The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
91
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sequence length |
253
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structure length |
253
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Chain Sequence |
SKEFIEFLKTFHKTGQEIYKQTKLFLEGMHYKRDLSIEEQSECAQDFYHNVAERMQTRGKVPPERVEKIMDQIEKYIMTRLYKYVFCPETTDDEKKDLAIQKRIRALRWVTPQMLCVPVNEDIPEVSDMVVKAITDIIEMDSKRVPRDKLACITKCSKHIFNAIKITKNEPASADDFLPTLIYIVLKGNPPRLQSNIQYITRFCNPSRLMTGEDGYYFTNLCCAVAFIEKLDAQSLNLSQEDFDRYMSGQTSP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for Rab GTPase activation by VPS9 domain exchange factors.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Rab5 GDP/GTP exchange factor
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| total genus |
91
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| structure length |
253
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| sequence length |
253
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01754 | zf-A20 | A20-like zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4G01 A; 2EFC A; 2OT3 A; 1TXU A; 2EFD A; 4N3Z A; 2EFE A; 2EFH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HKR A; 3CRU A; 2DBU A; 1Y6E A; 1YQ1 A; 2VD0 A; 3UAR A; 3M3M A; 2C3N A; 4G19 A; 1EEM A; 3ZFB A; 3GH6 A; 4G01 A; 2IMK A; 3SWL A; 4GSN A; 1JZR A; 2A2S A; 4N3Z A; 4L9K A; 3Q19 A; 2BXL A; 2WVZ A; 3UIV A; 2XMO A; 2BXH A; 4IW1 A; 2O36 A; 2KBZ A; 1XW5 A; 2XVV A; 2JL4 A; 2IMI A; 1HK4 A; 5LCZ A; 1HK3 A; 3P90 A; 3QAG A; 5EY6 A; 4E99 A; 1I1I P; 1PGT A; 4BVX B; 4F03 A; 3LSZ A; 1BM0 A; 1NT2 B; 3FR9 A; 4NAW B; 2A2R A; 3CBU A; 4BL7 A; 1GTI A; 4QMK A; 2GSQ A; 5D9W A; 5AIV A; 2H1L A; 4JED A; 1GSD A; 4QQ7 A; 1O9X A; 2WW0 A; 3CRT A; 2AHE A; 1EV4 A; 4USS A; 1GNJ A; 2DBW A; 1YY7 A; 2DG5 A; 5G5F A; 13GS A; 1K0A A; 2CAQ A; 4J2V A; 1V2A A; 4J2F A; 2VCQ A; 4AKI A; 4BKE A; 2O3E A; 3V09 A; 3WHQ A; 1E6B A; 2UV8 G; 5FHI A; 1E78 A; 1BF5 A; 4KF9 A; 2DYO A; 2X64 A; 4L8U A; 3TOT A; 3RFR C; 1IJG A; 4YQU A; 1AQW A; 3CSI A; 3CWG A; 1J7E A; 4HOJ A; 1BX9 A; 2C8U A; 4G9H A; 1EV9 A; 4ECB A; 2YV9 A; 2BXM A; 1GTA A; 1E7E A; 2CZ2 A; 3P8W A; 4I97 A; 4AKG A; 4DHX B; 1AW9 A; 1B8X A; 4PO0 A; 1PKW A; 3GTU A; 5J41 A; 3N9J A; 5J5N A; 4L8E A; 5DQF A; 1VF4 A; 2C4J A; 5EL8 A; 3V03 A; 2LQI A; 1F3B A; 4FIP B; 3M1G A; 1F3A