4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
3U1OA 3VXBA 2DWHA 3DELB 3CRBA 2A5SA 2P0SA 2QS2A 4ZZEA 5H8HB 1NH8A 1VFDA 3O29A 1JW4A 1PB9A 5CBRA 1OMPA 1LBBA 1SD3A 4JSDA 4U4XA 3OO7A 4KCDA 1LSTA 1B51A 5KCJB 2GRVA 1UTBB 3PGFA 2ESNA 3KEIA 3Q26A 4ND9A 1B32A 1JNFA 3FJMA 3SEVA 1UIUA 4ZS9A 4I8CA 2IA4A 2FA7A 1ZMGA 3S9EA 2O1LA 2ZXTA 1QKAA 4MLQA 4G8MA 5JEIA 3E4RA 4F1YA 4NE4A 4Q0CA 4WXJA 4H8IA 2AL5A 1RYOA 5AA3A 2V3UA 2XD3A 4QFKA 2HQ0A 3LSWA 4KD5A 2DP8A 3MP1A 3DLNA 3T9UA 4DIGA 4NTLA 3GLBA 3PUXE 3FXRA 1P1UA 5I56A 3THIA 4ZE9A 4GF8A 4O3BA 1PBPA 1B0HA 3BFTA 1P99A 4GXAA 4NF5B 3C33A 1DTGA 3Q25A 2R6GE 3CFZA 5F1QA 4OZ9A 1MXYA 2DQVA 4OESA 1S50A 4NWDA 4ONYA 1B4ZA 3HHGA 3PPRA 1PEBA 4R73A 1BP5A 1GGGA 2H99A 1TT1A 1EZ9A 1TFAA 2B3BA 4RYAA 3G7WA 3V5AA 1N0TA 1I6AA 3ZSFA 3CR9A 3MP6A 2NUVA 3G3IA 3ZS6A 1DTZA 5L9MA 4OFOA 4OHNA 3RTWB 2UYFA 2VHAA 2Z23A 3L6HA 3QUJA 4JWXA 1MG1A 1JEVA 2LAOA 4DDDA 3OENA 5TP9B 5AA2B 1FQAA 3SEYA 1LB9A 2XXPA 1SVXB 3TELA 2BJJX 4KCCA 2RCBA 1R1NA 4GL8A 2CMOA 5CI5A 1Y4CA 4YMAA 3JYRA 1UIVA 2OK2A 3H6UA 1ZU0A 3PPOA 4KFQA 1MM6A 5J1DA 3MQ9A 3FATA 5EHMA 1PDAA 2NVUB 4Z7EA 2I3WA 3K0VA 1LAGE 1B1XA 3SEWA 3DP4A 1II5A 3KSJA 3F11A 1XVYA 4EXLA 1BTJA 1A8EA 3W9VA 1VFEA 4IB2A 3VFJA 3MUQA 4R9FA 2W7YA 2F7CA 2A5TA 4AB6A 2H98A 3HN0A 4GD5A 3RT6B 3W9WA 5DVJA 5FTHA 4AB5A 3VXCA 3PU5A 2F7BA 1T0KA 2XXVA 4EQ7A 2G93A 3OD7A 3QK6A 3RPWA 4DXUA 4GOTA 3TAJA 1SI1A 1FTJA 3KZGA 4X1DA 2DE3A 3MZBA 5CBSA 4OENA 3O2AA 2NOOA 3TEPA 2R9JA 3GXAA 3ONMA 4ZZAA 1QKBA 4MH5A 5AA2D 2Y7KA 1H43A 4G77A 3D4GA 4LP2B 4M1VA 3V89B 3BFUA 3O6HA 1SW1A 3EHUA 3EQ1A 5H8NA 3N26A 2V84A 4NF6B 3ZKLA 3TQLA 3PV0E 5M2VA 3FZVA 1Y1ZA 4PETA 4X9TA 4R74A 3QYTA 4FEBA 1M5EA 4ZEIA 3KFMA 3KN8A 1NKXA 3H6TA 1N76A 4YKKA 4LONB 3IOWA 2Q88A 4ESWA 5HM4B 1IEJA 3TTLA 3O6GA 1NNFA 2OLBA 3IOUA 1FTKA 1FQDA 4C0RA 5H8QA 3ZKKA 4M4GA 3TODA 2O69A 2REGA 