3ECRA

Structure of human porphobilinogen deaminase
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
339
structure length
318
Chain Sequence
MRVIRVGTRKSQLARIQTDSVVATLKASYPGLQFEIIAMLFTKELEHALEKNEVDLVVHSLKDLPTVLPPGFTIGAICKRENPHDAVVFHPKFVGKTLETLPEKSVVGTSSLRRAAQLQRKFPHLEFRSIRGNLNTRLRKLDEQQEFSAIILATAGLQRMGWHNRVGQILHPEECMYAVGQGALGVEVRAKDQDILDLVGVLHDPETLLRCIAERAFLRHLECSVPVAVHTAMKDGQLYLTGGVWSLDGSDSIQETMQATIHVPAQHEDGPEDDPQLVGITARNIPRGPQLAAQNLGISLANLLLSKGAKNILDVARQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural insight into acute intermittent porphyria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Porphobilinogen deaminase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 318
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 3ecrA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ecrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ecrA02
3S4UA 3ZKKA 3AXFA 4EQ9A 3H6UA 2F6PA 5TU0A 4H65A 1ZU0A 5ICTA 1OMPA 1B7ZA 4RK2A 4ELOA 4XIGQ 2RC9A 5HBCA 4OYVA 4DE8A 3TPAA 2VP1A 4F29A 5DVJA 4AQ4A 3IO6A 3MVWA 4QRZA 4YMAA 4ELPA 1EU8A 1SW1A 4RA1A 3K0VA 2HQ0A 4PFTA 4JBZA 3W15C 3MQ9A 3PPNA 4GL8A 5TPAB 2IEEA 4U21A 4Q30B 4N07A 5H8QB 1SDXA 3G7WA 3E9XA 1EZPA 3V5AA 5DYHA 4TLMB 5A5XA 1GV8A 1MXUA 2I3WA 1BIYA 4JSOA 1B3LA 1ANFA 2V25A 5I2NA 3EPEA 4WEDA 1B4HA 3CFXA 4BDQA 1MXXA 2ZYKA 1MY4A 2H99A 4OMBA 2DWIA 4GVOA 1MPDA 5FHMA 3ILTB 4OEVA 3M3LA 3QYTA 4FATA 2O6AA 3MP6A 3KOTA 2I4BA 1I69A 3PUYE 4QSEA 5H8FA 1H76A 4GLIA 4KFQA 3IB0A 4U4XA 4ZE9A 1OVBA 4G4PA 4IGRA 3T9XB 1B3FA 5BWJA 3EN3A 4Q8RA 4PETA 3KZGA 4R6YA 3PUXE 4H1XA 3OSRA 2AYSA 4JWYA 4N6PA 4QSDA 4XKRA 1JW5A 5AA3A 1SYIA 4NF5B 3FXRA 4BDRA 2UXAA 3SEYA 1O63A 5ICQA 1MRPA 1MXYA 4L17A 4ISUA 5I57A 3S2VA 4F22A 2QS1A 2I3VA 3N94A 2ONSA 4E0WA 1UQWA 4GXSB 4DXCA 3U93A 4U22A 4F3SA 3KBRA 2QMXA 1B0LA 4F3PA 4H6DA 2V3TA 2HFBA 4NEDA 2H4IA 3IOVA 1S7YA 5TPAA 3TQLA 4G8NA 4PFUA 1B3HA 4LUBA 1M5BA 4DXBA 4G68B 3QXMA 4N13A 3FVNA 3C35A 5H8HB 1DPPA 1B1HA 1FW0A 1LSTA 3T66A 4G8MA 3Q27A 2ZNSA 1FQDA 4Z0IA 