2EPLX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
614
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 262
structure length 614
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2eplX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2eplX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2eplX01
3WDQA 3VOCA 3RM4A 3AISA 3ARUA 1QI2A 4Z2IA 3BSGA 2PBOA 5IXEA 1QNQA 1UUQA 2D20A 1E6ZA 2QMJA 4ATWA 3ARRA 2UY2A 1JZ2A 2XVPA 1JYVA 1CGWA 3WL0A 2J78A 3ARYA 2WZIA 2X09A 3T08A 2A3BA 4JKMA 3AZTA 2V3GA 3EMCA 1BSIA 2G4FA 1KXQA 1UWTA 4U33A 5I0DA 4AEEA 1NP0A 1XH0A 3WQWA 4W85A 3TA9A 2WCAA 3EYPA 1HJWA 3GBDA 1QI0A 3FW6A 1J0HA 3AIWA 1C7TA 5A8OA 3BAKA 1VB9A 3VGEA 1ZL1A 4Z2GA 3CUGA 2VRKA 3EDFA 4M56A 1V02A 2J79A 4PMVA 1V02E 1AQMA 1V3KA 3POHA 1PJ9A 4OIFA 4Z2JA 1GHRA 2WANA 1I1WA 3SCVA 3AS3A 3W38A 1MW3A 1IV8A 4XZBA 2PB1A 4AZ6A 3WQ6A 1Q6DA 2WVUA 4HOZA 3OA5A 3AMLA 5IFTA 1WDRA 4MJ2A 2J4GA 4FLRA 3VIPA 1WZAA 2XFFA 1Q6FA 3WNLA 1UA3A 1WKYA 4GI9A 4UOZA 2X0HA 5E0CA 3MS8A 4MNLA 2YL6A 3WFLA 1V3MA 1W9BM 2VQTA 2CCRA 1FH7A 3U57A 1MQRA 1QNSA 1UWSA 3ECQA 4GI6A 4M80A 1BTCA 1E6RA 3AXHA 2QV4A 3WUFA 4F8XA 2DT1A 3WMBA 1WZLA 2WZHA 3NUKA 2PWGA 3MUZ1 4MB4A 3BAWA 1UKTA 3UG3A 2DT3A 2E8ZA 3N17A 3VGFA 3B9DA 2Y24A 4M8UA 5BXRA 1B30A 4V27A 4CD6A 4H7VA 1JD9A 1TR1A 1C93A 3CZLA 3PTQA 3T09A 3N9KA 3MUAA 3GXIA 2ESCA 1H49A 2A3HA 3B8SA 3NCOA 1J0KA 1RH9A 2ZXQA 1GVIA 4CKQA 3W6LA 4JFVA 1BYAA 2XWDA 1JGIA 2W66A 4K68A 1J0JA 1BF2A 3FHQA 3QGVA 3ZIZA 3W82A 4PMQA 3WDJA 4QFUA 1OT1A 1B3ZA 3PZ9A 5CPSA 4OJYA 4D72A 2XJ7A 3FY1A 2G8ZA 3K8LA 1EHAA 3W53A 5E9AA 1Q6EA 4S3KA 2O92A 4GZIA 2VX6A 1K9FA 3BGAA 3WY1A 1ITXA 2JE8A 1E72M 2RGLA 3PZMA 3JUGA 3LMYA 4HMCA 1JI2A 4PMRA 1ISXA 2E8YA 2VZUA 2WNWA 4CVWA 1LJYA 1BHGA 1UHVA 1CXKA 5CLWA 1JAKA 