2EPLX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
614
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus gordonii
total genus 262
structure length 614
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2eplX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2eplX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2eplX01
4EK7A 2VZSA 2WVSA 1PX4A 2VRJA 3ZJKA 2GK1A 3OGSA 3FAXA 4NRSA 5A8MA 4PTVA 1KQYA 2DT2A 3T2PA 1TA3B 3WL1A 2J7DA 3UCQA 3VU2A 1QI2A 3VX1A 1V6WA 3NSXA 2VRKA 2XVPA 3E1F1 3AMLA 4HA3A 5A95A 2D23A 2J75A 1UD5A 2CITA 2VCBA 1UKQA 3MANA 1JAEA 1V0KA 3ARPA 1XCWA 1GW1A 4J3WA 2FGLA 2VTFA 3W38A 1AMYA 4TXEA 3AIRA 3WY1A 1JDAA 1V0NA 2BXZA 2E0PA 1X1NA 1E0WA 4PMNA 3TP4A 2ZUMA 3CUFA 2ESCA 2VI0A 1JXJA 3L2LA 2ZXBA 4GI6A 1EH9A 1E71M 3BAKA 4PMXA 3FHQA 2WWDA 2DH3A 3MMWA 4AWEA 3AHYA 4TTGA 5CJ5A 1E6NA 3OZOA 3DYOA 2WMGA 1QI0A 2DSUA 4LPCA 2OWWA 1C93A 1DWFM 3PTKA 4MNLA 3MUIA 3OLEA 3W6LA 3T2OA 4A3YA 2VOTA 1J01A 5ABGA 1UR1A 4F9DA 5IFTA 1UD8A 1E72M 3BAYA 5EFDA 2QHAA 4GPNA 3G6MA 5FL1A 4BS0A 1NOWA 4NRRA 1ZBKA 1B3YA 1W91A 4MB3A 1A3HA 1MW2A 1UH4A 3AS0A 2FH6A 2WHKA 3WH8A 1JG9A 1H4PA 4D6HA 1W1YA 2PWEA 3AS1A 1QBAA 3UR7A 3PN8A 4AZ7A 3GM8A 4JKKA 2BVDA 2D3LA 1XSIA 1TUXA 2WVVA 1OD8A 5A6JA 5I3DA 2W5FA 2XSAA 4M81A 1UR2A 2Y8KA 5JUVA 5FOOA 1QBBA 3AFBA 5GNZA 4UQBA 1HT6A 4FLSA 2ZWZA 1SYTA 2YBUA 3OB8A 4WJXA 4JCMA 1VJSA 2VT0A 3GNPA 3S6TA 1K6AA 1GVIA 4IPNB 5A6BA 4J3XA 1E0XA 3SUWA 2D0GA 4EE9A 3VDBA 1W9PA 1LJYA 2VL4A 2A3HA 4RE3A 5LA1A 5IHRA 2CESA 5I77A 3WELA 4LQ1A 3NJ3A 1TVNA 1C7SA 2BY2A 2Y2WA 1U30A 4PMQA 1KQZA 1E4IA 1I1XA 3IANA 3ZO9A 1HL9A 2DEPA 4WLCA 4Z2KA 4DUWA 4P8WA 3ARUA 4CN6A 1XD0A 4M29A 2XWEA 1PBGA 4BA0A 1IV8A 4JFTA 1CTNA 4GKLA 4E4PA 5ABHA 1V6VA 1KXQA 2E4TA 1X6NA 1JZ7A 3DYMA 4ZXOA 1JDDA 5BXPA 3WDQA 1W1VA 5F7UA 4B3KA 3A4XA 1DHKA 2XTKA 2CHOA 2BFGA 4MDOA 4P8VA 3SCWA 4AZCA 3L4TA 1E0VA 1QHPA 3BXWA 2J8FA 3PTQA 4JAWA 8CGTA 2XIIA 3HMCA 4LGXA 2WBKA 