4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
3E4RA 5AE4A 3T22A 5DYHA 1B52A 2WKYA 4F2OA 2ANJA 2Z8EA 4MH5A 4F31B 1B58A 5AA3A 4ELQA 3E3KA 4E0XA 4H8IA 1FQCA 2DS9A 1B7HA 1WVJA 1MXYA 2XXQA 5M2VA 2PMSA 1II5A 4U4XA 4R2FA 1D9YA 1J1NA 4H67A 3C34A 2ZNSA 3ONMA 4H6DA 4JSOA 3TYHA 2Y84A 4R6KA 4EXLA 1CB6A 1SBPA 3THIA 3CG3A 1SD3A 4HW8A 3H3GA 4OERA 5ICQA 3SEUA 1MPCA 2O1MA 3FVNA 3H6VA 2XXRA 4JWOA 1S50A 3MPLA 4G68A 3G3FA 3VVEA 3SEVA 1MPBA 1HSLA 2GFEA 1GGGA 1PC3A 5JEIA 2OZZA 4NF8A 3IB1A 2IEEA 1YTVA 3EHTA 3S9LC 4G2ZA 1QUKA 4YMAA 1AOVA 3W9WA 1Q1KA 4RK2A 1A7LA 4F29A 2O84X 1MQJA 5HPQA 1NMUA 1I69A 2G93A 3ECRA 1SQYA 1XC1A 4H5GA 5I2NA 5I58A 1MQHA 1UTHB 1IITA 3H6WA 4GLIA 5TU0A 4JWXA 5KCJA 2PVUA 1SW4A 5I58B 3HCQA 3B6WA 1SW1A 3LR1A 4DDDA 5CBRA 3MZ9A 2NXOA 3RTFB 1JQFA 3U1OA 1QW0A 4DZ1A 1IXGA 5I57A 3FV1A 5L9SA 2Z23A 4EXKA 4BDOA 1IXCA 2D21A 2H4IA 1HSEA 5H8FA 3KSXA 2PBWA 3O29A 3PV0E 3FJGA 2H98A 1XT8A 1M5FA 3EHUA 3MJNA 3C32A 2B3BA 2XXHA 1NKXA 4XKPA 2ALUA 4U23A 1B4HA 2A5TB 2RCAA 1AMFA 3HN0A 4XKRA 3QSLA 3KFMA 3G3GA 4LQ5A 4QFPA 3TMGA 1F9BA 1BP5A 2A5SA 3O6HA 1H43A 1LCFA 1YCJA 2DP8A 3TTNA 1VFDA 4QF9A 5FHMA 2DE3A 1O7TA 3CFXA 4GOTA 1Z7NE 5AA2D 5HM4B 3CRBA 4NWCA 4YMBA 2ONSA 3D4CA 4UACA 5H8SA 4F3GA 1LFIA 3EN3A 2O7IA 4LQ2A 4O3AA 2V3TA 3TCGA 2AL4A 4M4GA 3HHGA 3S9NC 4JBZA 2RC9A 2QRYA 3PPRA 2H9BA 3JV9A 3MBPA 4C1UA 1B6HA 4F39A 1AL3A 3KZGA 5H8HA 3RQTA 3FD3A 2NVUB 4I1DA 3RNNA 4C1TA 1Y4CA 2XXTA 4GVOA 4NF4A 4OFLA 2VD3A 2F97A 1FQAA 4ELOA 4F1UA 5J1DA 4OETA 1B3EA 3JZJA 4H5FA 3TELA 1TFAA 4FEDA 5LOMA 1ZBMA 4GF8A 2HFBA 2XXYA 4NE4A 3M3LA 3ILTB 1I6AA 1MM7A 3FJMA 4R75A 3U92A 2R6GE 2D5WA 2X7PA 3VV5A 1JW1A 1N7WA 1QUJA 4Q5TA 2Q2CA 4X1DA 4OHNA 4K3FA 2Q8JA 1Y20A 2REJA 3K00A 3CI8A 4G68C 2GHBA 4XKQA 1B7ZA 2FNCA 1US4A 4QFOA 3QYTA 3RT6B 2NWJA 1NFTA 3IB2A 4RK9A 5KZTA 4EQBA 1P1NA 3CIJA 5I56B 1USYH 5L8DA 1MQIA 