4D0ZA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-5sgalnac, mea2 and manganese (higher resolution dataset)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
molecule tags Transferase/peptide
source organism Homo sapiens
total genus 164
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0zA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0zA01
2WRYA 2Z49A 2F2FC 3AJ5A 1HIBA 2D22A 4Q9PA 4X37A 1V6XA 2GGOA 4DEPA 1JT4A 2JCOA 2E4MA 1AVWB 2X5SA 3VT1A 3I2AA 4Y7GA 2VXTI 1K5UA 2D24A 1QWJA 1V83A 2RIZA 1YBIA 1H5TA 3O3QA 3TZTA 1RY7A 1IT0A 3VT2A 4PC4A 5DDTA 2FYCB 3CA1A 4IRPA 1S0GA 4HA2A 1HM0A 3USRA 1G95A 1G9DA 3O4CA 2RJ0A 1SZ6B 3PG0A 2V0KA 4BMAA 3T7OA 4IY9A 1FGAA 3I0DA 3Q7XA 3BAGA 2M49A 1IJTA 1H5TB 2OI7A 2D1ZA 5C3AA 1JVGA 4I8MA 4P0KA 4I4VA 1H5SA 2QH5A 4IZXA 2RJ9A 4I0YA 4G87A 2YCMA 1AFCA 2VU9A 1QQLA 1FR8A 1R7VA 2IHOA 2PA4A 3Q7YA 3RTJB 4B5BA 4KC4A 1G9RA 3K8DA 4KQLA 3FGMA 5BXTA 1G9BA 1K4VA 4LO8B 4FVVA 1H5SB 1ZCYA 1SS9A 1M16A 1TW5A 4L4IA 2RJ5A 1HWMB 5BQUA 1QXMA 2Q9XA 2VXRA 4IONA 4EKXB 1ZJ0A 2VS5A 4CJBA 5EG6C 3VSZA 4FRLA 4LO7B 3FFZA 4G6JA 5JLVA 3CQAA 1VZXA 4IRQA 3T8SA 3V0BA 4KXOA 5CMIA 3U2TA 2NM1A 3SX7A 1S0EA 4I4PA 4NAIA 3S8KA 3F1RA 21BIA 1VPAA 2I1BA 4JKQA 4P00A 3CA5A 3SPTA 2MLLB 1AVAC 4A7KA 3S8JA 4Y63A 3SXBA 3BX1C 4FROA 1RMLA 3KIAA 4I4SA 8I1BA 3AKHA 4DECA 1ZJPA 3FJKA 3V0BB 4I4QA 3WO4A 3BAQA 1SR4A 2GGQA 1AVUA 2LIEA 5J49A 1T4QA 1MD6A 2Y9XE 3FUOA 3O49A 3SXCA 3WMVA 1FR9A 1ZI1A 4JD0A 3FJJA 1DJSB 5FNXA 5FTSA 4DCKC 3POKA 3BRGC 2Z87A 4FCEA 1YP2A 4FRPA 1PUUB 4M28A 1YP4A 4B4GA 1O7QA 2E4MC 1FGXA 3O44A 3TC2A 1WD4A 2HWMA 4ZOTA 3CU0A 3Q80A 4KRVA 2O1HA 1WT2A 1BA7A 5BXRA 5EC5A 1DFCA 3FJCA 3V0OA 3I0LA 3IOJA 3HSMA 2P39A 3OC9A 4J18A 5C4DA 5I1FA 1TOOA 3KMVA 2X2TA 5FV9A 4P6AA 1Z90A 1WD3A 1G8OA 5EJZA 5AJPA 3TQDA 4ZGRB 