1W3LA 5GPRA 4D6HA 4AD2A 4IPLA 3L2LA 1VJSA 2VC9A 1E0WA 3N12A 1KCLA 1W1YA 4PN2A 4W8LA 2FGZA 1EOKA 2UY5A 3MMWA 1EXPA 3NSNA 2EQDA 2VZOA 1GUVA 2GSJA 4J3XA 1MQPA 1ZB5A 1WDQA 4DWSB 1D2KA 1E40A 2Y4SA 3CUFA 2YDSA 1FH9A 4OOUA 1M04A 5AYBA 3SCQA 1E43A 2WHKA 2WKGA 1UWRA 4UFJA 1J12A 3VDCA 2E9MA 1EQPA 1BYDA 4H8HA 3RJXA 3ARZA 1LL4A 2GDVA 5EFFA 4FLOA 3OGVA 4A3YA 3VNZA 2G3MA 2OLHA 4M82A 4H41A 2XSBA 2G3JA 1JIBA 4LQ1A 2VCBA 3FAXA 2HVMA 4AISA 1GW1A 5EMYA 3S6TA 2UWFA 4P7LA 4PSRA 1E56A 1BGAA 5LYRA 2ZX7A 1CDGA 3KL3A 2WHMA 4AZ7A 4CD8A 1W9XA 3B9AA 1E6QM 4XX6A 2XVNA 1QI5A 3QOKA 5AY7A 3ZJ7A 4AD5A 3AMDA 3W6MA 2D23A 3CMGA 2DT0A 4PMOA 4PUEA 1W3JA 3BAJA 3WD3A 3UR8A 1RD6A 4MPKA 2WM0A 1ZJAA 2XGBA 5CG0A 4HA3A 5A6MA 2VO5A 5AYIA 3DECA 5CQ1A 5EFDA 3G6MA 3BLKA 3ZQ9A 5A6BD 2CBIA 3VKKA 4DUXA 2VX5A 3VD3A 4CU7A 1J01A 3CHEA 3W81A 2CIPA 1CXIA 4ML4A 2BY3A 3FN9A 1F4HA 3IK2A 3E1F1 1AVAA 4UR9A 4W86A 4UCFA 3WBEA 1MWOA 2W63A 2G3IA 1QW8A 3GH7A 3N04A 3VMNA 1VFOA 4P8WA 2G3NA 3PZIA 1WZKA 1Q6GA 4CU6A 2NSXA 3WF0A 1Y7VA 2YBTA 3N13A 3MKKA 1UZ1A 4JKKA 1BPLB 1OM0A 3CH9A 4F66A 4OUEA 5JIWA 4UOJA 1MFVA 4DWSA 1MFUA 2DGAA 1LL6A 3OLIA 2X05A 1EDTA 3VGDA 7TAAA 1VENA 3K8KA 2JFEX 3SEPA 1DHKA 3L4ZA 3IAPA 4IUGA 2DH2A 4BZYA 4QLJA 5CSUA 4CU8A 5I24A 2E3ZA 1HF6A 5A6AA 3ARVA 3ZMRA 2V5DA 5I23A 3PZNA 3UCQA 1ZBKA 3L4TA 5AC4A 3KZSA 4LX4A 1XSIA 4HU8A 4MAVA 5A6LA 4W93A 4UZSA 1GOQA 4DWSC 1UQZA 1VFFA 3RIKA 4WKFA 4PTWA 3AICA 4CCDA 1HJQA 4GQRA 3EBVA 2ZIDA 3WH7A 1V6VA 1B90A 2ZXAA 2WSKA 4TX6A 1E71M 4AD4A 3WN6A 1PZ3A 1FA2A 3B9EA 3NIYA 1W1PA 3OBAA 2FH6A 1LF1A 2O9TA 1B1YA 4ACZB 4EE9A 1LG2A 2DPEA 1HP5A 2X8RA 3IJ9A 4GO8A 2WMIA 3W26A 1G1YA 2WWDA 5M17A 4UNIA 3TTOA 4AZCA 3AJ7A 4W8AA 2YL9A 2J77A 1XHGA 4L4PA 3ZM8A 1BG9A 3HJEA 1J0IA 5GNZA 1PZ2A 1XYFA 4MNJA 