4MLQA

Crystal structure of bacillus megaterium porphobilinogen deaminase
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
310
structure length
289
Chain Sequence
SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Bacillus megaterium
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 95
structure length 289
sequence length 310
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4mlqA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlqA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlqA02
3D4CA 4JSDA 1SW5A 3MVWA 3IAZA 4ELPA 3QXMA 1MPCA 4NF4A 4N07A 1JW5A 3KSJA 4EDPA 1B3LA 3DP6A 4U1ZA 3K6XA 5I58A 2ZYNA 3MBPA 1EZPA 2ONKE 3MQ9A 4ZZEA 1N0TA 1DTZA 4HTGA 3MC2A 2O6AA 3PMWA 3VXBA 4XKNA 1H3DA 4GVOA 3Q27A 4GOTA 1MH3A 3FIRA 2RCAA 3FASA 1JETA 1XT8A 4FE8A 1MQIA 5KCJB 2UVGA 3HHFA 3HO7A 1B3EA 3IO6A 4EXKA 2LAOA 3FVNA 3KOTA 4GXAA 4DCYA 2HAVA 4U2RA 2DWJA 2ZYOA 3SEXA 4IGRA 2DWAA 2PT1A 4QHQA 4H5GA 2ABHA 3RGYA 1TFAA 3T22A 4R9FA 1R9QA 4JDFA 1FCKA 1YAEA 1LAFE 4F2QA 4LQ2A 1LGBC 4FAJA 2F78A 3C32A 1DOTA 4EQ9A 4F19A 3G3KA 3KZGA 5CM6A 3I3VA 3RQTA 2F7AA 3CG1A 2F34A 2Z22A 4R74A 3ODBA 1NKXA 3T9UA 1JEUA 2P1SA 3KJTA 2I58A 4TLLB 3DM0A 4LA9A 3K01A 4NEDA 1PDAA 2OWSA 2DYXA 2DWIA 5M2VA 4OERA 2YJPA 2P2AA 4R6YA 4Q0CA 4ZE9A 4LZ7A 1A55A 3RT8A 3SERA 4ZEDA 2GHBA 2Z8DA 4PP0A 1B5HA 4YKPA 2I48A 3KEIA 1MQJA 1LFGA 5AA1A 3TCFA 4I1DA 1MDP1 4MLVA 4YMAA 3U8QA 1B0LA 4RK9A 1FQBA 4FJPA 3TAJA 1I6BA 2FYIA 3HN0A 4WEDA 4ECFA 4X48A 3VVFA 3RLFE 1MG1A 1H44A 1B5JA 2DVCA 3K1MA 1US4A 2DE4A 1LAGE 3E4RA 2NXOA 4UACA 2QL3A 4LZ5A 4GRKA 2H5YA 3CFLA 5JK4A 2Y7KA 4KYEA 1VR5A 1POY1 5I2NB 5JTYA 2XXIA 3TODA 3CFZA 4C1UA 3TYHA 3FZVA 3B6TA 3TTMA 3IB1A 4RY1A 4LZ8A 4H67A 3MZ1A 3G3GA 1QUJA 1P1WA 1OLAA 5IAIA 3VE1B 4YMBA 3RUMA 5L9OA 4FECA 2IEEA 5FHNA 4G77A 4MF3A 3R26A 4KYDA 4TOZA 1MY1A 2XHDA 4KD5A 3FJMA 3N94A 2Q2CA 3RT6B 2OCUA 3MW0A 2H4IA 5TU0A 3H6TA 5ELVA 2ALUA 3U94A 5ICTA 1LSTA 2XX8A 3TDJA 3IORA 2G29A 