The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
217
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sequence length |
660
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structure length |
660
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Chain Sequence |
PRELMESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVKGDRVENKVLVLTSCRAFLLSARIPSKLELTFSYLEIHGVICHKPAQMVVETEKCNMSMKMVSPEDVSEVLAHIGTCLRRIFPGLSPLRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTLAEPGPCGGFSQMYACVCDWLGFSYKEEVQWDVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLEHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLSTDVCEQILRVVSRSNRLEELVLENAGLRIDFAQKLAGALAHNPNSGLHTINLAGNSLEDRGVSSLSIQFAKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLCQSLSANPLTASTLTHLDLSGNALRGDDLSHMYNFLAQPNTIVHLDLSNTECSLEMVCSALLRGCLQCLAVLNLSRSVFSHRKGKEVPPSFKQFFSSSLALIQINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHSLKGVSLDLSNCELGHCLRSGGAQVLEGCIAEIHNITSLDISDNGLESDLSTLIVWLSKNRSIQHLALGKNFNNMKSKNLTPVLDNLVQMIQDEDSPLQSLSLADSKLKAEVTIIINALGSNTSLTKVDISGNGMGDMGAKMLAKALQINTKLRTVIWDKNNITAQGFQDIAVAMEKNYTLRFMPIPMYDAAQALKTNPEKTEEALQKIENYLLRN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
CARMIL leading edge localization depends on a non-canonical PH domain and dimerization.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Leucine-rich repeat-containing protein 16A
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| total genus |
217
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| structure length |
660
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| sequence length |
660
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13516 | LRR_6 | Leucine Rich repeat |
| A | PF17888 | Carm_PH | Carmil pleckstrin homology domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | PH-domain like | Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Horseshoe | Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) | Ribonuclease Inhibitor |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JB9 j; 1FGY A; 1ZC3 B; 1MAI A; 2GJY A; 5KQ1 A; 1YRG A; 2JQD A; 2AL6 A; 1FO1 A; 1K5G C; 2P0D A; 2P1O B; 2LYD A; 2UZR A; 3ULA A; 1Z7X W; 2H7D A; 1Y19 B; 5GQR K; 3F0W A; 4R5C A; 5HE0 A; 1PLS A; 3W3L A; 1M9L A; 1P8V A; 3ZYN A; 4AY9 X; 1M0Z A; 