A; 3AY8 A; 4IS0 A; 3UBK A; 4MZW A; 4EDY A; 1UA5 A; 4WA6 B; 4L9Q A; 3VPQ A; 2QMC A; 4EC0 A; 2BXC A; 5JCW A; 1VF2 A; 2DBX A; 3M99 C; 2PGT A; 1TF0 A; 2Z8J A; 4LUH A; 6GSX A; 3UBL A; 4N0V A; 5JCU A; 2N5F A; 3CSJ A; 2OAD A; 3FYG A; 1PD2 1; 3LQ7 A; 5A4U A; 4PI0 C; 1JLW A; 2GSR A; 4E8H A; 3HMJ G; 5BMU A; 4GST A; 4HJ2 A; 1U87 A; 2AJE A; 1H9Z A; 1MIY A; 4KDY A; 5ELA A; 5J4Y A; 3CHX C; 2DYM A; 1VZS A; 3B9L A; 4EE0 A; 3JRY A; 4IGJ A; 4O7H A; 1GLP A; 1OE7 A; 1K3O A; 4KE3 A; 2R6K A; 5A4W A; 5LD0 A; 6GST A; 3GA9 L; 2NTO A; 4PXO A; 2WVX A; 4JBB A; 4PTS A; 5IIH A; 1GUK A; 4ECC A; 5F0G A; 2BXQ A; 4OR0 A; 10GS A; 3GST A; 4BVX A; 2BXA A; 4IW2 A; 5IQY A; 16GS A; 4HI7 A; 2R3X A; 3G7J A; 4MF5 A; 5B5T A; 1HQO A; 1B4P A; 2HSN B; 2R5G A; 5ECR B; 4FXY P; 4IKH A; 2VKZ G; 4IQA A; 4EXJ A; 3R3E A; 4HGM B; 1XWG A; 2FNO A; 1GTB A; 1SVL A; 2BXB A; 5ECP B; 2VO4 A; 4JZQ A; 3RBT A; 2C80 A; 3TOU A; 2XSI A; 5ECO B; 3NMU A; 5GZZ B; 1MM8 A; 3LG6 A; 6GSW A; 1OYJ A; 5DCG A; 5HFK A; 3D0Z A; 1GSF A; 1Y1U A; 4E68 A; 3ERG A; 11GS A; 4K0N A; 5ECL B; 9GSS A; 4IVF A; 2YDF A; 4HZ4 A; 2BXO A; 4PHZ C; 4YQM A; 2KWF A; 1N5U A; 2EFE A; 1EOG A; 2OAC A; 4K0G A; 4AI6 A; 2BX8 A; 1K0O A; 4S1Y A; 4LA0 A; 1USB A; 5IJF A; 2DSA A; 2ROH A; 2I30 A; 4I9O A; 4YAV A; 1A0F A; 2WW3 A; 1XW6 A; 5ID7 A; 1LJR A; 4F5U A; 5DQS A; 4K71 A; 4ID0 A; 5IIX A; 2CA8 A; 2R4V A; 1GSQ A; 3M8N A; 2HSM B; 3PGT A; 1G6W A; 4W66 A; 5F06 A; 3MHS B; 3ZML A; 1E7I A; 4IJI A; 4GLT A; 1DUG A; 1YDK A; 4EDZ A; 2WZS A; 1GSE A; 4G0L A; 3DD3 A; 1IYH A; 6GSU A; 2EFH A; 3CX9 A; 1J78 A; 4G03 A; 1BAY A; 5GSS A; 4MP4 A; 2BXD A; 2CVD A; 4BVY B; 4L5O A; 4ZB6 A; 2VDB A; 1MIV A; 1RK4 A; 3H3A A; 2PBJ A; 4FJC B; 2WB9 A; 1TW9 A; 4GTU A; 4KDX A; 4ACS A; 5A1N B; 1NHY A; 5J47 A; 2GLR A; 4G0I A; 5GIN A; 4OFT A; 4MF7 A; 1GLQ A; 3VQI A; 6GSS A; 3LYK A; 4MK3 A; 4OFM A; 1HK5 A; 4RI7 A; 3IC8 A; 3WHS A; 5A34 B; 1MTC A; 1M0U A; 1KXP D; 2HSN A; 2LQH A; 3FNM A; 1GNW A; 2WS2 A; 2I2Z A; 3FY7 A; 4CHS A; 8GSS A; 4LMW A; 2WW2 A; 2OZB B; 4F5V A; 5ID9 A; 1AXD A; 3O3T A; 4KX4 A; 4ZUX V; 4PUA A; 5J4U A; 1BKE A; 3NVM A; 5F07 A; 3H37 A; 4ZBB A; 5EVO A; 4MPF A; 4NAX A; 4F5S A; 1B48 A; 4ZXG A; 1BG5 A; 1EOH A; 1GSU A; 1K0M A; 5J4V A; 1YJ6 A; 4MF6 A; 4GF0 A; 1JLV A; 5GIP A; 5DJL A; 1SB0 A; 3ZMK A; 3IK7 A; 1GUL A; 1ZL9 A; 3A73 A; 3R2Q A; 4DEJ A; 2E0X A; 4OTT A; 3G9K D; 2ON7 A; 3ISO A; 