4B3LA 5CXPA 2J4GA 3DYPA 3SCRA 4HPGA 2TAAA 3U57A 3WNMA 1MXDA 4CUCA 3TTSA 1XH1A 5DFAA 4PTXA 1W3HA 1EO5A 3T0DA 1CXIA 1NP2A 1QNPA 4B9YA 1FP9A 2CBJA 1BGGA 3SIMA 5A6AA 4JZ5A 2YLAA 4GO9A 4AXNA 1C92A 4GI9A 1C90A 4DM1A 4IPLA 3GXIA 3AJ7A 2DSVA 1KCLA 5DMYA 1V02E 4OBSA 4WKAA 1HVXA 2G41A 5GQBA 1OGSA 4D6EA 3N12A 1OINA 3NDZA 2WLYA 3PTMA 2DPEA 2JIEA 4UOJA 3THCA 3RJYA 3ARQA 5CLWA 1XV8A 2PWFA 2Y4SA 3T2QA 1D7FA 2NSXA 1E6XM 2D3NA 1O7AA 1XHGA 2WYSA 4L4PA 3SCUA 1JZ4A 1JD9A 5A94A 2BS9A 4PMUA 3UESA 4J28A 4JKMA 3WD2A 2NT1A 4JFUA 3WNLA 4CD8A 5A8OA 1G5AA 3VIIA 2YA2A 2ZUWA 4U5IA 1EQCA 3K1DA 2XIBA 5CLTA 2FH8A 1C7TA 3TA9A 2V3EA 1UD4A 3LPGA 4S3KA 4ZEPA 2Z1KA 1GPFA 2MANA 4Q22A 1JD7A 1CGUA 2BHZA 3GNOA 4UZSA 1GJUA 4AD0A 1PX3A 4HP5A 5IFPA 1HJWA 4AZHA 1JI2A 4J3TA 5JBFA 1DWIM 2JEQA 2EEXA 3T0BA 3WNKA 5A6LA 1E55A 3L2MA 3N15A 3NCOA 4W5ZA 5LYRA 4FLOA 3GZAA 2YL8A 3NDYA 3VIGA 2J7FA 5A3HA 2WZIA 4TX8A 2A3BA 1R7OA 4A3HA 2XVGA 1G01A 3EYPA 3WDHA 2CETA 1M01A 3SCQA 2FHCA 5C71A 1ODZA 1UQZA 4E8CA 3CO4A 1W3KA 3NUKA 1AQHA 2UY2A 1HP5A 1PZ3A 3MO4A 2VR4A 1J9YA 4OIFA 2EQDA 3CHFA 3K4AA 3NIYA 2X05A 4ACZA 3BLPX 4YHEA 1TFVA 1ZU8A 1W9DM 3N1AA 2WMIB 4XV0A 1WZLA 1CEOA 1HJUA 5I6SA 2WHLA 1TVPA 4IISA 2RGMA 4U3CA 3VDAA 3FAWA 5GPRA 4MJ4A 1IZJA 3L4YA 3VIPA 4CD4A 1MVYA 2WLZA 1WDPA 1LG2A 1Y7VA 1LL4A 1W9BM 2VX6A 4ZENA 1B90A 1R87A 2D24A 1TZ7A 4AD1A 5A6KA 3VILA 2J62A 1GOQA 4M80A 1M03A 3QHNA 4HOXA 3ZSTA 3WBEA 3MV11 4HU0A 1AQ0A 3AIVA 5DT7A 1JL8A 2AMGA 5M03A 2QMKA 4YN5A 4C7GA 2OLHA 1BVZA 1NP0A 3PHAA 3ZQ9A 1VRXA 2W66A 1JAKA 3NYDA 1HKIA 3DC0A 1XD1A 1W9UA 3VGHA 4NZCA 3W4RA 4UCFA 1V3LA 1KWGA 3OLGA 5A69A 1GQKA 1UR0A 2VX7A 1WDRA 4D1IA 1FHLA 3EMQA 3D3AA 1NWUA 1NARA 1GCYA 4D6JA 2OWCA 1QW8A 4PMZA 1BQCA 3PZVA 2JF6A 3ARRA 4XZBA 1J18A 1OGBA 1R7AA 2A3CA 5ABFA 3SCTA 2CBVA 1CYGA 3OIHA 1JFHA 1G9HA 2BY1A 1JF6A 2WC3A 3KEHA 3SCSA 4QFUA 3WD1A 3I3DA 3MKKA 2QV4A 1OM0A 3AIQA 4J3UA 3MUZ1 1J0HA 1QHOA 3AIEA 3WH6A 1K9EA 1QNRA 