A; 4MB7 A; 3T1H M; 4DR4 M; 2XZU A; 1MU5 A; 2Q2E B; 4PCZ A; 3U6S A; 2F4V M; 3GPY A; 4DV5 M; 5IWA M; 4DR2 M; 1IBK M; 4JI1 M; 4LF8 M; 3C58 A; 4NXM M; 1XMQ M; 1KFV A; 4B3T M; 5BR8 M; 3GQ3 A; 4DR1 M; 5ITR A; 5ITX A; 2VQE M; 2UUC M; 3JR4 A; 4X65 M; 1MX0 A; 3A45 A; 2F5O A; 2HHH M; 4LFB M; 3TWL A; 1PJJ A; 1HR0 M; 4G4O A; 1EE8 A; 3U6L A; 2E5L M; 3J81 S; 1K3W A; 1L1Z A; 4B3R M; 4GKK M; 1Q3C A; 1L1T A; 3GP1 A; 3U6C A; 1I94 M; 3VK8 A; 4JI3 M; 1XC8 A; 3U6M A; 4B3M M; 2VQF M; 2UXC M; 3GPP A; 2OQ4 A; 4DUY M; 3A46 A; 1K3X A; 1N36 M; 3JAM S; 5ITY A; 1K82 A; 1Z5A A; 1XMO M; 3DOA A; 5ITT A; 3TWK A; 4G4N A; 4OX9 M; 4B3S M; 1FJG M; 4DR6 M; 3GQ4 A; 3U6Q A; 5FLX S; 4PDI A; 5ITU A; 4DV0 M; 1R2Z A; 1L2B A; 4JI7 M; 2UXB M; 4YHH M; 2EA0 A; 4DUZ M; 2ZM6 M; 4LF7 M; 3A42 A; 1PM5 A; 3SAT A; 2HKJ A; 3J7A S; 3SAU A; 4DV6 M; 2F5S A; 3U6D A; 4JI0 M; 4DV1 M; 1L2D A; 1N32 M; 3W0F A; 4CIS A; 4LF4 M; 3GQ5 A; 3JR5 A; 1HNZ M; 5IT9 S; 3SBJ A; 1NNJ A; 4ITQ A; 1Z59 A; 4DR5 M; 4LF9 M; 2F5P A; 3GPX A; 4JYA M; 3U6P A; 1N34 M; 4DV2 M; 3TWM A; 4DR7 M; 1R2Y A; 4DV7 M; 4G4Q A; 4LF5 M; 4X64 M; 3SAS A; 1Q39 A; 3SAW A; 1IBL M; 2F5N A; 4K0K M; 2UUA M; 4NRV A; 1Q3B A; 4JI2 M; 3T1Y M; 4PDG A; 4PD2 A; 3SAR A; 4NXN M; 4G4R A; 4DR3 M; 3U6E A; 4X66 M; 1Z5B A; 2UU9 M; #chains in the Genus database with same CATH topology 1J7K A; 2J5Y A; 3HKP A; 2WSC F; 3GLI B; 3VK7 A; 4LCB A; 2X4A A; 1R7R A; 3GLG E; 1G8P A; 3M6A A; 2BNK A; 5KPZ A; 2XSZ A; 3DA1 A; 1HNX M; 3HHW A; 1IXR C; 4GHL A; 4L78 A; 2KZU A; 3SC3 A; 4AZF A; 3GLF E; 2DZO B; 1SXJ C; 2J7N A; 3EIE A; 4JN6 A; 3SAV A; 2M60 A; 3D8B A; 2RGO A; 3B7Z A; 2CHG A; 1IY2 A; 3RGP A; 3VDU A; 2Y20 A; 2CV2 A; 3GLG A; 2QBY B; 2OPF A; 2L4F A; 3AOE C; 1ORY B; 3U6O A; 2JY5 A; 3I51 A; 4MGI E; 3ILK A; 1XB2 B; 4L4U A; 5KPT A; 4JI5 M; 1R5L A; 2H5X A; 2JA2 A; 5IRE B; 3HU3 A; 1QAO A; 2QNJ A; 4NRW A; 1HT2 E; 1Z6T A; 5ITX E; 4M9Z A; 1S3S A; 2JNH A; 2KNA A; 3L2A A; 2V6Z M; 2LBC A; 3GLG B; 4TUW A; 1DO2 A; 2WZJ A; 3KS4 