5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
1C8YA 2YDSA 2O9RA 1HXJA 2E3ZA 3W27A 3LPOA 3WDIA 3AIBA 3WNPA 4TVCA 5IDIA 1KXVA 1JDDA 4GI8A 2RGLA 2DSWA 1QI0A 3IANA 1UWIA 3OZPA 4IPLA 2WVSA 3ARVA 1EO5A 4TTGA 1GOQA 4KMQA 1UH3A 1VJSA 3UR8A 1PX4A 5E0FA 4CD5A 3ZSTA 2BY2A 3SCTA 3WH8A 4DUWA 2FHBA 3MUY1 5CLWA 3WD4A 3VX0A 4Y7EA 1C7SA 3VIIA 3VD4A 4UR9A 4EE9A 1DHKA 3K1DA 1E3XA 4PMDA 5FCZA 2WMFA 4X0VA 3UETA 3CZLA 3W4RA 4GQRA 1R85A 3AMKA 5ECUA 1H09A 4CN4A 2NT1A 5LA1A 4P7QA 2UY2A 2WHMA 3MMWA 3CZKA 1PX3A 2CXGA 5D9NA 4JFTA 3VD9A 4AD4A 2VURA 4ZXOA 1E56A 4BQ3A 2WW5A 1B3ZA 3NDYA 4LX4A 2JE8A 3N18A 1V3HA 3AIRA 3B8SA 4BF7A 3AMGA 3OGVA 2XHYA 3RM4A 1B30A 1ISZA 3IAPA 4ACZB 1MQRA 1NH6A 2QHAA 3VILA 3FN9A 2VO5A 4NSBA 2OWWA 4MB4A 3VIJA 2BY0A 4V28A 2PWGA 2JFEX 1HKIA 1C8XA 3WY1A 3EDKA 2VR5A 4OUEA 5E9AA 1GQLA 1XD0A 1UKTA 4GZEA 3WL1A 4JL2A 5A95A 3DYMA 3ZR6A 1VFMA 1ZL1A 1EOMA 1I75A 4BQ4A 3VOCA 1OWQA 4A4AA 4Z2GA 1JFXA 2BVYA 4NZCA 2OYKA 2WHJA 1K6AA 1JF6A 2VUYA 2FHCA 2DEPA 3OLGA 1V0LA 3D5HA 1LG2A 1B31A 1E0WA 4BA0A 3AZSA 5BRQA 4M56A 1PJ9A 5CLTA 1KGUA 4XV0A 2W63A 3WUFA 4Z2JA 1WP6A 4M82A 1ZBKA 1UZ4A 2J7EA 4PCTA 3EDJA 2X0YA 3ARUA 3CTTA 2D3LA 4QCFA 1W2VA 1KBKA 3VGEA 3TOPA 4MJ2A 3WSUA 3W53A 3GDBA 3CHDA 5EFFA 1TCMA 3VIGA 4CD8A 4CD7A 1HNYA 3AHXA 1KQYA 4S3JA 3SUWA 2A3HA 2VVSA 1B3XA 1RH9A 2V5DA 2BXYA 2Y5EA 3B9DA 3CIVA 1GQKA 5GNZA 2XVGA 1PAMA 5D9PA 4W5ZA 2ZUNA 1U33A 1XHGA 3OGRA 1V6UA 2Z1SA 4MJ4A 4AWEA 2VCCA 4QLLA 1GQJA 1WDQA 4PMOA 4FLRA 3VDCA 4W86A 5CQ1A 5LA0A 4V27A 2DT2A 2EPKX 1VENA 1C3FA 2Q8XA 1P6WA 2GUYA 2W5FA 1NQ6A 3L4TA 2DT3A 1AVAA 4GO9A 5CPTA 1RD6A 3WQ5A 4Z2HA 5I6SA 1JNEA 4OKDA 1Y7VA 3APGA 4D71A 4H2CA 3RILA 2E0PA 2FDMA 3UR7A 2O9TA 5D9OA 1OGSA 2CBJA 