4I96A 3PMEA 2WBCA 1D0HA 4Y6UA 2UX8A 1Z2VA 3CRHA 3V0QA 4CJCA 2VS4A 4ZA3B 4OEFA 4YOLA 3V79C 4Q9GA 5C8RA 1JQZA 2VSAA 2JCLA 4OW4A 1FRWA 3FJ9A 4KEIA 2MIBA 1ZDGA 1FWUA 3ZLLA 1ZDFA 4ARWA 4GOYA 2XOAA 4EEAA 2NTDA 1LZIA 4Y7FA 3RMYA 2PGVA 4Y7VA 4LO3A 3U2VA 1YXWA 2RG9B 1PZTA 1N4KA 4AYLA 5BQUC 1MP5A 4ZFYB 3FJ8A 3V90A 4E1KA 3O4OA 2AM4A 1R80A 3E8LC 2FO1A 1E5KA 3ST8A 1VM8A 5F90A 1VGWA 3O4DA 3N7LA 3LTQA 1TVYA 1GA8A 3A21A 3IIRA 3RTIB 3WO3A 1EYRA 1GX0A 3BAUA 1LL2A 4ZBVB 1DQOA 1NWGB 2ICXA 3SXAA 1LZ7A 4LW6A 2GO2A 2VS3A 3SXEA 1GQ9A 3A07A 4OUJA 1H7QA 1AVXB 3OGZA 4ASYA 2KH2A 1IINA 2K43A 1FO8A 3C9ZA 1ZJOA 4JRAA 1R7YA 1SR4C 3VEQA 2Y4JA 5I1BA 3D5NA 4ECMA 1INIA 2VSEA 4EB2B 4OWKA 4HO5A 9ILBA 3FUQA 5BXSA 1I1BA 3E25A 31BIA 4Y7TA 4J2YA 1JLXA 3O5WB 2AFGA 4R6UB 4DENA 4UEGA 5CMJA 4MNDA 3I0IX 2QKXA 3AH1A 5JMCA 1EZIA 2O1FA 2BEBA 1BFBA 3I2XA 4G1RA 1JY0A 1JV1A 2VSIA 1EYLA 1DZCA 1F31A 2YESA 2Y7AA 4KC1A 2ET2A 2L5XA 3H6SE 3VSFA 1I52A 3CU1B 4IHZA 4OEGA 3FJHA 3SXDA 3PKPA 4EVWA 4G9NA 3RMXA 2Y9GA 3Q7WA 4XWIA 1S4NA 3RMWA 2WVMA 3DUVA 4EEMA 4KNRA 5F8YA 2QGIA 3I0CA 3A23A 1E0OA 5FNWA 2RJ7A 3R2WA 5DSSB 1TWMA 1BFFA 4G6MA 1BLDA 1H4CA 1L2HA 3V0AA 3BAOA 2FYBA 5G00A 1R81A 3U2XA 5IDSA 5C1LA 1ZJ2A 3N7KA 1Q1UA 4KBBA 4B42A 4EFPA 3Q4SA 4LO3C 7I1BA 1VICA 2RITA 3EE5A 4MYBA 3ZF8A 5BVPI 1QQKA 3P6IA 2P23A 5D62A 1IRAX 3V0AB 4B2XA 2VLCA 3N7MA 2VSHA 3P6JA 2XWLA 4NAKA 1R8OA 1I1EA 3NBNA 1W3GA 1HM9A 3JTJA 4L41C 3SX5A 4QALA 3HN1A 3QYDA 4D11C 1V6VA 3HBWA 4AN6A 3DK5A 6I1BA 1UPSA 2RIYA 4AN7B 3I29B 4A7ZA 2VFZA 5C4CA 4GP0A 1OQMB 2ZU8A 3JUJA 1W77A 3CGXA 1OMZA 3U0YA 1HKNA 2HZ9A 3QR5A 3UJ4A 1ZCTA 5C48A 3T7NA 1IOBA 2WEEA 2ICYA 3WINA 4Y9XA 2AQZA 1ONKB 4I4RA 1IIMA 2Y6PA 5FU0A 1VZTA 4K6RA 1TW1A 5C4BA 5GAQA 3BTAA 4M2AA 3IOHA 1IRPA 4EEOA 1IILA 4M2BA 1G23A 2DRYA 4I7IA 1NHEB 3IM6A 4EFRA 