A; 4IBJ A; 5EXT A; 4B08 A; 1G4A E; 1QAQ A; 1JQJ C; 2D7H A; 2FFJ A; 2R46 A; 2RRU A; 4QNM A; 3TL4 X; 3GPY A; 3ZH9 B; 3GLF B; 1T43 A; 3TE6 A; 5IWA M; 1N75 A; 1XWI A; 3C58 A; 2ZTC A; 3L29 A; 1IY1 A; 3K9O A; 4XBO A; 1AUA A; 1HQC A; 3GQ3 A; 2BWE A; 2DZL A; 5ITX A; 3NWL A; 2B3T A; 2LVA A; 3CF2 A; 4X65 M; 3A45 A; 3FRI A; 2GQF A; 4AKG A; 3ZC7 B; 3AKZ A; 3TWL A; 4XGI A; 4NSR A; 4REZ A; 4G4O A; 1GL6 A; 1QYR A; 2EO2 A; 5KQD A; 4GEW A; 5EXS A; 4AG5 A; 2E5L M; 4MGK E; 1MN3 A; 3Q8G A; 2LWX A; 1K3W A; 4B3R M; 1Q3C A; 1L1T A; 1I94 M; 2CFO A; 4GH9 A; 2OOA A; 1XC8 A; 4B3M M; 3GRU A; 5FTM A; 3B9P A; 3GPP A; 3HHZ A; 2V1U A; 1TGU A; 4LJ9 A; 2R4E A; 4L16 A; 4DUY M; 2L2D A; 2D7E A; 4R7G A; 5ITY A; 4M0D A; 1N36 M; 1Z5A A; 2L4E A; 3FTC A; 4CIS A; 1NSF A; 4G4N A; 2LVN C; 1XXH E; 4L15 A; 4OX9 M; 4GC5 A; 4Y28 F; 2OO9 A; 4RF0 A; 4DV0 M; 4JI7 M; 4LRS A; 4P17 A; 2C96 A; 4LF7 M; 4M9S A; 1V33 A; 3SAT A; 2EKK A; 3HJS A; 2HKJ A; 2R18 A; 2Z4S A; 3J2P B; 4DV6 M; 3SMP A; 1JB0 F; 4CIZ A; 2JXN A; 3LQR A; 2FH0 A; 3GQ5 A; 4ANR A; 4LF4 M; 3FYC A; 1XXH A; 3M0E A; 3U60 A; 2LVP C; 1Z59 A; 4DR5 M; 4LF9 M; 1OTR A; 3U6P A; 3TWM A; 4DR7 M; 1P3Q Q; 4DV7 M; 1OJL A; 1W5T A; 5C18 A; 2R62 A; 3SAS A; 2KNZ A; 3TQS A; 3SFZ A; 1IN6 A; 4I8O A; 3SAW A; 4GHA A; 4IBB A; 3W67 A; 4GRI A; 2UUA M; 3C9P A; 5FTL A; 2JY6 B; 2XLJ A; 1IN8 A; 1VDL A; 4ZPX A; 4G4R A; 4CGY B; 4FWH A; 2C99 A; 3KSJ A; 5FTN A; 3VLF B; 3NBX X; 3HU1 A; 3UGJ A; 3KS8 A; 1OFH A; 1CUK A; 1SXJ E; 1Z5B A; 3FUX A; 3FUV A; 5DFL A; 4IBF A; 4KO8 A; 3M7G A; 3FKE A; 4QNR A; 1PRB A; 2KW0 A; 2BJV A; 4NL4 H; 2LTU A; 4JI8 M; 2MGW A; 3A98 B; 3GLH B; 1Z5C A; 3IEC A; 4UN2 B; 4LJ7 A; 2F5Q A; 1W5S A; 1DGH A; 1SXJ A; 1NO1 A; 1PJS A; 4LZZ A; 3DFZ A; 4OVZ A; 4AI6 A; 5EP2 A; 3QYB A; 1ZAE A; 4Z6Y A; 3BXW A; 3V76 A; 2XFS A; 4IBC A; 4JI6 M; 3AJI B; 4YY3 M; 3CGW A; 3VFD A; 1LTM A; 2ZBK B; 1YLA A; 2EUC A; 1HNW M; 5A2Q S; 1XHB A; 4Q7J A; 4MGY E; 1IBM M; 2BJW A; 1SXJ B; 4IBK A; 5H37 D; 3OTO M; 1T3T A; 