5A6JA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
630
structure length
618
Chain Sequence
HMASMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 257
structure length 618
sequence length 630
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6jA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6jA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6jA01
3PTMA 2F8QA 1U33A 4W7VA 1DHKA 4W86A 2JE8A 1UOKA 3WD4A 3CMGA 5A3HA 4CD8A 3VIPA 2J62A 2YA2A 3OGVA 3W6LA 5ABFA 3II1A 3VINA 1J0YA 3N13A 4CUCA 1ECEA 2F61A 2CCRA 3VGEA 4MB4A 2V38A 1BAGA 3DHPA 3N9KA 1RPKA 4PTVA 1I1XA 1V03A 1W1PA 1D3CA 1HX0A 2C7FA 3AMDA 2ZWYA 3OZOA 3VVGA 5E6ZA 1DP0A 3K8MA 4MNKA 1MYRA 3ZR6A 1UKQA 3BAXA 4M56A 3RILA 4CU7A 2BHZA 1QBBA 5D9PA 2G3IA 1KGUA 3NDYA 3M46A 4GIAA 4URIA 5D4YA 4J7RA 4TVDA 1IZKA 4AIUA 2CNCA 3GNPA 2XPKA 3U7VA 3UR8A 1LG1A 3VNZA 1UYQA 2EJ1A 1X6LA 1A3HA 3SEPA 9CGTA 1EO7A 1XGZA 4XUYA 4D71A 3GTNA 1XH2A 1B31A 3CHFA 1PJ9A 2WCAA 1UD8A 3W0KA 2WK2A 4F9DA 1GJUA 5CQ1A 2CBJA 4AEEA 1KFWA 3WF1A 1CGUA 2CERA 1ISVA 1VFOA 5CGMA 3VMNA 4Z2IA 2GDVA 3WFZA 4GZIA 3DYMA 2J7BA 5CZKA 3AROA 3ARWA 1RP8A 3GNRA 1EHNA 4TX6A 3FAXA 4TTUA 3VD9A 2V3EA 1Y7VA 4PEEA 5HPOA 5DF0A 3VIFA 1CLXA 3FNDA 3AJ7A 3WNPA 2CETA 4LGXA 4UOQA 4C7FA 1G94A 1NOWA 5EMYA 1D7FA 1CGYA 1TA3B 1BPLB 2EO7A 3BCFA 1OIMA 3EDDA 2YL6A 2VVSA 1NARA 3SUTA 2ZE0A 1ESWA 2OSWA 4AIOA 1UG6A 1V0NA 1M01A 3L4XA 3WDJA 1MFUA 1Q6CA 3NDZA 1BVZA 1VJZA 4RE4A 4D6IA 2J8FA 2J8GA 4Z2KA 1KQYA 4QDMA 5E0CA 3N11A 4C7GA 5EFFA 3PZGA 4FF5A 3CO4A 3F5KA 1OGBA 3CUJA 3S6TA 2E40A 3RM9A 3MSDA 4JZ5A 1MWOA 1ITXA 2Z1KA 1E56A 2ZX9A 3ZIZA 1E6QM 3FAWA 1BVNP 1GHSA 1GVYA 2VUYA 1V02A 1XC6A 2PWGA 1IV8A 2GK1A 4MPKA 1JYXA 3SCUA 5HBFA 1EA9C 1V6XA 3B9DA 2D0FA 1UQYA 4IISA 3U5YA 1BYCA 3AZTA 4WIWA 3OGRA 4BQ4A 4N42A 4IUGA 2UY2A 3IJ8A 1FA2A 5GNYA 2PWEA 2XVNA 3AQUA 2FGZA 1JZ4A 4D6DA 5BROA 3W81A 1J0IA 1HN1A 3CUIA 3WKZA 1WZAA 2YDSA 4TTGA 2QLYA 2WKLA 4MAZA 4A3HA 4WKHA 