2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
4AC3A 5C36A 2D1ZA 1BFCA 2Z48A 2A8WA 4LW6A 3I0GA 1G1LA 1AVUA 1WT2A 3MPPG 1BASA 3A07A 5HS2A 2JCOA 3CRHA 2QN4A 3RMXA 4I0YA 2HZ9A 3T8SA 1WT0A 4HR6C 4IRQA 2Q4JA 3T7MA 5IFYA 1YTOA 2P72A 1PC8B 4P0JA 3BAVA 2ESUA 1CE7B 1OMZA 5DZUA 1JY0A 3N7LA 5BXTA 2VS5A 2D20A 4Y7VA 3U2VA 4X39A 2O1HA 4I4YA 1S0GA 3ZX7A 1W3FA 4DDZA 3HBWA 4HA2A 1IILA 3OH2A 2D23A 3R4UA 3UD8A 6I1BA 1R8NA 1WD3A 2L5XA 2ZU8A 5D62A 3DJ4A 3BTAA 4LO2C 4Z8SB 4IZXA 5BXSA 1G9DA 4KC1A 1JQZA 3TC2A 1K5VA 1MD6A 2KI4A 1G23A 4EEOA 3BAHA 5FTVA 2FDBM 2WVLA 4IY9A 3Q7XA 1H4CA 2XWMA 4J18A 5CMFX 4B2XA 1HCEA 4Y9XA 4GP3A 3CA0A 4DECA 2Y9WC 2YUGA 5DVHA 1PUMB 1FWYA 1G8OA 1H4EA 1JT4A 2MZBA 5BVPI 1H7TA 3V0BB 2HW9A 4R6UB 3ZLLA 1RG8A 1WBAA 2WVKA 5C3BA 1MP4A 2Y9GA 3ZXGA 1S4OA 4ENDA 1DJSB 2K8RA 2X60A 1AVXB 2A8UA 3BRKX 1AFCA 2GGOA 3R4SA 1V83A 4Y7GA 1VGTA 1IHKA 4XWIA 1ZJ3A 2RJ5A 3HSMA 1KWSA 4LW3A 2NTDA 1VGZA 4XKIA 1BARA 2X65A 3BA4A 5C48A 3O3QA 3N7KA 3O3PA 5FYEA 3V0PA 1ILR1 1FN0A 1S0FA 2KH2A 1PWAA 3FJKA 1E0OA 4TLPA 1DIWA 1H5TA 1ZJPA 2YC5A 4C2SA 3V0MA 1ZJ2A 3ZXDA 4F83A 41BIA 3E25A 1WD4A 3VSFA 5DUYA 4JISA 3V91A 4LO7C 3MALA 5FTSA 1ISVA 3OGGA 1QG8A 4NAIA 2AM4A 2OEFA 2WEEA 3N7MA 2VSIA 3RSJA 1FQ9A 4FREA 3AKHA 4KC3A 5C4DA 1ZJ1A 5C4CA 4EEGA 3CKNA 4OEEA 1ZI4A 1FXOA 3NBDA 3UJ4A 2I7BA 4JD0A 1MC3A 1IRPA 4FRDA 4FROA 4EE5A 4QC4A 1TP0A 4JP0A 4GOYA 3V79C 2FYBA 2Z49A 4IRPA 2PGVA 3UDAA 5CQMX 1H5RA 4KQLA 1O23B 5FUHA 1TOOA 4Y64A 5EJZA 4ECMA 2QYIB 5E24E 4USOA 1S0DA 4HCQA 3BAQA 1H4DA 1JLYA 5C38A 3NBCA 2RJ8A 1XHBA 1JVGA 3PMEA 2BO8A 1IJTA 2K43A 5D63A 4I4OA 4J2YA 1PZZA 5F8WA 3AJ5A 2VS3A 3Q7WA 1TWMA 4EKXB 3VSZA 4K6RA 5L6VA 1Z2VA 3FOQA 3I0KA 21BIA 3W9TA 4KRVA 4B2WA 3I0HA 5EG6C 1TTUA 3KMVA 4LO3C 3V0BA 