2XZF A; 2CV0 A; 3GPU A; 4LFC M; 2H1R A; 1IM2 A; 2J7O A; 3LCV B; 4A3V B; 3FD9 A; 3W0L B; 3KXE C; 5ITQ A; 4DR4 M; 4CJ6 A; 1OAO C; 1MU5 A; 3K2L A; 3PXG A; 2XZU A; 2VF8 A; 3IHP A; 4D80 A; 3B7Q A; 3W68 A; 4OU7 A; 1TF0 B; 2F4V M; 2DZN B; 4DR2 M; 2CHQ A; 3I4V A; 2DKL A; 1XMQ M; 2LVQ D; 2DNA A; 2LNH C; 3C3D A; 2X49 A; 3CF0 A; 3IG8 A; 4KOD A; 1KFV A; 2CV1 A; 3FTD A; 1G71 A; 3CTW B; 5FTJ A; 2VQE M; 3JR4 A; 4FVM A; 2DI0 A; 2F5O A; 4IJF A; 4NC6 A; 1PJJ A; 2LVO C; 1DO0 A; 3B89 A; 2DWM A; 2YQZ A; 2LXE A; 1D0L A; 1EE8 A; 3KDS E; 3KVW A; 2NQ8 C; 3WHK A; 3U6L A; 4LGY A; 3L26 A; 1QZM A; 2MR9 A; 2QZ4 A; 1L1Z A; 1G3I A; 3U6C A; 4BBA A; 3VKH A; 1WGN A; 4JI3 M; 2WSE F; 2UXC M; 3KOY E; 2Y21 A; 2VQF M; 4G6Z A; 2OQ4 A; 1F4I A; 4JXJ A; 3LCU A; 4LJA A; 1NY5 A; 1WJ7 A; 2M5Z A; 2Z3X A; 1K82 A; 1XMO M; 3DOA A; 1Y8G A; 2MRO B; 1ZMU A; 1NJF A; 5ITU A; 1R4G A; 2ZAO A; 5FLX S; 3R8F A; 3KP0 E; 3HU2 A; 4NSO B; 4RKU F; 1GVN A; 1TR8 A; 3A42 A; 4OW0 A; 5KO3 A; 1PM5 A; 3J27 B; 4P16 A; 3SAU A; 2N35 A; 1NVM A; 3BOS A; 3MK6 A; 1D0K A; 2C9O A; 4FCW A; 4DV1 M; 3U6D A; 2MJ5 B; 1L2D A; 1V34 A; 3KOW E; 1IXS A; 3HX3 A; 1N32 M; 1EIJ A; 1KYI A; 4CHT B; 1GJS A; 3KSX A; 3JR5 A; 3UK6 A; 1E9R A; 4S12 A; 4ITQ A; 1E94 E; 1TH4 A; 2FNA A; 4JYA M; 2YR0 A; 4DV2 M; 1R2Y A; 3Q8X A; 1K3X A; 1GO5 A; 1KSF X; 2EKF A; 2FS1 A; 1ZQ9 A; 2DAI A; 1G41 A; 2XEP A; 1IXZ A; 2LHC A; 2R45 A; 2F5N A; 4NOO B; 5E6J A; 4AKH A; 2QEN A; 2K0B X; 4K0K M; 2DWZ B; 2KZS A; 4W5W A; 1Q3B A; 3T1Y M; 5F3W A; 1G59 A; 3SAR A; 1OKS A; 2LHG A; 4FW9 A; 2CRU A; 3RFW A; 3ZQJ A; 4DR3 M; 3NBI A; 1D0M A; 4LJ6 A; 4QOZ C; 3RE8 A; 4B7F A; 4LG2 A; 3GRY A; 2UU9 M; 2DWN A; 4JI4 M; 4LJ5 A; 1HT1 E; 2KNV A; 2YFQ A; 4KLN A; 3VDP A; 3PFI A; 1ZMV A; 3LMM A; 4KHP M; 4II7 A; 3U61 A; 4IBG A; 3QWL A; 1L2C A; 4JV5 M; 2RGH A; 3U5Z A; 2DAE A; 2K9D A; 1J5E M; 2KA6 B; 2DEN A; 4PT5 A; 2UUB M; 3IG5 A; 1VG5 A; 2KXE A; 5LMN M; 2YNM D; 4MM3 B; 1N77 A; 2JWS A; 1XXH B; 4DV4 M; 1C1K A; 3U60 B; 2D7G A; 1UFZ A; 