2YPNA 1JW5A 3OEMA 1IIWA 1WDNA 3OSRA 3FJ7A 3C31A 3I5OA 3TQLA 1MXVA 3RUMA 3LSLA 4ZEDA 2H5YA 2QMWA 4EDPA 2XX8A 1LAHE 1FW0A 3S4UA 2ESNA 3IOVA 4ZE9A 1B0LA 4OTEA 2I0BA 3MW0A 4C0RA 2RF1A 3TUSA 3FXUA 4E0WA 4ZS9A 4R2BA 1FTLA 1SDXA 3FV2A 4QFLA 1MM6A 3IAZA 2HXWA 3U72A 1LB9A 3EHSA 3G3IA 3KBRA 4IY6A 4OYVA 4LZ7A 5EHSA 1SI1A 3T66A 2OLBA 1R1NA 3GXAA 3PU5A 2ZYOA 4ZEKA 3SEYA 3A3CA 3G7WA 1POTA 4H65A 4KYSA 4EQ9A 3VXBA 1IXIA 3H03A 2IA4A 2OCUA 1SVXB 4FIMA 3IOTA 4DXUA 3CSGA 1N3XA 4YB5A 3N6UA 1S9TA 2B3FA 2G29A 2OK2A 3RPWA 1A54A 2P2AA 4DXBA 2GRVA 2HZLA 2V25A 3L6HA 2DWIA 2I3VA 4RNSA 3MP6A 2UVGA 3KG2A 4Z7EA 2PX1A 1A8EA 3PMWA 1ATGA 4F3PA 2ONKE 4NMYA 3KN8A 1ZJLA 4OEUA 3G3JA 3T9XB 4AB6A 5AA2B 2I48A 4YKKA 3E13X 1RKMA 3CR9A 4X1BA 5JTYB 1IZ1A 1TWYA 4GWOA 4KCDA 1GVCA 4PFYA 2I4BA 5DTBA 4BDQA 1Y1MA 1LSTA 4RPNA 4F19A 3TDJA 3OO7A 2QS2A 4MFIA 3MVWA 1LFHA 4ZDMA 3K0VA 3FXQA 1EU8A 2RKMA 3OSQA 5DT6A 2W7YA 2RCBA 3H6TA 3OO9A 5TP9A 3VLUA 1OVBA 1B3HA 1EZOA 3O2AA 4OVJA 2Y7RA 1MXXA 4YKIA 5EYFA 5CBSA 3OEKA 2HZKA 2PYYA 1UTBB 3EQ1A 5A5XB 5I84A 2OWTA 1B0HA 2Y7WA 2QS1A 4H0WA 3VLVA 4RA1A 3SERA 1JETA 3G3KA 2XHDA 3KJTA 3C36A 4DCXA 2ZNTA 3GLBA 1P1QA 3K4UA 5F1QA 2THIA 5KCJB 2F35A 3OXNA 3L6GA 2DWJA 1B46A 2CMOA 3CFZA 4YB6A 5ITPA 3FUZA 4KD5A 4NWDA 5ELVA 4IO2A 1MS7A 1RYOA 2HEUA 3PPOA 2X7QA 1GV8A 2O68A 4RJZA 3BBRA 3VXCA 4PQJA 1URGA 1A40A 1MXUA 4ZECA 1AH5A 1VE4A 1JW4A 2HQ0A 2F8DA 2Y7PA 2ZYNA 2V93A 3O6IA 3U8QA 1JVXA 2E0SA 3Q25A 4H8JA 2AYSA 1Y4TA 4FECA 4IO6A 4KFQA 4KCCA 4MF3A 1B3GA 3HHFA 4FATA 5A5XA 1UQWA 5CMCA 5L9MA 3H4ZA 3CG1A 3IORA 3B7DA 1YPNA 1ZTYA 4EUOA 1LLSA 3SEWA 2DWAA 4IO5A 4F3BA 1B5HA 5EHMA 5TP9B 4NF6A 2H99A 2I3WA 1MRPA 3IL1B 1D4NA 1ELJA 3R26A 4OXVA 4XIGQ 1JNFA 1B51A 4KR5A 2Y7KA 5AA1A 4YKJA 2CZLA 3HO7A 4FAJA 5AA2A 5CC2A 2XD2A 1Q35A 1UTHA 1FQBA 1L5TA 3UGWA 1UIVA 4F1YA 3V83A 3RN8A 4G4PA 1DMBA 1SYHA 3PD8A 2QSXA 