5AC5A 1KQZA 3ZJ8A 4OOUA 5I78A 1E1EA 1FHLA 2BVDA 4AD2A 2A3CA 2PI6A 4CN1A 2E9MA 3CH9A 2JEQA 2J74A 1KXHA 4HA1A 3ECQA 2DH2A 3N15A 1JGIA 4D6IA 1VFUA 1OB0A 2ESCA 5JUVA 1E6PA 2V38A 3VTRA 2FGLA 1EDTA 3AI0A 1G94A 2OYLA 2YA0A 3WD2A 1UWTA 5A8QA 4P7OA 3ZJKA 3M07A 4FK9A 3RDKA 4JZ5A 1F4AA 5AYBA 4YHEA 1C7TA 1R7OA 1H0IA 4WSJA 1D2KA 1J0KA 2VTFA 1V02E 2BXZA 3SCWA 2J75A 1TE1A 1E43A 1E3ZA 1QW9A 1UKOA 3AIEA 7CGTA 4PYSA 2UY5A 1H11A 3EYPA 1NP0A 4UOJA 2YBUA 2CERA 3VDBA 3WH9A 3WD0A 4AXNA 5CGMA 4D6GA 1OCQA 1Q6EA 1XRVA 2WZEA 1TA3B 1UUQA 2WMIB 2G4FA 2WKGA 1BG4A 4AC1X 3UESA 3WMBA 3U5UA 2YKKA 3CZJA 5FL0A 1CLXA 3FXYA 2XFFA 3GTNA 1VJZA 2VQUA 5A8PA 3N17A 4UOZA 3FNDA 5LYRA 1XH1A 4WLCA 2EO7A 1QHOA 4A3HA 1UR4A 2WBGA 3QOKA 1XSIA 3OIHA 4TVUA 4CD6A 5JBFA 4BCEA 1UR2A 3NCOA 3U7VA 3UG5A 1US2A 1TVNA 1MW3A 4F9DA 6A3HA 1X6NA 4MNMA 4P7RA 3ZR5A 1QI5A 1BFNA 4W7UA 4AD1A 5D8WA 3BAIA 1E0VA 2XSAA 3AZTA 4U3CA 1ZS2A 3VPLA 2EPLX 1UH4A 4IISA 3MUIA 1EIBA 1JIBA 5EBAA 5I23A 4WKHA 1EGZA 1DWIM 1HJSA 4MB3A 1U2YA 3SCPA 4OIFA 3NYDA 4QLKA 4U5IA 1W1PA 3PZTA 4N0RA 3GXIA 1EDQA 3RIKA 2C8NA 5C70A 4WF7A 3VDAA 2YIHA 5A8NA 1W3HA 3NIYA 2V3GA 1UD2A 3ZM8A 1EXPA 4AYSA 3SCQA 4PTMA 1HN1A 1OD0A 3W25A 1ISVA 1WZLA 5FIPA 2WMGA 1HJQA 3WUEA 1GHRA 2DT0A 2WANA 1GUVA 4W88A 4HP5A 4R27A 4AW7A 5DMYA 1IZJA 1FOBA 2QF8A 2E9LA 2J78A 3WQ4A 4UQEA 3GH7A 3FHQA 1NWTA 4WSKA 3AS1A 2XVKA 1X6LA 4J27A 1PZ3A 4UFKA 3THDA 4J3WA 4WK9A 1JI2A 5A1AA 4UCFA 4UZUA 7A3HA 3WDPP 3W29A 2J47A 3O6AA 1VF8A 3WUGA 2ZXQA 3WBEA 4DUVA 1C90A 4EKJA 2EJ1A 2PB1A 1E72M 1IZKA 1CGTA 1JZ3A 1J18A 2D3NA 1QPKA 2BY3A 3WH5A 2WLZA 3EDDA 2YL9A 1JYWA 2NT0A 3WEMA 1J0HA 1J0JA 1EH9A 2CEQA 3ARXA 6TAAA 4JHZA 1Q6FA 1OT1A 5I2UA 3M46A 1CXEA 4JCLA 3BMWA 1B3WA 