The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
|
sequence length |
95
|
structure length |
95
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Chain Sequence |
CNDTSGVHQKILVCIQNEIAKSETQIRNNISSKSIDYGFPDDFYSKQRLAIHEKCMLYINVGGQRGELLMNQCELSMLQGLDIYIQQYIEDVDNS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular mechanism for self-protection against the type VI secretion system in Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Immune system
|
| source organism |
Vibrio cholerae o1 biovar el tor
|
| molecule keywords |
VgrG protein
|
| total genus |
33
|
| structure length |
95
|
| sequence length |
95
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-11-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NOO B; 4NSO B; 4NSR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KSF X; 3FE3 A; 3TPZ A; 4XGI A; 3HHX A; 1EFU B; 3K2L A; 5EP1 A; 1G8P A; 3T1Y M; 2GQF A; 2FOI C; 1HNW M; 3R8F A; 1HR0 M; 1IN6 A; 1TTE A; 1L8Q A; 3FRH A; 4IBF A; 1MU5 A; 3GPP A; 2Q2E B; 3CF6 E; 4DR1 M; 3FUV A; 4MGK E; 2XZF A; 1N33 M; 3QWL A; 2ZM6 M; 1HNX M; 3DFZ A; 2OOB A; 4JI6 M; 5DYG A; 2Z8Y M; 3RE8 A; 2I7P A; 3AFH A; 3GPU A; 3V76 A; 3HKP A; 4CJ6 A; 5KO3 A; 3IG5 A; 3L2A A; 4IBB A; 1D2N A; 3MK6 A; 1MN3 A; 1TH4 A; 3SYL A; 3W67 A; 2DWM A; 1SXJ E; 2FFJ A; 2W82 A; 3LQR A; 1WGN A; 2KW0 A; 2QP9 X; 3MMP A; 4IBG A; 4HLQ A; 2JY5 A; 4AQY M; 2F5O A; 2GNO A; 2CEA A; 1KYI A; 2XF3 A; 5FTJ A; 5FTM A; 3VK7 A; 1IBK M; 1WXQ A; 1PJI A; 4IBK A; 5KPT A; 2HHH M; 3FUW A; 2LBC A; 2YQZ A; 3UGJ A; 3H4J A; 3KSX A; 1XMQ M; 2QBY B; 5FTL A; 1OTR A; 3B7Q A; 1GJT A; 1HT2 E; 3KW6 A; 4NSR A; 4D80 A; 1I94 M; 1GO5 A; 2LHG A; 3L28 A; 4WUR A; 1GJS A; 3L27 A; 3LCV B; 4LZJ A; 3GLF A; 3F92 A; 2XFT A; 4F1I A; 2UXC M; 4JI4 M; 1OAI A; 2DI0 A; 3Q8G A; 3A98 B; 3U6D A; 1R2Y A; 1OJL A; 3JR5 A; 2P5T A; 1Q39 A; 2CHG