3HCQA 2UVHA 1DPPA 2V93A 5JTYB 4QFLA 4DE8A 3RTFB 2DWAA 2Y84A 3VLWA 4JB7A 4XKQA 2O84X 2P1SA 4PE5B 3G3JA 4NF8B 1PB8A 1SW5A 3RUMA 1NFTA 4KYDA 1HSJA 3I6VA 2PYYA 3D4CA 3CIJA 2ONRA 5H8HA 1Y4TA 3UGWA 4HS7A 4IO2A 1R6ZA 5KCJA 3SDFA 1UTBA 3KBRA 1MS7A 1CB6A 4X1BA 1URSA 4GVOA 3MAMA 3C4MA 2PVUA 3HO7A 2NXOA 1MXXA 1I6BA 4N07A 1N04A 4F3BA 2ZNUA 5I59B 1H45A 3MP8A 3FVGA 3LSXA 4BDRA 4DXBA 3TDJA 3CI8A 2HZKA 3G3HA 1MPCA 4EF2A 1USYE 4Q5TA 4ZEDA 4F18A 3M8UA 4IO7A 1B58A 2UVIA 1MPDA 1AMFA 1B7UA 5DEXB 1RYXA 2D21A 1IUDA 3IB0A 3FD3A 1FQCA 3OXNA 5CMKA 1Z7ME 4EF1A 2XHDA 2HFBA 1USYH 2D3IA 1N7XA 4DXCA 2O68A 1JETA 2VP1A 2HEUA 3L6GA 1KWHA 4DLDA 1O7TA 4NF5A 1LFIA 5A5XB 3K1MA 3H6WA 3OMBA 5EYFA 1LBCA 4QFOA 4R75A 5DTBA 4GRKA 3LSLA 3K1NA 3QIMA 5I84A 1B5JA 3FVNA 4H67A 3T66A 1MY2A 4HTGA 1MDP1 1B3HA 3KGCA 2D5WA 1QUKA 3U93A 3RGYA 4BDQA 2Y7WA 2ANJA 1HSEA 3ECRA 5FHOA 4ZE8A 1OLAA 3GBAA 1NMUA 2F6GA 4JWYA 1ELJA 3H06B 4I62A 1UTHB 2F6PA 3DP6A 2ZNSA 2ABHA 3IO4A 5TP9A 4ZECA 1M5CA 5AA2A 1LLSA 1R9LA 3VE1B 4G8HA 3H3GA 2FNCA 3TKDA 2I0CA 1NNTA 1M5BA 2WKYA 4NF4B 3M3KA 3PPNA 1OQGA 1B7HA 5BUUA 3ODBA 3W15C 3AXFA 4FECA 4F1UA 3Q28A 2O7IA 5BWJA 4EQBA 2ZYKA 2I48A 1LGBC 4YICA 2DSFA 2F8DA 2XD2A 1UQWA 4GXSB 5B70A 3G3FA 4OFJA 1POY1 1EZOA 4PFUA 4LQ5A 2UVGA 4YAHX 3IR1A 1JVYA 3H7MA 1O64A 3UIFA 4LATA 5I2KB 3CG3A 4EXKA 1D3KA 1LCTA 2ZMBA 4Q30B 4KR5A 4YKIA 1N84A 1B5HA 2QS3A 4THIA 2YPNA 4R6HA 2DVZA 4I9DA 3MZ9A 3PMXA 5KDTB 1N3XA 1ZBMA 1O63A 4XKPA 1MM7A 4H8JA 1A40A 4RK2A 1GV8A 4JDFA 1P1QA 4LA9A 3S9LC 1MH3A 1Y3PA 2ZYNA 2ONSA 4BDNA 3TPAA 2Z22A 1B4HA 4FEDA 1B46A 2OWSA 3T9XB 3T93B 2GH9A 1YTVA 1MDQA 4F3PA 2XXUA 1URDA 4NWCA 4ZEKA 4NF6A 4WKMA 4H6DA 2UVJA 3EF7A 4RPOA 4LQ2A 2DWIA 1XC1A 1DSNA 1M5DA 2Q2CA 4U2RA 1FW0A 3LR1A 3TTKA 3C34A 4IY5A 5ISUA 4AQ4A 3HPIA 1XT8A 1IITA 3TCHA 3MW0A 2GHAA 1VR5A 4UA8A 3OOAA 3FGSA 3MVYA 5ICQA 3CG1A 3LC8A 1SDXA 