5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
5BXPA 5A6BA 3BGAA 2D24A 3NDZA 5D4YA 2IXVA 2X0HA 2XVGA 1H0GA 3MMUA 4H7VA 1JZ8A 1E0XA 3WBEA 1MWOA 3K1DA 2W67A 3MMWA 3WF1A 3WQ5A 2VVSA 3BSHA 3AHTA 1W3JA 3A4XA 1US3A 4HPHA 1LG1A 2BFGA 3FAWA 4HA4A 2YJQA 2WC7A 5A2BA 4WKFA 2XIIA 3WNLA 2XUCA 3RO8A 4V27A 2F61A 2A3BA 3WH5A 2XGBA 4PSRA 4NSBA 1VFMA 3DYPA 4HA3A 2QMJA 1C8XA 2WVSA 1GOMA 3W29A 3ZJ8A 3ZQ9A 1QNQA 4PMXA 3WDJA 3CZEA 4CVWA 1QVBA 1EDTA 4AZ5A 4JL2A 1LWJA 4PMOA 4AY1A 1PZ3A 1W9UA 2CPUA 1F4AA 3AS3A 3K4AA 4K68A 4FLOA 4JAWA 4PMQA 3UG4A 3AMLA 1RPKA 3VGEA 1UR0A 1V3MA 3AMCA 3ZJKA 1LLOA 4U2YA 1BPLB 1V3HA 1A3HA 1UKPA 1XH1A 4U2ZA 1OB0A 3U7BA 1GCYA 4WKHA 5FD0A 5I24A 5CSUA 4JIEA 1HJWA 1W9VA 1E1EA 2PWEA 2J62A 3W4RA 4AW7A 1W32A 3WH9A 4QCFA 2WXDM 1M04A 1VB9A 3VNZA 2J4GA 3WQ6A 2VJXA 1MQQA 3AQUA 2J47A 4MJ2A 2D2OA 4KGJA 4CD7A 1B0IA 3VO0A 3L4XA 4KH2A 2A3AA 4JHOA 2VTFA 5IDIA 4R5EA 2DT2A 1E0VA 3AJ7A 3SUVA 3PZMA 3FNDA 1KWKA 1WDRA 4AXNA 4W5UA 2DIJA 2UY3A 2DT1A 5M03A 4OZOA 3WDHA 3WMBA 1UKQA 4HMEA 3RM9A 3GNOA 1LWHA 4BZYA 1EHAA 3IAQA 1DWGM 1JZ4A 4Z2JA 1KCLA 1E72M 4C7DA 4UOJA 3L2MA 1UOKA 3GXDA 3OG2A 2AAAA 1D7FA 2V3GA 1JXJA 1V6XA 5I3DA 1K6AA 1R86A 2Y8KA 2W61A 4QAWA 3UCQA 1I1WA 4CU7A 4JZ5A 1VRXA 3B9AA 4UFJA 2EO7A 3VDAA 3VGDA 1E1FA 1SR0A 2GJXA 4PUEA 3BLKA 4BQ3A 3PZVA 3DYMA 4MNMA 1ZL1A 2XHYA 2CNCA 2EPLX 3QOMA 1W3HA 1CECA 1EQCA 4CCCA 3CUJA 4J7RA 3WEOA 1B3YA 4TOQA 2WKLA 1VJSA 3GBEA 4CD6A 2J78A 3G6LA 3SIMA 4GPNA 4F79A 2EBNA 1PZ2A 3F5JA 3VMOA 4FK9A 2IUZA 1PPIA 3WL0A 3S2CA 5IHRA 1DHKA 1VENA 1X6NA 4GINA 3OLIA 1K9TA 1E5NA 3MV01 1U30A 3VINA 2YBUA 4KGLA 1WO2A 2ZXQA 3GYCA 1PIFA 2CBUA 2GVYA 1HP4A 3VD3A 1UR4A 1TFVA 1J11A 1E4MM 3SCTA 4P7NA 3AIWA 3AHVA 1J0KA 3WEMA 1CWYA 1IV8A 2D23A 1BYBA 4P8WA 1UWTA 1W2PA 3LMYA 1UH4A 1J0JA 4E4PA 1WE5A 1JAEA 3CBWA 5FL1A 3BAWA 5E6YA 5I78A 1E56A 2J79A 4GKLA 4ATWA 2J7EA 