2FFVA

Human ppgalnact-2 complexed with manganese and udp
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
499
structure length
489
Chain Sequence
DALKVRWPDFNQEAYVGGPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCRENDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Dynamic Association between the Catalytic and Lectin Domains of Human UDP-GalNAc:Polypeptide {alpha}-N-Acetylgalactosaminyltransferase-2
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 158
structure length 489
sequence length 499
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2ffvA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2ffvA01
5J49A 1LVWA 3R4SA 1PZYB 2WBCA 3JUTA 1LL0A 1ISVA 1JTCA 3QYDA 2P73A 4EEMA 5FV9A 4GP3A 2HW9A 2VUAA 3AKFA 4JP0A 1H5TB 1MC3A 2UUSA 1WSZA 2AESA 1IHKA 2WGZA 1AVUA 2D7RA 2F2FA 1YP4A 3Q7UA 1G0RA 1G95A 4K6RA 4KPZA 4I37A 1FV3A 2X2TA 3D7WB 1H5SB 2HWMA 3OJVA 4BQHA 4OEEA 4XFSA 1MP4A 4FRAA 4KC4A 2FDBM 1JT4A 4GAIA 3PKPA 2DRYA 2QKXA 4FREA 4ZFYB 3TZTA 1H5SC 3Q4SA 4I4QA 1EYLA 4A7YA 3A23A 2RG9B 3I29B 5CQLX 2D20A 2VSEA 4IRQA 3SX8A 1ZCUA 2QH5A 3FJEA 3VSZA 1SZ6B 4A7ZA 3C9ZA 1LZJA 5D61A 5F8SA 3V91A 3OBRA 1NKHB 4D48A 4I4OA 1EZIA 1FRWA 3IM5A 1M16A 4CJMA 4NAKA 2JCKA 4QD2B 3CKJA 1H7FA 4EEAA 3IOIA 3TQDA 4KPXA 1QQLA 1G82A 1GWWA 5C4DA 1D0HA 4G9NA 3N7LA 4I4UA 4QD2C 1EV2A 1BLDA 1WVCA 2XWLA 5CMJA 3CU0A 1RY7A 3CA4A 2FYDB 2ICYA 1ZCTA 4P0KA 4D11A 1LZIA 1NMMB 2JCOA 1VGWA 1GX4A 1GGPB 1R7YA 3VUOA 3WO4A 3RMXA 2IHOA 2NM1A 4P0JA 4HO3A 4AAWA 1YP2A 1QQKA 3U2VA 4QBVA 3CKNA 1AVWB 4LO2A 4QALA 3K1XA 4DEPA 3U2WA 3O3QA 1N4KA 1TW1A 2FO1A 4KQLA 4EE3A 4I8MA 2RIZA 5C38A 8I1BA 4I4YA 1HM8A 5F90A 4D8HA 2RSTA 1VZTA 2OI5A 3MALA 1G1LA 1ZJ0A 4USPA 4DDZA 3HALA 5B2HA 5C3BA 2DREA 4A7KA 2P23A 1SR4C 3A22A 3P6JA 4G1RA 4LO0A 3ZX7A 1R7TA 4P00A 4FRQA 4KT7A 3I0HA 1S0FA 1NHEB 1G23A 1ONKB 1ON6A 3I0EA 4BMAA 