3E9XA 4RA1A 4HCWA 1IQ7A 2RINA 3B6WA 1POTA 4KYSA 4F2OA 3UA8A 5DVFA 1Y1MA 3Q27A 5JTYA 1AOVA 4PFWA 1EZPA 2I4BA 4KHZE 3C31A 1N7WA 3B7DA 3BKIB 2G29A 3VVEA 4NF8A 1S9TA 3LUYA 4H0WA 4RJZA 1R9QA 3WAEA 4H5FA 3C36A 4F3GA 3N94A 1US4A 2QPQA 3OSQA 2DS9A 3TCFA 3E13X 4QFNA 3TTRA 3PUYE 3TZAA 3PUZE 3KJ7A 3VLVA 3MBPA 3IOTA 2V3TA 5I58B 3O28A 4ELOA 1A99A 5I59A 2OBGA 4P0IA 2ONKE 5H8SA 3H03A 2RCAA 3MVZA 4QSCA 4XKNA 3K6UA 4RXLA 1FCKA 5DEXA 4E0XA 1JW1A 1P1NA 3RT8A 1FTMA 4GQOA 1N3WA 5I2NB 3ILTB 1MRPA 1MY3A 3P7IA 3O66A 3EHTA 4OERA 2VD2A 4BDLA 1B2HA 5ICTA 1MH4A 2E1SA 5CMCA 2I0BA 4OXVA 4F39A 4ELRA 3M3FA 5A5XA 5TPAB 1JVXA 1H3DA 4ZEBA 3C9HA 1YPNA 3S9MC 4IO4A 5HPQA 1ZJLA 3MC2A 1Y20A 4F31B 3FVOA 3FXUA 4GIZA 1Y3QA 3MVWA 4ISUA 1Q35A 1EU8A 4YB6A 4X48A 1D4NA 4EDPA 4BLAA 5FTIA 1MQGA 3SEXA 2DOJA 2DVCA 3KN3A 3FASA 4KQPA 3B6QA 1SYIA 1B3EA 2RC7A 3KOSA 2RF1A 3E3KA 4TOZA 3IX1A 4Z0IA 4G68C 4OWDA 1UTHA 2AL4A 2VOZA 2DWJA 1MQHA 3QUFA 3PMVA 4H65A 3SEUA 1WVJA 1TXFA 2PX1A 2O7UA 3FV2A 2DE4A 3A3CA 2F34A 3TUSA 2ZYOA 3K00A 2XXYA 1FQBA 1TWYA 4R72A 3N6TA 5TU0A 2F35A 3K4UA 4ZDMA 4MBPA 3K6XA 1P1WA 3MWBA 1S7YA 4NF4A 1MY4A 1GTKA 5FHNA 4OYVA 4XTCQ 3RQTA 3RY3A 3DM0A 1VE4A 1PB7A 4OEUA 2V3QA 1SYHA 1SI0A 1B3LA 1ZKBA 1H44A 4PFTA 4FORA 2ALUA 3UORA 2YJPA 4KI0E 4PQJA 5I2KA 1OVBA 3O6IA 3U72A 2F78A 2B65A 3CVGA 2QMXA 2HXWA 3KOTA 3FJGA 4HCYA 3SETA 1Q1KA 3OO6A 3C32A 3GZGA 3SERA 2X7QA 4Q8RA 3IOVA 1MXZA 1SW2A 3UN6A 5KDTA 2M8CA 1LAXA 5AA4B 3VVFA 5CC2A 1FTOA 2HAVA 2QJEA 3FV1A 4YB7A 1LFHA 3EHSA 1H76A 4QSEA 1LFGA 3K1PA 1MXVA 4I1DA 2Q8JA 1LAFE 1JW5A 2XX9A 1MQDA 4F29A 1YAEA 4N6PA 1DMBA 2Q89A 4DCXA 3KJTA 1JEUA 1DOTA 3RN8A 3V8XB 2XXQA 2DXRA 5CRYA 1NNKA 4QRZA 4U21A 1Z7NE 3IL1B 3PD8A 3PUWE 1MPBA 5K2YA 3OEMA 5L9OA 4OTEA 2XX7A 2Y7PA 1OVTA 1B9JA 3T96B 1IXCA 1TFDA 4NEDA 3K6WA 2AYSA 2UXAA 2XXRA 2H5YA 3SESA 1Y3NA 3S9NC 3FUZA 1Y9UA 3R6UA 3IORA 