The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
278
|
structure length |
278
|
Chain Sequence |
TASLVKELRERTGAGMMDCKKALTEANGDIELAIENMRKSGAIKAAKKAGNVAADGVIKTKIDGNYGIILEVNCQTDFVAKDAGFQAFADKVLDAAVAGKITDVEVLKAQFEEERVALVAKIGENINIRRVAALEGDVLGSYQHGARIGVLVAAKGADEELVKHIAMHVAASKPEFIKPEDVSAEVVEKEYQVQLDIAMQSGKPKEIAEKMVEGRMKKFTGEVSLTGQPFVMEPSKTVGQLLKEHNAEVTGFIRFEVGEGIEKVETDFAAEVAAMSKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular insights into replication initiation by Q beta replicase using ribosomal protein S1
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Elongation factor Ts
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| molecule tags |
Translation/transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
78
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| structure length |
278
|
| sequence length |
278
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| chains with identical sequence |
E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-04-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00889 | EF_TS | Elongation factor TS |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 | GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Tetrahydropterin Synthase; Chain A | Elongation factor Ts, dimerisation domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Tetrahydropterin Synthase; Chain A | Elongation factor Ts, dimerisation domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DAG A; 1VEJ A; 2QHO B; 1HT2 E; 2K0B X; 2DAK A; 1XB2 B; 1HJP A; 1DV0 A; 2KNZ A; 1NV8 A; 2QNJ A; 1TR8 A; 2KNV A; 2BWE A; 2JP7 A; 1WGL A; 1ZV1 A; 2BWB A; 4G3O A; 1AIP C; 1F4I A; 4WP2 A; 1EFU B; 3GLG E; 2MRO B; 2CP8 A; 2B3T A; 2HWJ A; 3FRH A; 2EKF A; 1E94 E; 4GEW A; 2LTU A; 2PN0 A; 2OOB A; 4F1I A; 1G4A E; 5JI2 E; 2DAI A; 2DKL A; 2JY7 A; 2MGW A; 2O25 A; 2LVP C; 1CUK A; 3B89 A; 1HQY E; 1IM2 A; 2LVA A; 4HEO A; 1DO2 A; 1VEK A; 2L4E A; 1VEG A; 2KNA A; 1TTE A; 2CWB A; 3E21 A; 3T6P A; 1P3Q Q; 2DI0 A; 2LVQ D; 1VDL A; 3IEC A; 3BMB A; 1OAI A; 2WZJ A; 2OOA A; 3IHP A; 1V92 A; 2LVO C; 3F92 A; 3E46 A; 3FRI A; 3GLF E; 1GO5 A; 1VQ1 A; 3LCV B; 4UN2 B; 2JZ0 A; 1IXS A; 2R0I