4D0TA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-galnac, ea2 peptide and manganese
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
total genus 167
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0tA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0tA01
2O1GA 1QQLA 1ZCYA 2W0VA 3ZGFA 1YP4A 1IOBA 4KT7A 3PUBA 5G00A 2VS4A 3IM5A 4H9WA 3R3IA 5EIYA 1G82A 3A23A 3PMEA 1IRPA 3CAHA 1H5RB 1SS9A 4KC1A 3SNVA 1HCEA 1LL3A 1VM8A 2RJ8A 4FCUA 3U0XA 4GBPA 1QG8A 2M49A 4I4PA 1SR4C 3TQDA 1ISVA 2DRZA 1Z4SA 2Y7AA 3ZLLA 1GX0A 4HO5A 2JCKA 4HA2A 3BRKX 3PKQA 1GGPB 4HR6C 2XOAA 4CJMA 4B2WA 1W55A 2ZR1B 1WVCA 2Z49A 2UUSA 4LO0A 2VUAA 5DZUA 3RTIB 3WA1A 5L6VA 1V6WA 1FXJA 2NTDA 1KNMA 4YOLA 4D48A 3ZC9A 4BMAA 1HWMB 2RJ0A 1T4QA 2Z48A 3T8SA 3AJ6A 3CA0A 4FRBA 4D11C 4DDZA 3V0OA 1XHBA 3OBTA 2W0WA 1V6XA 2K4AB 3KMVA 1JV3A 2RIZA 3IOIA 3O49A 4I4VA 2OEFA 2Y9XE 3UDAA 3BAGA 3VSFA 3CKQA 1Q03A 5BXPA 3N7JA 3U2XA 1G97A 4FRLA 2YQJA 1II4A 4B4GA 4JQ0A 7I1BA 1O7OA 1DIWA 3WMUA 3V91A 2GO2A 3FJCA 4KEKA 2V0JA 1OQLB 1IT0A 1YTOA 3O4OA 2KH2A 4HJJA 1JQZA 1QQKA 2MC2A 2I1BA 2V0HA 4PC4A 3NBDA 1XG6A 2ERMA 2FYBA 2RJ6A 2WE9A 2Y6PA 4AYLA 3H6RA 1PZTA 2RJ7A 4JD0A 1KWSA 4Y7GA 2AAIB 3B9UA 1DQOA 2D7IA 4QO3A 3RSJA 4A7KA 1BLAA 4ZOTA 4Y6NA 3RMWA 3CA3A 4B3UA 4M2BA 1BFCA 1VCLA 2NVHA 1NUNA 2YUGA 3FJHA 5BVPI 3HBWA 1TW5A 1AVWB 1V84A 4FRAA 4IONA 5JLVA 2NP0A 4I6IA 1H5TA 4LW6A 5C4FA 3HL3A 2AQZA 1H5SD 3N0KA 2MIBA 3QR5A 1G9BA 1MC3A 4I4UA 4IRPA 2J3PA 3OJ2A 2Z86A 4DENA 3V0MA 3SXDA 3V90A 4II0A 1MP5A 2VU9A 3AKFA 1W3AA 4ZA3B 3OAMA 5F8WA 1FRWA 3CU0A 1TVYA 5FU8A 1ZJ3A 3LW6A 3CA1A 4IY8A 4L4IA 1E0OA 3LLPA 4OUJA 5FYEA 5FV9A 1K5VA 1PC8B 3QVBA 1M2TB 4I1EA 2WBCA 4FREA 3U2UA 3AJ5A 5JQQA 2WEEA 3ZX7A 2OI5A 3RTJB 2YESA 3AZWA 3VUOA 1DLLA 4Y7VA 1VH1A 1VPAA 1G9AA 4FRHA 2E4MA 4FCEA 3Q7UA 4QBCA 31BIA 4EVWA 4B5BA 2QYIB 4IZEA 2OI6A 1ILR1 5GAQA 1R7YA 5CQMX 1JVGA 3IAGC 5CMGX 5DDTA 4JP0A 1R81A 3ST8A 2VSIA 4Y9XA 1VGTA 2BO4A 4R6UB 3JTJA 3FGMA 3I0LA 5HS2A 4EEEB 1DJSB 3HMYA 1HIBA 3CA5A 3O4DA 3OGZA 1TP0A 3Q7WA 3ZXDA 2QKXA 4NAIA 1FMMS 3IM6A 1IILA 1GQCA 1R8NA 2WVLA 3F1CA 3SX5A 4MYBA 3FJEA 4EE3A 5HPZA 1H7HA 4HCQA 3HN1A 1BA7A 4I96A 1MP4A 2AE7A 4GAIA 1RMLA 2D44A 4R7PA 5C3AA 4ARWA 3U2VA 3SX8A 1IIMA 4UEGA 3H6QA 3OH2A 4NALA 4EEOA 2VS5A 5C4DA 4CJBA 3POKA 1ZI5A 2WGZA 4X3AA 4I4XA 3Q80A 3N9WA 3U2WA 2ZQOA 3AH2A 4IRQA 3T7OA 2AESA 3UD9A 1WD4A 1DZCA 4EFRA 4KEIA 4HG6A 2NYYA 1HM9A 4P0JA 4ISQA 5C36A 4D11A 4F83A 1AVAC 3NBNA 2YC5A 3JUJA 2FYDB 5EJ1A 5CMHA 4EEGA 1DQGA 1HJLA 2ICXA 1V6VA 5L6SA 1LL0A 1QXMA 3FJKA 5IFYA 5IDSA 2BEAA 2RQ9A 3V0BB 3ZXGA 2KI6B 2VXLA 2RJ4A 1WBCA 1GX4A 4LO1C 1VICA 1JT5A 5DSSB 2VXRA 2P73A 5CQNX 1W77A 3FOQA 5F8SA 2APCA 3SXCA 5C4CA 2DPWA 1TIEA 2QN4A 3K8EA 1ON8A 2DS0A 4J2YA 4TLPA 2HWAA 3P6JA 4GAFA 1YYNA 4CVHA 1BASA 3BRDA 2D7RA 3I29B 2I5KA 4I4OA 4JKXB 4CJCA 2YCMA 1FMZA 1HWPB 3TC2A 3R2WA 3WINC 3OH3A 1UPSA 3VT0A 1BARA 5C4EA 1ZDGA 5CQPA 2F8XC 1HV9A 2GZBA 3FJFA 4Y63A 3NJ5A 1NQIB 3PNNA 1FG5N 3O3QA 2AXMA 4AYJA 1NWGB 1ZI3A 2ZU7A 8I1BA 1MP3A 3F1YA 1EYLA 2L5XA 3BAUA 3O4BA 4ZGRB 3V0NA 3AH4A 3CRIA 4G3SA 4P02A 5AJOA 4H04A 3HSMA 3A07A 1PUUB 1WBAA 4EEAA 5C8RA 3LTQA 5FU0A 4OWLA 1FO9A 1ZJ2A 2PA4A 3IIRA 1VGWA 1PZZA 4XFSA 5BOWA 4B4MA 4LO2C 6I1BA 4EEMA 1HM8A 3HALA 1RG8A 2BO8A 4ZFYB 3ZF8A 2X2SA 5CQOA 1S0EA 3W9TA 5CMJA 1I1EA 1WD3A 1R8OA 2D1ZA 5D61A 3CA6A 1OQMB 2AM4A 4FVVA 1PWAA 1R82A 3F62B 1NZKA 2WAWA 4WBCA 1ZI4A 1JLYA 5EG6C 4DE7A 1OMXA 1O0RA 1ISXA 4ASYA 4LO3A 5I1FA 4XFTA 3GUEA 1CE7B 3CA4A 3O5WB 4LW3A 4G1RA 4A7YA 4I4SA 2QH5A 4FRPA 1NKHB 3N7MA 4IZXA 5BXCA 1M16A 2X5SA 3BTAA 4FRDA 3FJBA 1HM0A 3ZGGA 1AXMA 1IINA 1R7UA 3OGGA 3BAOA 1I52A 3D98A 4BQHA 2AGDA 4L4HA 2E8BA 2XWMA 1WSZA 2AFGA 4Q91A 4EB2B 4I4RA 1R7XA 4AC3A 4B42A 2A8UA 3TZTA 1ISZA 1TWMA 4X37A 5IDTA 2GGQA 5C4BA 3H6SE 3FUOA 3D5NA 1JVDA 3D8VA 4A7ZA 5DUYA 2OEGA 2A8WA 2UX8A 2RIXA 1INIA 4OEEA 1A8DA 1Q04A 2R9KB 4GP3A 