4H1XA 5IKBA 4RY1A 1CE2A 1MXWA 2QMWA 1QUJA 2H25A 3HSTA 2Q2AA 1BKAA 4F3SA 4ZEFA 4RK9A 3SKPA 1XOCA 4KPTA 1AH5A 4LVQA 5DT6A 2F97A 4R9GA 3LBSA 4FE8A 2OWTA 3OO9A 3CSGA 2RC9A 2X26A 2XX8A 1B7ZA 1D9YA 1B05A 4DCYA 2IEEA 2I4CA 3FVKA 5B7DA 1NNPA 5CM6A 4IO3A 3WAFA 3HV1A 3IK6B 4ECFA 4N13A 5HBCA 1MQJA 2PT1A 3TCGA 3MPLA 2F36A 1B1HA 5I58A 3UP9A 4G68B 4BDOA 3VLUA 3A09A 4E0WA 3OO8A 4F2QA 1QW0A 2XXWA 4YKJA 1AIVA 3K01A 4U1OA 5I57B 4FIMA 4IGTA 2XXIA 1B3GA 4ELQA 3QAXA 2V25A 3MJNA 1XVXA 4F19A 4G2ZA 5I2NA 3DP8A 1D9VA 3IAZA 4JBZA 4RNSA 1OQHA 4GWOA 4O3AA 5ITPA 2QRYA 3LSFB 3OELA 3FJ7A 3T22A 4YB5A 2HAUA 3R7XA 1URGA 4JXIA 4QSDA 5TPAA 5K2XA 5H8FB 4IO5A 4R2FA 4TQUQ 4WEDA 2I49A 4JWOA 3JV9A 4EQ9A 1PBQA 1IXHA 4F22A 3N5LA 1US5A 3M3LA 4IY6A 3R26A 4FAJA 2XXXA 2VD3A 4P0GA 1DPEA 4R2BA 4IGRA 1F9BA 4TLLB 5LOMA 3MZ1A 1SQYA 1A55A 3IB1A 1EH3A 1QULA 2FYIA 2AIXA 1ATGA 2RC8A 1IXGA 2OZZA 5AA1A 3S2VA 3N6UA 2DYXA 3A3UA 1OIBA 4YMBA 2ZNTA 3K2DA 5CMMA 4ESXA 1B0LA 2P2AA 3QXMA 1OLCA 2REJA 3TYHA 3IJOB 3ILUB 4GLIA 2UYEA 2O6AA 5ITOA 5IAIA 1HSLA 4IO6A 2I6EA 3JZJA 1QUIA 3MVXA 3USDA 5AE4A 2XXTA 4GFRA 1XHYA 4JSOA 4R6YA 4P11A 4LZ7A 1RKMA 3HHFA 5CMBA 1GVCA 4DZ1A 4OFLA 5I56B 5DYHA 3VV5A 4U23A 2B3FA 4GL0A 2I58A 4EUOA 4POWA 4PFYA 5JK4A 3PMWA 1SBPA 3B6TA 4U22A 1J1NA 3FIRA 1P1OA 3K6VA 3PPQA 2X7PA 4FJPA 3I3VA 1B3FA 1MY0A 3BBRA 3VDFA 4G4PA 1FQEA 4MFIA 3U94A 4HW8A 2YLNA 2ZYMA 3TFLA 1IIWA 3KSXA 2Q9TA 1LAHE 2XXHA 2Y7IA 5AA4A 2OCUA 1IXIA 3I5OA 4R6KA 2Z8FA 2F5XA 2CZLA 2Z8DA 2O51A 4KYEA 3OSRA 2F7AA 4PP0A 5FHMA 2KLFA 2RKMA 1B40A 3RNNA 2DXYA 2QSXA 3KN7A 2OJTA 3T9HB 4LUBA 2HCAA 3U8QA 3K02A 4G8NA 3G3GA 4F1VA 1ANFA 2GFEA 3O9PA 1SW4A 3QSLA 3KG2A 2DE2A 1VSOA 4POXA 1NL5A 4BDMA 4RPNA 2H9BA 3PPPA 2Z8EA 4OMBA 4OQOA 4QF9A 5L8DA 1A7LA 1BLFA 1I6QA 3G3KA 1MY1A 1AL3A 1WDNA 1I69A 5ELVA 4K3FA 1FQFA 4H5GA 2E0SA 4XIGQ 1XS5A 1QVSA 2QS4A 2THIA 