2F8F A; 4PQH A; 5ECQ B; 3KMN A; 2XVU A; 3C8E A; 1N25 A; 3N5O A; 3GQX A; 1M99 A; 4BL7 B; 5A4V A; 4YQV A; 5A5K A; 4D7X A; 1PA3 A; 3LU7 A; 1YEW C; 2GDR A; 3A75 A; 4ECJ A; 4ZBD A; 3WHR A; 5J40 A; 2XVQ A; 3KJL A; 3SIV B; 3M0F A; 4KSM A; 4Z69 A; 4HZ2 A; 3UVH A; 4G0K A; 2LXT A; 2EFD A; 3IE3 A; 3KMO A; 1MUS A; 1VF3 A; 4TQ1 A; 3KM6 A; 1K3Y A; 4LB9 A; 2BXK A; 22GS A; 2HSM A; 5HOZ A; 2CAI A; 1AO6 A; 4N0F D; 4Q5N A; 19GS A; 5DAK B; 4WR5 A; 14GS A; 2GTU A; 2HRK B; 1GSY A; 4MDC A; 1AQV A; 4ZC6 A; 4FQU A; 2UZ8 A; 1SVO A; 5A5H B; 1E7B A; 3BPJ A; 3G7I A; 4C31 B; 3HJO A; 2V36 A; 2J9H A; 4BVY A; 5AGY A; 2BXI A; 1ZGN A; 3VI5 A; 4F5T A; 3V08 A; 2BXE A; 4GSS A; 4LB2 A; 5ECN B; 1K0C A; 5A1N A; 1TU8 A; 3NIV A; 2PER A; 1HK2 A; 7GSS A; 5D9T A; 2BXG A; 2CZ3 A; 4L5L A; 4O92 A; 2F3M A; 3FWC C; 5ECS A; 3I69 A; 2Z8I A; 3VUR A; 4KAE A; 5A34 A; 3WD6 A; 3EE2 A; 2WW1 A; 1HNA A; 3KJY A; 5ECK B; 1U88 A; 5IIU A; 2FHE A; 3CSH A; 4HGK A; 2XVW A; 4ZBK A; 3F6D A; 3LFL A; 2WJU A; 2NQO A; 4EMX A; 2Z8K A; 5FWG A; 2NNW A; 3LU8 A; 4AKH A; 1PL2 A; 3QAW A; 2HQT A; 5DJM A; 5AN1 A; 3PR8 A; 3MAK A; 2VCX A; 4KH7 A; 1MD3 A; 5ELG A; 3W8S A; 5B7C A; 2YCD A; 5GHK A; 1F2E A; 4IQ1 A; 3PLA A; 2VCT A; 5ECM B; 4OT2 A; 1PMT A; 4KDU A; 4ECI A; 2VD1 A; 2EFC A; 1LNS A; 1HA2 A; 1TU7 A; 3GQU A; 3HJM A; 1GNI A; 1VF1 A; 3FR6 A; 2VCW A; 2WVX B; 4M70 B; 5D7G A; 3ICX A; 1C72 A; 1PL1 A; 4G10 A; 4ZBR A; 3PPU A; 4Q5F A; 1K0D A; 18GS A; 4OFN A; 4YH2 A; 2JUH A; 3U6V A; 4AKX B; 1FHE A; 1K0N A; 3LXZ A; 2LXS A; 3Q74 A; 5ECH B; 4GCI A; 2CKX A; 2AB6 A; 3QR6 A; 3TDL A; 1YVL A; 5DAL B; 3GX0 A; 5AIS A; 2GUT A; 4IW9 A; 4RI6 A; 1BG1 A; 2K0N A; 2WRT A; 4NHZ A; 3SQJ A; 4IBP A; 5F05 A; 1JNB A; 4AGS A; 5IJ5 A; 2O5V A; 4W4U B; 2C3Q A; 2V6K A; 1E7G A; 3LYP A; 4ZB8 A; 1MD4 A; 3ZFL A; 1H5W A; 2E0Y A; 1GNE A; 2QM6 A; 3F6F A; 17GS A; 20GS A; 4JK4 A; 2BXN A; 3LU6 A; 3W1S A; 1E7F A; 2BXP A; 4Q5Q A; 3MHH B; 2XW0 A; 4YAP A; 4BY9 C; 1AQX A; 5D9X A; 2DC5 A; 3VK9 A; 3B9M A; 3LXT A; 4PQI A; 5DDL A; 3NVK A; 3DGQ A; 4PUR A; 3ECP A; 1GUM A; 4PNG A; 3JQZ A; 1U3I A; 5DAK A; 3GUS A; 1PKZ A; 2OA7 A; 2AGH B; 2HRK A; 5IFO A; 1HNC A; 1GUH A; 3Q18 A; 5A5H A; 4F0C A; 1K0B A; 3RGB C; 2WDU A; 4TOP A; 4ZB9 A; 1R5A A; 1LBK A; 1HK1 A; 1YKC A; 3GSS A; 1M9A A; 4MBE C; 5G5E A; 1OKT A; 3FWB C; 2PMT A; 4NHW A; 3FR3 A; 3IBH A; 4GDK B; 4LUF A; 1M9B A; 1SVM A; 2HRA A; 1BYE