4HTGA

Porphobilinogen deaminase from arabidopsis thaliana
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
302
structure length
302
Chain Sequence
TAIIRIGTRGSPLALAQAYETREKLKKKHPELVEDGAIHIEIIKTTGDKILSQPLADIGGKGLFTKEIDEALINGHIDIAVHSMKDVPTYLPEKTILPCNLPREDVRDAFICLTAATLAELPAGSVVGTASLRRKSQILHKYPALHVEENFRGNVQTRLSKLQGGKVQATLLALAGLKRLSMTENVASILSLDEMLPAVAQGAIGIACRTDDDKMATYLASLNHEETRLAISCERAFLETLDGSCRTPIAGYASKDEEGNCIFRGLVASPDGTKVLETSRKGPYVYEDMVKMGKDAGQELLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Porphobilinogen deaminase, chloroplastic
publication title Insights into the mechanism of pyrrole polymerization catalysed by porphobilinogen deaminase: high-resolution X-ray studies of the Arabidopsis thaliana enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 96
structure length 302
sequence length 302
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2012-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4htgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4htgA02
5CMKA 1MG1A 3A3UA 4HTGA 1D9YA 3GZGA 4IO5A 5CM6A 3FVNA 3IR1A 3N5LA 3K6XA 4YB6A 4TLLB 2M8CA 2YJPA 1DSNA 3K2DA 4KFQA 1FQAA 4U4XA 5CBSA 3OSQA 1FQEA 1D4NA 2VOZA 2ONRA 1OLCA 1B7HA 2AYSA 1GTKA 1IXGA 3FXUA 4QFKA 5F7VA 4IO4A 1SBPA 4GFRA 1SI1A 1D3KA 1N84A 3SKPA 1MS7A 4BDMA 3PUWE 4KR5A 1UIVA 3C34A 5H8NA 4QF9A 1Q35A 2PX1A 3CRBA 4KCCA 4DXBA 2F7BA 2Y7RA 1SW4A 1OVTA 4MLVA 2Y7KA 4PETA 1JVYA 3ZKLA 1I6QA 4OTEA 1OMPA 3T96B 3CSBA 5JK4A 2H98A 1IITA 3HHFA 1BKAA 3PMXA 3CFLA 1WDNA 4POWA 3KN7A 3PV0E 1B05A 4R6HA 3A3CA 2Z8DA 3OO7A 3G3KA 4YAHX 4F3GA 2X7PA 4OEUA 1NNFA 2D21A 2QMWA 3V89B 3BFUA 4I62A 1N76A 1EH3A 4TQUQ 4KYDA 4NF4B 1LBCA 3IL1B 4QFPA 3TYHA 1NFTA 4H0WA 3U72A 3H4ZA 4FECA 1USYE 1B52A 1LAHE 2F78A 3O2AA 2RCBA 2DQVA 1NNKA 1S9TA 2NOOA 2IA4A 3FJGA 5A5XB 1M5BA 1OQGA 4X1BA 3FXQA 