The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
201
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structure length |
196
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Chain Sequence |
IYEPRLSRIAIDKLRPTQIAVGFREVELKRKEWRETRDFLGNHIVPVVAGPKDRAYLIDHHHLVLALSKEGVEHVLTSEVAKFSHLGKDEFWSVMDHRNLIYPFDAQGLRRQSGDIPKNIHDLEDDPFRSLAGALRMAGGYAKVIIPFSEFGWADFLRRRIDRDLLSDSFDDALAEAMKLAKSREARHLPGWCGVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of protein Atu1540 from Agrobacterium tumefaciens
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical protein Atu1540
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Agrobacterium tumefaciens str. c58
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| total genus |
51
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| structure length |
196
|
| sequence length |
201
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08857 | ParBc_2 | Putative ParB-like nuclease |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain | Conserved hypothetical protein from pyrococcus furiosus pfu- 392566-001, ParB domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DNA A; 2LTU A; 2B3T A; 1A5T A; 2KHH A; 1G41 A; 2JY8 A; 1T43 A; 1P3Q Q; 1YZS A; 2MGW A; 2DAK A; 2ZTC A; 1XB2 B; 1AIP C; 3E46 A; 2JY6 B; 1NV9 A; 2MR9 A; 5JI2 E; 2LVO C; 2EKK A; 1E94 E; 1Q02 A; 1XW3 A; 1IFY A; 1C7Y A; 2KNA A; 2MRO B; 2L4F A; 1QZE A; 2WZJ A; 2RRU A; 2CWB A; 2JY7 A; 3F92 A; 1IM2 A; 2JY5 A; 1DO0 A; 2JZ0 A; 1HJP A; 2K0B X; 1DO2 A; 2HWJ A; 2DAM A; 4HEO A; 4DBG B; 2G3Q A; 2H5X A; 2EKF A; 2KNZ A; 5DFL A; 2EJS A; 4F2L A; 3E21 A; 1WJ7 A; 4UN2 B; 1UFZ A; 2QNJ A; 1WIV A; 1SG9 A; 1Y8G A; 1MN3 A; 2ZTD A; 2BWB A; 1WR1 B; 1OKS A; 3GLI E; 1KYI A; 1G4A E; 1V92 A; 2QHO B; 1IXS A; 2LVN C; 2JZ1 A; 1HQY E; 3LCV B; 2RII X; 2DAI A; 2B6F A; 1VEJ A; 2LVA A; 2MJ5 B; 2O25 A; 2OO9 A; 3T6P A; 2K9D A; 2DHY A; 3K9P A; 2LBC A; 3GLH E; 1NV8 A; 3B89 A; 4WP2 A; 3BBZ A; 1CUK A; 2DEN A; 3FRH A; 1OTR A; 3IHP A; 2KNV A; 1YLA A; 1ZMV A; 2L2D A; 3FE3 A; 3HY2 X; 1T6O A; 4F1I A; 1TR8 A; 3FRI A; 1WGN A; 1VDL A; 2QSF X; 1VK1 A; 4G3O A; 2JNH A; 1OAI A; 1XXH E; 3CYI A; 2DAE A; 4Q7J A; 1OQY A; 2JP7 A; 2DAG A; 2BWE A; 2CP8 A; 2OOA A; 2OOB A; 1ZV1 A; 2DKL A; 2LVQ D; 3MMP A; 1WGL A; 1VQ1 A; 1WHC A; 1GO5 A; 1HT2 E; 1ZMU A; 3LCU A; 4GEW A; 2DI0 A; 1XW4 X; 3H4J A; 1DV0 A; 2JUJ A; 