1GTKA

Time-resolved and static-ensemble structural chemistry of hydroxymethylbilane synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
311
structure length
294
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-Resolved and Static-Ensemble Structural Chemistry of Hydroxymethylbilane Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN DEAMINASE
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 294
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2002-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1gtkA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gtkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gtkA02
3OELA 5K2XA 1URDA 3PPQA 2HXWA 5H8HB 3VLWA 5TP9A 4F31B 1OIBA 4OQOA 3A3CA 3N26A 3PGFA 4K3FA 3RPWA 1WDNA 2FYIA 5IAIA 4GRKA 3OO9A 2GFEA 3O28A 4R2BA 3MAMA 3SESA 4POWA 4HCWA 1ATGA 1GTKA 4NF4A 5LOMA 4NF5B 2E1SA 4UA8A 4G68A 5FTIA 4R73A 2DXRA 5I2NB 5EHMA 2DWHA 5I2KB 4EQ9A 2GHBA 2F78A 1IIWA 3M3KA 4BDOA 2DXYA 2V3TA 4YU0A 1MPCA 2CMOA 3HPIA 1I6AA 3DM0A 5DTBA 4YB7A 3TTNA 1XS5A 3M3LA 2ONRA 2VOZA 4YZZA 2DE4A 4BDMA 1MXYA 4LQ5A 4G77A 3T9XB 3CR9A 1XT8A 3PD9A 2O1MA 2V84A 2D5WA 1B52A 3IK6B 1I69A 1TFDA 2I6EA 1UTBB 5HM4B 1D4NA 4OENA 5H8QA 4U1OA 3TELA 4KFQA 1BIYA 5H8NA 1TXFA 2F34A 3TAJA 3V83A 1B0LA 4OTEA 2IEEA 1B40A 1GV8A 1ZTYA 3S9LC 4KYDA 4JSOA 1SI1A 4ZE9A 3T22A 2XHDA 3O97A 4PFTA 2Z22A 3GXAA 3O66A 3PUYE 4R72A 1R9QA 3H03A 2H99A 2DVZA 2Q2CA 1JW1A 4KI0E 3A3UA 3DLNA 3TPAA 1N84A 2ZMBA 1H44A 3ZS6A 3MPKA 1N0TA 2ZYNA 3LC8A 4ONYA 3KJTA 3VE1B 4C1UA 2V93A 2P1SA 3CIJA 3T9HB 4NF8B 4OFOA 2H98A 3THIA 5DEXB 1MRPA 2Q9TA 4GIZA 1FTKA 4LP2B 4ZE8A 1LBBA 4KPTA 4GD5A 3PPNA 1PB7A 2BJJX 4OHNA 4XTCQ 2A5TA 2NWJA 2GH9A 2ONKE 1LCFA 3JV9A 1LAXA 1AH5A 2F6PA 4QFOA 1HSLA 2XXQA 5TP9B 4XKNA 4AB5A 3RTFB 5DT6A 4H65A 4BDLA 4NWDA 1Z7ME 2AIXA 4N13A 4I62A 1N7WA 3H6UA 1FTLA 4RK2A 3TEPA 3UA8A 4NF4B 1A8FA 1OQGA 4G8MA 4OERA 2XXXA 4LZ7A 3GZGA 1IITA 2W7YA 1B1HA 1LB9A 3WAEA 1Y4CA 4GLIA 5J1DA 2QS2A 