2EPOA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 261
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
261
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 261
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epoA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epoA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epoA01
3RCNA 2WNWA 2ZX7A 3ARWA 1QW9A 3N11A 1EH9A 3M07A 4AEEA 5CLWA 1U30A 4UTFA 3BGAA 1V3JA 2GJXA 3EMQA 5I3DA 1LL4A 1G9HA 2Y24A 3RO8A 3WQ6A 3PTKA 3B8SA 3OIHA 3OZOA 2CKRA 3IJ9A 2UY4A 5A8NA 1H0IA 3K1DA 2YDSA 2XM2A 3SURA 3PZQA 4AIUA 1EHNA 2XUCA 3GBEA 2YBTA 1E73M 2JIWA 8CGTA 5BYWA 1UWIA 5GQBA 4CVUA 2WMKA 1BPLB 3D5HA 4GO9A 1W3KA 1FOBA 2G3JA 2J77A 3CZLA 1NOWA 2E8ZA 1JFXA 3I3EA 2DDXA 3ZT7A 1ZBWA 1CGXA 2F8QA 2WSKA 3SCQA 1HKIA 3RM4A 2EPMX 1PIFA 1KBBA 3QGVA 1SR0A 1EGZA 3WDPP 3BAJA 4HZ6A 4YN5A 4GZIA 2ZX6A 3T09A 1C92A 1JGIA 4PEEA 2WHLA 4MJ4A 1HKJA 1HNYA 3W25A 4P7QA 2V38A 4Z2KA 3OBAA 5E70A 5C8BB 1MQRA 1B3XA 1XD1A 1CTNA 3KZSA 3WF1A 3N1AA 3VU2A 5FD0A 5E6ZA 2OSWA 4KRTA 4PMVA 5JBDA 2WKGA 1XH0A 1UH4A 1W9PA 4M1RA 3ZO9A 5LYRA 2AMGA 3MSGA 5IDIA 4CU8A 6TAAA 2WHKA 5CG0A 5ABFB 3G6LA 4JFTA 4MJ2A 4P8UA 3VMNA 1XH2A 4R5EA 6A3HA 3WL1A 3WFZA 3SCTA 1C90A 1DTUA 2DH3A 2X8RA 2BHYA 2ZX8A 5EFDA 3GTNA 4AD0A 3BAIA 2G3NA 1US3A 2XYLA 2O9RA 4MB4A 1UG6A 1FH7A 4BZYA 1W91A 2Y5EA 2EPKX 3BH4A 2CHOA 3MMUA 5I77A 1G1YA 1UKOA 2JF6A 4UZUA 4JFWA 3DHUA 1A47A 1P6WA 1K9DA 2ZXDA 4ATDA 1BYBA 1VFOA 5A8PA 1VJSA 4AD2A 4ACYA 2VCCA 1GCYA 3PZGA 4PMYA 1GQKA 1TR1A 2IXUA 4TX6A 3VIPA 2OYKA 1KQYA 4PMUA 2WMIA 1BG9A 3TP4A 3VM7A 4F9DA 5A2AA 1JI2A 4HOZA 2DGAA 1V0KA 4UFJA 3AIRA 3GXMA 1GPFA 3WQWA 4UQBA 4GKLA 3WH9A 3WH8A 3FN9A 4V27A 1UKQA 1W1VA 1K9EA 3WSUA 4AD1A 1DWGM 2OYMA 4NSBA 5E9AA 3KE0A 1VB9A 4M81A 3ARYA 1V3HA 1H5VA 2PWGA 3WKZA 4BQ2A 1EOMA 1HVXA 2ZXBA 1CXHA 4P7NA 1HP5A 5I6SA 4JFSA 1E55A 1JNEA 3WFLA 2GDUA 1HVQA 1B30A 5D9PA 5FL1A 1CENA 2VZSA 3ARQA 2AOSA 2J74A 