4D0TA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-galnac, ea2 peptide and manganese
Total Genus 167
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNLQ
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N-Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
total genus 167
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0tA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0tA01
3DK5A 5D63A 1BLAA 4KT7A 4J2YA 4L4IA 1JYKA 1BFGA 1LZ0A 4QKRA 3HL3A 1HWMB 2Y9XE 1YP2A 1INIA 2KH2A 3PG0A 1ZDFA 3NJ5A 2DPWA 4FCEA 5CQOA 4FCUA 3QYDA 2AQZA 4KBBA 4WBCA 5BP5A 2VLCA 4HO2A 2WGZA 2FFUA 1RMLA 5EIYA 1GQ9A 1HV9A 1GX4A 1HM9A 5FTVA 5I1FA 3IAGC 2JCLA 2A8UA 3USRA 1LL3A 1XYFA 2Q4JA 4EEOA 3OJMA 2ZU9A 2NXVA 4A7KA 3FOQA 4KC3A 2DRZA 3HSMA 5F8YA 2AESA 2ZU7A 4CJBA 3AJ5A 4Y64A 3V8ZA 1ZI3A 5C8RA 1G3LA 1MD6A 1NUNA 3FJAA 1EPWA 2FYAA 1E5KA 3V0PA 2FDBM 3BRFA 4LO0A 1W55A 5E24E 3IM7A 1WT1A 1ZCUA 3CA0A 1N4KA 3JTJA 4HO3A 2AXMA 5DDTA 1WBAA 2D22A 4YOLA 1DFCA 2RJ6A 3V90A 5FTSA 4D48A 3V0NA 1PC8B 3BAUA 3ZLKA 3VUOA 1JY0A 2W0WA 2MLLB 3V0BB 4QBVA 2NP0A 3TC2A 2FGFA 3O4BA 1GWVA 1YP3A 3ZC9A 4AC3A 3CKOA 4G9MA 5C49A 3CRIA 1HIBA 8I1BA 4OWJA 4X38A 2NZ9A 5CMHA 1NHEB 1Q1UA 1LVWA 2Y4KA 3CKNA 4BMAA 1T9FA 5FU8A 3I0FA 1FXOA 1VH3A 4I4XA 1INJA 3P6JA 2VU9A 3BRDA 1H5SD 3BAOA 4IQPA 2PGYA 4Y6UA 3FWWA 3SXGA 1M16A 1WD3A 3HOMA 4JKQA 2D0JA 1LZIA 2BO7A 2YQSA 4AYLA 2YQJA 2HWAA 1HWPB 1NQIB 1PZTA 1G8OA 3U2XA 1O7OA 4LO3C 2MC2A 41BIA 4ZOTA 3QVBA 4GP3A 4DENA 3ZX7A 4LO1A 1Q04A 3O3QA 2CU2A 3U2VA 1IJTA 1JV1A 1NZKA 3AH4A 1G95A 2XMHA 4P0KA 2GO2A 3FJJA 3VWCA 2FO1A 5L6VA 4GOVA 5FZUA 3Q7WA 5BP5C 7I1BA 3V0BA 2GGQA 5CMJA 4LO8B 3WO3A 3W9TA 2FYCB 4CJ8A 5C4CA 2MZBA 2Y4LA 2ZQNA 3AZWA 2LIEA 4L4HA 3UDAA 3S8KA 1G97A 5DSSB 2FFVA 4B4GA 5C48A 1R7UA 5C1HA 2Z49A 1I1EA 1J0SA 4I2SA 4B2WA 4J2KA 