2NUVA 1MXVA 5F7VA 3CSBA 4GWOA 4R6KA 3H6VA 4EF2A 4DZ1A 3K00A 1N7XA 4FIMA 2OWSA 3W9WA 1LAGE 3P7IA 4IO5A 2UVGA 4ECFA 3PUVE 1A54A 4JXIA 3MW0A 3VFJA 4G8NA 1HSJA 1MY1A 3BFTA 3QAXA 2Y7KA 3FZVA 5DVJA 1Y3NA 1ZBMA 2HAVA 2DQVA 4YKIA 2B3FA 4KCCA 4JDFA 4FEDA 1S9TA 2NOOA 1O7TA 4LZ5A 4F2OA 1OVBA 3IL1B 1B05A 1L5TA 1ZJLA 3CVGA 2DE2A 1S7YA 3OEMA 4PP0A 3FD3A 5H8QB 1S50A 4H0WA 1QUIA 5H8NB 4RA1A 4H67A 3IAZA 4XKPA 4H5GA 3H06B 1IXGA 3RY3A 4MH5A 1UTHA 1B3LA 2ONSA 4OXVA 1UIVA 2R71A 2O69A 3DELB 5HBCA 4OZ9A 1TT1A 4RK9A 1ZU0A 3M3FA 4HS7A 3O29A 4U21A 1EZOA 1P1WA 4IO2A 3OEKA 4L17A 3K4UA 5BUUA 4DCYA 3B7DA 1B7UA 3N94A 2QS3A 1SDXA 4Q5TA 2D21A 4X48A 3PPPA 2UYEA 1OLCA 4KR5A 3TCGA 4RPNA 3KOSA 2P0SA 5CBRA 2I48A 3UORA 2I3VA 3FIRA 1B3FA 2I3WA 1A8EA 3QUJA 4NEDA 5FHOA 3MVZA 2OK2A 3S9MC 4FORA 3IB2A 4WEPA 1US5A 2A5TB 4YKKA 2O1LA 5AA2D 1LAFE 1Y9UA 2F36A 2CZLA 3H4ZA 3EN3A 3LSLA 4U4XA 2DWAA 1Y3QA 5I84A 4U1ZA 3FVOA 2X7PA 2I0BA 2QJEA 1FQCA 3T9UA 3K6WA 1IZ1A 3K02A 4RJZA 3O6IA 3SERA 4PE5B 3LBSA 4NE4A 3RT6B 4E0WA 3TTKA 1US4A 2H5YA 2ZYOA 3S2VA 4FATA 4N07A 3RGYA 3D4GA 3U94A 2ZNTA 5B7DA 3T9VA 1SW1A 1BLFA 1Y1ZA 4PETA 4F1VA 3FXRA 3SEUA 3KN8A 3M8UA 4LONB 3VXBA 4F3GA 4OESA 1FTJA 1YCJA 4G68C 2AYSA 4G2ZA 3L6GA 5A5XA 2QS4A 2HZKA 3OSRA 3RT8A 3EHTA 1R1NA 4MLQA 5ELVA 1GR2A 2REJA 2Z23A 3GBAA 1LLSA 1M5DA 3RN8A 4EXKA 1II5A 1DPEA 5JEIA 1O63A 1M5FA 1GGGA 4LQ2A 2REGA 4QRZA 2OZZA 4ELRA 3IJXB 5KCJB 4H8JA 2I4BA 3MVXA 3RTWB 3IOUA 4FE8A 1QKAA 4OVJA 3IB0A 2QPQA 1B3EA 3DP6A 2B3BA 4QSCA 2XD3A 5H8SA 2Z8EA 2F5XA 1H76A 3VVFA 4HTGA 4X9TA 4IB2A 4DDDA 2RINA 5CM6A 2RCAA 3ECRA 4M4GA 5ITPA 1SBPA 4OEVA 1NH7A 4IY5A 4KD5A 3UK4A 2E0SA 3KSXA 5TU0A 4Z7EA 3KSJA 1UTHB 3USDA 2VGQA 1M5EA 1MXZA 4JB7A 4MBPA 5DVFA 3BBRA 3S9NC 1RKMA 4ZZEA 1UIUA 3C33A 3N6UA 1DTZA 4GOTA 2FNCA 1NNPA 3C36A 3MBPA 3HSTA 3B6TA 1HSEA 1RYOA 2HZLA 1DPPA 4MF3A 3G3IA 3QXMA 1NNFA 3ILTB 3FVGA 5F1QA 3ODBA 4ZS9A 4ELOA 1KWHA 1FQEA 5L9SA 4OFJA 4M1VA 1A40A 1IXCA 4XKQA 4X1BA 3S4UA 4P0GA 2O7UA 1MDP1 3MVWA 