The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
74
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sequence length |
290
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structure length |
238
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Chain Sequence |
EFIEFLKTHKTGQEIYKQTFLEGMHYKRDLIEEQSECAQDFYHNVEKIMDQIEKYIMTRLDEKKDLAIQKRIRALRWVTPQMLCVPVNEDIPEVSDMVVKAITDIIEMDSKRVPRDKLACITKCSKHIFNAIKITKNEPASADDFLPTLIYIVLKGNPPRLQSNIQYITRFCNPSRLMTGEDGYYFTNLCCAVAFIEKNLDLLSQLNERQERIMNEAKKLEKDLIDWTDGIAREVQDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Molecular mechanism for Rabex-5 GEF activation by Rabaptin-5
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Endocytosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Rab5 GDP/GTP exchange factor
|
| total genus |
74
|
| structure length |
238
|
| sequence length |
290
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-10-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01754 | zf-A20 | A20-like zinc finger |
| A | PF18151 | DUF5601 | Domain of unknown function (DUF5601) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | Serum Albumin; Chain A, Domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 | Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OT3 A; 4G01 A; 4N3Z A; 2EFE A; 2EFD A; 1TXU A; 2EFC A; 2EFH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KEJ A; 5ECP B; 4AGS A; 1IYI A; 1BF5 A; 4AI6 A; 2BXL A; 1GTI A; 3TOU A; 3UBK A; 2YV9 A; 1ZL9 A; 4ZB9 A; 3VK9 A; 1F3A A; 1K0D A; 3Q18 A; 2QM6 A; 5IJ5 A; 2HSM B; 1HK3 A; 2AJE A; 4IW1 A; 2GLR A; 4PX1 A; 3ZFB A; 2EFC A; 1VF4 A; 4RI7 A; 2GTU A; 2AAW A; 3PLA A; 2N5F A; 4MPG A; 2BXB A; 3KM6 A; 2VCX A; 4PTS A; 3U6V A; 3VUR A; 4ZUX V; 1YY7 A; 4G0K A; 5A1N B; 2WW3 A; 1BJ5 A; 1F2E A; 3R2Q A; 5GIN A; 2A2R A; 5F07 A; 4GST A; 4F0B A; 2NNW A; 4G0I A; 5D9T A; 1JLW A; 5B5T A; 4F5U A; 1SVM A; 5DAL B; 4BY9 C; 4RI6 A; 4PNG A; 2EFD A; 4BVX A; 2XVV A; 5J47 A; 2VCZ A; 2LXS A; 3CX9 A; 2C4J A; 3GTU A; 2C80 A; 2WS2 A; 3LQ7 A; 4PXO A; 1LJR A; 3PGT A; 3JRY A; 1Y1U A; 3RGB C; 1GUH A; 1HK4 A; 2XW0 A; 4JZQ A; 2LXT A; 4ZC6 A; 1BG5 A; 4QQ7 A; 5EL8 A; 1YKC A; 2VCV A; 4F5V A; 4Q5F A; 5GST A; 1TF0 A; 4ACS A; 4OTT A; 2QHB A; 3FR6 A; 1EV4 A; 3MAK A; 1MD3 A; 3PPU A; 3F6D A; 5ID9 A; 3WHS A; 1PGT A; 4JK4 A; 5DQF A; 1AO6 A; 1E78 A; 2QMC A; 2VUF A; 1E7F A; 2XVQ A; 1PL1 A; 4G0L A; 4MZW A; 5IIH