3EQ1A

The crystal structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8a resolution
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
338
structure length
312
Chain Sequence
RVIRVGTRKSQLARIQTDSVVATLKASYPGLQFEIIAFTKELEHALEKNEVDLVVHSLKDLPTVLPPGFTIGAICKRENPHDAVVFHPKFVGKTLETLPEKSVVGTSSLRRAAQLQRKFPHLEFRSIQGNLNTRLRKLDEQQEFSAIILATAGLQRMGWHNRVGQILHPEECMYAVGQGALGVEVRAKDQDILDLVGVLHDPETLLRCIAERAFLRHLEGGCSVPVAVHTAMKDGQLYLTGGVWSLDGSDSIQETMQATIHVPQHEDDPQLVGITARNIPRGPQLAAQNLGISLANLLLSKGAKNILDVARQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
publication title Structure of human porphobilinogen deaminase at 2.8 A: the molecular basis of acute intermittent porphyria
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 96
structure length 312
sequence length 338
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2008-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 3eq1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3eq1A02
1LAGE 2OZZA 1IXIA 4H1XA 5LOMA 3KJ7A 1P1NA 3OO9A 4KFQA 1IXHA 1TFAA 5H8NA 4IO5A 3IAZA 5I56B 3OSRA 3O6IA 4RJZA 1SI1A 3ILTB 1PEBA 3RT8A 4IO3A 3LBSA 3O9PA 4WEDA 4NF4B 2O1MA 2CMOA 5KCJA 3TTLA 3FVNA 3H6TA 4H5FA 4F3SA 2A5TB 2REJA 3QK6A 5AA3A 3E13X 4R9FA 1LBBA 3PMWA 3K02A 1QW0A 3FXQA 1GVCA 3S9MC 3EF7A 1OIBA 1SW1A 2FA7A 1B7UA 5FHNA 1AH5A 2DP8A 3DP4A 4QFLA 5I58A 1FQBA 3I6VA 3O66A 2HAVA 2IEEA 3G3GA 5HPQA 1EH3A 1SW5A 3K6UA 5I57A 4YMBA 1FTLA 2BJJX 2DE3A 1YAEA 4JWOA 3S9LC 2OJTA 2QMWA 5I2NA 3PUVE 1QJMA 4I1DA 2E0SA 3OELA 4IGRA 4ZE8A 5AA2B 2F8DA 2VHAA 5KDTA 3CG3A 3PU5A 3CSBA 3KOSA 1JEVA 1M5DA 3OO8A 3BFTA 1P99A 3V5AA 4QSDA 3LC8A 4FORA 5TU0A 3OENA 3FV1A 5DVFA 5AA1A 4NWCA 3E4RA 3OXNA 4E0XA 3DP6A 4WXJA 5TPAA 3UORA 3M3KA 4M1VA 1HSJA 5H8NB 1NNPA 2RKMA 3Q25A 3KSXA 1I69A 3MAMA 4G8MA 3UA8A 1B2HA 3QUFA 1ELJA 1OQGA 