1LL4A 5E0FA 2W62A 4BQ5A 4TXEA 1NWRA 2IXUA 5CGTA 4EKJA 6A3HA 1H2JA 3AXHA 1HKKA 3JUGA 1HP5A 1UKTA 1U2YA 2BXZA 2VZSA 4KMQA 4OKDA 1LWJA 4B9ZA 3CLWA 4DM1A 4R27A 3CZLA 1V6UA 3F5LA 3OLGA 2DSUA 1Q6EA 3SCWA 1ZU8A 2DT2A 1QNRA 3WEZA 2E3ZA 3L2MA 2FHFA 2G4FA 4AC1X 4ZEPA 3FY1A 3HMCA 3MANA 3LPFA 3PZVA 3LPOA 1J10A 1L0PA 5ABGA 4QAWA 1HL9A 3DYOA 4CN4A 3UR7A 1JZ5A 2WC4A 2XFRA 4GQQA 1C7SA 2CITA 2J47A 5ECUA 3KEHA 2WHLA 1B3VA 3CH9A 1XH0A 1B3WA 1TE1A 4GPNA 2A3BA 2WMIA 1GQIA 2WWDA 1QW9A 4D6EA 2WVVA 2Y8VA 4ZFMA 3F4VA 1GPFA 4H41A 5A8OA 2XM1A 1EO5A 2V3DA 3KE0A 1XD0A 1EHAA 4JAWA 1LL7A 1PX4A 1US2A 1W1YA 4MNJA 3AHZA 1E6NA 3NSMA 4WSJA 3IK2A 1UWTA 2WSPA 4HP5A 1FH7A 2WMGA 4GI9A 4Z2HA 3S2CA 5AYBA 1UD5A 3AS2A 3QHNA 4V27A 3WH9A 1M7XA 3UEQA 2WMJA 4GO8A 3M6DA 1JI2A 3WNLA 3CTTA 2BVDA 4MB1A 3PTQA 1KCKA 1W2PA 2ZWZA 4WLCA 4CD4A 5CLWA 4B3KA 3PZ9A 3ARPA 4YPJA 5BWFA 1FHLA 2FDMA 2ZX5A 4AD3A 2XWEA 3WELA 3D3AA 1WAWA 4FLSA 1E3XA 2G41A 3VIJA 3SURA 1HJSA 2WHJA 2VZOA 5JBDA 1HJUA 2DDXA 2XUCA 3OLIA 4KRUA 1ZB5A 3VMPA 1JF5A 3ZO9A 4PTWA 1C93A 1HL8A 2XVGA 2BVYA 1DWHM 4Z2LA 3I3DA 2ESCA 4QLJA 3WD3A 3GNOA 3WBEA 3ZOAA 2DSWA 3UETA 5HXMA 5AY7A 3DECA 2AAAA 4PCSA 4CN1A 3GXFA 2PWDA 3EYPA 1UH3A 1LL6A 3WH7A 1H5VA 4GQRA 3BC9A 3WH8A 4AZGA 3UCQA 1OGSA 1KXTA 5ABEA 4AWEA 5C71A 3MMUA 3DC0A 3EDEA 3CPUA 1CGXA 2XHYA 4J28A 1UKSA 2Y5EA 1K6AA 4V28A 2ZUUA 2AOSA 5E9AA 3GBEA 4M29A 5JBEA 4AZCA 1JL8A 1TR1A 1CNVA 4V2XA 3ARVA 1UWRA 1UD3A 2DT3A 2DPEA 2XVKA 1JZ8A 4TX8A 4BZYA 3NUKA 1K9DA 2JEPA 4W8BA 4UQAA 4AD0A 1PAMA 3GBDA 3WL1A 5IXEA 2VO5A 2JIEA 2WAGA 1QHZA 1B30A 1DWFM 2JF7A 4X9YA 1TG7A 3GH5A 2J78A 1JFHA 2GJXB 2EPLX 1JYVA 3VO0A 1OBAA 4YN5A 1CEOA 3SIMA 1K9EA 4ZE4A 3AIVA 4CVUA 3CHDA 1QPKA 3VNYA 4JIEA 3ALFA 2QPUA 3K8LA 1OT1A 1YQ2A 4MB5A 3KWXA 2W63A 3T2PA 1E4NA 1U30A 2VMFA 4U3AA 4W5UA 1HXJA 1V3IA 4OOZA 4JKMA 1UH2A 2ZICA 2E9BA 2J7GA 1HNYA 3E1F1 2A3CA 4GI8A 3W26A 4QP0A 5FL0A 2HISA 1ODUA 1E1FA 3MSGA 1FFRA 4ATWA 4PN2A 4WF7A 