The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
98
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sequence length |
246
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structure length |
246
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Chain Sequence |
MRKPSAGDFVKSIKSFIVSFSNNAPDPEKDCAMVQEFFSKMEAAFRAHPLWSGCSEEELDSAGDGLEKYVMTKLFTRVFASNTEEVIADEKLFQKMSLVQQFISPENLDIQPTFQNESSWLLAQKELQKINMYKAPRDKLVCILNCCKVINNLLLNASIASNENAPGADEFLPVLIYVTIKANPPQLHSNLLYIQRYRRESKLVGEAAYFFTNILSAESFISNIDAKSISLDEAEFEKNMESARAR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
GDP-bound and nucleotide-free intermediates of the guanine nucleotide exchange in the Rab5/Vps9 system
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| molecule keywords |
Similarity to vacuolar protein sorting-associated protein VP
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| total genus |
98
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| structure length |
246
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| sequence length |
246
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| chains with identical sequence |
C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02204 | VPS9 | Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain |
| A | PF18151 | DUF5601 | Domain of unknown function (DUF5601) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4G01 A; 2EFH A; 2EFC A; 2EFD A; 2OT3 A; 1TXU A; 4N3Z A; 2EFE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z69 A; 4N0V A; 4OFN A; 1TF0 A; 4J2F A; 1E7A A; 2F3M A; 4HGK A; 3FR9 A; 1YVL A; 16GS A; 1RK4 A; 1PX6 A; 1K0N A; 4AKX B; 2AHE A; 2Z8I A; 4ZB7 A; 2PBJ A; 3L0H A; 5ECO B; 4BVX B; 4EE0 A; 2K0N A; 5D73 A; 4D7X A; 4E99 A; 1MIW A; 2F8F A; 5DBY A; 4L8U A; 3CBU A; 4YQU A; 4LA0 A; 4DM0 A; 3ECP A; 4MK3 A; 3M1G A; 4LUH A; 3ERG A; 3RBT A; 2BXQ A; 1GTI A; 1G6W A; 2GSQ A; 2DBU A; 2WVY A; 2VCZ A; 5FWG A; 2LJR A; 4BVX A; 2WW3 A; 4PI2 C; 2JL4 A; 4AKG A; 3IK7 A; 1VF1 A; 3WYW A; 2GTU A; 2HSN B; 1PD2 1; 3HKR A; 5IFO A; 3FYG A; 1GTU A; 1OKT A; 3FR3 A; 4TQ1 A; 2WVZ A; 4Q5F A; 3ZMK A; 2IMK A; 1HQO A; 4M70 B; 4GSN A; 2BXM A; 1LJR A; 4IEL A; 1GUH A; 2PVQ A; 3CWG A; 3LYK A; 3A75 A; 4GCI A; 2LQI A; 3BPJ A; 3A73 A; 4L8E A; 2I30 A; 2ON7 A; 4PO0 A; 5ECK B; 3KM6 A; 1H5W A; 1YJ6 A; 20GS A; 4LMV A; 3G7J A; 3V08 A; 3ZFB A; 4ZBD A; 1DUG A; 1K0B A; 1G7O A; 3IBH A; 1PGT A; 1Y1U A; 2WW1 A; 3VPQ A; 3CSH A; 4FIP B; 5D7G A; 3LU6 A; 5A4U A; 3ZFL A; 4EDY A; 4IGJ A; 2O36 A; 1GNW A; 2YV9 A; 1GUM A; 1GWC A; 4FQU A; 4IS0 A; 1LNS A; 7GSS A; 3G9K D; 3GQX A; 2R5G A; 4S1Y A; 1XWK A; 1FOU A; 4KH7 A; 3TGZ A; 1BG5 A; 4LB9 A; 1M9B A; 5J47 A; 4BVY B; 8GSS A; 2D2Z A; 1NT2 B; 2DG5 A; 4GDF A; 3F63 A; 3LXZ A; 4BKE A; 1YEW C; 4PQI A; 2OAC A; 5ECP B; 4PGT A; 2AB6 A; 3IE3 A; 1Z9H A; 1EV4 A; 1I1I P; 3GX0 A; 4W66 A; 4ZB6 A; 4ECI A; 2VCW A; 4WR4 A; 2VCT A; 4TQ0 A; 1M99 A; 2C8U A; 4ZC6 A; 5GHK A; 1O9X A; 1SB0 A; 3FNM A; 1OYJ A; 4BVY A; 1USB A; 1GSF A; 4KAE A; 1HK4 A; 1LBK A; 1K0C A; 1GSD A; 2CZ2 A; 2WW2 A; 1K0D A; 3B9L A; 3LG6 A; 1VF3 A; 1HNB A; 2WZS A; 3N5O A; 1XWG A; 5ECI B; 1EV9 A; 3W8S A; 6GSX A; 1H9Z A; 5EVO A; 3CSJ A; 4GDK B; 4OFT A; 3PGT A; 5IIH A; 3NVK A; 4WA6 B; 2PER A; 4ECC A; 2LOQ A; 3NMU A; 3UAP A; 5IJF A; 1GUK A; 1ML6 A; 5DJL A; 3CHX C; 5FUO A; 2O5V A; 1E6B A; 5AIX A; 3TDL A; 4KDY A; 4YAV A; 12GS A; 3NVI A; 4JBB A; 1ZL9 A; 3DD3 A; 3ERF A; 4N3Z A; 2A2S A; 4Q5R A; 1R5A A; 2O3E A; 1V2A A; 2ON5 A; 1YY7 A; 3GUR A; 4IBP A; 4KGI A; 4I97 A; 6GSY A; 2VUE A; 5GZZ B; 1OE7 A; 2BXE A; 5IJE A; 5B7C A; 3M99 C; 22GS A; 1KXP D; 4Q5N A; 2XVW A; 1M0U A; 1S4B P; 4ZB9 A; 3QAV A; 1A0F A; 3G7I A; 4HZ4 A; 3RFR C; 2XSI A; 4GG2 A; 4I9O A; 3WHR A; 2XVU A; 2HNL A; 2GLR A; 1K3Y A; 2R4V A; 3GTU B; 5GIO A; 5GSS A; 3UBK A; 11GS A; 1PKZ A; 1N5U A; 4GDL B; 1IJG A; 2OAD A; 3D0Z A; 3LFL A; 3GUS A; 1PL2 A; 1Q4J A; 4YH2 A; 4ZXG A; 4WR5 A; 1PKW A; 1C72 A; 3MHS B; 4IW1 A; 19GS A; 4G0L A; 4NHZ A; 5HFK A; 3SIU B; 3GTU A; 1GLP A; 3PPU A; 2I2Z A; 2A2R A; 1MUS A; 3F6F A; 1J78 A; 4MF7 A; 4ECB A; 4F5V A; 1JLW A; 3MHH B; 5LD0 A; 1GTB A; 2X64 A; 3V03 A; 2BXA A; 2DSA A; 4KDU A; 4RI6 A; 2E0X A; 1AQW A; 3RGB C; 3PLA A; 1GNJ A; 2WS2 A; 4ECJ A; 4HGM B; 2DC5 A; 2C3N A; 4F0C A; 1ZGN A; 5GST A; 3U6V A; 3UVH A; 1B8X A; 3O76 A; 2PGT A; 1PA3 A; 1U3I A; 4MZW A; 4ZB8 A; 3FWC C; 4OMV A; 4DEJ A; 1Y6E A; 2BXF A; 2VCX A; 2VD1 A; 1K3L A; 2HSN A; 2VDB A; 2R6K A; 3EIN A; 3NIV A; 3H37 A; 5ELG A; 1VZS A; 1AXD A; 1HNA A; 4OT2 A; 2WW0 A; 3N9J A; 1SVO A; 2GSR A; 4OR0 A; 4G01 A; 2KBZ A; 4K0N A; 4IQA A; 3H1N A; 2DYO A; 2WDU A; 1JLV A; 3Q18 A; 2HSM B; 6GSW A; 1F3B A; 4YQV A; 1BM0 A; 1MD3 A; 2N5F A; 3HJM A; 5ECH B; 3KTL A; 5ECM B; 1VF2 A; 2JUH A; 5G5E A; 4NAW B; 4J2V A; 4F5U A; 5A1N B; 4LMW A; 5B5T A; 3VQI A; 1K0O A; 1G6Y A; 5KEJ A; 4TOP A; 1TU8 A; 3C8E A; 1LOT A; 4L9K A; 4GDX A; 5J40 A; 2HSM A; 