5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
1HL8A 4ATDA 2XWEA 4PTMA 3GNOA 3E1F1 4AZ5A 3WNNA 1UD6A 1V3MA 1FH9A 1FP8A 2JIEA 5BCAA 4MJ4A 1HF6A 2J75A 2WNWA 5GQBA 1V3IA 3N17A 3GXDA 4MTVA 4D6JA 1EDTA 2ZWYA 1LQ0A 1UOKA 4AD0A 1W9XA 1BVZA 4CD6A 3ARRA 3GNPA 4W87A 1D3CA 2VRJA 4QP0A 3ZO9A 4W7UA 1V3KA 4F8XA 3VGEA 1B3ZA 2QF8A 2OWWA 5D8ZA 1VJZA 3MV01 1LG2A 1UA7A 3VKKA 4J27A 1VBRA 4EANA 3KL0A 4PTVA 4D6EA 2DT3A 1JZ6A 3A3HA 3LPFA 3APGA 1ISWA 2PWGA 5DT7A 2E3ZA 7CGTA 4AIOA 3TA9A 1QNSA 2CERA 4LYPA 1KGUA 2YDQA 3WFLA 2XTKA 3ZOAA 1UD3A 3L4ZA 3FAWA 1NH6A 3VOCA 3ZJ8A 4M81A 2A3HA 3T0AA 3VD5A 5JBFA 4NF7A 1MXGA 2VURA 4UQAA 1UKPA 3WIJA 1AQMA 2JEPA 3ZSTA 4PTXA 1XRVA 1W2VA 2E0PA 1UKTA 5A6JA 1RPKA 5CZKA 4M82A 5CJ5A 2ZOXA 3MUZ1 3CHCA 4PN2A 1W1VA 4YN5A 2OYKA 2E8YA 1MFVA 3FW6A 1ITCA 2XFFA 5ECUA 2ZXAA 2QMJA 2XYLA 4CU8A 3WMBA 3GTNA 3ALFA 2WMKA 1OIFA 2VMFA 3EBVA 2UWFA 4AMCA 2YDSA 2WPGA 4DM2A 4MB3A 3BCDA 4HOZA 1MWOA 4UFLA 1UHVA 1UKQA 1OD8A 4B3LA 3W6MA 3RO8A 3MV11 4EKJA 2YBTA 3UG5A 3TP4A 1B31A 4JCLA 1VEOA 3ZJKA 3SCUA 3ALGA 1BGAA 1HJWA 3SUWA 1KWKA 1I1WA 3GH4A 1JXJA 5HOSA 5LYRA 3L4UA 4D6CA 2V3EA 1ZU8A 3OG2A 3VMPA 2B31A 1J9YA 2CKRA 5FL1A 4WJXA 2GDUA 4UFIA 2WZIA 5I5RA 1NOUA 3CTTA 3NCOA 5CPQA 1DWAM 1JYNA 2XFRA 2D23A 1Z32X 3HU7A 5E0CA 2DPEA 3AHZA 1J0YA 2WXDM 5HPOA 2QV4A 1UWIA 3UERA 1CWYA 1XCWA 1ECEA 3EMZA 3W37A 3DYMA 3ZR6A 2VRKA 1V6VA 1G94A 3BAKA 1V3HA 1J0IA 3AXHA 1C8YA 1UD5A 3POHA 3CGTA 3TONA 4IUGA 4GO9A 4J28A 4FMVA 2XFYA 3L2MA 4PCTA 3ECQA 2WYSA 3MKKA 4OUEA 3VGGA 3L4WA 3AZRA 1QBAA 4MDPA 2VC9A 4HOWA 3SCVA 2E9LA 4BCEA 4GZEA 5EMYA 3WH8A 3WUBA 4HA3A 3CUGA 1U33A 5ABEA 1E6RA 1ZB5A 5GNZA 1KCLA 2D3NA 4QCEA 5A1AA 1JZ8A 1JL8A 4KRUA 4P8UA 2DDXA 3VDAA 3WH9A 2CESA 4M1RA 3ZJ6A 3AIQA 2W63A 4LPCA 3D3AA 5LA2A 3AS1A 1MQPA 4JFSA 2DSWA 3FAXA 5F7UA 4B9ZA 1QW9A 1HJXA 1JFHA 3U5UA 1RP9A 4IM4A 4AZCA 2E9MA 2QPSA 