4HMCA 2BY0A 1NARA 2X05A 1JYNA 4HU0A 4WKFA 3QOKA 4FF5A 2PWHA 4W85A 5CSYA 1JIBA 1RD6A 4ZE4A 1E40A 3APGA 2ZWYA 4UFKA 1JZ8A 4URIA 1E4NA 3EDEA 2A3HA 3RMEA 4X0VA 4FLSA 2G8ZA 1OWQA 3WF2A 2Y8KA 1B3YA 3AFBA 3W28A 2XHYA 4KMQA 4Z2LA 4HA1A 1KBKA 4WK9A 2DH2A 3WMSA 2WMFA 2DQXA 2CPUA 3L4VA 1CWYA 1E9LA 7CGTA 3WQ4A 3FHQA 2W66A 4HTYA 4AEFA 2D0GA 2GDVA 5FKYA 1GQLA 1VFUA 1QI5A 2EXOA 3L4XA 2VCBA 1QI3A 2VVNA 1KWKA 1UR9A 4P8WA 1PX4A 4PMNA 3SCPA 3PZNA 1EO7A 1W1PA 2W4XA 2PB1A 2VQUA 3AIQA 3T0DA 4MDOA 5D9MA 3RPMA 3AS1A 1Q4NX 1TCMA 3UESA 3VDBA 1CIUA 3SCNA 2EEXA 1ZJAA 1ITXA 3PTQA 3PZTA 4CN1A 3M46A 4F79A 1JDCA 3A4WA 4IISA 4J3WA 1EOKA 4MAZA 3AS0A 3AXXA 1JYWA 5ABEA 4Z2GA 5DFAA 3O9NA 2TAAA 5M03A 3AISA 2W61A 3ARTA 4JL2A 3QHMA 3CHFA 3VOCA 1UD8A 1KXHA 1V6UA 1KR0A 3ZSSA 4H2CA 3AMGA 1TZ7A 4ML4A 1BTCA 4F66A 3CIVA 3PHAA 1E1FA 1EXPA 4JFUA 2WLYA 3EDJA 4AD3A 3FNDA 1SMDA 4AIOA 2CBIA 2E8YA 1UQZA 3L4TA 3TONA 1L0PA 3DHPA 1OIFA 2CBUA 1XH1A 4DWSB 1GW1A 2BVDA 3WNKA 4CCDA 2OYLA 1NWTA 1V02E 1UR8A 1W9VA 2EPLX 2XIIA 4PBGA 3OA5A 3A3HA 3ARZA 1PJ9A 3NUKA 3ARSA 5CZKA 3WQ8A 2VC9A 4XV0A 1UZ4A 1JG9A 1BHGA 3RJXA 1EA9C 5ABGA 2PWDA 4PTXA 5EBAA 3AIBA 1MXGA 2UY3A 1NWUA 4QLLA 1HF6A 5FCZA 4D6EA 4Q7NA 1Q6EA 2WMJA 5BXSA 1H2JA 3D3AA 1HJVA 1UKTA 4H8UA 3SUTA 3ZJ8A 1QI0A 2WXDM 5M5DA 2YLAA 7A3HA 3PZMA 3SEPA 3RILA 4GQQA 2Z1SA 3MUAA 5A3HA 4R27A 4YHGA 1J0JA 1Q6CA 4GINA 4Z2HA 1UA7A 3O6AA 3SUUA 1UKSA 4B16A 4UFLA 4GI6A 3ECQA 4D1JA 1D2KA 2J78A 1V0LA 1I75A 3VINA 3MSDA 4W88A 3ZJKA 1JZ3A 1D7FA 5HOSA 5A6AA 5LA0A 5A69A 4H8HA 3AJ7A 4BS0A 1MWOA 3DYOA 1NP0A 2OLHA 4HOXA 1C7SA 2VI0A 3RM9A 2QHAA 3GZAA 4KWUA 1NH6A 1QVBA 3WIJA 4JCLA 3GDBA 2WAGA 4D6GA 3QHOA 1E0XA 1GHRA 2XM1A 3WENA 5I5RA 4OIFA 4MB5A 3AS3A 4ZFMA 4CVWA 5A2BA 1FHLA 1VIWA 4XX6A 2NSXA 1EDQA 5E0FA 3CZEA 5BXRA 4UZSA 4L4OA 5C70A 1C3FA 3ARVA 4GQRA 3SCWA 4ZE5A 1UWRA 4HA3A 3GXIA 1W2PA 1UD5A 1RP9A 4OJYA 3B9AA 1UYQA 4UOJA 1RP8A 3VD3A 1GOKA 7TAAA 4LYQA 1YHTA 3UG3A 