5A5H B; 4GSS A; 1E7E A; 5ECR B; 5A5K A; 4FK5 B; 2FNO A; 3Q19 A; 2OT3 A; 1KDX A; 5F06 A; 1HK3 A; 2BXG A; 2WRT A; 5A1N A; 2AGH B; 2AJE A; 4HOJ A; 2HRK B; 4ZBB A; 3GA9 L; 4IW9 A; 4GF0 A; 4IVF A; 1FHE A; 1YKC A; 2C3T A; 4G0K A; 3VUR A; 4MP4 A; 2BXD A; 3GH6 A; 5AGY A; 3ZML A; 5A5H A; 1VFI A; 5DAK B; 1JZR A; 1VF4 A; 3M3M A; 3VLN A; 4AKH A; 2BXB A; 2YDF A; 5IQY A; 5BPK A; 4ACS A; 3LQ7 A; 2C80 A; 2CVD A; 4F5T A; 3WHQ A; 2WJU A; 3P90 A; 5FT3 A; 2HRK A; 4LUF A; 4CHS A; 3CX9 A; 4G9H A; 3IK9 A; 3BBY A; 2VD0 A; 3HJO A; 4MF5 A; 4RI7 A; 2DYM A; 1YQ1 A; 5HOZ A; 1GSQ A; 1NHY A; 14GS A; 3SWL A; 4AKI A; 2EFD A; 5G5F A; 5AIS A; 5DAK A; 4BL7 B; 1BJ5 A; 1TDI A; 2EFE A; 2E0Y A; 4KE3 A; 3FY7 A; 4N0F D; 5DJM A; 1UOR A; 3AY8 A; 2C3Q A; 4PUR A; 3O3T A; 4MBE C; 2AAW A; 4GTU A; 4YAP A; 3UBL A; 2BXC A; 2VCV A; 2QM6 A; 2BXI A; 2YV7 A; 1BX9 A; 4PI0 C; 6GSU A; 5F8B A; 2C4J A; 4C31 B; 4IKH A; 4ZBK A; 5DDL A; 5F05 A; 1KW2 A; 1GUL A; 6GST A; 1HNC A; 4ZBR A; 4GLT A; 1XW5 A; 1B48 A; 4G10 A; 4ID0 A; 4ZBA A; 3WD6 A; 4F0B A; 5AIV A; 3TOU A; 5J5N A; 4K0G A; 4O7H A; 2CAQ A; 3VK9 A; 3VWX A; 4QMK A; 1K3O A; 3CRT A; 2GDR A; 2CZ3 A; 1E7I A; 2R3X A; 3FR6 A; 4KX4 A; 1MIV A; 1E7H A; 3Q74 A; 4EMX A; 1IYH A; 9GSS A; 4W4U B; 1PMT A; 3IR4 A; 1J7E A; 4KSM A; 5D9T A; 5IIU A; 1MIY A; 3CSI A; 3MDK A; 2KWF A; 3SQJ A; 2H1L A; 2IMI A; 2XMO A; 4Z9O A; 1E7F A; 1GSE A; 2DBW A; 1EOH A; 1GLQ A; 4L5L A; 5ID9 A; 4USS A; 5DAL B; 2BXP A; 3M8N A; 3SIV B; 4PHZ C; 1MA9 A; 3F6D A; 4G19 A; 1BF5 A; 1K0A A; 2VO4 A; 3KMO A; 5AN1 A; 4ZCG A; 5A34 B; 5JCW A; 1N2A A; 4G03 A; 5IJ5 A; 3KXO A; 3TOT A; 5D9X A; 1M9A A; 2EFH A; 1AQX A; 2HRA A; 4Q5Q A; 3QR6 A; 4E8E A; 4JZQ A; 5DAL A; 3ICX A; 5DQF A; 3DGQ A; 4L9Q A; 5D9W A; 4NHW A; 4EDZ A; 1HA2 A; 3H3A A; 2HQT A; 2LXS A; 3FWB C; 5D9V A; 5A34 A; 1B4P A; 3LSZ A; 2GUT A; 4MDC A; 3LXT A; 3GQU A; 4LB2 A; 3PR8 A; 2XW0 A; 5ECL B; 4AGS A; 2NQO A; 4JK4 A; 1FW1 A; 5A4V A; 1PL1 A; 3KJY A; 1PN9 A; 3V09 A; 4F03 A; 2J9H A; 2OA7 A; 1MM8 A; 3I69 A; 1EOG A; 2OZB B; 1GNI A; 1GSS A; 2BXH A; 3KMN A; 3NVM A; 3CRU A; 3IC8 A; 4DHX B; 5GIN A; 1E7C A; 5LCZ A; 4MPF A; 2VKZ G; 4PUA A; 1N25 A; 5DQS A; 4NAX A; 4K2C A; 2V6K A; 2NTO A; 5BMU B; 3GSS A; 1BKE A; 3VI5 A; 4OFM A; 5JCU A; 1SVL A; 2CAI A; 2WB9 A; 1YDK A; 3HMJ G; 5J4V A; 5EY6 A; 3M0F A; 1OE8 A; 1E7B A; 2LXT A; 1AW9 A; 1MD4 A; 4O92 A; 1AO6 A; 4F5S A; 4HJ2 A; 4PNF A; 4G0I A; 5FHI A; 6GSV A; 4HI7 A; 1EEM A; 3TU3 B; 5ECS A; 5BMU