3I0EA 5I1BA 2D22A 3AKGA 4Y7TA 1AVUA 3N7LA 5D62A 2VSAA 4QC4A 5EC5A 5FZYA 1GWVA 3SXBA 4M28A 1Z2VA 3MPPG 2PGYA 1FQ9A 3I0GA 1BFFA 2Q4JA 4HO6A 1EV2A 4KXOA 4ECMA 2ICYA 1FOAA 1G0RA 3FJ8A 1ONKB 4DECA 2AH9A 4I8MA 3BA4A 4HO3A 4KBBA 2Q3NB 1TZFA 4OWJA 3I0JA 3F1RA 2RJ1A 4LO3C 3UD7A 2OI7A 4I4YA 3RMYA 2JCOA 2QGIA 4EE4A 4LO1A 3RMXA 3V0AB 3V0BA 4Q9PA 3BAVA 1EZIA 4QKSA 4B4BA 1ISYA 5FTSA 4JISA 1G8OA 1SZ6B 3V0PA 1W57A 2O1FA 1P63A 1H7QA 3ILAA 1FWYA 4HO0A 3FWWA 1GWWA 1LZ0A 3R4UA 4Q9GA 1ZCVA 4ENDA 3SPTA 3CKJA 3WINA 2PGVA 2XMEA 3OH0A 5EJZA 1H4DA 1NMMB 3V8YA 1G95A 1IJTA 3CU1B 1FGAA 1FV3A 1FR8A 1FGXA 2V0IA 2ZU9A 5BXRA 1PUMB 2Q9XA 3NBCA 1H5RA 3PG0A 4J23B 3IOHA 4B2XA 1TW1A 4LO8B 3FJDA 1LZIA 3WO4A 1BLDA 1ZJ1A 1ZJPA 2P6WA 4HO4A 2F2FC 4IHZA 3KIAA 1G2VA 1FZWA 5CQLX 3SX3A 1K5UA 2P39A 1IHKA 1E5KA 3FFZA 3DJ4A 1TFMB 4XFUA 2FYCB 4Y64A 4HO8A 3U2TA 1S4OA 1W3FA 2BFHA 3CKNA 3RMVA 3PHZA 1JV1A 1QGSA 4ZDQA 4EFQA 4DEPA 4Y6UA 3V0LA 4USPA 4J18A 4Y7UA 1JT7A 4LO2A 3OJVA 2D24A 1H5TB 1LZ7A 1ZDFA 1ZI1A 3BB2A 5F90A 5C3BA 3USQA 2X5ZA 5JMCA 1YXWA 3IM7A 3SX7A 4K6RA 1ZCUA 4ZFUB 1QGQA 1BFBA 2RIYA 1FWVA 2GGOA 4KNRA 2X60A 5BXTA 2XMHA 1S0CA 1H7GA 1H7LA 1RZOB 2FDBM 4XKIA 4Z8SB 1JLXA 4NANA 3I0IX 1H3MA 4I2SA 1LZJA 1LL2A 3DK5A 1S4NA 3P53A 4OEFA 1V83A 3SXAA 3NGWA 1ZIZA 1HCDA 3S8JA 4KC3A 4KC2A 4I1BA 4JRAA 5C49A 2BEBA 3CQAA 1YROB 2PX7A 3OC9A 5FTVA 4EFPA 2MLLB 2IHOA 4G9NA 2Y4KA 3OH4A 1IRAX 3OJMA 2K43A 2NXVA 4GP0A 5BP5C 2VD4A 3T7MA 4HOCA 4G6JA 4QKRA 1JY0A 1R80A 1LVWA 1R7TA 3I0DA 1I1BA 1XZ6A 1JYKA 1VZUA 2P72A 2YC3A 1CVSA 2NZ9A 3UJ4A 5B2HA 3E26A 5C1HA 4G87A 3JUKA 1H5SB 3BADA 3S8KA 2P23A 4JPZA 1TOOA 2BO7A 1H4CA 2AM5A 4QBVA 1H5SC 3OH1A 1JT4A 1V6UA 1S4PA 1V82A 3SXEA 2O1HA 3RSBA 2LIEA 3AKIA 3BCVA 1W3GA 2NM1A 2WRYA 3P6IA 4I4QA 3JUTA 4QD2B 4NAKA 3FJAA 3UD8A 4EKXB 4P00A 4Y62A 4P0KA 2X65A 2ZQNA 3CGXA 5C1LA 2IWTB 5FUHA 1ITBA 3R4SA 4QD2C 1HWOB 5C38A 2X2TA 4IQPA 4P0LA 2VXMA 1YF8B 5C3DA 3C9ZA 3HOMA 1K4VA 