2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
100200300400500020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
1DZDA 1DQGA 5CQMX 5CMJA 1T4QA 1FWUA 3PG0A 2OEFA 1BFCA 4HO3A 3Q80A 3BRFA 4D11A 21BIA 1SR4C 2P72A 1ABRB 1S0LA 4G1RA 4HO2A 3Q7UA 4Y7GA 2PGVA 3VSZA 2UUSA 1VH3A 2PA4A 2Y6PA 4KBBA 3E26A 3I0KA 4NANA 2FDBM 4AC3A 4KXOA 1H7HA 2YC3A 1HJLA 1M16A 2P73A 5C4CA 4X39A 2OI5A 5BVPI 3GUEA 2DPWA 3V0OA 1G9CA 1FQ9A 31BIA 1WBCA 1E5KA 1TVYA 1Q1UA 1FR9A 1R8OA 4I4YA 1G0RA 2OI6A 1W55A 2Y9FA 3BAQA 4GOYA 3PKPA 2AFGA 3ZF8A 1G9AA 5JMCA 2GGOA 1IHKA 4DECA 3FGMA 2VXTI 5C1HA 1SZ6B 1H7TA 1BFBA 2WVKA 3SX5A 1H7LA 1AVXB 1PZZA 2D44A 5L6SA 3U0XA 2NXVA 2VU9A 1NUNA 2NM1A 2MC2A 2JCJA 3AZWA 1FR8A 1TTUA 3U0YA 1LZ7A 1QQKA 3P6JA 1IRPA 3OGZA 1PZYB 2YC5A 4ASJA 3CA1A 1G1LA 3UJ0A 1H3MA 1VGTA 1AFCA 3CAHA 3C9ZA 3IOJA 1R7UA 5D62A 4DENA 1XG6A 1S4PA 3OH3A 2RJ8A 5D61A 5BXRA 5EC5A 1O0RA 4D8HA 5C3BA 4B4MA 4JQ0A 5E24E 1GQCA 1XHBA 1AF9A 5F8WA 3T7NA 1NHEB 4HOCA 4QALA 1RMLA 1H5SC 2Y4KA 3WINA 4FRBA 3CQAA 1R7VA 1HWMB 4FGFA 4I6IA 3I0LA 4EEMA 2Y7AA 3R4SA 3UDAA 1QWJA 4A7KA 2DS0A 1H5RB 1FV3A 2PX7A 3CKQA 2KI4A 3NBDA 3LW6A 1JY0A 3V0NA 2D7RA 1R7XA 3WMUA 5BXSA 3CKVA 4AYJA 4ZA3B 1VZUA 1G9DA 4ZFWB 4ZKTB 4B3UA 4XKIA 1L2HA 3V0AB 2D7IA 4ENDA 4GOVA 2F2FC 3PNNA 5FV9A 2RG9B 4HA2A 5FNXA 3VT0A 3VWCA 3RTJB 1H5RA 3RMXA 2AM5A 1K5VA 3FFZA 2J3PA 4I3NA 1XYFA 2QYIB 4D48A 5IDSA 3R3IA 4CJBA 3RTIB 1QGSA 3OAMA 1PUMB 2BEAA 1YBIA 2Y9GA 1Q03A 5DDTA 2GGQA 4IZXA 3IM5A 4G9MA 2V0IA 4KPXA 4KRVA 4M2AA 3USQA 1ILR1 3V0AA 1J0SA 2VXLA 2Y4JA 2YCMA 2Q3NB 4KC2A 3PUBA 3N9WA 4MNDA 1D0HA 2V0HA 3V8YA 4ARWA 4EEAA 4J23B 4OW4A 1WT0A 3LLPA 4HO9A 2D0JA 5CMHA 3N0KA 2RJ5A 5FNWA 3BA5A 5C49A 3Q7XA 3WMVA 2K4AB 3ZC9A 1R80A 4MYBA 3OJ2A 3DK5A 2VXRA 1ZCTA 3AKHA 