5TP9B 5I59B 5CMKA 3JZJA 1XVYA 2RC8A 4LQ5A 4Q5TA 2QL3A 2Z23A 4F3PA 3H06B 3IJXB 3H4ZA 4ND9A 1MPBA 3IX1A 1B5HA 3SETA 5KCJB 1JQFA 1B52A 1MPDA 3N6TA 5H8SA 3I5OA 1NNKA 3UK4A 5JTYA 1N7XA 3EQ1A 1P1WA 1JEUA 2D21A 3MWBA 2P0SA 3TCHA 2Q2AA 3UGWA 2O1LA 2R9JA 4ELRA 4XXUA 5CMBA 1B5JA 4ZZAA 3G3KA 2YJPA 4OHNA 2O69A 3KN7A 1N0TA 5F7VA 2V93A 1LSTA 5B7DA 5H8QA 3FATA 3MQ9A 3CIJA 1N3XA 1RYOA 1MQDA 2F97A 3VXCA 3FV2A 2YLNA 2DVCA 1MY2A 2PT1A 2RC9A 1M5EA 3CVGA 2QPQA 1SQYA 3HV1A 1B3FA 4TQUQ 2F35A 1IXCA 5ISUA 3W15C 5EHMA 4G68C 3IB1A 1MY3A 3QUJA 2AIXA 5DEXB 1ZMGA 4H8JA 1DPPA 2DQVA 2REGA 2XD3A 3B6QA 1URGA 1SW2A 3R26A 3TCGA 4FIMA 4LUBA 1R1NA 3Q29A 2I3VA 3TQWA 4F22A 2ZNSA 5TPAB 3EPEA 3PGFA 2ZYOA 1POTA 3FXUA 4OVJA 1M5FA 2DWAA 3B6TA 4U4XA 4RXLA 3TZAA 3C31A 3TYHA 3ZSFA 4H8IA 1LCFA 3T93B 1A55A 2PYYA 4U2RA 4AQ4A 4EQBA 1A8FA 3TEPA 2OWTA 1TWYA 4U21A 5ELVA 4PFUA 1H76A 2XXVA 3CRBA 3S4UA 2QS4A 1B40A 4E0WA 5IAIA 2P2AA 4YB6A 5HBCA 1MXVA 4YB7A 2VD2A 2X7PA 4BDOA 1HSLA 3PPRA 1JVXA 4G68A 1D3KA 3O2AA 5H8QB 3OOAA 3MC2A 2UVIA 4X48A 3H03A 4GIZA 1B3LA 3C4MA 3QXMA 4KYDA 3MBPA 4XTCQ 3SEUA 3K4UA 3K6VA 3JV9A 5AA4A 5DT6A 3C35A 1B4HA 5ICQA 2PMSA 4F29A 4Q0CA 2XXPA 1DMBA 4YU0A 3CFZA 3OO6A 3UN6A 1R9LA 3Q26A 4R75A 5CBRA 4ISUA 1I6AA 1ZJLA 3KEIA 4FJPA 2Q8JA 3RPWA 3EHUA 4RPOA 2DOJA 3EHSA 3FUZA 1BTJA 1MXUA 4RNSA 4JDFA 3N5LA 4QFNA 4QSEA 2Q89A 3CFLA 3HN0A 4R74A 3OMBA 1B4ZA 1UTHA 1S9TA 3FZVA 1BKAA 1USYH 1P1OA 2H9BA 3OD7A 2Z8FA 3K6XA 1HSEA 4P0GA 2I4CA 3S9EA 3FJGA 2B3FA 2PT2A 1MXZA 2NUVA 5EHSA 4FECA 3PD8A 3QAXA 1IITA 3M3FA 2A5SA 1YTVA 4XKNA 4F3GA 3RTWB 4P0IA 4G4PA 1L5TA 3IB2A 4G8HA 5FHOA 2DWHA 1DTZA 3V89B 3MW0A 3EN3A 1S50A 3IK6B 3TODA 4OFJA 1SD3A 4DXUA 1J1NA 3RNNA 4G68B 4FE8A 4YKJA 3KBRA 4OXVA 3LSWA 2V3UA 1PDAA 3OEMA 5ITPA 2O51A 3BBRA 1JW1A 2CZLA 4JWXA 3PPOA 1BIYA 1DPEA 4P11A 1B58A 2Y7IA 2UYEA 