4MLVA

Crystal structure of bacillus megaterium porphobilinogen deaminase
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
311
structure length
290
Chain Sequence
SHMRKIIVGSRRSKLALTQTKWVIEQLKKQGLPFEFEIKEMVKEIEQAMLDKEIDMAVHSMKDMPAVLPEGLTIGCIPLREDHRDALISKNGERFEELPSGAVIGTSSLRRGAQLLSMRSDIEIKWIRGNIDTRLEKLKNEDYDAIILAAAGLSRMGWSKDTVTQYLEPEISVPAVGQGALAIECRENDHELLSLLQALNHDETARAVRAERVFLKEMEGGCQVPIAGYGRILDGGNIELTSLVASPDGKTIYKEHITGKDPIAIGSEAAERLTSQGAKLLIDRVKEELD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Bacillus megaterium
publication title Structural evidence for the partially oxidized dipyrromethene and dipyrromethanone forms of the cofactor of porphobilinogen deaminase: structures of the Bacillus megaterium enzyme at near-atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
total genus 102
structure length 290
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 4mlvA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mlvA02
3TODA 2DS9A 1PB9A 4JSOA 3EQ1A 1ZLQA 3UIFA 3G3GA 2E0SA 3FUZA 1R1NA 3K6WA 1EZPA 1B46A 2OWTA 1A99A 4ZECA 3VVDA 1RYXA 4BLAA 2I3WA 4EQ9A 4OZ9A 2XD2A 1MY0A 4ZZEA 2XXIA 3SEYA 3LR1A 2X7PA 3H7MA 1GV8A 4QFPA 2AYSA 4R73A 4QHQA 1MXWA 3H6TA 1R9QA 4G68C 4ZEKA 1EZ9A 3KSXA 3DP6A 1CB6A 4RY1A 4GF8A 2THIA 3O6HA 4YMAA 4ZS9A 4I62A 1B0HA 1SW4A 4IB2A 3WAFA 3PUXE 1B0LA 4R72A 4RXLA 1B3EA 3O28A 2A5TA 4ESXA 1JVXA 1CE2A 3T9VA 2HXWA 3GLBA 5DTBA 1N04A 2I4BA 1SW5A 1MXUA 4LATA 4DDDA 3SESA 3FXUA 5H8NA 5KCJA 1OMPA 4X48A 2QMXA 1ZBMA 5I56B 1GGGA 2DWAA 3OD7A 4ESWA 2PMSA 1NNPA 1MRPA 1NH8A 3S4UA 1S7YA 1MQHA 2DE3A 4FEBA 3T22A 2DXYA 1LBBA 1IQ7A 3MZ1A 1FW0A 4QSDA 5F1QA 2Q89A 4F1VA 1B3FA 4XKRA 3I3VA 3RLFE 2NWJA 2F8DA 4E0XA 4RJZA 4BDRA 3GZGA 1JEUA 3OSRA 2NUVA 1MM6A 3ILUB 3QUFA 1XOCA 1BLFA 4GQOA 1MXVA 5F7VA 3PPQA 4JWXA 3TTRA 3DP8A 3ONMA 1MXYA 2REJA 1L5TA 3OELA 3RQTA 1ATGA 1PBQA 1GTKA 4F1YA 1B7UA 3V8XB 4FJPA 3K2DA 3OO7A 4DZ1A 3M3KA 2I58A 3JV9A 4Q0CA 5CM6A 2DVZA 2O7IA 2Q2CA 4MBPA 2F97A 1HSLA 4BDMA 4QSCA 3TAJA 2V3QA 3V83A 1GR2A 4U21A 4R75A 