4Z2LA 5CSYA 4UFKA 1E4NA 1EOMA 2D0FA 3WDPP 5A69A 1R7OA 1M7XA 3T2OA 1KGWA 2W66A 1E0VA 1D2KA 3B9EA 5D9MA 3CHFA 2BHYA 4JCMA 1TA3B 2PF0A 1QI0A 2J7EA 2G3MA 2G3NA 3G6MA 1WAWA 3T0BA 1UKSA 1W9UA 1B3WA 2WVTA 1OCQA 1U30A 4URIA 3AMKA 2AMGA 4IPNB 3K46A 2E8ZA 2WB5A 3GNRA 1E15A 3CMJA 3CZKA 4C7FA 1C8QA 3WD0A 2FHBA 2JALA 1MVYA 3NSNA 1PAMA 4UQBA 3NDZA 3EDEA 3KZSA 3BSHA 1SMAA 1E6XM 2GJPA 2D24A 1B30A 3K8LA 4MB4A 1Q6FA 2WK2A 3SCTA 2QMKA 3OGRA 1XD1A 3T2QA 2WLZA 3CUJA 2O9TA 4H8VA 4FLQA 3ZR5A 4PMZA 3A6OA 3L2LA 4KGLA 2WVVB 1SFSA 2OYMA 2ZUVA 2CIPA 1AQ0A 3QOMA 1KGXA 3THDA 4DUVA 5CPSA 4UFMA 3WUGA 5ABGA 3RJXA 4CCCA 3MMDA 5KZ6A 2J7BA 1GHSA 3BAXA 1W1TA 1O6IA 4RE3A 4AWEA 3ARPA 4LYQA 1H49A 1H0IA 2A3BA 4CD5A 3VTRA 3FHAA 3T2PA 1HVQA 2DSZA 2V3FA 3A4WA 3ZMRA 2XGIA 3J7HA 2JF6A 3I3BA 4UFHA 1MYRA 2D20A 1VFFA 1JI2A 3K4AA 4J3TA 1B9ZA 4D72A 1E6ZA 1JDCA 2DSVA 2Y2WA 4JHOA 2EXOA 4HA4A 4WIWA 3EDKA 2CETA 2WAGA 1W9PA 2UY2A 2E4TA 4M56A 3VPLA 1I75A 4CD4A 1O7AA 3VIKA 3PN8A 2WHJA 3PZVA 4GZJA 1XGZA 1IZKA 5A95A 5I2UA 1OGSA 3AXXA 5CQ1A 2OWXA 1UR1A 3L4XA 2A3AA 5A8PA 1OB0A 3VD9A 1JNDA 4BF7A 1W9BM 1CXFA 2F2HA 4OBSA 5JBDA 3WENA 4OIFA 4Z2HA 2FH8A 1HX0A 4W8AA 3VDHA 3FXYA 5A2CA 2XHYA 3WL1A 1YQ2A 4GXPA 3IAPA 1B0IA 1TA3A 2WCAA 1HN1A 5CGTA 1MW1A 1HKJA 4PMQA 1Q6EA 3GH5A 4W89A 1RP8A 4H7VA 1M01A 4Q22A 1WKYA 1CLVA 5A2BA 2UY5A 4AZGA 2W67A 1V0KA 1GOQA 1PEZA 3MMWA 2NW0A 4J3XA 5E6YA 1J11A 3AICA 1WZMA 2DSUA 2OYLA 4KH2A 4GKLA 1PJ9A 1GQIA 2J74A 4XB3A 4YHGA 1MW2A 1E70M 4P7OA 1J18A 4ZXLA 1TUXA 2J78A 2Y24A 1DTUA 1QNQA 3RM9A 1EGZA 1TVNA 1X6NA 3BMWA 3AHYA 2GK1B 2ZXBA 3UEQA 1BYAA 3U7VA 1J0JA 3VNZA 4AD3A 4DM1A 1JXKA 1PBGA 1B3XA 1E6QM 3IK2A 2YA1A 5EFDA 4AIUA 3QHMA 1HNYA 3IANA 1GJWA 1R8LA 3NIYA 3TTSA 1OT1A 1VFUA 2JE8A 4W7WA 1WDQA 1ZBKA 4UQDA 2BS9A 2WZHA 4HPGA 3JUGA 2IXUA 9CGTA 3WUEA 1BPLB 2F8QA 1JYXA 2QPUA 1V0NA 4H8HA 3VIMA 2QLYA 2FGZA 