1YPNA

Reduced form hydroxymethylbilane synthase (k59q mutant) crystal structure after 2 hours in a flow cell determined by time-resolved laue diffraction
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
304
structure length
294
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDVGQGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
publication title Time-Resolved Structures of Hydroxymethylbilane Synthase (Lys59Gln Mutant) as It Isloaded with Substrate in the Crystal Determined by Laue Diffraction
doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 92
structure length 294
sequence length 304
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1998-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1ypnA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ypnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ypnA02
1UIVA 4P0IA 5A5XB 2GFEA 3U94A 4AQ4A 2V25A 5CC2A 3SEYA 1OLAA 3E4RA 5B70A 1ZU0A 3KG2A 3KZGA 5JTYB 3W15C 1FQEA 2VHAA 3C32A 4XKQA 2NWJA 1IXCA 4HCWA 4BDQA 3EN3A 4LZ8A 4XTCQ 2Q88A 2I4CA 2QS1A 1PBQA 3MUQA 2QS2A 2KLFA 4RPNA 5F1QA 1N84A 1PEBA 1Q35A 4H0WA 2ZYNA 3HN0A 4L17A 4NF6A 2HZKA 1CE2A 4QSEA 3Q27A 3PUVE 1FTKA 4R72A 3SDFA 5ICTA 4H67A 3S2VA 3PV0E 4HCYA 4LUBA 2PBWA 3FVNA 2ZYKA 1KWHA 4I8CA 3MZBA 3USDA 2F35A 4BDRA 3K4UA 2OLBA 3N6TA 3ONMA 3OMBA 4LP2B 2I0BA 2I0CA 3IOUA 3TCHA 4IO7A 2HXWA 2V3QA 1XS5A 3H3GA 5I59B 4DZ1A 4OZ9A 3H03A 1EU8A 5H8NB 2XD3A 3P7IA 3G3KA 1N7WA 2R71A 3T22A 3S9NC 3LC8A 2DOJA 5I56A 2DWJA 1VSOA 4KYSA 4QFKA 3T9VA 2QRYA 4LQ5A 2DXRA 2P1SA 3MAMA 4FEDA 3B6WA 3CSGA 1OVTA 1Y3QA 1MPBA 1Y4TA 4EF2A 2D5WA 3DELB 4OEUA 1URGA 1ZKBA 3T66A 3MVYA 1F9BA 3HO7A 2ANJA 3IB1A 4F1UA 3HHFA 5I2NB 2I58A 5DEXB 3SESA 4U22A 5L8DA 1B3HA 2VD2A 4N6PA 1B7ZA 4F3GA 3GZGA 2QMWA 4NF4A 4DCYA 5H8FB 3FIRA 