1JR3 E; 2LVP C; 2L4E A; 1G3I A; 1HT1 E; 1EFU B; 4R71 A; 2HAK A; 3K9O A; 1PGY A; 1VEG A; 2DZL A; 1R4G A; 1TTE A; 3GLF E; 3GLG E; 1F4I A; 1VG5 A; 1VEK A; 1BVS A; 3IEC A; 2R0I A; 1ZMW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2B3T A; 3HJ8 A; 1A5T A; 1OIZ A; 1QAQ A; 1Q3C A; 2I7N A; 2MGW A; 1GKI A; 3KOZ E; 1HNZ M; 3U61 B; 3GLG A; 3U6L A; 1X37 A; 4HL4 A; 3KS8 A; 3L29 A; 1NV9 A; 4Z6Y A; 3EIH A; 3IG8 A; 5JI2 E; 2A5Y B; 2C96 A; 2EKK A; 1HR0 M; 3A45 A; 2F5N A; 1Z59 A; 2ZBK B; 4AG6 A; 1XW3 A; 2KZU A; 1I4W A; 3HU2 A; 1C7Y A; 4AQY M; 4NXN M; 4LJ8 A; 3HKP A; 1QZE A; 4MM3 B; 4DV1 M; 4A3V B; 3CF2 A; 4I8O A; 3I4Y A; 3KOY E; 4MGI E; 4R7G A; 4DUY M; 4NRW A; 1S3S A; 4LF5 M; 2DZN B; 2WSE F; 5LMU M; 3I4V A; 3M6A A; 1L1Z A; 1SXJ A; 4I4L A; 2JZ0 A; 2K0B X; 2F5Q A; 2KW0 A; 3SYK A; 3TWK A; 2J7N A; 4HEO A; 2DAM A; 3T1Y M; 2DZO B; 2JA2 A; 3C3E A; 4PDI A; 1J5E M; 1D0K A; 4CGY B; 3GLF A; 5LMN M; 4LF4 M; 3J2P B; 3THG A; 1FJG M; 1EIJ A; 2EUC A; 3SHG B; 3JAM S; 3GLG B; 3KS4 A; 5EQT A; 4LJ4 A; 4LG2 A; 3U5Z B; 2ZTD A; 4WUR A; 5KQD A; 4IBJ A; 3MK6 A; 4QHT A; 1WR1 B; 2Z4R A; 4PCZ A; 4JI1 M; 2CHG A; 1QDR A; 1IN5 A; 3GPU A; 3GLI E; 1KYI A; 2EO2 A; 2Y21 A; 3HGI A; 5E6J A; 4AKI A; 1N75 A; 2LVN C; 1Z5A A; 3ZC7 B; 1Z5B A; 1H6U A; 1OAO C; 2RII X; 2B6F A; 5EXT A; 1IXS B; 3SAS A; 2JXN A; 2CV1 A; 2D7G A; 4DV4 M; 5B36 A; 3K9P A; 2LBC A; 5ITX A; 1D0M A; 1LV7 A; 3GLI B; 2ZAO A; 2X49 A; 3Q8X A; 1T3T A; 3I04 M; 1OTR A; 1ZQ9 A; 2KNV A; 3PXG A; 2L2D A; 4IBC A; 4OVZ A; 1WKV A; 3J7A S; 3FRI A; 2J7O A; 1OFH A; 1TH3 A; 2YFQ A; 2Y0T A; 3KOW E; 4RF0 A; 3JR5 A; 1N77 A; 3RE8 A; 1IN8 A; 4FVM A; 4CIZ A; 3SAT A; 4FW9 A; 1PM5 A; 4JI6 M; 1OFI A; 2ZAN A; 4B7G A; 4DR1 M; 1PJQ A; 2DAE A; 2CEA A; 2JP7 A; 2XGN A; 3FTE A; 2UUA M; 2OOA A; 1QDT A; 1ZV1 A; 2KDL A; 1GO5 A; 2YR0 A; 2CUZ A; 1JQJ C; 1IQP A; 5KPT A; 2Y0Q A; 2DHR A; 4LF7 M; 1XXH A; 1ZMU A; 4JXJ A; 3DZD A; 1LTM A; 4AG5 A; 1XC8 A; 1XW4 X; 4NC6 A; 2KZS A; 3VSC A; 4DV6 M; 3H4J A; 3K1J A; 1DGH A; 3GRU A; 4M9X A; 2K47 A; 4I5S A; 4X64 M; 1G3I A; 1GLN A; 4ZPX A; 4R71 A; 3GPY A; 2J5Y A; 3K9O A; 1EE8 A; 1VEG A; 2W82 A; 3M7G A; 1K82 A; 1F4I A; 3CF6 E; 3AOE C; 1RU3 A; 3FYC A; 1BVS A; 3KSX A; 2R65 A; 4NSR A; 1E9R A; 4L15 A; 2O5R A; 1ZMW A; 2WSC F; 1MU5 A; 2KHH A; 1G41 A; 4ANR A; 1KSF X; 2WSF F; 2F5O A; 1Q39 A; 2DAK A; 2LXE A; 1YZS A; 4L4U A; 4QOZ C; 4LF8 M; 1ZAE A; 1QVR A; 