1UHVA 1UWUA 2O92A 1W1TA 4UFHA 4W87A 4PMNA 4MB4A 3UERA 4JFVA 4IISA 4EK7A 3BAKA 3MUAA 3WF0A 2XM2A 4TUFA 4P7RA 2CHOA 4HOXA 3OZOA 3N18A 1Q6CA 2WLYA 3L4YA 4EE9A 1E40A 1J0ZA 4X0NA 3CUHA 1G1YA 4IM4A 4HMCA 2VR5A 4TX8A 4AEFA 3IANA 3SEPA 1UKTA 5GNXA 5A94A 5M17A 2GDVA 4NI3A 2NT1A 4B16A 2V38A 4D6CA 2FGZA 2AMGA 4TX6A 2WVVA 2PWDA 2WCGA 1E55A 1PAMA 2VI0A 4Z2HA 4H41A 4P8XA 1EOMA 2J7GA 1UWSA 4A4AA 3QGVA 1VEPA 1HP5A 2WYSA 4B9YA 4TVUA 4FLRA 4J28A 4AD1A 4R27A 2W66A 3BMWA 1S46A 3G6MA 5I23A 2OWWA 2ZUVA 1DEDA 2VQUA 1W9PA 1Z32X 1TA3A 5D8WA 4B3KA 1LL6A 4TVDA 3MUZ1 1JFXA 4LX4A 3O2LA 2YL5A 3PZ9A 3AMDA 1GQLA 1B31A 2NSXA 3CUFA 1BYCA 1TR1A 4UCFA 3KEHA 4CD4A 2E9MA 1TUXA 1QNPA 2VRJA 1UH3A 1HJQA 2UY5A 3WNMA 8CGTA 2DPEA 2XG9A 1I75A 2Z1SA 2VCAA 5GQBA 4UQEA 2FHFA 4CD5A 4AZCB 5IFTA 1QI0A 4OUEA 1H0IA 3AZRA 4FF5A 1OM0A 3FN9A 2V5CA 2CESA 3CHEA 3CH9A 5HPCA 3I3EA 1B9ZA 1J0IA 4CU6A 3WDIA 1CXLA 1BF2A 1E71M 2CEQA 1KXTA 4URIA 5D9OA 1C91A 1NOFA 3AOFA 4UTFA 1EA9C 3N11A 1FH8A 3VNYA 3ZR6A 1GJWA 1E6QM 2BNJA 3BH4A 5BXRA 3BAIA 2XVPA 3NJ3A 2V5DA 1ODUA 5JUVA 3WUBA 3APGA 1HKIA 2CXGA 1ZB5A 3AMKA 5HNNA 1CIUA 1GQIA 3FY1A 3WY1A 2PF0A 2ZX9A 3OZPA 1BGAA 2QLYA 3TONA 3IJ9A 2G41A 1R87A 1L0PA 1HJSA 5IFPA 4U5IA 3JUGA 5CLTA 4PMRA 5DF0A 1MQRA 2WHLA 1MW1A 4UFMA 2XVKA 1H5VA 2FGLA 3A6OA 3WEZA 3WBAA 1VBRA 2FH6A 1WB0A 2BHUA 4AISA 6CGTA 5BXSA 5BXTA 1QHZA 1PEZA 1B3XA 1QHOA 4Q7NA 4JFSA 4LQ1A 1JDAA 4ZXOA 3U5YA 3DC0A 4AIUA 3D5HA 1HNYA 3TTOA 5LYRA 4UQ9A 2X09A 1DWAM 1CXHA 3U57A 5E09A 3WH6A 1V0NA 4GQRA 3HJEA 4UOQA 1GOIA 3AIRA 2CBVA 5CPQA 5BRQA 3AS2A 4QFUA 5D9PA 3K46A 2ZWYA 4M8UA 3MU7A 1KFWA 3AIUA 2BY0A 2ZXDA 1E3ZA 3BSGA 2UY2A 1PBGA 2X1IA 2WMIA 1L8NA 2ZUTA 4ATDA 1KGXA 1CLXA 3W28A 1B1YA 1JNEA 4PTXA 4JFUA 5ABGA 2ZUUA 4ZE5A 1FP8A 4HOZA 2BVTA 2CERA 1GNXA 2XSAA 2WAGA 1QBBA 3OLDA 1WP6A 4H8HA 3OGSA 2WANA 1JZ6A 4DWSD 4P8VA 3ARXA 5CQ1A 1E6NA 