4I4UA 3BA7A 3OJVA 3RSJA 1W3FA 2JCKA 4FRQA 1S0LA 2KLLA 5BXPA 3ZX7A 3EF2A 1MC9A 2R9KB 1QGQA 2Y4LA 3F1YA 4HO0A 1AF9A 4JAWA 4Y7UA 2J3PA 5AJNA 4EE4A 1JT5A 1M2TB 1TFMB 2K8RA 1ZJ1A 3P53A 3Q7UA 1FQ9A 3AJ6A 3LW6A 5EIYA 3BRFA 1VGTA 4FGFA 4P0JA 1NQIB 4ZFUB 5C1GA 3FJEA 4M4KA 2BEAA 1CVSA 3SX3A 2YQCA 2Y9FA 1FGGA 4HO4A 3E26A 3PNNA 3W9TA 1G0RA 1A8DA 1H3MA 4P02A 1ISYA 1VH3A 1TP0A 4GP3A 3PUBA 4HO6A 3ZC8A 4LO2A 1ISZA 2HW9A 3WA1A 2XWMA 2NVHA 2ZQOA 1PUMB 1JYKA 1JTCA 2RJ8A 3D8VA 3SXGA 1H7FA 1JV3A 3HALA 3JUTA 2PGYA 2FDBM 1HM8A 2YUGA 3HMYA 1WT1A 3O4BA 3NBEA 2ERMA 4LO1A 1ZI4A 1HWPB 41BIA 1VGUA 4EE3A 1R7XA 3BCVA 3AKIA 1ZIZA 3MPPG 2AAIB 1V82A 3OJ2A 4C2SA 1Z4SA 2W0VA 3I0KA 2ESUA 5HPZA 4X3AA 1ZCUA 1FMMS 2X60A 4Z9WB 2YC5A 1GX4A 3D98A 4G3SA 1BASA 1YF8B 3CAHA 4LO0A 4D0ZA 4D8HA 4GAIA 4D0TA 4H9WA 2CU2A 1G93A 4I4XA 2APCA 1G1LA 5C4FA 1G2VA 4KC2A 4D11A 1W55A 4ASJA 1MP4A 2ZU7A 3I0EA 4FRBA 1VH1A 2VD4A 4IYBA 5BP5C 1G9AA 3WINC 2K4AB 4GAFA 4A7YA 1ON8A 2I7BA 4B2WA 3OGGA 4HO2A 3DJ4A 3K1XA 3WO2A 2MC2A 1KNMA 1YYNA 1HJJA 1H7GA 2QN4A 4GOVA 1Z0HA 3D7WB 3VUOA 2D7RA 1LZJA 5CQMX 2FYAA 4CVHA 1OMXA 1WVCA 2V0HA 4GBPA 2RJ4A 3U2UA 1R82A 3GUEA 3FJDA 4KEJA 4HO9A 4BQHA 2OI5A 3BADA 3SNVA 5C3DA 4ZKTB 4Y6NA 4FRMA 1XG6A 3R3IA 3OBTA 2WE9A 4I2SA 1H7EA 5C3BA 1RG8A 2X2SA 4I4YA 4J2SA 5DUYA 1Q04A 3VWCA 4F83A 1R8NA 2YC3A 4KNXA 1FZWA 1G82A 2YQHA 3FJIA 3K8EA 3CA6A 2RQ9A 2FYDB 2P72A 2Y4KA 1P63A 1HWNB 2D23A 1JVDA 1XYFA 3JUKA 1BARA 2X65A 1VZUA 4EEGA 1EVTA 4KC3A 4FCUA 2BO7A 3I0HA 4DE7A 3CA0A 1K5VA 2HWAA 2D44A 4LO2C 1RZOB 4XFUA 1R7UA 1S4OA 3IOIA 3HOMA 5D61A 1EPWA 4CJ8A 5C38A 1XZ6A 5IDTA 1XZZA 1HCDA 2AM3A 3ZGGA 1WBCA 1GQCA 5JQQA 5C47A 3AZVA 4EEEB 1FWVA 4I1BA 4LO1C 3IM5A 1MP3A 4II0A 1R7TA 3OAMA 4HR6C 3CKQA 4XFTA 2AH9A 3CKNA 3V8ZA 2NP0A 3PKQA 1H7HA 1PWAA 1S0BA 3N0KA 4B4BA 5AJOA 