4IY8A 1FG5N 3N9WA 4B4BA 3UD9A 1WT3A 1ZJ0A 3CKJA 1VZUA 1WBCA 5JLVA 1VCLA 2AXMA 2RSTA 1YXWA 3N7JA 1J0SA 1ON6A 2I5KA 3DUVA 2UX8A 3OC9A 1HV9A 2IWTB 2KI6B 2WE9A 1EV2A 3QYDA 2Q3NB 1R80A 4I1BA 3FJJA 3RTIB 3V90A 2RQ9A 2VFZA 3RSBA 3NGWA 1ISWA 3VUOA 3FUQA 2V0IA 1QGSA 4B3UA 2I5EA 5IDTA 3CA4A 3U2WA 4J2XA 5BXPA 1OMXA 1T4QA 1W77A 1D0HA 2V0HA 4HO5A 3O4CA 4ISRA 4LO1A 4G3QA 1HWPB 1BFBA 3USQA 3K8DA 3OH1A 1INIA 1FGGA 1FGAA 3JTJA 4GP0A 3D8VA 3FJIA 4ZA3B 1ISXA 2K4AB 4KEKA 4ARWA 1Q03A 1EPWA 1NKHB 4CJBA 3OH0A 2ERMA 2D43A 4I4VA 4X37A 4EFRA 4L41C 2XWNA 2LIQA 3AZVA 1R81A 2Y7AA 3UD7A 1QQLA 3CRIA 2APCA 3SXBA 9ILBA 3FJHA 4I96A 3FFZA 3C9ZA 3WMVA 1YP2A 3HMYA 3QR5A 4QALA 4G3SA 4X3AA 5FU8A 4CJMA 4I8MA 2VXLA 5AJNA 3HL3A 5D61A 5FNXA 4I4XA 1K4VA 1S0CA 1H5TB 3OJMA 2F8XC 4FRLA 3VT2A 4P0KA 4ZKTB 1VGUA 2FYAA 3BX1C 2Z86A 1QGQA 5CQLX 4DENA 4L4HA 4DE7A 4Y7FA 3BA5A 2RJ7A 1DFCA 4G9NA 1IIMA 2DPWA 4GBPA 5CQPA 1H5SA 1G9AA 1LL3A 5BP5A 1LZIA 3DK5A 3OH4A 3ZC8A 2FFVA 5B2HA 3B9UA 4IZEA 2WVMA 2RJ0A 4CJCA 3PNNA 4H04A 1LZ7A 3V0QA 4J2SA 2RJ4A 3I29B 4IQPA 3SX8A 3CKVA 1G93A 3SX5A 1ZCVA 5BXCA 4M28A 2OI5A 2Y9FA 1EZIA 2KLLA 1H5RB 2WAWA 2NZ9A 2XMEA 3VWCA 2Y9XE 2ZU9A 5C4BA 1ZCYA 4I4UA 5FZZA 3P6JA 1H7LA 4BMAA 4EEAA 3SNVA 1NHEB 3N0KA 4Y62A 1G9RA 3O44A 2Y4MA 1E5KA 1MP3A 1ABRB 2MC2A 4EB2B 2VD4A 5C8RA 5IDSA 1H7GA 1LVWA 1YP4A 1K5UA 4X38A 3D5NA 8I1BA 4AAWA 2AE7A 5I1FA 4FQWA 2QGIA 3A22A 3EF2A 1NF5B 3OJVA 1BLAA 4XFTA 2E8BA 1P63A 2VXTI 1ON8A 1GWWA 3CQAA 1S4NA 1TW5A 1FRWA 3OBTA 3PKQA 2VSHA 1HWNB 4I37A 1NWGB 3K8EA 2PX7A 4FCEA 1ZI3A 2MLLB 5C1LA 1H7HA 1AXMA 4M2AA 1YF8B 3T7NA 1NMMB 5DDVA 4D11C 4LO0A 3WINA 5C1HA 5EJ1A 3RMVA 2JCLA 4JQ0A 1ZCUA 4KC2A 3AKGA 4EFPA 1H7QA 2ET2A 4Y6UA 3BB2A 1I1EA 4ASJA 3AKFA 2P23A 2ZR1B 1H5SC 1HM0A 