2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
4P0KA 3BADA 1FO9A 3CU0A 5D61A 1SR4A 4B2XA 31BIA 2BEBA 1G0RA 5F90A 3FJCA 2RG9B 3O49A 1LZIA 3R4SA 4HJJA 1PZTA 1S0GA 2RIXA 4Y7TA 3K8EA 4AAWA 3U2XA 3F1RA 1IHKA 4LW6A 4MYBA 4HO5A 2MC2A 2AH9A 3IAGC 1R82A 4KEKA 4I8MA 4M2BA 2P73A 1EVTA 1OMXA 3OKRA 4FRMA 4QD2C 4I4OA 1V6WA 2X5ZA 4HCQA 1S4PA 3K1XA 3FWWA 2VSHA 2MLLB 4G9MA 4LO7C 2VSAA 2Q9XA 2JCKA 3S8JA 3CU1B 2XWNA 4I37A 2MIBA 4JD0A 4Y64A 4X37A 3FJ8A 1DFQA 1EYLA 2ZU7A 2NZ9A 3D98A 2XMEA 2V0KA 3WMVA 1WT2A 4EFPA 1K5UA 5CMGX 4GP3A 4IYBA 4FRBA 3CKJA 1JT4A 1IINA 1BLAA 3SX5A 4JPZA 1G2VA 2L5XA 3BX1C 1I52A 1WT0A 1M16A 3HALA 4P0LA 2VU9A 4G9NA 1FO8A 1YP4A 3OH2A 4EE5A 3QVBA 4FRLA 1S0EA 2K8RA 3PNNA 5L6VA 2NVHA 3BAQA 1MP4A 4QC4A 3VWCA 1QG8A 5FUHA 1V6VA 4LO0C 3ZF8A 4B4MA 4HO3A 4KBBA 3BRKX 1BASA 2OI5A 3I0DA 3F1CA 2Q3NB 5BP5A 1AVWB 1DFCA 1ILR1 3AJ5A 3F62B 4Z8SB 4EKXB 3CA5A 4QALA 1FOAA 3A23A 4AC3A 3O4BA 4EEOA 3OH3A 2D20A 1HV9A 4IZEA 4EEAA 3V79C 4I4XA 4LO0A 2D1ZA 5FU0A 1HM0A 5CQPA 4DE7A 2OI7A 1Q1UA 3RMWA 1H5SB 1HWMB 4FCEA 2Z49A 2RJ1A 2Y4JA 1CE7B 2D7IA 2A8WA 4QD2B 4X39A 3VT0A 4D48A 4G6MA 1G93A 2AGDA 3Q7UA 1I1BA 3CA0A 4YOLA 2NP0A 1VH1A 1BA7A 2FYBA 4FRAA 1MC3A 1LL2A 2NYYA 2V0LA 3I0GA 9ILBA 3RSBA 3USRA 1W3GA 3JRRA 3O3PA 3I0KA 5DSSB 4HO0A 3R2WA 1H5RA 4FCUA 4F34A 2A8UA 2PA4A 4JKXB 2AAIB 1ZIZA 3HN1A 1GA8A 1TVYA 4DECA 4H9WA 1PZYB 1JYLA 5EJZA 1A8DA 4FGFA 1VGWA 2YQJA 1PUUB 1WD4A 3O44A 4I7IA 1JVDA 1RG8A 5EG6C 1JVGA 4Y6UA 5HS2A 1L2HA 4GP0A 3AH1A 4EE4A 2RJ6A 21BIA 3MALA 1G9CA 1PC8B 2Y9FA 3AKGA 1G9BA 4ZKTB 1FGGA 1VZTA 3CKOA 5BXCA 2VS5A 5F8WA 2BO4A 3JTJA 3Q80A 3WO4A 4AN7B 2OEGA 1V6XA 1OQLB 2KI4A 3T7NA 1TOOA 1BFGA 2E4MC 1TWMA 