2DIEA 1C8YA 5CXPA 3T2QA 1J0IA 1V3LA 1JAKA 1NOUA 4PCTA 3OZPA 3TTYA 4DM1A 4PMQA 2O9PA 1V08A 1E3ZA 4TTGA 3WDRA 2DPEA 3DYPA 4Z2IA 2BHZA 1BSIA 4AISA 1JZ6A 1E15A 2CERA 1CGWA 1E6PA 1W1YA 3N12A 5D9NA 5AC4A 1J10A 2QF8A 2JE8A 3AI0A 2D0FA 2OWWA 1C8QA 3T0BA 2J7BA 1J11A 4UQ9A 3UEQA 1PX3A 2Q8XA 1E5JA 1TVPA 1KGXA 1E5NA 1VAHA 2WCGA 4DUXA 1B90A 1CXIA 1F4HA 2VNCA 4HZ7A 3ZOAA 2XFRA 1ISWA 2WWCA 4UFHA 1UR1A 4ZENA 1C91A 1ODZA 3CHCA 4DM2A 3LPGA 1XCWA 3WUGA 1H3GA 5IXEA 4W93A 3VNYA 4FLOA 1BGGA 3WL0A 3EMZA 1JI1A 1V6WA 3MO4A 4ZXLA 3W53A 5ABHA 5HPCA 4TVDA 4M8UA 1BVZA 1SMAA 4P7LA 1B3WA 4AY1A 4AZGA 4Z2JA 1H1NA 1LL7A 4TVCA 2J7FA 2XVNA 3PN8A 1JD7A 2VOTA 4U2ZA 3NSNA 3SCRA 2ZUUA 1EHAA 4PTWA 4DWSC 1ISZA 1CLVA 2WBKA 1MFUA 3AZRA 3II1A 1G5AA 1CXLA 3O2LA 3BSHA 1QNOA 1QI4A 3PZOA 4FLRA 4U3CA 2CITA 1SYTA 1OT1A 4P8XA 4CD8A 4TXEA 1WKYA 2QMJA 5BRQA 1E4LA 3VMOA 1M01A 3AMLA 3CH9A 3SCUA 2EPNA 5CGMA 1V6VA 3F5KA 2WPGA 2YOCA 2VZTA 2XIBA 4WSJA 1MYRA 4GZEA 2UY2A 2CIPA 3LPFA 2D3NA 1J9YA 4Q22A 5AY7A 4CCEA 3KL0A 2VZOA 3WMBA 2WVSA 2X1IA 3AIWA 2XWEA 2X09A 3VDHA 2FHBA 1M04A 1J18A 4KH2A 4NF7A 3VNZA 2YJQA 4CD5A 1KR1A 1HL8A 1JDDA 3AIUA 6CGTA 1JZ5A 4AD4A 5GNZA 3UCQA 4W8AA 1E6ZA 3ARRA 4MB3A 1LLOA 3VGBA 4DWSA 3MV01 4AZIA 1W9UA 3AS2A 5JUVA 4XB3A 1OD8A 3ARPA 5KEZA 3NJ3A 3SUSA 2D3LA 4XZWA 2UY5A 2YBUA 1ISYA 4PN2A 1AQHA 4FK9A 3CTTA 1M03A 5BWFA 4AZCA 4W8BA 1E70M 5I2UA 1WE5A 4LX4A 2BS9A 3CUFA 3MMWA 1E1EA 2XSBA 3WDQA 2BXYA 1WB0A 1A3HA 3AIEA 1XV8A 2ZUMA 3N17A 1ESWA 4A3HA 4EE9A 2RGMA 4HA4A 4XUYA 4PUDA 1HP4A 4JAWA 3VD4A 3VUPA 4MNMA 2A3EA 1ODUA 1BAGA 2WZHA 4M24A 3F4VA 3UR7A 1ISXA 1XGZA 5DMYA 1S46A 1JDAA 1XCXA 3N15A 3TA9A 5BCAA 3OLGA 3AHZA 1LWJA 3OGRA 1R87A 4J28A 1LG1A 1W9XA 3VIIA 5I23A 2CEQA 2WVTA 4PMDA 3JUGA 1OIMA 4B9ZA 3WBAA 2WLZA 1TMQA 1OGSA 2QMKA 3CMGA 1UZ1A 2EO7A 1Q6GA 1WZKA 3ZR6A 2NW0A 1EDTA 4TX8A 4W5ZA 1HX0A 4E8CA 1U2YA 3IANA 1DP0A 4OZOA 1CDGA 1H41A 5AYIA 1ZS2A 1LJYA 5FIPA 4ZXOA 2ZUVA 4CCCA 1U33A 