3E46 A; 3TWL A; 5A2Q S; 3LQQ A; 1IBL M; 1R5L A; 2LH0 A; 4G6Z A; 3W68 A; 2F5S A; 4L8R C; 2L09 A; 2CFO A; 2XSZ D; 4S12 A; 2I7P A; 2HKJ A; 2XF3 A; 4LJ9 A; 2F4V M; 3CF0 A; 2QP9 X; 3HX3 A; 2D7E A; 2N35 A; 1IFY A; 3FYD A; 1L2D A; 1W5T A; 4D81 A; 2L4F A; 3R9X B; 2WZJ A; 2RRU A; 3GRV A; 4G4Q A; 3AL0 C; 2JY7 A; 4DR6 M; 3I01 M; 2V1C A; 1XHB A; 2BJW A; 1QUT A; 4GHA A; 3GQ4 A; 4LJA A; 4RNA A; 3CTW B; 1GVN A; 1DO2 A; 3D8L A; 2H5X A; 5IRE B; 4WW0 A; 3UK6 A; 2XLJ A; 4AKG A; 4L16 A; 3U5Z A; 3GRR A; 3L27 A; 1WJ7 A; 4Y28 F; 5H37 D; 3GQ5 A; 4UN2 B; 4MGK E; 2VQE M; 2DWZ B; 3FD9 A; 4DV5 M; 1L2C A; 4DR7 M; 1L8Q A; 1OKS A; 4KOD A; 1GAB A; 2FS1 A; 3FUT A; 1G4A E; 5FLX S; 2FOI C; 3QYE A; 1FNN A; 1IXS A; 4AW4 A; 1Z5C A; 3V76 A; 5B3A A; 5DYI A; 3FTF A; 3LCV B; 2UU9 M; 1QUS A; 3AOE A; 2DAI A; 1QAN A; 3GQ3 A; 2KA6 B; 2MJ5 B; 2O25 A; 4HLQ A; 4LGY A; 1QAO A; 5ITY A; 1XWI A; 5C18 A; 4DV2 M; 4FWH A; 2Y20 A; 3GLI A; 3T38 A; 5KPR A; 3TQS A; 3C3D A; 3M0E A; 3GPP A; 4XK8 F; 5FTJ A; 1IY0 A; 5FSW A; 2L6O A; 5DYG A; 3SAR A; 1NV8 A; 5EP3 A; 3B89 A; 4WP2 A; 3W0L B; 3BOS A; 4JI7 M; 3BBZ A; 4RF1 A; 4TUW A; 2R44 A; 1IY1 A; 4PT5 A; 4MB7 A; 4ITQ A; 4QHS A; 1YLA A; 4X66 M; 4LRS A; 3L2A A; 2O01 F; 3NWL A; 2V6Z M; 3I51 A; 1TR8 A; 2XEP A; 4B3M M; 2DXI A; 4JI3 M; 3U6C A; 4NOO B; 3Q8G A; 4AKH A; 3FUW A; 1OAI A; 3FTC A; 5KPZ A; 3HHZ A; 4DR3 M; 1NHG C; 4CJ6 A; 1G59 A; 2CV2 A; 3UZU A; 1HQC A; 3DFZ A; 3J27 B; 4LFA M; 5DNY A; 4YHH M; 2DAG A; 3MMP A; 2LVQ D; 7CAT A; 1VQ1 A; 1WHC A; 5JI3 E; 5IZ7 D; 4KO8 A; 3CGW A; 3A98 B; 4JI5 M; 3TL4 X; 3TPZ A; 3U6O A; 4BLC A; 4GKJ M; 3FKE A; 4KLN A; 3U6D A; 3HZJ A; 1QAM A; 5FTN A; 4FD2 A; 5FTL A; 2ZM6 M; 2JUJ A; 4DR4 M; 3A42 A; 1N34 M; 1DV0 A; 2L4E A; 1K3W A; 2QBY B; 2LHG A; 2Z8Y M; 1EFU B; 2CV0 A; 3WHK A; 2HAK A; 3IG5 A; 3HU1 A; 3VSD A; 1J7K A; 4DV0 M; 3GLF E; 2GQF A; 4M0D A; 1VEK A; 2VF8 A; 2R0I A; 4CIS A; 2G5G X; 1K3X A; 1IXZ A; 2LTU A; 2BJV A; 3SHF A; 2RKO A; 1P3Q Q; 1XB2 B; 3HY2 X; 1R7R A; 4OW0 A; 5L8R F; 2JY6 B; 4QOS A; 3VSA A; 1ORY B; 4DUZ M; 4AZF A; 3HJS A; 2LVO C; 1R2Z A; 3H4M A; 3HHX A; 2VQF M; 3HHW A; 4EIW A; 4LFB M; 1QZM A; 4LZJ A; 3SFZ A; 2MRO B; 2R62 A; 3HWS A; 3OTO M; 2DWM A; 4LRT A; 1YSY A; 4G4O A; 1R6B X; 3AV0 A; 4FWD A; 4XGI A; 1UM8 A; 1HNW M; 3C9P A; 4DV3 M; 3F92 A; 5ITX E; 3LVW A; 1NJG A; 1QQW A; 4B7H A; 3PVS A; 1IM2 A; 3VFD A; 5EXS A; 1XNR M; 2YQZ A; 1IXR C; 