1ZCVA 4CJBA 4CJ8A 3H6RB 2PGYA 3CRIA 4LO3C 2E3DA 5IFYA 5EHAA 3I29B 4EE3A 4ISQA 4QKRA 2ICYA 3KIAA 3BB2A 3FJ9A 5C4DA 1O23B 4IY9A 2RQ9A 2X2SA 5DZUA 1ZJ2A 3ZLKA 3I0LA 4TLPA 1ZI3A 5C3DA 3CQAA 4DCKC 4USOA 1WT1A 4Q9GA 4HG6A 3BA7A 1FR9A 1BFCA 1H5RB 1AVAC 2ET2A 1O0RA 2Z87A 4OW4A 3CA3A 5C48A 1WD3A 3O4AA 1G95A 1W77A 3FJDA 1ZJ1A 1HJJA 4I2SA 1YTOA 4A7ZA 3CKQA 5C4EA 5FTSA 3V0NA 3OC9A 3E25A 1TW1A 1DJSB 1H7FA 5BXRA 4HO4A 3D8VA 1NF5B 1EV2A 2AESA 1MP5A 3CGXA 1FV2A 4OWJA 3SXBA 2R9KB 2YESA 4G1RA 3OGGA 4GOYA 5FZUA 2X60A 4UEGA 3T7OA 2NM1A 1Z0HA 5AJNA 5J49A 3UDAA 2JCJA 1Q04A 2AQZA 2FGFA 5GAQA 3N7JA 4ASJA 1G82A 4KEIA 4H04A 3POLA 5AJPA 5FZYA 3SPTA 1FXOA 3ZGFA 2ICXA 5JQQA 2D0JA 2VXRA 5FNWA 2VD4A 1ISWA 3AH2A 1K5VA 1TWEA 5F8SA 3PG0A 3O4OA 4CJMA 1H4EA 4OEFA 3WA1A 1ON8A 2XWMA 2ZQNA 5C3AA 3U2UA 3ILAA 3RMXA 1INIA 3I0HA 3JUKA 3ZXDA 1GX4A 2VSEA 2APCA 1AXMA 4M2AA 1W3FA 2DREA 1ABRB 3I2XA 4HOCA 4KNXA 2D23A 3FJIA 3IM5A 3PKQA 4ZGRB 3LW6A 3U2WA 2ZQOA 1ZDFA 1GWWA 4KXOA 3UD8A 1JT3A 4Z9WB 2QYIB 4II0A 3PHZA 3POKA 1NUNA 4EB2B 1DZDA 3AKHA 2RJ5A 3ZX7A 5BXPA 1NMMB 1ON6A 1JTCA 1N4KA 3OJMA 2VFZA 4Y63A 5FU8A 2Z86A 2QN4A 4KC3A 4AYLA 3C9ZA 2P23A 3V0QA 2YQHA 3NGWA 4NAIA 3TZTA 4E1KA 2I1BA 2BFHA 3WO2A 4I96A 2ZR1B 1HM9A 4QBVA 1W57A 2MZBA 4M28A 1Z4SA 1S4NA 5EJ1A 1AF9A 1IT0A 1ZJ3A 3BRFA 3S8KA 1LL3A 1V84A 5C1GA 2Q4JA 2D24A 4J2KA 1E5KA 1O7QA 4L41C 2PGVA 1V82A 2ERMA 1TP0A 5BOWA 1ZCUA 1OQMB 4I4VA 3DUVA 1Q03A 1EZIA 1G3LA 1TIEA 1PZZA 2HW9A 2RJ9A 2UUSA 4ZFYB 4ZOTA 1LVWA 3FFZA 3V0OA 3IOIA 4I4PA 1S0FA 4P6AA 1FWYA 3Q7WA 3N9WA 3SXCA 1VCLA 4B5BA 1PWAA 4B4BA 4C2SA 3I0JA 1FV3A 1G9DA 2Y4KA 4XFUA 2RJ7A 4KRVA 1YYNA 2WEEA 4FROA 3ZLLA 1R8NA 3AJ6A 3FJAA 5C47A 