5CMFX 2RQ9A 2APCA 4D0ZA 4FREA 3V91A 4KEIA 5FZYA 3BAGA 4OEEA 2Z86A 5IFYA 4C2SA 2V0LA 3AKIA 1TZFA 2L5XA 5F8YA 4LO3A 4R6UB 4AN7B 3I0HA 3FJ8A 3F1RA 5BP5A 4JKXB 3D7WB 4FRDA 1FO9A 3H6SE 3BRDA 2GO2A 3PHZA 5C4DA 3ZXDA 2RIXA 2Z49A 2I1BA 3O4DA 1HCEA 3CU0A 2WRYA 1DIWA 3AH1A 3AH2A 3N7LA 4J2KA 5FZZA 4I4UA 5BQUC 1VPAA 2P6WA 1IJTA 4Y6NA 5BXCA 4QO3A 1AVAC 2FFUA 1ZDFA 3FJCA 4OEGA 1SR4A 1V83A 4Y7VA 3CKNA 4KNRA 3HN1A 5EG6C 4NAKA 4I0YA 4Y62A 1V6UA 1ON8A 5FZUA 4Q9PA 3WO3A 5DUYA 3FWWA 1LL0A 2KI6B 4X38A 5C1GA 3SX7A 2O1HA 2DRZA 1INIA 4QKSA 3QVBA 3MALA 2X5ZA 4JD0A 2W0VA 1S0DA 2X5SA 4HJJA 4PC4A 3S8KA 3FJFA 1MP3A 1S0FA 1I1EA 4X3AA 1QG8A 3I2XA 4G9NA 4L4IA 2E4MA 2D24A 4G3PA 3V90A 3CU1B 3F62B 1S4OA 8I1BA 1T9FA 1IIMA 1NF5B 1WD4A 3TQDA 1PUUB 3EF2A 5CQLX 5L6VA 4HG6A 3N7KA 2XWLA 4KT7A 2HWMA 1FGGA 2JCKA 1BARA 3CRIA 3H6QA 4USOA 3NGWA 1TWEA 4USPA 4EEGA 2P23A 4Z8SB 1ZI4A 2A8UA 1H7FA 1GWWA 4JISA 3CA4A 2RSTA 1V6VA 3FJBA 4OEFA 4TLPA 3BADA 1FXOA 2WVMA 1ZI1A 3D98A 1P63A 4I96A 4DEPA 4M4KA 4IY9A 1JT7A 3I0FA 2VLCA 4I4VA 4QKRA 6I1BA 1NQIB 4J2XA 4GBPA 3SXCA 3V0QA 3KIAA 1FWYA 5C36A 1JT4A 3FJ9A 4P02A 1WBAA 1ISZA 3PKQA 1OQLB 2AH9A 4LO1A 1CVSA 4P0LA 3AJ5A 2XOAA 5C47A 2O1GA 1R7TA 2WGZA 1FWVA 1TWMA 3U2WA 3U2VA 4DE7A 1QGQA 1W77A 5C4FA 2KLLA 4EEEB 3FJDA 3O49A 1OQMB 3WO2A 4J2YA 2V0KA 4IRPA 1FN0A 1Z4SA 4XFSA 1JTCA 3VSFA 3EE5A 3IM7A 3T7OA 4AAWA 1F31A 3CA5A 4YS8A 1YP4A 5CQNX 4Z9WB 4LO0C 2ERMA 1EV2A 4EE4A 2NVHA 3FUQA 2AESA 3CA3A 2Z87A 4B4GA 2IWTB 2JCOA 1HJJA 1ZDGA 2RJ9A 4G6JA 1LL2A 2YQSA 2XWMA 3HBWA 3AJ6A 2I5KA 1INJA 2XWNA 2AECA 4K6RA 3ZGFA 4AYLA 2RIZA 3F1CA 2HZ9A 2X2TA 4LO2A 2VXMA 4FRQA 4A7YA 3NBCA 4FRHA 3LTQA 3HALA 2VFZA 3ZLLA 1S0CA 1G97A 4HO0A 3FJHA 3FJKA 1WT1A 1ZIZA 2A8WA 4KPZA 3SPTA 3ZX7A 2Y9XE 2BFHA 2LIEA 4ZFUB 2MIBA 