A; 4PGT A; 5D73 A; 5LD0 A; 1YJ6 A; 3L0H A; 4BVY A; 1YEW C; 5DAK B; 2DYM A; 4KH7 A; 4NAX A; 4K2C A; 3GUS A; 4PI0 C; 2GST A; 1GLQ A; 4W4U B; 4ZBR A; 4BKE A; 2OAD A; 4FXY P; 4I97 A; 2VCW A; 4ISD A; 5ECR B; 2DBU A; 5JCW A; 2VCQ A; 1MTC A; 4ZBK A; 4EE0 A; 1E7B A; 1PD2 1; 1UA5 A; 1U3I A; 1MUH A; 5A5H B; 5GHK A; 3FWC C; 5DJM A; 4ZXG A; 2F8F A; 3B9L A; 1KW2 A; 3H3A A; 5IJE A; 3UVH A; 4L8U A; 5IFO A; 1HQO A; 2C3Q A; 1BKE A; 2XMO A; 1GSE A; 4YQM A; 5GZZ B; 5AN1 A; 5J4V A; 2O3E A; 1G6W A; 14GS A; 2IMK A; 3KXO A; 5ID7 A; 1KBN A; 1PX7 A; 5AGY A; 6GSY A; 3ECP A; 1K0C A; 2I2Z A; 5DCG A; 3VI5 A; 3EE2 A; 1XWK A; 4PUA A; 3VPT A; 2VKZ G; 4ID0 A; 13GS A; 5BMU B; 1XW5 A; 4ZBQ A; 1OKT A; 2BXD A; 3FY7 A; 6GSX A; 3KIK A; 1GNW A; 4ZBB A; 2YV7 A; 5B7C A; 4EXJ A; 3LU6 A; 3LFL A; 1U87 A; 5A4V A; 4L8E A; 3CSH A; 2BXK A; 4KGI A; 2EFH A; 2XSI A; 2WVX B; 6GSU A; 5DDL A; 1JZR A; 1MIY A; 5ECN B; 4DHX B; 1B48 A; 4WA6 B; 2YDF A; 1S4B P; 3PR8 A; 1DUG A; 1R5A A; 3GQX A; 4KE3 A; 1K0M A; 3TGZ A; 3MDK A; 5J40 A; 3VI7 A; 5LCZ A; 17GS A; 1BG1 A; 4G9H A; 4PUR A; 2LQH A; 5F8B A; 1G6Y A; 3C8E A; 3SIV B; 1BM0 A; 1GUM A; 1E7A A; 4OFN A; 4BL7 A; 1E6B A; 5IIU A; 4OT2 A; 3M0F A; 3CSI A; 4D7X A; 3MHS B; 2GDR A; 4ECJ A; 5A4W A; 2PER A; 3F63 A; 4G19 A; 2BXQ A; 5J4U A; 4EDY A; 2WW2 A; 3G9K D; 4IW9 A; 3KMN A; 3GST A; 1EEM A; 4E68 A; 3N9J A; 2WVY A; 3G7J A; 5ECL B; 4E8E A; 4PI2 C; 4ZB8 A; 2CZ2 A; 5AIX A; 4MDC A; 1MM8 A; 5DJL A; 1ML6 A; 2CAI A; 1GSU A; 2VUE A; 1PN9 A; 3CWG A; 4GCI A; 1IYH A; 3HMJ G; 3MHH B; 7GSS A; 4HGM B; 1BAY A; 2HRK B; 1VFI A; 1E7H A; 1GWC A; 4C31 B; 4MK3 A; 4LMW A; 5ECM B; 4L5L A; 2VCT A; 3FNM A; 2H1L A; 12GS A; 1OYJ A; 1GTB A; 4NHW A; 4E8H A; 5IQY A; 3TOT A; 3ZFL A; 3NMU A; 1EOH A; 1GUL A; 1AQV A; 2HQT A; 3M3M A; 4ECB A; 1GLP A; 4OR0 A; 3NVM A; 2VDB A; 1PL2 A; 3LYP A; 3B9M A; 1GSQ A; 3R3E A; 2K0N A; 5F0G A; 3P8W A; 1TW9 A; 1HK5 A; 1M9B A; 1GSD A; 5D9W A; 5D9X A; 3A75 A; 1GSS A; 4KSM A; 4IJI A; 3LJR A; 4GSN A; 4F03 A; 1NHY A; 5EVO A; 1RK4 A; 5EY6 A; 2WJU A; 4LB9 A; 1HNB A; 3GUR A; 2IMI A; 2VD0 A; 2BX8 A; 3GA9 L; 2BXE A; 1XW6 A; 1SB0 A; 4GDF A; 5IJF A; 1H5W A; 4S1Y A; 4KX4 A; 1MD4 A; 3FR3 A; 4I9O A; 2HSN B; 10GS A; 5DBY A; 3QAV A; 1PX6 A; 3RBT A; 2DG5 A; 4KF9 A; 5A34 A; 1K3L A; 1BX9 A; 5FT3 A; 2GSQ A; 2NQO A; 2WVZ A; 6GSV A; 3SQJ A; 1EOG A; 1HA2 A; 3P90 A; 3HKR A; 4NAW B; 3CRU A; 4IGJ A; 4MF6 A; 4MP4 A; 1FOU A; 4DEJ A; 