1B7ZA 1OLAA 4LQ2A 2IEEA 3K4UA 3U72A 1XHYA 5L8DA 4DXCA 1LFIA 4NF6A 3C32A 1A8EA 1MQDA 2ONKE 1B40A 2RC9A 4ELPA 1PB7A 1N3XA 4O3BA 3FXQA 3K00A 5FHOA 2H99A 4PE5B 3S2VA 4OWDA 1H44A 2HCAA 3IO6A 4KCDA 1A40A 4RK2A 1LAXA 1N76A 3G3JA 4R74A 5ELVA 4ZEIA 2HEUA 3OOAA 2F78A 4THIA 4G4PA 4U4XA 2OZZA 3FVOA 5DVFA 5DYHA 1NNKA 3DLNA 3IOTA 3K0VA 4F18A 5AA1A 4LP2B 3VE1B 3PD8A 3EN3A 2F7BA 3VVEA 3TPAA 4UA8A 4G77A 4P0IA 1I6QA 4JWOA 1PDAA 3TDJA 3QXMA 1T0KA 2UYEA 3HV1A 1MPCA 3GBBA 5JTYB 3W15C 1M5BA 1UIUA 3K1NA 1MY2A 1FQAA 2RINA 2OK2A 2UVIA 5HM4B 2LAOA 4OHNA 3FJMA 5AA2D 2Q8JA 5B7DA 1OIBA 2XHDA 4NF4B 3MVZA 2H9BA 3HHFA 3EPEA 3UK4A 2Y84A 4NMYA 1O63A 3O9PA 4YKJA 1ZU0A 3BFUA 5CMKA 3U94A 2YPNA 1AOVA 4YKPA 3O6GA 3JZJA 4N6PA 3MWBA 1JW4A 4ZDMA 1Y3NA 1DMBA 2W7YA 3UP9A 1PC3A 4ISUA 4PFUA 4WXJA 3SEWA 5ITOA 2F35A 3MC2A 4Q30B 1LGBC 1SD3A 1A54A 3GBAA 2RC8A 2DYXA 4YAHX 2D3IA 2XX7A 2X26A 5AA4B 3OO9A 3PPPA 1YAEA 4N07A 1GVCA 3H6UA 2XXXA 5I57A 1AH5A 3IL1B 1BKAA 4ND9A 2OLBA 3ZS6A 4RNSA 4YB7A 4QSEA 4OEVA 3B6WA 2FNCA 3HCQA 1B51A 1LAHE 1D9YA 3E9XA 2Y7RA 4FAJA 4F3SA 4FIMA 4LUBA 1N84A 2OJTA 5KZTA 4HTGA 4X9TA 1IITA 2D5WA 1NNTA 1UIVA 3FASA 3FJ7A 4OETA 5KCJB 1UTBA 2PYYA 1PEBA 4YB5A 4TOZA 1DSNA 3GXAA 3QSLA 2ZYNA 1MQGA 2O7UA 3T66A 2QJEA 3MVXA 2V3UA 2E1SA 3IOWA 3H6WA 3TYHA 2FYIA 5HBCA 3T96B 4TLMB 2RCAA 1AL3A 3N94A 2DE2A 1SI1A 1WVJA 3G3IA 5IKBA 3DM0A 5DVIA 1KWHA 3R6UA 4JSDA 4H5FA 3Q25A 1POTA 2Z23A 2Q9TA 4KYEA 5H8SA 4F3BA 3FVKA 3PUWE 1Y3PA 4TLLB 1SDXA 3KN3A 3OO8A 2P2AA 4XXUA 3KBRA 1SVXB 3T9XB 3LSXA 4GL8A 4NTLA 4R6YA 3BKIB 4XIGQ 4HW8A 1D3KA 3MQ9A 3C35A 4RPOA 4G8NA 4FE8A 4NF6B 4C1UA 2HZKA 3IAZA 3FXRA 2H5YA 4YMBA 1USYE 1BTJA 2HZLA 2VHAA 4U1OA 4RYAA 3ZSFA 5L9MA 1FCKA 4F22A 3OXNA 3IX1A 1MQJA 4Z7EA 4KPTA 1O64A 3IO4A 1OQGA 3USDA 1IUDA 1POY1 1QUJA 1P1UA 3V5AA 2DWIA 1II5A 1N7WA 4BDOA 1Z7NE 4LA9A 1MG1A 5AA4A 5FTIA 2Y7IA 3LSWA 4ZZAA 4IY6A 3TTNA 2O1MA 4KD5A 1Y9UA 3TEPA 2I49A 1WDNA 3C36A 1B6HA 3K6UA 2F5XA 1XC1A 4ZEBA 3EHUA 1LCTA 1MPDA 3Q28A 1IXGA 2RCBA 4OESA 3D4GA 3K1PA 1QKBA 1HSJA 3TQWA 4F1UA 3KFMA 1VFDA 