1FQFA 4QF9A 3S2VA 1B0HA 1LGBC 3GBBA 1OVTA 5BUUA 2IA4A 3KN3A 1NFTA 1MS7A 3FD3A 3IOUA 3IO4A 1IXGA 3L6HA 4R6YA 4DXCA 3PUYE 4ZECA 3GBAA 3C33A 4KCCA 1GGGA 1NL5A 5F1QA 3DM0A 4OYVA 3K0VA 5H8FA 1S7YA 2HEUA 4GVOA 2F7CA 2F36A 4OETA 2DXYA 3O28A 1JETA 2ZYKA 2DVZA 2ZXTA 2F78A 3RN8A 5CM6A 4OQOA 2XXHA 2Y7KA 1LAFE 1QUIA 3U92A 4C1UA 2F6PA 1UTHB 2ZYMA 4R73A 3TAJA 2RC7A 2PVUA 4PP0A 3LSXA 3N6UA 3KGCA 3T96B 1XC1A 2I0CA 3S9NC 1Q35A 1MM7A 3LR1A 4KHZE 3RLFE 4G8NA 3VE1B 4UA8A 3IO6A 1KWHA 4XKQA 3CI8A 5L9OA 1A8EA 2RF1A 1B1HA 1N04A 2DYXA 1CB6A 3P7IA 2M8CA 5ICTA 2ZNUA 4GXAA 4NF5A 4DCXA 2XXTA 4DXBA 4YMAA 2OWSA 3K1MA 4MF3A 3V83A 1Q1KA 1XS5A 3RY3A 2HQ0A 3PPPA 3ZS6A 3G3HA 3Q28A 2F34A 3FASA 4RK9A 1UIVA 1ATGA 4ZEIA 1XOCA 1XT8A 3MPLA 4N6PA 3N94A 3W9WA 4KI0E 4LA9A 1AIVA 4KYSA 1Z7ME 4U1OA 3HHFA 1LLSA 3QIMA 1N7WA 3OSQA 4BDRA 1VE4A 4O3AA 1MDQA 4H0WA 1UQWA 3GXAA 2XX8A 3A09A 4C1TA 4FAJA 1B0LA 4HTGA 2VD3A 3FXRA 1LB8A 2AL4A 3U72A 3MZ1A 5H8HA 5L9MA 3VLUA 4GD5A 1IZ1A 2QMXA 4F3BA 2F5XA 2DS9A 5I58B 2H99A 1TXFA 3O97A 1OLCA 4MH5A 2UVGA 5I2KA 1B9JA 3U1OA 3R6UA 2DE2A 4DDDA 3RQTA 2PBWA 3K6WA 1B6HA 3THIA 1JW4A 1I6BA 3MVWA 3TDJA 5I57B 4ELPA 4PE5B 1R6ZA 1B5IA 4IGTA 2W7YA 3SEYA 5DTBA 1Y20A 2I49A 1B46A 4OFOA 5I2NB 4GWOA 1US4A 3HO7A 3N26A 4F19A 4NF5B 4YAHX 3IL1B 4ZEBA 5KDTB 2I3WA 4LONB 1DTGA 4JBZA 3QYTA 3QSLA 5I84A 1H45A 1GR2A 1R9QA 3PV0E 2E1SA 4Q30B 4X1BA 1A99A 1LFHA 4DCYA 1B3HA 5JK4A 4QRZA 2QS2A 4KR5A 2I4BA 1ZLQA 1IIWA 4FEDA 3WAEA 1M5CA 4HS7A 4H67A 3MUQA 3RTFB 4R72A 4WKMA 2RCBA 2Z8EA 4TLMB 1PBQA 1QKAA 3IR1A 2D3IA 1VFEA 5CI5A 5CC2A 5K2YA 3MZBA 3SDFA 4YKIA 4YKKA 4OTEA 1TFDA 2VGQA 4NF8A 4YZZA 3V8XB 4ZE9A 4JWYA 1MH4A 1RYXA 3G3JA 4KYEA 1JNFA 1I6QA 1B1XA 5JTYB 1N76A 3VV5A 5ITOA 3SKPA 4OFLA 3H6VA 2H98A 2FNCA 3TKDA 4BDLA 1SYIA 2ESNA 1MPCA 3SERA 2GH9A 3PUXE 4O3BA 4LQ2A 3W9VA 2Q88A 