5FI0 A; 1ISN A; 1V5U A; 4GPT B; 3SO6 A; 1FOE A; 2GS0 A; 1X1G A; 3QBV B; 2PZ1 A; 3CIK A; 1XCG A; 4KHO A; 2OMZ A; 3BJI A; 2UZX A; 2KCJ A; 1K5D B; 2E2X A; 1X1F A; 2Z0O A; 3G9W A; 1V5P A; 1DS9 A; 3UL7 A; 1H4R A; 3WPC A; 1NTY A; 3TO1 A; 1UNR A; 1W1H A; 1Y5O A; 4PQ0 A; 1PFJ A; 4Z64 C; 2DN6 A; 1BTN A; 4BSR A; 2KUP A; 1AQC A; 4XGO A; 3CXB B; 2DKQ A; 2W2X D; 2O6S A; 4OQT A; 4Y61 B; 3DZE A; 2IFS A; 4BV4 R; 1U5F A; 4K2O A; 5L81 A; 3MDB C; 1MKE A; 3C6P B; 2MWN B; 1P8T A; 4LXS A; 5C5B B; 3TFM A; 3G06 A; 3RW6 A; 1X05 A; 3OGL B; 2WQX A; 3OGK B; 1U5D A; 4GN1 A; 3CIG A; 4F7U P; 4CHJ A; 1P5T A; 5CLQ B; 3ODO A; 3AU5 A; 4H8S A; 2GCJ A; 2N23 A; 3RFS A; 3A79 B; 1GC7 A; 2RSG A; 3C6N B; 4IFS A; 2OMV A; 3M1I B; 4CNM A; 4HAT B; 4I6J B; 1UPQ A; 5HE1 A; 4MY6 A; 1LW3 A; 2Q4G W; 4PSJ A; 3RFE A; 2V9S A; 3PZD A; 3O6N A; 3A98 B; 2Y7B A; 2ID5 A; 3W3M A; 3M18 A; 4J0M A; 3WPE A; 1DFJ I; 3RGX A; 1D0B A; 1WWL A; 2DA0 A; 1WGQ A; 2D10 A; 3AU4 A; 2ROV A; 4C0A A; 1QC6 A; 2Z62 A; 3RCP A; 2RVB B; 2ASS B; 2P1N B; 1NTV A; 1XD4 A; 1GC6 A; 3WA0 A; 1ZSQ A; 3OAN A; 3SB4 A; 2RNR B; 4Q3I A; 1UNQ A; 2W2X C; 1E5W A; 2ZPY A; 4P8S A; 1MIX A; 2OTX A; 5C5B A; 1TJ6 A; 5D3X A; 4CC4 A; 2AEH A; 3X23 A; 4WYK A; 3RFJ A; 2I1J A; 2OMX A; 4HAW B; 4YEB B; 4GMV A; 4NY0 A; 3OGM B; 1ZM0 A; 1Z87 A; 2Z81 A; 2KGX B; 4BSS A; 1Q67 A; 2Z63 A; 3E2J A; 4Z61 C; 1W1D A; 3TSR E; 2RLO A; 1WI1 A; 4IAP A; 4F7H A; 1O6V A; 4KXF B; 3WPF A; 4ARR A; 4XWX A; 4A6K A; 2CAY A; 1M9S A; 1ZC4 B; 3ULB A; 3W3N A; 3RJ0 A; 4R0A A; 3W3G A; 2LKO A; 4NKH A; 1LB1 A; 4ARN A; 1WVH A; 5GS2 B; 2I5F A; 2LUL A; 3ZVR A; 1OQN A; 2I5C A; 2N0Y A; 4ZRK A; 4D0N B; 5J3T A; 1XEU A; 2O6Q A; 5D3I A; 2G35 A; 4K17 A; 3M19 A; 5C79 A; 1UEF A; 4ZRI A; 1X86 A; 5D3Y A; 2YT1 A; 2H7E A; 1FAO A; 5CLL B; 2MKR A; 5AWD A; 5DI9 B; 2XQN M; 2M14 A; 1X11 A; 1ZIW A; 4LSC A; 2LOX A; 4RCW A; 3GYP A; 2K00 A; 1M7R A; 2EMT A; 4L3A A; 4R07 A; 5JHG A; 1WG7 A; 4G8A A; 4KVG B; 2Z7X A; 1FS2 A; 4XOS A; 2AST B; 1P6S A; 2D9W A; 1BTK A; 2J0K A; 3UL8 A; 4R6A A; 1OY2 A; 1WGU A; 3BZ5 A; 4IM6 A; 2D9V A; 3TCA A; 2COA A; 3D8E A; 3ODW A; 1OOK G; 4U7L A; 1H10 A; 2JE0 A; 2OMW A; 4HDO A; 2EC1 A; 5DIF B; 4J4L A; 4P91 A; 1SGH A; 1FHW A; 1FT8 A; 2ELA A; 2EMS A; 1NI2 A; 4HB4 B; 4WP6 A; 1OTO A; 4KHB B; 2JE1 A; 4DX8 A; 4LI2 A; 4ECO A; 2WFH A; 2YF0 A; 5KCV A; 2P0F A; 4L6E A; 3D8D