2JY5 A; 5EP4 A; 1NY6 A; 4JI2 M; 3EIE A; 2XSZ A; 3GPX A; 3FUX A; 2UXD M; 4DBG B; 1L2B A; 2V1U A; 1WXQ A; 2FE8 A; 4D80 A; 4JI4 M; 2EKF A; 4P16 A; 2KNZ A; 5DFL A; 2CHV A; 2KRK A; 3B7N A; 3RGS A; 2EJS A; 1VDD A; 3PNV A; 3R8F A; 3KSJ A; 4MGZ E; 4IBB A; 3U6S A; 2OQ4 A; 2KRU A; 2UUC M; 1GL7 A; 1UFZ A; 5EP2 A; 4IBK A; 2DWL A; 2BNK A; 3KFU G; 5FTK A; 1SG9 A; 1MN3 A; 4R3D A; 2BWB A; 1V33 A; 2CE7 A; 2XFT A; 2EA0 A; 2QQ8 A; 1J09 A; 1V92 A; 4GIP A; 2UUB M; 1E9S A; 4IJF A; 1GJT A; 4LJ5 A; 2RGO A; 3U60 A; 1G8P A; 1TGU A; 2JZ1 A; 5C1B A; 3W67 A; 4G4N A; 5IT9 S; 1HQY E; 3MHV C; 4GKK M; 1VEJ A; 2LVA A; 2M5Z A; 3KDS E; 3QWL A; 2OO9 A; 2Z3X A; 4GHL A; 4REZ A; 2D7H A; 3FUU A; 3T6P A; 3HHY A; 5ITT A; 3K92 A; 4IBG A; 4Z8X A; 3ZH9 B; 2XZF A; 1IBK M; 2R6F A; 4JI8 M; 1L1T A; 3GLH E; 3SBJ A; 1I94 M; 4QNM A; 4L6V 6; 4FCW A; 4LZZ A; 4GIT A; 1CUK A; 3U6E A; 4B3T M; 1MJG M; 2DEN A; 1OJL A; 3KOX E; 3FE3 A; 1ZMV A; 5F3W A; 1KFV A; 1JB0 F; 1T6O A; 4IJE A; 1DGB A; 4F1I A; 4GMQ A; 2HCB A; 2Z7J A; 1WGN A; 2X8A A; 1QYR A; 2ERC A; 3PNY A; 2DWN A; 4X62 M; 1V34 A; 3J7B A; 1TDZ A; 1VK1 A; 5BR8 M; 3C58 A; 2JNH A; 3GLH B; 3L28 A; 4GC9 A; 4KT0 F; 1Z6T A; 5KO3 A; 3TWM A; 2VF7 A; 2VDB B; 2C9O A; 3CYI A; 3KW6 A; 1VZ0 A; 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1GL6 A; 2CHQ A; 1PJI A; 4LF6 M; 1HJP A; 1NO1 A; 3T15 A; 1IBM M; 2HWJ A; 4LJ6 A; 3AFH A; 2G3Q A; 2NQ8 C; 5GKN A; 1SXJ B; 2AHM A; 2QZ4 A; 1N78 A; 1GJS A; 3E4R A; 3VDU A; 1TH4 A; 2R18 A; 1W5S A; 2C98 A; 4F2L A; 3E21 A; 1XNQ M; 3NBI A; 1E32 A; 3GLF B; 2HHH M; 2QNJ A; 3U6P A; 4IBE A; 2L7H A; 4LGM A; 1WIV A; 1Y8G A; 2XH9 A; 2F5P A; 4B3S M; 3AOG A; 5ITQ A; 1PJS A; 2L7I A; 1IN6 A; 3MJ5 A; 3RFW A; 2QHO B; 2CRU A; 3HY5 A; 5E26 A; 1DGG A; 4PDG A; 4OU7 A; 5EXP A; 4MGY E; 4JI0 M; 2R4J A; 4JN6 A; 3QAU A; 3SMS A; 2Q2E B; 2C5R A; 2K9D A; 3SAW A; 2DHY A; 4IBD A; 2KXE A; 2RGH A; 2QPA A; 3ILK A; 3KP0 E; 2C9C A; 3VLF B; 1YE9 A; 4B3R M; 1PRB A; 2H1R A; 3LVV A; 3VDP A; 2Z4S A; 4B7F A; 1MX0 A; 3FRH A; 3IHP A; 5IWA M; 2X4A A; 8CAT A; 4BB9 A; 2DVW B; 2K6B A; 2LNH C; 3KVW A; 2ZAM A; 4IIW A; 3DOA A; 2XFS A; 4W5W A; 4M9S A; 3W0F A; 3FTD A; 3GLH A; 4CHT B; 1PJJ A; 1VDL A; 3HU3 A; 4BBA A; 3GRY A; 4LCB A; 1OIP A; 4OVZ B; 2QSF X; 3LQR A; 4G3O A; 3HJQ A; 2XZU A; 3GP1 A; 4FCT A; 2R4E A; 1NHW C; 1IN4 A; 1NSF A; 1XXH E; 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