1VCLA 1PC8B 5DDVA 1S4PA 1XHBA 4KPXA 1FXJA 4QBVA 1CE7B 2PX7A 4KT7A 4FRHA 3O4AA 4G3PA 4Y64A 5C1HA 5IFYA 2ZU9A 1OQLB 3I0JA 1ISWA 4AC3A 2WVKA 5DVHA 5EHAA 4R7PA 3AH2A 4OWJA 5L6SA 2NXVA 4OEEA 3IM7A 3ILAA 1TZFA 1AXMA 5BOWA 1YP3A 4LO0C 3V8YA 3BA5A 5FUHA 2BO6A 3BB2A 4KEKA 4XKIA 4TLPA 3CRGA 4EE5A 3CA3A 2D20A 4JP0A 4Z8SB 1H4DA 1YROB 1ISVA 3UD7A 3OGFA 1JT7A 2DPWA 2E3DA 1LVWA 3SX8A 3JRRA 2A8UA 1ON6A 2LIQA 4I3NA 1H4EA 4I6IA 1GWWA 3AKGA 4EFQA 3ZC9A 4P0LA 2AGDA 1DQGA 2OEFA 3FOQA 5C36A 2NYYA 2WAWA 3FWWA 1FN0A 3QVBA 5CMGX 1S0DA 1DFQA 3BAHA 4USPA 1Q03A 5BP5A 2BO4A 1ISXA 3ZXGA 3HL3A 3OH4A 2DREA 4QD2B 4AYJA 1TTUA 2VUAA 1IHKA 5B2HA 5HS2A 3ZGFA 1DIWA 4Y62A 1O7OA 4ZFWB 3IAGC 1S0CA 1LZ0A 3OH1A 4DDZA 5F8SA 4NALA 1V6UA 4JISA 2XMEA 3FJAA 2VXMA 3CKOA 3NJ5A 1EV2A 1T9FA 2IWTB 3NBDA 5L6VA 4JQ0A 3CRIA 3U0XA 1V84A 2AE7A 2GZBA 5D63A 1O23B 3NBCA 1ZI3A 3OH0A 5FTVA 3UDAA 4J23B 3V91A 1J0SA 3F1CA 1II4A 4I37A 5FU8A 4HJJA 1NF5B 1W57A 2AECA 1ABRB 1NUNA 2FGFA 3OJMA 4ISQA 3H6QA 5EJ1A 2DS0A 3NGWA 5CMHA 5CMFX 4HCQA 2X5ZA 4OWLA 3O3PA 3RMVA 4HO3A 1WSZA 4L4HA 4FQWA 5CQLX 1DLLA 2ZR1B 1TIEA 4IQPA 4YS8A 1ITBA 3V0NA 1YTOA 3F62B 4Q91A 2AESA 4KPZA 2YQSA 4IY8A 1WT3A 4HG6A 3MALA 2OI6A 5CQOA 2OEGA 5FZZA 1GGPB 4B3UA 2UUSA 3LLPA 1HJLA 5FYEA 2BO8A 4QKSA 1W3AA 3OH3A 5F8WA 1H7TA 5CQNX 2FFUA 3USQA 3I0FA 4FRDA 4USOA 5FZYA 4FREA 4J2KA 2Y4MA 4HOCA 5BXCA 1FMZA 1JLYA 1GWVA 4XFSA 2Z48A 2KI6B 1DZDA 2BFHA 2F2FA 3R4SA 5DZUA 1LL3A 1ZHJA 3CKVA 3N7JA 1ZI5A 2NZ9A 1HV9A 3OH2A 3R4UA 3OBRA 4JKXB 4QD2C 1HCEA 1FV3A 1FOAA 2I5EA 2WGZA 1JT3A 3CA4A 4G9MA 2W0WA 1KWSA 1QGSA 3PHZA 2RJ1A 3V0PA 4ZLBB 4HO8A 1H5SC 1FG5N 3AH4A 2Y9WC 4WBCA 2YQJA 2JCJA 3FJFA 4X39A 1ZCVA 2P6WA 4LO7C 2QYIB 3BRKX 2P73A 2D0JA 2E8BA 3N9WA 3ZLKA 3T7MA 2RSTA 4JPZA 1H5RA 1G3LA 2DRZA 2V0IA 4I1EA 2AXMA 3BA4A 1NKHB 3OKRA 