4AD5A 1VFUA 4DM2A 5KEZA 2VVNA 2WVUA 3VKKA 4AD1A 2YDRA 3L4UA 3TP4A 3VD7A 1HT6A 3OZPA 2YJQA 1UKOA 1WDSA 3W6MA 1E70M 2JEQA 5A94A 1GNXA 3VOCA 2OSYA 2YLAA 4S3KA 5HOSA 3T09A 3K8KA 3QHMA 4FLQA 4XB3A 4BA0A 5LA0A 3VX1A 5A6SA 3APGA 1L8NA 4LYRA 4ZXOA 5IHSA 4JFUA 4YHGA 5BRQA 3EDFA 2VCCA 2WVSA 3SCNA 3VGGA 3FW6A 5I24A 3LPPA 3GM8A 4DWSC 3BCDA 1ODZA 4KH2A 1CXHA 4AMCA 4RE3A 3CZKA 3RM8A 2VCBA 1GONA 2CBVA 1US3A 3HJEA 1JI1A 5A8PA 2YDQA 2WHKA 3WF2A 3IAPA 4L4OA 4AY1A 2QMJA 3OLDA 4H8UA 1XCXA 3BAYA 4BS0A 4ML4A 4LQ1A 3WUEA 3T2OA 4U2ZA 4UR9A 3RPMA 4H7VA 1E15A 5I6SA 5IFTA 4UNIA 1ZBKA 4NRRA 2XIBA 2W4XA 3SCQA 3NIYA 2CBUA 3PZIA 1IT0A 1E0XA 2Z1SA 1NM9A 1NH6A 2QPSA 1W3KA 4U3CA 1QHOA 1M03A 3CZEA 3PZTA 4A3YA 1B1YA 3F5JA 5GPRA 3ZR5A 4PMVA 3BMWA 2E0PA 3PN8A 3AMGA 1E4LA 3GYCA 1J9YA 1E43A 2WZHA 1EOKA 2F2HA 4RE2A 4H8VA 5A6JA 1BHGA 5I3DA 2VR4A 1TZ7A 4IM4A 4GZEA 3POCA 2J7HA 3POHA 4CU6A 3WNKA 3AI0A 3BSHA 1CIUA 2XSBA 3HU7A 4J3XA 2CKSA 1WZMA 1LJYA 1W9PA 3K4AA 1CPUA 3I3BA 4JL2A 1TVPA 3W82A 3AS0A 4M81A 4M80A 4MNLA 3U57A 4D6HA 4U31A 1AQHA 1R86A 1UR9A 1FP9A 1QNPA 2GDUA 3L2LA 1G01A 3TA9A 1J0JA 3CGTA 5LA1A 4EK7A 5A2BA 4WKFA 4HZ8A 2JF6A 3LPGA 3MV11 1OT2A 1SMDA 1UWUA 5I5RA 4B3LA 2XGBA 2DSVA 7TAAA 1O7AA 1UZ1A 1XSIA 4EAMA 1KWGA 2A3EA 2VZTA 2DH2A 2EXOA 3AMCA 2D20A 5JUVA 1XD1A 2WLYA 4P7RA 1QBAA 2NW0A 1XSKA 1A47A 2Y8KA 2VQTA 2WM0A 2FHBA 2WMFA 1EDGA 1PZ3A 1GORA 4BQ3A 5JIWA 2ZUWA 1H0IA 5I78A 1M53A 5FD0A 1QW8A 1OCQA 3CZ8A 4FK9A 1TVNA 3IAQA 3SUVA 3THCA 2YLLA 3WEOA 2V3FA 4NI3A 3OGSA 1WE5A 3WDQA 3AYRA 2GK1B 5DT5A 3WENA 4HZ7A 4UQDA 5BRPA 3T0BA 1MXDA 5AC4A 1E5JA 1OGGA 1EDQA 3AHVA 4AD2A 3PZOA 2EPOA 4J3SA 3ARXA 3FXYA 1E1EA 4PUEA 3AZRA 3SUUA 4IPNB 3MUIA 3CUGA 4AZHA 2O92A 5D8ZA 5DFAA 4MNMA 4PYSA 4FMVA 4D6GA 5I0DA 4UFLA 1JFXA 3NSXA 1QI0A 4JHZA 1MQPA 2B31A 3ARZA 1ZS2A 3VIOA 1W1TA 4JKKA 4UZUA 4XX6A 4PTMA 1JNEA 4UCFA 1V6YA 2IXVA 2WC7A 4EANA 1V6VA 1IZJA 1VAHA 1V3MA 4HMEA 1LLOA 1KR0A 1E5NA 2AMGA 1KGXA 2VX4A 