A; 1QAM A; 2KHH A; 2K6B A; 2MR9 A; 2R0I A; 2KXE A; 1MX0 A; 3C3E A; 2F5P A; 1PJJ A; 1NJF A; 3AOE C; 3IHP A; 3HHZ A; 3QAU A; 4JN6 A; 3SYK A; 2R62 A; 3WHL A; 4LF8 M; 2L09 A; 2OO9 A; 1NHG C; 1I4W A; 3KP0 E; 3GLG A; 4GMQ A; 4MM3 B; 5KQ8 A; 2V1C A; 4RKU F; 1N34 M; 1N32 M; 1IN7 A; 3GLH E; 4KLN A; 4LJ7 A; 1P3Q Q; 3ZC7 B; 2UUB M; 4P17 A; 3U6M A; 3D8L A; 1G4A E; 1WGL A; 1JR3 D; 4LZZ A; 3SBJ A; 3FYD A; 4FCW A; 4NL4 H; 4DR6 M; 3DOA A; 4LRT A; 4UN2 B; 4M9S A; 4MGH A; 1WHC A; 2APL A; 2DKL A; 1QAQ A; 3FTD A; 3PVS A; 3HU1 A; 3BBZ A; 3JR4 A; 1UFZ A; 1OFI A; 1V92 A; 3H4M A; 4GH9 A; 2KNV A; 3U61 B; 4JI3 M; 2J7N A; 3IEC A; 3KDS E; 2QZ4 A; 1QUS A; 2J5Y A; 1GL7 A; 1ZQ9 A; 2LVN C; 1GKI A; 3GRV A; 3J81 S; 1KFV A; 1HQY E; 2ZBK B; 3AOE A; 1AUA A; 3U6P A; 5EJC A; 3BOS A; 3U5Z B; 2WSC F; 3FD9 A; 2CV2 A; 4HEO A; 4L6V 6; 3E46 A; 3J7A S; 3GO8 A; 4R3D A; 4AKG A; 2EKF A; 1OIZ A; 3HU2 A; 2XEP A; 1MJG M; 4IIW A; 1G41 A; 2CHV A; 1PJT A; 2BJW A; 2QHO B; 3GLI B; 1XXH B; 3KXE C; 3T15 A; 5LMU M; 4K0K M; 1ZAE A; 1Z5C A; 3KOY E; 4OVZ A; 3C3D A; 4QOS A; 2D7E A; 4B7H A; 2L7H A; 1J5E M; 4RNA A; 1GAB A; 2KEB A; 2DEN A; 3I04 M; 1XNR M; 2L2D A; 4I81 A; 2Y21 A; 1ZMV A; 2DWZ B; 2NQ8 C; 3T38 A; 3SMP A; 1NNJ A; 2CUZ A; 1PRB A; 2HWJ A; 3GLH A; 2JNH A; 3E21 A; 5ITU A; 2F5Q A; 2D7G A; 4A3V B; 1XMO M; 2D7H A; 2JWS A; 1R2Z A; 4DR4 M; 2L4E A; 4GKJ M; 2CP8 A; 1QYR A; 1IXZ A; 2BWE A; 3GLF B; 1JB0 F; 4M0D A; 4AKH A; 2E5L M; 2M60 A; 3PFI A; 3HJ8 A; 2FNA A; 2KNA A; 3K9P A; 1LV7 A; 5KQD A; 1HJP A; 3TL4 X; 2CV0 A; 1VEG A; 1OQY A; 4B7F A; 1T6O A; 1V34 A; 2DNA A; 2DAG A; 2LTU A; 2X49 A; 4LF7 M; 4LY6 A; 3C9P A; 4KO8 A; 1IM2 A; 3RFW A; 4X66 M; 3AJI B; 3A45 A; 3TWL A; 4GIT A; 2VF7 A; 5EP4 A; 2EA0 A; 3KOW E; 1IY2 A; 4I5S A; 1ZMW A; 1XXH E; 3M6A A; 3CF2 A; 2FE8 A; 4LJA A; 3W0L B; 3HY5 A; 1DGB A; 3K8Z A; 4DV0 M; 2R4J A; 4QHS A; 