The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
215
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structure length |
215
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Chain Sequence |
SSRAKRIMKEIQAVKDDPAAHITLEFVSESDIHHLKGTFLGPPGTPYEGGKFVVDIEVPMEYPFKPPKMQFDTKVYHPNISSVTGAICLDILRNAWSPVITLKSALISLQALLQSPEPNDPQDAEVAQHYLRDRESFNKTAALWTRLYASETSNGQKGNVEESDLYGIDHDLIDEFESQGFEKDKIVEVLRRLGVKSLDPNDNNTANRIIEELLK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the flexible class II ubiquitin-conjugating enzyme Ubc1 provides insights for polyubiquitin chain assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
Ubiquitin-conjugating enzyme E2-24 kDa
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| total genus |
31
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| structure length |
215
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| sequence length |
215
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| ec nomenclature |
ec
2.3.2.23: E2 ubiquitin-conjugating enzyme. |
| pdb deposition date | 2004-06-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00179 | UQ_con | Ubiquitin-conjugating enzyme |
| A | PF09288 | UBA_3 | Fungal ubiquitin-associated domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin Conjugating Enzyme | Ubiquitin Conjugating Enzyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TKP A; 4DDI A; 2OO9 A; 4A49 B; 3OBX A; 2ESP A; 5FQ2 A; 1OQY A; 4Y1L C; 2PX9 B; 2FUH A; 2GMI A; 2YBF A; 3UIP A; 1HJP A; 1XB2 B; 4F1I A; 4ONN B; 4Q7J A; 3K9P A; 2F0R A; 2LTU A; 2GRR A; 1ZGU A; 1PGY A; 4UN2 B; 3LCU A; 5D1L A; 2EBM A; 2BWE A; 3PTF A; 2JUJ A; 5F6X A; 1WIV A; 5D2M A; 2JZ1 A; 1PZV A; 2Y9M A; 1IXS A; 4NR3 B; 5JNE B; 2ESK A; 1G3I A; 2UCZ A; 5F6V A; 2MR9 A; 4BWF A; 2GRN A; 1Q34 A; 3HCU B; 4R71 A; 1OAI A; 1A3S A; 1AYZ A; 2A7L A; 2OXQ A; 3R3Q A; 3LCV B; 2PWQ A; 3EVX A; 3IHP A; 1VDL A; 1IM2 A; 2L2D A; 4JQU A; 