A; 1YLA A; 4DBG B; 2OO9 A; 2DAE A; 1OKS A; 1JR3 E; 1G3I A; 2JY5 A; 2HAK A; 2JZ1 A; 1WR1 B; 2JNH A; 1G41 A; 1WGN A; 3K9P A; 1WHC A; 2L2D A; 1NV9 A; 1Q02 A; 3FE3 A; 2EKK A; 4F2L A; 1ZMV A; 1T6O A; 2LVN C; 1HT1 E; 1OQY A; 2DZL A; 3H4J A; 2L4F A; 1XXH E; 2JUJ A; 1PGY A; 2EJS A; 2KHH A; 1WIV A; 2H5X A; 1BVS A; 1SG9 A; 2JY6 B; 2MJ5 B; 2DHY A; 1KYI A; 2MR9 A; 3BBZ A; 3GLH E; 2DNA A; 1IFY A; 1DO0 A; 2DAM A; 1Y8G A; 2JY8 A; 1WJ7 A; 4Q7J A; 4R71 A; 3GLI E; 2LBC A; 2ZTD A; 1ZMW A; 1MN3 A; 2G3Q A; 2RRU A; 1ZMU A; 1T43 A; 1VG5 A; 3K9O A; 2K9D A; 1UFZ A; 2ZTC A; 3MMP A; 5DFL A; 1TFE A; 1R4G A; 2DEN A; 3LCU A; 1QZE A; 1OTR A; 2QSF X; 1A5T A; 1C7Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GTP A; 1HR0 M; 3TL4 X; 1DGG A; 3HWS A; 2RPB A; 2QHO B; 1KFV A; 2DAK A; 2VII A; 4M0W A; 2DZN B; 3ZQJ A; 2HHH M; 1R7R A; 4JXJ A; 2XLJ A; 2QPA A; 4I4L A; 3HU1 A; 4QOS A; 4NSR A; 1IXZ A; 4AG6 A; 4BLC A; 4Z6Y A; 2DWM A; 3CGW A; 2QBY B; 2KR1 A; 2JWS A; 4DR2 M; 2KNV A; 2QEN A; 4LJ6 A; 1GVN A; 1ZAE A; 1WGL A; 1Q3B A; 3HX3 A; 4M0D A; 3C3E A; 1EFU B; 2N35 A; 4DV0 M; 2MRO B; 5IT9 S; 4DRB J; 2OBA A; 3U60 A; 4WW0 A; 2HWJ A; 2CV0 A; 1TH2 A; 1Z5B A; 3MHV C; 1IN8 A; 1E94 E; 3PFI A; 3PNV A; 4GEW A; 4QPM A; 1NNU C; 2D7E A; 4MB7 A; 3SAW A; 2LTU A; 4W5W A; 2OOB A; 3KOW E; 1JB0 F; 4RNA A; 3LQR A; 2C9C A; 1D2N A; 5EXX A; 3W67 A; 4FCT A; 3GPU A; 2DKL A; 2D7G A; 4OVZ A; 2XZU A; 2XFS A; 1PJS A; 2LVP C; 3SYK A; 1V33 A; 5F3W A; 2XH9 A; 1L2D A; 4NTK A; 3FKE A; 4MH0 E; 1HQY E; 1IM2 A; 3B74 A; 4B3R M; 3DZD A; 3I04 M; 4CGY B; 4D82 A; 1D0K A; 4GIT A; 3JAM S; 4DV4 M; 2R4E A; 3BOS A; 3HKP A; 3SAU A; 2Y21 A; 3HJ8 A; 2I7N A; 4QNM A; 4NE3 B; 2F5Q A; 4LF4 M; 2QQ8 A; 1TTE A; 3E9S A; 3CTW B; 4Z8X A; 3WHK A; 3ZCB B; 3L29 A; 1SXJ E; 5H37 D; 1GJT A; 3IG5 A; 5BR8 M; 2KZS A; 1S3S A; 3K2L A; 3C3D A; 5ITX A; 3T6P A; 4DUY M; 4DV1 M; 3T1H M; 1P3Q Q; 1TH4 A; 2DI0 A; 2WSE K; 1OAI A; 4LY6 A; 3AV0 A; 1LV7 A; 4D80 A; 5ITT A; 1DGF A; 4PT5 A; 3ZC7 B; 1I94 M; 2DHR A; 3GQ5 A; 3KS8 A; 1J7K A; 3KP0 E; 4LG2 A; 4B3M M; 4NE5 B; 1YLA A; 3SMP A; 3U60 B; 3U5Z B; 4JI5 M; 3CF6 E; 1HQC A; 2OO9 A; 4LF6 M; 2LHC A; 4AKG A; 3SHF A; 2D7H A; 3J7B A; 4FWD A; 2VQF M; 1K82 