4KT0 F; 2UXD M; 2RRU A; 1L1T A; 2DWN A; 1C1K A; 2ZTC A; 4DBG B; 4PCZ A; 3NWL A; 1SG9 A; 2CV1 A; 3HU3 A; 3A46 A; 2KA6 B; 2BNK A; 3HWS A; 5JI3 E; 2G3Q A; 3U6S A; 3U6Q A; 2C9C A; 3QYB A; 2R65 A; 1N78 A; 2R46 A; 5H37 D; 3SAU A; 3SMS A; 1E94 E; 2YFQ A; 1D0M A; 2KZU A; 4JI1 M; 1XB2 B; 2K0B X; 1W5T A; 4YHH M; 4B3R M; 2YR0 A; 1OKS A; 1TDH A; 2HCB A; 2FH0 A; 4CIS A; 1SXJ C; 1G71 A; 1FNN A; 3GPY A; 4B3S M; 1HQC A; 4NC6 A; 3SAT A; 1D0K A; 2V1U A; 3PNY A; 2A5Y B; 4PDG A; 1HNZ M; 5EXP A; 4LGY A; 4OVZ B; 5FTK A; 2DHY A; 4GHA A; 3J7B A; 1IXS A; 2VDB B; 5JI2 E; 3SFZ A; 2XLJ A; 3A42 A; 3IG8 A; 5EP3 A; 5ITX E; 2ZAN A; 3LW5 F; 1E9R A; 2WSF F; 4DV1 M; 1WJ7 A; 2R45 A; 2ZAM A; 3QYE A; 2LHC A; 2V6Z M; 2F5N A; 1QQW A; 2L6O A; 5BPV A; 4DR7 M; 3KOZ E; 3TE6 A; 2J7O A; 3I01 M; 4CHT B; 2Z7J A; 5LMN M; 2VQE M; 3U60 A; 3VFD A; 5IRE B; 4DV7 M; 2K9D A; 2MGW A; 3ILK A; 4IBC A; 4Z8X A; 4GC9 A; 1DGH A; 4Z6Y A; 2QCU A; 5FSW A; 3AOG A; 1XNQ M; 5FTN A; 1SXJ A; 2L7I A; 2CE7 A; 3D8B A; 3HHW A; 1VG5 A; 4PT5 A; 2RKO A; 2VII A; 3Q8X A; 1GVN A; 3RGS A; 4L15 A; 4X65 M; 4JI7 M; 1VDD A; 2JY7 A; 2VQF M; 2WSE F; 1E9S A; 1V33 A; 2G5G X; 1NSF A; 4FD2 A; 4GC5 A; 1G59 A; 5DYI A; 1Z59 A; 1XWI A; 4LRS A; 8CAT A; 2UU9 M; 1GLN A; 2JP7 A; 1AIP C; 3FYC A; 4GHL A; 1N77 A; 4NRW A; 1R7R A; 2QSF X; 2XGN A; 2UXB M; 1TF0 B; 4AW4 A; 2ZTD A; 5ITR A; 1D0L A; 3AKZ A; 1C7Y A; 4JI0 M; 1LTM A; 1TDZ A; 4M9Z A; 5ITX A; 3CTW B; 5EXT A; 4PDI A; 2DXI A; 4G4O A; 1XHB A; 5ITQ A; 2X8A A; 4YY3 M; 1L2D A; 2MH8 A; 2KRU A; 3THG A; 1QDT A; 4QOZ C; 2JY8 A; 4NOO B; 1NNU C; 1TR8 A; 1DV0 A; 1Z5B A; 5IT9 S; 3I51 A; 3KFU G; 1OIP A; 2O01 F; 4DUY M; 4LJ5 A; 3EIH A; 2DAI A; 4XBO A; 3U6O A; 3UZU A; 2WZJ A; 1IN8 A; 3ZQJ A; 1G3I A; 2H5X A; 4MGI E; 5C18 A; 2K47 A; 1N75 A; 1YSY A; 2Y0T A; 2Y0Q A; 4MGY E; 1HT1 E; 3SAS A; 4JYA M; 4CGY B; 5F3W A; 2L4F A; 1IN5 A; 