3CG1A 3I3VA 2V3QA 4ESXA 3OENA 1B7HA 1IQ7A 1ELJA 3ZSFA 4F29A 1B4HA 1SVXB 4EQBA 4RYAA 3IOWA 1MH4A 1MS7A 3SEYA 1DMBA 3TCFA 1DTGA 4EDPA 1H3DA 1Y20A 1DOTA 4DXCA 3IO4A 4LZ8A 1M5CA 2DSFA 5I57A 3B6WA 1AIVA 4ZECA 3EQ1A 4I8CA 1USYH 1M5BA 2XXHA 4G8HA 1QKBA 1TFAA 1NNKA 2F7AA 1QW0A 4THIA 3IR1A 4BLAA 3FATA 5ITOA 5I58A 3ILUB 1NMUA 1IUDA 3AXFA 4IO4A 4NMYA 1MDQA 3V8XB 1PDAA 1A7LA 4R9GA 3VDFA 1IXHA 2THIA 1R6ZA 1BTJA 3FGSA 1B9JA 4GXAA 4EUOA 4FJPA 1MG1A 3FVKA 1SW5A 3IOTA 5A5XB 2ZYMA 5CMBA 2DVCA 2Y7IA 3VVDA 2VP1A 3EHSA 2QMWA 5ICTA 4FAJA 4G4PA 3TZAA 4ZEBA 3I6VA 3T93B 2XXWA 4F22A 3B6QA 2O68A 1A55A 3SEVA 2HEUA 4QFLA 4GL8A 3SEWA 2B65A 3N5LA 2I0CA 3CFZA 3E13X 5M2VA 1LFIA 3H6WA 1MQGA 2QMXA 1IEJA 3L6HA 4UACA 2PVUA 3K2DA 3OO6A 2XXUA 3MP1A 1FQDA 1F9BA 4XIGQ 5H8FA 2G29A 2HFBA 2P2AA 5AA4A 2YLNA 3TKDA 1GVCA 3ONMA 2XD2A 3PPOA 4GF8A 2Z8DA 3EHUA 4KHZE 2Q89A 1Q35A 4F3SA 1XVYA 1B3HA 4WXJA 4G68B 3PPRA 1YTVA 2ANJA 4IO3A 5CMKA 3MZ9A 1JNFA 1SW4A 2H25A 3QSLA 3E3KA 1URGA 4ELQA 5EYFA 1VFEA 1O64A 4AQ4A 4H6DA 2DWJA 3FJMA 1MY3A 1XC1A 3C4MA 3Q28A 1DSNA 2Y7RA 2RC8A 3H7MA 2HQ0A 2DP8A 4JSDA 5K2YA 3U92A 2OJTA 1MXWA 5CBSA 3TTLA 1UQWA 3C31A 1LFHA 4BDRA 3LSWA 1Z7NE 1FCKA 3PV0E 2G93A 4F1UA 2O7IA 5I56A 4ZDMA 3W15C 3SKPA 3TTMA 1Y1MA 2IA4A 2F97A 2UVIA 4GVOA 2XXTA 4P0IA 4ELPA 2LAOA 4GL0A 5I57B 3HHFA 3C35A 5FTHA 3MPLA 1Y3PA 4NF5A 1PC3A 2Y7WA 3A09A 1MPDA 5DVIA 1P1OA 2R9JA 3SEXA 3TQWA 4R75A 1B4ZA 3IJOB 4EF1A 1CE2A 2M8CA 5I58B 3E4RA 1MQIA 4RNSA 5CI5A 1JW4A 3QUFA 4E0XA 3O6GA 1NKXA 4JWXA 1VE4A 3TYHA 3FXUA 1BKAA 1B5IA 3K1PA 1B51A 1Y4TA 3E9XA 1OLAA 2RCBA 3SETA 1LCTA 4QFKA 2I49A 3K6UA 3H6TA 3R26A 1ZLQA 3Q27A 2NXOA 1TWYA 4NWCA 2ZNUA 2F35A 3U8QA 1PEBA 3K1MA 1R9LA 3KOTA 3Q25A 3Q26A 3MVYA 4IGTA 1XHYA 1YPNA 3O2AA 4RPOA 4ZEIA 2GRVA 3W9VA 1UTBA 2OBGA 1MH3A 3GLBA 3C34A 3MP6A 1NH8A 2V25A 3H3GA 4YMBA 4LVQA 4OEUA 2H4IA 4F19A 4QSEA 5H8FB 2FA7A 1B5JA 3U72A 3OOAA 2RC9A 1POY1 1IXIA 1JEUA 3FASA 3PD8A 1CB6A 2DOJA 3K1NA 5FHMA 1B1XA 1B32A 2HCAA 5ICQA 