1WT2A 3O4BA 5C38A 4HR6C 4G6MA 4KC1A 5C4BA 3TC2A 1VICA 3A07A 2BEBA 1H5SD 1IT0A 3BB2A 1H4DA 1VM8A 1BFGA 4KQLA 2O1FA 4ZDQA 1FMZA 1G23A 3OH0A 4EB2B 2ZU8A 3OH4A 5I1FA 3HOMA 1EPWA 1ZJ1A 4L4HA 3JUKA 4FROA 1WD3A 3O4AA 3VEQA 4FCEA 5EHAA 3N7JA 1MP5A 2BO7A 3USRA 2HW9A 1MD6A 3I0IX 4Q9GA 4HCQA 2P39A 5FYEA 4QD2C 2VSIA 2ZQNA 3O3PA 3ZLKA 2AM3A 5F90A 4Y63A 3SNVA 3AH4A 3HSMA 4D0TA 3BRKX 2D20A 2X2SA 1I1BA 1ISVA 4JPZA 3OJVA 3NBEA 2KH2A 2HWAA 2QGIA 5JQQA 3FJJA 3RMWA 3IOIA 3BAOA 1E0OA 1M2TB 1S0BA 4ZFYB 5DZUA 2X60A 5BXTA 1O7OA 3WINC 1ZI5A 4P00A 1AVWB 2VUAA 3FJAA 3T8SA 1DQOA 5I1BA 1GQ9A 1YROB 2QH5A 2V0JA 3PMEA 2YESA 1LVWA 3SXGA 1BLAA 4JAWA 3DUVA 4I2SA 3O44A 3I0CA 1JT5A 3RMYA 3OH1A 2ZQOA 1O7QA 3BCVA 4B4BA 2NTDA 3V79C 4XFUA 4EFQA 3IOHA 4XWIA 1FZWA 2I7BA 3QYDA 1W3GA 1WT3A 1HV9A 2RJ0A 5HS2A 1FGXA 1RZOB 1LL3A 3ZXGA 2FYAA 3AZVA 2E8BA 1NMMB 1JVDA 2WEEA 3I2AA 4J2SA 4KEKA 4L41C 5FU0A 1GGPB 4I4XA 3VUOA 3JRRA 1FGAA 1ISXA 2PGYA 9ILBA 3FOQA 3H6RB 1IILA 3WO4A 1YP2A 5EJZA 4EKXB 1AXMA 5IDTA 1G95A 1H4EA 4EEOA 3P6IA 5FTVA 1CE7B 3V0PA 2FO1A 1KWSA 1KNMA 1AVUA 2ICXA 4I1BA 2QN4A 2YUGA 3JUJA 4B2XA 3OGFA 1DLLA 3OC9A 4AN6A 2ET2A 2Z48A 5C3DA 2JCLA 1JV1A 4JP0A 3BAHA 4FVVA 3IIRA 4CJCA 5AJOA 3H6RA 4XFTA 1FOAA 1V6WA 1TW5A 3DJ4A 1TW1A 1UPSA 1HKNA 3BX1C 1YTOA 5B2HA 3N7MA 1MC9A 1HWNB 1Z2VA 5DVHA 1LZJA 1PZTA 2VS4A 2CU2A 1G8OA 3UD9A 1V84A 4IONA 3BRGC 2RIYA 2W0WA 4ZLBB 2XMEA 4FQWA 5FTSA 1K5UA 2M49A 3A22A 5BXPA 3I0DA 2RJ7A 1HIBA 2QKXA 3A21A 3POLA 4NAIA 1IOBA 4LO3C 3SX3A 4ISRA 1H5SB 2ICYA 4LW6A 2K8RA 5BP5C 1EZIA 3VT1A 1G9RA 1H4CA 1IINA 4QBCA 1VGUA 4BQHA 3KMVA 1FG5N 3HL3A 2MZBA 1ONKB 4M28A 1HWPB 5JLVA 3CA6A 3RMVA 1GWVA 4G3QA 5DDVA 1TP0A 3V8ZA 3ZGGA 1ZJ2A 4I4QA 2Y4LA 3I0EA 1DZCA 1ZJ3A 1G2VA 5G00A 3K8EA 1ISYA 4IZEA 1FO8A 