4I4XA 3RSBA 3H6RA 3FJJA 4Y6NA 4Y9XA 3RMVA 3V0OA 4HG6A 1NZKA 2W0WA 1JQZA 3RTIB 5L6VA 1DLLA 3IOHA 2RQ9A 3O4AA 1TVYA 1VGTA 1H5RB 2AGDA 3VT2A 1ZI5A 3IM7A 1V83A 3IIRA 2BO4A 3CKVA 1Z0HA 3WMUA 3V79C 1L2HA 4II0A 1ZJ3A 1YYNA 2JCLA 3I0GA 3OH2A 1H7QA 1JLXA 3H6QA 4JKQA 2XMEA 1WBCA 4L41C 1CVSA 1FR8A 5CQPA 3N0KA 3O5WB 3SXEA 5AJPA 1HCDA 3BA4A 1V6WA 3LLPA 3UD9A 4J2SA 3ILAA 2NTDA 3FJBA 5BP5A 1GQCA 3F1YA 3Q80A 5C4CA 4M2BA 2Y6PA 2FFUA 4FVVA 3CA0A 2VSIA 3AH4A 5DDVA 4C2SA 5CMHA 3R4UA 1K5VA 1G9DA 3EE5A 2X5SA 1I1EA 5FTSA 1INIA 5BVPI 3DJ4A 4JPZA 4J2YA 1H7EA 5C48A 4KEKA 1YXWA 1JVGA 1R7XA 1FMZA 3NBDA 4WBCA 2VS5A 5HPZA 3WINC 4EFRA 4JD0A 4LO7B 1ZDGA 4MNDA 4I4RA 3BRDA 3P6IA 3FOQA 4KC1A 5HS2A 4FRHA 2V0HA 3CRGA 3U2XA 2ZR1B 3SXGA 1QXMA 4Q91A 2KH2A 3CA6A 1IJTA 1S0LA 4LO7C 2MLLB 2D23A 1VZUA 3R3IA 2NVHA 1GX0A 3U2UA 1HV9A 1DFCA 1QGQA 5I1BA 2D1ZA 2AE7A 3AH1A 4CJBA 3BA5A 2FGFA 5BXSA 1G9BA 2RJ4A 1R80A 2AM5A 3H6SE 3HOMA 1FGAA 3IM6A 3CRIA 4DE7A 2BEAA 3K8EA 2AH9A 1AFCA 4I2SA 4X37A 5FZZA 3R2WA 1VGUA 4DECA 3I0JA 2QN4A 3I0CA 4EEGA 4GP0A 5L6SA 1R8OA 3NBEA 4EFQA 5FNWA 3HMYA 1M2TB 1XYFA 1ISXA 2GO2A 3AKGA 3FJIA 2FYBA 4M4KA 1IILA 4G3SA 3SX3A 1V6UA 1LZ0A 2YC5A 3U2TA 2D22A 5C3DA 3T8SA 1ZIZA 4ZLBB 3I0FA 2YUGA 2W0VA 4Y63A 3D98A 2A8UA 3Q7WA 2OEFA 3E8LC 3JUJA 3OH0A 4KXOA 4IZEA 3USRA 2AXMA 2HWAA 2LIQA 4Z8SB 3N7MA 4EB2B 4LW3A 3FJDA 1H4EA 2VD4A 1R82A 5IDSA 4QKSA 2XWMA 3AJ6A 1XZZA 1LZ7A 2F2FC 4Q9GA 2Y7AA 2PA4A 1Z4SA 1AVAC 2AQZA 1H7TA 2XWNA 1TP0A 2MZBA 1XG6A 2X60A 2VXTI 3T7NA 3SXAA 3BAOA 3OGFA 1WBAA 2K4AB 3BAQA 9ILBA 2BO8A 1NUNA 1S0GA 4NALA 3WMVA 3I0IX 4EVWA 3VEQA 4GBPA 4OWLA 4EE4A 1VZXA 1HWOB 3O4BA 1IRPA 2O1HA 2ZU7A 1VGZA 4MYBA 1YTOA 2XOAA 4F34A 1Q04A 1MP5A 2WVKA 5DUYA 1FWUA 1MP3A 1W55A 3B9UA 1ITBA 4G6MA 3O4DA 1ILR1 1W3AA 2YCMA 2FY7A 4ISQA 3Q7XA 5BXCA 3TC2A 5AJOA 5EHAA 1K4VA 3AJ5A 3MPPG 4ISRA 5F8WA 1FZWA 3OH3A 4Y62A 