4N07A 1MY1A 1EZPA 5BUUA 2F78A 2I58A 2UVJA 1MPDA 2M8CA 3VFJA 4MLQA 3QXMA 2Q88A 4WEPA 1DSNA 2OJTA 3H6UA 3O6GA 5CMKA 2I49A 3FATA 2VGQA 3I6VA 2FA7A 2P0SA 5H8QA 3U93A 2I6EA 4TQUQ 3DP8A 4MBPA 3RGYA 4QSCA 1B3LA 3PMVA 1NH7A 3M3FA 4M1VA 3PPQA 2Z22A 4U22A 3OO8A 4ZZEA 1H44A 1FQFA 2XXUA 4R74A 3O66A 3TQWA 4I62A 3UIFA 3UA8A 5I2KA 1SW5A 3C4MA 3IO6A 4OENA 3FVKA 5ICTA 4ZEFA 5FHNA 1FCKA 3OOAA 4P0IA 2X26A 5F7VA 1LAGE 1MQGA 3PGFA 3IB0A 4OQOA 2DOJA 4ISUA 1PBQA 4OWDA 4GL8A 3BFTA 1N0TA 4PFUA 3ZSFA 3BFUA 4LZ5A 3LC8A 4OEVA 4R9FA 5DVIA 1BKAA 3N5LA 4YZZA 1PB9A 4GFRA 2DXYA 4I9DA 1PEBA 4YB7A 1O63A 1R9LA 1WODA 2GHAA 2R71A 3K6XA 3KJ7A 2RC8A 3MVZA 3TFLA 3FVGA 3TCHA 2Q89A 1QKAA 2Z8DA 4XKNA 3VVFA 4O3CA 4N6PA 4RY1A 1URSA 2VP1A 4POXA 4AB5A 5I56A 2DSFA 3K6VA 1TXFA 3P7IA 2XXVA 2XXPA 2Z8FA 4ZEIA 2QS4A 4KI0E 5CMBA 3RT8A 1DOTA 2PT2A 3DP6A 3QK6A 3DLNA 3IX1A 3O9PA 1B3FA 2ZYMA 1Y3NA 3HV1A 4LA9A 4QSEA 3CFLA 3MUQA 3PD9A 4GXAA 5JTYA 1B05A 4LVQA 4IO4A 4RPOA 4R6YA 3LSWA 4GIZA 4OFJA 5DEXA 3TAJA 1MY4A 3F11A 4FEBA 4TOZA 1IEJA 1P1UA 4QRZA 1MY2A 3U94A 3PPNA 1QJMA 4DXCA 1QUIA 1MG1A 3FGSA 1GTKA 3K6WA 3MC2A 3PUYE 3FVOA 4POWA 4YAHX 5FTHA 3SEXA 3TKDA 4IB2A 1MXWA 4ECFA 1OIBA 1B2HA 2V84A 3KSJA 3CSBA 3BKIB 3OENA 1MH3A 3B6QA 2KLFA 3S9MC 1A55A 2I4CA 3S2VA 3DP4A 1H45A 2QPQA 3VE1B 1A8FA 4JXIA 3MP1A 1GR2A 4F22A 1OLAA 4WXJA 3UORA 3SDFA 1EZ9A 2QJEA 2BJJX 1VFEA 1QKBA 1LB8A 1MH4A 2QL3A 2UYEA 2ZYKA 3WAFA 1OQGA 3RTWB 1LFGA 1M5DA 1FQDA 1B40A 3FIRA 2QS3A 3C33A 3IJXB 3CVGA 1M5CA 1M5EA 3QUJA 4RYAA 1PB8A 2HAVA 1USYE 2DVCA 1OQHA 3TODA 5H8NB 2DYXA 5I2KB 1B5IA 3MP8A 3N26A 3MVYA 3RY3A 2O6AA 3KOSA 1IUDA 1N04A 2F36A 4N13A 2H25A 2XXWA 3TCFA 1D3KA 1ZIUA 3A3UA 5H8FB 3VVDA 3MVXA 1BTJA 1M5BA 1FTKA 1LAXA 2VHAA 4P0GA 4PETA 4F2QA 4KYEA 1NNKA 2XXIA 3A09A 1ANFA 1LAFE 2XX9A 1SYIA 1JVYA 2UVIA 3AXFA 3MWBA 3PUZE 4KYDA 4EF1A 4QSDA 1P1OA 1B5JA 2D3IA 