2AL5A 4WKMA 1FQEA 2ZMBA 2ALUA 3MVWA 4F31B 4PFYA 2H98A 4DXBA 4G8MA 4EQ7A 3VLVA 1I6AA 3SEXA 2Q88A 3KN7A 3VLWA 1P99A 2XXPA 1LCFA 2DSFA 3S9MC 3A3UA 1M5DA 3C34A 3KZGA 2I0BA 3S9EA 2Y7KA 2O68A 4IO5A 1VE4A 4IGTA 3TELA 1R6ZA 2A5SA 3IORA 4GWOA 4KFQA 1Z7ME 1URGA 3CI8A 2R6GE 2V25A 3PPOA 2I3VA 1H76A 3LSFB 3THIA 4ELQA 2UVGA 1MY4A 4LZ5A 1MY3A 2H4IA 3S9LC 2NVUB 2KLFA 2ESNA 1N0TA 5I84A 4NF5B 1SW2A 3R7XA 1AIVA 1DPPA 1JVYA 4OENA 3KG2A 5I57B 1ZIUA 2G93A 4OYVA 1M5EA 2ZNSA 4H8JA 4R9FA 3W9VA 1O7TA 2XXUA 1NNFA 3VLUA 3M3FA 1RKMA 3E3KA 1BIYA 1B3HA 1OVTA 3Q26A 4U22A 4ELRA 1MY1A 4Q5TA 2XD3A 3CSBA 4G8HA 1B7HA 1UTBB 3LC8A 3MUQA 4QF9A 1JW5A 1JEVA 3H4ZA 4EDPA 3T9HB 4Z0IA 2OBGA 3RPWA 2V84A 2XXTA 4OQOA 1MQIA 3C31A 4M4GA 3TCGA 4OERA 4LZ8A 3SEVA 1A7LA 3CG1A 1DTZA 1BP5A 1SYHA 4AB6A 1P1QA 3FV1A 4GD5A 2O6AA 4G68A 3CSGA 1PBPA 3CR9A 1P1NA 3CFXA 3OMBA 4FORA 3SDFA 4TQUQ 1TT1A 1Y4CA 3C33A 2ZYOA 1FQCA 5A5XB 3F11A 1MM7A 4UACA 4O3AA 1QW0A 3EHSA 3PV0E 3L6GA 2Y7WA 3MP8A 1P1OA 4DCXA 1LAFE 1PB8A 2XX9A 2D21A 1MDP1 2HFBA 1EH3A 5AA3A 3H03A 1B9JA 3RY3A 4XKPA 3VV5A 3O97A 2REGA 1B4ZA 3I6VA 5JEIA 1MPBA 2DQVA 2F6PA 3TMGA 3UN6A 3T9UA 4H0WA 4PP0A 2VD2A 1VFEA 4NEDA 4GLIA 1JW1A 3FZVA 2F7AA 2XXWA 2QSXA 1UTHB 4U23A 1B5JA 3LSLA 4F3PA 1ZJLA 3HPIA 5CMBA 3N6UA 2ONRA 4QRZA 4XTCQ 4MLQA 3WAEA 1S9TA 3H6VA 2DP8A 4NF5A 3K02A 1M5FA 1MH4A 5DVJA 2ZYKA 3CVGA 1FTLA 2UXAA 1USYH 1B3GA 3HN0A 1B32A 1XS5A 4KCCA 5H8HB 3S9NC 1TFDA 2NXOA 5IAIA 3ZKKA 4OFJA 3OSQA 2F34A 4U1ZA 4MF3A 5FTHA 3M3LA 1NFTA 2VOZA 1OQHA 1Q1KA 5CMCA 4MFIA 4M1VA 2PX1A 5CC2A 4POWA 4ZEDA 4EQBA 3AXFA 4PFTA 5DT6A 4IO2A 5ICTA 3TCFA 3C4MA 3TFLA 3KGCA 1YPNA 3DELB 3HO7A 4GXSB 4GIZA 3A3CA 2DWHA 2Y7PA 3ZKLA 4DLDA 4GVOA 1B05A 4KQPA 3TKDA 3FVGA 2PT1A 3ODBA 3JYRA 3IB0A 5ITPA 4F19A 3MZBA 4F39A 4H6DA 1SI0A 1B3LA 3P7IA 4GFRA 4RA1A 5H8FB 1H3DA 1D4NA 5I59B 4YZZA 3PD9A 2F7CA 3FV2A 3CIJA 4H1XA 1Y4TA 5A5XA 5AA2B 4JBZA 2QS1A 4IO4A 2GHAA 3QIMA 3IB2A 1FTMA 2QS3A 5K2XA 3CFLA 4OFOA 1URDA 3FD3A 2GH9A 5EHMA 5H8QB 4OFLA 2I6EA 2O51A 3QK6A 5ICQA 2HAVA 4QFNA 1IIWA 5L9OA 