3FJMA 2AYSA 4GXAA 4G2ZA 2PT1A 4ZEBA 3QYTA 4TQUQ 2NXOA 4OTEA 1B0HA 1IQ7A 2GHBA 4KYDA 4OETA 3UIFA 2F8DA 1LCTA 1NNTA 1UIUA 3V8XB 3OOAA 5H8QA 4H1XA 3T9UA 2H25A 2G93A 4JBZA 1RYXA 4ELOA 3RT6B 4U4XA 3EF7A 2REJA 3RTWB 4ZEFA 3TTNA 5DVJA 1B3LA 4JSDA 4ZDMA 2H98A 4IO6A 1H45A 3A3CA 4F2QA 4YB7A 4UA8A 3RNNA 1GR2A 5H8SA 4H65A 3PPOA 1A40A 3MVWA 2E1SA 4BDNA 3RGYA 2YPNA 2QS3A 3PGFA 4YB6A 4GFRA 4NF8B 3K6UA 1HSEA 1QUIA 2H4IA 4JWXA 1UTBA 5FHMA 2B3BA 2GRVA 4QSDA 1GGGA 3HV1A 1QKAA 4PFUA 1IZ1A 1IITA 4DXCA 3OO6A 1LAGE 4POWA 1AL3A 1N7XA 4G68A 3OSRA 3C9HA 3PPNA 2W7YA 1NNPA 4KYEA 3SEWA 3GXAA 1BTJA 1OQGA 1PBPA 2RINA 2THIA 1LFHA 2ABHA 3B6TA 4I62A 4FAJA 1US5A 3OXNA 1MRPA 4RNSA 3DM0A 1LFGA 4NWDA 4BLAA 3ILUB 1SW1A 1XHYA 1OVBA 3BFUA 3TMGA 1PB7A 1QKBA 4F31B 3VVDA 2ZNUA 4ZS9A 4XIGQ 2VGQA 5K2YA 1ZMGA 1YTVA 3CFXA 1TFAA 3EHTA 5DVIA 1YAEA 1B4ZA 5H8HA 3SEVA 1SW2A 3FXUA 3PPQA 1LAFE 3O97A 3MP8A 4GXSB 4KHZE 2NUVA 1Y1ZA 5I57B 2XXUA 4BDMA 3O28A 2Q2CA 5HM4B 3ZS6A 4IGRA 2CZLA 1JW4A 5HBCA 3CR9A 5F7VA 3FXRA 1B6HA 1WVJA 5TPAB 1LCFA 4LQ2A 1NKXA 4KQPA 3MJNA 1I6QA 2Q8JA 3TDJA 2BJJX 1WDNA 5L9SA 5KCJB 1MY1A 4YICA 2F34A 5IAIA 4XKRA 5BWJA 3HSTA 3FUZA 3K6VA 4H8JA 5L9MA 1LAHE 3EQ1A 1MM7A 3LSXA 2XX7A 5I2KA 5KDTA 3FATA 3QK6A 1P1QA 4G68C 1B5JA 1DSNA 3QXMA 3IORA 5CBRA 2UVHA 1A8FA 1MQGA 1PB8A 3TYHA 3THIA 4C0RA 1SW5A 3FD3A 1B0LA 4PETA 5AE4A 5KZTA 1TFDA 3VFJA 3SEXA 4JDFA 1LAXA 1IUDA 4NF5A 1FTMA 1FCKA 1JEVA 4OESA 3QIMA 1MPDA 1URDA 4TLLB 2QS4A 1QJMA 4LA9A 3FV2A 4U23A 3T93B 3U1OA 4P0GA 3VLVA 4JWOA 1SDXA 5A5XA 4N07A 4EQ7A 2UYFA 2UVIA 1L5TA 3IK6B 3KBRA 3H06B 3RLFE 2QPQA 2OK2A 3G7WA 2OBGA 3PUWE 1QUJA 3RPWA 4GIZA 3VV5A 1FQDA 2XXHA 4Z7EA 4RXLA 3K01A 1H44A 3RY3A 1NL5A 1TT1A 3TQLA 2ONKE 4O3BA 2NOOA 1IXHA 2ZNTA 4Q8RA 3PMXA 4FATA 3S4UA 3ZKLA 3PD9A 3IOTA 2DVCA 1OQHA 4YU0A 1NH7A 