3MC2A 3O6HA 3UN6A 4OWDA 2GHBA 3KN7A 3GXAA 1LCFA 3GBBA 4GOTA 2DQVA 5K2XA 3TTMA 5CMCA 5ISUA 1UIUA 3CG1A 3DP8A 3OO6A 3A09A 2RCAA 1IEJA 3FATA 5CMKA 3VDFA 1UTBA 3LC8A 1B52A 1OVTA 4F3GA 3RQTA 5I59B 2NXOA 4DLDA 5AA2A 4RJZA 4EF1A 1B51A 5FHNA 3FVKA 3E13X 4KR5A 1AL3A 4Q5TA 1IQ7A 1JEUA 1FQFA 2P0SA 3U72A 1LGBC 1JQFA 4NF5A 3SKPA 2VD3A 3WAFA 2CZLA 2O1LA 4I62A 3K02A 1PB8A 4ESWA 1POTA 3RUMA 3PUVE 1SW4A 3KG2A 2OWSA 1MDP1 2OJTA 2O51A 4H5GA 3VVFA 4YKJA 4YKIA 3TCHA 3U92A 2E0SA 1SVXB 4OETA 1SI1A 3VV5A 2OCUA 1NNFA 3MW0A 2RKMA 3CRBA 1DTZA 1Q35A 1MPCA 4TOZA 2OZZA 5F7VA 1GVCA 4EXLA 3O2AA 5H8HA 3EHUA 4ECFA 1M5CA 1I6AA 1AIVA 1EZOA 3K6WA 4F1YA 1SI0A 1BKAA 2ONRA 3R7XA 4NE4A 4M1VA 1MQGA 3CSBA 3PPOA 1DTGA 3FVOA 4RY1A 1WODA 4OERA 3SETA 3ZSFA 1UTHA 1FQEA 2A5SA 3Q28A 4IY5A 3MZBA 3EHSA 4IO4A 5I59A 4KCCA 1QULA 4MFIA 1OQGA 2F7BA 3OO7A 4RPOA 2LAOA 1H45A 3TTLA 1P99A 4NF6B 3H3GA 3KJ7A 2PMSA 3TTNA 4ZE8A 4KPTA 1N3WA 4U1ZA 3QUJA 5I2KA 4F3BA 3G3KA 5KDTA 5J1DA 1HSEA 2Y7RA 1N04A 5CC2A 1SQYA 3ODBA 4I8CA 1ZKBA 1NL5A 1JNFA 3OO9A 4ZZEA 1NFTA 1MQDA 4YU0A 4R73A 3RT8A 2ZYOA 2I6EA 3IB2A 2E1SA 5I56B 4GFRA 3FV1A 1US4A 3SDFA 4QFPA 3TKDA 1NNKA 4KYSA 2AL5A 4UA8A 2Z8FA 3MP1A 1Y3PA 5M2VA 5CMMA 2FNCA 3RT6B 3HN0A 3LUYA 1B9JA 5F1QA 2ALUA 5FHOA 1B5JA 5DEXA 2UYFA 3MAMA 1AH5A 5K2YA 1MY2A 1MM6A 3O6IA 3CVGA 4PE5B 1OLAA 1IZ1A 4QFOA 1P1QA 3MPKA 4MF3A 1RYXA 4XXUA 1ZBMA 2HAUA 3TODA 3S9LC 4PFYA 5ELVA 2UVJA 3K1PA 3RGYA 5IKBA 5CM6A 4BDMA 4MBPA 3C4MA 3TDJA 1MH4A 4ZDMA 3D4GA 5L8DA 4O3BA 4ONYA 3V83A 4IB2A 2X26A 4ZS9A 4OQOA 1B3GA 3CI8A 4IGTA 3RTFB 1II5A 1PC3A 4U23A 1L5TA 1LLSA 3GLBA 3TCFA 1ZIUA 4GD5A 2XXYA 3OELA 5FTHA 1SYHA 5I84A 2O84X 3VVDA 3CIJA 3ZS6A 4QFNA 2Y7IA 1QUKA 3FVGA 1B58A 4OTEA 4ZEBA 1FQBA 4QFKA 1DPEA 2Y7PA 1NKXA 3UK4A 4E0XA 2GHAA 3OXNA 3CFLA 2XXWA 3SEXA 2AIXA 2F35A 3MUQA 3K4UA 2X7QA 4R6HA 1SBPA 3T93B 5B70A 2YJPA 3K1MA 3H06B 1GGGA 1MQIA 2I58A 4EQBA 3S9EA 4G77A 1VSOA 4XKPA 1URGA 4DZ1A 1IITA 1MPBA 4X9TA 3VLUA 1LFGA 2UYEA 2Q8JA 4HTGA 1M5EA 4X1BA 5TP9B 1B7UA 1TFDA 1ZMGA 1NMUA 3IO4A 