A; 5ID7 A; 2BXL A; 3B9M A; 3UIV A; 5F0G A; 4OTU A; 1IYI A; 2XW1 A; 5F07 A; 4MPG A; 2Z8J A; 2UV8 G; 4GST A; 5ECQ B; 4L5O A; 1GTA A; 1GSY A; 2DBX A; 2V36 A; 3KJL A; 2BXN A; 4K71 A; 2QHB A; 1U88 A; 3QAG A; 1GSU A; 1HK1 A; 4JED A; 1JNB A; 4IW2 A; 4E8H A; 5A4W A; 5ECN B; 3R3E A; 4EXJ A; 2VUF A; 6GSS A; 2NNW A; 2CKX A; 1TU7 A; 1XW6 A; 4ISD A; 3LYP A; 4YQM A; 4G04 A; 1SVM A; 2YCD A; 2WVX B; 2PMT A; 1K0M A; 1F2E A; 1AQV A; 4PTS A; 1PX7 A; 2LQH A; 5IIX A; 3EE2 A; 5EL8 A; 3UAR A; 5ELA A; 4PX1 A; 17GS A; 5J41 A; 4PXO A; 4E68 A; 1MUH A; 1MTC A; 4AI6 A; 4ZUX V; 4IJI A; 1KBN A; 2QMC A; 3LU8 A; 4FJC B; 3MAK A; 3WHS A; 4KF9 A; 1BYE A; 1TW9 A; 4QQ7 A; 18GS A; 2Z8K A; 2EFC A; 2GST A; 2WVX A; 4HZ2 A; 4KDX A; 4FXY P; 4N0U D; 10GS A; 3JQZ A; 5J4Y A; 3FRC A; 3KIK A; 5DCG A; 4BL7 A; 3P8W A; 3VI7 A; 3GST A; 1GNE A; 2CA8 A; 1HK5 A; 4EC0 A; 4BY9 C; 3LU7 A; 1E7G A; 3VPT A; 3QAW A; 2VCQ A; 2FHE A; 4MF6 A; 2BX8 A; 1BG1 A; 2UZ8 A; 1U87 A; 4ZBQ A; 2ROH A; 5J4U A; 2BXK A; 2GSS A; 4PNG A; 2XVV A; 4PQH A; 5GIP A; 2IL3 A; 3ISO A; 3JRY A; 3W1S A; 4IQ1 A; 1HK2 A; 13GS A; 2BXO A; 1F3A A; 1UA5 A; 3R2Q A; 1E78 A; 4OTT A; 3LJR A; 1V40 A; 1TXU A; 1BAY A; 3I6A A; 2XVQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4Z69 A; 4N0V A; 4OFN A; 1TF0 A; 4J2F A; 1E7A A; 2F3M A; 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3F63 A; 3LXZ A; 4BKE A; 4PQI A; 2OAC A; 5ECP B; 4PGT A; 2AB6 A; 3IE3 A; 1Z9H A; 1EV4 A; 3GX0 A; 4W66 A; 4ZB6 A; 4ECI A; 2VCW A; 4WR4 A; 2VCT A; 4TQ0 A; 1M99 A; 2C8U A; 4ZC6 A; 5GHK A; 1O9X A; 4BVY A; 3FNM A; 1OYJ A; 1USB A; 1GSF A; 4KAE A; 1HK4 A; 1LBK A; 1K0C A; 1GSD A; 2CZ2 A; 1K0D A; 3B9L A; 3LG6 A; 1VF3 A; 1HNB A; 3N5O A; 5ECI B; 1XWG A; 1EV9 A; 3W8S A; 6GSX A; 1H9Z A; 5EVO A; 3CSJ A; 4GDK B; 4OFT A; 3PGT A; 5IIH A; 3NVK A; 4WA6 B; 2PER A; 4ECC A; 2LOQ A; 3NMU A; 3UAP A; 5IJF A; 1GUK A; 1ML6 A; 5DJL A; 5FUO A; 2O5V A; 1E6B A; 5AIX A; 3TDL A; 4KDY A; 4YAV A; 12GS A; 3NVI A; 4JBB A; 1ZL9 A; 3DD3 A; 3ERF A; 4N3Z A; 2A2S A; 4Q5R A; 1R5A A; 1V2A A; 2ON5 A; 1YY7 A; 3GUR A; 4IBP A; 4KGI A; 4I97 A; 6GSY A; 2VUE A; 5GZZ B; 1OE7 A; 2BXE A; 5IJE A; 5B7C A; 3M99 C; 22GS A; 1KXP D; 4Q5N A; 2XVW A; 1M0U A; 4ZB9 A; 3QAV A; 1A0F A; 3G7I A; 4HZ4 A; 2XSI A; 4GG2 A; 2HNL A; 3WHR A; 2XVU A; 2GLR A; 1K3Y A; 2R4V A; 3GTU B; 5GIO A; 5GSS A; 3UBK A; 11GS A; 1PKZ A; 1N5U A; 4GDL B; 1IJG A; 2OAD A; 3D0Z A; 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