A; 1IRS A; 1V5M A; 5HE3 A; 3A8P A; 5CMN A; 1IO0 A; 1U5E A; 2J0J A; 4HAU B; 1MIZ B; 3TW1 A; 5IJC A; 4PNK A; 5IJD A; 2DHJ A; 4FS7 A; 4DX9 0; 4Z94 G; 1G9U A; 3CVR A; 2NZ8 B; 5J3Q A; 4TKN A; 3QWM A; 3SV1 A; 3O53 A; 4TZH A; 1OTM A; 4R6J A; 1O6T A; 2OMU A; 4U06 A; 3W3J A; 1OZN A; 2DYN A; 1H6T A; 4R08 A; 2DTC A; 5D3W A; 5DHA B; 5DH9 B; 2YVC A; 4GXB A; 4A6F A; 4KT1 A; 1EAZ A; 5D3V A; 4QBZ A; 1V89 A; 5GS0 A; 5HZL B; 1UPR A; 5J3Y A; 4PEQ B; 3BIN A; 3ULC A; 2MDX A; 1M7E A; 4A6H A; 1GWB A; 2RA8 A; 2RR6 A; 1RRP B; 1U5G A; 4F7G A; 4IOY X; 3DXE A; 4MQW X; 4YON A; 4R6G A; 2J59 M; 4WVF B; 2EJ8 A; 2D9Z A; 1DDV A; 2UVM A; 1NU2 A; 2D2Q A; 2UZS A; 2QKM A; 3WPI A; 2D4Q A; 3PVL A; 1OMW A; 4Y94 A; 4RCA B; 5LOP B; 4HAX B; 3G3B A; 5HDH A; 5AZ5 A; 2J0M A; 1FB8 A; 4TYZ A; 1FGZ A; 5GMH A; 3WPD A; 3PVW A; 3HK0 A; 1U27 A; 2D11 A; 4PER A; 3OJA A; 3ULV A; 1LTX A; 2CRF A; 2Z7X B; 2YT0 A; 1FQV A; 3VQ1 A; 4NKG A; 1BWN A; 3NSU A; 4FHO A; 3UZT A; 4XSQ A; 3CIY A; 1XOD A; 4EKU A; 2YS1 A; 1I2H A; 3KY9 A; 3P6A A; 1KI1 B; 3TVV A; 2R9U A; 1J0W A; 1OGQ A; 2UZY A; 2Y5Q A; 2DLW A; 1P9A G; 1XCD A; 1PGV A; 2VRW B; 2V70 A; 4GLP A; 1ZVR A; 4K2P A; 5DHF B; 1KOH A; 4DBB A; 1U0N D; 3G04 C; 2CA6 A; 4V2D A; 3PEG A; 2P1Q B; 1N3H A; 4R58 A; 4CYE A; 3WN4 A; 3SNH A; 1I7A A; 4BSU A; 4LSA A; 4PQ8 A; 3KZ1 A; 3ULU A; 3WPG A; 2MFQ A; 2Z82 A; 5IYX C; 1MPH A; 3G39 A; 1W1G A; 2DYQ A; 5GMG A; 3MPX A; 2CY4 A; 1EF1 A; 4GZU A; 5B0T A; 1B55 A; 2P1P B; 2IYB A; 5JLJ B; 2OMY A; 1XWD C; 3V5W A; 4V2E A; 4MT7 A; 1XX0 A; 1DDW A; 5LFN A; 2Z66 A; 1P3R A; 3HW2 B; 3PMH G; 1AWE A; 4B8C D; 2R0D A; 4A6F B; 1DDM A; 2L1C A; 4YL8 A; 2HE7 A; 3E6J A; 2LG1 A; 3KJ4 A; 4Z8G A; 1V88 A; 5JHH A; 3QIJ A; 2ROZ B; 3RIZ A; 1XKE A; 2V9T B; 2DFK A; 4H09 A; 1W8A A; 2OQB A; 3KRW A; 5GOW B; 4U08 A; 3FM8 C; 4UFR A; 2A0Z A; 2COC A; 3FEH A; 3C6O B; 2P1M B; 3RGZ A; 3ODX A; 4M7E C; 1SQ0 B; 5CMP A; 3DXD A; 4KNG A; 2M38 A; 2GCL A; 3D8F A; 2RGN B; 4Z79 A; 2WQU A; 4AW4 A; 3GOZ A; 4HB3 B; 3REZ A; 1TXD A; 2JP2 A; 1O6S A; 3WYF B; 1BAK A; 2LOZ A; 1JL5 A; 2VKI A; 3A8Q A; 2BCJ A; 2ELL A; 4QXE A; 2COF A; 2DHI A; 3E3Z A; 5IJB A; 3G3A A; 5A5C A; 3N7C A; 3ML4 A; 2BEX A; 1EGX A; 2DHK A; 1XR0 B; 3PG7 A; 2NMB A; 4FD0 A; 2ADZ A; 3OJA B; 4M7E A; 1EVH A; 2V76 A; 2YRY A; 4Q3G A; 1DYN A; 2O6R A; 3F5R A; 3KRX A; 1RJ2 A; 1DCE A; 1K5D C; 3PP2 A; 