2Z6O A; 2OB4 A; 3P9H A; 1G4A E; 2LVA A; 3BZH A; 4NRG B; 1X23 A; 3F92 A; 2C2V C; 2HLW A; 4ONM B; 1JAS A; 3A33 A; 2MRO B; 1Y8G A; 2YHO B; 1E94 E; 3MMP A; 4L83 A; 1TTE A; 5D1K A; 4A4C C; 4Y1L A; 1J7D B; 2EKF A; 4FH1 A; 3GLG E; 2YB6 A; 2DAM A; 3EB6 B; 4A4B C; 2JNH A; 5F6U A; 3SQV C; 2DAI A; 3H4J A; 3GLI E; 1WGN A; 4V3K A; 3UIO A; 1QCQ A; 4ONL B; 1FXT A; 1CUK A; 4HEO A; 4V3L A; 1WR1 B; 1ZMW A; 4CCG A; 4YC1 A; 2G3Q A; 5F6E A; 3B89 A; 2GRP A; 1VG5 A; 3R42 A; 2O25 C; 2DNA A; 2L4F A; 2ESQ A; 1I7K A; 3FRI A; 2K9D A; 1DV0 A; 1Z2U A; 2KNV A; 3RZ3 A; 3ONG B; 4Q5E C; 2R0J A; 5D0M A; 1JAT B; 1NV9 A; 4NRI A; 2AWF A; 3H8K A; 1WGL A; 2MT6 A; 2CLW A; 4LDT C; 1EFU B; 4DHZ F; 2H2Y A; 2RRU A; 2JY6 B; 2DZL A; 2F4W A; 4S3O A; 1HT2 E; 5AIT B; 4DDG A; 2GJD A; 5FER B; 2NVU C; 2GMI B; 3FRH A; 1U9B A; 4LAD A; 1KPP A; 1OKS A; 3L1Y A; 2HAK A; 5DFL A; 4BVU B; 1GO5 A; 2LVO C; 2CYX A; 3FE3 A; 1R4G A; 2AAK A; 1YLA A; 3E46 A; 2ONU A; 2UYZ A; 5JI2 E; 1J74 A; 1Y6L A; 2WZJ A; 4DHI D; 1DO0 A; 1Y8X A; 1WZV A; 2JY7 A; 4GPR A; 2OOB A; 4DS2 A; 3CEG A; 1UZX A; 2KLY A; 2O25 A; 2HWJ A; 2AYV A; 3RCZ B; 1FZY A; 2VRR A; 2E2C A; 1VEK A; 1KPQ A; 3VON B; 4R62 A; 1VEJ A; 2BWB A; 2EDI A; 3BBZ A; 1SG9 A; 4JUE A; 2A4D A; 1XXH E; 1S1Q A; 2QHO B; 2DHY A; 4II2 C; 2K07 A; 2EKE A; 2FO3 A; 2Y9P A; 2Q0V A; 1IFY A; 1A5T A; 5AIT D; 2Z6P A; 3E95 C; 1ZDN A; 1P3Q Q; 2PE6 A; 4EJE A; 4DBG B; 2ZTD A; 4Q5H C; 3GLF E; 5F6Y A; 3E21 A; 4WP2 A; 4P5O G; 1BVS A; 1Q02 A; 2DAY A; 2DAE A; 1OTR A; 2DMF A; 2DAW A; 2C4P A; 2QNJ A; 2EJS A; 1V92 A; 4M1N A; 1G41 A; 4ONN A; 1C7Y A; 3WE5 A; 1MN3 A; 2DI0 A; 1JR3 E; 2L4E A; 2KHH A; 3FSH A; 2QSF X; 5IFR A; 4X57 A; 2LXP A; 2JY5 A; 4GEW A; 2CWB A; 4MDK A; 5AIE B; 3P9G A; 4AUQ A; 3FN1 B; 1AIP C; 2QGX A; 4NR3 A; 2KNZ A; 2H5X A; 3OJ4 A; 4NRI B; 2JY8 A; 4QPL B; 2DAG A; 2XWU A; 2LVQ D; 3GLH E; 2CLW B; 2ESO A; 4YII U; 3SY2 C; 1WJ7 A; 3A4S A; 3OBS A; 3KPA A; 2YZ0 A; 3UGB A; 1HQY E; 5F6D A; 2MJ5 B; 3TGD