2JALA 3T0BA 2F61A 3AROA 1W1VA 4B16A 1R87A 4PTWA 3SCSA 3PZIA 5D4YA 4TOQA 4AIEA 2D1ZA 4HZ6A 1GOKA 4ZE4A 1W3LA 3KL5A 2WBKA 4LPCA 2O9OA 3CZGA 1QOXA 1CPUA 2D0HA 1WPCA 3LPGA 3BAYA 2J7DA 1QHZA 1V0MA 3DHUA 2X1IA 2XGIA 1FH8A 4XZBA 3T0AA 3A6OA 1CZ1A 3VMNA 4UFJA 1KCKA 3WDRA 1JZ8A 2CHNA 1G5AA 4W85A 4AIOA 3PHAA 1OSEA 3WNNA 4WIWA 8CGTA 2CKRA 3AIUA 1BSIA 1WDPA 3MO4A 1ZJBA 1FHDA 1SMAA 1VEOA 5DEZA 3RM8A 4OBRA 3DHPA 2DSVA 3BC9A 4Q22A 4AMCA 2TAAA 1W9BM 1D7FA 2EQDA 3AFBA 3DECA 3VIKA 3ALGA 5DT5A 2XFYA 1UKSA 1VBRA 1S46A 1QI2A 2VMFA 4TTUA 3CUGA 1US3A 1H0GA 3L4ZA 3W24A 1QHPA 1FFRA 4LYRA 2JIWA 3I3EA 3JUGA 3BCFA 3T2OA 2XTKA 3BH4A 1JZ5A 3FW6A 2ZICA 4UQAA 2DH3A 5A3HA 2WHLA 4P8XA 4HZ8A 1A47A 1H2JA 4PN2A 4TXEA 4H41A 1BG9A 2EBNA 4GZJA 5IHRA 3GZAA 2VVNA 1MFUA 2ZUMA 5C8BB 1HVQA 3CUHA 1EQCA 3AIWA 3SUUA 1OT2A 2YLLA 1Z32X 4JFWA 4DWSD 3WF2A 2J7GA 4AY1A 3CZ8A 1JFHA 4QCEA 2BV9A 1UKQA 2OSXA 3GYCA 1FH7A 1KFWA 5FKYA 4PUDA 2WYSA 1KGXA 5CPQA 3EDEA 1D3CA 4P7LA 5BROA 2BHYA 1ITCA 3BAWA 2W66A 4UFHA 5I79A 4X9YA 4KGJA 2IXVA 1E70M 1E4NA 2ZUVA 4JFVA 2GDUA 4OZOA 1E15A 5CSUA 1E6XM 1OIFA 4HOXA 2UWFA 3F5LA 1TR1A 2OWCA 1PPIA 3WIJA 2XPKA 1VRXA 2JF7A 1EQPA 2GJPA 1QI4A 5BXPA 5A2BA 2XVNA 4CCCA 3SIMA 1JXJA 9CGTA 3WDQA 2PWHA 3CHEA 3VNYA 2QV4A 3T2QA 3A3HA 3PZGA 1CGUA 1UOKA 3II1A 4W93A 3N04A 1V0NA 1H5VA 3L2MA 3VO0A 1BYAA 3PZ9A 5A6JA 2X05A 3MV01 4TX6A 1XH0A 5JBDA 4IM4A 3ARYA 3MU7A 2VZOA 4W8LA 1J0IA 1LWJA 3WEZA 1C92A 4PMQA 2WPGA 1W2PA 2YA2A 4GXPA 4JFSA 4ZFMA 1H4PA 1BTCA 1WB0A 1UA7A 1WKYA 4H7VA 3U57A 3AS0A 4NF7A 4P8UA 2B31A 4JAWA 3FY1A 3HN3A 1V3KA 2BVTA 1B3VA 5EFDA 3MS8A 5ABGA 1B1YA 4ZENA 3VGHA 3MANA 1E6NA 1NWUA 1JAEA 3NSNA 1PIGA 3AXXA 3SCUA 3WELA 5HPOA 4RL3A 2XVLA 4FMVA 