A; 4B3S M; 4PDG A; 3VEJ A; 4QHS A; 2HAK A; 3FUT A; 2O5R A; 4JI6 M; 1WGN A; 2DVW B; 4LCB A; 1Q3C A; 1DGB A; 2YR0 A; 1WHC A; 2L2D A; 4OVZ B; 5DMZ A; 1EIJ A; 1Y13 A; 4F2L A; 2EKK A; 1GJS A; 3GLF A; 4X62 M; 2F5S A; 4NTN A; 3AKZ A; 4JV5 M; 2K47 A; 2LVN C; 2W82 A; 2G64 A; 1N78 A; 1Z59 A; 2X8A A; 3GPY A; 1FNN A; 1TDZ A; 3PVS A; 2VF7 A; 2APL A; 3H4J A; 3B9P A; 2WSC K; 3CF2 A; 1XXH E; 1PGY A; 4NE6 B; 1JR3 A; 1PJT A; 1YE9 A; 2DHY A; 1KYI A; 3GLH E; 1IFY A; 4AQY M; 3KVW A; 4L16 A; 4LZJ A; 3LX3 A; 1QDR A; 3SFZ A; 2JXN A; 2WSF K; 2NQ8 C; 4Q7J A; 4A3V B; 3I4Y A; 1MX0 A; 2UUC M; 2CUZ A; 1R6B X; 1WM9 A; 2LBC A; 5FTN A; 3VKH A; 1QUT A; 4XBO A; 4DR6 M; 1MN3 A; 2G3Q A; 1QAN A; 4OX9 M; 2UXD M; 1IS8 A; 2HKJ A; 3A98 B; 4DU6 A; 1VG5 A; 1QAQ A; 2K6B A; 1UFZ A; 4IBB A; 3W0L B; 4IBK A; 1LTM A; 1WPL A; 5ITU A; 4MGY E; 1T3T A; 2F4V M; 1SXJ C; 3GRY A; 5KPR A; 2J5Y A; 1VEJ A; 4KOD A; 3GLF B; 3U6L A; 1IN4 A; 3JR4 A; 2KRU A; 1IN6 A; 3GLI A; 1NNJ A; 2BJV A; 1IS7 A; 1JQJ C; 4FVM A; 2KNZ A; 1YSY A; 2KW0 A; 4KHP M; 2E5L M; 1QUS A; 3HJQ A; 2AHM A; 2F5N A; 3LQQ A; 2KA6 B; 2BWE A; 3FUV A; 2JP7 A; 4DV3 M; 1F4I A; 1EL6 A; 3GLG E; 3AOE C; 4ITQ A; 4NOO B; 1XHB A; 2B3T A; 3HY5 A; 2VDB B; 3AJI B; 2CV2 A; 1Q39 A; 2CFO A; 4IBF A; 1NVM A; 3IG8 A; 2UXB M; 3VFD A; 5IRE B; 4LJ7 A; 4CHT B; 2PN0 A; 4MGH A; 3AL0 C; 1A9C A; 4F1I A; 1UM8 A; 5EXP A; 2DAI A; 2JY7 A; 3TWK A; 1HNW M; 2DWZ B; 5LMN M; 4GH9 A; 1XMO M; 1X37 A; 1PRB A; 1TF0 B; 3FTD A; 3K8Z A; 3GQ4 A; 3LW5 K; 2LVA A; 4HEO A; 4AKI A; 5IWA M; 4AKH A; 4G4N A; 3SHG B; 1DO2 A; 2R44 A; 4E45 B; 1VEK A; 1L8Q A; 2YNM D; 1OJL A; 3NWL A; 5KPZ A; 1PM5 A; 2Q2E B; 3C9P A; 2YFQ A; 3GLI B; 1IXR C; 1V34 A; 2KNA A; 3HU2 A; 2I7P A; 3R8F A; 1L2B A; 4ANR A; 2Y0Q A; 3NBX X; 2CWB A; 2MH8 A; 2RGO A; 2J7N A; 2LVQ D; 2XGN A; 1OFI A; 1VDL A; 3FYC A; 3L27 A; 8CAT A; 4IJF A; 5FSW A; 5KQD A; 3U6E A; 2OOA A; 3U5Z A; 2UXC M; 4X64 M; 1V92 A; 1R2Z A; 2LVO C; 7CAT A; 4CIZ A; 1GO5 A; 1VQ1 A; 5ITY A; 1N3R A; 1E9S A; 4KLN A; 3HHZ A; 2CE7 A; 4K0K M; 3HJS A; 2Z4R A; 3GPP A; 4AW4 A; 1B6Z A; 2DAE A; 1OKS A; 3QYE A; 3U6S A; 1N32 M; 4NC6 A; 2LO0 A; 3LVW A; 4LFC M; 5DYI A; 3UGJ A; 2JZ1 A; 1SXJ A; 2R45 A; 1D0M A; 2ERC