3CZJA 3MS8A 3VGBA 5HBFA 5BXRA 1MFUA 4X0VA 5FL0A 1E5NA 1CXHA 3AXHA 1XSKA 4QLJA 4DUXA 4KRUA 2DSWA 1W9VA 1Q6CA 3CZGA 3UG3A 2XFYA 2Z1SA 5HOSA 1UKOA 1NWTA 1VFMA 4PSPA 4DWSD 2OYMA 4H04A 1NWRA 3WQWA 3ECQA 2ZX5A 1HX0A 1C8QA 3ARSA 2VCAA 3WMCA 4BQ2A 4MPKA 1V6XA 4CVWA 3F5LA 2WK2A 2VRQA 4FLQA 3RM4A 4W87A 1OWQA 4P8UA 1BPLB 1UD6A 1X6LA 1UD2A 2BV9A 4LXFA 4NI3A 1EIBA 2WM0A 3VPLA 4KH2A 3CUGA 4UQ9A 3VMPA 2VVSA 4ATDA 4AD4A 2ZIDA 1HJXA 2C8NA 4ZXLA 5AY7A 1NOUA 3LMYA 4MADA 4TOQA 4EAMA 4QLLA 2W63A 3PZMA 5DT5A 5M5DA 4MJ2A 2UY3A 3VIMA 2JIWA 4NF7A 2YBTA 3WF4A 1WAWA 1DEDA 5I78A 3GBDA 3VKKA 2EO7A 1QVBA 4J3SA 1B3ZA 3T0AA 1V6UA 2XHYA 1W1TA 3N17A 4OJYA 2VX4A 4C7DA 4D71A 5BWFA 1FH7A 1CDGA 1ZJBA 2FDMA 4JCLA 4CD5A 1NM9A 5HPOA 4HU8A 1R8LA 3UG5A 4PSRA 2X2YA 3EDFA 1RP9A 3GYCA 2GJXA 4CD6A 1E3ZA 5E6YA 1GQIA 3K8KA 1GUVA 2VMFA 5I79A 3SEPA 1E6RA 2WPGA 2WXDM 4UOZA 2GSJA 1CGYA 1WKYA 3W6MA 2PC8A 4PUDA 3AMCA 4F79A 3ZR5A 1BAGA 1EXPA 2DDXA 4HZ7A 1MQQA 3B9AA 1R86A 3GTNA 1MQPA 4KMQA 2XWDA 3RDKA 1V0LA 3WH5A 1OCQA 3EDDA 4W93A 1EO7A 3CZKA 1BG4A 2VR5A 5CQ1A 1UR9A 9CGTA 5A2BA 4W5UA 1SMAA 3ZIZA 1ESWA 1MW0A 1FH8A 3AIUA 2J8GA 5HNNA 4WSJA 3RILA 3WF2A 3WQ4A 4AW7A 2O9PA 3EMCA 2ZUVA 4UFKA 3WQ6A 1US3A 1J0JA 1JZ8A 4AZ6A 1DWAM 5IHSA 3UR8A 4AD2A 4F8XA 2CHNA 2WNWA 6TAAA 3WKZA 1NQ6A 3FXYA 3SCVA 4D6DA 1CBGA 2D1ZA 3W28A 4H8VA 1WB0A 3SURA 4MB4A 2WVVB 4TTUA 5FCZA 1O6IA 3UEQA 3WNPA 3BAXA 1MW3A 5EMYA 3KE0A 2G4FA 1UKTA 3AS2A 1B3WA 2NT0A 2PWDA 1CXFA 1UHVA 1QPKA 1RD6A 2F2HA 1WCGA 3QGVA 4CN4A 4M82A 4IM4A 1K9FA 1H0IA 3KL0A 2GDUA 4W89A 4AIEA 5A1AA 2ZXAA 4HMDA 1GOOA 2E9MA 3AHTA 1H11A 5M17A 4RL3A 4XX6A 1SMDA 4FK9A 4Y7EA 3T08A 4AEEA 4OZOA 2XYLA 1GQLA 4Q7NA 3SUVA 2EPLX 3EDJA 2GFTA 2J25A 2OSYA 3CLWA 3LPOA 2J74A 4W84A 1M04A 1CPUA 1V3MA 1KR1A 1K9TA 4UZUA 4XZWA 1TR1A 2YL5A 3SCPA 1HIZA 1C3FA 3WFZA 5CGTA 3K4DA 3ARXA 4ZFMA 4K68A 3F5KA 3WUGA 1H0GA 5HPCA 1EOMA 1E15A 1HF6A 5DF0A 2CERA 4CU8A 2XPKA 3WQ8A 4BQ5A 3BC9A 