3Q7YA 5CMJA 5L6SA 3FJCA 2RITA 1V6VA 4B4MA 4HO0A 2E4MA 5DSSB 3D98A 4OEGA 3H6QA 3FJEA 1Z90A 1JT7A 3O49A 1PUUB 3BAUA 1F31A 3NBEA 4PC4A 1XZZA 1Z4SA 4KEIA 4KBBA 4FVVA 1TVYA 2O1FA 3PKPA 1LZ0A 2YCMA 1ONKB 4G6JA 1W57A 2Y4KA 4Y6NA 4B4GA 5C4EA 1GGPB 3V8YA 2NXVA 3S8KA 4ZBVB 4G6MA 2X2TA 3BRFA 2GO2A 1IT0A 4ZOTA 5J49A 4IHZA 3LW6A 4USPA 1G3LA 1GQCA 1JT3A 1N4KA 1FO9A 4YS8A 2AECA 3JUTA 3BRDA 2O1GA 1LL0A 2VU9A 2P73A 5F90A 4GOVA 1OQMB 1HM8A 1WSZA 1OQLB 1G97A 1NUNA 2V0KA 1YBIA 4JRAA 1RY7A 1S0BA 5FZUA 5BXRA 2Y4JA 3CKOA 5CMIA 5BQUA 3U0YA 3FGMA 3H6SE 3RMYA 1QWJA 1FOAA 1H5SB 2BFHA 2D24A 4AYJA 1FMMS 1R8OA 4I4QA 2AGDA 3FJ8A 3E26A 4QD2B 1KNMA 4KPXA 3OBRA 7I1BA 3A21A 5C4FA 4ZFWB 2YQCA 1XG6A 5EIYA 1EYLA 4H9WA 1ZI1A 1DZDA 1R7TA 3NBNA 3LLPA 4HO8A 1FWVA 5AJPA 5JQQA 2NM1A 3VEQA 4KNXA 4D0ZA 3IIRA 4UEGA 4ZDQA 1SR4A 2ZQOA 1QXMA 4II0A 4P6AA 2GGQA 2AAIB 2W0WA 3V8ZA 1DQGA 4Z9WB 1ISYA 3SX7A 2IHOA 3BA7A 1FO8A 1VICA 4QBCA 3WO4A 4I4RA 4HO6A 2VUAA 1PZYB 1S4PA 2E3DA 3A23A 3BADA 2VSEA 5I1BA 1H7EA 1R7YA 1RMLA 2D22A 3I0DA 2X5ZA 1Z0HA 4KEJA 4FRHA 4XFUA 1ZHJA 4ZLBB 1FV3A 3IOJA 3QVBA 1JT5A 5FU0A 3HALA 3O4OA 3U0XA 3TQDA 2AFGA 2P6WA 1FWUA 3ZC9A 2FGFA 4I3NA 4JKXB 2RJ6A 4HOCA 3JUJA 4BQHA 5C49A 3U2UA 4I7IA 3SXCA 1Q1UA 2XOAA 2RJ1A 3AH4A 4A7ZA 2YQJA 4JAWA 4A7YA 1H3MA 2PGYA 5HPZA 2Z87A 2AM5A 5FZYA 4ZFYB 3PHZA 1VGWA 1WVCA 2XWLA 3Q80A 3SXAA 1A8DA 3CAHA 3IM7A 1AF9A 3KIAA 1UPSA 4IONA 1FXJA 1TZFA 4KC4A 4NALA 1R7UA 2D7RA 4OUJA 4OWLA 2ZU7A 5DDTA 2FYCB 1JTCA 4FCUA 1T9FA 1EVTA 5BQUC 3GUEA 1HJJA 3ZF8A 1R7VA 3FJBA 1FMZA 1SZ6B 2HWAA 5F8SA 2VXRA 4D0TA 2JCJA 4J23B 1TFMB 2QKXA 3SXGA 1G95A 3SXEA 4HO3A 3F1RA 3H6RA 1V82A 3WMUA 1W3GA 1VH1A 3IM6A 2P39A 3BAGA 1G2VA 1JVDA 2W0VA 4LO8B 1HIBA 1BA7A 2WGZA 2GZBA 1ZJOA 4OWKA 1S0LA 