5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
4HOZA 4JIEA 3VM7A 1E71M 3W0KA 5CG0A 1B90A 3ZO9A 5A6BD 1J0IA 1GQLA 1E5JA 3LPFA 3O9NA 1LL7A 1QPKA 4W85A 4UR9A 3FN9A 5I6SA 1NP2A 2F2HA 2WAGA 4RE3A 1LQ0A 2A3BA 3WDJA 2VR5A 3WELA 1W2PA 4TX8A 1GVYA 4AD4A 3KE0A 4PN2A 4LYPA 4HA1A 4UQEA 4YHEA 4DM2A 4WKFA 1K6AA 4CD7A 4UFMA 3MO4A 1EIBA 3APGA 4AZBA 1UD6A 4CU8A 3HN3A 2EEXA 2GJRA 2VT0A 1V6UA 1OT2A 2WZEA 3W25A 4MB3A 4Q22A 1CYGA 5ECUA 1KQYA 4TVDA 1GHSA 1GPFA 2XVNA 3A6OA 3CUIA 1TE1A 5LA1A 3GM8A 3OBAA 2OSXA 1AQMA 2HVMA 3VD4A 4MB5A 4W89A 2GFTA 1UD2A 2EPMX 3TTYA 1F4HA 4NZCA 4LPCA 1JZ3A 3B9EA 2BXYA 5KZ6A 1IZJA 1GQIA 3CUHA 3VX1A 1R87A 4NRRA 2WM0A 1D2KA 2DIEA 3UG4A 1FH8A 2FDMA 3WF2A 2A3AA 1UWUA 4MNKA 4QLKA 2WPGA 5LA2A 2WYSA 2D22A 4EK7A 3RJYA 1XC6A 3TTSA 2F61A 1H0IA 5I78A 2D2OA 2ZUWA 4MJ2A 4ACYA 3ALFA 2JF6A 4PSPA 1B3VA 1V3MA 4B9ZA 2X0YA 4KGLA 2DH2A 4TUFA 2WCGA 1NWTA 3SCTA 1BQCA 3WH8A 1VFFA 1W32A 1Q4NX 2XIBA 4DUXA 3PTKA 1TUXA 1MXDA 1J10A 3VX0A 4C7GA 2A3EA 2XGIA 1NWUA 4IM4A 1O6IA 3L2MA 3MU7A 4U33A 4TVUA 4J3SA 4Z2IA 4GXPA 4PMQA 1C8XA 4D6FA 3NSMA 1TG7A 3CZKA 3IJ8A 2QHAA 1KCLA 2WK2A 5DT5A 3CH9A 4W7WA 3M6DA 1UHVA 4ACZA 1B9ZA 7CGTA 1JYNA 2VZVA 4UZSA 2VJXA 3PZTA 2EBNA 3RJXA 3WIJA 2AOSA 1GZJA 4BQ5A 1HJSA 3VIHA 1OGBA 1G5AA 1KXTA 3AMCA 3N13A 1DWGM 2J7FA 3SCSA 4ZFMA 1SMAA 2WVUA 5BRPA 2ESCA 3HU7A 2BFGA 4JL2A 1KB3A 3A47A 6A3HA 1SMDA 4CVUA 2WMJA 1JDDA 5BRQA 1Y7VA 4CN4A 3GBEA 4DUWA 2QLYA 8A3HA 5TD4A 3EBVA 4B3LA 1JZ4A 3ZT6A 1JZ2A 3AISA 5IXEA 1CLXA 4MAZA 4LXFA 3FNDA 1WKYA 1E6QM 4X0NA 2O92A 2VZUA 2WHKA 3IJ7A 1QOXA 3K4AA 1I75A 1QHOA 3N15A 1C93A 4DUVA 4LYRA 3AXHA 1EO7A 1HKJA 1MFVA 1H4PA 4D6JA 2GSJA 1FH9A 1OIMA 7TAAA 5GNZA 2WHMA 3T08A 3MUAA 4XV0A 3IAPA 1W3HA 4OKDA 1G01A 3WD4A 1EH9A 1QBBA 2OYMA 3ZJ7A 2BVDA 3GDBA 3A3HA 3PZQA 4GQQA 4IPNB 4J3WA 3WQVA 2NSXA 4J7RA 2JALA 1UQZA 4L4OA 3QHNA 5AY7A 3U57A 