3PZVA 1QHOA 4PMDA 2VX4A 4IPNB 1GJWA 3VD7A 1EHNA 3CUIA 1JXJA 1KBBA 5DO8A 3KWXA 4H8UA 3OLDA 3UR7A 1TCMA 1US3A 2A3EA 2JF7A 2BY0A 5GQBA 3GZAA 5CLTA 4C7DA 2PWEA 1JG9A 4PYSA 4B16A 3BSHA 2XYLA 4W5ZA 2FHFA 3VDBA 4OBRA 1U30A 3SCPA 3WENA 4D1JA 4J3WA 1UWIA 1GOMA 2OWWA 1MW1A 2BXZA 3GH5A 3AMCA 1TMQA 2XSAA 2XVLA 1HN1A 5CZKA 4PMYA 3T2OA 4DM2A 1NH6A 2NT0A 3PTMA 1UD3A 3CZJA 5TD4A 2WHJA 2J74A 4QAWA 2A3CA 4NRSA 4Q7NA 1KB3A 4GXPA 4GZEA 1V0MA 1V6UA 1V0NA 3VIGA 2DH3A 3WSUA 4ZE4A 2X2YA 4EAMA 4JFTA 2ZUNA 2GFTA 2E40A 3OZOA 1X1NA 2UY4A 4UZUA 4GZJA 5D9NA 4P8UA 3OGRA 1FHLA 5I2UA 3FXYA 1HJVA 4WKHA 2QHAA 3UG4A 2QF8A 3RDKA 4JZ5A 3IJ7A 4ACYA 3O2LA 3WD1A 2ZUTA 4J7RA 2WKLA 4W7VA 4CD5A 5EB8A 1CPUA 2NW0A 2GUYA 1V0LA 2O9RA 3AIBA 1OT2A 3VUPA 5FL0A 4JHOA 2GJRA 3O6AA 4ATDA 2J7EA 4ACZA 1CGXA 2VOTA 5ECUA 5GNXA 5FKYA 3CZEA 1KQZA 2ZUUA 1H5VA 3AIUA 3N18A 4M1RA 4UFLA 4UFMA 4D6GA 3AIVA 5AC5A 1FP8A 3SUSA 4RE3A 3WMCA 4PMUA 3LPFA 4WK9A 2EPOA 2ZICA 1NWSA 1KGXA 4DM1A 1ZS2A 1UD6A 4D1IA 2JEPA 1JYXA 1JXKA 3SCNA 1UKQA 1BVZA 5BXSA 1C90A 2ZXDA 3BC9A 2VZTA 4MB3A 4ZXLA 4B3LA 4P7QA 1I75A 4HP5A 5A2CA 4TVDA 4JCMA 6TAAA 3ARSA 4UQAA 1EH9A 2WAGA 3SUVA 1CWYA 3L2MA 3AFBA 3BMVA 2CKSA 2VI0A 1KR1A 2VCCA 2YL5A 4IM4A 3GTNA 5DFAA 1A3HA 2ZE0A 5EBAA 2YIHA 4U3AA 1C3FA 3AIRA 4X0NA 1OINA 3AS2A 1BQCA 2WC4A 1KFWA 1PIFA 4AD0A 4L4OA 4CVUA 1DWFM 1WAWA 1LWHA 4U2ZA 1WCGA 2Y2WA 3MMDA 3L4XA 3OB8A 1QHZA 5A6JA 3VIMA 3VDAA 4ZEPA 1MW0A 4OZOA 5A8QA 1H09A 3FHAA 3WQ4A 4HZ6A 2CPUA 2DEPA 4JIEA 3BH4A 3U5YA 4E4PA 1SR0A 5E09A 2X1IA 4CN1A 1GOOA 2CKRA 2CITA 1LLOA 3WF1A 3NSXA 3I3BA 1VFUA 3ARPA 1UD2A 2J62A 1CGTA 2DT2A 4J28A 1UKSA 1B2YA 1GJUA 1XV8A 3KL0A 1C8YA 1KXVA 4U3CA 3VDHA 2Y8VA 1MXGA 3A6OA 1JYWA 2BV9A 4MJ4A 4OKDA 2G41A 4ZFMA 1NOWA 4JKLA 2GJXA 3MU7A 1Z32X 5CSYA 