1V6UA 4EE4A 1SR4C 3WO2A 3WO3A 5EC5A 4FRPA 4R7PA 5GAQA 1YP3A 1O0RA 4LO1C 1ZDFA 1JLXA 1Q04A 3SXDA 4G1RA 2HWMA 3USRA 3BRGC 4QO3A 4AN7B 2FYDB 3FWWA 4EVWA 3ILAA 3CGXA 4I2SA 1DLLA 1VM8A 2V0LA 4XFSA 3CA6A 4AN6A 2BO4A 1GWVA 1G82A 1YROB 3PG0A 4ZGRB 4AYLA 1YYNA 1JV1A 3AZWA 3ZGGA 2ZQNA 1JYLA 3V0AA 1FZWA 2MIBA 3R3IA 5EHAA 3K1XA 1ZI5A 4I4SA 2ICXA 4FRBA 3OGZA 3CU1B 2FY7A 4HO9A 3WA1A 2D0JA 2WBCA 4B5BA 2OI6A 4E1KA 3HOMA 1R7XA 4J2KA 4F34A 3VT0A 2UUSA 5FNWA 4KXOA 3P6IA 3F1YA 3I2XA 4IYBA 1JYKA 2AH9A 2F2FA 2PA4A 2X5SA 3F1CA 1TIEA 2AESA 5BOWA 1AVAC 2NYYA 3CRGA 4KNRA 1SS9A 1IOBA 4LO3A 3I0LA 4CJ8A 1PZTA 2VS4A 3AJ6A 1HWMB 3AH2A 1VZXA 4G87A 2BEAA 3D7WB 4D8HA 2RIZA 5FV9A 3FJAA 5BP5C 2VXMA 3BCVA 3EE5A 4HO2A 4QD2C 4EEMA 1H5SD 3R2WA 2DS0A 2NP0A 2LIEA 1IRAX 1W3AA 5JMCA 3VT1A 3OAMA 2J3PA 3JUKA 4D48A 3T7OA 2BEBA 3TZTA 3CA1A 2JCKA 1FR8A 2QH5A 1M16A 4OEFA 4Y63A 1HCDA 4NANA 3ZGFA 3U2XA 2DRZA 4FRMA 3I0IX 3FJFA 4FGFA 1ZCTA 3IOIA 4GAFA 3JRRA 1O7QA 3AKIA 31BIA 3BAOA 1INJA 1GQ9A 1MC9A 4JKQA 1VH3A 4FRAA 3POLA 3NJ5A 2CU2A 4MYBA 2Q9XA 4HG6A 1XYFA 3PUBA 1GA8A 2NVHA 1JV3A 2ICYA 1WT1A 2RG9B 3ZLKA 4OW4A 1HM9A 1FR9A 3IOHA 4QKSA 1FV2A 1GX0A 1FGXA 1V84A 3CA5A 2FO1A 1TWEA 3I0EA 2VLCA 1II4A 4OWJA 2BO6A 4M2BA 4NAKA 3AH1A 1V6XA 1ZDGA 3H6RB 1QQKA 3O5WB 4G9MA 4I4PA 4QBVA 2I1BA 3RTJB 1O7OA 1VPAA 2OI7A 2XMHA 2YESA 5CMHA 3V0OA 4L4IA 4CVHA 2RJ9A 4FRQA 3SX3A 3I2AA 4LO0C 2X2SA 1TW1A 3WINC 4P0LA 4Q9GA 4EEEB 3LTQA 2Y4LA 2F2FC 1ISZA 2AQZA 4ZFUB 1I1BA 1G0RA 4QKRA 3OH3A 3HN1A 1LZJA 3ST8A 3V0LA 4LO7B 2M49A 2DREA 4A7KA 3OKRA 1M2TB 1VZTA 1DFQA 4KT7A 2OEGA 4KPZA 1DQOA 3O4BA 2RIXA 1IINA 4DEPA 2AM3A 3RMWA 4EFQA 2KKIA 2E4MC 4HJJA 4Q91A 3V0NA 4B42A 3OGFA 3POKA 2R9KB 1W55A 4Y7UA 3V0AB 5C3DA 2YQHA 4DCKC 4P02A 3FJ9A 2FFUA 