1I6BA 2XX9A 3JYRA 1D9VA 3U93A 3DP4A 1MQJA 4O3CA 2QS1A 1QUJA 4NF8A 3T96B 3MJNA 4YB5A 3VVEA 3VLUA 3TTRA 4H5FA 5KDTA 4JWYA 2F8DA 1MQDA 4PFWA 4WKMA 4O3BA 3Q29A 4DXBA 4OFLA 2OWTA 2ABHA 1OMPA 1PB9A 1VSOA 3IO6A 1MQHA 3R7XA 3OO7A 1B0HA 1LFGA 3TUSA 4C0RA 4NF6A 2D3IA 4QSDA 2RKMA 4R74A 5I56B 1JQFA 1QVSA 3IOVA 2QL3A 4F3BA 2XXPA 3FXQA 4DXUA 4OWDA 2GHAA 4H1XA 5KZTA 2F6GA 1SW2A 1PBQA 3UIFA 5JTYA 1ZIUA 4F2QA 4TOZA 3UN6A 5B70A 4WEDA 4HW8A 4DIGA 3T66A 3KN7A 4XKRA 1AL3A 1AOVA 4BDNA 4I1DA 1MM7A 1SYIA 4F39A 3CG3A 1H43A 1EZPA 4ISUA 4P11A 4Q30B 3BFUA 2UXAA 3KZGA 3FVNA 3G3FA 3G3KA 3TDJA 3HHGA 4KQPA 4F3PA 4QFNA 5DYHA 3KN3A 1EZ9A 2PYYA 1N04A 2V3UA 3VV5A 1SQYA 4YICA 4AB6A 2UVJA 4RXLA 2O84X 3F11A 2UVHA 1NL5A 4H8IA 4YKPA 3EF7A 4HCYA 3QYTA 1T0KA 3CFXA 1D3KA 3PMWA 4O3AA 2DYXA 1QULA 4DLDA 4GFRA 4U4SA 2PT2A 4Q0CA 2QSXA 2KLFA 5FHNA 2O6AA 2ESNA 3OXNA 2ZYKA 1JVYA 4IO7A 3OD7A 3RQTA 5BWJA 4C1TA 2R6GE 1EH3A 4Z0IA 1USYE 2H9BA 2ZXTA 4U2RA 5AE4A 3IB1A 3R6UA 2PMSA 5HPQA 1B7ZA 2O51A 4ZEKA 3OMBA 5I59A 5L9OA 3MC2A 3IORA 2XXRA 3KFMA 2I4CA 1BP5A 1EU8A 1H45A 2VD2A 3K0VA 5L8DA 2A5SA 3OO8A 2XXIA 2XXVA 4KYSA 4POXA 3FUZA 4TLMB 2QRYA 5KDTB 1XOCA 4R9FA 4QFPA 4ESWA 2PBWA 3PUZE 2OLBA 2XX8A 4F1YA 4MLVA 3LR1A 4LUBA 5JK4A 3UGWA 1B3GA 1YAEA 2HAUA 1ZKBA 1SD3A 2X26A 3MWBA 4LATA 4DCXA 1ANFA 1LB8A 2PT1A 3CI8A 4NF6B 1FTMA 4GXSB 4QHQA 2DWIA 3PU5A 4YKJA 3D4CA 5AA1A 1SYHA 1LSTA 3O9PA 1JVXA 2RF1A 3KEIA 3FV2A 4IGRA 1A99A 1JW5A 2YPNA 3HN0A 4IO6A 5AA2A 5JTYB 3FJGA 3KGCA 1LGBC 2Q2AA 3V89B 1POTA 3PMVA 3S9EA 3FV1A 4TLLB 4R2FA 3G3JA 2Z8FA 5IKBA 2OCUA 4YAHX 5CRYA 4GQOA 3K6XA 4PFUA 1N3XA 1XVXA 5TPAA 4TQUQ 5CMCA 1FQFA 4I9DA 3PUXE 2F7BA 3N6TA 1JEVA 5L9MA 2X7QA 2Y7PA 3MZ1A 2YJPA 5H8HA 5KCJA 3RLFE 3O6HA 1N3WA 1OVTA 4PFYA 3HV1A 4BDQA 3QIMA 4MFIA 1MXUA 3I5OA 3KG2A 4JWOA 1B58A 2ZNSA 3OSQA 4ZEFA 4NTLA 5CMMA 4EXLA 1SI0A 3PUWE 1I6QA 3IX1A 3ZKKA 2AL5A 1NNTA 4YMAA 2PX1A 3CSGA 5I2NA 3CFLA 5I2KA 1NFTA 3CRBA 3TCHA 2UYFA 2Q8JA 1D9YA 3ZKLA 3FJ7A 1FW0A 3LSXA 