The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
158
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sequence length |
658
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structure length |
658
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Chain Sequence |
WIIDGRNLTFKVTTLPDISKFKNAAFVYERIVGQPLTYVSEGFFDGNLTKITDTPFYNAWTQDKTFVYDNVIYAPFMAGERHGVQNLHVAWVKSGDDGQTWSMPEWLTPIHPDYTADKVNYHCMSMGVCGNRLYAVIETRYLSNMRLKKAELWSRPMPYYRRPTGGITISSGSTTATIVLKKHGLKVGDAVNFSNSGATGVSGNMTVASVINKDTFTVTLARAATSNIDNTGTTWHFGTRFWDSPWEITELPDVAYSTNADLCVTETHSFTVIDDDNYTFAVGYHNGDISPRRLGILYFNNAYSDPSSFTRRTISQEYADNAAEPCIKYYDGILYLTTRGTSTSAAGSTLAMSADLGENWNYLRFPNNVHHTNLPFAKVGDYLYIFGTERSFGEWEGQELDNRYKGTYPRTFMCKINVSSWPVSLSNVQWFNITDQIYQGHIVNSACGVGSVCVKDGWLYYIFGGEDFLSPWSIGDNSKKLWYKHDGHPADLYSYRLKITEHDFVSRDFKYGATPNRTLPVSMGTDGVRHVSAPVTFDNDVQMYSLTVTGLEHDGTQQSAVRVKLDGDYGVIAKNIPIKNPSEQRLILCGGETPYTTDGSLLQLYGSNHTYPNRAILYAPGGAYTQNNFMPYLDGQVSLGGASNRWSEVYASTGTINT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase,viral protein
|
| source organism |
Enterobacteria phage phi92
|
| publication title |
Crystal Structure of Endosialidase from Phage phi92 that cleaves alpha2,8- and alpha2,9-linked polysialic acid
rcsb |
| molecule keywords |
Endosialidase
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| total genus |
158
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| structure length |
658
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| sequence length |
658
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.129: Endo-alpha-sialidase. |
| pdb deposition date | 2012-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12217 | End_beta_propel | Catalytic beta propeller domain of bacteriophage endosialidase |
| A | PF12218 | End_N_terminal | N terminal extension of bacteriophage endosialidase |
| A | PF12219 | End_tail_spike | Catalytic domain of bacteriophage endosialidase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Endosialidase, N-terminal extension domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Endosialidase, domain 4 | Endosialidase, domain 4 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1F8D A; 4GZP A; 4NC5 A; 2QWI A; 1W20 A; 1OHH A; 4K3Y A; 3A3B A; 4YZ1 A; 1MWE A; 2HTU A; 4X49 A; 3VR6 A; 3B7E A; 1V0E A; 4K1K A; 1INX A; 1IVE A; 