1EPWA 4ZBVB 3I0HA 4OW4A 3OBRA 4QALA 2AM3A 3AKHA 5FZUA 5BXSA 1DZDA 3USRA 2FFUA 3JRRA 1OMZA 2Z87A 4M2AA 4C2SA 1HWNB 1DFCA 5BQUC 2WVMA 4D8HA 4J2XA 2YQHA 5AJNA 4ZKTB 5J49A 2WVKA 4GOYA 3NBEA 3V0AA 3BRFA 4JAWA 4HO9A 1ZCTA 4KC4A 2D23A 2XWLA 2KKIA 4FRMA 2KI4A 1EYRA 2DREA 1MC9A 4KEJA 4X39A 1G3LA 1O7QA 3WMVA 1VH3A 1VGUA 2Y9GA 3CKOA 4G9MA 4LO7B 2KLLA 4I0YA 4OEGA 1HKNA 1FGGA 3ZLKA 1YP2A 1G9CA 3BAQA 3VSZA 1VZXA 1DFQA 4ZFWB 4LO7C 1GA8A 2ZU8A 3ZC8A 2F2FA 3EF2A 4XWIA 1NHEB 5EHAA 3BA5A 3VWCA 1EVTA 2VXTI 2Y9FA 2HWMA 4OWKA 1NF5B 1PZYB 2Y9WC 1WT0A 3FJIA 3DUVA 4ZLBB 3O44A 3V8ZA 4M4KA 3Q4SA 3K1XA 3I2XA 1WT2A 4KQLA 1MD6A 4FGFA 4D0ZA 3WO3A 3U0YA 1AFCA 1T9FA 2VSEA 1L2HA 3FUQA 1YP3A 3I0CA 5C48A 1H7FA 2RJ5A 4Z9WB 1G23A 2ET2A 3BX1C 4ASJA 3OGFA 1ZJ0A 2I7BA 2HZ9A 2FYAA 1H7TA 2VFZA 3I0KA 1ZJOA 1TWEA 4LO0C 1FWUA 2DRYA 2Y4MA 4KNXA 3T7NA 4GOVA 1YBIA 3BAHA 1R7VA 4X38A 2RITA 3VT1A 4KPXA 4J2KA 2D20A 4DCKC 1G93A 1WT1A 3CRGA 4J2SA 3FJ9A 4E1KA 4USOA 4G6MA 1H7EA 2BO6A 1G9DA 1H4EA 1AF9A 1AVXB 1Z0HA 2FFVA 2LIQA 5D63A 3D7WB 1G1LA 1VZTA 3IOJA 4KPZA 4JKQA 4AAWA 1Q1UA 1N4KA 1ZHJA 3Q7YA 4MNDA 1S0LA 2AECA 4IY9A 4ISRA 2D0JA 2V0KA 5FZZA 1WT3A 3A21A 3CRHA 5BP5A 2RJ9A 3CKVA 1FV2A 5DVHA 5CMIA 4CJ8A 1G9RA 1S0DA 3VEQA 4FQWA 1ON6A 3VT2A 5F8YA 3EE5A 4YS8A 2VS3A 3K8DA 3AZVA 3Q7XA 2Y4LA 3H6RB 2JCLA 4KRVA 3BRGC 2VSHA 1FO8A 3E25A 1FN0A 1XZZA 1D0HA 1XYFA 2FO1A 4FRQA 1H5SA 1O23B 1S0FA 1FXOA 1JTCA 2RSTA 4I7IA 3OKRA 1RY7A 4G3PA 3V79C 2I5EA 2MZBA 2Y4JA 4D0TA 4EE5A 1SR4A 2E3DA 1JYLA 21BIA 3BA7A 1FR9A 5DDVA 3MALA 5CMFX 5FNXA 2XWNA 2YQCA 3PKPA 4HO2A 5C47A 1J0SA 3AH1A 1ISWA 5E24E 4G3QA 4P6AA 2FGFA 4IYBA 9ILBA 1QWJA 3O4AA 3O4CA 2D43A 4I37A 3QYDA 4L41C 1INJA 5C1GA 2CU2A 5BQUA 5FNWA 3POLA 1VGZA 4AN7B 1F31A 2K8RA 2VLCA 3FJJA 3O3PA 3V0QA 1GQ9A 1HJJA 3N7KA 2RG9B 3I2AA 1S0GA 2JCJA 2E4MC 1JT3A 2V0LA 2YQSA 4FROA 1BFGA 3WO2A 4F34A 4AN6A 1S0BA 1TTUA 2FY7A 2ESUA 3A22A 4I3NA 4Y7FA 5AJPA 3SXGA 1ABRB 3E8LC 