1PEBA 2OZZA 1LFHA 1LLSA 3DELB 4JWYA 3RQTA 4XKPA 1TFDA 2F8DA 1SW5A 3IOVA 4UACA 2CZLA 5HM4B 4M4GA 4YKIA 3EHUA 4U1OA 4JWOA 5CRYA 1VFEA 5B70A 4BLAA 3IOUA 3G3FA 4AQ4A 4G77A 3TTKA 4ESXA 2Q2CA 1ANFA 4PP0A 1ZKBA 4ZEBA 1H3DA 5AA1A 1R9QA 3PMVA 3T66A 5EYFA 1IEJA 4POXA 4QFNA 4H6DA 5EHMA 1TXFA 4YZZA 3KOTA 5B7DA 3CIJA 3CI8A 1QUIA 1DTZA 5ELVA 4JSOA 1URSA 4FEDA 1MXXA 1R6ZA 3K02A 3CFXA 2O1MA 4PFUA 3B6QA 2Q8JA 2FNCA 3TMGA 2O84X 1JW5A 3T9XB 1POY1 2DS9A 4NF4A 1VE4A 1B7UA 5DYHA 3IO4A 3W9WA 3FIRA 3S2VA 1Y20A 2F5XA 3ONMA 1PB8A 3UGWA 4OFLA 2QJEA 3HN0A 3R26A 3RGYA 1MH4A 5A5XA 3O28A 1TWYA 5AA3A 4WEDA 2DVCA 1FQFA 4P11A 1SYHA 2YPNA 3ZS6A 3K01A 4FAJA 4OHNA 3USDA 1M5EA 1MXZA 1B1XA 4IO7A 4RY1A 3T22A 4Q30B 3Q26A 4OENA 4NTLA 2OWTA 3U8QA 1P1NA 1IUDA 4RJZA 5DVIA 3WAFA 1VR5A 2VD3A 2H25A 3C9HA 3K1MA 2I4CA 2I48A 2DXYA 3S4UA 5HPQA 5CMBA 3MP6A 1P1UA 5BUUA 3Q28A 3PPNA 4LVQA 2KLFA 1MDP1 3HPIA 1NKXA 4R2FA 3IJXB 4HW8A 5TP9B 1LB8A 1A55A 4M1VA 5DVFA 3K0VA 4P0IA 2DVZA 1JW4A 1XVYA 4AB6A 2UYFA 4R9GA 4QSEA 2XXXA 4JWXA 2ZNTA 4RNSA 1BP5A 1Y3PA 5TPAB 1QKBA 3OSRA 4PFWA 4F1UA 1QKAA 3LSXA 3MVZA 3FD3A 4QFOA 2DWIA 2Q9TA 1B6HA 3QIMA 1MY4A 2HZKA 3HV1A 4O3BA 2H9BA 4XKNA 3H06B 3G7WA 4OVJA 2F6PA 5FHOA 4DDDA 1URDA 4YICA 4OYVA 3JV9A 4H8IA 3FV2A 2REJA 4E0XA 1GGGA 1OLAA 3O97A 4Z7EA 1WODA 1Y4CA 1ZBMA 1H44A 2ALUA 3G3HA 1O64A 3M3KA 2XXIA 1N04A 3PUXE 4BDQA 2F6GA 1UTBB 1JW1A 4JDFA 3LR1A 3T9HB 1AIVA 1ZTYA 2O7IA 3SETA 3E3KA 1QUKA 3MP8A 4QRZA 4L17A 3H3GA 5LOMA 2OWSA 1XT8A 4GWOA 3RY3A 2I4BA 5L9MA 2RKMA 5TP9A 5IAIA 1MH3A 3TZAA 1MDQA 1UQWA 3KSJA 4DXUA 2GHBA 1TFAA 4LZ7A 4RK2A 2HXWA 4IO6A 3TPAA 3FJ7A 4R74A 4U22A 4DXCA 4R73A 1B3FA 5I2NB 4ND9A 3QK6A 1SD3A 1Y1MA 4ELOA 1US4A 4R6YA 3SESA 3CR9A 1XVXA 1B40A 4NMYA 4F39A 3MP1A 2H4IA 2XXUA 3FVOA 4N6PA 3IB2A 3TTRA 4LQ5A 5BWJA 4C1TA 5AA4B 2RINA 3MPLA 3N94A 5FTIA 1D9VA 