3M8UA 5DT6A 3UK4A 2Y7RA 3M3KA 2DXYA 4F1VA 3TTLA 3VVEA 3SEUA 2ONSA 5I59A 3W9WA 4WXJA 5H8NA 3WAEA 4F1YA 3MBPA 3CFLA 5J1DA 1A54A 3C33A 5CRYA 4IY5A 1NNFA 1SI0A 1DMBA 5ITOA 4OMBA 4TOZA 3Q26A 4P11A 2I3WA 4GD5A 4OQOA 2ESNA 1YPNA 3LSLA 3OEKA 4H6DA 3KSJA 2Y84A 4ZECA 4FJPA 1O64A 5AA4B 4R6KA 3TQWA 3OO7A 1AOVA 4MH5A 1B7UA 2DWIA 1MXUA 3IJOB 2F6GA 5I2NA 2O69A 4WEPA 3M3FA 5DEXA 1SD3A 3K1NA 1FQCA 3CG1A 1D4NA 1HSJA 3R7XA 4RYAA 2ZMBA 1MH4A 2XD2A 2XXIA 4RK9A 4F19A 3DP6A 3JZJA 5H8FA 5TP9A 1B46A 1USYE 3IOWA 2RCAA 4R75A 3LR1A 3PMWA 3PUXE 3OEMA 3MVZA 3R26A 2QJEA 1Y4CA 2LAOA 4QFLA 1B58A 1UTHB 1B51A 5I58B 3K00A 4G8HA 1J1NA 3M3LA 2VP1A 4ZE9A 3V83A 1EZ9A 5IKBA 1EH3A 3TELA 2ALUA 3C4MA 5TP9B 1MDP1 3O2AA 2I4BA 4QHQA 2F6PA 2XXRA 4ZEDA 3FXQA 4QFNA 1A7LA 1OLCA 1A8EA 4QFPA 4QRZA 1JW5A 4F39A 1M5FA 4YB5A 3CG3A 1FTLA 5B7DA 3U92A 1NFTA 1POTA 3PD8A 4ZEKA 1MY2A 5FTHA 2X26A 2O84X 3OELA 3RN8A 3KN7A 3MWBA 3K1MA 4NF8A 1N3XA 3Q29A 3H6TA 2DWHA 2RF1A 5ELVA 2HAVA 2DE4A 5CBSA 4OYVA 1FW0A 4DIGA 1P1NA 4U1ZA 4QF9A 5ICQA 2DP8A 1NNKA 3VE1B 3PPRA 1GVCA 3TPAA 1XC1A 1S50A 2DSFA 4I9DA 3TCGA 1Y20A 1OMPA 4U21A 2F5XA 4DCXA 4EXLA 2D21A 2I48A 2B65A 3K1PA 3LUYA 3TTKA 4U4SA 4WEDA 1TWYA 3SKPA 3T9XB 2Q89A 4Q0CA 4F18A 1N3WA 2GH9A 3QAXA 3Q28A 4IO5A 1P1WA 3U72A 3FJ7A 3FJGA 3BBRA 3IR1A 1MXZA 3UA8A 1A55A 1JVYA 1B3EA 4YKJA 4YMAA 2UXAA 1DTZA 1IXIA 1Y3PA 1B1HA 3G3HA 3KGCA 4ECFA 4F3SA 1D3KA 2H5YA 5CMKA 1H43A 4O3CA 2NVUB 4LZ5A 3F11A 3ODBA 2HEUA 3R6UA 4RA1A 2XX9A 4LATA 1XT8A 5CM6A 4THIA 1MXWA 4EQ9A 2PT2A 4ZZEA 5I57A 5DYHA 1T0KA 3EHUA 2V3UA 3H6UA 4POXA 3MVXA 4RJZA 2UVJA 2O1LA 1QULA 4G4PA 3UP9A 1JVXA 3SETA 2DE2A 5BUUA 5TPAA 4Z0IA 3TTMA 3FGSA 3ECRA 2X7QA 3N6UA 1Y1MA 1MQHA 1QVSA 4H5FA 3BKIB 4G8MA 1LBBA 1OIBA 3N94A 5KCJA 1BKAA 3OSQA 1P1UA 4AB6A 3ZKKA 4YMBA 1USYH 1Y3NA 3C34A 3HCQA 