2EPOA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 261
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
261
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 261
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epoA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epoA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epoA01
1MXDA 5ABGA 3WNLA 2W62A 2PI6A 3A4WA 2D2OA 1G1YA 1E6RA 2J7FA 1W9DM 2DSKA 1BFNA 2EJ1A 4PCTA 4U5IA 3W38A 4GO8A 5I79A 4RL3A 1CXHA 4NRSA 4D71A 4FK9A 3PHAA 3FY1A 3T2OA 2E4TA 3VKKA 5C71A 1OWQA 1G9HA 2OYKA 1C92A 1AVAA 1K9DA 3MUIA 4MNKA 2VOTA 4JHOA 1E3ZA 4MTVA 1JDCA 3HN3A 1CEOA 3GXFA 1UH2A 1EHAA 1HX0A 2V3DA 5ABFB 4R5EA 1V6YA 3SCPA 4KGJA 4AIOA 5I5RA 1C8QA 3S2CA 2WKGA 3WKZA 1E55A 4Z2KA 2XVKA 1ZL1A 2E8ZA 1BQCA 1UD4A 3CZLA 1UWQA 3T08A 1XCWA 5A95A 2GVYA 3IJ8A 3SCOA 1OM0A 2YJQA 3SCVA 4BZYA 3ZM8A 3IJ7A 2V3FA 2WW5A 5A8QA 1EO7A 1GPFA 1HNYA 1KBBA 2DT0A 3PZGA 4CD4A 1GOWA 3A3HA 3VIGA 3B9AA 1JXJA 4TVUA 2WK2A 3SCUA 2AMGA 1CXIA 1EDQA 1GOOA 1JZ4A 1JF6A 3W27A 1HL8A 4UQCA 2EPKX 4BCEA 5M3WA 1JYVA 2C7FA 3WUEA 4JZ5A 4J3UA 2E8YA 4B16A 2BY3A 5AC5A 2WMKA 2J47A 5GNXA 4UR9A 4UFIA 3WNPA 4GI8A 1AMYA 5FCZA 1J0HA 3NCOA 1K9TA 2GDUA 2ZXBA 3AZTA 3MUZ1 1OGSA 3IAPA 2ZX7A 1B9ZA 2BFGA 1BTCA 1KGUA 1BVZA 2DT2A 3RMEA 3WDHA 2JALA 2YL8A 5A8NA 4JHZA 1IZKA 1MQRA 7A3HA 1GOMA 5C8BB 5A8MA 4U2YA 1ISWA 1CGWA 4W5ZA 3WNNA 1GZJA 1OD8A 2G3IA 5GNYA 1ODZA 1E1FA 3VIOA 2WC7A 1CWYA 2VQTA 4J3SA 1ITCA 5FL0A 3RCNA 1VEPA 4MDOA 3VUPA 5BCAA 4ACZA 4E4PA 2ZWZA 2WHKA 3GH4A 1KFWA 2XHYA 4PRWA 4Y7EA 4QP0A 1XCXA 4M56A 3IANA 4HOWA 4C7GA 2DQXA 4AD4A 1J10A 2C0HA 4J3XA 4FLQA 3PZQA 1HVXA 3NYDA 3W26A 1JDDA 3ARQA 4UZSA 3APGA 4R27A 4MB3A 3VDBA 4BQ2A 5A6BA 1FHDA 1TR1A 4HPGA 1HIZA 3D3AA 1QHPA 1GUVA 5BWFA 3PZ9A 3L4UA 3DHUA 4P8WA 1B3WA 3W53A 2UY4A 1OINA 4RE3A 4JL2A 2JF7A 3W82A 6CGTA 3AS0A 3ZSTA 5BXRA 4XZWA 1RP8A 1PJ9A 3KE0A 1V0KA 4CKQA 5LA0A 1JYXA 1OT2A 1V3HA 2WSKA 1E1EA 