2LXE A; 3B9P A; 1DO0 A; 1OAO C; 1R5L A; 3SHG B; 1K3X A; 1VEK A; 4DV3 M; 3VKG A; 3HJS A; 3GQ5 A; 4JV5 M; 3E4R A; 1BVS A; 2QEN A; 3FUU A; 1XC8 A; 4NSO B; 1R6B X; 3T6P A; 3I4Y A; 1Q3B A; 1L1Z A; 4LF5 M; 2EUC A; 2G8L A; 1IY0 A; 2R4E A; 3C58 A; 4G6Z A; 3K1J A; 1FJG M; 4I8O A; 2OPF A; 3B7Z A; 1NVM A; 2LVQ D; 2EKK A; 2JZ1 A; 2XSZ A; 3GRY A; 4REZ A; 5EXS A; 5EXX A; 2KDL A; 7CAT A; 3GLG B; 1E32 A; 3TWM A; 1IBM M; 1NY5 A; 2C5R A; 3UK6 A; 2R6F A; 2DWL A; 3J27 B; 3SC3 A; 4B7G A; 4JXJ A; 4BLC A; 4LFC M; 4L8R C; 4FW9 A; 2VF8 A; 3GLI E; 1VDL A; 2RGO A; 1QAO A; 3FUT A; 3TWK A; 1ORY B; 4LCB A; 1DO2 A; 4W5W A; 1Z5A A; 1Q02 A; 1VQ1 A; 2HKJ A; 3KVW A; 2DAM A; 3J80 S; 1PGY A; 3W68 A; 3NBI A; 5BR8 M; 1IBL M; 4LFB M; 2JZ0 A; 1S3S A; 3LVW A; 3OTO M; 4JI8 M; 2N35 A; 1ZV1 A; 4DR3 M; 1TGU A; 3I4V A; 4IBI A; 2JXN A; 2Z4R A; 3BXW A; 3WHK A; 4LJ4 A; 3AL0 C; 2DVW B; 1X37 A; 2LWX A; 4G3O A; 4NXM M; 3FTE A; 4EIW A; 2QPA A; 1TH2 A; 3GLF E; 4GEW A; 4L16 A; 2F4V M; 3VKH A; 3U6E A; 4G4N A; 1IQP A; 2Y20 A; 4KOD A; 1L2B A; 4RF1 A; 3HX3 A; 2HL7 A; 4MB7 A; 3T1H M; 4RF0 A; 4Y28 F; 2LVP C; 4JI2 M; 1A5T A; 1J09 A; 3HZJ A; 4B08 A; 3M7G A; 5C1B A; 1WIV A; 2DZL A; 3U61 A; 2UUC M; 4BBA A; 5ITT A; 3FTF A; 2AHM A; 1T43 A; 3SAR A; 3GLG E; 1QAN A; 5KPZ A; 3GPX A; 3GRR A; 4D81 A; 2XFS A; 2R18 A; 1J7K A; 1NO1 A; 4AKI A; 4NRV A; 3U5Z A; 1JR3 E; 3KP1 E; 3JAM S; 2C9O A; 4FWD A; 4DR5 M; 4B3M M; 1Z6T A; 2OQ4 A; 3GLH B; 2KRK A; 3E9S A; 1NHW C; 4LF9 M; 4FWG A; 2UUA M; 3HHY A; 3KS8 A; 2XZU A; 3GQ4 A; 1QUT A; 2C99 A; 3GLI A; 1L2C A; 1NV8 A; 4TUW A; 1XXH A; 1WR1 B; 3EIE A; 2CHQ A; 3M0E A; 3GQ3 A; 3W0F A; 2XH9 A; 4M9X A; 2LH0 A; 3HJQ A; 5IWA M; 4LF4 M; 2EO2 A; 4FCT A; 3L25 A; 3K92 A; 2CWB A; 4XK8 F; 1IXR C; 1QVR A; 2DAK A; 3VLF B; 5EQT A; 2ZAO A; 4LFA M; 3B7N A; 5FLX S; 3LCU A; 1R4G A; 4II7 A; 3KOX E; 1QZM A; 2DZN B; 2C96 