1GTKA 1N76A 5CMBA 1JETA 4EXKA 4MLQA 4DE8A 2O7IA 4OVJA 3DP4A 4R74A 1UQWA 1XOCA 4NEDA 3IO6A 3H6VA 3A3UA 3EHSA 1Z7NE 2V93A 2VOZA 3TODA 1JQFA 2O6AA 1D9VA 3DLNA 3GLBA 3WAFA 3LBSA 1P1OA 4QFOA 1POY1 3G3JA 2M8CA 2O7UA 1IIWA 1B5HA 2E0SA 2XX8A 3D4GA 4DDDA 1Y9UA 2OZZA 4UACA 4R9GA 2F7AA 1RYOA 2AIXA 4F3BA 4YKIA 3MPLA 5AA3A 2YJPA 2Y7WA 4F2OA 1N0TA 4DXUA 4ZZAA 1DPEA 4Q30B 3VLWA 3K6XA 4IO4A 4KR5A 2OWSA 3PUYE 1DOTA 2H9BA 4HS7A 5DVFA 5EYFA 4NMYA 2H99A 1M5EA 1MY0A 2I6EA 3HPIA 4ELQA 3S9EA 5ITPA 1EZOA 4QSCA 2OJTA 3V5AA 2A5TB 4XKNA 3I3VA 5AA2A 3K2DA 2CMOA 1CB6A 1B40A 3C35A 3MZ1A 4G77A 3TEPA 4IGTA 4YZZA 2Y7PA 3MP6A 4U2RA 3KJTA 1NH8A 2R6GE 3CSBA 1PDAA 5ISUA 1URSA 4TLMB 2Q2AA 1SQYA 2Y7KA 1O7TA 2DQVA 2QMXA 3JV9A 4IY6A 3TCFA 4X9TA 5AA2B 2DE3A 4RPOA 2X7PA 3O6IA 1I6AA 1XVXA 1H76A 3EPEA 2Z8DA 3O6HA 1MDQA 1MQJA 4IO3A 1MQDA 1I69A 2HFBA 1FQAA 3RTFB 2DYXA 4OFJA 4IO2A 2Z22A 2V84A 1SVXB 3CIJA 4LONB 2DWAA 1MM6A 4ELRA 1B5IA 2DS9A 1AMFA 2XHDA 4R73A 3ZSFA 2ZNSA 2XXQA 1SW4A 3TZAA 3CI8A 4KFQA 3OENA 2HCAA 4R6HA 3ILTB 4N13A 4NWCA 4HTGA 3IOVA 1MY3A 3FVOA 3I5OA 3U8QA 2ONRA 5AA4A 2B3FA 4EF1A 4LVQA 3VLUA 4KD5A 3LSFB 2Z23A 5HPQA 2HZLA 1MG1A 3KOSA 2HQ0A 2F7CA 1I6BA 1M5BA 4I1DA 3RT8A 1GV8A 1B7HA 3K0VA 3VDFA 4KPTA 4EQBA 3O9PA 1MQIA 3VXBA 1MPCA 1DPPA 1S7YA 3FV1A 3N5LA 4OWDA 2WKYA 4C1TA 3RQTA 2XXVA 5FHNA 2IA4A 3A09A 1B3FA 1N04A 1QW0A 1LSTA 4NF6B 1UTHA 4GVOA 2XXTA 4ELPA 5I58A 2PVUA 2ZYOA 1TXFA 2R9JA 3UGWA 3L6HA 3H4ZA 3K02A 2HAUA 1SYIA 1JEUA 4HW8A 5M2VA 4C1UA 3S9MC 1ZTYA 2F7BA 4LZ7A 3TTRA 2RCBA 1ZBMA 2FYIA 4OXVA 3PU5A 4DLDA 3VVFA 1IEJA 2P0SA 5AA1A 3IX1A 5CMCA 4ND9A 2QL3A 4H5GA 3SERA 3CFZA 3S9LC 3T9HB 5AA2D 4H8IA 1XVYA 3G3FA 3IAZA 4JB7A 4KI0E 4XKPA 1FQBA 4PFTA 1FTJA 3UN6A 3B7DA 5I56B 5LOMA 3KJ7A 3E13X 4GLIA 2O1MA 4ESXA 1YCJA 2F36A 3PMVA 2DVZA 4PFWA 3KFMA 