1LL0A 3V0LA 4H04A 4I4OA 3UD9A 2WVLA 1BLAA 4ZDQA 4J2XA 2Q3NB 3AZWA 3B9UA 1VGZA 3U2WA 3BAVA 4QO3A 2V0LA 1FO9A 3POLA 5FZUA 1JYLA 3I0GA 3RSBA 1H5RB 4D48A 4QBCA 1O0RA 3AKFA 3UD8A 4X38A 1FV2A 2RJ6A 4ENDA 2D7IA 2MZBA 2V0JA 1G97A 4LW3A 5C4EA 3H6RA 1G9CA 1ZJ3A 2I5KA 5C49A 4G3QA 2D43A 4NANA 3A22A 1TWEA 1INJA 4IZEA 1ILR1 3BRDA 1V6WA 1NZKA 4QC4A 2RIXA 1BFGA 4QKRA 4B4MA 1FXOA 2AM5A 3H6RB 1H5SD 2XMHA 1PZYB 5E24E 1S0FA 5CQPA 3WMUA 2VXLA 1H7LA 1NMMB 2A8WA 2FY7A 3CKJA 3ZXDA 2Z86A 2KKIA 2ZQNA 4F34A 2O1GA 3FJBA 2Q4JA 1FWYA 2XWNA 4ISRA 4AAWA 1WBAA 2KI4A 3V0MA 2FFVA 1QG8A 1BFCA 4FRAA 4CJMA 1WT0A 1HWOB 1PZZA 3VT0A 1MC3A 2F8XC 3UJ0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WRY A;  2Z49 A;  2F2F C;  3AJ5 A;  1HIB A;  2D22 A;  4Q9P A;  4X37 A;  1V6X A;  2GGO A;  4DEP A;  1JT4 A;  2NS2 A;  2JCO A;  2E4M A;  1AVW B;  2X5S A;  3VT1 A;  3I2A A;  4Y7G A;  2VXT I;  1K5U A;  2D24 A;  4MZG B;  1QWJ A;  1V83 A;  2RIZ A;  1YBI A;  1H5T A;  3O3Q A;  3TZT A;  1RY7 A;  1IT0 A;  3VT2 A;  4PC4 A;  5DDT A;  2FYC B;  3CA1 A;  4IRP A;  1S0G A;  4HA2 A;  1HM0 A;  3USR A;  1G95 A;  1G9D A;  3O4C A;  2RJ0 A;  1SZ6 B;  3PG0 A;  2V0K A;  4BMA A;  3T7O A;  4IY9 A;  1FGA A;  3I0D A;  3Q7X A;  3BAG A;  2M49 A;  1IJT A;  1H5T B;  2OI7 A;  2D1Z A;  5C3A A;  1JVG A;  4I8M A;  4P0K A;  4I4V A;  1H5S A;  2QH5 A;  4IZX A;  2RJ9 A;  4I0Y A;  4G87 A;  2YCM A;  1AFC A;  2VU9 A;  1QQL A;  1FR8 A;  1R7V A;  2IHO A;  2PA4 A;  3Q7Y A;  3RTJ B;  4B5B A;  4KC4 A;  1G9R A;  3K8D A;  4KQL A;  3FGM A;  5BXT A;  1G9B A;  1K4V A;  4LO8 B;  4FVV A;  1H5S B;  1ZCY A;  1SS9 A;  1M16 A;  1TW5 A;  4L4I A;  2RJ5 A;  1HWM B;  5BQU A;  1QXM A;  2Q9X A;  2VXR A;  4ION A;  4EKX B;  1ZJ0 A;  2VS5 A;  4CJB A;  5EG6 C; 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