4JPZA 4M4KA 1ITBA 4LO2A 1LL2A 4Y7TA 4MNDA 1H7FA 2YC3A 4ASYA 2YQSA 2D44A 3OJ2A 5AJOA 4YOLA 3F62B 3S8JA 1BLDA 1AVWB 5F8YA 1EYRA 1R82A 1HWOB 1NQIB 3CU0A 3U2TA 3IAGC 3FUOA 2Y6PA 2V0JA 5CQNX 2D7IA 1CVSA 5C1GA 1XZ6A 2BO7A 1ZIZA 4EE3A 3I0JA 4Q9PA 3CA3A 4ISQA 1I52A 1MP5A 1V6WA 4I6IA 3O4AA 4G3PA 3I0CA 2RIYA 1NZKA 4WBCA 3SPTA 2WRYA 4P00A 3Q7UA 1BFGA 3I0FA 3P53A 4GAIA 3UJ0A 1HJLA 4I1EA 5CMGX 3E8LC 1DZCA 5G00A 4HO4A 1HKNA 3O4DA 3IM5A 3Q4SA 1BFFA 3FJDA 2DRYA 1G9CA 5CQOA 1L2HA 2VSAA 4D11A 1G9BA 5C3AA 1GX4A 3CKQA 5C47A 1S0EA 1RZOB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3ZXDA 4O6NA 4F83A 41BIA 3E25A 1WD4A 3VSFA 5DUYA 4JISA 3V91A 4LO7C 3MALA 5FTSA 1ISVA 3OGGA 1QG8A 4NAIA 2AM4A 2OEFA 2WEEA 3N7MA 2VSIA 3RSJA 1FQ9A 4FREA 3AKHA 4KC3A 5C4DA 1ZJ1A 5C4CA 4EEGA 3CKNA 4OEEA 1ZI4A 1FXOA 3NBDA 3UJ4A 2I7BA 4JD0A 1MC3A 4MZFB 1IRPA 4FRDA 4FROA 4EE5A 4QC4A 1TP0A 4JP0A 4GOYA 3V79C 2FYBA 2Z49A 4IRPA 2PGVA 3UDAA 5CQMX 1H5RA 4KQLA 1O23B 5FUHA 1TOOA 4Y64A 5EJZA 4ECMA 2QYIB 5E24E 4USOA 1S0DA 4HCQA 3BAQA 1H4DA 1JLYA 5C38A 3NBCA 2RJ8A 1XHBA 1JVGA 3PMEA 2BO8A 1IJTA 2K43A 5D63A 4I4OA 4FIXA 4J2YA 1PZZA 5F8WA 3AJ5A 2VS3A 3Q7WA 1TWMA 4EKXB 3VSZA 4K6RA 5L6VA 1Z2VA 3FOQA 3I0KA 21BIA 3W9TA 4KRVA 4B2WA 3I0HA 5EG6C 1TTUA 3KMVA 4LO3C 3V0BA 4IY8A 1FG5N 3N9WA 4B4BA 3UD9A 1WT3A 1ZJ0A 3CKJA 1VZUA 1WBCA 5JLVA 1VCLA 2AXMA 2RSTA 1YXWA 3N7JA 1J0SA 1ON6A 2I5KA 3DUVA 2UX8A 3OC9A 1HV9A 2IWTB 2KI6B 2WE9A 1EV2A 3QYDA 2Q3NB 1R80A 4I1BA 3FJJA 3RTIB 3V90A 2RQ9A 2VFZA 3RSBA 3NGWA 1ISWA 3VUOA 3FUQA 2V0IA 1QGSA 4B3UA 4H75A 2I5EA 5IDTA 3CA4A 3U2WA 4J2XA 5BXPA 1OMXA 1T4QA 1W77A 1D0HA 2V0HA 4HO5A 3O4CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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