1XNQ M; 4AQY M; 1QQW A; 1IQP A; 1WR1 B; 2R0I A; 2VDB B; 1HQY E; 1VQ1 A; 1J09 A; 2JY8 A; 2Y0T A; 2VF7 A; 5LMU M; 2QP9 X; 3GRV A; 1RU3 A; 3UZU A; 3CF6 E; 2QHO B; 3KFU G; 4LJ8 A; 3UJN A; 3SYL A; 1QAM A; 1YE9 A; 3AOG A; 4MB7 A; 1ZV1 A; 2APL A; 2LH0 A; 3K92 A; 2AHM A; 2QCU A; 1OIP A; 3SHF A; 1DGF A; 4DV5 M; 1YUB A; 4JI1 M; 4LF8 M; 4NXM M; 3KP1 E; 4LZJ A; 3HHX A; 1NHW C; 4B3T M; 2CWB A; 2Z7J A; 5FTK A; 5JI2 E; 1A5T A; 2Y0Q A; 4AG6 A; 3E21 A; 4LGM A; 1SG9 A; 3FTF A; 3SMS A; 4LFB M; 3H4J A; 4IJE A; 1IFY A; 3K9P A; 2KRK A; 3UMM A; 5EP1 A; 1DGH B; 3LQQ A; 2MH8 A; 2DHY A; 3K8Z A; 3GLI E; 4I4L A; 4LRT A; 3J81 S; 4OVZ B; 3GP1 A; 3T38 A; 4B7G A; 2G8L A; 3VK8 A; 5EJC A; 4D82 A; 3U6M A; 1Q02 A; 1TTE A; 2L6O A; 1QDR A; 1VEJ A; 2X8A A; 3BBZ A; 2JP7 A; 1OAI A; 2KRU A; 3MJ5 A; 3JAM S; 3A46 A; 3C3E A; 5ITT A; 3TWK A; 1TH2 A; 3GRR A; 4B3S M; 3GLI A; 4DR6 M; 3K1J A; 4M9X A; 1R2Z A; 1JR3 D; 1DGB A; 4PDI A; 1V92 A; 2UXB M; 2EA0 A; 4DUZ M; 2DVW B; 2ZM6 M; 2JUJ A; 4MGZ E; 3FE3 A; 4FD2 A; 2FE8 A; 2KDL A; 3J7A S; 1BVS A; 1DGG A; 2L7I A; 3PVS A; 2CHV A; 2Z4R A; 2XF3 A; 2G5G X; 4EIW A; 3SBJ A; 1NJG A; 5EXP A; 3PNV A; 3R9X B; 4AKI A; 2I7N A; 4KT0 F; 4AW4 A; 2F5P A; 2DAG A; 1R6B X; 1AIP C; 2QBY A; 3GPX A; 4FCV A; 3E46 A; 4QHT A; 2L09 A; 1N34 M; 2CP8 A; 3HZJ A; 1OFI A; 1IN4 A; 4WP2 A; 4X64 M; 2L7H A; 3FUU A; 4R3D A; 1D2N A; 1Q39 A; 1QUS A; 3I04 M; 1UM8 A; 5E26 A; 4D81 A; 2CE7 A; 2DAM A; 2R6F A; 2K47 A; 2R65 A; 3EIH A; 2O01 F; 4BB9 A; 3HWS A; 2HL7 A; 4PDG A; 1IY0 A; 2O5R A; 4G3O A; 3SYK A; 2HWJ A; 4RNA A; 3LW5 F; 3KOX E; 3SHG B; 3GLF A; 2R4J A; 1OQY A; 2QPA A; 1T6O A; 4GMQ A; 1H6U A; 3HJ8 A; 2C5R A; 3J80 S; 4DV3 M; 4GC9 A; 3MHV C; 1XNR M; 1GKI A; 2DAK A; 1PJT A; 3MMP A; 4HL4 A; 1OIZ A; 3E9S A; 3VKG A; 2P5T A; 3ZCB B; 3WHL A; 5BPV A; 3GO8 A; 3T6P A; 2DHR A; 2C9C A; 1WGL A; 2XGN A; 4IBI A; 5EP4 A; 1PJI A; 3PNY A; 2W82 A; 1NHG C; 1IXS B; 5KQ8 A; 4GKJ M; 1IN5 A; 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