1H3GA 1MW3A 4PMNA 1DWJM 1DWIM 4DWSD 3RM4A 2VQTA 1VENA 3AIWA 1R7AA 2CBIA 5M03A 6CGTA 4W8BA 3VIHA 3ARVA 4B16A 4H04A 3AS3A 1HP5A 3U7BA 1JFXA 1HJQA 4WKFA 1IZJA 4L4OA 3L4TA 1FOBA 2VQUA 1EA9C 3AS0A 1XSJA 1C7SA 1PPIA 3O2LA 3W24A 5AY7A 3BLPX 1UKOA 3WEMA 2HVMA 2D1ZA 1WZAA 2VZTA 3IJ8A 4AZ7A 4CN6A 3ARTA 3T08A 1UZ4A 5FD0A 3GXFA 4HZ6A 4XZWA 5JIWA 1VF8A 5I78A 4AY1A 3MANA 4EE9A 1VEMA 5BXTA 1X6LA 2NSXA 5FOOA 1JYWA 2YL8A 3RDKA 2W62A 4HU8A 3UG4A 3CLWA 1N82A 4P8VA 3MUAA 3CZEA 1JYVA 4J3UA 3WMSA 1CGWA 2A3CA 3CIVA 2XVGA 5CLTA 1H0GA 5A6AA 1WO2A 1HP4A 6TAAA 3W26A 1C3FA 1C91A 3ZT6A 2WANA 2Z1KA 3RMEA 3QHOA 1PX8A 2VNCA 3RIKA 4ZXOA 1EQPA 2EEXA 1WB0A 4P7QA 2VR4A 4GQRA 2BHZA 1UQYA 2WSKA 3WNKA 1EO7A 2VVNA 2X8RA 3WKZA 3CHDA 4ACZA 4Z2JA 3OLIA 1KR1A 3PBGA 4K68A 3W4RA 3VIGA 1EQCA 1JF6A 4AZCB 1VAHA 3OZPA 1QBBA 2YL5A 4U5IA 2CBJA 1VFOA 1JZ4A 1E6SM 3N13A 2V3DA 3BAYA 2J8GA 3AROA 3T09A 4MAVA 3WD1A 1V02A 2EO7A 1C93A 2CCRA 2Q8XA 3VD4A 4F79A 2GK1A 1FP9A 2D22A 2WHKA 1UA3A 4HA1A 3NSMA 4X9YA 2A3EA 2J7HA 1E4MM 1HIZA 3AZTA 1VEPA 2BXZA 3VX0A 3N1AA 1XSIA 1V3JA 2G8ZA 1ISXA 2WWCA 1GORA 2WCSA 3VIOA 2O9OA 4WSKA 4TVCA 3WQ4A 3N04A 1OM0A 4AD5A 1J12A 3WF0A 4UNIA 3ZT5A 4J3WA 5JBEA 4W93A 5GNXA 1E72M 4Y7EA 5JIPA 3WF4A 3BAWA 1W1PA 1XSKA 1OWQA 2XVPA 2ZX8A 1WP6A 5DT5A 2FH6A 5IHRA 4JZ5A 5AYBA 2F61A 1XHGA 2X05A 3PZNA 1UH3A 3S2CA 5A2AA 3ARUA 3GBDA 1GPFA 4HPHA 2WHLA 1PZ2A 1ODZA 3DYOA 2WVUA 4CU7A 2O9RA 4KMQA 1WE5A 2GVYA 1E9LA 1E73M 2WC4A 4MNMA 2C8NA 3PHAA 3D5HA 3BAJA 1HXJA 4TUFA 2AAAA 4AIEA 3WQWA 1TG7A 2IXVA 4QLLA 2WKLA 4GI8A 5BXPA 2ZX7A 3AIRA 1E0WA 5A6SA 1CXIA 3N12A 3W82A 1UUQA 3W38A 3AMLA 1US3A 4E8DA 1BG4A 3RCNA 1KBBA 1QNOA 1JZ2A 3GM8A 4QAWA 3B9AA 1CYGA 5BRQA 3PTKA 4UFJA 1CGUA 2J77A 5E6ZA 2TAAA 4D6GA 4PYSA 1TR1A 3ZIZA 3G6LA 3ZSSA 1MQQA 4GQQA 1GUVA 4PMDA 3ZM8A 1GOKA 2ZXDA 2FHCA 4ML4A 1ITXA 1QI5A 2J7FA 2UY4A 1ZL1A 3BH4A 