3I3EA 1W9PA 2CPUA 1E6XM 4HZ6A 3RJXA 4XZBA 3WEZA 2XFFA 2J8FA 4FLRA 2VRKA 1HL9A 4DM1A 4AZHA 5JUVA 1OB0A 3BGAA 4M81A 3II1A 2YL6A 3ARPA 2CCRA 4RE2A 5JBDA 2Z1SA 2OWWA 1NH6A 1YQ2A 3SEPA 2Y2WA 2WVUA 1G0CA 2YDQA 1XC6A 2ZUSA 5KZ6A 2VUYA 1VEMA 5TD4A 4U3AA 3OGSA 1PBGA 2VQUA 4PMZA 1HP5A 5GQBA 1VENA 2Y4SA 2J77A 2WAGA 4K68A 5EFFA 1W2VA 3WF4A 3POHA 4D6FA 2V5DA 1L8NA 4H41A 2J7DA 2CNCA 1KQZA 3KWXA 2GK1B 1CGYA 3VM7A 2XYLA 3ZT5A 1JF5A 3BC9A 1JNDA 3CO4A 1E9LA 1UOKA 3OZOA 2OYMA 1PAMA 2BV9A 2WMGA 4D6EA 1FP9A 4JAWA 2V3EA 1B31A 3TTQA 3WNMA 1CTNA 1LWJA 3L4TA 2IUZA 2PWFA 4UQBA 2GSJA 4L4PA 3N12A 1JFHA 4NSBA 4BS0A 1X1NA 5AYBA 3BCDA 2BHUA 4J28A 3ALFA 3NSMA 3OLIA 4CCCA 3WUGA 1J18A 3RPMA 1HVQA 4UTFA 2A3BA 3AIBA 3N11A 2WHMA 5CQ1A 1CXFA 3CUJA 3FAXA 2ZX9A 3AMKA 2PBGA 2DH3A 2YDSA 3T0AA 2F61A 4AZGA 1QNPA 4IM4A 2J78A 2XFYA 1FFRA 5IDIA 3CMJA 2YBTA 4KH2A 2VR5A 3M7SA 5AYIA 3CLWA 4NZCA 1LG2A 2J79A 1E4MM 1V3LA 5HNNA 4H8VA 3ZJ8A 2ZUMA 4N0RA 3N18A 1G94A 3WH6A 1XSIA 1B3VA 2VO5A 1JZ3A 5M17A 3JUGA 4D6JA 3CIVA 1HF6A 3GM8A 3UERA 1E72M 1C93A 3CUHA 5FKYA 4MNJA 2CKRA 2ZXDA 5HPCA 1J0ZA 1BG9A 3CUGA 5E6ZA 3SCRA 3AS1A 4KGLA 2E9BA 1J9YA 2XWEA 3O2LA 1UHVA 3ZSSA 3CHFA 2WPGA 1XYFA 4C7FA 5CPSA 4JL1A 1PZ2A 3WD4A 3BSGA 1W3JA 4J3VA 1NM9A 3O6AA 3BLPX 1BGGA 2J7HA 4IPLA 3AIEA 5FOOA 3OGRA 1KQYA 2DSWA 4J3TA 4CUCA 2VJXA 4RE4A 4X0NA 1OT1A 4OZOA 1BYAA 1WP6A 3VD5A 4AC1X 2JIWA 1KXTA 1B3ZA 4CU8A 2WNWA 4UFMA 2F8QA 1DWGM 2VURA 1E70M 1V0LA 3WQWA 1JZ8A 3F4VA 1XV8A 4PMRA 4PMOA 3AXIA 1WNOA 3DYOA 2J7GA 4X0VA 4ATDA 1QI2A 4IISA 2ZXAA 2G8ZA 1QHOA 1C7SA 4P8XA 2O9RA 4OOZA 4P7NA 3VGBA 1VAHA 4ZFMA 1E71M 2WMFA 5BXSA 1GORA 2X05A 2BXZA 5FD0A 1H3GA 4UOQA 5D8WA 1EO5A 4M8UA 3CHEA 1NWUA 1R8LA 5D9PA 2XUCA 1PIFA 1RPKA 5HBFA 1VF8A 5ABFA 1X6LA 1W3KA 2NW0A 4AZIA 4CCEA 3SCSA 5F7UA 5M03A 2YA1A 4AZ6A 1N82A 3CZ8A 1NOWA 1SFSA 3VOCA 1XH0A 1BF2A 1EQPA 3L4YA 3ZT6A 4LPCA 2IXUA 4P8UA 2CEQA 4KRUA 3SCWA 7TAAA 5I24A 4HZ8A 3WDIA 2WC3A 