4RA1A 2AL4A 2A5TB 1M5CA 3KOSA 4Q8RA 1Q35A 2DP8A 1KWHA 3GLBA 4XKQA 4QFNA 1VFEA 5K2XA 4ND9A 3OO7A 1OIBA 3K1PA 4RNSA 4GL8A 2UVHA 4QFPA 1JW1A 1XC1A 4YICA 3MPKA 4MLQA 4WEPA 1Z7NE 2HZLA 2DOJA 4QSDA 2Y7WA 3E9XA 4G4PA 3UIFA 3SEWA 1OQGA 3N6UA 1NNPA 4NF5B 5KZTA 3OOAA 4R6HA 5IKBA 1OVTA 3PGFA 1A8EA 1FTLA 4THIA 1B40A 3IX1A 3I6VA 1M5BA 1VSOA 4PETA 5H8HA 2HXWA 1OQHA 4M1VA 2XXYA 3PV0E 3M3KA 5H8SA 5H8QB 1LFHA 1QKBA 3P7IA 3FXQA 3PD8A 2I3WA 4EQBA 1IXHA 4N13A 4QFLA 3O6HA 2F5XA 4G8NA 2XXPA 2V93A 4IO2A 1Q1KA 4YZZA 1F9BA 3RY3A 1B3GA 1FQDA 4X1DA 3H3GA 1Y9UA 2Q88A 2R71A 1TT1A 2H25A 2H99A 5L9MA 1QJMA 4IB2A 4KR5A 3PUVE 2RCBA 4OFJA 1A40A 1II5A 1WODA 3MVZA 4OHNA 2YPNA 3CSGA 3GBBA 1NFTA 4ONYA 1QVSA 4FEDA 5BWJA 4BDMA 1LCTA 1SYHA 3FUZA 2ANJA 4GFRA 2Y7PA 5CC2A 5K2YA 2DXYA 3OD7A 4NTLA 4XXUA 1GGGA 3HPIA 4OETA 4YU0A 4R2BA 3LC8A 1NNFA 2QPQA 4H1XA 1XHYA 1OVBA 2OBGA 4JWXA 3PUXE 4IGTA 2VOZA 1MY4A 1XOCA 4F1YA 2XXUA 3TEPA 5AA4B 3KN3A 1B9JA 5DYHA 3A09A 4IO3A 4F31B 1SBPA 3HV1A 4OVJA 1MDQA 4K3FA 4HW8A 3K6WA 1DTGA 5H8NA 4BDQA 1LLSA 1BP5A 4JSOA 1B2HA 1A7LA 4GF8A 1P1QA 3O29A 1AL3A 3U93A 3VLVA 3V8XB 1MXZA 4OYVA 3QSLA 2XXXA 5AA3A 1GV8A 2F6PA 1DMBA 2B3FA 4OZ9A 3TELA 3USDA 3KFMA 2PVUA 4MFIA 3OEMA 4NF6B 5I56B 5I84A 1CB6A 5DEXA 1D9VA 4DXCA 1ZU0A 3KJ7A 1UTBB 4ISUA 3ZKLA 1O63A 3AXFA 2QS3A 2E1SA 4AB6A 3V89B 4WXJA 2PBWA 1MXXA 3GBAA 1N84A 5TP9B 3M3LA 4NF4B 3UA8A 2Y7RA 3FXUA 1ZLQA 5DVJA 2CZLA 5TPAA 5FHMA 2E0SA 3FJGA 3VDFA 2I4CA 5CBSA 1P1NA 4JWYA 5I58B 4KFQA 3MP6A 4X9TA 1BLFA 1ELJA 4Q5TA 4GIZA 1AIVA 2DS9A 3JZJA 1NH8A 4OQOA 2X7QA 3OSRA 3IJOB 4ZEKA 3N26A 4GWOA 3OO8A 2H98A 1ZTYA 3S9EA 1Y4CA 2X26A 1S9TA 2AL5A 1EH3A 2AYSA 2XD2A 4BDRA 1FW0A 4G8HA 2DXRA 3IOUA 3W9VA 2UYFA 3ONMA 3S9MC 2QMXA 2XXVA 2F8DA 1JVYA 1D4NA 4KCCA 1I6AA 1N76A 4PQJA 1Z7ME 3MP8A 4JBZA 4ZDMA 4DCXA 1B46A 4NF8B 4OEVA 4OTEA 4LVQA 4JXIA 4LQ5A 1N7WA 4ELQA 1LAXA 3KBRA 1LFIA 2QMWA 4RPOA 5F1QA 1SDXA 1HSEA 2UYEA 4F1VA 5I2KA 2B65A 3B6WA 2RC9A 2VD2A 