2PBWA 4YKPA 4TLMB 2R71A 3PD9A 4U4SA 2VGQA 1YCJA 3Q29A 3CFLA 3V83A 2O1MA 3IJXB 2QS1A 2A5TB 3TTNA 3S4UA 2PT2A 5KZTA 4YU0A 1BIYA 4U1ZA 2I3VA 5L9SA 1B52A 5DVIA 4NMYA 2QL3A 4QFPA 3O97A 1M5FA 4MLVA 1QJMA 1LCFA 1JQFA 3C35A 4MF3A 3H6VA 4YZZA 4QHQA 2HZLA 4ELPA 3OEKA 1GR2A 4UACA 1WODA 4O3CA 1B5IA 2Y7RA 3FXQA 5EHSA 2NWJA 3RLFE 2PMSA 5F7VA 1LB8A 3CFXA 4G68A 5H8NB 1ZIUA 3EPEA 4OETA 1A54A 3VVDA 2GHBA 1B6HA 4C1TA 1PC3A 3U92A 3EN3A 5I57A 3CSBA 3H4ZA 3TMGA 1FTLA 3TQWA 1A8FA 4LZ8A 4C1UA 1MXUA 3IO6A 4OVJA 4XKRA 4L17A 4XXUA 1IZ1A 5H8QB 1ZTYA 4OEVA 4LZ5A 2H4IA 3PUVE 3UK4A 3T9VA 1NH7A 3GBBA 5H8FA 3MPKA 1ZLQA 4FATA 1MQIA 3IB2A 3TTMA 4WEPA 1L5TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TUIA 3U1OA 2MDRA 4NG7A 3VXBA 2DWHA 2KHXA 3DELB 1LEVA 3CRBA 2A5SA 2P0SA 2EOJA 2LJUA 2QS2A 1RDYA 4GKKE 4ZZEA 5KL6A 5H8HB 4YHHE 1NH8A 1VFDA 2JWOA 3O29A 1JW4A 1PB9A 5CBRA 1OMPA 1LBBA 1SD3A 4JSDA 4U4XA 3OO7A 2QFLA 3SZPA 4KCDA 1LSTA 1B51A 5KCJB 2GRVA 1UTBB 3PGFA 2ESNA 3KEIA 3Q26A 4ND9A 4O24A 4P7DA 4XEQA 1B32A 2R76A 1JNFA 1G0IA 3FJMA 3SEVA 1UIUA 4ZS9A 2V83A 4I8CA 4OVTA 2IA4A 2FA7A 1ZMGA 3S9EA 5IWAE 1IBME 2O1LA 2ZXTA 4HE2A 2RSIA 1QKAA 2FTXB 4MLQA 1FPJA 4G8MA 4PDDA 5JEIA 3E4RA 4F1YA 4NE4A 4Q0CA 4WXJA 4H8IA 2AL5A 2E1MA 1RYOA 1BBOA 5AA3A 1FTAA 2V3UA 2XD3A 2L5VA 1FJ9A 4QFKA 4F2JC 2HQ0A 3LSWA 2EPOA 4DR1E 2DP8A 4KD5A 2YT4A 3MP1A 3DLNA 4DV3E 1KZ8A 3T9UA 2EP3A 1X47A 4DIGA 4NTLA 3GLBA 3PUXE 2EL4A 3FXRA 1P1UA 5I56A 3THIA 1IBLE 3P1XA 2EOHA 4ZE9A 4GF8A 4O3BA 1PBPA 1B0HA 3BFTA 1P99A 4B3TE 4GXAA 4I3YA 2L2KB 4NF5B 3C33A 5A69A 1J26A 1DTGA 3Q25A 2R6GE 4NX1A 2E72A 3RPLB 3CFZA 2N3GA 2UXBE 5F1QA 4OZ9A 5LMUE 1MXYA 2DQVA 4OESA 2QVUA 1S50A 4NWDA 2R1FA 4X8RA 3KWRA 4ONYA 4OVQA 1B4ZA 1FPFA 3HHGA 5EYGA 3PPRA 2CEXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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