5C8BB 1QNSA 3THDA 1E70M 2XIBA 1TE1A 3ARYA 1EO5A 1JG9A 3VILA 3CTTA 1XSKA 3AXIA 4JHZA 1UD3A 4OKDA 3SCUA 2VT0A 1GQJA 1GUVA 4A3YA 2RGLA 4PTVA 1TMQA 1JYNA 1HJXA 2WMKA 2YL6A 1JZ2A 1EOKA 4DWSA 3PTMA 2CIPA 3WENA 4CU8A 2VZVA 4QLKA 3OLEA 4NRRA 1LF1A 2OWCA 1GHRA 4JCLA 1XGZA 2CBJA 4J3UA 4ML4A 4IPLA 4WK9A 3RPMA 3TOPA 2FDMA 1XH2A 1UD2A 3PTQA 1ZJAA 4W88A 3QR3A 1QHPA 2G4FA 1KR0A 3A4WA 3VMPA 1JL8A 1SMAA 5DT5A 2J25A 3RDKA 4L4OA 3M07A 2ZXAA 3B8SA 3AHXA 3WQWA 2YA0A 1D3CA 4AZ6A 4S3JA 3ZT5A 5KZ6A 1DWJM 3VGBA 3WSUA 3VIPA 4ATLA 1P6WA 2ZX5A 1Q6FA 2B31A 3WF2A 3T09A 1HKKA 2YDQA 2VQTA 3W6LA 3M46A 1GORA 1PIGA 1MYRA 4ACZB 3KL3A 1GPFA 1V0KA 3MSDA 1BVZA 1MVYA 1OWQA 3AICA 4MAZA 1U33A 3PZUA 1W9DM 1V3KA 2HVMA 1ECEA 2GDUA 1UR8A 1E5JA 1C7SA 4AEEA 5ABHA 5BRPA 2XPKA 5JBFA 5A8OA 3SUWA 2WMJA 1ITCA 1ISWA 1V6VA 1JXKA 2ZUWA 3VTRA 1NARA 1Q4NX 2BS9A 4JFWA 3T0BA 5KEZA 3GH7A 1H2JA 3WNNA 4W5ZA 2VOTA 3SCPA 2D1ZA 3SCSA 2X8RA 9CGTA 4CUCA 1GOQA 1EHNA 4UQBA 1QI3A 1HX0A 1IZKA 1UQZA 2VX5A 4AIOA 5CPTA 1KBBA 4PBGA 3EMZA 4D72A 2PI6A 3VIHA 5BROA 3OLGA 4PSPA 5FCZA 1E6SM 2YIHA 1ZBKA 1ZJBA 3CLWA 3CUGA 5A95A 2VZSA 1OT1A 4GZEA 1CYGA 4PRWA 1O7AA 1ESWA 2CETA 1LG2A 3TTSA 4UNIA 1GHSA 1W1VA 3I3DA 4CCDA 1VEMA 2C7FA 4MNJA 4AWEA 2FHCA 4H2CA 1MW2A 4XV0A 8A3HA 2DDXA 2WMHA 3UETA 5HOSA 2G3NA 3ALFA 1XV8A 4NZCA 2A3HA 1JYXA 2YA2A 4M29A 3VMNA 5EMYA 3VM7A 3WDRA 2DSVA 3ARPA 1CDGA 3OIHA 4WJXA 1UR1A 3WH7A 4S3KA 2JALA 1DP0A 4PMDA 1OIFA 3MMDA 3RILA 3ZMRA 1W91A 3ARZA 4CN6A 1E15A 3VVGA 3WQ4A 4F66A 1FFQA 3FAXA 5CLWA 3SUSA 3VX0A 1UWIA 1CXEA 4PCTA 2PC8A 1JDCA 1GOKA 1ISVA 4CD8A 2YL9A 1E9LA 4D71A 3PN8A 1OD0A 1CGVA 1JF5A 1XRVA 1M01A 5DO8A 3VUPA 1MXGA 3EYPA 2WZHA 5BCAA 4GI9A 3PZQA 4GO8A 2O9TA 2EXOA 2G3JA 2VX6A 4U5KA 5ABFB 2WCAA 3MO4A 2QV4A 1MXDA 3UR8A 3N15A 1RH9A 1GZJA 1E6RA 1C8YA 1RP8A 5FIPA 1UR2A 3N04A 4W8AA 1BYDA 3WD1A 3RCNA 1HL9A 1V0LA 1BG4A 