2D1ZA 1QGSA 4HO6A 5GAQA 1EVTA 1LL2A 4KNXA 3N7JA 1PUMB 4HO0A 1PUUB 3NBEA 4Y7UA 3C9ZA 4LO0C 1QGQA 1WT3A 4DEPA 2ET2A 1BARA 5F8SA 1O0RA 2O1FA 2RITA 4B4BA 2O1GA 3I0DA 3IOIA 5C38A 4D0ZA 4BQHA 1AVWB 3WINC 1GX0A 3ST8A 1FOAA 4LW3A 1IOBA 1M2TB 3UD9A 2R9KB 3ZXGA 3P6IA 1XZ6A 2WEEA 5C47A 3CA5A 1VH1A 3P53A 3OGZA 3T7OA 3IOJA 3QR5A 4II0A 5G00A 4FRDA 2RJ1A 3ZGFA 1W3GA 2Y4MA 1VGWA 1DQGA 2VUAA 4I4YA 3D98A 1FXJA 4KC1A 3V0MA 4HO4A 1AVXB 4Q9GA 3OBTA 1VZXA 2OI6A 2Y9WC 3RMYA 1QXMA 1IRPA 1YTOA 4ZKTB 2Y6PA 3T7MA 4P0JA 2X2SA 1AFCA 4FRHA 4M2AA 4Y7GA 4I7IA 4DECA 2L5XA 5IDSA 1ISVA 4B5BA 3OJ2A 5EJ1A 3FJFA 1ISZA 5EG6C 1S0LA 3V0LA 1E0OA 4AYJA 3USQA 4LO1C 5HS2A 3O5WB 2AGDA 5EJZA 2Y9FA 4JP0A 1Z2VA 1H4EA 1NKHB 1HWOB 2MIBA 3CA3A 1ZJ2A 2PX7A 2M49A 31BIA 1TVYA 2VS5A 3TZTA 1HWNB 1IILA 3V0QA 3VSZA 3FJKA 4Q91A 3BX1C 2D24A 2RG9B 3BA5A 4F34A 3KMVA 3OH3A 3E25A 4HR6C 4KEIA 1G82A 1T4QA 4IY9A 3V79C 1VPAA 4FRLA 3CA1A 2JCOA 1XG6A 1G0RA 1V6UA 3FJIA 1H5TA 3CA6A 1OMXA 3NGWA 1JT4A 5IFYA 6I1BA 1V84A 4XFUA 1BLDA 5D62A 1VZUA 3ZXDA 1FGAA 1S0BA 4ZGRB 5C4BA 3WMVA 4XKIA 1SS9A 4MYBA 4EE5A 3UJ4A 3VT2A 3JRRA 2VSIA 1UPSA 3I0EA 1ISWA 2DRYA 3FFZA 1FMMS 4X3AA 1R7YA 1W3AA 4FGFA 3AJ6A 1G23A 1DLLA 2Q9XA 3I0KA 1TWMA 1DZCA 2VXLA 4QKSA 1H7QA 1JVGA 1BA7A 3FJ8A 3FJ9A 1CE7B 5EHAA 4P00A 4LO7C 3I0LA 4EFQA 1TTUA 4JAWA 2I7BA 2QH5A 4KQLA 3Q4SA 3LTQA 3WO2A 2YQHA 3KIAA 4QC4A 3WO4A 1P63A 1H4CA 4PC4A 2ZR1B 4CVHA 1WBCA 4JKXB 4I4SA 3PUBA 2WAWA 3WINA 4I4VA 5CMGX 4F83A 5I1BA 4I1EA 3A21A 1QWJA 2HWMA 3IIRA 3N0KA 1ZI5A 1HCDA 4FRBA 3RMVA 1S0DA 5L6SA 1AF9A 3OGFA 4ECMA 4HO9A 4KPXA 3BAVA 3RMXA 4G3QA 2RJ4A 4DDZA 1GA8A 4EE4A 4GP0A 3NBCA 4NAKA 4J2SA 3OAMA 5BXSA 2KKIA 3TQDA 1XHBA 2FYBA 4XFTA 1WD4A 1Z4SA 1VM8A 1S4NA 4EVWA 2D44A 3R4SA 4QD2C 3HMYA 3R4UA 2IWTB 2QN4A 2YCMA 2BO8A 3O49A 2V0LA 3IM5A 3DJ4A 4LO7B 3FUQA 2W0VA 