4JRAA 4FRPA 3BCVA 5CQLX 1S0DA 2ZU9A 4G6JA 3SXAA 4JP0A 1ZCYA 1JV3A 4I1BA 3MPPG 3O4DA 2RIZA 3BRGC 4CJCA 4KC2A 3QYDA 4I4UA 3WO3A 3FUQA 4J2SA 3SX8A 1II4A 3BA4A 1WVCA 1ZI1A 4X3AA 1GWVA 3FJBA 3OBTA 2O1FA 3VEQA 3V8ZA 4B42A 2VSIA 3E8LC 5CMJA 5DUYA 1ZJOA 2HWMA 2NTDA 4Y9XA 4LO7B 3V0BA 6I1BA 2QKXA 4QBCA 2Z48A 4MNDA 1DLLA 3TQDA 2KH2A 2V0JA 3WINC 2JCLA 5AJOA 4KNRA 3AKIA 3UD9A 4I0YA 3V0MA 1LZ7A 4A7YA 1ZJPA 3TC2A 5C4FA 1FMMS 1H7EA 2HWAA 2RJ4A 3EF2A 2VLCA 2JCOA 3V0PA 5CMIA 2FFVA 2V0HA 4NANA 4OUJA 1S0LA 4NAKA 4KQLA 1FZWA 4PC4A 1G1LA 4D8HA 3D7WB 1DQOA 5BXSA 1BFBA 4IONA 3WINA 4D0ZA 3A22A 4LO2C 3NBNA 1ZCTA 5FTVA 1TTUA 1VZXA 2VXMA 4FRDA 1JLXA 4IY8A 4NALA 1HWNB 2F2FC 3BAVA 1XYFA 2IWTB 1H7GA 3N7LA 4A7KA 2P72A 1QWJA 3CKNA 1PUMB 2FDBM 2GZBA 5C4BA 3A07A 2P6WA 4P02A 1G23A 3UJ4A 2AECA 1J0SA 3O4CA 4AYJA 4J2XA 3Q7YA 2F2FA 5CQNX 1ISYA 2RSTA 3OJ2A 2FYCB 2DRYA 2WRYA 3SNVA 5IDTA 1P63A 4FRHA 5C8RA 2IHOA 2E4MA 3H6SE 1YF8B 2AXMA 3AZVA 3IIRA 1IJTA 1R80A 5DDVA 4LO3A 1FWVA 4ZBVB 1HCEA 1FQ9A 1RY7A 1VGTA 1H4DA 3VT2A 1JV1A 1WT3A 4GAIA 4J23B 1FGAA 3QR5A 3VSFA 2AM4A 1JQZA 4LO8B 1H3MA 4J18A 4R6UB 1FG5N 3D5NA 3P6JA 2X2TA 4L4HA 2QGIA 1H5TA 3ZGGA 1NZKA 2RJ8A 3HBWA 4Q9PA 4I4QA 2I7BA 4FRQA 2O1GA 1ITBA 2Y4MA 3E26A 3U2VA 1ISVA 1R7YA 2I5EA 2WE9A 4ISRA 3OBRA 1VPAA 2AE7A 2BO6A 3CRHA 4FQWA 4IRPA 1NKHB 5FYEA 3BAUA 2P39A 5C3BA 2Y9GA 1KWSA 1NQIB 5C36A 2X5SA 1MP3A 4GAFA 2RJ0A 3U0YA 4J2YA 4X38A 3OH1A 3I2AA 5C4CA 4JKQA 2D44A 5I1FA 1H4CA 1HCDA 1DQGA 3KMVA 1XZ6A 4ZFWB 4EEEB 1XZZA 4ENDA 4HO6A 1HKNA 1JY0A 3FJFA 3IM7A 4FVVA 3U2TA 1RMLA 3I0EA 3O5WB 2OI6A 2BO7A 1XG6A 2Y9WC 2RITA 1R7TA 4ECMA 3FJKA 3OH0A 3GUEA 4ASYA 1FWUA 2FO1A 4BMAA 4DDZA 1H5TB 5FZZA 