1QVBA 1K9DA 1N82A 2WXDM 1NP2A 2OYMA 3VD7A 3KL3A 3ZT5A 2VRJA 5ABFB 1E55A 2XIBA 3AXIA 4UTFA 3AJ7A 1KXTA 2W92A 1E9LA 4Z2IA 3WMSA 1UR0A 1FP8A 2A3BA 1E4LA 1XH2A 2WVUA 2WVTA 2YDQA 3VGGA 5A6KA 1NOWA 1NARA 3W6MA 4AEEA 4CD4A 4J3UA 1NM9A 4HOZA 3W82A 5HBFA 1M53A 5CPSA 4AZ5A 4DM2A 4XX6A 1JAKA 4H8VA 4UFIA 4CU7A 4GI9A 4J28A 1KR1A 2EPMX 2WK2A 2BHZA 1OGBA 1CNVA 4H8UA 4WKAA 1WAWA 4C7DA 2IUZA 1B9ZA 1BYDA 2V3EA 3ZQ9A 1W9VA 3ZMRA 2XVPA 2XM2A 1HL8A 1NWRA 2XYLA 2FH6A 4AIUA 2E9BA 2J79A 4AD0A 2DQXA 4PMXA 3PTQA 4E8DA 1HVXA 2XWEA 3AISA 2VQTA 3O2LA 1LWHA 3WN6A 5D9MA 3SCNA 1MXDA 5HXMA 1AQHA 1RP8A 5BYWA 1LLOA 4U5KA 1JDAA 1KCLA 1IT0A 3VIMA 2ZX7A 3GM8A 1MWOA 1QNQA 1R86A 2ZUSA 4FLOA 3L4YA 3GBDA 3WQVA 1VB9A 3QOMA 3F5JA 4ZE5A 1KR0A 3QR3A 1G1YA 3B9AA 3VGBA 2D20A 1TFVA 3TTOA 3EBVA 5JIWA 3MUAA 2VX6A 4PMUA 3CHFA 3AIVA 1JZ6A 2BNJA 4M29A 3ZT7A 4AZCA 4HA4A 3VNZA 1V3JA 1DWHM 3SUTA 1ODZA 1U30A 1V0KA 4BQ2A 3D3AA 3N11A 3WNMA 1CBGA 4CU8A 1X1NA 4DWSA 1KXQA 4M80A 1HIZA 2WNWA 4CVWA 1WZKA 2YJQA 5EB8A 1E0XA 2DGAA 3L2LA 2X09A 5A8MA 3VINA 1WO2A 4N42A 1HJWA 4Z2LA 1VAHA 1YQ2A 4U33A 4AZGA 3VDHA 3OBAA 2ZUWA 4Z2KA 4MB5A 3SUVA 1TUXA 4GINA 2VI0A 4HMEA 1E6SM 1LL7A 4OBSA 1HKJA 1GW1A 1Q6CA 1AQMA 2CBVA 4ACYA 6CGTA 1C8QA 2G3IA 2J8GA 3FHAA 1CLVA 1H49A 1FFQA 5BWFA 4AD3A 3FAXA 4F79A 1CWYA 3UEQA 1ZU8A 1EDGA 2QPUA 4PTVA 1UQZA 1GCYA 1V02A 4U3AA 4PMVA 2YL6A 3AHTA 2WC4A 2ZE0A 1WE5A 1C91A 2E40A 2PWFA 1W3JA 1LL4A 4NI3A 3OZOA 2RGMA 2BHUA 3PZNA 1QBAA 1ZJAA 3AS2A 5A6AA 3SCOA 3WDJA 4HZ7A 4D6CA 1E6QM 3PBGA 3AYRA 5CSYA 1ZBVA 3LPFA 5A2CA 1B90A 1XGZA 4E8CA 1Q6GA 2ZUTA 2ZXBA 1JZ7A 4MNKA 1NWSA 4D6EA 1RPKA 2W61A 1BGGA 1O7AA 3RJXA 4XB3A 4HTYA 4KRTA 1WCGA 3AHYA 2WMJA 2VCBA 4J3XA 1E6RA 1KB3A 1W9PA 