6GSS A; 3LU7 A; 1PMT A; 2VO4 A; 3GH6 A; 4BL7 B; 2WB9 A; 3M1G A; 4K0G A; 2NTO A; 5FUO A; 3N5O A; 3IR4 A; 1N2A A; 2XVW A; 2PMT A; 1E7I A; 3WYW A; 2AB6 A; 3LG6 A; 4QMK A; 4ZB7 A; 4LUF A; 4N0V A; 4M70 B; 4Z69 A; 4PQI A; 4YQU A; 2DC5 A; 3I6A A; 2GSS A; 4IW2 A; 2XW1 A; 3V09 A; 1E7G A; 1I1I P; 2DBW A; 1Y6E A; 5AIS A; 1M0U A; 1OE8 A; 3A73 A; 2GSR A; 3VQI A; 3D0Z A; 4L5O A; 1MUS A; 1J78 A; 3DD3 A; 5ELA A; 1HNA A; 2HSM A; 3O76 A; 4MF5 A; 5JCU A; 1KXP D; 5A4U A; 1GNJ A; 1H9Z A; 4Z9O A; 4GDL B; 1GNI A; 4IQ1 A; 3QAW A; 4TQ0 A; 4HJ2 A; 1HK2 A; 1Z9H A; 2ON7 A; 4TQ1 A; 3V03 A; 1N25 A; 3NIV A; 5BPK A; 3BPJ A; 2VD1 A; 3V08 A; 4WR4 A; 5G5E A; 4EDZ A; 3H37 A; 2BXF A; 1HNC A; 2PVQ A; 2ROH A; 4GTU A; 2D2Z A; 1XWG A; 4N0F D; 3LU8 A; 4F0C A; 4AKI A; 5DAL A; 4OTU A; 2C3T A; 2BXN A; 2X64 A; 2Z8J A; 3I69 A; 3WHQ A; 1C72 A; 3IK7 A; 2XVU A; 3SIU B; 4BVX B; 2WZS A; 4N0U D; 3FWB C; 4Q5N A; 2O5V A; 3GTU B; 4NHZ A; 3VWX A; 1LOT A; 1GTA A; 1AQX A; 3M8N A; 1K3Y A; 3VPQ A; 2Z8I A; 2CKX A; 5FWG A; 1SVL A; 3QR6 A; 1NT2 B; 3WD6 A; 3KJL A; 3Q74 A; 2F3M A; 2DYO A; 1PKW A; 2A2S A; 1V2A A; 2DSA A; 2BXC A; 4G10 A; 4GG2 A; 1G7O A; 1TXU A; 1LNS A; 5F06 A; 1GSF A; 1V40 A; 5DAK A; 4AKX B; 4BVY B; 3HJO A; 4YAP A; 4L9Q A; 5GIP A; 1SVO A; 4OFT A; 2UZ8 A; 4Q5R A; 1AQW A; 3GQU A; 4Q5Q A; 5ECQ B; 4F5S A; 3HJM A; 2C8U A; 4GLT A; 3TDL A; 2BXO A; 1GUK A; 3CSJ A; 4KDU A; 20GS A; 3KTL A; 3H1N A; 5A5H A; 4OMV A; 4FQU A; 3CRT A; 3WHR A; 2OZB B; 1K0N A; 3UIV A; 3IK9 A; 2JL4 A; 5A5K A; 1MIW A; 2KBZ A; 4WR5 A; 1E7E A; 1VF2 A; 4E99 A; 1AXD A; 3GSS A; 2AGH B; 4PO0 A; 1FHE A; 3NVK A; 2OT3 A; 1TU8 A; 2PBJ A; 2V36 A; 4LB2 A; 1LBK A; 2EFE A; 1FW1 A; 4IS0 A; 3LSZ A; 3IE3 A; 1MIV A; 2BXP A; 1K0O A; 2WW1 A; 4KDX A; 5BMU A; 4ECC A; 4J2F A; 3LXZ A; 4ZBD A; 1B8X A; 5D7G A; 1TU7 A; 5J4Y A; 1JNB A; 3BBY A; 2WVX A; 4ZCG A; 4CHS A; 2UV8 G; 4G01 A; 3DGQ A; 4KAE A; 4GDK B; 5ECS A; 3Q19 A; 2I30 A; 22GS A; 4USS A; 4DM0 A; 2FHE A; 8GSS A; 3UAR A; 1UOR A; 2WRT A; 2LOQ A; 5HFK A; 1IJG A; 4EC0 A; 3KMO A; 5GSS A; 19GS A; 6GST A; 1HK1 A; 4FIP B; 1F3B A; 4HOJ A; 4MF7 A; 5J41 A; 1GNE A; 2PGT A; 4IQA A; 3GX0 A; 5AIV A; 4MBE C; 1M9A A; 3ZMK A; 2CA8 A; 3VLN A; 2IL3 A; 2CAQ A; 3RFR C; 1EV9 A; 4JBB A; 2JUH A; 4L9K A; 4IKH A; 2R3X A; 3LYK A; 4N3Z A; 1M99 A; 4LMV A; 4HZ2 A; 2BXA A; 2YCD A; 4FJC B; 3UAP A; 2HRK A; 1E7C A; 5ELG A; 3QAG A; 4AKH A; 1O9X A; 4YAV A; 2V6K A; 2C3N A; 4FK5 B; 