4CJMA 1SZ6B 3FJHA 2I5KA 5FZZA 1FMZA 4I4QA 1FWYA 2RJ5A 3JUJA 5DUYA 3R3IA 3SXBA 2OEGA 2QKXA 3B9UA 1JV3A 1V83A 3ZF8A 3MALA 1JT5A 1TWEA 1G2VA 1PZYB 2WE9A 2NTDA 4I4OA 1YP4A 5BOWA 1HM8A 1EYLA 1ZDGA 2F2FC 3A22A 3ZC8A 4KC4A 3SX3A 3O4OA 4M2BA 2KLLA 1H7HA 4EE3A 4EEGA 2X60A 1PZZA 1VICA 2GZBA 4ENDA 4CJCA 3UD8A 4AN7B 4AN6A 1FO9A 1PWAA 4G6MA 4IHZA 1NF5B 3CA4A 4I96A 1VGUA 2AE7A 2E3DA 5DZUA 1G93A 1ZJPA 1F31A 3V91A 1A8DA 3JUKA 2YUGA 2LIQA 1R8OA 4KEJA 1DZDA 1LZJA 2I1BA 5FYEA 1ZCVA 3I0HA 5C1GA 3T7NA 3T8SA 2K8RA 3BB2A 4ZFUB 1S4OA 1ZJ1A 2E8BA 2GGOA 2WVKA 1LL0A 3CKVA 3IM6A 4J2XA 3FJEA 1ZCTA 3OC9A 1HJJA 5FZYA 2XWMA 4KPZA 1L2HA 3Q7YA 4IYBA 1H4DA 1S4PA 4QD2B 1JVDA 3SNVA 3N7MA 5FUHA 4JISA 1ZJ0A 3F1RA 2YC3A 3NBDA 2AM3A 2OI5A 5JMCA 3HN1A 1QQKA 1OQMB 2VS3A 3O3PA 5C4FA 4G9NA 1FN0A 1FRWA 2OEFA 1FWVA 2O1HA 3U0YA 1WVCA 3O4AA 4OEEA 3K1XA 5HPZA 2V0HA 1JTCA 3CAHA 4JQ0A 3K8EA 1AVAC 1R8NA 3AKGA 4D0TA 3F62B 1R7VA 2K4AB 3BAHA 1ZIZA 5AJOA 5BVPI 1G9DA 1H5TB 2RJ7A 2X65A 2YC5A 4Y7VA 4ISQA 1JQZA 1FGGA 1R80A 3SX5A 3V8YA 1VZTA 1DIWA 1TW1A 1FQ9A 4Y9XA 2RSTA 1ISXA 1GGPB 3VT0A 4ZDQA 1G9RA 2APCA 1H7LA 1S0FA 3H6RB 4GAFA 4I1BA 2JCKA 3R2WA 4Z8SB 1BASA 1YBIA 4I6IA 4OUJA 4HA2A 3WA1A 5BQUA 2UUSA 4OEGA 1MC3A 2ICXA 1QG8A 2P73A 4LO2A 1JLYA 3ZGGA 2YQCA 4QBCA 1MP4A 4I4RA 4OWLA 1Z90A 2KI4A 1V6XA 1W57A 2IHOA 3FJCA 1FZWA 4I3NA 3I2XA 4EB2B 3BAQA 2F8XC 4FREA 3CKQA 5CQMX 2XOAA 4I4UA 1DJSB 4IZEA 3U2UA 5DVHA 4HO5A 2BFHA 3N7LA 1OMZA 2X2TA 3PMEA 4H9WA 3POKA 5BXTA 2NYYA 2ERMA 4I8MA 1S0CA 4ISRA 1H5SB 4X39A 2KI6B 1D0HA 2X5SA 1YYNA 5CQLX 3U2WA 4D8HA 5BXCA 1G9CA 2QGIA 4X37A 3D8VA 4DCKC 1VGZA 2F2FA 5D61A 1TZFA 1ZHJA 4Y7TA 2D7IA 2DREA 4G6JA 4HO8A 5C4EA 1DQOA 3FGMA 1I52A 5CQNX 4QO3A 5C3BA 4OW4A 2BO6A 1JT3A 3BADA 3I2AA 2PA4A 1O7QA 4R6UB 3H6RA 1IHKA 4P6AA 3I29B 1WT2A 2RJ8A 3EE5A 2AM4A 1TOOA 