4D0Z | Genus

Total Genus 164

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	495
structure length	495
Chain Sequence	KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2. pubmed doi rcsb
molecule tags	Transferase/peptide
source organism	Homo sapiens
molecule keywords	POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
total genus	164
structure length	495
sequence length	495
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date	2014-04-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00535	Glycos_transf_2	Glycosyl transferase family 2
A	PF00652	Ricin_B_lectin	Ricin-type beta-trefoil lectin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.80.10.50	Mainly Beta	Trefoil	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A)	4d0zA02
3.90.550.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A	Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A	4d0zA01

5FZYA 2I1BA 2FGFA 4A7KA 5FYEA 5C1LA 3H6RA 4QKRA 1H5SD 4DCKC 2QYIB 1T4QA 1G9BA 1FO9A 2Q4JA 2K8RA 1PUUB 3Q4SA 4XWIA 5CMHA 2DREA 3U2VA 4CJ8A 4ECMA 5FV9A 3OJVA 2E3DA 3ZX7A 1H7GA 5EJZA 5C48A 1QXMA 4HO4A 2RJ1A 2RJ8A 4XKIA 5CQMX 1H7TA 2L5XA 1Q1UA 3BA5A 3UJ0A 3HBWA 5C1HA 1JLYA 2X5SA 4K6RA 7I1BA 3KMVA 3S8KA 4ZDQA 5I1FA 4KNRA 4R6UB 3CKNA 2Y7AA 5JLVA 2GGQA 5BXTA 4LO1A 2IWTB 4KEKA 3W9TA 3UD8A 3OJMA 4JKXB 2KI4A 4QD2C 3LTQA 4EEEB 1QGQA 1F31A 2VUAA 1BFFA 2V0LA 1EV2A 1H5TB 2FYDB 4ASJA 4QBVA 4FRLA 3O44A 3Q80A 1DFCA 1T9FA 2VSAA 2AESA 5FU0A 2RITA 3OH0A 2YQSA 4LO8B 2GO2A 4USOA 1FO8A 1HM8A 4HO8A 3POKA 2P23A 1V83A 3KIAA 3U2UA 3U2WA 1FRWA 4CJCA 4I3NA 4OWKA 1JLXA 1JV1A 3HN1A 3OH3A 5EJ1A 3CKOA 3QYDA 4J2SA 4LO3A 4QALA 3E26A 3U0YA 4P02A 4EEAA 2VS3A 4FRHA 3ST8A 3AKIA 4I4QA 5CMFX 5FTSA 4GP3A 1FWYA 3P53A 2HZ9A 4I4OA 2GZBA 4OWJA 1VZXA 3CKVA 5C4FA 4Y7VA 3MPPG 3V0PA 3D98A 4IRPA 1AF9A 1HWNB 3RMYA 3UDAA 2KLLA 1W3AA 1MC3A 1AXMA 3FJAA 4ISRA 4M4KA 3WMUA 1TFMB 5BXPA 5BXRA 3Q7YA 1QGSA 1FR9A 2Y4JA 1H5SC 1BFGA 4I6IA 5FNXA 3V0BB 2RJ5A 5CMGX 3SXCA 2ZU9A 5DVHA 3I29B 5IDTA 3TZTA 1H7HA 2FYAA 2MC2A 2APCA 4Y7GA 1R7YA 1JT7A 2WGZA 5DDVA 2PX7A 1W3FA 