3BGAA 4UOQA 3WQ8A 3WNMA 5M3WA 5D9OA 4MJ2A 4WF7A 4ACYA 1EXPA 3ARSA 3FY1A 5EB8A 3CUHA 4QDMA 1W3HA 4TX8A 5I79A 4AXNA 1LL4A 2ZUMA 5E70A 2ZX6A 4UR9A 5AC4A 4MNKA 2IUZA 1DWGM 3W81A 4BZYA 1QOXA 2WZEA 1ISYA 5D8WA 3SUVA 2G41A 4QCFA 3OZOA 2OSYA 2J7DA 3WMCA 3WBEA 3SUTA 4Z2KA 4BQ4A 3AZSA 2O9PA 3VGDA 3A4XA 3WFZA 1PX4A 2G4FA 2GJXB 2PWDA 2WKGA 1BYCA 2PWFA 1H11A 2E40A 1FHLA 3KL3A 4ZEPA 3FNDA 1UWUA 3MSGA 1JZ7A 1E5JA 3M07A 3QGVA 3VIFA 2XVLA 1B3YA 4M29A 4M80A 1CENA 2W91A 4GI6A 1HJSA 1DP0A 2VT0A 2NT0A 3GH7A 1E1FA 2WMIA 4WLCA 1KXQA 4XZBA 1KR0A 4H2CA 4RE2A 5KEZA 3AIUA 3SCPA 4HU0A 4N0RA 3NSXA 2VVSA 3DYPA 1K6AA 2CHOA 2BVYA 3GZAA 2VZVA 3VUPA 1GQJA 4IISA 1QNPA 3U5YA 1BSIA 2XIBA 1UWTA 4UQEA 1W32A 1LWJA 4P7NA 4F66A 3AYSA 3VX1A 1ESWA 5DEZA 1GCYA 2PBOA 1NWRA 1H09A 5CGMA 4Z2IA 2J7CA 4DUWA 2PWEA 4OBRA 2GUYA 4RL3A 1FH8A 5IXEA 1GQKA 3O9NA 4A4AA 1GOIA 3AISA 5DMYA 2EPMX 4B3KA 5I0DA 1V03A 1GOMA 3BC9A 1TCMA 2WWDA 2BV9A 1LF1A 4LYRA 5EFFA 4MDOA 1UD8A 5CXPA 4KWUA 3T0DA 1CEOA 3SUUA 4E4PA 3WDQA 1W9VA 2XSAA 1B3VA 4V27A 2GJRA 2NT1A 3CBWA 2G3JA 3II1A 3CMGA 3PZUA 2ZUSA 1KXTA 3AS2A 1W3KA 3W6LA 3W27A 1CGYA 3AFBA 3ARQA 3AIEA 2V3GA 2BY2A 2D0GA 1ZBVA 2YBUA 1W9DM 4QLKA 3VVGA 2CBVA 1BYDA 1WCGA 1KQYA 3TOPA 3UESA 5CLWA 1BFNA 4PMUA 3NJ3A 1ZBWA 2DH2A 4S3KA 3TTYA 3SEPA 3WUFA 2GSJA 3AHVA 3EYPA 5AYIA 3K8MA 4UZSA 3ZQ9A 4TVUA 5GNYA 1B1YA 1J0ZA 3N11A 3KL5A 4CD8A 8CGTA 1KXVA 1E40A 1V0MA 2HISA 4QLJA 4NZCA 1ISZA 1DWHM 1VB9A 4DWSA 3UR8A 2JIWA 1GONA 1V02E 4P7RA 5DO8A 4F9JA 1EDGA 5FCZA 2Y8KA 2PI6A 1MQRA 2WC3A 1JZ3A 4WSJA 1C90A 3A4AA 3GXMA 1CXHA 3L4VA 2WMGA 5AC5A 1F4HA 3DHPA 4ATLA 4GI9A 3BAIA 4W5UA 2GJXA 4GO8A 1WDRA 1G5AA 4PSPA 2OSXA 1E3ZA 3HN3A 3SCWA 5FKYA 4MAZA 2XPKA 3AMCA 3FHQA 3GBEA 4PMYA 4ACZB 4AD1A 3OB8A 2FGLA 3WH6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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