4UEGA 5C3AA 1Z0HA 1G3LA 4YOLA 1H5SA 1HM9A 3OKRA 1ISWA 3FUOA 4ISQA 2RJ1A 3SX8A 1V6XA 1W3AA 4H04A 4I4RA 4I4OA 1TOOA 5HPZA 4EFRA 1VH1A 5AJPA 3U2XA 3V0LA 1ZJ0A 4EVWA 4OWLA 1NWGB 3O4OA 1SS9A 3K1XA 4I4PA 5DSSB 1K4VA 4E1KA 3CKJA 4DCKC 4P0JA 4QD2B 2BO4A 5C8RA 1DJSB 4QC4A 1H7QA 3R2WA 3ILAA 3O3QA 1O23B 3I29B 3UD8A 1Q04A 2E4MC 2K43A 1VZTA 2KKIA 4Y9XA 4HO4A 2VSAA 3W9TA 1NZKA 4GAFA 2AQZA 2F2FA 1EVTA 4IQPA 4D11C 2D23A 2D22A 1LZIA 3E8LC 1YXWA 3JUTA 4GP0A 1ZCYA 1EYRA 4EE5A 1YF8B 3U2TA 1WSZA 4FRAA 4KC4A 1H5TB 3OGGA 5FUHA 3IM6A 1JLYA 1JVGA 4JKQA 3BA7A 1ZJOA 4FRLA 4HO8A 2NYYA 1ITBA 4P6AA 2VSHA 2RITA 2AE7A 4QBVA 2VS5A 1JT3A 4LO7C 2ZU9A 4I1EA 4B2WA 5CMGX 4CVHA 3FJIA 1NKHB 2NP0A 2NZ9A 4Y7FA 3SXAA 4J18A 5AJNA 4F34A 5EIYA 3U2UA 1W3FA 3UJ4A 1N4KA 3RSJA 1ZJPA 4IY8A 2AAIB 3O4CA 1II4A 2DREA 2BO8A 3CKOA 3D5NA 3SXEA 1H5TA 3V0BB 3Q7YA 2VSEA 2D43A 4LO1C 3OBRA 3OJMA 2E3DA 4G3SA 1HCDA 4P0KA 1HM0A 3V0MA 1H7EA 4DDZA 5GAQA 3F1YA 1S0EA 3IAGC 2OEGA 4Y7TA 3S8JA 4B42A 2RJ4A 4ZOTA 4HO5A 1JQZA 1ZCUA 1ZCVA 1QXMA 1QQLA 3CA0A 2RJ6A 2LIQA 3UD7A 2FYDB 3B9UA 4FRPA 3TZTA 2Y4MA 1HM8A 1R8NA 1RY7A 3AKGA 1OMXA 4I7IA 3V0BA 1G82A 1V82A 4GAIA 2WAWA 1GA8A 4BMAA 5BQUA 2I5EA 3BA4A 5F8SA 4I4SA 1XZZA 3OH2A 3D8VA 3SXBA 2FYCB 3K8DA 2ESUA 4CJMA 2R9KB 3CRGA 2Q4JA 5CMIA 4NALA 5EJ1A 4KNXA 4LO2C 3BAVA 5C1LA 1JLXA 1VGZA 1JV3A 4ECMA 2YQCA 1DFCA 5C48A 4GP3A 4EE3A 1I52A 3QR5A 2WBCA 3MPPG 1VZXA 1JYKA 4LO8B 1HWOB 5CQOA 1FV2A 4Y6UA 1G9BA 3T7MA 4JRAA 3JTJA 1JYLA 4II0A 1BA7A 4Q91A 3ST8A 3I0JA 4I8MA 1FMMS 1VGWA 1FXJA 3I0GA 2GZBA 4CJ8A 2MLLB 1R7YA 1R81A 1TFMB 3CRHA 2XMHA 3O5WB 3RSBA 3Q4SA 1A8DA 4IYBA 3P53A 2ZU7A 1OMZA 2IHOA 3AKFA 2YQHA 1PC8B 3VT2A 1ON6A 1BFFA 1BLDA 3WA1A 4B5BA 1YYNA 2FFVA 5BOWA 1ZI3A 2FYBA 3SXDA 4F83A 4M2BA 2AM4A 4LW3A 2FY7A 