4MAVA 1JIBA 4V28A 2VO5A 4UZUA 4V2XA 1UWRA 2ZXBA 1BG9A 1JD9A 4M24A 4CN1A 2EJ1A 3WUEA 1AQHA 3MUIA 2BV9A 1QW8A 3L4WA 1M7XA 3NDYA 4AZ7A 2WHKA 2VZUA 4U31A 3GH5A 1C90A 3VGHA 1PJ9A 2JF6A 3D3AA 4MPKA 5LA1A 1VEOA 4X9YA 4HPGA 3CO4A 1M53A 4U33A 1JNDA 1CGUA 5E0FA 4BQ2A 1EDGA 2J77A 4W89A 1ISZA 1ITXA 1XCXA 5CJ5A 1E6ZA 1H41A 1VBUA 2ESCA 5A2CA 1UD4A 2GFTA 3WD2A 3GNPA 3MS8A 5BYWA 2G3MA 1MQPA 3PBGA 1CGWA 2DSUA 1ZS2A 1X6LA 4W84A 2JIEA 3VIGA 1TG7A 3VX1A 3MANA 3N13A 5DEZA 2DT0A 3AS0A 1GVIA 2VVNA 3AXXA 3MUY1 3KZSA 2XM1A 4FLSA 5FOOA 3B9EA 4OBSA 1V02A 3L4TA 4QP0A 3PZOA 5LA2A 2W4XA 3DYOA 1VFUA 3AIVA 4UZSA 1UYQA 3WD4A 3LPOA 2VZTA 2VRQA 2F2HA 4AD2A 3GXIA 1E4NA 3ECQA 3NSMA 4WSJA 5EBAA 5GNZA 4UQAA 1ZBVA 3T0DA 1RP9A 4E8CA 4W7UA 4C7GA 3AXHA 4HZ7A 5GNYA 2Y4SA 4L4PA 2PWHA 3W26A 4HA1A 2DEPA 5AC5A 3EBVA 3CMJA 4B15A 3NSNA 3UG3A 2Y24A 1FFRA 5JBDA 2XFRA 1HVXA 3A4AA 4D6EA 1Y7VA 4XUYA 1UKOA 3OB8A 1V02E 4WSKA 3A47A 4DUVA 1E6PA 3NCOA 2CHNA 4M82A 3W27A 1B90A 3UEQA 2GK1B 5M3WA 2VX4A 4PMUA 1WZKA 1N82A 4PUDA 4W8BA 3GH4A 2E9LA 2XWEA 1A47A 1MW3A 2WHJA 2D0FA 3VD9A 3F5KA 4BF7A 2Y2WA 2WCSA 2PWFA 1KCKA 2DSKA 1EIBA 4LYPA 3WQ8A 3GZAA 2CITA 2QHAA 1UG6A 2W92A 5CPSA 4GI8A 4OOZA 4XX6A 3SCQA 5FL0A 1QI4A 4MB3A 1CGTA 2F8QA 3OA5A 4GIAA 3POCA 1JFHA 1YHTA 5CG0A 2E8ZA 5E0CA 2J8GA 3AHZA 3WF4A 1KXVA 4CN4A 4DUXA 1CTNA 3WMCA 3N1AA 4U3CA 4MNLA 2XVNA 3M7SA 4ZEPA 1W9BM 3ALGA 4LYRA 1UD5A 1K9FA 3LPFA 5HDRA 3W6MA 1JF6A 4IUGA 1UKSA 1C92A 1ZU8A 1AQ0A 2WLZA 2ZUNA 2PBOA 4J3TA 3HMCA 2E40A 2D0HA 2AOSA 4UFIA 2EQDA 3IJ7A 2BHZA 3RMEA 3VIKA 4D6FA 2YL8A 2J7CA 2BVYA 4TVCA 1EQPA 3L4VA 4ZENA 1HVQA 2A3CA 1QBAA 1XD0A 1J12A 3WMSA 2E8YA 5HBFA 2WNWA 2YOCA 1W3LA 4D6DA 1X1NA 2QMKA 3KL0A 4D6IA 3AMGA 3MV11 1BVNP 3GTNA 1SYTA 1UZ1A 1AVAA 3UESA 5CZKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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