3AICA 3GXDA 5CPSA 3WQWA 5DEZA 4W84A 3T2QA 3AXXA 5CLTA 3VILA 1BF2A 1KWKA 1PIGA 4KWUA 3VGFA 2YIHA 5D9OA 2BV9A 4HA4A 4M1RA 3O6AA 3BSGA 3VGDA 2WZIA 2UWFA 1UA7A 2VNCA 4LXFA 4RL3A 2XJ7A 1HF6A 3ZJ6A 2VJXA 1TA3A 2V3GA 1E55A 3O9NA 2BFGA 2J25A 1J0HA 1PIFA 4IPLA 4W87A 4N0RA 1ISWA 5DO8A 5A69A 4DUWA 2CBIA 2WVVB 1VJSA 3L4YA 3GZAA 4S3JA 3VGHA 4AZIA 1R7OA 2E8ZA 2WVTA 3VX0A 4HU8A 3BMVA 4PMYA 4ZE5A 3WDIA 3A4AA 1WCGA 2XVPA 3A4WA 4AW7A 1K9TA 1B2YA 1ISYA 1E6ZA 2J7CA 4CCDA 4AZ6A 1CXLA 1S46A 2DSZA 3NJ3A 3SUWA 1VEPA 4PMDA 4Z2JA 4PSPA 1X6NA 1TUXA 1CGVA 3SCSA 4D72A 4MJ2A 1UHVA 3ARQA 2BY1A 1E6PA 1CLVA 3TTQA 1QNQA 3B9EA 3O2LA 1OD0A 2ZXAA 2YA1A 3AIWA 3I3EA 1KBBA 1XSJA 2DT0A 3GH7A 2WNWA 1ISXA 5ABHA 1UR2A 1LG2A 3EDJA 3PZUA 1PBGA 2NT1A 5I23A 2MANA 4W93A 2WLZA 1YHTA 5I77A 1HKIA 2RGLA 4DUVA 3N15A 3ECQA 5DT7A 4X0NA 4CGTA 1WDQA 4PTXA 5A8NA 5FL1A 4PRWA 3EMZA 3WD1A 1SYTA 1DEDA 1C92A 4MDOA 4ACYA 1CXEA 3K1DA 3KL3A 4U2YA 1HKJA 4P8UA 4UQ9A 5D9MA 3WUBA 1CXFA 5BXSA 2JIWA 1WKYA 4D6JA 2J77A 3ARUA 4GINA 2D0GA 3GXIA 5D8WA 4PMOA 4CU8A 1BTCA 2E9MA 4AZCB 1J12A 1E4IA 2X0YA 4ACZA 5A6AA 1PZ2A 2PC8A 1E3ZA 3ARTA 3AIUA 3W24A 1MXGA 4B15A 1VRXA 2OSXA 2YL8A 4KGJA 4HU0A 4TVCA 2VC9A 1NOFA 4F66A 4CN6A 2GSJA 1J0ZA 2Y2WA 4DWSA 4DWSD 4CVWA 1XCWA 3CBWA 5IHRA 2A3AA 1V02E 2VRKA 8CGTA 1J01A 3A47A 4XZWA 2CPUA 3WL0A 2GVYA 3A4XA 1I1WA 1JDCA 2J4GA 2W92A 2DIJA 3N12A 2OWXA 5GNZA 3PHAA 3UG5A 5A6MA 1CBGA 1QOXA 2WMKA 2D2OA 2DIEA 1E6RA 1H41A 2WXDM 3RM4A 1BYAA 3QOKA 4A4AA 5I2UA 4HZ6A 1XV8A 4WJXA 2VR5A 3VD5A 2PBGA 5CXPA 2VZUA 3WDRA 1JXJA 2JALA 2FGLA 3T08A 3VM7A 1W9UA 5FCZA 1KXQA 3QR3A 1CGWA 1I75A 3K4DA 1WPCA 2WPGA 1XH1A 3VUPA 1MW3A 3TTOA 2VRQA 3MO4A 3WNMA 4UQBA 1M04A 2G3MA 3AMLA 5BYWA 1KR1A 4OBRA 3PBGA 2YL5A 1E4MM 1Q6GA 1OSEA 1ZJBA 4NZCA 2WKGA 1GCYA 1W9VA 1G0CA 1BLIA 3WDPP 3WMBA 4P7OA 1HJQA 4W8LA 4C7DA 2YBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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