1HSEA 3JYRA 5I57A 2QPQA 1Y4TA 4ELPA 2R6GE 4P0GA 4I9DA 3K6VA 3LSFB 4H67A 3LC8A 1MQJA 1AL3A 2X26A 3SEUA 5FTHA 4NF6B 2Q88A 4ONYA 3QXMA 2O6AA 1MM6A 4EDPA 2E1SA 1AH5A 3PPRA 5AA2A 4MBPA 4XXUA 4PFTA 1LB9A 4ZDMA 1FTOA 3KFMA 4RYAA 1UTBA 1XOCA 3S9MC 2PVUA 3E4RA 4TLMB 3IOTA 3M3FA 1FQCA 1MXWA 4F29A 4IGRA 3TELA 1FTJA 4G68C 4H8JA 2UXAA 2H99A 2I0BA 3OO8A 4C0RA 1YCJA 1I6BA 3Q29A 4MF3A 3O66A 1DTGA 3EF7A 3VXBA 3VDFA 1II5A 4LP2B 3G3IA 5I56B 4YU0A 3LBSA 3Q27A 4WEPA 1SQYA 1MXVA 3U94A 5I2NA 4EQ9A 3FVKA 4KQPA 3EPEA 4EUOA 1RKMA 2NUVA 4O3CA 2DWAA 3F11A 4ESWA 3IK6B 2AL5A 3SEYA 3ECRA 3MC2A 3U1OA 1HSLA 4DE8A 4H1XA 1ZU0A 3HO7A 2REGA 1B32A 3MPKA 3E9XA 5H8FB 4DCXA 4KYSA 4U21A 4BDLA 4ZZEA 2DE3A 3C36A 4C1UA 1NNPA 1XS5A 4NF6A 2UVIA 2HQ0A 1EZOA 1N3WA 2PYYA 3MVXA 1H43A 2RC8A 1SDXA 1LBBA 4HS7A 1QW0A 1N7WA 4H5FA 2G29A 3HHGA 3PD8A 1JEUA 5CBRA 3WAEA 2FA7A 1KWHA 1MQDA 2NVUB 1QUJA 3LSWA 2FYIA 5CMCA 3MJNA 1SYIA 4BDOA 1M5FA 5TU0A 3RNNA 5L9SA 1QJMA 3EHSA 3V83A 2I6EA 2GHAA 4NF5B 3FV1A 1MXUA 1GVCA 4F2OA 3VE1B 2F34A 3RTFB 1LSTA 4DZ1A 3C32A 5I2KB 4OEVA 5JEIA 5H8QB 3PPPA 5JTYB 2LAOA 4GIZA 1Q1KA 3OXNA 4IO3A 1DOTA 3SEVA 4NWCA 2XXVA 4ZEIA 4X1DA 1FTMA 3ILUB 3OELA 4OWDA 2P0SA 2HFBA 3H7MA 4TOZA 3MZBA 4RA1A 3OENA 2V3TA 4G2ZA 4I1DA 4JBZA 3FATA 2XD3A 3H6UA 1NH7A 1Y3QA 4Q8RA 3N26A 3LUYA 2DWHA 1B0LA 2RF1A 4EQ7A 3VFJA 1JEVA 1S7YA 3HCQA 2UVHA 3UK4A 5DEXB 1YAEA 3DP8A 1LAFE 4E0WA 1MPCA 3MZ9A 4Q5TA 4G8NA 3ODBA 3PD9A 2XXTA 4JXIA 2Z8FA 3OMBA 1B5JA 1DPEA 2XD2A 3BKIB 3I5OA 2I58A 3MW0A 2ZYNA 4NEDA 4DIGA 4OZ9A 3EHTA 1POTA 4PE5B 2R71A 1LAGE 5I2KA 3UORA 3CG3A 2OBGA 5H8QA 4G68B 2WKYA 3BBRA 2OK2A 3TCFA 2F97A 1SW1A 4IO2A 1BLFA 3U92A 4GXSB 1FCKA 3DM0A 1TT1A 3C4MA 2V93A 3PGFA 5ISUA 4FE8A 2QSXA 4KPTA 1BTJA 4F3BA 5EHSA 1MPDA 3ZKKA 4R2BA 1N0TA 4GXAA 3T93B 4NF8B 2BJJX 3AXFA 1IQ7A 3QUFA 1MPBA 1A8EA 4GD5A 4U4SA 