2VSAA 3BRKX 3D8VA 3DUVA 4KC2A 1TIEA 1TWMA 3I2AA 3PUBA 5EJZA 1BFCA 3NBNA 4I7IA 4B3UA 1G2VA 1NQIB 4LO3A 4FQWA 4LW6A 5C4BA 5JMCA 1BFGA 1VCLA 3I0KA 1TOOA 4ZFUB 2XMHA 4D11C 3DK5A 3U0XA 3QR5A 3BCVA 4AYJA 3FGMA 1WT3A 4USOA 1FMMS 4DCKC 4LO2C 2VXRA 3POLA 2YQHA 3OC9A 1FN0A 3CRHA 3ZXDA 3SPTA 3PNNA 3D5NA 3SXBA 4FRMA 2AM3A 3CGXA 5EIYA 5FZYA 4B5BA 3V0MA 4KEIA 1G9AA 4FCEA 4GOYA 3WO3A 3H6RB 2E4MC 2YESA 3I0LA 3V0NA 4B4GA 1JV3A 1AF9A 1DZCA 1WT1A 2NZ9A 3CA1A 5JLVA 2VXMA 4J2XA 4EEOA 2GZBA 4FGFA 1O7QA 3VT0A 4KNRA 3JRRA 4AN7B 2I5EA 1BFFA 1UPSA 3SXDA 1P63A 3SXCA 4Y7TA 1HM0A 3NBCA 1BLAA 3A21A 2V0IA 4DENA 2O1FA 3JTJA 3AKHA 3CQAA 2Z86A 2DPWA 5CMIA 4ZBVB 2RJ9A 3QVBA 4ZKTB 1BARA 4I0YA 4P6AA 3V0QA 2VSHA 4M2AA 3WA1A 3FWWA 3V0BA 4LO8B 2I1BA 2MC2A 2UX8A 5I1FA 1ZJ1A 4I1EA 2Y9GA 4X39A 5BP5C 1JT5A 1E0OA 3N7KA 2A8WA 1H4CA 2VS4A 1F31A 1KWSA 3OJ2A 2J3PA 4Z9WB 2GGOA 3ZGFA 1VH3A 2RJ7A 4I4VA 3CKQA 1ABRB 2Z48A 4GOVA 3BAHA 4I1BA 4Y7GA 5D62A 1TFMB 1NWGB 5C1LA 1FGXA 5FTVA 2JCJA 1ZHJA 5DSSB 3I0DA 3V0AA 3RMYA 3O49A 5E24E 1DZDA 2Y4KA 4FRLA 1I52A 2WEEA 1IOBA 4ZDQA 3UJ0A 1TWEA 4HO8A 2Y9WC 5C1GA 3HSMA 4HO0A 3U0YA 4Y7FA 1AVXB 3FJHA 1ZJPA 1KNMA 1VPAA 4M28A 2DRZA 3RMWA 2NP0A 5C36A 4JQ0A 2VXLA 4HJJA 2OEGA 3FFZA 4Y7VA 5JQQA 1ISYA 2F8XC 4AC3A 3SX5A 5C4EA 1WT2A 1S4NA 1JVDA 2X65A 2R9KB 1BFBA 2YQJA 3E25A 3BA7A 4ECMA 4XFTA 1LL3A 3POKA 4IQPA 2RJ5A 2I7BA 3OKRA 2BEBA 3BX1C 4H9WA 3GUEA 2RIXA 4B2XA 4I6IA 2Y4MA 5BQUA 3BRFA 5DZUA 1R7UA 3F1RA 1ZJ2A 2ZQNA 3USQA 2FYCB 2QGIA 4TLPA 4KRVA 1JY0A 5EJ1A 3N7JA 2HZ9A 2AAIB 2Y9FA 2PGYA 2VU9A 2CU2A 3E26A 5C47A 4KNXA 4HO2A 3BRGC 1TW5A 4Y7UA 4Y64A 1O0RA 4HO9A 5CQOA 1JT7A 4L4HA 3PMEA 4IYBA 3O4OA 2YC3A 2D24A 1S0CA 2Q3NB 1DQOA 2MIBA 3OH1A 1J0SA 1INJA 2ET2A 1G97A 2YQSA 4I3NA 1S4OA 4HOCA 5BXPA 5FYEA 3AZWA 1PWAA 1H7LA 4LO1A 3AH2A 3UD7A 1H7GA 1JV1A 3T7MA 1R8NA 1H5SD 3LW6A 1O7OA 2QYIB 4G9MA 1PUMB 2P72A 