A; 1NV8 A; 2DAX A; 2CP8 A; 2C2V B; 2B3T A; 5EGG A; 1UKX A; 2EBK A; 5D1M A; 1Z5S A; 3E95 A; 2Z5D A; 1W4U A; 5D0K A; 1T6O A; 3ZNI C; 1QZE A; 4DHJ C; 4NRG A; 1KYI A; 4ONM A; 3W31 B; 3K9O A; 4W5V A; 3OBU A; 1FBV C; 2LVN C; 5HPT C; 4IP3 B; 1J7D A; 4G3O A; 1TR8 A; 3HCT B; 3UIN A; 4F2L A; 2Y4W A; 3JW0 A; 3OBQ A; 2DEN A; 5F6W A; 2JP7 A; 2MGW A; 5KNL C; 3L1Z A; 4ONL A; 1M4P A; 3JVZ A; 1U9A A; 1YF9 A; 1UFZ A; 2GRO A; 1VQ1 A; 2DAK A; 1ZUO A; 1F4I A; 4WZ3 A; 2K0B X; 2OOA A; 1ZV1 A; 1DO2 A; 1HT1 E; 1M4Q A; 1ZMU A; 2ZTC A; 3T6P A; 1ZMV A; 1KPS A; 2DKL A; 3IEC A; 2F4Z A; 2GRQ A; 1JBB A; 3VON C; 1VEG A; 1YRV A; 2BF8 A; 5AIU B; 2EKK A; 1T43 A; 1JAT A; 1C4Z D; 4AP4 B; 2JZ0 A; 1WZW A; 4ZNY A; 2KNA A; 2LBC A; 3O2U A; 3ZQS A; 2R0I A; 2KJH A; 1Z3D A; 1YH2 A; 1WHC A; 3RPG A; 2LVP C; 2BEP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TL4 X; 3DA1 A; 2OO9 A; 1G8P A; 2V1C A; 4DV2 M; 5FQ2 A; 1OQY A; 2KRK A; 2GMI A; 2YBF A; 4LJ7 A; 3AV0 A; 3J27 B; 1R6B X; 3K9P A; 5DNY A; 3JR5 A; 2LTU A; 1ZGU A; 1PGY A; 2L7H A; 5D1L A; 2EBM A; 1JQJ C; 3PTF A; 3J7B A; 1KSF X; 5D2M A; 1PJJ A; 3DFZ A; 2JZ1 A; 1GVN A; 1PZV A; 5KQ8 A; 3GQ3 A; 3BXW A; 3DOA A; 2F5P A; 4IIW A; 3VDU A; 1ZAE A; 4I4L A; 4MGZ E; 2R4J A; 4DR4 M; 4IBF A; 4FD2 A; 3J7A S; 1GLN A; 3LQR A; 2FFJ A; 4X66 M; 3IHP A; 2CHG A; 4JQU A; 2L6O A; 4LF6 M; 1SXJ B; 4JN6 A; 1PM5 A; 5ITR A; 2FE8 A; 5EQT A; 1G4A E; 4W5W A; 4LJ4 A; 2DWZ B; 1JAS A; 2RGO A; 2MRO B; 3WHL A; 2Q2E B; 3GLG E; 2YB6 A; 5IZ7 D; 2AHM A; 3UZU A; 2YNM D; 3SQV C; 3QWL A; 1V34 A; 1QCQ A; 3FKE A; 1FXT A; 4L78 A; 1NVM A; 5EXT A; 2GRP A; 2O25 C; 2DNA A; 2L4F A; 4PCZ A; 2ESQ A; 1Z5A A; 5ITX A; 1DV0 A; 1IXZ A; 3GLI B; 3RZ3 A; 1EIJ A; 1Q39 A; 2F4V M; 4OU7 A; 1WXQ A; 4AW4 A; 5FTL A; 3UMM A; 3KOZ E; 2NQ8 C; 2Y21 A; 3SHG B; 1NV9 A; 1JR3 A; 3EIH A; 2CLW A; 4DHZ F; 4OVZ B; 3GPP A; 3V76 A; 5AIT B; 4WUR A; 1D0M A; 3U61 A; 5FER B; 1QDR A; 1E32 A; 4JI4 M; 1U9B A; 3CTW B; 4FCT A; 1GO5 