1LZ7A 1A8DA 3AH4A 1YROB 4D11A 1ZJPA 3OH2A 5C3AA 4G3PA 1FWVA 4I4SA 1RG8A 2HW9A 5D63A 1JT3A 4D0ZA 3ZF8A 3WMVA 1O23B 4D0TA 3RMXA 3CU1B 4L4IA 4EFPA 1R81A 2JCJA 2VFZA 1JYLA 1ON8A 3V0NA 4AYJA 3FJ9A 5IFYA 1R8NA 3IM5A 3BAHA 2WBCA 1V6VA 3RTJB 41BIA 5CQLX 3N0KA 2O1GA 3I2XA 4BMAA 1DZCA 1W3GA 3H6RB 2AH9A 2R9KB 1ZJ3A 1H5TA 2RJ6A 1J0SA 3V79C 3NBDA 4ZLBB 1FR8A 1G3LA 4I7IA 3BRGC 1ON6A 1PZTA 2Y4MA 1HIBA 2RJ7A 4FRPA 3WO2A 4J2YA 1FN0A 1Z90A 2A8WA 1JV3A 5D61A 4I4PA 4JPZA 1IRPA 4AN6A 4GBPA 3UD7A 2D0JA 3A21A 3PNNA 4HO6A 3AKFA 2NM1A 3O4AA 1GX4A 1VZTA 3IM6A 3PKQA 4NAKA 3O4OA 3SPTA 1WBAA 3BAVA 4P0KA 2FYCB 3DJ4A 3AH2A 5C49A 4X38A 2A8UA 1ZI3A 3NGWA 1E0OA 3CRGA 4IZEA 1FQ9A 4KEJA 1R7UA 2I5KA 3R3IA 1SZ6B 1FV2A 5FU8A 4QO3A 4GAIA 5I1BA 3GUEA 1R7TA 2PA4A 1VCLA 3FJCA 3ILAA 2RJ9A 1ZCVA 1ONKB 1BARA 5BXCA 3V8YA 4IONA 2E8BA 4CVHA 1LL2A 2VXLA 4G3QA 1CE7B 1M2TB 4G1RA 1G2VA 1G97A 1TW1A 4ZBVB 4OEEA 5F90A 2AM5A 2I7BA 2QN4A 5BQUC 3V0QA 4I2SA 2ZU7A 4FQWA 2J3PA 3U2TA 5FZZA 3FJBA 1ISZA 1Z0HA 1ISVA 2KKIA 3K1XA 3RSJA 4HO3A 4UEGA 3BADA 2WEEA 2Y4LA 5EIYA 4WBCA 5CMIA 3WO4A 4IQPA 1V82A 3FJ8A 3T7NA 5BP5C 2ESUA 2YQJA 5JMCA 4JISA 1G8OA 5C38A 1IOBA 4J2XA 4FROA 4HO9A 3VUOA 4HO2A 1VH3A 3FJEA 4F34A 5DUYA 2MZBA 2V0KA 3CGXA 3HMYA 2Q3NB 2D22A 4IY9A 1S4PA 2O1FA 1PZYB 4OWLA 3BRKX 2XOAA 4GOVA 3I0HA 3MALA 1IRAX 3FFZA 1MP5A 1NQIB 4Z9WB 1YYNA 2AECA 3VSZA 2P73A 4Y62A 3OGGA 4LW3A 1VH1A 1KWSA 3I0KA 3FWWA 3BCVA 3R4UA 1YP3A 3N9WA 4J18A 1G95A 2FFVA 2Y9XE 2X65A 3O4DA 2KI6B 3F62B 3T7OA 1ISYA 2K4AB 3HALA 2Y9WC 3IOHA 4EEGA 1HM9A 5HS2A 1YP4A 3V0AA 4EEOA 3HL3A 2Y9GA 1W57A 1GWWA 3EE5A 1DJSB 3JUKA 4KPZA 2VXMA 3I0DA 3HOMA 2D7RA 1G1LA 4I1EA 4KC1A 4JQ0A 4MNDA 4EFRA 4KQLA 1ZCTA 2HWMA 1JVDA 2DRZA 1S4NA 3CKJA 5C1GA 4D48A 4D8HA 3O5WB 2YC3A 1IT0A 5C4EA 2F2FA 1YTOA 4JP0A 2ERMA 3FUOA 1WD4A 2NVHA 4FCUA 3OH1A 2Z49A 2QKXA 1BLAA 2RIYA 3O3QA 3O49A 3E25A 4HOCA 4G6JA 1AVAC 5EHAA 1GX0A 5EG6C 31BIA 4FRMA 5CQOA 3OAMA 3SXDA 4BQHA 1HWMB 2RIZA 5L6VA 1DLLA 5F8YA 6I1BA 4LO1C 4Y7UA 3BRDA 1S0GA 1VICA 3ZXGA 2F2FC 1Q04A 2WVLA 3OC9A 3N7KA 2VD4A 2RJ4A 4L41C 3V90A 1NF5B 1M16A 2P39A 