3EYPA 1JXKA 2DIEA 4W5UA 4V2XA 2PWDA 2EXOA 1Y7VA 3ARTA 1DWIM 2VX7A 1HJXA 5JIPA 3GXIA 2ZE0A 4JFSA 1J0YA 1WDPA 2WYSA 3AHZA 1TA3B 4CD8A 4CD7A 1QPKA 3RO8A 3WH8A 4AZCA 4HMEA 1HKMA 2W67A 2WMHA 2GJXB 2EPMX 1V3MA 3WDPP 1MW0A 2Y5EA 3GBEA 4ZE5A 3SCQA 2A3EA 4QAWA 1NWSA 1QNQA 1UA7A 5A6MA 2XM2A 3HU7A 1WDRA 4OJYA 1UD6A 2WXDM 2Z1KA 5I23A 3BMWA 3L4XA 2WC4A 4GI6A 3OGVA 4QCFA 3WDJA 1FP8A 1GJWA 3VD9A 1VJZA 1ISXA 4Z2JA 4BQ3A 1HKKA 4AD5A 2W63A 4D6CA 4FLSA 2CITA 4PUEA 3IJ9A 4MNMA 1E43A 2XG9A 1D7FA 1OD0A 1CGTA 1EHNA 3TOPA 1KWGA 1R7OA 1US3A 3J7HA 5E0CA 1O6IA 4W88A 2UY5A 4JFTA 3SUTA 1CENA 3BAKA 1F4HA 4TUFA 5A8OA 2DH2A 3U5YA 1KB3A 4M24A 1UWRA 3M46A 3WMCA 2D0GA 3NSNA 1C7TA 3NJ3A 1W91A 3FW6A 4GQQA 1V3IA 3AZRA 4H8UA 3GNPA 3NUKA 4MPKA 2X09A 4PCSA 4QDMA 4F66A 3GDBA 4NF7A 1ZS2A 2W92A 1WZMA 1E6QM 4MJ2A 4GKLA 1E40A 4ZE4A 4EKJA 3NIYA 4M1RA 3PZVA 1UQYA 4AW7A 5LYRA 2J4GA 3BLKA 1C90A 2CBUA 4UOZA 3RM8A 4FF5A 3VMOA 4OBRA 3QOMA 1V6UA 2C8NA 4PUDA 4PTVA 2ESCA 1TE1A 1W3HA 1J01A 4AWEA 1OIFA 1GNXA 3VGHA 1UUQA 1W1TA 4WLCA 3AIVA 4D1JA 1CPUA 5D8ZA 1W3LA 1BGAA 3U57A 4EANA 1TG7A 2WB5A 3UR8A 3EDJA 2YLLA 2WM0A 2WCAA 4PSPA 1BYCA 2X0YA 1JL8A 2ZOXA 1VJSA 1OCQA 4UQDA 3GNOA 4J7RA 2EPLX 1KXQA 1ZJBA 3LPPA 1UD2A 4AZ7A 3DYPA 5JIWA 4J3WA 2OWCA 4PMNA 1DWFM 2G3JA 4P7RA 1EQCA 1UWUA 1HP4A 1V3JA 3PZUA 4ZXLA 3GH7A 2WANA 3VIKA 1GHSA 3CUIA 1MWOA 5A94A 2J75A 5CG0A 2J25A 2VX6A 2UWFA 1J0JA 2XVLA 2WVTA 1X6NA 2YLAA 4CD6A 1B2YA 4GIAA 3CMGA 2UY2A 3VNZA 1BVNP 2GK1A 4AZCB 3W28A 2D23A 4HOXA 2W91A 4WIWA 1R87A 3LPFA 3SUSA 1SMDA 1BAGA 1RH9A 2O9OA 4S3JA 2WMIB 2D22A 1QVBA 2VZSA 3WF3A 1Q4NX 2JIEA 4ZEPA 2OYLA 3AFBA 3S6TA 2ZIDA 3M6DA 1WAWA 3WF1A 1PIGA 3MV01 4D6GA 1WE5A 4EAMA 3N1AA 1TUXA 5CXPA 2CBVA 4D6DA 4W8BA 4UQEA 1KGWA 1FFQA 4GZEA 3VVGA 4UQ9A 3L2MA 5DT5A 3EDKA 1E73M 3ARUA 3F5JA 1JI2A 1UR8A 3ZT7A 1FOBA 1W9BM 5A2BA 2W61A 1PZ3A 3AROA 1M03A 1NOUA 1GVIA 2G3MA 3VD3A 3D5HA 3KL3A 2EBNA 3FHAA 2VMFA 2W66A 3CZGA 2PF0A 1JFXA 