4IZXA 3UJ0A 3RMYA 5G00A 5EC5A 3OJVA 3RTJB 5FNXA 1FN0A 4Y7VA 1WBAA 5CMFX 4D11C 3N7KA 4ZFUB 1GQ9A 1VICA 5D63A 1IILA 4JISA 4OEEA 4AN6A 3I0IX 2Y4LA 1I1EA 3RMVA 2BO8A 1TFMB 3T7MA 3BRDA 3VSZA 3OH4A 4L4IA 3USQA 4D11A 1ISZA 2PX7A 1VZUA 2XWLA 3CKVA 5IDSA 4G3QA 2AM5A 3R4UA 1BARA 2VS4A 5CQOA 2VXLA 4XWIA 1V83A 2FYDB 3V91A 4KPXA 4Y7GA 1ISXA 4DEPA 1MD6A 2KLLA 2WVKA 2WBCA 2BEAA 3AH4A 4KC4A 3BAGA 5E24E 1G9AA 1R7UA 3WMUA 3FJHA 4LO1C 2J3PA 2E8BA 1H5SC 1GGPB 2LIQA 1HM8A 1OMZA 1S4OA 3I0FA 4IQPA 1TW5A 2ZU8A 3LLPA 4B3UA 2DRZA 2YUGA 1WBCA 3CAHA 4OEGA 4EEMA 1LZ0A 2M49A 1ZI5A 2D43A 1H7LA 1ZHJA 3H6QA 3PKPA 4HO8A 1S0BA 1IOBA 4M4KA 3DJ4A 4I4YA 1BLDA 4LO1A 4OWLA 1YBIA 3ZC9A 1H5SA 4G3SA 4WBCA 2VUAA 7I1BA 4CVHA 2I5KA 4ARWA 1IIMA 2ESUA 5HPZA 3U0XA 4FREA 3JUJA 3V0LA 3OGZA 2Y9XE 3ZC8A 3CA1A 1H7HA 2FYAA 3T8SA 2D7RA 4JQ0A 2K4AB 3JUTA 2YCMA 2YQCA 4EVWA 2XOAA 3Q7XA 5F8YA 5BP5C 1NWGB 2XMHA 4P00A 5CMHA 3ZXGA 2AFGA 3NJ5A 1AVXB 2D22A 4HO2A 2WVMA 4Y7UA 4JAWA 4YS8A 1KNMA 1FRWA 1FR8A 1O7OA 1INJA 1QQLA 5BXTA 3V90A 1NHEB 3SX3A 3RTIB 4IRQA 3N7MA 4I3NA 5C1LA 3P6IA 3IOJA 5JLVA 1S0CA 1YP3A 4HA2A 4G87A 3SXEA 3PMEA 4EFQA 5C38A 1JT7A 1HIBA 3W9TA 2NXVA 3BTAA 1IRAX 1YP2A 2QH5A 3H6RA 3AZWA 4XFSA 3CRGA 1GQCA 4B4GA 4Q91A 2YC5A 2FY7A 4Y62A 1G8OA 3VUOA 4KPZA 1M2TB 1R7VA 1XHBA 2DS0A 3BA5A 4LO2A 4ZLBB 1DZCA 5FV9A 1CVSA 2KKIA 3FGMA 1AFCA 4HO9A 3I0CA 1QQKA 1H7QA 1JLYA 3RSJA 1VH3A 1G9RA 2GO2A 2LIEA 3V0BB 4EFRA 1HWPB 5BVPI 1RZOB 2X65A 2K43A 3O3QA 3HL3A 3NBDA 5DDTA 1D0HA 3CA6A 5C49A 3SXGA 1SZ6B 1YXWA 3BAOA 5I1BA 3FJJA 2VS3A 3AKFA 5D62A 4XFTA 1UPSA 1EPWA 3B9UA 1FGXA 4K6RA 1H7TA 1W3AA 1LZJA 2VXTI 4QKSA 4I6IA 3FOQA 3Q4SA 1TZFA 5C1HA 3HMYA 5JMCA 