1H7HA 1EVTA 1WD4A 4OUJA 1AXMA 41BIA 4UEGA 1FWVA 1RZOB 3FUOA 4IZXA 4JAWA 1W3GA 1FXJA 1QGSA 1PC8B 3CKOA 1QG8A 4NAIA 3FJKA 2ZU8A 2ERMA 4Y6UA 4ZFWB 3ZLKA 4ZGRB 2KI6B 4R7PA 4ASYA 3AZVA 4B4BA 1T4QA 2KLLA 5GAQA 2WE9A 1WD3A 1DIWA 4B4MA 4LO3C 1RG8A 1IIMA 1S0DA 2Z87A 1FG5N 2AM4A 1V6VA 5G00A 3UJ4A 1FQ9A 3SNVA 3RTJB 1T9FA 3PHZA 4OWKA 2BFHA 1S0EA 3FJ9A 4PC4A 4ASJA 3OAMA 1HM9A 1H5TA 4P0LA 1EPWA 4XKIA 2Y9XE 3EF2A 4HA2A 4J18A 3V8YA 4D0TA 5C8RA 4HO5A 2E3DA 2RJ8A 1FWYA 4G3QA 1ZI4A 4HO4A 5FU0A 5FZUA 1H5SA 1DJSB 1H4DA 1HJJA 1R81A 3V0LA 1FV2A 3F62B 4I4SA 1OMXA 4L4IA 3Q7YA 1PUUB 4IONA 3HN1A 1GWVA 4EEEB 3O3PA 4ARWA 1BA7A 1RMLA 2VLCA 4FCUA 1ON8A 1A8DA 1HWPB 2WRYA 3O4CA 2RIYA 5FU8A 3ZF8A 4OEFA 3NGWA 4B42A 4GAFA 2O1GA 2P6WA 3S8KA 4FRBA 2V0JA 5CQMX 2GGQA 1W57A 4LO0C 5EG6C 1ZJOA 4B2WA 3FJFA 4HR6C 4H04A 2L5XA 1HIBA 3CA3A 1E5KA 4I4PA 1BASA 3P53A 6I1BA 2RJ1A 1JT3A 3UD8A 4CVHA 4IY8A 4YS8A 21BIA 1FR9A 3LTQA 1ISZA 2E8BA 3BAVA 5FNXA 2VS3A 1YF8B 2AFGA 4IY9A 4QBCA 1G9CA 1VH1A 2AECA 5D63A 2D0JA 5FUHA 3IAGC 1FO9A 1G8OA 3V0BB 2FYAA 3ST8A 1V6XA 1HCEA 4OWJA 4J23B 4KC3A 3ZXGA 1MC9A 1FXOA 5BXRA 3FJ8A 3ZC9A 1V84A 1S0BA 2K8RA 5C4FA 4JRAA 2Y4JA 4JISA 1HJLA 1ZCVA 2APCA 3V0PA 3BB2A 4KEJA 1FOAA 2NYYA 3CA5A 1YBIA 1ZI1A 4NANA 5DVHA 2D7IA 3K8DA 3S8JA 4Q9PA 4CJ8A 1K5UA 4AN6A 2E4MA 4J2KA 5CQNX 1SR4A 4IRPA 2VFZA 2WVLA 3FUQA 3V0AB 1GQ9A 3PG0A 7I1BA 1JYLA 2YQCA 1I1BA 2RJ0A 4ENDA 1JYKA 1O23B 1YROB 5IDTA 1WT0A 1OQLB 2RJ6A 1HKNA 1H3MA 4HO6A 1ZI3A 3OJMA 2ESUA 4FRPA 1ZDFA 2M49A 1Q03A 1PZZA 3ZGGA 4EE5A 1W77A 4FRDA 1IINA 4QKRA 1OQMB 3OGZA 3O44A 4XFUA 3CAHA 4D0ZA 2ZQOA 3HBWA 3HL3A 3W9TA 5BOWA 2I5KA 1XHBA 3RSJA 2D43A 1H5RA 1CE7B 4KBBA 3AKIA 3KMVA 1QWJA 2V0LA 2WAWA 3OGGA 3VT1A 3V90A 2Z49A 1DQGA 1HWNB 1SS9A 3N9WA 1G3LA 4HCQA 1S4PA 5CMGX 4G6JA 2KKIA 3OBTA 3IOJA 4ZOTA 3BTAA 2Q4JA 3A07A 2LIEA 2OI7A 3V8ZA 4FROA 5BQUC 1Q1UA 3ZLLA 