4PUDA 1PX3A 5E0FA 3PZUA 4H2CA 4R5EA 3M07A 1HP5A 2O9RA 2J8FA 3RDKA 3A4AA 1KGWA 2VCCA 1U30A 4OOUA 2DSWA 3LPGA 2G8ZA 1ZU8A 3FW6A 3ZQ9A 3T0DA 3BLKA 4B16A 1XSKA 3MUIA 4XZBA 1EDQA 1M04A 2VZSA 3CZGA 3FHQA 3WMBA 3AYSA 3N18A 1WCGA 1FHDA 2DT1A 2QMKA 3BXWA 4QDMA 5DMYA 5A8OA 4R27A 2CBUA 1S46A 5IDIA 3NSNA 1GORA 1R85A 4ZE4A 3AMLA 1BHGA 1CIUA 3CUFA 4BZYA 3CUJA 5FOOA 3L4ZA 3MUZ1 4PCTA 1NM9A 2EPKX 2W66A 1X6NA 1KXVA 2FGLA 1GONA 1HN1A 1JDCA 2ZXAA 2W61A 1HL9A 2WCAA 3T2OA 1UH4A 5A6MA 5BWFA 4XX6A 4ACZB 2UY5A 4W5ZA 4UZUA 3VGHA 3L4XA 4M1RA 3W38A 4IISA 1CTNA 4HPGA 4M81A 2VX7A 4PMUA 3SUSA 3HMCA 3BSGA 2QPUA 1E9LA 2CPUA 2DIJA 1XHGA 5A8NA 2XGBA 3ZM8A 2WMKA 1JYWA 1UD3A 3SIMA 2ZUVA 4OIFA 4AXNA 2D3NA 1L0PA 4W84A 2VQTA 2FHBA 3VO0A 1HKIA 5C71A 1JXJA 1OSEA 1I1WA 3WENA 4CN1A 2VTFA 4P7QA 3W6MA 3SEPA 3BAXA 1HVXA 1UD8A 5HNNA 2ZWZA 1J0KA 3U5YA 3WFZA 1V3HA 1W1VA 2CHOA 2YA2A 1JF5A 1XD1A 3MS8A 3PZGA 1HJVA 5A95A 1UA3A 3WD1A 1US2A 3NJ3A 1AQHA 4QCFA 4EKJA 3SCWA 3AMGA 1E0VA 4GKLA 2EJ1A 1VRXA 3RM9A 3VD7A 1WP6A 2XSAA 3K1DA 4DM1A 3VGGA 3B9DA 2UY2A 1N82A 1BSIA 2CHNA 3SCPA 4UQCA 4PMRA 4V2XA 3VIKA 3ARWA 4JKKA 3SUWA 1J0HA 5A2BA 4GQRA 3ARQA 5CGMA 4UNIA 4UTFA 3IJ9A 5DO8A 1B0IA 1UG6A 5E6YA 3ECQA 4JFVA 3HJEA 1ISYA 3W28A 3CHFA 4PCSA 2DSUA 2HISA 1E6XM 3O2LA 1RPKA 2J8GA 1OINA 2QF8A 2X05A 4M56A 1ODZA 4W8LA 1CLVA 3A4WA 4HU8A 1C7TA 4QFUA 1B3YA 3WD0A 2Y5EA 5D4YA 3PTQA 1X1NA 2J79A 2XIIA 1GOMA 2W4XA 2WB5A 1E6PA 4RE2A 5A6JA 4MADA 3LPPA 1Z32X 2G3IA 2BY0A 1H49A 1GQJA 1VENA 3JUGA 1E3ZA 1WPCA 3OZOA 4LX4A 3CBWA 5A6LA 4AEFA 1E5NA 4ZENA 2J78A 2X0HA 4PMZA 2Y8VA 3CUGA 5AYBA 1OT1A 3RO8A 2YOCA 2TAAA 2BVYA 3NYDA 1CENA 1R7OA 3M7SA 1PIFA 3AIUA 5A6SA 2V5DA 3PZMA 3WN6A 1WZMA 2XVLA 2J75A 1BF2A 1VFOA 4MB4A 3SUTA 1WDSA 3ZJKA 3K8MA 1R7AA 1B3XA 3G6LA 4MB1A 3RILA 3VM5A 2QMJA 2YLLA 4J3TA 5A6AA 2WBGA 4DWSC 5LYRA 4ATDA 1LG2A 5M3WA 4WJXA 2YDRA 