4Q0CA 2VOZA 1B7UA 1XHYA 3IO4A 3M8UA 4GRKA 1LGBC 1I6QA 4NF5A 1Y1ZA 1OLCA 3H7MA 1H3DA 5I2NB 2I0CA 3IR1A 3Q27A 3EPEA 2Q9TA 3Q26A 4ND9A 5TPAA 4F1VA 4X48A 1IXHA 4JSDA 1Z7ME 5DVJA 3O97A 1UIUA 4JWYA 5CI5A 5FHOA 1ZLQA 1OVTA 3N94A 4IY5A 4XXUA 3SESA 3TTKA 4EQ7A 2DWHA 4Z0IA 4BDRA 3GBAA 3TTLA 4EF2A 1I6BA 3MZBA 4FORA 4P11A 3FXRA 4YU0A 4NEDA 3PMXA 4UA8A 4NF6B 3K1PA 3T9VA 4NF8B 4IO7A 4G68B 4PFWA 3FASA 5DVFA 2UYFA 3G3HA 4TLLB 5H8HB 1A99A 3ILUB 5KDTA 2E1SA 1H76A 1PDAA 3C35A 2O69A 4THIA 2ONRA 2ZXTA 1AIVA 4PFTA 1N76A 1RYXA 4U1OA 1YAEA 3Q28A 4WKMA 1ZU0A 2QMXA 2UXAA 3O28A 3SKPA 4QHQA 5CM6A 1Y9UA 2F5XA 4MLVA 2O51A 2O7UA 4JDFA 3TTRA 1R9QA 4FE8A 1R6ZA 4Q8RA 3ZS6A 4ONYA 1FTJA 3E9XA 3HPIA 5I59B 5I59A 2DE4A 3TEPA 3T93B 3PUWE 4YKPA 1LBCA 4DLDA 4OFOA 4QFKA 5IKBA 2OWSA 3FZVA 3UN6A 4DE8A 4ESXA 2F6GA 1JEVA 1UTBA 3V8XB 4DCYA 5KDTB 2AL5A 1ZMGA 1QULA 2A5TA 4G8HA 5AA4B 5ITOA 2XXXA 3SETA 4HCYA 3S9EA 4AQ4A 5L9OA 3C9HA 3USDA 3LUYA 4LUBA 4ZE8A 1QVSA 3VDFA 2DXRA 4U4SA 3WAEA 1NL5A 2NOOA 3GZGA 1MY0A 3MQ9A 1JEUA 3PUXE 4HS7A 5I57B 3TTMA 5TPAB 2V3UA 5ISUA 3N6TA 3RLFE 1P99A 1HSJA 4NF5B 4O3BA 4WEDA 1NNPA 3JYRA 4ELPA 4U21A 4PE5B 4LP2B 1TFDA 1T0KA 1Y3PA 4IO3A 2Y7IA 1SW2A 4GQOA 3I3VA 4GD5A 4BLAA 2DE2A 1XVXA 1FTMA 4NTLA 3IOWA 5CMMA 1SI0A 4GXSB 5K2YA 4R73A 1CE2A 3HSTA 3K6UA 3T96B 1ZKBA 2B65A 2R9JA 4U2RA 2PT1A 3K2DA 3OELA 4TLMB 4X9TA 4DIGA 2REGA 3W15C 3TPAA 4GL0A 2ZMBA 4KPTA 1VSOA 3IJOB 3B6TA 2NUVA 3GBBA 3UK4A 4IGRA 4RXLA 4PP0A 3LBSA 3KN3A 3IK6B 3R6UA 2F7AA 2P1SA 4ZZAA 1O64A 2Q2AA 3D4GA 4F18A 2F7CA 5H8NA 2RINA 2FYIA 1LBBA 1MY3A 3KEIA 3ODBA 4H1XA 1B4ZA 4FJPA 3V89B 4HTGA 1LCTA 1DTGA 3V5AA 3R7XA 2F7BA 3EF7A 4ESWA 2V3QA 3LSXA 1NNFA 3QIMA 3VLWA 1P1WA 1N84A 1BLFA 2AIXA 1DPEA 1MDP1 5FTIA 4I8CA 1DPPA 2HAUA 2HCAA 2OBGA 5HBCA 2YJPA 3MAMA 5CRYA 4ZEBA 2UVHA 1US5A 5K2XA 1EH3A 5JK4A 1B1XA 4LONB 2ABHA 4G77A 5H8QB 