2P39A 1VM8A 1II4A 31BIA 1FGGA 2OI6A 2KI4A 5C49A 1HWMB 4IHZA 4ZA3B 5IFYA 1ISWA 2K43A 4OEGA 2NXVA 5C3AA 1W3FA 2X2SA 3VWCA 3VSFA 2X5ZA 3FJAA 2D44A 5F8YA 1NF5B 4X38A 1IT0A 3KIAA 1ZCYA 3WINA 3ZC8A 3JUKA 1G9RA 3CU1B 1TZFA 4XWIA 1EYRA 1YP3A 2FFVA 3OH4A 2DS0A 1GA8A 3BAGA 4QC4A 4EKXB 5AJNA 2PGVA 5BXTA 3T7OA 4R6UB 2BO6A 4OW4A 4QO3A 1MD6A 3SX7A 1V82A 2Q9XA 1XZ6A 4AYLA 5EC5A 2Y4LA 3BAUA 4LO1C 1R7VA 2PX7A 1DFQA 3PKQA 1FO8A 1PZTA 2RITA 1OMZA 5CMFX 2V0KA 2ICXA 4JKXB 3I2XA 2IWTB 1G93A 4G3PA 4G87A 4P02A 1VICA 1TTUA 3FJCA 4I96A 4X3AA 2WVMA 1LL2A 3NJ5A 4F83A 1Z2VA 4E1KA 1IRAX 4EFPA 3BADA 3UDAA 3WO2A 1Z90A 2BO7A 4YOLA 1JLYA 3F1CA 5C1HA 2ZU9A 5DDTA 4CJCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J49A 1LVWA 3R4SA 1PZYB 2WBCA 3JUTA 1LL0A 1ISVA 1JTCA 3QYDA 2P73A 4EEMA 5FV9A 4GP3A 2HW9A 2VUAA 3AKFA 4JP0A 1H5TB 1MC3A 2UUSA 1WSZA 2AESA 1IHKA 2WGZA 1AVUA 2D7RA 2F2FA 1YP4A 3Q7UA 1G0RA 1G95A 4K6RA 4KPZA 4I37A 1FV3A 2X2TA 3D7WB 1H5SB 2HWMA 3OJVA 4BQHA 4OEEA 4XFSA 1MP4A 4FRAA 4KC4A 2FDBM 1JT4A 4GAIA 3PKPA 2DRYA 2QKXA 4FREA 4ZFYB 3TZTA 1H5SC 3Q4SA 4I4QA 1EYLA 4A7YA 3A23A 2RG9B 3I29B 5CQLX 2D20A 2VSEA 4H75A 4IRQA 3SX8A 1ZCUA 2QH5A 3FJEA 4O6MA 3VSZA 1SZ6B 4A7ZA 3C9ZA 1LZJA 5D61A 5F8SA 3V91A 3OBRA 1NKHB 4D48A 4I4OA 1EZIA 1FRWA 3IM5A 1M16A 4CJMA 4NAKA 2JCKA 4QD2B 3CKJA 1H7FA 4EEAA 3IOIA 3TQDA 4KPXA 1QQLA 1G82A 1GWWA 5C4DA 1D0HA 4G9NA 3N7LA 4I4UA 4QD2C 1EV2A 1BLDA 1WVCA 2XWLA 5CMJA 3CU0A 1RY7A 3CA4A 2FYDB 2ICYA 1ZCTA 4P0KA 4D11A 1LZIA 1NMMB 2JCOA 1VGWA 1GX4A 1GGPB 1R7YA 3VUOA 3WO4A 3RMXA 2IHOA 2NM1A 4P0JA 4HO3A 4AAWA 1YP2A 1QQKA 3U2VA 4QBVA 3CKNA 1AVWB 4MZGB 4LO2A 4QALA 3K1XA 4DEPA 3U2WA 3O3QA 1N4KA 1TW1A 2FO1A 4KQLA 5D92A 4EE3A 4I8MA 2RIZA 5C38A 8I1BA 4I4YA 1HM8A 5F90A 4D8HA 2RSTA 1VZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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