4UOQA 3PZGA 1FFQA 1VEOA 1JNDA 3VGGA 3A4AA 4Z2HA 3N11A 2W91A 3ZSSA 3WQ5A 4A3HA 7CGTA 2XM1A 3WIJA 3LPPA 2FDMA 5LA2A 5KEZA 1UD4A 2DSKA 2BS9A 2DQXA 4QP0A 4YPJA 1QNRA 3CMJA 3I3DA 3VPLA 1YHTA 2OYMA 1KXHA 5LA1A 3FAWA 3W0KA 3VX1A 1DWAM 1XD1A 4D6DA 5A2BA 4QDMA 4XV0A 4CD7A 3MANA 3VMOA 1CBGA 2Y5EA 3T2PA 5D8WA 3VGBA 1WP6A 3W25A 4GPNA 4TVUA 1MVYA 4F79A 1CZ1A 3AIQA 4FLQA 3L4UA 1PPIA 4W7UA 4N0RA 1V3LA 1PIGA 1UWUA 2CXGA 4HA4A 1UH4A 1B3XA 3AHVA 5A2AA 5BCAA 4LXFA 4AD3A 1R85A 1U33A 2WCGA 1OGBA 1VEPA 1D3CA 1ZJBA 5C70A 1HJUA 5A8NA 4OOZA 4X0VA 1NWUA 2OSXA 1GZJA 3K4DA 3AI0A 3M7SA 5HPOA 4AIUA 3ARWA 5FOOA 3NYDA 3KL5A 3PBGA 2OYLA 1OBAA 3SIMA 4PTMA 3U7BA 1SYTA 3PZTA 2Z1KA 3CZKA 1J9YA 3OZPA 2AMGA 2C8NA 1GOKA 2F2HA 3DYMA 5E6YA 4E8DA 5CPQA 1XH2A 4AD1A 4AZIA 5BROA 1CXLA 1HKJA 4F9JA 2DIEA 1B31A 3GH4A 1AQHA 2Q8XA 3QR3A 1UH2A 5E70A 1CXHA 3ZR5A 2J7BA 2W92A 5A95A 5D4YA 4BQ4A 1EGZA 2CESA 4P8XA 4PTVA 1JZ7A 1WNOA 3BLPX 1W9VA 4ZENA 1KGWA 1JZ3A 1GORA 5F7UA 3AMKA 3II1A 1I1XA 2WVTA 5I77A 2YA1A 4W84A 3RPMA 3WBAA 2EXOA 3AMGA 1CENA 3ZR6A 2IXUA 1OIMA 2J8FA 2ZWZA 1K9TA 2BY1A 4P7NA 2BHYA 4C7FA 1QPKA 2WMIB 2VVNA 2WC7A 4UQ9A 2WLZA 2XTKA 4AZCB 1H2JA 3AYRA 4AIEA 1MXDA 1XC6A 4MNMA 1FP9A 1KGUA 2GK1A 2BVDA 3WNPA 1US2A 1E70M 1M03A 4Q22A 2V3DA 2O9OA 4CN6A 1TVPA 1GQIA 5HDRA 3DYPA 5IFPA 3OLEA 1XYZA 2VURA 1W3HA 2OYKA 5CGMA 4URIA 1GOIA 1V0KA 3ZJ6A 4GO9A 2QPUA 3WUBA 5BWFA 2VZVA 1FHDA 3W37A 1OGSA 5FL1A 1XSKA 4D6IA 1GQLA 1GOWA 4P8VA 2J7DA 2WK2A 4W8BA 5A6SA 1BGGA 3ZOAA 1W9DM 1SMDA 3DC0A 1DWGM 1X6NA 1NOUA 1ESWA 3VM5A 3UEQA 4CCEA 2D3LA 4FF5A 2AAAA 4J3SA 1MW2A 3WDHA 2J8GA 4NZCA 4NSBA 4UQDA 1WDPA 2GDUA 3CUHA 5CGTA 5JBDA 3VD5A 2J7HA 2V5CA 2VNCA 1X6LA 4M81A 5HXMA 5IDIA 1H4PA 2C0HA 2E0PA 3CGTA 3WEMA 3UETA 1YQ2A 1GHSA 1JZ8A 1VRXA 1VF8A 