4HAV B; 2BNH A; 2YSZ A; 4NSW A; 3U8Z A; 3U7D A; 2X18 A; 1M10 B; 2Z0Q A; 4C2A B; 2R09 A; 4WSF A; 4EMO A; 3WPH A; 3O96 A; 4K81 A; 4CHM A; 4P7I A; 3T06 A; 4RWT C; 1KZ7 A; 4C2B B; 5GMF A; 3RW7 A; 2DX5 A; 3VIA A; 2IFG A; 2COD A; 5D27 A; 3P7Z A; 3SUZ A; 3PSC A; 2K2U A; 2XOT A; 3LJU X; 3SYX A; 4HHV A; 3DXC A; 3IVF A; 4FMZ A; 4L3F A; 2I1K A; 3FXI A; 5EFX A; 3ZYI A; 4CC4 C; 4ECN A; 2XWT C; 1GG3 A; 1A9N A; 5LON B; 1XKU A; 4EJN A; 2ELB A; 5HE2 A; 4FCG A; 2DKP A; 1KOO A; 3VQ2 A; 4HDQ A; 1V61 A; 2CY5 A; 2YS3 A; 4Z2N A; 4V2C A; 4R09 A; 4LXR A; 3UN9 A; 3WPB A; 4PKI G; 2QKL A; 2FJL A; 1OTN A; 4QC0 A; 4GT6 A; 3ZDT A; 4Z2M B; 5B0N A; 5B4P A; 3FSS A; 4LI1 A; 1MK9 B; 2P8V A; 4R5D A; 2OMT A; 4KAX B; 1WJM A; 4CNC A; 2W2W A; 4GMX B; 4HAY B; 2D9X A; 1MK7 B; 2P0H A; 5C16 A; 2HTH B; 4LSX C; 3VOQ A; 1U29 A; 3HQC A; 4CP6 A; 2D9Y A; 3P72 A; 2WQW A; 2VSZ A; 4HQ1 A; 4CIL A; 2WQV A; 1QQG A; 1FHX A; 5FI1 A; 4MK0 A; 1KZG A; 4R6F A; 4HB2 B; 4MN8 B; 2Z64 A; 3UL9 A; 3PVU A; 2YS5 A; 1U2B A; 2Z0P A; 3AJ4 A; 1XEC A; 2Z65 A; 5AWB A; 5JP4 A; 1FHO A; 1TQZ A; 3ZYJ A; 3W3K A; 4U09 A; 3GYO A; 1PMS A; 5KQ4 A; 4EZG A; 4LSX A; 3ZYO A; 5C6R A; 2DX1 A; 4HB0 B; 4A5K A; 5AWC A; 1QYY A; 4WJ7 A; 5AWA A; 2L2I A; 1J19 A; 4ZRJ A; 4KHA A; 4BBK A; 4B6H A; 1K5G B; 2Y8G A; 1UNP A; 2FT3 A; 5FTT B; 4DXA B; 1A4Y A; 1DRO A; 2Y8F A; 1DBH A; 3E4G A; 4Q62 A; 2Q13 A; 4HAZ B; 1H6U A; 1SHC A; 2K2J A; 2RUK B; 1WJ1 A; 4FDW A; 3KSY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JB9 j; 1FGY A; 1ZC3 B; 1MAI A; 2GJY A; 5KQ1 A; 1YRG A; 2R2Y A; 2JQD A; 4FDW A; 4GNK B; 2AL6 A; 1FO1 A; 1K5G C; 2P0D A; 2P1O B; 2LYD A; 2UZR A; 3ULA A; 1Z7X W; 2H7D A; 1Y19 B; 5GQR K; 3F0W A; 4R5C A; 5HE0 A; 1PLS A; 3W3L A; 1M9L A; 1P8V A; 3ZYN A; 4AY9 X; 1M0Z A; 5FI0 A; 1ISN A; 1V5U A; 4GPT B; 3SO6 A; 1FOE A; 2GS0 A; 1X1G A; 3QBV B; 2PZ1 A; 3CIK A; 1XCG A; 4KHO A; 5I2S A; 2OMZ A; 3BJI A; 2UZX A; 2KCJ A; 1K5D B; 2E2X A; 1X1F A; 2Z0O A; 3G9W A; 1V5P A; 1DS9 A; 3UL7 A; 1H4R A; 3WPC A; 1NTY A; 3TO1 A; 1UNR A; 1W1H A; 1Y5O A; 4PQ0 A; 1PFJ A; 4Z64 C; 2DN6 A; 1BTN A; 4BSR A; 4GOU A; 2ZKM X; 4QJ5 B; 2KUP A; 1AQC A; 4XGO A; 3CXB B; 2DKQ A; 2W2X D; 2O6S A; 4OQT A; 4Y61 B; 3DZE A; 2IFS A; 4BV4 R; 1U5F A; 4K2O A; 5L81 A; 3MDB C; 1MKE A; 3C6P B; 2MWN B; 1P8T A; 4LXS A; 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