5B7DA 3DELB 3KGCA 3OMBA 3PUVE 3UP9A 2ZNUA 1XOCA 4JB7A 1TT1A 1B1HA 2F34A 2GH9A 3T9UA 3W9VA 1URDA 2XD3A 3ZKKA 3MPKA 1MXZA 2LAOA 4BDLA 1VR5A 3ZKLA 4R9GA 1OMPA 3KN7A 3QAXA 4HCWA 2YLNA 4L17A 3MZ1A 1XS5A 4OMBA 4XTCQ 1PB7A 5BWJA 5DEXB 4YICA 4F3SA 3QUFA 4ELRA 5IAIA 3TZAA 1S7YA 1POY1 4LATA 4LZ8A 4Q30B 3K02A 1FTOA 1MQDA 1NNTA 4IGTA 3K1MA 3OD7A 4OZ9A 4KHZE 2XX7A 3PPPA 4G8NA 1PBPA 1XVYA 3H06B 2RC7A 3M3KA 3LSFB 3Q29A 4BDMA 2VD2A 3KOTA 4NF4B 1Y3QA 1NH8A 2F6PA 4QFNA 1FQEA 5B70A 4KQPA 4BDNA 3K1NA 3IOUA 4OESA 1B9JA 1KWHA 2O1LA 4R72A 3T9HB 2DQVA 4U1ZA 1DTZA 2DVZA 3OO6A 1IQ7A 3K01A 1D9VA 5AA4A 1MDQA 1N7XA 1N3WA 4R6HA 3DM0A 1B32A 1BIYA 4G8MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AC4A 3E4RA 3EKIA 2CZKA 3MSTA 4PAIA 4R2EA 4PTKA 1WVJA 2ENHA 2CEXA 2RSIA 2Y84A 4EXLA 2UXDE 3THIA 4F54A 3IFAA 5ICQA 2WBTA 1MPCA 1XI6A 4G68A 4HE2A 1NV4A 4JVIA 2OZZA 3IB1A 4H46A 2JXPA 4N8YA 2EPXA 1MQJA 4PGPA 3HXLA 2G93A 1XC1A 1UTHB 3H6WA 2MKZA 2PVUA 2EM6A 3OMLA 1RC7A 2V83A 2NXOA 4OVRA 2Z23A 3EPHA 2EM7A 2H4IA 1M5FA 3C32A 2XXHA 2LBSB 3HN0A 3KFMA 1BP5A 3O6HA 1H43A 2DP8A 3TTNA 4QF9A 4BBYA 5FHMA 1EYJA 2B4LA 3T1YE 2YSPA 3KZZA 3D4CA 3EN3A 3TCGA 4LF8E 4M4GA 3T1HE 4JBZA 4NQ8A 3JV9A 1UILA 1AL3A 3KZGA 5H8HA 2NVUB 1YZ0A 4DV1E 5T6JA 1Y4CA 2PFZA 2EN3A 3JZJA 4FEDA 1ZBMA 4GF8A 2HFBA 4NE4A 4M30A 2BJIA 3U92A 2R6GE 2X7PA 4UABA 3ZOQB 2DGCA 4OHNA 2WBBA 2A25A 2GHBA 2NWJA 1NFTA 4IJDA 3HPSA 1P1NA 5I56B 1X47A 3OSRA 2H5YA 2QMWA 1G2FC 2XX8A 4NN3A 1FW0A 3S4UA 4OTEA 3TUSA 2N3GA 3FXUA 1FBDA 3FV2A 4QFLA 1LB9A 2R8TA 2OLBA 1R1NA 1FBHA 3A3CA 3G7WA 4EQ9A 3LMLA 3VXBA 2OCUA 4LFBE 3CSGA 1T4OA 2G29A 2V4CA 5A2QC 4L8NA 2DWIA 4RNSA 2LE2A 4QBAA 4KXPA 3PMWA 2LCEA 2M1SA 2FTXB 1PJTA 2EOEA 3VYXA 1LEVA 5JTYB 1IZ1A 4PFYA 4BDQA 2EM5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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