5C70A 1GOQA 4YHGA 1QNRA 1E40A 2WC7A 1V03A 5IFTA 1GOIA 3IANA 3W29A 3ALGA 3OA5A 5JBFA 1WDRA 4KMQA 3KEHA 4JFTA 1QNQA 3O6AA 3CZJA 3RPMA 1KGUA 1D7FA 4AZ5A 3L4TA 4HMDA 4MTVA 1E15A 3VD9A 2W92A 1PPIA 1XYFA 1W3KA 3KL3A 1TMQA 4E8CA 1XD0A 2WXDM 3N11A 1UWRA 1JYVA 3TA9A 5BXSA 2WC3A 1W1PA 4BQ2A 2PF0A 2IXVA 3I3EA 4Y7EA 2VC9A 1E43A 4W7UA 2GVYA 2BHUA 4W87A 3GXIA 3K4DA 2YIHA 3NSXA 1IV8A 2O9PA 4UOJA 1ECEA 1HXJA 2GJPA 1JYXA 3OLGA 3UESA 2J7HA 3WBAA 1XRVA 4HOWA 3UR8A 2PWEA 2YBUA 1MVYA 3GNPA 1IZKA 1JI1A 1EDGA 4AZGA 3AHZA 1CGWA 1HKKA 2QPSA 3AI0A 3I3BA 2YJQA 4LYQA 3ARYA 1GUVA 1DWFM 4U3AA 1NOUA 3WH6A 4WF7A 1V6WA 4OJYA 4U3CA 1W1TA 3WDPP 2WMGA 4M82A 5BYWA 1J0JA 1E0XA 3AIQA 1C92A 1H5VA 3AS2A 2B31A 3PZVA 1HVQA 2VRQA 2WCSA 3TTOA 3SCQA 1GQKA 3MUY1 2WVSA 3U7BA 3CZEA 3AMKA 2D0HA 4MJ4A 4UQDA 2WMIA 1CPUA 3BCFA 3BGAA 4BS0A 3GXMA 1J0ZA 5JUVA 4M29A 3VD3A 1VAHA 5IFPA 3UETA 4L4PA 2VRJA 1MQRA 1CXLA 4X9YA 2Z1SA 1QI5A 1GOWA 3NDYA 1NWRA 4PYSA 4TX6A 4HP5A 2J7EA 4ML4A 3MMWA 4CD8A 1H09A 2E9BA 4F9JA 4ZXLA 4GZEA 2YBTA 3BCDA 1HL8A 3BAKA 5LA0A 1KXHA 4JFUA 2XFYA 1M03A 1Q6GA 3BAIA 2ZXDA 3AIEA 3WD3A 1WDQA 1JF6A 4H7VA 2PWFA 1PEZA 1KQZA 3AZRA 1QW8A 4W8BA 1XH0A 1ZL1A 4A4AA 3CIVA 2ZX9A 1US3A 2CESA 1VEMA 4UQAA 1PX4A 4D6DA 4CD5A 3E1F1 2O9TA 3W82A 5EFFA 1SR0A 2J4GA 1UD4A 2YKKA 1G1YA 4GI8A 5FKYA 3GNRA 4Z2HA 1UKSA 2ZICA 4GI9A 1L8NA 2NT1A 1XCWA 4MPKA 3WEOA 3BAJA 1AQ0A 1G0CA 2XPKA 1E0WA 1RH9A 2J47A 3DC0A 2DT0A 1J0YA 1D3CA 3PBGA 1ITCA 5CSYA 2WSKA 3UG5A 1U33A 5JBDA 3BSHA 1MXGA 1MW0A 4U5IA 2PBGA 1K9DA 2DQXA 3EMQA 1MYRA 2PWDA 1HJWA 4JZ5A 3AICA 1ESWA 3VDBA 3W53A 2WHLA 3CHDA 2WKLA 2J7DA 3MSDA 1H11A 1UR8A 1EA9C 2WWDA 1V6VA 2A3HA 3WMCA 1HJQA 3W24A 4J3XA 4M8UA 4EE9A 1QI2A 5A6KA 5D9OA 1DHKA 2J7BA 2CNCA 4KRTA 2E3ZA 3WEMA 2DGAA 1QBAA 3BMWA 3MMUA 3VKKA 5CPQA 5I77A 2OSWA 3DYOA 1E1FA 3F5LA 1TZ7A 1B31A 4JFWA 1XH2A 1E72M 5HPOA 1QI4A 