1O7AA 1CZ1A 2J7EA 1W32A 4JCMA 1V02A 5CGTA 2ZUSA 1QPKA 4WF7A 1LL6A 4ACZB 1XHGA 2ZUNA 5E09A 1VF8A 1OINA 2D0HA 1Y7VA 1R85A 4P7RA 3VGFA 3AHYA 2CETA 4M56A 1KWGA 3N9KA 3A4XA 4AZ6A 5EMYA 2O9OA 4BQ3A 2D20A 2BY3A 3NSMA 4S3KA 4PMXA 3WQVA 2WMGA 1WAWA 2J7HA 2VQTA 4NZCA 4U31A 3AQUA 3WF3A 4F8XA 4D6IA 3UG4A 1PZ3A 2JFEX 5CPSA 3VDCA 4OOUA 1PBGA 3ZT6A 3HMCA 5ECUA 1J0YA 4NRSA 3A4AA 3BMWA 2IUZA 5A6KA 3F5JA 2DSUA 4TVUA 1OGBA 1B3VA 5CQ1A 4MB1A 3ZR5A 4AIEA 3NCOA 4JFVA 5BROA 3UETA 3W38A 3AROA 3A47A 4XZBA 4QLJA 1JZ4A 5A1AA 3BAKA 2BVTA 3MUIA 3AYRA 4MADA 3WD0A 4B3LA 3F5LA 4WKHA 5IHSA 4LYRA 1RH9A 5C71A 1H11A 9CGTA 3CUJA 2OWCA 1EDGA 2MANA 2GJXB 5KZ6A 3WD1A 3VX1A 3DECA 4J3TA 2WVVB 1QHPA 2ZWZA 4QP0A 1CGYA 3THCA 2FGZA 4MPKA 1W9BM 3RM8A 4WIWA 2W92A 1BF2A 2Z1KA 1C7TA 1WDSA 4D6FA 1W1TA 3VPLA 3VIHA 4MNLA 2VTFA 2GVYA 3ARXA 3J7HA 1GQIA 2WWDA 1OSEA 3GNRA 2WCAA 2YA1A 1EIBA 4CD6A 4PMOA 2ZXAA 3IK2A 4CN4A 1KQZA 3ZIZA 1BFNA 3MS8A 3GM8A 1LG2A 1UD2A 3GH7A 2WHJA 3CUGA 2ZIDA 1DWJM 1DEDA 3CGTA 1FHDA 3CZKA 3OLIA 2FHCA 4D6DA 1UR4A 2YDQA 3ZMRA 5CPQA 4MTVA 1J12A 1QHOA 4DUVA 4QCEA 1QOXA 2VRJA 3AMKA 2WZIA 4PCSA 3AYSA 1ITCA 1QNQA 2O9TA 1CXKA 2DSWA 3AMCA 4AXNA 3CZGA 4JKKA 2VUYA 1WZMA 2WVUA 4UOQA 4C7FA 1JYXA 4A4AA 1WP6A 1VEMA 2ZE0A 1I1WA 3VKKA 2PF0A 3LPPA 1GOWA 1O6IA 2GK1B 3ALFA 2YA0A 1IT0A 2Y2WA 1ISVA 5IFTA 2XVKA 3ARUA 4AZHA 4S3JA 3AZTA 3AHXA 4M29A 2VX4A 1NQ6A 1V3KA 4RE2A 3U5UA 1MW1A 4D6JA 4U2YA 2HVMA 1QI2A 2J62A 3T2OA 4U33A 3GXFA 4UR9A 3WD2A 1G94A 1HJQA 2PBOA 1WDPA 4J3VA 3BLKA 5M17A 1BQCA 5ABFA 2W91A 2WB5A 2PWFA 1KCKA 2GJRA 4J3UA 3PZ9A 5E6YA 1QNSA 1V03A 2CCRA 2YL6A 3MUY1 2DSZA 3WUBA 1FFRA 2WC4A 1JD9A 3WUFA 2CBVA 1R7OA 4OBRA 4D6CA 3RIKA 1KCLA 1KGUA 2EPOA 3VGHA 1J0ZA 3CZ8A 4GI8A 3VD5A 5IHRA 1OM0A 3UERA 3TTQA 3SCOA 1BLIA 3ALGA 2EQDA 1UR0A 3VGDA 4HPGA 4EKJA 5F7UA 3L4ZA 2G3IA 1GNXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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