2MLLB 2OEFA 1RY7A 4I4RA 4X3AA 4Y6UA 4J23B 1S0LA 2M49A 3SXBA 5BVPI 4I8MA 1FMMS 1MC9A 1YF8B 1MP4A 2RQ9A 1BA7A 2VXRA 3CA5A 2HWAA 1PZZA 3PG0A 5B2HA 1ISXA 5FNWA 2BO7A 2GGOA 3RSBA 1BASA 5BXSA 4EB2B 3FJJA 1FV3A 1FXOA 4LO3C 1LZ0A 1I1BA 1IILA 1IHKA 3BAUA 1JY0A 4OUJA 5DSSB 5DZUA 1GGPB 1HWOB 3AJ5A 1H4EA 2P6WA 3JTJA 3SX5A 4EFQA 1Q03A 4B2WA 4CJBA 1S4OA 4G9MA 4P0LA 4AAWA 4B3UA 1R7XA 1SS9A 2D43A 3RTIB 2JCLA 1O7OA 2AQZA 5EC5A 1G9DA 2X2SA 1FGGA 1ZJOA 1PWAA 3CAHA 3IOIA 5CQNX 4EE5A 4HG6A 1ZI1A 1H7EA 1WT2A 3WA1A 3T7MA 1ZI5A 4ASYA 4LO2A 2YQCA 5J49A 1INIA 2DPWA 3V0LA 4USPA 2PGVA 1SR4A 3JUJA 5C4BA 5CMJA 1FG5N 2ET2A 3Q7XA 5C4CA 2FFUA 1W77A 9ILBA 3JUTA 1HCDA 4D11C 3BX1C 1E5KA 1G82A 2FYBA 4FRDA 4HO0A 4ZOTA 3FJDA 4LO2C 4DEPA 1VGUA 1HKNA 4CJMA 2AM4A 4M2AA 2ZQOA 1SR4C 3SX8A 1WBCA 4OEGA 3FJKA 2YUGA 4AN7B 2BEBA 5C3DA 3NJ5A 3SXEA 2D24A 2RJ0A 3AH1A 4LO7C 1MP3A 3FUQA 4XFSA 1H4CA 2XWLA 3VT0A 1QWJA 3VEQA 1DFQA 5D62A 3IM7A 4A7YA 1D0HA 1S0DA 3V0AB 5AJNA 3USQA 1WT1A 2BO4A 2FY7A 2RIXA 1TP0A 3F1YA 1ZIZA 1NKHB 4LW6A 1QQKA 3CA4A 2XWMA 1K4VA 1HWPB 1GQ9A 4NANA 2AXMA 3FOQA 1JT4A 1W55A 3DUVA 1H3MA 3CKQA 3SXGA 3UD9A 4OEFA 3BRFA 1V6WA 4GAFA 2OI5A 2QGIA 2W0WA 3D5NA 1V84A 3PUBA 3QVBA 3BB2A 2O1HA 3I0FA 5AJPA 2QH5A 1FGXA 1EZIA 2Z48A 1S0FA 2NZ9A 5C3BA 1HJJA 2Y9FA 3T8SA 4FREA 1BLDA 3USRA 4E1KA 2MIBA 4IZXA 4ZKTB 4TLPA 1Z2VA 5FUHA 4EKXB 2V0IA 2VLCA 1K5VA 3CA0A 2K43A 2UUSA 2WVKA 4P0JA 4Y9XA 4ZFWB 2XMEA 3RMWA 1JYKA 3LLPA 2RSTA 2PGYA 3Q7UA 2BO6A 3CU0A 1YP2A 1ILR1 1FOAA 3NBNA 1QG8A 1VZUA 4FRQA 4FCEA 5DDTA 3V91A 4L4HA 1ZI4A 3PMEA 2D7IA 1TZFA 3A23A 4J2KA 1OMXA 2VS4A 3H6SE 2YESA 3AJ6A 2YQHA 4G3SA 3OJ2A 1HM0A 4I4UA 2ZU8A 4Y64A 1TWMA 4I4VA 1NHEB 2OEGA 2YCMA 4G87A 2AGDA 4Q9GA 1FWUA 1FXJA 2ZQNA 2Y4KA 4FGFA 4LO0A 3E8LC 3OKRA 2ZR1B 3P6IA 1XHBA 3PKPA 4Y6NA 3OH4A 1JTCA 1G9AA 2BO8A 3VWCA 1VPAA 4YOLA 3UJ4A 1ZHJA 4JRAA 4H04A 1H5RA 4KC2A 1S0BA 4B2XA 3I2AA 3IIRA 4KBBA 5HPZA 4EE4A 3NBEA 1BFBA 2VXTI 4LO0C 4B42A 3CRHA 3O3PA 3CA6A 2X60A 3Q7WA 3FJIA 2JCOA 4JKQA 3I0JA 2X2TA 4LO7B 4P6AA 4M2BA 1HV9A 4I96A 1IJTA 2VSIA 3AZWA 3O4CA 1ZCYA 2WE9A 2VU9A 3BAGA 3LW6A 