2F6GA 1LBCA 4F3SA 1Y1ZA 4R75A 2I3VA 2QSXA 5ISUA 2O68A 1B1HA 4DXUA 1HSJA 3HSTA 3Q28A 1I6QA 1PEBA 1UTHA 4GQOA 1UQWA 3VXCA 3ZKKA 2F36A 2UVJA 2RINA 2UXAA 1XVXA 3OMBA 5B7DA 4H8JA 4EXLA 4R73A 1R9LA 5H8FB 3SEYA 3MUQA 3IOVA 2F97A 3S9LC 4L17A 3PUWE 3IK6B 1NH7A 3UN6A 3TPAA 4R2FA 4GL0A 4H0WA 4NWCA 1BTJA 3EHSA 3CG3A 4I62A 4KYSA 2P0SA 4ESWA 3R7XA 3TQWA 1DPPA 2QRYA 4LUBA 3C9HA 2AIXA 1SW4A 5A5XA 2HFBA 4X1BA 4P0GA 1POTA 1M5FA 2PMSA 3K6UA 3RTFB 4XTCQ 2XXHA 1S50A 1B3FA 3U1OA 3PPOA 4DXBA 4PFTA 3T9XB 3B6QA 3FGSA 2FNCA 5AA2A 3C36A 2REGA 1A8FA 4RYAA 4QF9A 1IITA 1RYXA 4AQ4A 3TQLA 3TTKA 3G3JA 3CR9A 3O28A 2D21A 1SYIA 1MXYA 4ZEIA 2RC7A 3KN8A 1NMUA 3LSFB 1B51A 4OFLA 1BKAA 2XX7A 4O3CA 3Q26A 1R1NA 3M8UA 2XXTA 3H6UA 1JEVA 5EHMA 1JQFA 2O1MA 2O1LA 3UK4A 3FV1A 2R6GE 1P1OA 1FQEA 4KPTA 2R9JA 3MVXA 5DVFA 5FTIA 1D9YA 2XD3A 3F11A 3K00A 4JWOA 5I59A 2ZNTA 4LP2B 3EPEA 5AE4A 5CBRA 1EU8A 2VP1A 3UGWA 1UIVA 3CIJA 4R9GA 5H8QA 1ATGA 1QKAA 3KGCA 3FVKA 4OXVA 2ONRA 5FHOA 4IO7A 2XXQA 5AA2D 3H6VA 3BKIB 3EN3A 3RPWA 4DE8A 4E0XA 1MM7A 1IXCA 3FATA 2REJA 2OJTA 2I0CA 4IO4A 5CMMA 4GXSB 3V5AA 3VV5A 3MP1A 4G68B 3E3KA 3LBSA 3MAMA 1B52A 3WAFA 3T93B 3PPPA 3G3FA 4NWDA 3N6TA 2NUVA 3FXRA 5H8HB 5ICQA 3SEVA 4QFOA 3MVYA 3T96B 1DPEA 3Q29A 4OEUA 3HHGA 3VLUA 4G68C 1QUKA 1JW4A 4XKRA 3TCGA 3JYRA 1JNFA 5I57A 1MY3A 3S2VA 4OESA 2XXWA 4ZEBA 3TUSA 1MXUA 1YTVA 1LCFA 5L9SA 4C1TA 3DLNA 1N3XA 1M5EA 4F3BA 4DZ1A 2DWHA 2Q89A 4FORA 2A5SA 1BIYA 3L6HA 2ZYKA 1MH4A 3OELA 1B7HA 3SEUA 1D3KA 2UVIA 4KQPA 2OK2A 3PUYE 3H6WA 4G8MA 1I69A 5BUUA 2QS2A 2Q8JA 3EQ1A 1GTKA 5KDTB 1GVCA 1OMPA 5CMKA 4I8CA 2PX1A 3G7WA 3K6VA 4I9DA 4FATA 3MZBA 1URDA 1R6ZA 4EUOA 2RKMA 1CE2A 3PU5A 4U21A 3QUJA 4HCWA 4Z7EA 3CI8A 2XXRA 4HS7A 3SDFA 2NVUB 2G93A 5FTHA 3PMVA 4ZECA 1XS5A 3PMXA 4AB5A 1Y3QA 5LOMA 3MPLA 2O84X 1USYE 4LATA 5I56A 1Y4TA 3TFLA 1UTBA 1SQYA 1VFDA 5H8NB 3LR1A 3C34A 1LBBA 1DSNA 3RTWB 3IB0A 2ONSA 1FTMA 2O7UA 3KG2A 5TP9A 5DVIA 3R6UA 2GRVA 4TLMB 1SD3A 1MXWA 