A; 3MJ5 A; 4DV4 M; 4DUZ M; 1UM8 A; 4L4U A; 2M5Z A; 4Q7J A; 4BB9 A; 1SXJ D; 1NJG A; 1VEJ A; 1YUB A; 2JY6 B; 4GKK M; 2F5S A; 2OOA A; 1IN4 A; 3NBX X; 3CF0 A; 2KZS A; 2X4A A; 3HGI A; 1F4I A; 4WW0 A; 4ANR A; 1CUK A; 4GIP A; 4AG5 A; 5E26 A; 4L78 A; 2RGH A; 5DFL A; 3VDU A; 4LF6 M; 1PM5 A; 4HL4 A; 4CIZ A; 4AG6 A; 4OW0 A; 2HAK A; 4P16 A; 3L26 A; 1N36 M; 4MH0 E; 3SHF A; 5E6J A; 4D82 A; 3LQQ A; 2LNH C; 5ITY A; 3SAW A; 4R71 A; 1JQJ C; 1JR3 A; 1ZMU A; 3RGP A; 1DGF A; 2O5R A; 4DV5 M; 4IBE A; 3VK8 A; 4G4R A; 4R7G A; 4M0W A; 3B74 A; 3K9O A; 1QDR A; 2Z4S A; 2Z3X A; 3VDP A; 4LJ6 A; 2YNM D; 4X64 M; 3DZD A; 1PJQ A; 4QNM A; 3AV0 A; 4S12 A; 3J2P B; 1K3W A; 4AZF A; 2CFO A; 2QNJ A; 4F2L A; 1W5S A; 2H1R A; 1RU3 A; 1NV9 A; 4I4L A; 2BWB A; 5L8R F; 2DAE A; 3CGW A; 5DNY A; 4AI6 A; 3UJN A; 2R44 A; 1IXS B; 1H6U A; 4DV6 M; 2I7N A; 3ZCB B; 1OFH A; 2DHR A; 2EJS A; 3SAV A; 2B3T A; 3GP1 A; 3FTC A; 2C98 A; 1YLA A; 4NXN M; 3DA1 A; 2JA2 A; 3MHV C; 1IFY A; 1PJS A; 1Q3C A; 3UMM A; 4GRI A; 2LVA A; 4IBJ A; 2QBY A; 2O25 A; 1GL6 A; 4LJ8 A; 3U60 B; 1IY1 A; 4DR2 M; 2KNZ A; 5KPR A; 4QNR A; 1EIJ A; 5IZ7 D; 4LGM A; 3B89 A; 4G4Q A; 2QQ8 A; 1NY6 A; 5EP2 A; 4KHP M; 4OU7 A; 3FKE A; 4B3T M; 5GKN A; 3LMM A; 2CRU A; 3L29 A; 2ERC A; 1DGG A; 4LG2 A; 2XSZ D; 3FUX A; 1EE8 A; 4QHT A; 2BJV A; 1Y8G A; 1DGH B; 4WP2 A; 4X62 M; 4MGZ E; 1SXJ B; 4IJE A; 3LVV A; 3TQS A; 1TH3 A; 4ITQ A; 2LVO C; 1YE9 A; 4OX9 M; 3FRI A; 3PXG A; 3KS4 A; 3KSJ A; 4IBD A; 4JI5 M; 2MJ5 B; 4PD2 A; 5A2Q S; 2JUJ A; 4DV2 M; 1K82 A; 4IJF A; 4LJ9 A; 3U6C A; 2FS1 A; 1QZE A; 2DZO B; 2MRO B; 3R9X B; 3ZH9 B; 3U6L A; 1T3T A; 3PNV A; 4ZPX A; 4FWH A; 4FVM A; 3GRU A; 4FCV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1KSF X; 3TPZ A; 4XGI A; 3HHX A; 3K2L A; 5EP1 A; 1G8P A; 3T1Y M; 2FOI C; 1HNW M; 3R8F A; 1HR0 M; 1IN6 A; 1L8Q A; 4IBF A; 1MU5 A; 3GPP A; 2Q2E B; 