2WPD A; 1WCS A; 4XMA A; 2JJ1 A; 4I00 A; 3SAL A; 5HUM A; 1DIM A; 2V7Q A; 3W09 A; 4FOV A; 4BBW A; 2F26 A; 3K36 A; 2HT5 A; 4YW4 A; 4GEZ A; 5CDF A; 2YDP A; 1NMC A; 2JKB A; 4YZ5 A; 3TI8 A; 1EFR A; 2SLI A; 4FP3 A; 2BZD A; 1SLL A; 4MZA A; 1MS5 A; 4MWJ A; 4FPY A; 2YA7 A; 2X9M A; 1H8E A; 1E8U A; 1F8B A; 4G6I A; 4YW5 A; 4XE9 A; 3TI4 A; 1USX A; 5B2C A; 3K37 A; 4X47 A; 3FKS A; 2XOK A; 4FXU A; 1A14 N; 4MWR A; 3PJQ A; 2HT7 A; 4CPO A; 1L7H A; 4QN3 A; 2QWK A; 1V3C A; 1N1S A; 1EUS A; 3BEQ A; 1S0I A; 4GQN A; 4KS1 A; 4GZQ A; 1XOG A; 4M3M A; 1W0J A; 3OAA A; 2YA4 A; 6NN9 A; 4TT3 A; 4TSF A; 3GVK A; 3ZIA A; 3T1E A; 1H8H A; 1DIL A; 4FPE A; 4E0F A; 2HT8 A; 4SLI A; 4M4U A; 5FL7 A; 4FPL A; 3A71 A; 3H71 A; 4J9T A; 3OEE A; 2QWA A; 5HX0 A; 3K3A A; 1MZ6 A; 4XHX A; 1BJI A; 4XJ8 A; 4FPG A; 2ZB6 A; 4GZO A; 2CML A; 3TIB A; 1NCD N; 2XZJ A; 4FOQ A; 2BF6 A; 5NN9 A; 1S0J A; 4FPO B; 1HZE A; 1E79 A; 4XJA A; 4YW2 A; 2XND A; 4YW3 A; 2VK6 A; 4HZV A; 4CPY A; 4WEG A; 4K1H A; 2CK3 A; 1I8D A; 1W21 A; 4MC7 A; 2VK5 A; 3TIC A; 1INH A; 1Z4W A; 5HUN A; 5B2D A; 4MWY A; 3H6J A; 4XOG A; 1MS8 A; 2VW2 A; 2HU4 A; 2QWB A; 1N1V A; 4DGR A; 2QWH A; 1IVC A; 3GQB A; 3A35 A; 2QWJ A; 4FQ4 A; 1INV A; 3ALW A; 4MWV A; 4GZS A; 1NSB A; 1INY A; 4QNP A; 1MZ5 A; 4B7N A; 1EUR A; 4CPM A; 1COW A; 4WA4 A; 4GZX A; 5JYY A; 1NCB N; 1MS0 A; 4B7J A; 4XJW A; 2W6J A; 3GVJ A; 4FPH A; 2F13 A; 4KS3 A; 2F10 A; 4YW1 A; 4YZ4 A; 1Z4Z A; 1NN2 A; 4XJ9 A; 3D11 A; 4HZX A; 3TI3 A; 3K39 A; 2F0Z A; 3JU4 A; 2VVZ A; 1F8E A; 3NN9 A; 1V0F A; 4X4A A; 4XJQ A; 1NSC A; 2HLD A; 2VW1 A; 4FOW A; 1MS1 A; 2C4A A; 1W8O A; 1W0P A; 1Z50 A; 4MWQ A; 4FPC A; 2W6I A; 3OFN A; 2BAT A; 3A72 A; 3H72 A; 4KS2 A; 3GW6 A; 4GDI A; 2W5N A; 4MJU A; 2YA8 A; 2QWD A; 1E1Q A; 4X6K A; 5M1Z A; 4Q6K A; 2YA6 A; 1L7F A; 1V3B A; 1W8N A; 3CL0 A; 4FPK A; 1VCU A; 3TI5 A; 1ING A; 4H52 A; 1L7G A; 1W1X A; 1Z4X A; 4KS4 A; 2VK7 A; 3CL2 A; 1NCA N; 4FP2 A; 1IVD A; 1IVB A; 4XIK A; 2W20 A; 2SIL A; 1IVG A; 1Z4Y A; 1VCJ A; 1SO7 A; 3O9K A; 4H53 A; 4FVK A; 4QN4 A; 5DN6 A; 3OE7 A; 1W0K A; 4MX0 A; 3H73 A; 4CPL A; 1INF A; 4WA3 A; 2JIZ A; 4HZY A; 3CKZ A; 4B7M A; 3K38 A; 4WEF A; 2QWF A; 4XJR A; 4MWU A; 1XOE A; 1A4Q A; 2VSK A; 1EUT A; 4MWX A; 4M4N A; 4MJV A; 1MS9 A; 2F12 A; 4XHB A; 3A3G A; 2JDI A; 1NNA A; 2F27 A; 4GJT A; 3INB A; 1NCC N; 1V2I A; 3B69 A; 2BER A; 1V3D A; 1SNT A; 2C4L A; 4NCS A; 4XJZ A; 1MR5 