4R27A 2CBIA 1OB0A 4AZCB 4CGTA 4P8XA 1E3XA 4TVDA 1E1EA 1WNOA 1MFVA 2GUYA 2PBOA 5E6ZA 1WDQA 1BVNP 3AMGA 3RO8A 4WIWA 3L4XA 4M1RA 4TVCA 1G94A 2CBUA 2CNCA 1NWSA 4XB3A 1PJ9A 2AAAA 4WKHA 2J7GA 1PIFA 3WH9A 3KZSA 3VD5A 1WZKA 2DSZA 5JIPA 4KRTA 3ARTA 1HKKA 4DM2A 2CEQA 2PB1A 4CN1A 3KL3A 3WUEA 1GHRA 3WEZA 2YL6A 3UERA 1LF1A 4HMCA 2O9OA 3ARYA 4U2YA 3U5UA 1XCXA 5IXEA 4S3JA 3A6OA 2QLYA 1VEMA 2ZUTA 1XYZA 3T09A 1E5JA 2XJ7A 2WW5A 3ARVA 1EOKA 4FF5A 4ATLA 1ISXA 2QF8A 2X0HA 1TE1A 3OLIA 1KR0A 2AOSA 2XFRA 2XSBA 3WDIA 2DH2A 2D2OA 1HJSA 3B8SA 1W32A 5D9NA 3AROA 2D0FA 1W2PA 2UWFA 2J47A 3PBGA 1J10A 3AHZA 4PMRA 5DEZA 2VZTA 1CXEA 3MUAA 4JL1A 1JYNA 2O9TA 1H49A 4M8UA 1GORA 3WSUA 2VCCA 2JFEX 5DO8A 4D6FA 3FN9A 4H8UA 3W37A 1KCKA 3VOCA 1V0MA 1B30A 4P7QA 2WHMA 6CGTA 2GJRA 1E56A 4F9JA 4U3AA 4KGLA 1B31A 7A3HA 1CGXA 5M3WA 2E9LA 2V5DA 4R5EA 2OYKA 5CGMA 2W91A 4OUEA 2CXGA 1WZMA 1ZB5A 3SCOA 3BLKA 5I5RA 2VQUA 1BG9A 3PZQA 3RJXA 5FIPA 4P7OA 3VD9A 1TCMA 2WANA 4Z2HA 1UWRA 3SUUA 2BY3A 4URIA 3IAQA 3VNZA 3CHCA 4W7VA 3AIBA 4EANA 3AIWA 1KBKA 2VNCA 4D6IA 1BF2A 4PRWA 3IAPA 1JFXA 1CLVA 1UQYA 1WE5A 5E0FA 1ITCA 2WKLA 3RMEA 3GH5A 3GXFA 4PMDA 1JNEA 2ZX6A 4JIEA 4AIUA 2CKSA 2QPSA 2BVTA 3WEOA 3MSGA 2GJPA 1AVAA 3MMDA 3ZM8A 4DWSA 4UOQA 2JF7A 3NSNA 1WDSA 3F4VA 2WC4A 4GQRA 4B15A 1G1YA 4GI8A 5BYWA 1QI3A 3U7BA 1Q6FA 2X8RA 1L0PA 3QOMA 3WUFA 3UETA 4OOZA 3W26A 1CWYA 5AC5A 3VD4A 1BSIA 3DHPA 1HN1A 1SFSA 2Y24A 1J0YA 1FHDA 1UA7A 3ZJ8A 2J78A 1V3JA 2NW0A 4TVUA 3VGDA 1CNVA 2VQTA 1JZ3A 3O9NA 3AS3A 5BCAA 3M6DA 3MSDA 1QOXA 4JKLA 5D9OA 4PTWA 2WHJA 4OOUA 5A8QA 3BAJA 2YDRA 5C8BB 3EMZA 1UH3A 1VFFA 3K8LA 5CSYA 4U31A 2WBGA 2RGLA 3JUGA 1JYVA 5FKYA 2G3JA 2YOCA 3W81A 1XYFA 1B0IA 1E4NA 3OBAA 1CENA 1ODUA 2UY4A 3BGAA 2CYGA 1CGVA 5ABFB 1ZS2A 3AI0A 1KFWA 4HMEA 2V3GA 4C7FA 2DIJA 5KZ6A 1UWSA 2VJXA 2EJ1A 1PEZA 4GZEA 4LYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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