1MD6A 5G00A 4DENA 3DK5A 1LL3A 1NMMB 3N7LA 2FO1A 3POLA 4ZA3B 1LVWA 3SXAA 2YC5A 1R7VA 1IINA 2NXVA 2VS5A 4EVWA 4HO5A 3A22A 1Z4SA 4KC3A 1VGZA 1EPWA 4II0A 2NTDA 1TOOA 2CU2A 3AKGA 1ZDGA 2XWNA 3F1CA 2ICXA 4FVVA 2V0HA 4MYBA 1VGWA 4YS8A 2D44A 1NZKA 1O0RA 1ZCUA 4H9WA 4ENDA 4HJJA 3BA7A 5AJOA 5FZUA 1G93A 2UX8A 1R80A 4QKSA 3QR5A 4B4GA 4XFTA 1FMZA 4C2SA 4HA2A 4Q91A 4AYLA 3WO3A 4NAIA 2DRYA 4KT7A 1HJLA 2W0VA 3I0IX 1S0CA 3HSMA 2IHOA 4P00A 1EYRA 1WD3A 3BA4A 4OW4A 1H7LA 1DQGA 1G23A 5C36A 4HR6C 2JCKA 5JQQA 1DZDA 3S8JA 1NWGB 3K8DA 1XYFA 3WINA 3VT2A 5C8RA 3TQDA 3JRRA 2AM3A 3P6JA 4DE7A 1JVGA 2D1ZA 1AVXB 5L6SA 3AZVA 5C47A 1RZOB 3V0OA 3F1RA 2P72A 4Y63A 2E4MA 1H7FA 3BTAA 2I5EA 2Z86A 4KRVA 1TVYA 1WVCA 1EVTA 1ZDFA 4Y7FA 2Z87A 1H5SA 1INJA 1VM8A 3SX3A 3WINC 2LIEA 1XZ6A 1V6UA 2V0JA 4EE3A 2D23A 2OI7A 1ZJ1A 1TIEA 3ZXDA 3OBRA 3BAQA 1I1EA 1ABRB 1G9RA 4Y7TA 3I0GA 2Q9XA 1BFCA 2BFHA 1YXWA 2E4MC 2WAWA 3IOJA 3OBTA 4NALA 2XMHA 1XG6A 3PHZA 4IHZA 4PC4A 2DS0A 2KH2A 3AKHA 3OGFA 4XFUA 1ZJ2A 3VT1A 3ZC9A 1TTUA 1RMLA 2OI6A 2VSHA 4A7ZA 1H5RB 3I0LA 2AFGA 2FDBM 2NYYA 4HCQA 4KEIA 4GP0A 3V8ZA 1N4KA 1QQLA 2NP0A 1WSZA 3FJFA 3C9ZA 1GQCA 1VGTA 5C4DA 4QBCA 2BEAA 1AVUA 5E24E 3B9UA 1AVWB 3O4BA 3SX7A 1LZIA 4GOYA 1PC8B 3K8EA 5CQPA 3SNVA 5GAQA 4R7PA 4DECA 1ITBA 1GWVA 3R2WA 1FGAA 1ISWA 1YBIA 3R4SA 4X37A 3ZGGA 4DDZA 3BAOA 3H6QA 1PUMB 21BIA 4I37A 4I1BA 3ZLKA 1XZZA 1P63A 4I0YA 3CA1A 2Y6PA 4ISQA 4KXOA 1DIWA 1O7QA 1KNMA 1CVSA 3CRIA 2AAIB 4B5BA 4B4MA 2VSEA 4AC3A 3VSFA 1HCEA 4JD0A 1H7QA 4QD2B 1LL0A 1R82A 3D7WB 3FJHA 2WRYA 1OMZA 1TW5A 4X39A 1DQOA 2F8XC 1WT3A 3I0CA 4JAWA 4F83A 4IRQA 4I4XA 3TC2A 4IY8A 3ZLLA 3OGZA 1GA8A 3RMVA 3NBCA 5BQUA 1OQLB 1G9CA 5BOWA 1NUNA 3I0EA 3A07A 1L2HA 3ZC8A 1ZJ0A 3D8VA 3V0MA 3EF2A 5FTVA 1JT5A 4ZFYB 5F8WA 2ICYA 4ZGRB 1V6XA 4KC4A 4KPXA 1JQZA 3FGMA 4ZFUB 1H4DA 4FRBA 4G9NA 1UPSA 5F8SA 2WVMA 1LZJA 5BP5A 3CA3A 4IYBA 4B4BA 3U0XA 1OQMB 8I1BA 1S0EA 3V0BA 2LIQA 1WT0A 4FRAA 4I4YA 2X5ZA 3ZGFA 2AE7A 3CQAA 5IDSA 1AFCA 1R8OA 1FZWA 1II4A 4ARWA 4QC4A 1IIMA 1K5UA 1EYLA 4M28A 1H5SB 1G0RA 2D20A 3IAGC 2RG9B 4KNXA 4EEMA 4Z8SB 1I52A 3U2XA 3N7JA 1TWEA 4G6MA 4Q9PA 3N7MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