3I0FA 41BIA 3UJ0A 1Z90A 2HW9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 21BI A;  3BA7 A;  1FR9 A;  5DDV A;  3MAL A;  5CMF X;  5FNX A;  2XWN A;  2YQC A;  3PKP A;  4HO2 A;  5C47 A;  1J0S A;  3AH1 A;  1ISW A;  5E24 E;  4G3Q A;  4P6A A;  2FGF A;  4IYB A;  9ILB A;  1QWJ A;  3O4A A;  3O4C A;  2D43 A;  4I37 A;  3QYD A;  4L41 C;  1INJ A;  5C1G A;  2CU2 A;  5BQU A;  5FNW A;  3POL A;  1VGZ A;  4AN7 B;  1F31 A;  2K8R A;  2VLC A;  3FJJ A;  3O3P A;  3V0Q A;  1GQ9 A;  1HJJ A;  3N7K A;  2RG9 B;  3I2A A;  1S0G A;  2JCJ A;  2E4M C;  1JT3 A;  2V0L A;  2YQS A;  4FRO A;  1BFG A;  3WO2 A;  4F34 A;  4AN6 A;  1S0B A;  1TTU A;  2FY7 A;  2ESU A;  3A22 A;  4I3N A;  4Y7F A;  5AJP A;  3SXG A;  1ABR B;  3E8L C;  3I0F A;  41BI A;  3UJ0 A;  1Z90 A;  2HW9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O1G A;  1QQL A;  1ZCY A;  2W0V A;  3ZGF A;  1YP4 A;  1IOB A;  4KT7 A;  3PUB A;  5G00 A;  2VS4 A;  3IM5 A;  4H9W A;  3R3I A;  5EIY A;  1G82 A;  3A23 A;  3PME A;  1IRP A;  3CAH A;  1H5R B;  1SS9 A;  4KC1 A;  3SNV A;  1HCE A;  1LL3 A;  1VM8 A;  2RJ8 A;  4FCU A;  3U0X A;  4GBP A;  1QG8 A;  2M49 A;  4I4P A;  1SR4 C;  3TQD A;  1ISV A;  2DRZ A;  1Z4S A;  2Y7A A;  3ZLL A;  1GX0 A;  4HO5 A;  2JCK A;  4HA2 A;  3BRK X;  3PKQ A;  1GGP B;  4HR6 C;  2XOA A;  4CJM A;  4B2W A;  1W55 A;  2ZR1 B;  1WVC A;  2Z49 A;  2UUS A;  4LO0 A;  2VUA A;  4H75 A;  5DZU A;  3RTI B;  3WA1 A;  1V6W A;  1FXJ A;  2NTD A;  1KNM A;  4YOL A;  4D48 A;  3ZC9 A;  4BMA A;  1HWM B;  2RJ0 A;  1T4Q A;  2Z48 A;  3T8S A;  3AJ6 A;  3CA0 A;  4FRB A;  4D11 C;  4DDZ A;  3V0O A;  1XHB A;  3OBT A;  2W0W A;  1V6X A;  2K4A B;  3KMV A;  1JV3 A;  2RIZ A;  3IOI A;  3O49 A;  4I4V A;  2OEF A;  2Y9X E;  3UDA A;  3BAG A;  3VSF A;  3CKQ A;  1Q03 A;  5BXP A;  3N7J A;  3U2X A;  1G97 A;  4FRL A;  2YQJ A;  1II4 A;  4B4G A;  4JQ0 A;  7I1B A;  1O7O A;  1DIW A; 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