4GBPA 4I4SA 41BIA 3A21A 1R7XA 1ZJ0A 2RIYA 2YC3A 1T9FA 1FXJA 3IOHA 3K8DA 1R8OA 4ZDQA 1VM8A 2W0WA 1ZDGA 2WVLA 4D0TA 2CU2A 2WAWA 4EEGA 4IHZA 4I4RA 3PUBA 3UD7A 2AM3A 3HOMA 2GGOA 1VGUA 3F1YA 1H5SD 4HR6C 3HSMA 3OAMA 1JYKA 3BAHA 1MC9A 4OWKA 1YROB 1HJLA 3V0AA 1GX0A 4P0JA 5BQUC 1LL0A 1ONKB 1W55A 5B2HA 4Y6NA 1IRPA 4ZA3B 4LW3A 1FMZA 2OEFA 1K4VA 1WSZA 3FUOA 4QO3A 4DENA 2Y7AA 1F31A 1AVUA 3R3IA 3NBEA 1SS9A 5CQMX 2Y6PA 3SX7A 3FJEA 5BQUA 4BQHA 4USPA 4Y7FA 1JT5A 8I1BA 4F83A 4I1EA 3DK5A 3ST8A 2HZ9A 5EIYA 3OGFA 1QXMA 3SXDA 1Z90A 2O1HA 4GOVA 4KT7A 2W0VA 2GGQA 3EE5A 1E0OA 3IM6A 4XKIA 2UX8A 1DIWA 1R81A 3N0KA 1Z2VA 4R7PA 1V6UA 2FFUA 3LTQA 1ZI4A 4B2WA 4G3PA 1EYRA 2YQSA 2DPWA 3NBCA 3CA4A 1BFFA 1SR4C 3VT1A 5DVHA 5L6SA 1QGSA 2WGZA 4KC1A 3V0AB 3P53A 3V8YA 4KEJA 1VGZA 2V0IA 2F8XC 1T4QA 1G97A 1HWOB 2KI6B 1QGQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4QO3 A;  4DEN A;  2Y7A A;  1F31 A;  1AVU A;  3R3I A;  3NBE A;  1SS9 A;  5CQM X;  2Y6P A;  3SX7 A;  3FJE A;  5BQU A;  4BQH A;  4USP A;  4Y7F A;  1JT5 A;  8I1B A;  4F83 A;  4I1E A;  3DK5 A;  3ST8 A;  2HZ9 A;  5EIY A;  3OGF A;  1QXM A;  3SXD A;  1Z90 A;  2O1H A;  4GOV A;  4KT7 A;  2W0V A;  2GGQ A;  3EE5 A;  1E0O A;  3IM6 A;  4XKI A;  2UX8 A;  1DIW A;  1R81 A;  3N0K A;  1Z2V A;  4R7P A;  1V6U A;  2FFU A;  3LTQ A;  1ZI4 A;  4B2W A;  4G3P A;  1EYR A;  2YQS A;  2DPW A;  3NBC A;  3CA4 A;  1BFF A;  1SR4 C;  3VT1 A;  5DVH A;  5L6S A;  1QGS A;  2WGZ A;  4KC1 A;  3V0A B;  3P53 A;  3V8Y A;  4KEJ A;  1VGZ A;  2V0I A;  2F8X C;  1T4Q A;  1G97 A;  1HWO B;  2KI6 B;  1QGQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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