A; 3DDY A; 2FHR A; 1PKV A; 1MS4 A; 2F25 A; 2A75 A; 4MZE A; 4QN5 A; 4KS5 A; 2XCY A; 1FX0 A; 3O9J A; 2YA5 A; 1SLI A; 2HTW A; 4XYX A; 4FOY A; 2B8H A; 5IK2 A; 2AEQ A; 1EUU A; 3GVL A; 3NSS A; 1MS3 A; 4UF7 A; 2QWC A; 1E1R A; 3SIL A; 2HTV A; 2F28 A; 2HTQ A; 1NBM A; 2VWD A; 4D8S A; 1V3E A; 4GDJ A; 1N1T A; 1E8T A; 1I18 A; 4K1J A; 4FPF A; 1SKY B; 3ALX A; 1NNB A; 5HUK A; 1W0O A; 1B9V A; 2WSS A; 4JF7 A; 1B9T A; 3D12 A; 2W5O A; 4WA5 A; 2AGS A; 2QWG A; 2W38 A; 2F29 A; 4HIZ A; 2VSM A; 4QN6 A; 2RKC A; 2HTR A; 4HZZ A; 3CYE A; 4XMI A; 2R9V A; 3OPZ A; 4YZ2 A; 2SIM A; 4GZT A; 2F11 A; 1A4G A; 4FZH A; 1NNC A; 4B7R A; 4YXW A; 2QE7 A; 3OEH A; 4CPZ A; 5F9T A; 7NN9 A; 2XZK A; 3SAN A; 2HU0 A; 1MAB A; 4NN9 A; 3TI6 A; 1V0Z A; 2YDT A; 1USR A; 1NMA N; 4M4V A; 5HUG A; 2F43 A; 4QN7 A; 4XJU A; 3SLI A; 3TIA A; 1KZL A; 2VW0 A; 4FPJ A; 1NMB N; 1INW A; 4XIL A; 2AH2 A; 4GB1 A; 4CPN A; 2XZI A; 4HZW A; 5HKK A; 1WCQ A; 1Z4V A; 1F8C A; 4MWW A; 1KMH A; 1NSD A; 2QWE A; 2ZB5 A; 4Z1M A; 2JJ2 A; 4GZW A; 1B9S A; 4YZ3 A; 2HTY A; 4XD7 A; 4B7Q A; 1N1Y A; 1KIT A; 2AEP A; 1BMF A; 2F24 A; 4K1I A; 1IVF A; 4FJ6 A; 4ASU A; 4XIO A; 1E8V A; 4MWL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N08 A; 1QUE A; 4AVZ A; 1OHH A; 1T6Y A; 4QHY A; 4N3N A; 1N0V C; 5EUW A; 1V0E A; 1IVE A; 1WCS A; 2JJ1 A; 4M2L A; 3SAL A; 4Y9U A; 2CND A; 4Q7J B; 1RWL A; 1DIM A; 4XON A; 2V7Q A; 3W2F A; 2F26 A; 3CCS B; 2ZL7 A; 2HT5 A; 4BPR A; 5FWW A; 3SOQ A; 1Q86 D; 1VF7 A; 4YZ5 A; 3TI8 A; 4C1Y A; 4TKO B; 2SLI A; 4FP3 A; 4Y7C A; 1SLL A; 1FC6 A; 2X9M A; 1EWY A; 1H8E A; 2I1L A; 3G4H A; 1CVM A; 4WQM A; 1NPE A; 2VBS A; 3F43 A; 2XOK A; 2FPB A; 3CCU B; 1KD1 D; 1A14 N; 3PJQ A; 4ZCL A; 4QN3 A; 1N1S A; 4P1V A; 4UOU A; 3HLH A; 1CQ1 A; 1EFT A; 3B82 A; 2F1M A; 5EMN A; 5HZB A; 3ZIA A; 2OJH A; 1H8H A; 2ZL6 A; 1DIL A; 2ZBV A; 4FPE A; 3KL9 A; 4E0F A; 4G7X A; 2HT8 A; 4IQK A; 5FIU A; 4J9T A; 4OP7 A; 5AN9 A; 1WSR A; 4F7D A; 3CPW B; 3E1Y E; 4DGH A; 4ZGN B; 2WZP P; 4RDL A; 1V04 A; 4GZO A; 1THN B; 2B7B A; 5NN9 A; 2V7W A; 4XJA A; 1WOP A; 4Y9R A; 4RD3 A; 4YW3 A; 4HZV A; 2C4T A; 3Q6P A; 3IF5 A; 4K1H A; 3CCJ B; 3BYC A; 3TIC A; 5IYN A; 3Q6K A; 5HUN A; 4OOX A; 5B2D A; 4OPV A; 2ZBU A; 1D8T A; 4UZE A; 2VW2 A; 1N1V A; 3GQB A; 1JA1 A; 2C78 A; 3A35 A; 1INV A; 4WZE A; 4XLH A; 3ALW A; 4H9G A; 4GZS A; 2AHO A; 5TR9 A; 4QNP A; 3IH9 A; 5H5J A; 1DG1 G; 4GZX A; 3JQP A; 