4R6KA 3IORA 1FQAA 2D21A 2XHDA 3RN8A 4G68C 3CFZA 4OVJA 3DP6A 3O97A 1S50A 1QVSA 2B65A 3C34A 3Q29A 3LBSA 4ZEKA 4EDPA 4FEDA 1US5A 2R71A 4KQPA 1NNTA 3SERA 1JETA 3K6XA 1ELJA 5HPQA 3FJMA 2QL3A 1N0TA 1CE2A 3FGSA 2ONKE 3SEWA 1IXCA 3IB1A 2F5XA 1IXGA 3MZ1A 3IOUA 4U2RA 5AE4A 1TFAA 5CMBA 3QAXA 1B5HA 3IJXB 1D4NA 3TUSA 2F8DA 2DXYA 3PMVA 4AB5A 3MJNA 3VLWA 5ITOA 3PD9A 3CR9A 1A8EA 4R9GA 4ZEFA 3FZVA 4ZZAA 3DM0A 1QJMA 1QUJA 3FJGA 2PT1A 3OSQA 2RC8A 1Z7NE 3M8UA 3D4CA 5H8QA 4FAJA 3O6GA 2DSFA 1QUIA 3IK6B 2VD2A 4NF8B 2NOOA 3H03A 3DP4A 1M5DA 3Q26A 3LSXA 4JB7A 1IIWA 4LVQA 4HS7A 1GR2A 4JWOA 2H98A 5EYFA 1JVYA 3FJ7A 4OEUA 3PUZE 3OENA 4I9DA 4IO6A 2A5TB 4IY6A 2REGA 1SD3A 3MVZA 4LONB 4RYAA 4OFJA 4RNSA 1MDQA 3PU5A 1LAFE 3USDA 3N26A 4POXA 3PD8A 1JEVA 5JEIA 3HHFA 2DWJA 2OBGA 4BLAA 3KSJA 4GRKA 3G3JA 3B7DA 3IX1A 2XXPA 5AA4B 2DYXA 2F7CA 3PPRA 4OESA 4GXAA 4OENA 3FV2A 5JTYB 5FTIA 1B46A 1H43A 4KI0E 3UORA 4R9FA 1BTJA 2UVGA 4PQJA 3S9NC 2YLNA 4YICA 1FTLA 3FASA 4LZ5A 3N6TA 3LSFB 1OIBA 3MVXA 1TWYA 3K2DA 1J1NA 3B6TA 3O29A 2RF1A 3TMGA 3C36A 1XOCA 4YB6A 2QMWA 4F39A 2I0BA 3C32A 3RY3A 3TZAA 1DSNA 2NUVA 2BJJX 3RPWA 1PDAA 3H6VA 1OLCA 4LQ5A 5CBSA 3B6QA 3BFTA 4EQ7A 4OFOA 1RKMA 4NF8A 3EF7A 3IJOB 1Z7ME 4G68A 3SEVA 4DCXA 1LAGE 2ANJA 1I6QA 4H5FA 1BLFA 2D5WA 2H5YA 4THIA 3ECRA 1QKAA 4YB7A 3JYRA 4R75A 3W9WA 1MY1A 3CG3A 4GF8A 5AA1A 4ESXA 4OFLA 3KSXA 3O66A 3RNNA 2DE2A 1FTMA 4MH5A 4QHQA 1LAHE 4DDDA 3OD7A 2WKYA 3R6UA 1DOTA 2HZLA 2W7YA 3HCQA 2Q9TA 3C33A 5LOMA 1MS7A 2O68A 1MXVA 5AA4A 3N5LA 2G93A 1PB9A 4K3FA 3TEPA 4F31B 4EUOA 1XS5A 2P1SA 2HCAA 4JWXA 2X7PA 1FCKA 3O9PA 4F2OA 3FIRA 3UGWA 3I5OA 2ZXTA 2FYIA 2PX1A 3KN3A 3TELA 1Y4TA 3MZ9A 3VFJA 2RC7A 3HHGA 4H0WA 3R26A 3IR1A 4LQ2A 4ZEDA 2B3BA 3HO7A 2OLBA 2ZMBA 2OWTA 3SESA 1Q1KA 1HSLA 3TFLA 1WVJA 1Y1ZA 3FD3A 2O7UA 1YAEA 2QSXA 5L9MA 2H9BA 3K00A 3G3HA 4HCWA 1MH3A 4M4GA 3FUZA 4YKPA 3PV0E 4BDLA 3GBAA 3HV1A 3KFMA 1Y1MA 4TLLB 5DT6A 3TQWA 2XXTA 1MXWA 3E4RA 3FXUA 2F7AA 1D9VA 2ZNTA 4POWA 2DE4A 2I48A 4KHZE 2Z22A 4JXIA 1FTKA 1MG1A 4F2QA 1A7LA 1EZ9A 