1HM0A 4B4MA 4EEMA 1HCEA 4ZBVB 1ZJ3A 2AH9A 4HCQA 3CU1B 3I0GA 2AAIB 1TFMB 2WBCA 2RQ9A 1K5VA 1W3FA 3WMUA 1ITBA 1FV3A 1ZJOA 5CMFX 4M28A 4MNDA 4D11A 5C3DA 4IONA 1W77A 5DDVA 5FV9A 3OKRA 3LLPA 4K6RA 5AJPA 1KWSA 4H04A 4A7ZA 2DS0A 2E4MA 2BEBA 3O4DA 4IZXA 4ARWA 3RSBA 3V0AB 4L41C 2VXMA 1WSZA 3OBRA 4FVVA 5C3AA 4A7YA 3DUVA 1V82A 4KC2A 1H5SA 3U2TA 3I0CA 1EZIA 2Z87A 4FQWA 4G87A 4KXOA 3I0IX 4TLPA 1II4A 3I0JA 3AKIA 1V6VA 5F90A 3OH2A 4C2SA 2A8WA 1H5RB 1NMMB 3RSJA 21BIA 3PNNA 1Q03A 1TW5A 3BA4A 2BEAA 2P39A 4JPZA 5EC5A 4ZFYB 5BXRA 5BQUC 4P02A 3F1CA 3D7WB 4GAIA 3AH1A 4NALA 2RJ0A 4LO2C 1IT0A 2Z48A 3BAGA 3OH4A 1MC9A 3FJDA 2XMEA 4B2XA 4NAIA 2VSHA 1ILR1 2P72A 2RIZA 4QALA 3AZVA 1GWWA 3H6QA 3ZLLA 2BO4A 1EYRA 1EV2A 5F8WA 4EFPA 4EEEB 4FRAA 3AKHA 1SR4C 2NVHA 1H7GA 4DE7A 5J49A 4LW6A 3GUEA 1ONKB 3CKJA 3N9WA 3Q7UA 4J23B 4B42A 2D43A 4XFSA 2HZ9A 5CQPA 1ABRB 1IRAX 3V0AA 4HOCA 1CVSA 2ESUA 3CRHA 3AH2A 3BTAA 3N7KA 2AFGA 5FNWA 3LW6A 3OH1A 2V0KA 4P0LA 4B3UA 3SXCA 2D20A 4EKXB 1MP5A 1ZI4A 1BFFA 1G9BA 4GBPA 2J3PA 3SXDA 3PKQA 2P23A 3OH0A 3H6SE 2AM5A 1FR8A 1H5RA 4AAWA 5JQQA 4USPA 2VSAA 2RIYA 4Q9PA 2P6WA 5B2HA 3IOHA 2XWLA 3V0OA 4FROA 1AXMA 3PHZA 1QQLA 3AKFA 4USOA 1R7XA 3S8JA 1GQCA 4KRVA 5FNXA 2FYDB 1FGXA 3BCVA 1FWUA 4I0YA 9ILBA 3VEQA 4HG6A 4JD0A 3SX7A 4ASJA 3UD7A 1H7TA 2AECA 2WVLA 1RG8A 1S0EA 4D11C 4G3PA 4IRPA 1KNMA 2Y7AA 1ON6A 1IIMA 1FO8A 4NANA 1VCLA 3SX8A 4G1RA 3VSFA 2Y4JA 2D7RA 3U0XA 1JLXA 2E4MC 3UJ0A 1FR9A 1O23B 1ON8A 2ICYA 5AJNA 1MP3A 2Q3NB 2RJ9A 1I1BA 3FUOA 4G3SA 1BFCA 4ZFWB 1JT7A 2VSEA 4HJJA 4I4PA 1H5SC 1RY7A 2UX8A 2VFZA 4E1KA 3OGGA 1VGTA 4FRMA 4M4KA 1ISYA 3BRGC 2XWNA 1AVUA 4YS8A 5C1LA 1NWGB 1IINA 2WRYA 4JRAA 1FG5N 2ZQOA 1H7EA 3CRGA 5BXPA 1RZOB 1H7FA 3HALA 3D5NA 2K43A 1R7TA 3A23A 2VXRA 2X5ZA 1FV2A 1V6WA 2I5EA 1LZ7A 5FU0A 4Y7FA 1K4VA 5IDTA 4OWKA 3Q7XA 4Y63A 