1A7LA 4F18A 4IO2A 1FCKA 1Y1ZA 4RPNA 4ECFA 1MQGA 4EF2A 4AB5A 5HM4B 3KJTA 1SI0A 3VVFA 1OQHA 3VDFA 1SBPA 3SEWA 4RY1A 4KQPA 3ODBA 4TLLB 4F31B 4ESXA 1BLFA 2XX9A 4IY6A 4QHQA 4RYAA 1NKXA 1LB9A 3CG1A 4QSCA 4AB6A 4OEUA 1PC3A 1VR5A 3IJOB 2WKYA 1GTKA 2HFBA 4OERA 1FW0A 5AE4A 4FATA 3FGSA 5I56A 3GLBA 1ZBMA 4BDMA 3KZGA 4UACA 4ELQA 1WODA 2PX1A 3G3FA 4JSOA 1P1QA 3Q27A 1Y3NA 1QUJA 2ONRA 4EUOA 3C36A 3TUSA 4U1ZA 5L9SA 5CMCA 1XVXA 1MQHA 1VFDA 4ZDMA 1PB9A 2XXUA 1RKMA 5FTIA 1FQDA 4GOTA 4ZS9A 5DYHA 2F6GA 2AYSA 1IEJA 1Y9UA 1A40A 3BKIB 3VLWA 1D9YA 1O63A 4H6DA 2B65A 4DIGA 1A54A 4BDNA 1FTKA 1JW5A 2ABHA 3IOVA 1IQ7A 4H5GA 1SVXB 2X7QA 1QUKA 3OO7A 4L17A 4OENA 1EZ9A 2HZKA 2B3BA 4YB5A 2XXWA 4GL8A 4NE4A 3MP8A 2P1SA 5AA2A 1N3WA 1DSNA 2I6EA 1MH3A 4I62A 3SEXA 4PETA 2O68A 3R7XA 4ZEDA 4THIA 3T9VA 3VLVA 5CBSA 4F1YA 3B6WA 1Y4TA 3C32A 1B51A 1BP5A 2XXQA 3T22A 1FTOA 4GLIA 5BWJA 4R2BA 4MFIA 3VVDA 1EZOA 4IO4A 3H7MA 3SESA 4U4SA 5EYFA 4EDPA 3AXFA 5AA4B 1N84A 3U93A 2HXWA 3IOTA 1MXYA 1D4NA 3MJNA 3H6UA 2KLFA 2XXIA 2OCUA 3TQLA 2NOOA 3TTNA 5TP9A 5I59A 1QKBA 1WVJA 3CR9A 3MPKA 4KCDA 1B7ZA 1ANFA 2QSXA 1MXWA 1MY1A 3VXBA 3PUZE 4RK2A 2GHBA 2V3TA 3HHGA 1MQJA 5L8DA 1OVBA 4IB2A 2G93A 4R9GA 4OESA 1ZU0A 3TTKA 4LATA 3E9XA 2QJEA 1FQCA 5A5XA 4R6HA 3RUMA 1EZPA 1P1UA 2Z8DA 1NNFA 2OBGA 4NEDA 1D9VA 2H5YA 1ZIUA 3VVEA 1FTMA 2Y84A 3PMVA 3RT6B 3MZ9A 2DSFA 4MBPA 2R71A 4C0RA 1SW4A 1URDA 2XD2A 4N13A 2I0BA 1EU8A 4QFPA 4PFTA 2GRVA 1UTBA 2QS3A 4DE8A 4U23A 1ZKBA 3IOWA 2V84A 3FVOA 1LBCA 4YKPA 4GXSB 3C34A 4DLDA 2NWJA 4YICA 3K01A 4ONYA 3O6HA 4GFRA 3RGYA 3HSTA 1MG1A 3LSFB 4Z0IA 1FTJA 3H3GA 2F7BA 3T9UA 4EQ7A 4LP2B 1MY4A 5DEXA 3C9HA 2XHDA 1MDP1 5FHMA 2H25A 3K1PA 4R6KA 3B7DA 3KFMA 3E3KA 2Y7WA 3D4GA 1T0KA 4ZEKA 1NH8A 3K1NA 2ONSA 5JEIA 4OEVA 4ESWA 4F1UA 3ECRA 3ZKKA 4IO6A 1LFIA 4WEPA 2XXYA 2UXAA 5H8FB 4OWDA 1Y4CA 