5A2AA 4BZYA 1MXGA 2YL8A 5F7UA 2YDRA 4HOWA 3DYPA 1G01A 4UZSA 2XG9A 3CUJA 2OSYA 1BVNP 4OOZA 1K9TA 3MMUA 2DPEA 3OLIA 2J7BA 2V3FA 4W5UA 3VUPA 3PTKA 2WZHA 2Y8VA 4HMDA 3WL0A 1BHGA 4JKLA 1MFVA 1M01A 4HPGA 3KL0A 1EOKA 4JHOA 1J0ZA 1I1WA 1E5JA 4YPJA 8A3HA 4HU0A 3RCNA 4MNLA 4LYPA 4ZXLA 3S6TA 4GI6A 2ZX6A 3HU7A 4D1IA 1CXKA 1BYCA 3KE0A 4B9ZA 1CDGA 4JFUA 3EMQA 3K4DA 3CHCA 3PTMA 1W9DM 3BSHA 1I1XA 3WKZA 2YA1A 4C7FA 3AS3A 1L0PA 3MSDA 3WUBA 4ATDA 2QPSA 1V03A 2VX4A 1HJVA 3WF4A 4LYQA 1EO7A 2E8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2Z0I A;  3EWB X;  2EXO A;  3R4I A;  1KWK A;  5ABH A;  3RN6 A;  3IUI A;  4EPK A;  3FJN A;  5FD0 A;  3VM5 A;  4Z17 A;  4RDA A;  1WKD A;  3UY8 A;  1TTP A;  1RKE A;  2ZOX A;  3L0K A;  4XSM A;  4J9J A;  3SXY A;  1TWA A;  3NQM A;  1N8F A;  2OG9 A;  1MQQ A;  1THF D;  4QDM A;  1RQB A;  3RKO F;  3U2Z A;  4A29 A;  3L5A A;  2J7P D;  1LF1 A;  2FKP A;  3EWC A;  2ZZ6 A;  3P5Z A;  4D6J A;  2RDU A;  4RPQ A;  5I3H A;  1OW6 A;  3NGF A;  2YL3 A;  1S3T C;  2IXU A;  5A69 A;  2XIM A;  2YRM A;  2Q71 A;  4BC9 A;  3OYX A;  4JNY A;  3LLH A;  2I17 A;  5I03 A;  2GQ3 A;  2GJX B;  1YBQ B;  3WQW A;  4O28 A;  1M56 C;  1V4A A;  5EHH A;  3THC A;  3S2C A;  1ONR A;  2L92 A;  5I77 A;  4IXH A;  3JU2 A;  1W3T A;  2F9R A;  2CNW A;  4IWB A;  1B3O A;  5HPC A;  3B0P A;  3UWQ A;  3AAL A;  3DMD A;  3GR7 A;  2UY3 A;  2HIS A;  3OHI A;  4OQV A;  2Y3H A;  3BPW A;  5CXP A;  2DSZ A;  3GTX A;  3NJ3 A;  3W22 A;  3VNK A;  1PJS A;  5D91 A;  2KYH A;  1WZM A;  4KBX A;  4O57 A;  3R43 A;  1LYX A;  1KLY A;  4XKY B;  2X0H A;  3UGR A;  1MW0 A;  1GOR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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