2XGIA 2D24A 4DUWA 1JF6A 2VRQA 4HOXA 2J25A 1TE1A 2W67A 3U7VA 2J7FA 1K9EA 5I79A 2J75A 1ISYA 1CTNA 1HL8A 2VRJA 3K46A 3M46A 4AZGA 1B9ZA 2WLYA 3AHTA 5A3HA 1IT0A 4RL3A 1E3ZA 2EPNA 1ISWA 4NI3A 4U5KA 2ZX9A 2XIIA 5KZ6A 1IZKA 1ZBWA 3VTRA 4PRWA 3AQUA 1EDQA 1VAHA 4R27A 3AYSA 1E73M 1W1TA 1W2VA 3SURA 3WNOA 3AOFA 4RE4A 1R87A 1ZU8A 2FH8A 2VT0A 3CHFA 2EPLX 3NSMA 2D3NA 4LPCA 4AZ5A 3AIEA 4TXEA 3O9NA 4WSKA 1P6WA 3QHNA 2D0FA 4PEEA 3WF2A 1R7AA 1W2PA 5M03A 5DT7A 1GPFA 4XZWA 4WJXA 1J0ZA 2BHUA 1M53A 1E5JA 2J7CA 2WWCA 3SCRA 2QPSA 1E6SM 3RILA 7A3HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4UNK A;  1K9D A;  3F4D A;  2DSU A;  3NPV A;  4DYJ A;  1OCB A;  3IWP A;  4X22 A;  4MVO A;  1T41 A;  3AIS A;  4BK9 A;  3ARU A;  3U2Z A;  1DVJ A;  1HKW A;  4DXX A;  2V30 A;  4M51 A;  3BSG A;  4B2D A;  1FWJ C;  5LIY X;  2W9Y A;  3R89 A;  6XIA A;  4N02 A;  1EKY A;  2QMJ A;  4F48 A;  2HPM A;  2H9A A;  1SJA A;  2KGO A;  2XVP A;  2MKD A;  2RDT A;  5AE2 A;  2YCI X;  2JY9 A;  4L5N C;  1M41 A;  2WZI A;  4JKM A;  3QTG A;  4PFP A;  2ONE A;  2ZRU A;  3EMC A;  4GYP C;  2WZM A;  4LAL A;  4LDK A;  5CC6 A;  4NTA A;  1MND A;  1UWT A;  5HWN A;  2UXD E;  1MEY C;  1OFA A;  4AEE A;  5HUO A;  1NP0 A;  2Y70 A;  3NQF A;  3W2U A;  1H7P A;  2A4A A;  3TYZ A;  1PTD A;  4EPB C;  2L81 A;  2J9Y A;  2HS5 A;  4GK8 A;  2GL5 A;  3E9V A;  3RR1 A;  3B40 A;  1QI0 A;  3FW6 A;  4R7J A;  1T96 A;  3C8G D;  1YBQ A;  5A8O A;  2REQ B;  2PDH A;  5CC7 A;  1JAF A;  4UB9 A;  3VGE A;  1ZL1 A;  3UND A;  2FMO A;  2W3Z A;  4PCN A;  4Z2G A;  3CUG A;  2VRK A;  2HCV A;  3BGJ A;  1XKY A;  1M56 C;  3C2R A;  4M56 A;  4DXK A;  4U5G A;  3RFY A;  4XAF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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