A; 1OFH A; 3PXG A; 4LRT A; 5LMU M; 3J7A S; 2O01 F; 2P5T A; 5EJC A; 4I81 A; 2KZU A; 3L2A A; 4M9S A; 4OU7 A; 1Q02 A; 5L8R F; 3FE3 A; 3GPX A; 1C1K A; 1FB1 A; 4XK8 F; 3TQS A; 3B0B C; 3U6C A; 1T6O A; 5GKN A; 5KPT A; 5IZ7 D; 2R65 A; 5FTK A; 3UZU A; 3ZH9 B; 4BB9 A; 4DR5 M; 3U6D A; 1OQY A; 2M5Z A; 5FTJ A; 3VLF B; 1GLN A; 4FCW A; 4IJE A; 3M6A A; 2EJS A; 2EUC A; 2FOI C; 4L8R C; 4DR7 M; 2HL7 A; 4DV2 M; 1JR3 D; 2JY6 B; 4FVF A; 2KRK A; 3AOE A; 2EO2 A; 2MR9 A; 1N34 M; 5EQT A; 3DFZ A; 4DR4 M; 2DNA A; 4I8O A; 4RKU F; 4AG5 A; 3B7N A; 3W68 A; 3L25 A; 1IY1 A; 1NJF A; 1Z5A A; 4IBG A; 2DAM A; 3I01 M; 4R3D A; 1AUA A; 4R71 A; 1WJ7 A; 3FTE A; 2QZ4 A; 4MGK E; 3GRV A; 2O01 G; 4FD2 A; 3J2P B; 3KOX E; 2J7O A; 3LZE A; 4LJ5 A; 4DV5 M; 4FCV A; 1XXH A; 3K9O A; 2KEB A; 2Y0T A; 2OPF A; 2K9D A; 2ZTC A; 1GAB A; 1XNR M; 1NHG C; 1SXJ B; 5DFL A; 4IBJ A; 1FBX A; 2CHV A; 1K3X A; 1QVR A; 3LCU A; 4OW0 A; 1R5L A; 3QN9 A; 2H1R A; 2C5R A; 4GIP A; 3M0E A; 4B7G A; 1C7Y A; 3SAV A; 3TWL A; 2R62 A; 2QP9 X; 2F5P A; 4IBI A; 1N77 A; 1YUB A; 3AOG A; 1XB2 B; 1DV0 A; 2LHG A; 2UUA M; 1OAO C; 1NV8 A; 4L6V 6; 1ZQ9 A; 4WUR A; 2ZAM A; 4IBC A; 3H4M A; 2LH0 A; 3DA1 A; 4G3O A; 4GC9 A; 1TH3 A; 4WP2 A; 1OIP A; 1NJG A; 2DXI A; 5EP2 A; 5FTM A; 4QNR A; 3FRH A; 4YY3 M; 1HNZ M; 3D7J A; 1N36 M; 3K1J A; 3L26 A; 3K92 A; 3D8B A; 2UUB M; 4FVG A; 1IQP A; 1NY6 A; 2C98 A; 2L7I A; 2ZAN A; 1FJG M; 4JA3 A; 3BK6 A; 4JI0 M; 3HGI A; 1XXH B; 4D81 A; 1G71 A; 2L6O A; 5A2Q S; 3FD9 A; 4LF8 M; 4E44 B; 2O25 A; 1CUK A; 4ZPX A; 3GLH B; 1J09 A; 2XEP A; 3B7Q A; 3GLG A; 2V1C A; 3GRR A; 5EP3 A; 5BPV A; 4LFB M; 3KXE C; 4DUZ M; 1VEG A; 1L1T A; 4G4Q A; 4LJ8 A; 3TE6 A; 4JI4 M; 2WSE F; 1NHW C; 2FH0 A; 3VK7 A; 1RU3 A; 2XZF A; 2WZJ A; 1WXQ A; 3FTC A; 3DOA A; 3IHP A; 3HHX A; 3SMS A; 4DV6 M; 3F92 A; 5FTL A; 3E46 A; 3FRI A; 3VKG A; 3VDU A; 1N75 A; 2BNK A; 1G59 A; 4RF1 A; 3FUX A; 1XMQ M; 4P16 A; 3QYB A; 3JR5 A; 3HZJ A; 1G3I A; 1QQW A; 3T38 A; 2DZO B; 1WR1 B; 4FVJ A; 3TPZ A; 1IXS B; 3NBI A; 1SXJ D; 3U6M A; 1DGH A; 2GQF A; 5KQ8 A; 3RE8 A; 5C1B A; 4NRW A; 2WSE G; 1I4W A; 4PDI A; 4NRV A; 1ZMV A; 2DWN A; 3KP1 E; 1D0L A; 2WSC F; 3KSX A; 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