3QSY A; 2QA4 B; 4FPH A; 4KS3 A; 2F10 A; 4B3F X; 2ZXI A; 3WBK A; 1NN2 A; 3CC4 B; 2ZXH A; 5DS0 A; 2F0Z A; 3BCF A; 2NV4 A; 1IUB A; 1IJE A; 2QTL A; 3CB4 A; 3NN9 A; 2QE8 A; 3WWA A; 4HE5 A; 5FNT A; 4RPB A; 4XJQ A; 3IAX A; 4FOW A; 1YI2 B; 4FK8 A; 2C4A A; 3A8I A; 4RDJ A; 3AST A; 2YWG A; 3OFN A; 1RWI A; 4HHO A; 3AVU A; 1WU8 A; 3H72 A; 3CCR B; 1VLO A; 4GDI A; 3V8V A; 4MJU A; 3G05 A; 3V65 B; 3GHF A; 5M1Z A; 4X07 A; 3LI4 A; 1UMK A; 1V3B A; 1Y0Y A; 4TMW A; 1L7G A; 2PMD A; 1W1X A; 2XZP A; 1EP3 B; 5TY0 A; 4PAA A; 1KK3 A; 4DGF A; 5EZB A; 1VQ5 B; 4XIK A; 4MYU A; 1N06 A; 1Z4Y A; 3BY2 A; 2BF4 A; 4H53 A; 1A8P A; 3NY7 A; 2X3U A; 3UC1 A; 4OPO A; 2IAW A; 2DET A; 2XGJ A; 1W0K A; 1INF A; 5THX A; 3D3U A; 2JIZ A; 4B3X A; 4L8J A; 2D3N A; 2IAR A; 3OJX A; 4HZY A; 4PWZ A; 3R6J A; 1JA0 A; 1XOE A; 2VSK A; 4G1B A; 2X8K A; 4YAU A; 3IH8 A; 1B2R A; 3ZPN A; 3LNN A; 1MS9 A; 3JQQ A; 1VQ4 B; 4IFN X; 2FVG A; 2GHS A; 2RRL A; 3MGL A; 4HE6 A; 5FA6 A; 2BSA A; 2HCJ B; 1FC7 A; 1PKV A; 4CH9 A; 2F25 A; 5KSW B; 2EFG A; 3T6O A; 4MZE A; 1UD8 A; 2YWF A; 4QN5 A; 4QFM A; 2YA5 A; 4RDK A; 3SOV A; 3JQR A; 2HTW A; 2QMU A; 4GNB A; 2WR8 A; 1H6L A; 2CW5 A; 1MS3 A; 2W8B B; 3SJP A; 3G4E A; 1E1R A; 3PEN A; 3SIL A; 2HTV A; 4AGT A; 3MOG A; 4RLZ A; 1W87 A; 4D8S A; 1V3E A; 3CCQ B; 1N1T A; 3BY1 A; 1SKY B; 3SOB B; 5EUZ A; 1X2J A; 2YWH A; 4K1X A; 4QVA A; 1NB9 A; 2WSS A; 4XMB A; 4Z4Y A; 4P6Y A; 3SRE A; 4XNF A; 2W5O A; 4WA5 A; 2AGS A; 2QWG A; 2VSM A; 3AVT A; 4HZZ A; 2R9V A; 5D9C A; 2V7U A; 2X85 A; 4FWT A; 1U6D X; 4QVJ A; 3VNG A; 5EUS A; 3BC9 A; 3KYA A; 4IFL X; 2F11 A; 1A4G A; 3SEJ A; 4D4U A; 3OIZ A; 1NNC A; 3H9N A; 4B7R A; 1WP6 A; 1YHQ B; 4IN4 A; 2NPF A; 4CPZ A; 4AC9 A; 2HU0 A; 1MAB A; 2OBT A; 2DER A; 3TI6 A; 3WN7 A; 4M4V A; 1E62 A; 3ASR A; 1P4M A; 3SLI A; 2IAX A; 1NMB N; 5BSY A; 1S1D A; 1Y0R A; 3WYA A; 2AH2 A; 2XZI A; 2ISM A; 4ZV4 A; 3ASQ A; 1GO2 A; 1WCQ A; 5FNS A; 1F8C A; 1PJ6 A; 2V7V A; 1FND A; 2PIA A; 3MMP A; 4Z1M A; 1B9S A; 4P25 A; 3AVX A; 2X6X A; 2J7K A; 1KIT A; 1SM4 A; 4Q1U A; 2EIX A; 3I55 B; 4RD4 A; 1S0U A; 1J9Z A; 2C77 A; 4PC7 A; 2X0K A; 2OTL B; 3AGD A; 1W20 A; 2XEX A; 3EH7 A; 3A3B A; 1H42 A; 3LI3 A; 5H59 A; 1EP1 B; 1MWE A; 2HTU A; 4X49 A; 4KKT A; 4K1K A; 1EFU A; 1INX A; 4M53 A; 3VNV A; 5A88 A; 3ZGC A; 1DDI A; 1MRZ A; 1CNF A; 4FOV A; 3W09 A; 3K36 A; 4WWV A; 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