3PUWE 2UYFA 1AL3A 2UVHA 3DLNA 1AMFA 2ZMBA 4FEBA 1SYHA 2XX7A 3G3IA 4POXA 2Y7RA 2Y7PA 3TFLA 4HW8A 3A3UA 3EHTA 4F2QA 4M4GA 4TOZA 5A5XB 3TTMA 3DP8A 1WDNA 1MRPA 4I9DA 2DWIA 4JSDA 3HPIA 1H43A 3KSJA 2GFEA 1F9BA 3KOTA 1FQEA 5DVJA 1UTBB 5IKBA 2Q2CA 1M5BA 3IB0A 2QS1A 3ONMA 2UVJA 3FVKA 3T9XB 4ZZEA 2O7UA 2I58A 2ALUA 2D5WA 1PB8A 4KD5A 3FJ7A 4G77A 4BLAA 4LZ8A 2ZNTA 4K3FA 4NF6A 4PQJA 5DVIA 3JYRA 3MVYA 3LSLA 3HCQA 3UP9A 2VOZA 4LZ7A 4GL0A 4F1VA 4HCWA 4F2OA 4I8CA 2AL5A 2XXXA 4XKRA 4QFOA 1LAXA 4PFYA 1UIUA 4HCYA 5M2VA 1LFGA 2LAOA 4EQ9A 4Z7EA 4NWDA 3MVXA 1SDXA 3WAFA 3PMXA 3OEKA 1YPNA 3T66A 2Q9TA 1LCTA 1B3EA 4EF1A 2HCAA 1DOTA 1Y1MA 1URSA 2G29A 3DELB 1JVYA 2O7IA 4MLQA 3CFXA 1XHYA 2VP1A 4JB7A 5K2XA 2RINA 5H8HB 3A3CA 3O6GA 3TPAA 3O29A 4KPTA 4NMYA 1NNTA 1US5A 5AA2D 3FJMA 1IUDA 3T9HB 5I2KB 1II5A 4R2FA 1Y3QA 3K2DA 1B32A 5CMMA 3BFUA 3PD9A 3CSGA 4EXKA 3VFJA 4DZ1A 3MVZA 2HZLA 1MXXA 3ILUB 1B7HA 1YCJA 4ZEFA 4OMBA 1OLAA 5KZTA 2F7AA 3TMGA 1B05A 4X9TA 2Z22A 3U8QA 3M3LA 3USDA 4ELOA 4GQOA 2DWJA 3PPNA 4G2ZA 3F11A 1PB7A 2I48A 1VSOA 2DE4A 4GF8A 3FVGA 2ANJA 1CE2A 4NF4A 3TTRA 4LVQA 5FTHA 1MQIA 3H6WA 2O6AA 1H44A 4OZ9A 2V25A 3KG2A 3KN8A 2YPNA 4IO7A 1QVSA 5J1DA 4NF6B 1LAHE 2ONKE 3M8UA 1MM6A 2A5TA 1FQAA 2THIA 2GHAA 3SEVA 4POWA 1TT1A 2V3QA 5CRYA 3D4CA 3K00A 4NTLA 1NH7A 1NMUA 4BDQA 4XKPA 4O3CA 4IY5A 3PPQA 2QRYA 1GV8A 1MY0A 4X1DA 1ZTYA 1AOVA 2OK2A 3GZGA 4NF8B 4JXIA 4PFWA 4MLVA 3MP1A 1B3GA 1Y3PA 2HAUA 1QULA 3L6GA 3TELA 1POY1 2X26A 4N07A 1OMPA 4F39A 4RA1A 3G7WA 2DXRA 4Q8RA 3IORA 4QFKA 2O84X 1Z7NE 2OLBA 4GRKA 3I3VA 1O7TA 4U22A 1PBPA 5B70A 2NVUB 2FYIA 1USYE 2RCAA 4H65A 4LZ5A 2XXRA 3ZKLA 2NXOA 2H4IA 1H3DA 2R6GE 1O64A 2ZYNA 3U94A 4EXLA 3TCFA 4XIGQ 3FIRA 3UIFA 3LUYA 3MP6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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