4EEAA 4IRQA 2Y9GA 1WT0A 4Y62A 2RIXA 1YXWA 3Q80A 4J18A 2V0IA 1K5UA 5JLVA 4I37A 1JYLA 3SPTA 3MPPG 1OQLB 3BA7A 3CU0A 2ZU8A 1TIEA 1Z0HA 3FJBA 4EFRA 3E26A 1HKNA 1ZCYA 3O4CA 3O44A 3SXEA 3A07A 4ZA3B 3CQAA 1HJLA 2YESA 2Z86A 1YROB 3RTIB 3SXAA 3NBNA 1S0GA 3ILAA 2WVMA 1G1LA 2JCJA 4Y6NA 4IY8A 3PKPA 5CMIA 1SR4A 4ZLBB 2VS4A 2NM1A 5C4DA 4XWIA 2D23A 1R81A 1H3MA 1G9AA 2PGVA 1ZI1A 3K8DA 5C36A 1BFBA 3E8LC 4UEGA 1R82A 4KNRA 4KEKA 4ASYA 1XZZA 4Z9WB 4OEFA 1YF8B 2VXTI 1TP0A 2FY7A 2VD4A 3RTJB 2V0JA 3RMWA 2OI7A 3BRKX 3CGXA 4R7PA 3POLA 2HW9A 2QYIB 4GOYA 3F1YA 3HBWA 4FRQA 3OJVA 3VT1A 4LO3A 3EF2A 4FRPA 1DFQA 3JUTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2MC2A 41BIA 4ZOTA 3QVBA 4GP3A 4DENA 3ZX7A 4LO1A 1Q04A 3O3QA 2CU2A 3U2VA 1IJTA 1JV1A 5D91A 1NZKA 3AH4A 1G95A 2XMHA 4P0KA 2GO2A 3FJJA 3VWCA 2FO1A 5L6VA 4GOVA 4MZHA 3Q7WA 5FZUA 5BP5C 7I1BA 3V0BA 2GGQA 5CMJA 4LO8B 3WO3A 3W9TA 2FYCB 4CJ8A 5C4CA 2MZBA 4FIYA 2Y4LA 2ZQNA 3AZWA 2LIEA 4L4HA 3UDAA 3S8KA 1G97A 5DSSB 2FFVA 4B4GA 5C48A 1R7UA 5C1HA 2Z49A 1I1EA 1J0SA 4I2SA 4B2WA 4J2KA 2D1ZA 1QGSA 4HO6A 5GAQA 1EVTA 1LL2A 4KNXA 3N7JA 1PUMB 4HO0A 1PUUB 3NBEA 4Y7UA 3C9ZA 4LO0C 1QGQA 1WT3A 4DEPA 2ET2A 1BARA 5F8SA 1O0RA 2O1FA 2RITA 4B4BA 2O1GA 3I0DA 3IOIA 5C38A 4D0ZA 4BQHA 1AVWB 3WINC 1GX0A 3ST8A 1FOAA 4LW3A 1IOBA 1M2TB 3UD9A 2R9KB 3ZXGA 3P6IA 1XZ6A 2WEEA 5C47A 3CA5A 1VH1A 3P53A 3OGZA 3T7OA 3IOJA 3QR5A 4II0A 5G00A 4FRDA 2RJ1A 3ZGFA 1W3GA 2Y4MA 1VGWA 1DQGA 2VUAA 4I4YA 3D98A 1FXJA 4KC1A 3V0MA 4HO4A 1AVXB 4Q9GA 3OBTA 1VZXA 2OI6A 2Y9WC 3RMYA 1QXMA 1IRPA 1YTOA 4ZKTB 2Y6PA 3T7MA 4P0JA 2X2SA 1AFCA 4FRHA 4M2AA 4Y7GA 4I7IA 4DECA 2L5XA 5IDSA 1ISVA 4B5BA 3OJ2A 5EJ1A 3FJFA 1ISZA 5EG6C 1S0LA 3V0LA 1E0OA 4AYJA 3USQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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