3MUQA 3RNNA 3C32A 4JBZA 5I59B 1P1UA 1PBPA 5AA3A 1OQHA 1MY2A 3V5AA 3K6VA 2I58A 4KCDA 1B5HA 1B2HA 2WKYA 1QUKA 4FEBA 1LBCA 3HO7A 3C9HA 1MXXA 4OETA 4U22A 2VHAA 3VXCA 1J1NA 4PQJA 2F7CA 3HCQA 2NVUB 3KJ7A 3G3GA 4OMBA 1P1NA 3TMGA 2DS9A 3PMXA 1MM6A 4ZZAA 3TODA 4KYEA 3TQLA 2Q88A 2DE3A 1MY0A 4R6HA 1Q1KA 4LA9A 4EQ7A 1MY4A 4RY1A 3VLVA 3U1OA 1B46A 5AA4B 3DP8A 1VR5A 2XX7A 2VD3A 5EHSA 3MQ9A 1FQAA 4ND9A 3KBRA 1B6HA 1QJMA 1JETA 4ZEDA 2AL4A 2ALUA 2XXYA 1P1QA 5AA2B 3G7WA 4R6YA 1N76A 1P99A 3TFLA 3K01A 2Y84A 4QF9A 1RYXA 3LUYA 3RUMA 1FQBA 1AMFA 5ISUA 3QK6A 3EPEA 4F18A 1MPBA 4OYVA 4Q8RA 5DEXA 4YB6A 3GBBA 5CC2A 3G3HA 3MZBA 4U23A 3MP8A 5TPAB 4DE8A 3WAFA 4IY6A 3UP9A 4X1DA 1WVJA 3SDFA 3JZJA 4XXUA 1FTOA 1URSA 1VFDA 3LSFB 1PB8A 2RC7A 4FECA 3BKIB 1ZMGA 1WODA 1LAHE 4N6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KJKA 3OELA 5A6AA 1I94E 5K2XA 1URDA 4PAKA 3PPQA 2HXWA 2ZZXA 5H8HB 2NABA 4UABA 3VLWA 5TP9A 4F31B 2YRHA 1OIBA 3JU0A 4OQOA 4GWWA 3A3CA 3N26A 3QG5C 3PGFA 2L3CA 4K3FA 3RPWA 1WDNA 2FYIA 5IAIA 3HPSA 4DR1E 4GRKA 4JI6E 3OO9A 1XNRE 2GFEA 3O28A 2RSMA 3ADIA 1A1JA 4R2BA 3MAMA 3SESA 2CSHA 5LDZA 1WHNA 4POWA 2BBGA 4X65E 3JTZA 4HCWA 4O7MA 1ATGA 3KWRA 1GTKA 1YYOA 1N36E 4NF4A 4F54A 1PJSA 4R2AA 5LOMA 2LMZA 4NF5B 2E1SA 4BC7A 4UA8A 4G68A 3RPLB 1B69A 5FTIA 4R73A 4B3ME 2DXRA 5I2NB 1G2DC 1FPLA 5EHMA 2DWHA 5I2KB 4DR2E 4OVPA 4EQ9A 2ENCA 2EM8A 2GHBA 4DI3D 4JI7E 1NV2A 2F78A 2EMWA 1IIWA 3M3KA 4BDOA 5EYHA 2DXYA 2V3TA 4YU0A 4NX1A 4HE1A 1MPCA 2CMOA 3EPKA 4N6KA 4DUYE 3FIGA 2WBTA 3HPIA 1FRPA 3DJWA 1I6AA 3DM0A 5DTBA 4YB7A 3TTNA 1XS5A 3M3LA 2ONRA 2VOZA 4LFBE 1A1FA 2V88A 4OVQA 2DE4A 4YZZA 4BDMA 2ELYA 4JI4E 1TF6A 1MXYA 2WX9A 2EOSA 2M1SA 4LQ5A 4G77A 3C4BA 3T9XB 3CR9A 1YUJA 1XT8A 3PD9A 2O1MA 2V84A 2R76A 4GWYA 4GX6A 2D5WA 1B52A 3IK6B 1I69A 1FPKA 1TFDA 5LMUE 1A1KA 2I6EA 1UTBB 2P3NA 5HM4B 1D4NA 1KA0A 4OENA 1EH6A 5H8QA 4U1OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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