2OYLA 3VDHA 4CGTA 4IUGA 2VNCA 2DSVA 3K8KA 1K9FA 4HZ8A 1XSIA 5HDRA 1E3XA 1JDAA 3SUUA 1MW3A 3ARSA 5ABHA 1NWSA 3SCNA 4K68A 4UFLA 3UERA 1GOOA 4CCCA 1E56A 2WVVA 3VMOA 3ZJ8A 3N1AA 4AD1A 4MNMA 3GYCA 1PZ2A 4PTXA 1BYDA 1J9YA 5M03A 2ZUUA 8CGTA 2WMIB 1JNEA 4J27A 3NUKA 2VX5A 4A3HA 3MV11 4P7OA 1KWKA 3AMDA 3PZIA 1PZ3A 4JCMA 3AHTA 1UR2A 5I24A 4U2YA 4BA0A 1LLOA 3PN8A 4BQ3A 1HT6A 1AVAA 1UR0A 1WNOA 2OYKA 5HXMA 1LG1A 3WUBA 3AHVA 3FAXA 1QNPA 2YLAA 4J3UA 1Q6DA 1MW1A 4AZCA 1UA7A 5GNYA 1UWIA 3CPUA 3BLPX 4B3KA 3WQ4A 3BAWA 4CVWA 2GK1A 4D6EA 2ZXQA 1V3KA 4Z2JA 2YL9A 2VUYA 3WEZA 3PZ9A 3G6MA 5ABGA 3CO4A 3UG3A 4N42A 4PTWA 1A3HA 1WO2A 4OOZA 1JZ7A 3AS0A 3S2CA 2NT0A 2VCAA 1HF6A 2JEPA 4ZXOA 2FHCA 1DP0A 1RP8A 1SFSA 2DDXA 1GNXA 4HTYA 3WDQA 2VVNA 4FMVA 1XH1A 1FP9A 2JIEA 2BS9A 2XTKA 2J25A 3N12A 4UFHA 4UFJA 1BVZA 2EQDA 1XSJA 1V08A 1CEOA 3EDEA 1CBGA 3AS3A 4NF7A 4PTMA 3W27A 2ZX8A 1OB0A 3WQ8A 2A3CA 3T0AA 2JE8A 3ARTA 3OLIA 4M80A 4AYSA 4W5UA 1BGGA 2E40A 1NOWA 4UFIA 1QNOA 1ISVA 4H8HA 1WE5A 4NRSA 4CCEA 1CXEA 1QI0A 1E4NA 2YL5A 3AFBA 2BY3A 5A1AA 1TVPA 3W37A 2JEQA 1VJSA 1WDPA 1UKQA 4JCLA 2BV9A 2YL8A 3OB8A 9CGTA 3GXDA 2XFFA 4CCDA 3UCQA 3T2PA 1Q6EA 5M5DA 2XYLA 1E70M 4M24A 1VEOA 2WSPA 1C8YA 2YA1A 3ARRA 1ISWA 1UKTA 3KZSA 2PI6A 5EBAA 2W62A 1KBBA 1VB9A 4KRUA 5AYIA 2CBVA 3AYRA 2XWEA 3EMZA 2VMFA 1W3LA 1E6ZA 3AIWA 2ZOXA 4WSKA 2EPOA 1BAGA 1M01A 1E4LA 1UQYA 4AZHA 2G41A 1PX8A 7A3HA 4PSRA 2J62A 1UYQA 3WDRA 4D6HA 5DF0A 3FAWA 1HP4A 4E4PA 3NIYA 1CWYA 4KWUA 4CU7A 4HPHA 1KR1A 2WVVB 2UWFA 3VU2A 4B9YA 2PC8A 4H8UA 3CGTA 2GDVA 5ABFA 1OGGA 2PBOA 3ARZA 1BG9A 2VURA 2CKRA 5CLWA 2V3EA 1QI3A 1O7AA 3UEQA 3AIVA 1UZ4A 3CZ8A 3ZOAA 3MMDA 1XCXA 1EHNA 2WLYA 3SCUA 2WWCA 1OWQA 3WKZA 1DTUA 1HNYA 1OBAA 1BLIA 1WB0A 3AIRA 3KWXA 2XFRA 4XUYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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