A; 4R3D A; 1W5S A; 2DVW B; 2UYZ A; 1J74 A; 1Y6L A; 3B7Q A; 4DHI D; 1Y8X A; 3CEG A; 3C9P A; 3D8B A; 4GKK M; 2XLJ A; 4L16 A; 1NY6 A; 3H4M A; 2BWB A; 1SG9 A; 2A4D A; 2QHO B; 3FUX A; 2DHY A; 2EKE A; 2ZBK B; 2DZN B; 1IFY A; 4GIT A; 4IBG A; 5EP2 A; 2KW0 A; 1HR0 M; 4B3M M; 2Z6P A; 3E95 C; 1ZDN A; 2PE6 A; 2LNH C; 3GLF E; 5F6Y A; 3GLG B; 1NSF A; 4WP2 A; 5C1B A; 4KHP M; 3AOE A; 4DUY M; 2DAY A; 4JI5 M; 4GC9 A; 2N35 A; 3FUU A; 2DMF A; 2DAW A; 2G8L A; 2C4P A; 2Z7J A; 2UXC M; 1XHB A; 3B9P A; 4XK8 F; 1MN3 A; 3KOX E; 3FUV A; 3IG8 A; 2P5T A; 2KRU A; 1QDT A; 4DR7 M; 2XF3 A; 4KO8 A; 3TQS A; 2CWB A; 1NNJ A; 3SHF A; 5AIE B; 4AUQ A; 4NR3 A; 3K1J A; 2JY8 A; 4MGI E; 4L6V 6; 3HWS A; 2DAG A; 1IY0 A; 2XWU A; 5F3W A; 1IQP A; 3GLH E; 3NBI A; 1GJT A; 4IJF A; 3A4S A; 2R44 A; 1DGB A; 3CF0 A; 4LJ5 A; 4YY3 M; 1HNX M; 2MJ5 B; 2DAX A; 2C2V B; 5EGG A; 2EBK A; 5D1M A; 2FS1 A; 1W4U A; 1Z5C A; 1IY2 A; 1QZE A; 1IN4 A; 4DHJ C; 2D7G A; 1TDZ A; 3K9O A; 3OBU A; 4OX9 M; 4NXM M; 1T3T A; 4IP3 B; 4CHT B; 3J2P B; 5E6J A; 1J09 A; 1IN7 A; 3UIN A; 1MU5 A; 2XZU A; 3OBQ A; 1N36 M; 2CRU A; 2C98 A; 5KNL C; 4CJ6 A; 4ONL A; 3JVZ A; 1YF9 A; 3HJQ A; 4LCB A; 3RE8 A; 4LJ9 A; 3BOS A; 1HT1 E; 3KVW A; 2KXE A; 4DR2 M; 2Y0Q A; 5EP4 A; 4LZJ A; 3T1H M; 1KPS A; 3IEC A; 2GRQ A; 3B7N A; 1JBB A; 5BPV A; 4MB7 A; 2BF8 A; 1JAT A; 4M0D A; 1C4Z D; 1WZW A; 3C3D A; 2KNA A; 4FVM A; 4TUW A; 1YH2 A; 5GKN A; 3W67 A; 3OBX A; 4Y1L C; 2FUH A; 1QVR A; 3FUT A; 1XB2 B; 2XZF A; 4Q7J A; 1L2C A; 2F0R A; 3HZJ A; 4NXN M; 1D0K A; 4G4N A; 5KPT A; 2XSZ D; 2BWE A; 2JUJ A; 2C9C A; 3U5Z A; 5FLX S; 4LJA A; 3CF6 E; 2FOI C; 2VF8 A; 4NRV A; 3A46 A; 1IXS A; 1FNN A; 2X4A A; 1JB0 F; 1R2Y A; 1YSY A; 5KPR A; 2UCZ A; 3FTF A; 2VDB B; 3GQ4 A; 2MR9 A; 2F5O A; 4L15 A; 4BWF A; 3SYL A; 4DR6 M; 3B7Z A; 5EP3 A; 3VKG A; 1OAI A; 3R3Q A; 3EVX A; 1GKI A; 3SYK A; 3GQ5 A; 2R62 A; 4MGK E; 4BBA A; 3U6C A; 4LJ6 A; 3VKH A; 2OB4 A; 1L1Z A; 1XWI A; 3W0F A; 4QOS A; 2DWN A; 3BZH A; 