3C9HA 5KCJB 4FJPA 4C1TA 5I2NB 3ONMA 3PPQA 4R74A 5DVFA 2P2AA 4U4SA 4O3AA 1LBCA 4PFWA 1PB7A 3CSGA 2M8CA 4P0IA 1Y20A 5L9SA 3MBPA 3MP8A 2F6GA 1Y4CA 4ELQA 1USYE 1HSJA 4DXUA 4MLQA 4C0RA 3EQ1A 4QF9A 3RLFE 1PEBA 1NNPA 1B40A 1VFEA 4NF6A 4WKMA 4BDNA 2Y7KA 4P0GA 3V8XB 4HCYA 1M5FA 1MQJA 1LCTA 2O69A 4JSDA 3IL1B 2Q88A 2FA7A 2XXXA 4G8HA 1KWHA 1B5IA 4PP0A 1NH7A 2YPNA 3DELB 1B6HA 5BUUA 1B0HA 4RXLA 1H44A 1ZTYA 5CRYA 5I57B 4EF2A 2V3UA 4ZEIA 2Q2AA 2XX7A 4NWDA 5I56A 1S9TA 3KEIA 4GL0A 1EH3A 1A40A 3PMWA 3DLNA 3PUWE 1MXZA 2DVCA 5KZTA 1YCJA 1Y3NA 3K6VA 1CB6A 1N76A 4H67A 1OQHA 2CMOA 4KCDA 3VXCA 4FORA 5EHMA 1AMFA 4DCYA 1P1WA 4LZ7A 1R6ZA 2V3QA 3BKIB 2ABHA 3JV9A 4X1DA 3VXBA 2QS4A 2Z8DA 1LFHA 2GFEA 5KCJA 3T9UA 5JK4A 3KOSA 1P1OA 3ZKLA 3OEMA 4H8IA 2QS3A 2DP8A 1ZJLA 4KD5A 2VOZA 4IO3A 2ZYMA 1USYH 4FECA 1VR5A 5I58B 2I49A 1XVYA 3MPLA 4ELRA 5CBRA 1UTBB 3U1OA 1JW4A 5CI5A 2VGQA 2XXQA 4QSCA 5AA2B 3EHTA 5AA2D 3G3IA 4GWOA 3Q25A 2QS2A 1N84A 2F97A 4F18A 2HZKA 3K1NA 4XKNA 1A55A 3OO8A 1RYOA 4R2BA 2QPQA 4TQUQ 4F1VA 3TCGA 3IAZA 4JDFA 4Q0CA 3PMXA 1B32A 4YB5A 1P1NA 3K6UA 2ESNA 3QIMA 1D9YA 1ZLQA 4OZ9A 2XXUA 3IOWA 3UA8A 3QSLA 4FEBA 1FTJA 1AOVA 2F78A 3H6WA 1Y3QA 2DVZA 2I0CA 1IXIA 1VFDA 1URSA 2R9JA 3V89B 1IXHA 3SEUA 4QFLA 3KJTA 5H8NB 1XC1A 3T22A 3ILUB 2XXRA 1JW1A 2DE3A 1B7HA 3U94A 3MVYA 1URDA 2Q2CA 1IUDA 2THIA 3M3KA 4OHNA 4NF4B 1LFIA 1N7XA 1B4ZA 3LSLA 5TP9A 2RINA 1BP5A 2ZYNA 4WEPA 1F9BA 1QKBA 3VE1B 1MY3A 4IO5A 3LR1A 2IA4A 2ZNUA 4X48A 1LB8A 2HXWA 3L6HA 3BFUA 1POY1 5I58A 1B3EA 2R6GE 2XX9A 1UTHB 2GRVA 4RPNA 3T96B 1D3KA 4LP2B 4I1DA 2XXIA 1ATGA 1YPNA 1TXFA 2Q89A 2I4CA 5IAIA 2XD2A 3K01A 1B2HA 3H7MA 4YAHX 2XXHA 1A54A 2H25A 1B05A 1MY0A 2DWHA 3TAJA 2OK2A 5L9OA 4O3CA 2NVUB 1XT8A 1FQCA 3PGFA 3UP9A 5I2KB 5KDTB 3OEKA 4AB6A 5B7DA 1VE4A 4C1UA 3PPPA 4ZECA 4FE8A 2Z23A 3OMBA 2HEUA 3F11A 1B1XA 3A3UA 1O7TA 3M3FA 4ND9A 1MM7A 3I6VA 2RCBA 4NMYA 1LAXA 3JZJA 4BDOA 3L6GA 3C31A 1MQHA 5H8NA 1N3XA 3OOAA 2REJA 4LA9A 2HAVA 4YKKA 1SW2A 2KLFA 3A3CA 1YTVA 2A5TA 2PT2A 1NH8A 3FXQA 2XD3A 3TTKA 2PBWA 