5FZYA 2I1BA 2FGFA 4A7KA 5FYEA 5C1LA 3H6RA 4QKRA 1H5SD 4DCKC 2QYIB 1T4QA 1G9BA 1FO9A 2Q4JA 2K8RA 1PUUB 3Q4SA 4XWIA 5CMHA 2DREA 3U2VA 4CJ8A 4ECMA 5FV9A 3OJVA 2E3DA 3ZX7A 1H7GA 5EJZA 5C48A 1QXMA 2J0BA 4HO4A 2RJ1A 2RJ8A 4XKIA 5CQMX 1H7TA 2L5XA 1Q1UA 3BA5A 3UJ0A 3HBWA 5C1HA 1JLYA 2X5SA 4K6RA 7I1BA 3KMVA 3S8KA 4ZDQA 5I1FA 4KNRA 4R6UB 3CKNA 2Y7AA 5JLVA 2GGQA 5BXTA 4LO1A 2IWTB 4KEKA 3W9TA 3UD8A 3OJMA 4JKXB 2KI4A 4QD2C 3LTQA 4EEEB 1QGQA 1F31A 2VUAA 1BFFA 2V0LA 1EV2A 1H5TB 2FYDB 4ASJA 4QBVA 4FRLA 3O44A 3Q80A 1DFCA 1T9FA 2VSAA 2AESA 5FU0A 2RITA 3OH0A 2YQSA 4LO8B 2GO2A 4USOA 1FO8A 1HM8A 4HO8A 3POKA 2P23A 1V83A 3KIAA 3U2UA 3U2WA 1FRWA 4CJCA 4I3NA 4OWKA 1JLXA 1JV1A 3HN1A 3OH3A 5EJ1A 3CKOA 3QYDA 4J2SA 4LO3A 4QALA 3E26A 3U0YA 4P02A 4EEAA 2VS3A 4FRHA 3ST8A 3AKIA 4I4QA 5CMFX 5FTSA 4GP3A 1FWYA 3P53A 2HZ9A 4I4OA 2GZBA 4OWJA 1VZXA 3CKVA 5C4FA 4Y7VA 3MPPG 3V0PA 3D98A 4IRPA 1AF9A 1HWNB 3RMYA 3UDAA 2KLLA 1W3AA 1MC3A 1AXMA 3FJAA 4ISRA 4M4KA 3WMUA 1TFMB 5BXPA 5BXRA 3Q7YA 1QGSA 1FR9A 2Y4JA 1H5SC 1BFGA 4I6IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1OQL B;  1G9C A;  5BOW A;  1NUN A;  3I0E A;  3A07 A;  1L2H A;  3ZC8 A;  1ZJ0 A;  3D8V A;  3V0M A;  3EF2 A;  5FTV A;  1JT5 A;  4ZFY B;  5F8W A;  2ICY A;  4ZGR B;  1V6X A;  4KC4 A;  4KPX A;  1JQZ A;  3FGM A;  4ZFU B;  1H4D A;  4FRB A;  4G9N A;  1UPS A;  5F8S A;  2WVM A;  1LZJ A;  5BP5 A;  3CA3 A;  4IYB A;  4B4B A;  3U0X A;  1OQM B;  8I1B A;  1S0E A;  3V0B A;  2LIQ A;  1WT0 A;  4FRA A;  4I4Y A;  2X5Z A;  3ZGF A;  2AE7 A;  3CQA A;  5IDS A;  1AFC A;  1R8O A;  1FZW A;  1II4 A;  4ARW A;  4QC4 A;  1IIM A;  1K5U A;  1EYL A;  4M28 A;  1H5S B;  1G0R A;  2D20 A;  3IAG C;  2RG9 B;  4KNX A;  4EEM A;  4Z8S B;  1I52 A;  3U2X A;  3N7J A;  1TWE A;  4G6M A;  4Q9P A;  3N7M A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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4D0ZA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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