2V3QA 3K4UA 4FATA 1YPNA 4R75A 3FXRA 3K6UA 4O3AA 1Y3NA 3PUYE 2THIA 3IOWA 3KOSA 3S9NC 2XXRA 4RXLA 1PC3A 4LUBA 5K2YA 1IXCA 2DP8A 3MBPA 3O6HA 4EXLA 2HEUA 3HSTA 3MZ1A 5K2XA 4G8HA 3GBBA 1A8FA 1URGA 3H6WA 5DEXA 5H8HB 1B58A 2UVJA 4JB7A 3PPQA 3R6UA 3IORA 3ILTB 4H5GA 4OMBA 3M8UA 1B5IA 1B51A 4XKQA 2Z8EA 4BDRA 3IB0A 4FJPA 2H5YA 3T9VA 4ZECA 3SDFA 4ECFA 4N13A 5ITOA 1S50A 2DYXA 3PPOA 3V8XB 1ATGA 4N07A 3VVFA 3G3GA 1EZ9A 1OIBA 4F18A 4DLDA 3D4GA 3FZVA 5DTBA 1B3GA 1VSOA 4YKPA 2PBWA 1PB7A 3R7XA 2DE2A 2Z22A 3KN8A 3E13X 4ZEKA 2G93A 2ONKE 5FHMA 4ELQA 1ZIUA 5DVJA 3B7DA 4IY5A 4LZ8A 3JZJA 2ZNUA 2W7YA 4NF8A 5TPAA 1FW0A 2DWJA 5H8NB 2P1SA 3W9VA 1B3LA 3N6UA 3RTWB 3QUJA 1GV8A 3TAJA 1MM7A 4U2RA 4WXJA 1B3HA 1P1QA 4OESA 2ZNSA 1MY2A 2X7QA 1Z7ME 1A99A 4FIMA 3DLNA 3KZGA 1MQIA 4YB7A 4F19A 4G4PA 4YMAA 2I49A 3SEXA 3O6IA 4XTCQ 3FJMA 4F22A 1MQGA 2ESNA 1R1NA 2YLNA 2P2AA 3PU5A 5L9OA 4Q0CA 4X9TA 1XC1A 3PMWA 3C35A 4Z0IA 4RPNA 3CVGA 5IKBA 1A7LA 2DXRA 2ZYOA 3FGSA 4GQOA 1B0HA 4R6KA 5KCJB 3H6VA 2VD2A 2ANJA 1ZMGA 5L8DA 2F7AA 2HAVA 1N3XA 1DPPA 1LAXA 1ZLQA 4KD5A 5KDTB 2OJTA 5ICQA 5FHNA 3A09A 3L6GA 1R9LA 4BDNA 3K00A 1FTKA 3OEKA 2A5SA 4OFOA 4HCWA 4F3SA 1IXHA 1QULA 1NH8A 1Z7NE 4FORA 4F1VA 3SERA 1FQBA 2XHDA 3KJTA 2Y7PA 4X48A 1B9JA 1B46A 3MUQA 4OFJA 3O9PA 1IIWA 3VVEA 4ZE9A 3K1NA 1O63A 3P7IA 4U1ZA 1T0KA 1B7ZA 1GR2A 4LZ5A 5AA4A 1DMBA 3UP9A 2OLBA 3TKDA 3OO6A 2GH9A 3RUMA 3KEIA 3H03A 3K6WA 3UIFA 4F2QA 3TDJA 1LFGA 2DOJA 4K3FA 4OXVA 4NWDA 2Y7WA 1EU8A 1L5TA 2QS2A 2B65A 1BIYA 4U23A 2ZYMA 3TQLA 4XIGQ 2NWJA 1ZJLA 2O51A 4MFIA 3N6TA 3L6HA 1A40A 3C33A 3T9UA 3OO9A 2QS3A 1M5CA 2RCAA 3TTMA 4ZZAA 2XXWA 2VHAA 5KCJA 2A5TB 1Y1ZA 3KN3A 4QFLA 2AIXA 4EXKA 3TTLA 2Z23A 4QSCA 1NL5A 3DP4A 4YB5A 2B3BA 2RC9A 3THIA 3TODA 5KDTA 3IAZA 2GRVA 5ITPA 3FASA 3BFTA 2V3UA 5I84A 2VGQA 1PB9A 4KYEA 4KHZE 3MVWA 1XHYA 4MH5A 4R72A 