A; 5GST A; 2GSS A; 3BBY A; 3KXO A; 4ZCG A; 3NVI A; 4OTU A; 1OE8 A; 3F63 A; 2C3T A; 1E7C A; 3H1N A; 5FUO A; 3O76 A; 4ZBA A; 3I6A A; 4KGI A; 5D9V A; 4ZBQ A; 5GIO A; 3SIU B; 1E7A A; 5AIX A; 12GS A; 1KW2 A; 2XW1 A; 2D2Z A; 4GG2 A; 3VI7 A; 1V40 A; 4F0B A; 3UAP A; 3LJR A; 1Q4J A; 2ON5 A; 2AAW A; 5KEJ A; 2YV7 A; 4PX1 A; 4N0U D; 1G6Y A; 4ZB7 A; 1MUH A; 1HNB A; 1E7H A; 1PX6 A; 4WR4 A; 3VWX A; 3KIK A; 1ML6 A; 6GSY A; 3FRC A; 1KDX A; 4IEL A; 3QAV A; 4Z9O A; 2VCZ A; 5F8B A; 1XWK A; 3ERF A; 2PVQ A; 1MIW A; 4E8E A; 1GTU A; 1FOU A; 1S4B P; 2LJR A; 1KBN A; 2OT3 A; 3KTL A; 3GUR A; 4G04 A; 1N2A A; 3MDK A; 6GSV A; 2QHB A; 1UOR A; 4FK5 B; 2GST A; 2WVY A; 3GTU B; 3TGZ A; 3WYW A; 3L0H A; 5ECI B; 4K2C A; 3EIN A; 3VLN A; 1TXU A; 4PI2 C; 5BPK A; 4Q5R A; 2LOQ A; 2VUF A; 4GDX A; 2VCV A; 3IK9 A; 4PNF A; 1VFI A; 1LOT A; 5DAL A; 2BXF A; 4TQ0 A; 5IJE A; 5FT3 A; 1BJ5 A; 4GDF A; 4GDL B; 4MPG A; 3TU3 B; 4DM0 A; 1MA9 A; 5DBY A; 1GWC A; 3IR4 A; 1TDI A; 4LMV A; 1FW1 A; 1Z9H A; 2HNL A; 1G7O A; 1IYI A; 3VPT A; 1GSS A; 1PX7 A; 4ISD A; 5D73 A; 2VUE A; 4PGT A; 5BMU B; 2IL3 A; 1K3L A; 4OMV A; 1PN9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3HKR A; 3CRU A; 2DBU A; 1Y6E A; 1YQ1 A; 2VD0 A; 3UAR A; 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4MZW A; 4EDY A; 1UA5 A; 4WA6 B; 4L9Q A; 3VPQ A; 2QMC A; 4EC0 A; 2BXC A; 5JCW A; 1VF2 A; 2DBX A; 3M99 C; 2PGT A; 1TF0 A; 2Z8J A; 4LUH A; 6GSX A; 3UBL A; 4N0V A; 5JCU A; 2N5F A; 3CSJ A; 2OAD A; 3FYG A; 1PD2 1; 3LQ7 A; 5A4U A; 1JLW A; 2GSR A; 4E8H A; 3HMJ G; 5BMU A; 4GST A; 4HJ2 A; 1U87 A; 2AJE A; 1H9Z A; 1MIY A; 4KDY A; 5ELA A; 5J4Y A; 2DYM A; 1VZS A; 3B9L A; 4EE0 A; 3JRY A; 4IGJ A; 4O7H A; 1GLP A; 1OE7 A; 1K3O A; 4KE3 A; 2R6K A; 5A4W A; 5LD0 A; 6GST A; 3GA9 L; 2NTO A; 4PXO A; 4JBB A; 4PTS A; 5IIH A; 1GUK A; 4ECC A; 5F0G A; 2BXQ A; 4OR0 A; 10GS A; 3GST A; 4BVX A; 2BXA A; 4IW2 A; 5IQY A; 16GS A; 4HI7 A; 2R3X A; 3G7J A; 4MF5 A; 5B5T A; 1HQO A; 1B4P A; 2HSN B; 2R5G A; 5ECR B; 4IKH A; 2VKZ G; 4IQA A; 4EXJ A; 3R3E A; 4HGM B; 1XWG A; 2FNO A; 1GTB A; 1SVL A; 2BXB A; 5ECP B; 2VO4 A; 4JZQ A; 3RBT A; 2C80 A; 3TOU A; 2XSI A; 5ECO B; 3NMU A; 5GZZ B; 3LG6 A; 6GSW A; 1OYJ A; 5DCG A; 5HFK A; 3D0Z A; 1GSF A; 1Y1U A; 4E68 A; 3ERG A; 11GS A; 4K0N A; 5ECL B; 9GSS A; 4IVF A; 2YDF A; 4HZ4 A; 2BXO A; 4YQM A; 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