3TTYA 3WN6A 4TXEA 2WVSA 1JIBA 2FGLA 4W85A 4PMYA 3A4XA 5KEZA 3AOFA 3EMQA 1DWAM 1HJSA 3N15A 3WFZA 3BAJA 3MU7A 1BG4A 3VX0A 3N9KA 3EDEA 1AQMA 4B3KA 2O9PA 1U30A 3WENA 2WZIA 1C91A 3WH5A 1CLVA 2D3LA 4HA3A 4F9JA 5CJ5A 2PWGA 2VL4A 5E9AA 5IHRA 3WL1A 5M5DA 1UKSA 2BVDA 3VPLA 4TTUA 1GOKA 1CZ1A 2Y8VA 4F9DA 5I2UA 3WQ4A 2PB1A 3BAYA 1RD6A 4CVWA 3DECA 4D6IA 3N04A 4U33A 3CPUA 3VIMA 3UG3A 1BHGA 4B15A 3DC0A 1U33A 3W6LA 3AIRA 2ZUNA 1MQPA 4DM2A 3IAQA 1YHTA 3KZSA 4UCFA 3VU2A 5I78A 1UYQA 2VCAA 1E6PA 1QBAA 1U2YA 2VR4A 4W84A 1LL4A 2YA2A 4FMVA 3EDFA 2GJRA 1ZBWA 1B90A 4HOZA 1E6SM 1VFOA 1LLOA 3UG4A 2DDXA 4MAVA 3W0KA 5BRPA 3I3DA 4UZUA 1MQQA 3VD4A 2JFEX 1A3HA 1HXJA 3SUVA 2RGLA 3UCQA 1A47A 1UD3A 3RM4A 1FHLA 1E0VA 1HJQA 3F5LA 2DT1A 2E40A 3MUY1 4UFJA 3UG5A 1XH2A 1B3YA 5I0DA 2WBGA 1EA9C 1QHZA 3WBEA 3WFLA 3AMDA 1W9UA 1VFUA 4QFUA 3MSGA 5A6AA 5FIPA 4JIEA 1GQJA 3WH7A 1ESWA 1UG6A 3VGFA 3AS3A 4P7LA 4W8LA 4JFVA 2HVMA 2VRJA 4PEEA 4JFUA 1C3FA 1L0PA 5BROA 5JBEA 3GYCA 3KL0A 1BSIA 1CNVA 2OSWA 1SYTA 1E5NA 2FH8A 3T09A 1RP9A 2OSYA 3VMNA 1NP0A 3TP4A 2AOSA 1TA3A 1OGBA 2FGZA 3QOKA 4Z2IA 4DWSA 1H11A 3ALGA 4AZ5A 1D2KA 2J7EA 2GJXA 1QNRA 3VMPA 1W32A 1V6XA 4DWSC 2BNJA 3AISA 3PZTA 4M80A 4KMQA 5A6LA 3AIQA 1BLIA 1UKPA 1XYZA 4W7VA 3M07A 3CBWA 2ZUUA 2VNCA 2VT0A 4BQ4A 1R86A 4BQ5A 2EPOA 4LQ1A 3CHCA 3UESA 4PTXA 3A47A 3PZMA 4Z2GA 3VILA 4CCDA 1CXKA 1JI1A 1UZ4A 1QW8A 4LYPA 4OUEA 1NARA 3WDRA 3QGVA 4JKKA 4A3HA 1FH8A 1ZBCA 3WD1A 1UD8A 3ZR5A 5CGTA 4ATLA 1QNOA 2X8RA 3SCNA 4WF7A 1C8YA 3NSXA 3ZJ7A 2OWXA 2E0PA 2DGAA 2ZWYA 1WB0A 3AS2A 2J8GA 2VC9A 2VZVA 1C8XA 4F8XA 1V0NA 5CPQA 1S46A 5A2AA 3FN9A 1JD7A 4WKFA 1W1PA 3UETA 3MS8A 1TFVA 8CGTA 2GJPA 5CLWA 3VO0A 1M04A 1Q6GA 1ZU8A 1JDAA 3ARSA 4AXNA 3NDZA 4ACYA 4MAZA 4FLOA 4PTWA 1JAKA 4LYQA 4B9YA 1EXPA 2WSPA 4DUWA 4P7QA 1WDSA 1GCYA 3QHNA 1V6WA 3W37A 1DWJM 2V5CA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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