4NRG B; 2C2V C; 1PJS A; 4NC6 A; 4HL4 A; 4LFA M; 2QBY B; 1E94 E; 2X8A A; 3MMP A; 4L83 A; 2XFT A; 2Y0T A; 1J7D B; 4FH1 A; 1JR3 D; 3T38 A; 4L8R C; 2J7O A; 1HNW M; 3U6P A; 4BB9 A; 3A42 A; 1OIP A; 1J7K A; 5KPZ A; 2XGN A; 3GLI E; 4IBJ A; 1WGN A; 4V3K A; 4DV6 M; 1CUK A; 4AKI A; 3VLF B; 1ZMW A; 4RF1 A; 4LRS A; 4G4O A; 3K92 A; 4B3T M; 1XC8 A; 1I7K A; 4JI7 M; 2K9D A; 4IBI A; 2O01 F; 5ITX E; 1AUA A; 3SAV A; 3ONG B; 1TH4 A; 5BR8 M; 4DV5 M; 2R0J A; 5D0M A; 4NRI A; 5FTJ A; 5C18 A; 1WGL A; 4REZ A; 3U6M A; 1Q3B A; 3RGP A; 4K0K M; 2MT6 A; 2F5Q A; 2W82 A; 4AG6 A; 2I7P A; 5EJC A; 2F4W A; 2GJD A; 3HX3 A; 2GMI B; 2UXB M; 3FRH A; 1NY5 A; 3I4V A; 4JI0 M; 3T1Y M; 3LQQ A; 3L1Y A; 1OKS A; 2YQZ A; 1OAO C; 2JWS A; 5A2Q S; 3AL0 C; 4BVU B; 3FE3 A; 1L2D A; 3I4Y A; 2WSC F; 4LF9 M; 3GP1 A; 1Z6T A; 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3JAM S; 1SXJ C; 5EXX A; 4QOZ C; 1DO2 A; 2L7I A; 1HQC A; 1ZMU A; 1ZMV A; 4GIP A; 1IN6 A; 1XMQ M; 3T15 A; 5ITY A; 5AIU B; 3J81 S; 2EKK A; 1T43 A; 3O2U A; 5IRE B; 2VII A; 4DR1 M; 5IWA M; 1DGH A; 1WHC A; 3RPG A; 3PFI A; 4M9S A; 4X65 M; 2LVP C; 2BEP A; 3U6Q A; 4TKP A; 4DDI A; 3U6S A; 4IBE A; 2ESP A; 2M60 A; 2QZ4 A; 2PX9 B; 3UIP A; 3AKZ A; 2ZAO A; 3L2A A; 4LY6 A; 4ANR A; 2R6F A; 4GRI A; 1DGH B; 2GRR A; 4UN2 B; 3LCU A; 2YFQ A; 4Y28 F; 5F6X A; 3FD9 A; 1WIV A; 2F5S A; 2EUC A; 4NR3 B; 4B3R M; 2ESK A; 2CE7 A; 3W0L B; 4MGH A; 2C99 A; 3I51 A; 5ITT A; 4FWH A; 2YR0 A; 3Q8G A; 2GRN A; 1Q34 A; 5DYI A; 2KA6 B; 4AKH A; 1C1K A; 3HCU B; 4R71 A; 1A3S A; 1Z59 A; 2A7L A; 2OXQ A; 1K3X A; 2PWQ A; 3KS4 A; 3E9S A; 1VDL A; 1IM2 A; 2Z6O A; 2A5Y B; 2UUA M; 2LVA A; 2GQF A; 2K6B A; 2E5L M; 3A33 A; 3Q8X A; 3SAR A; 1Y8G A; 4G4Q A; 1TF0 B; 4A4C C; 2R4E A; 3TWM A; 1R5L A; 2DAM A; 1G71 A; 4A4B C; 2JNH A; 3CGW A; 2DXI A; 2J7N A; 5F6U A; 3NBX X; 2DAI A; 2QP9 X; 3DZD A; 4M0W A; 1XNQ M; 3UIO A; 4ONL B; 3UJN A; 2M5Z A; 4HEO A; 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