4OWJA 4FRMA 1S0GA 3Q7WA 4KC3A 3POKA 7I1BA 3OBTA 1GX0A 2FGFA 1DFQA 1FRWA 2Q9XA 1H7GA 5FU8A 1WVCA 2ZR1B 5C4EA 2WE9A 4OWKA 1IRAX 4FCUA 3ZC8A 3E25A 2BO6A 3A23A 5J49A 1EYLA 4WBCA 4Y7UA 4ZGRB 4Y64A 3HMYA 1R82A 1PWAA 41BIA 1ZHJA 4IHZA 2UX8A 2F8XC 3BTAA 5D63A 1MC3A 4G87A 2AXMA 2YQJA 4OUJA 2VS3A 1RG8A 4ZBVB 4R7PA 1LZ0A 3NBNA 2D1ZA 2AGDA 1VCLA 4I37A 4HO6A 4X37A 1XZ6A 1MP4A 2VD4A 1TIEA 2DRYA 3FJEA 3NJ5A 1S4NA 1GX4A 4LO0A 4EFPA 2Y9WC 4ASYA 2X65A 4IRQA 4KEJA 5CQPA 4LO7B 1G93A 3R4UA 4A7ZA 1W57A 1YP3A 1Z90A 2OI7A 3BAUA 2WVLA 4H9WA 3CGXA 1BASA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2D7RA 1R7XA 3WMUA 5BXSA 3CKVA 4AYJA 4ZA3B 1VZUA 1G9DA 4ZFWB 4ZKTB 4B3UA 4XKIA 1L2HA 3V0AB 2D7IA 4ENDA 4GOVA 2F2FC 3PNNA 5FV9A 2RG9B 4HA2A 5FNXA 3VT0A 3VWCA 3RTJB 1H5RA 3RMXA 2AM5A 1K5VA 3FFZA 2J3PA 4I3NA 1XYFA 2QYIB 4D48A 5IDSA 2NS2A 3R3IA 3RTIB 1QGSA 4CJBA 3OAMA 1PUMB 2BEAA 1YBIA 2Y9GA 1Q03A 5DDTA 2GGQA 4IZXA 3IM5A 4G9MA 2V0IA 4KPXA 4KRVA 4M2AA 3USQA 1ILR1 3V0AA 1J0SA 2VXLA 2Y4JA 2YCMA 2Q3NB 4KC2A 4FIYA 3PUBA 3N9WA 4MNDA 1D0HA 2V0HA 3V8YA 4ARWA 4EEAA 4J23B 4OW4A 1WT0A 3LLPA 4HO9A 2D0JA 5CMHA 3N0KA 2RJ5A 5FNWA 3BA5A 5C49A 3Q7XA 3WMVA 2K4AB 3ZC9A 1R80A 4MYBA 3OJ2A 3DK5A 2VXRA 1ZCTA 3AKHA 5CMFX 2RQ9A 2APCA 4D0ZA 4FREA 3V91A 4KEIA 5FZYA 3BAGA 4OEEA 2Z86A 5IFYA 4C2SA 2V0LA 3AKIA 1TZFA 2L5XA 5F8YA 4LO3A 4R6UB 4AN7B 4MIXA 2VK9A 3I0HA 3FJ8A 3F1RA 5BP5A 4JKXB 3D7WB 4FRDA 1FO9A 3H6SE 3BRDA 2GO2A 3PHZA 5C4DA 3ZXDA 2RIXA 2Z49A 2I1BA 3O4DA 1HCEA 3CU0A 2WRYA 1DIWA 3AH1A 3AH2A 3N7LA 4J2KA 5FZZA 4I4UA 5BQUC 1VPAA 2P6WA 1IJTA 4Y6NA 5BXCA 4QO3A 1AVAC 2FFUA 1ZDFA 3FJCA 4OEGA 1SR4A 1V83A 4Y7VA 3CKNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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