5I2KB 3IJOB 4JWYA 1Y1ZA 4KHZE 4KI0E 2Z22A 1B2HA 2DE4A 3B7DA 3FGSA 3M8UA 2OCUA 5I2NA 1LFHA 4C1TA 2QS4A 3ILTB 1AMFA 1SQYA 2OWSA 5TP9A 5TU0A 5KDTB 5I58B 3HHGA 4IGRA 1ZKBA 3RT8A 4HCWA 3KJ7A 1UTHA 2QS2A 4NWDA 3RNNA 3O29A 4LQ5A 3SERA 4AQ4A 4N13A 3O66A 2FA7A 4WEPA 4H8IA 2Q2AA 1NMUA 2RF1A 2PVUA 3PGFA 2DXRA 3KSJA 4G2ZA 4R2FA 1B5IA 2PT2A 4WEDA 3KOSA 4I9DA 3MP1A 2Z8EA 3VDFA 1URSA 1JQFA 4PQJA 2RKMA 4O3CA 5H8HA 1S50A 3LBSA 3K6VA 1B4HA 3HSTA 4NWCA 2M8CA 3DP4A 3K1MA 4IO3A 4RPNA 5CBSA 5DEXB 3KEIA 1DTGA 5FHNA 1TWYA 1D9VA 4NF8A 3K6XA 3MZ9A 2O69A 4OTEA 3N26A 3U8QA 4X1BA 3RGYA 4G68B 3TTLA 4E0WA 3N6TA 1LAGE 4F29A 4DCYA 2ZXTA 4BDNA 2QRYA 1OVBA 4I8CA 3G3KA 4KYDA 2XX8A 3TZAA 3V89B 4ZEFA 3MVYA 3RTWB 4BDQA 2HAUA 3PU5A 5TPAB 1IXIA 4JDFA 4P11A 3H3GA 5H8FA 2F36A 4XKQA 3CRBA 2GFEA 5EYFA 5I59A 4ZE8A 3B6TA 3PMWA 3BFTA 3LUYA 3K01A 2ONSA 3A09A 2I0CA 1N7XA 2NOOA 1LB8A 1QKAA 4ELOA 5AA2A 4F2QA 1B58A 2HQ0A 1M5CA 2I4CA 4EUOA 1MXXA 3TUSA 2QMWA 3RT6B 1B1XA 4ZE9A 5H8QA 4YICA 2XXHA 2O84X 3IJXB 1DOTA 4EF1A 5I2KA 3QYTA 2YLNA 2ZNUA 3RTFB 1FQDA 1TFAA 1LLSA 4ECFA 2AL4A 3UA8A 5CMMA 3IB1A 3MPKA 1VR5A 1FQBA 4PETA 3O2AA 3RN8A 4HCYA 4JB7A 1NKXA 5KDTA 5I58A 1FTJA 2QL3A 3IK6B 1LSTA 1I69A 3Q29A 4U2RA 3PUVE 5J1DA 2B3FA 4IO6A 1B1HA 3QUJA 3ECRA 4QFLA 2RC7A 1Y1MA 3PMXA 3T93B 5JK4A 3KJTA 4MLVA 3CFZA 2R9JA 3UGWA 1ZTYA 4C0RA 3MAMA 4P0GA 1XVYA 5CI5A 1LFGA 1UQWA 2Z8FA 5DEXA 2BJJX 1FTOA 1IXHA 3U93A 1J1NA 1A55A 2IA4A 3G3FA 2P1SA 1DPEA 3TTKA 4EXKA 4XKNA 3PPRA 3FATA 2DVCA 3EHTA 1H45A 4EF2A 3VXBA 4DE8A 2H25A 1QVSA 1LBCA 3IOUA 2ABHA 1R9LA 1IEJA 5I56A 1F9BA 1QUIA 3H06B 3U1OA 3I5OA 4RK9A 4QFKA 3KOTA 4LVQA 3MPLA 5EHSA 5TPAA 3L6HA 3IR1A 3KN8A 3MJNA 4L17A 4FECA 4R2BA 1EU8A 4YB6A 4DXUA 1MH3A 4OMBA 2XXRA 1WODA 1Y3QA 1MDQA 2O1LA 1ANFA 2QPQA 1YTVA 4LONB 5I2NB 1ELJA 2I48A 3VVFA 3OEMA 3PPNA 4AB5A 3W9WA 2XXYA 5TP9B 3FVNA 5CBRA 3OEKA 1I6BA 4DIGA 3IOVA 2X7QA 2F6GA 2GRVA 5K2YA 1Y20A 2B3BA 1FTKA 2P0SA 3PUZE 3TCHA 3VXCA 4OXVA 4IO7A 2UYFA 4OVJA 5FHMA 3BBRA 1IXCA 1US4A 4ONYA 1IZ1A 1JETA 2CMOA 2YJPA 4JXIA 4YU0A 