1EZ9A 4RPNA 1FTOA 5KCJA 4PE5B 4PFYA 5JEIA 1B4HA 3T9VA 4POWA 1J1NA 3CFXA 2RF1A 4Z0IA 3D4GA 4JB7A 3IR1A 1MRPA 2DQVA 1O7TA 3BBRA 5DEXB 3O6GA 1B0HA 2VGQA 2F35A 1ZKBA 4ZS9A 3T66A 4F18A 4ZE8A 1B5IA 3CVGA 5HPQA 1IXGA 4BLAA 1P99A 3MJNA 1PBQA 2GHAA 4NMYA 2ZMBA 3H4ZA 1ANFA 4H6DA 2Q9TA 3EHUA 3K2DA 4HCYA 5TPAB 1IUDA 5EYFA 2HZKA 1RKMA 1IZ1A 1IQ7A 4GD5A 4IY5A 4R72A 4DIGA 2OZZA 3EHTA 1EZOA 2GFEA 4ELOA 3TZAA 4NF8A 1HSLA 4GLIA 1B7UA 3OSQA 3PPQA 5CMCA 1MPDA 1A54A 2XX9A 2HAUA 2WKYA 2Z8FA 3FVOA 2Q2AA 1JVXA 3PUZE 1FQFA 3S4UA 4QRZA 3I5OA 1P1UA 4BDOA 3QK6A 1B05A 4DDDA 4H8IA 2DSFA 1M5DA 3VLWA 2HEUA 3GZGA 2V3UA 3KN7A 3K02A 1PB9A 2O69A 1MQHA 1PB7A 1IEJA 2DE3A 2QS1A 1SVXB 3TKDA 2YLNA 4Q30B 4MBPA 3SESA 4FEBA 4R6KA 4U1OA 5DTBA 1NNKA 3ILUB 1H45A 3VVDA 1LB9A 3OEKA 3MZ9A 3ILTB 4E0WA 2D5WA 3BFTA 3FD3A 3K4UA 5I2KB 1PB8A 2V3QA 5H8FA 3SETA 1MQDA 3RNNA 3CRBA 2Y84A 1SW1A 3FJ7A 1B3HA 2V84A 2F7BA 1YCJA 3PPNA 4U4SA 1MXVA 3UP9A 1QUIA 3LSWA 3C33A 3N5LA 3IOTA 3H06B 1UTHB 3W15C 3UORA 2ZYMA 5I2NA 1IXIA 5DT6A 2VD3A 3O9PA 5EHSA 5HM4B 1S7YA 1H43A 1ZJLA 3TMGA 3RN8A 2Z23A 4RK2A 2OLBA 4YKKA 4EQ7A 2H9BA 3JV9A 4N6PA 2O51A 4YB6A 1Y20A 2V3TA 2ZXTA 4U4XA 1Y1MA 3M3FA 1MY2A 3TTRA 3SKPA 2CMOA 3T9HB 3H03A 5L8DA 1FTKA 5A5XB 1Y3NA 3L6GA 5JTYB 3TTNA 3LUYA 2A5TA 1MS7A 1AOVA 2I0BA 1O64A 4H65A 2D3IA 3PPRA 4EF1A 2DE2A 3IJXB 4XKPA 4KI0E 3IL1B 2F7CA 3TTLA 4YKIA 4DLDA 4P0IA 3PD9A 2NWJA 5AA2B 2HCAA 5HBCA 3U72A 3QAXA 2FA7A 2ZNUA 4PFWA 3E13X 5ITOA 3C4MA 2ZNSA 3MWBA 1ZMGA 2I6EA 3GXAA 3DELB 3O6IA 1T0KA 4KCDA 4F39A 3QIMA 3QYTA 2ESNA 4NF5A 1AH5A 3OENA 3LSLA 3DP4A 2OWTA 3DP8A 1MPBA 5ITPA 2NOOA 1ZBMA 3IB2A 1UIUA 1QULA 3LSXA 4PFUA 4OMBA 5B70A 2W7YA 3HCQA 4IY6A 4ESXA 4OENA 4U23A 4YB5A 1FTJA 4ELRA 3V83A 2GH9A 3VFJA 1RYOA 2B3BA 4P11A 1XVYA 1Y3PA 3FVGA 1LB8A 1AMFA 1MM6A 2PYYA 4F22A 5CI5A 2I49A 4G68A 3IOWA 4IO6A 4FIMA 3CSBA 3BFUA 5I59B 4WKMA 4M4GA 4G2ZA 1PC3A 3ECRA 3O66A 1SI0A 2I4BA 4C0RA 4O3BA 1A99A 1N3WA 1OLCA 2IA4A 2HQ0A 