4R2FA 5DEXB 2B3FA 4EXKA 4NF4A 4F19A 2QRYA 2GH9A 1GTKA 4Z7EA 4MLVA 1XHYA 2O7IA 1UIVA 3UIFA 1DMBA 1T0KA 4XTCQ 3W9VA 3HPIA 5EHSA 1WDNA 3TTRA 1JVXA 4P11A 4UACA 2Y84A 3S9MC 3LSWA 5JTYA 3TYHA 1A8FA 2F34A 3MWBA 2AL4A 5HM4B 4YMBA 2UVIA 1TT1A 3VLVA 4HW8A 4XKQA 4NTLA 2DOJA 5DVIA 1R9LA 4F1UA 1PBPA 4IO7A 2DS9A 1SW5A 3H4ZA 2NWJA 3U8QA 1FTOA 3O28A 3THIA 3T9VA 1R9QA 4KYEA 3QUFA 1R1NA 3BBRA 3WAEA 3H6TA 5H8SA 2QJEA 5DTBA 2Z8EA 4YZZA 4GIZA 1N7WA 2PVUA 1A99A 4R72A 1P1UA 4NWCA 3IOTA 3I3VA 2XX8A 2VHAA 3B6WA 4G2ZA 1PBQA 4KYDA 3E3KA 4DIGA 4LZ8A 4IO2A 4WXJA 3VVEA 1I6BA 2DXRA 3GZGA 4H8JA 5A5XB 2DWAA 2PYYA 4GQOA 4LATA 1H3DA 1O64A 1QW0A 4FIMA 2O1MA 2XXVA 2D3IA 4RK9A 2Y7WA 3KN8A 4U1OA 2UVHA 3G3GA 5ITPA 2V93A 2V84A 3QK6A 3G3FA 2F36A 1Y9UA 5H8FB 4OXVA 3N6UA 1LB9A 3T9HB 2G29A 1LBBA 3HSTA 3RTWB 1XVXA 3KGCA 3P7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IFCA 2EPLX 4MNCA 3S4UA 3ZKKA 3AXFA 1JK1A 4EQ9A 1A1HA 4DKKA 3H6UA 2F6PA 1IBME 5TU0A 4H65A 2NUFA 1ZU0A 3ISPA 5ICTA 1OMPA 1B7ZA 4RK2A 2EN8A 4ELOA 4XIGQ 2EOEA 2RC9A 5HBCA 2WBBA 4OYVA 3VYYA 4DE8A 3TPAA 2D9HA 1IMDA 2VP1A 4F29A 2EMAA 1IMAA 1YXIA 5DVJA 4AQ4A 4DR5E 4JI3E 1NCSA 2FTXB 3IO6A 4KXPA 3MVWA 4QRZA 4YMAA 4ELPA 4X04A 1EU8A 1SW1A 1T4NA 4RA1A 5KL7A 3K0VA 2HQ0A 5A6KA 4PFTA 4JBZA 3W15C 1DCUA 2QVUA 3MQ9A 1LBZA 3PPNA 4JI2E 4GL8A 5TPAB 3EPJA 3OTOE 2IEEA 4U21A 4Q30B 1RDZA 2DB2A 1X6EA 2L2NA 1DQ3A 4N07A 5H8QB 1SDXA 1K9ZA 3G7WA 3E9XA 5A6BD 2ODRD 1EZPA 3V5AA 4DV6E 5DYHA 4TLMB 5A5XA 1GV8A 1MXUA 2K4VA 2I3WA 1BIYA 4JSOA 4MHFA 1B3LA 3MHSC 1ANFA 1G2FC 2MKZA 2V25A 4N8YA 5I2NA 3EPEA 1RDXA 2BJIA 4WEDA 1B4HA 2HC5A 3CFXA 4BDQA 1SPIA 1MXXA 2ZYKA 1MY4A 4HE1A 2H99A 4OMBA 2DWIA 4GVOA 1MPDA 5FHMA 3ILTB 4TUIA 4OEVA 1LBVA 3M3LA 2YSOA 2YTOA 2ENAA 3QYTA 4FATA 2O6AA 3MP6A 2ZZVA 4JV5E 1FPJA 2I4BA 1I69A 3KOTA 3PUYE 4QSEA 5H8FA 4PGPA 1H76A 4GLIA 4GX4A 4KFQA 3IB0A 5IM2A 4U4XA 4ZE9A 1OVBA 4G4PA 2EPXA 4IGRA 4XF5A 1L4SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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