2PT2A 5I56A 2O69A 1CE2A 1AOVA 3KSXA 2O68A 2RC7A 4OETA 4R9FA 1WVJA 4LQ2A 1H45A 3KBRA 1RYXA 2HCAA 3VV5A 3C31A 2D3IA 2VP1A 5DT6A 4HCYA 3TEPA 5I58B 4FEBA 3CG1A 1B1HA 3MAMA 4GL0A 3KG2A 3D4CA 1I69A 1EZPA 5F1QA 5H8FA 1VFDA 1FQDA 3GLBA 2R9JA 1JETA 3KGCA 5KZTA 2XXPA 1NMUA 1B2HA 5AE4A 1F9BA 5HBCA 1MXYA 3RN8A 3EN3A 4ZE8A 2ONSA 3MQ9A 5J1DA 4F31B 2AL4A 1A54A 4YKKA 1J1NA 3S9LC 2B3FA 2A5TA 4ZEDA 5CI5A 2Q2AA 4EF1A 4GVOA 4H65A 3TTNA 4GL8A 3EQ1A 2QL3A 2F35A 2PMSA 2V25A 3CSGA 1UTHB 4I8CA 4ISUA 4OERA 2PT1A 3GXAA 4WKMA 3RLFE 1PBQA 2ABHA 5I59B 4KI0E 3VXCA 4NF5A 3V5AA 2Y7IA 2QMXA 2NXOA 2Y84A 1JNFA 2XX8A 5JTYA 1N7XA 4G8MA 1MY0A 4LA9A 2QRYA 1B3EA 1O7TA 2QS1A 3UA8A 2I0CA 3ZSFA 1I6AA 4KCDA 4THIA 4RK9A 1NNTA 3FUZA 1HSJA 2F36A 1B5HA 2XX7A 1PBPA 2QS4A 2GFEA 2XXHA 4JSDA 3O29A 2F7CA 2O7UA 1QVSA 4PFYA 4QHQA 3S9EA 5I58A 5H8SA 2V84A 3Q25A 3OEMA 3OOAA 1US5A 1H76A 1RYOA 3TCHA 2UYEA 3QSLA 3TQWA 4YKJA 3TCGA 3U93A 3IJOB 2O1LA 1LCTA 1P1WA 4LATA 1UIUA 3MVYA 3OD7A 1PDAA 3VLWA 1P1OA 3O6GA 2XXYA 4RPOA 1M5DA 1B4HA 4GF8A 3B6WA 4IB2A 5M2VA 3I6VA 1Y9UA 2XX9A 3RT8A 1OQHA 3W15C 4AB5A 3VLVA 2OCUA 2E0SA 1MY3A 1MQHA 5I57B 4PQJA 3IO6A 3PUVE 5ICTA 1UTHA 4ZEFA 2DSFA 2ZXTA 4UA8A 3QYTA 2ZMBA 1IZ1A 3SEWA 1IXIA 1LFIA 1P99A 1ELJA 5I59A 3VVDA 4GOTA 4F3PA 3GBAA 4MLQA 3LSLA 1AMFA 3UN6A 3KJ7A 3IB1A 5AA2B 4ELRA 1JVXA 2IEEA 1JQFA 1MRPA 5AA2D 4IGTA 3VLUA 2XXQA 4G68A 1YTVA 3IX1A 4LONB 2I3VA 3G3JA 3K1PA 2I3WA 4F1YA 4GLIA 4ZS9A 3M3LA 1OVBA 3PUZE 3TFLA 4DCYA 5CC2A 3B6TA 4QSDA 2HZLA 1FTLA 4GRKA 1SI0A 5CMMA 4YMBA 3QAXA 3I3VA 3CFZA 2D5WA 4EQBA 1MY1A 3H6TA 4IY6A 4NE4A 3MWBA 2Q89A 1LGBC 2UVGA 3RT6B 2DE4A 1USYH 1SVXB 2ZYKA 5H8HA 1B4ZA 4XKRA 4EF2A 3FVGA 3TUSA 1SW2A 3RPWA 2HAUA 4OQOA 3DP6A 1LCFA 1CB6A 2CMOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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