1FQFA 4PFYA 5EHMA 1ANFA 3H7MA 3GBAA 1B9JA 2Y7IA 3T96B 4PE5B 1AH5A 1JW1A 4E0WA 1VFDA 2FNCA 1BP5A 2RC7A 1R9LA 4YKPA 2D3IA 1LFIA 1RKMA 3GBBA 2RC9A 4NF4B 1EZPA 3QUFA 4PP0A 1MH3A 3IJXB 5JK4A 3TUSA 4X1DA 4DXBA 2VD3A 3G3GA 3CRBA 4M4GA 5FTIA 2XXPA 5H8QB 1II5A 4X48A 4FIMA 4IB2A 4GF8A 4GQOA 4WKMA 2QSXA 1US4A 1VR5A 3LSWA 3MQ9A 3IO4A 3HHGA 4F29A 3OD7A 3IB0A 3KEIA 1B52A 5CI5A 4MF3A 1MXVA 2AL5A 4JXIA 3U93A 3N26A 1A99A 3QUJA 2XXYA 3KSXA 3FVKA 4KCDA 5EHSA 2AL4A 3FVGA 1DTGA 3PUZE 2G29A 3O29A 3C36A 1R1NA 1LB8A 3FASA 5FHOA 2O68A 2OWTA 4R2FA 4K3FA 3W9VA 2PYYA 4MLVA 1LGBC 1SYHA 1UTBB 4ISUA 3MP1A 3O6GA 4FE8A 1Q1KA 1R6ZA 1LLSA 1SBPA 4AB5A 3TAJA 4EDPA 4F3PA 2IEEA 1BIYA 4BDOA 3KOTA 4G68B 3FZVA 3L6GA 5TU0A 2ZYMA 3H6WA 5K2XA 5L9OA 1PC3A 1Z7ME 4MBPA 4BDLA 2ZXTA 4XXUA 2Z8FA 1ELJA 1BLFA 4JWYA 4U1OA 1P99A 2FA7A 1D9YA 2UYEA 5I84A 4RK2A 1MXYA 3CVGA 4ZE8A 4E0XA 4YKKA 4OHNA 2REGA 2YLNA 3IB2A 3OO9A 1MY4A 1MXXA 2RKMA 1JNFA 2I3VA 2P2AA 3MPKA 2PX1A 5CMMA 1ZJLA 2A5SA 3Q25A 1VE4A 2O51A 3MC2A 4G8NA 2RC8A 1NMUA 3V89B 2XXWA 2UVGA 1MS7A 3BFTA 4ONYA 5H8HB 1ATGA 3VXCA 1WODA 5JEIA 1PB9A 1VFEA 3TFLA 4MFIA 3OO8A 4OERA 1B05A 4R6YA 5DTBA 1S9TA 4R9FA 4GRKA 4GL8A 4OFLA 2I49A 3KN3A 4O3AA 3D4CA 3AXFA 4RY1A 2A5TA 1M5DA 1B1XA 4GOTA 2GHAA 4X1BA 1B32A 1M5CA 1SI1A 4FECA 3MW0A 1ZLQA 1LB9A 4GL0A 3B6QA 4OENA 3DP8A 1R9QA 3O66A 4R2BA 4ZEIA 2OCUA 3RUMA 4F22A 4NE4A 4YAHX 4OFOA 4PQJA 1B2HA 1H3DA 1QUKA 2F97A 2Z8EA 4JSOA 4KCCA 1LBCA 4NTLA 5I2KB 3JYRA 3PPPA 1HSLA 5KDTB 3E9XA 1B3GA 4ESWA 1O63A 3TKDA 3IL1B 4M1VA 4Q5TA 2Q9TA 3G3IA 3MZ9A 3C31A 2F78A 1ZIUA 1AIVA 5JTYA 1IXGA 4FORA 4EUOA 4GWOA 3UORA 1B4HA 2PMSA 3K6WA 4NF5B 3I6VA 2XXXA 4OEVA 4FEBA 1FTOA 3QSLA 2V3TA 3E3KA 3KN8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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