3CBU A; 2R4V A; 3O3T A; 4HZ4 A; 5D9V A; 2O36 A; 2R6K A; 2CZ3 A; 4O92 A; 1Q4J A; 4ECI A; 1PKZ A; 4LUH A; 3ZML A; 3JQZ A; 3ISO A; 5A1N A; 3IC8 A; 2DBX A; 5F05 A; 3W8S A; 4YQV A; 1GTU A; 2E0Y A; 6GSW A; 1YVL A; 1K0A A; 5FHI A; 1JLV A; 2FNO A; 2BXH A; 3LXT A; 4PNF A; 2KWF A; 9GSS A; 4KDY A; 4G04 A; 3G7I A; 11GS A; 4K71 A; 3FYG A; 2Z8K A; 2BXI A; 3KJY A; 1K3O A; 5ECI B; 3IBH A; 2AHE A; 2WW0 A; 1ZGN A; 4ZB6 A; 4GSS A; 5DQS A; 1N5U A; 5IIX A; 1BYE A; 3M99 C; 1OE7 A; 1TDI A; 2CVD A; 2ON5 A; 4GDX A; 4HI7 A; 1VZS A; 1U88 A; 2HSN A; 3UBL A; 3NVI A; 2J9H A; 1K0B A; 4IBP A; 5ECK B; 5ECO B; 4ZBA A; 4TOP A; 1VF3 A; 1YQ1 A; 2LJR A; 16GS A; 5A34 B; 1YDK A; 4EMX A; 2R5G A; 4J2V A; 4PQH A; 4YH2 A; 4W66 A; 5HOZ A; 2LQI A; 1KDX A; 1B4P A; 2BXM A; 1PA3 A; 3ERG A; 4LA0 A; 2WDU A; 5G5F A; 2BXG A; 4F5T A; 1AW9 A; 4AKG A; 4K0N A; 2HRA A; 4IVF A; 4JED A; 1J7E A; 2E0X A; 3AY8 A; 2OA7 A; 4IEL A; 2GUT A; 2HNL A; 3SWL A; 2OAC A; 4OFM A; 18GS A; 1VF1 A; 1A0F A; 1USB A; 3F6F A; 3TU3 B; 4MPF A; 5J5N A; 3FRC A; 1MA9 A; 3ERF A; 3W1S A; 4HGK A; 5ECH B; 4O7H A; 4G03 A; 5GIO A; 1GSY A; 4GF0 A; 3ICX A; 3EIN A; 3FR9 A; 3CHX C; 4PHZ C; #chains in the Genus database with same CATH homology 5KEJ A; 5ECP B; 4AGS A; 1IYI A; 1BF5 A; 4AI6 A; 2BXL A; 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4ZBR A; 4BKE A; 2OAD A; 4I97 A; 5ECR B; 2VCW A; 4ISD A; 5JCW A; 2DBU A; 2VCQ A; 1MTC A; 4ZBK A; 4EE0 A; 1E7B A; 1PD2 1; 1UA5 A; 1U3I A; 5A5H B; 5GHK A; 3FWC C; 5DJM A; 4ZXG A; 2F8F A; 3B9L A; 1KW2 A; 3H3A A; 5IJE A; 3UVH A; 4L8U A; 5IFO A; 1HQO A; 2C3Q A; 1BKE A; 2XMO A; 1GSE A; 4YQM A; 5GZZ B; 5AN1 A; 5J4V A; 1G6W A; 14GS A; 2IMK A; 3KXO A; 5ID7 A; 1KBN A; 1PX7 A; 5AGY A; 6GSY A; 1K0C A; 5DCG A; 2I2Z A; 3VI5 A; 3EE2 A; 1XWK A; 4PUA A; 3VPT A; 2VKZ G; 4ID0 A; 13GS A; 5BMU B; 1XW5 A; 4ZBQ A; 1OKT A; 2BXD A; 3FY7 A; 6GSX A; 3KIK A; 1GNW A; 4ZBB A; 2YV7 A; 5B7C A; 4EXJ A; 3LU6 A; 3LFL A; 1U87 A; 5A4V A; 4L8E A; 3CSH A; 2BXK A; 4KGI A; 2EFH A; 2XSI A; 6GSU A; 5DDL A; 1JZR A; 1MIY A; 5ECN B; 4DHX B; 1B48 A; 4WA6 B; 2YDF A; 3PR8 A; 1DUG A; 1R5A A; 3GQX A; 4KE3 A; 1K0M A; 3TGZ A; 3MDK A; 5J40 A; 3VI7 A; 5LCZ A; 17GS A; 1BG1 A; 4G9H A; 4PUR A; 5F8B A; 1G6Y A; 3C8E A; 3SIV B; 1BM0 A; 1GUM A; 1E7A A; 4OFN A; 4BL7 A; 1E6B A; 5IIU A; 4OT2 A; 3M0F A; 3CSI A; 3MHS B; 2GDR A; 4ECJ A; 5A4W A; 2PER A; 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