1N7XA 3KSXA 3U92A 2BJJX 3OO6A 4KHZE 2THIA 1B58A 4RJZA 3Q25A 4F3GA 1FQCA 1TFDA 1GR2A 4F1UA 2VHAA 4ZZAA 5F7VA 4U22A 1VE4A 3OO9A 3S9NC 4BDLA 3ZSFA 1N04A 2QJEA 3QUFA 4BDNA 2M8CA 1NL5A 1SI1A 1SW2A 1LAHE 1WDNA 3OXNA 3ZS6A 5J1DA 3O2AA 1B1XA 1WVJA 1US5A 4RXLA 1B32A 4OFOA 4YB7A 5AA4A 4QFKA 4YAHX 1IIWA 3FV2A 2Z8EA 5KDTA 3TCHA 4YKJA 4QSEA 1ZIUA 3IO4A 1MQGA 3C31A 5I57B 1B7ZA 2Y7IA 2X7PA 1URSA 3B7DA 1H76A 2KLFA 3O97A 4NE4A 3G3HA 2DVZA 4IO5A 4ZEFA 4POXA 3K0VA 4F2OA 1TXFA 5CMBA 3A3CA 4F29A 1FQAA 5CRYA 2O7IA 1PBPA 1NNTA 2V25A 4TQUQ 1YPNA 2RC8A 3WAEA 3EF7A 3K1NA 4LONB 4O3AA 4OWDA 3A3UA 1QW0A 3THIA 4F3PA 4XIGQ 3VVEA 4EF2A 2QS4A 2PT2A 1MY0A 4QSCA 1TWYA 3G3IA 4NF6A 3W9WA 3H7MA 1URGA 4MH5A 3C35A 4H5FA 1L5TA 1B6HA 1USYH 1B4ZA 4UA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YY3E 4M30A 3D4CA 4JSDA 2YSOA 1SW5A 3MVWA 4NXME 3IAZA 4ELPA 1NI9A 3QXMA 1MPCA 4NF4A 4N07A 4MNIA 1JW5A 1NUWA 5ET5A 2F3BA 3RYDA 3KSJA 4EDPA 5FBPA 3F6HA 5KL7A 1B3LA 3DP6A 4O4KA 4U1ZA 3K6XA 2XA5A 5I58A 3J7Yp 4LFCE 2ZYNA 3MBPA 1EZPA 2ONKE 1FSAA 3ADJA 2YTPA 2MKNA 3MQ9A 2EOZA 4ZZEA 1N0TA 2FTXB 1DTZA 4HTGA 3MC2A 4X65E 2MKZA 3K6QA 2O6AA 3PMWA 2YU8A 3VXBA 4XKNA 1H3DA 1FJGE 4GVOA 3Q27A 4GOTA 1MH3A 2Q8UA 3FIRA 2RCAA 3FASA 1JETA 1XT8A 4FE8A 1MQIA 1G2FC 4B3RE 2NABA 1EYJA 4DUYE 5KCJB 2UVGA 3HHFA 3HO7A 1B3EA 3IO6A 4R2QA 2MC6A 4N8YA 4EXKA 2LAOA 3FVNA 1IMDA 3KOTA 5IWAE 4GXAA 2LJHA 2HC5A 4DCYA 2HAVA 1KYQA 4U2RA 2DWJA 3MHHC 5A6JA 1A1LA 2ZYOA 4X66E 1AAYA 1NUZA 3SEXA 4L8NA 4IGRA 2DWAA 2PT1A 2JJKA 1A1JA 4QHQA 4H5GA 3T0JA 2ABHA 1EH6A 3RGYA 1TFAA 2VPNA 3T22A 4R9FA 2EOOA 1R9QA 4JDFA 1FCKA 5J16A 3HTXA 1YAEA 1LAFE 2ELZA 4F2QA 2RPCA 1J5EE 4PC9A 4LQ2A 1LGBC 4DUZE 1IMBA 1IBKE 4FAJA 2UU9E 4DMIA 2F78A 3C32A 1DOTA 4EQ9A 4F19A 3G3KA 3EPJA 3D1RA 2LTSA 3KZGA 3IWDA 5AC4A 4JVDA 5CM6A 3I3VA 3RQTA 2F7AA 3CG1A 2F34A 4R2PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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