1SYIA 1TXFA 2VP1A 4K3FA 2ZYMA 2PBWA 2WKYA 1JNFA 2V3TA 1QULA 4GXAA 3PMVA 4X1DA 4NF8B 2CZLA 3O6IA 1P1WA 2VD3A 3EF7A 4R9GA 4BDLA 1NH7A 2DOJA 1A8FA 5BWJA 1VSOA 2A5TB 2UVJA 4YKIA 1YCJA 3OENA 3D4CA 2VGQA 3RUMA 1B5HA 3MBPA 1FQFA 1EZOA 3FJGA 2ZNTA 4GL0A 3E13X 1QUKA 5H8NB 3Q27A 4POXA 4KYSA 4U4SA 1MS7A 1Q35A 4PFWA 5CRYA 3B6QA 2DWJA 3R26A 2XXVA 1NL5A 1XT8A 1LB9A 2GHBA 3G3HA 3VFJA 3SKPA 3TQLA 4R6HA 2V93A 1N3WA 1ZMGA 2B65A 1OLCA 3TTMA 4OEUA 3SEUA 3C9HA 3N5LA 4HS7A 4F3GA 1MXZA 3OO6A 4NE4A 5M2VA 3E4RA 1H43A 4KR5A 3G7WA 5LOMA 3SETA 5L9SA 1HSEA 3MP6A 2Z8DA 4R6KA 5BUUA 4Q8RA 4FEDA 4H5GA 5JTYA 5AE4A 4F2OA 4LZ7A 3MW0A 5HPQA 2XXQA 1SW1A 4FATA 4H67A 2G29A 1XVXA 4NF4A 4YKKA 1QJMA 1SBPA 3QAXA 2UVHA 2R71A 4GOTA 3PUYE 4EXLA 4GRKA 4I1DA 5ISUA 1US5A 4QFOA 1RYOA 5B70A 4MH5A 1B52A 2ANJA 2AIXA 3U92A 4IY5A 3CG3A 4H65A 3UORA 3FIRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TODA 2DS9A 1PB9A 4JSOA 3EQ1A 1EH8A 2Q8UA 1ZLQA 1NV2A 5TSEA 3BBGA 3UIFA 2ENAA 2EM0A 3G3GA 2EM6A 5KL2A 4JI4E 2E0SA 4TUGA 3FUZA 2EPZA 4I8OA 2EE8A 1R1NA 1SR9A 3K6WA 1EZPA 1B46A 2PFZA 3LV0A 2OWTA 5EQ7A 5KL5A 2HPGA 1A99A 4ZECA 3VVDA 1RYXA 4BLAA 2I3WA 4EQ9A 4OZ9A 2I9IA 2XD2A 2L8TA 1MY0A 4ZZEA 1T39A 4BMJA 1NV4A 2EN2A 2FVZA 2XXIA 1YYZA 3LR1A 1A1FA 2JXPA 1UBDC 3SEYA 2X7PA 3VHTB 2LRSA 3H7MA 3IWDA 1GV8A 4QFPA 2AYSA 4R73A 4QHQA 1MXWA 3H6TA 2WBDA 1R9QA 4G68C 4ZEKA 1YYWA 1EZ9A 3KSXA 5F24A 2LO3A 3DP6A 1N32E 1CB6A 4PDDA 4RY1A 5ET8A 4GF8A 4X62E 2THIA 2MKNA 3O6HA 2LUQA 4YMAA 4ZS9A 4I62A 1B0HA 1SW4A 1RDZA 2YTDA 4IB2A 3WAFA 1QU6A 2EMXA 4LF6E 3VYXA 3QMFA 5AC5A 3PUXE 2EORA 1B0LA 4R72A 4RXLA 3A29A 1WXRA 1B3EA 3O28A 2A5TA 4ESXA 1JVXA 4AS4A 1CE2A 2WBBA 3T9VA 1YUJA 2HXWA 3GLBA 5IXMB 5DTBA 1N04A 4JV5E 4BBYA 1K9ZA 2I4BA 1SW5A 2CEYA 1MXUA 2EN4A 4LATA 4DDDA 3SESA 4J8ZA 3T1HE 3FXUA 5H8NA 5KCJA 1OMPA 4X48A 2QMXA 1ZBMA 1PJQA 5I56B 1GGGA 2DWAA 3OD7A 4ESWA 2PRTA 2PMSA 2EMLA 1NNPA 2EL5A 3OTOE 2B4LA 1MRPA 3ZOQB 2EMBA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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