3CF6 E; 4DR1 M; 3FUV A; 4MGK E; 2XZF A; 1N33 M; 3QWL A; 2ZM6 M; 1HNX M; 3DFZ A; 4JI6 M; 5DYG A; 3RE8 A; 2I7P A; 3AFH A; 3GPU A; 3HKP A; 5KO3 A; 3IG5 A; 3L2A A; 4IBB A; 1D2N A; 3MK6 A; 1TH4 A; 2DWM A; 3SYL A; 1SXJ E; 2FFJ A; 2W82 A; 3LQR A; 2KW0 A; 2QP9 X; 2F5O A; 4IBG A; 4HLQ A; 4AQY M; 2CEA A; 1KYI A; 2XF3 A; 5FTJ A; 5FTM A; 3VK7 A; 1IBK M; 1WXQ A; 1PJI A; 4IBK A; 5KPT A; 2HHH M; 3FUW A; 2YQZ A; 3UGJ A; 1XMQ M; 3KSX A; 2QBY B; 5FTL A; 1HT2 E; 3KW6 A; 4NSR A; 4D80 A; 1I94 M; 3L28 A; 4WUR A; 3L27 A; 4LZJ A; 3GLF A; 2XFT A; 2UXC M; 4JI4 M; 3U6D A; 3A98 B; 1R2Y A; 1OJL A; 3JR5 A; 2P5T A; 1Q39 A; 2CHG A; 1QAM A; 2F5P A; 1MX0 A; 2KXE A; 1PJJ A; 1NJF A; 3AOE C; 3HHZ A; 3QAU A; 4JN6 A; 3SYK A; 2R62 A; 3WHL A; 4LF8 M; 2L09 A; 3KP0 E; 1NHG C; 1I4W A; 3GLG A; 4GMQ A; 4MM3 B; 5KQ8 A; 2V1C A; 1N34 M; 1N32 M; 1IN7 A; 4LJ7 A; 4KLN A; 3ZC7 B; 2UUB M; 3U6M A; 3D8L A; 1G4A E; 1JR3 D; 4LZZ A; 3SBJ A; 3FYD A; 4FCW A; 4NL4 H; 4DR6 M; 3DOA A; 4LRT A; 4M9S A; 4MGH A; 1QAQ A; 3FTD A; 3PVS A; 3HU1 A; 3JR4 A; 1OFI A; 3H4M A; 4GH9 A; 3U61 B; 4JI3 M; 2J7N A; 3KDS E; 2QZ4 A; 1GL7 A; 1ZQ9 A; 1GKI A; 3GRV A; 3J81 S; 1KFV A; 1HQY E; 2ZBK B; 3AOE A; 3U6P A; 5EJC A; 3BOS A; 3U5Z B; 3FD9 A; 2CV2 A; 3J7A S; 4AKG A; 3GO8 A; 4R3D A; 3HU2 A; 2XEP A; 4G4R A; 4IIW A; 1G41 A; 2CHV A; 3GLI B; 2BJW A; 5LMU M; 4K0K M; 1XXH B; 3KXE C; 3T15 A; 1ZAE A; 1Z5C A; 3KOY E; 4OVZ A; 4QOS A; 2D7E A; 4B7H A; 2L7H A; 1J5E M; 4RNA A; 2KEB A; 1XNR M; 4I81 A; 2Y21 A; 2DWZ B; 2NQ8 C; 3T38 A; 3SMP A; 1NNJ A; 2CUZ A; 3GLH A; 5ITU A; 2F5Q A; 2D7G A; 4A3V B; 1XMO M; 2D7H A; 1R2Z A; 4DR4 M; 4GKJ M; 1QYR A; 1IXZ A; 3GLF B; 4M0D A; 4AKH A; 2E5L M; 2M60 A; 3PFI A; 3HJ8 A; 2FNA A; 5KQD A; 1LV7 A; 3TL4 X; 2CV0 A; 4B7F A; 2X49 A; 4LF7 M; 4LY6 A; 4KO8 A; 1IM2 A; 3RFW A; 4X66 M; 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