1AH5A

Reduced form selenomethionine-labelled hydroxymethylbilane synthase determined by mad
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
311
structure length
299
Chain Sequence
DNVLRIATRQSPLALWQAHYVKDKLMASHPGLVVELVPMVTRGDKGLFVKELEVALLENRADIAVHSMKDVPVEFPQGLGLVTICEREDPRDAFVSNNYDSLDALPAGSIVGTSSLRRQCQLAERRPDLIIRSLRGNVGTRLSKLDNGEYDAIILAVAGLKRLGLESRIRAALPPEISLPAVGQGAVGIECRLDDSRTRELLAALNHHETALRVTAERAMNTRLEGGCQVPIGSYAELIDGEIWLRALVGAPDGSQIIRGERRGAPQDAEQMGISLAEELLNNGAREILAEVYNGDAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords HYDROXYMETHYLBILANE SYNTHASE
publication title Determination of the structure of seleno-methionine-labelled hydroxymethylbilane synthase in its active form by multi-wavelength anomalous dispersion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Transferase
total genus 89
structure length 299
sequence length 311
ec nomenclature ec 2.5.1.61: Hydroxymethylbilane synthase.
pdb deposition date 1997-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01379 Porphobil_deam Porphobilinogen deaminase, dipyromethane cofactor binding domain
A PF03900 Porphobil_deamC Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.160.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain Porphobilinogen deaminase, C-terminal domain 1ah5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ah5A02
4QHQA 3RNNA 4F3PA 3C4MA 1FQDA 4JWXA 3UORA 5BUUA 4QSEA 4PE5B 2UXAA 1L5TA 4R6HA 1GTKA 1KWHA 3P7IA 1SBPA 2P2AA 4AQ4A 1JNFA 4M1VA 4G2ZA 3S9NC 1B32A 2HAVA 1FCKA 3FUZA 3SEWA 4H6DA 4G77A 4WKMA 3VVEA 1YTVA 2FNCA 4NF8B 3IORA 3D4GA 2AL4A 3MPKA 3TQWA 2DXYA 2UVHA 2Y7IA 3JYRA 1MPDA 4GL8A 1DTZA 4OQOA 3B7DA 4FAJA 4BDRA 2DWHA 3M3FA 3S2VA 5H8NB 3O9PA 1NNFA 1PBPA 4BLAA 4FJPA 2Y7WA 1A40A 4KPTA 5HPQA 5A5XB 1S7YA 1PEBA 4ZECA 3OMBA 4DLDA 3UN6A 3IL1B 2DQVA 1LCTA 3Q27A 3E3KA 4NE4A 1RKMA 2GH9A 4BDQA 1ZU0A 1QW0A 2UVIA 1T0KA 4MF3A 2V3QA 3O2AA 2D5WA 3HCQA 3O6IA 5DYHA 2QMXA 2DWJA 2G29A 3MP8A 3O66A 5AA1A 3SDFA 1ZLQA 1M5BA 4U21A 1SDXA 4M4GA 1QKAA 4JWOA 1B7UA 3SEXA 4DE8A 1FQEA 4UACA 1US4A 4KHZE 2VD2A 2THIA 2P0SA 3M8UA 2V84A 4IO5A 4U1ZA 3IX1A 5CRYA 3FVOA 3W9VA 2V3UA 4PQJA 1WVJA 5F7VA 4G68B 2ALUA 5JEIA 3G3IA 4Z7EA 3MVWA 4HW8A 3HHFA 5AA4B 2PT1A 1PDAA 3TCGA 1D3KA 2I6EA 4TQUQ 2F5XA 2QS1A 4ZZAA 4OMBA 1AIVA 5I2KA 3T96B 4C1TA 1B4ZA 2HZKA 3Q25A 4KCDA 3SKPA 3W9WA 4Q30B 1UIVA 1B58A 3THIA 3ODBA 1I6AA 5HBCA 1OQHA 2HQ0A 2AIXA 2VP1A 1A7LA 5BWJA 4XTCQ 4NF6A 2UVGA 3OO6A 4GFRA 1MDQA 1XT8A 4YKKA 3KGCA 3N5LA 4ND9A 2ZNUA 3K01A 2WKYA 5IAIA 1AOVA 1UQWA 3RPWA 3TYHA 1JVYA 5AE4A 2PYYA 1SYHA 3LC8A 4QRZA 3G3JA 1TFAA 1MY1A 4EDPA 4BDNA 3FATA 2RC7A 4KYSA 1MQJA 2DYXA 4LA9A 4F18A 3ILUB 3MZBA 3K6UA 1UTHB 4BDMA 3IOVA 1QJMA 4XIGQ 4OEVA 1P1WA 2HAUA 1ZBMA 3FV1A 2GHAA 4U23A 2RC9A 4YB5A 2F78A 2DS9A 1M5CA 4ZS9A 1MPCA 3UP9A 1Q35A 3MP1A 2I3WA 2QL3A 2F7AA 3VDFA 1MQHA 3I6VA 1B5JA 4QSCA 1JW4A 3VE1B 3SEYA 4NMYA 1PC3A 1I69A 3C9HA 1N0TA 2XXHA 2OBGA 4YKPA 1D9YA 3VLWA 4BDOA 4F3BA 1ZJLA 1NNPA 1MH3A 2YLNA 2R9JA 5A5XA 1NFTA 2XXTA 1ZTYA 3IJXB 1VR5A 4QSDA 4YKJA 4OWDA 4R74A 3QUFA 3PPPA 4P0IA 3H7MA 2IA4A 1LB9A 3N6TA 4EF2A 5KDTB 2ZMBA 1B3HA 3K1NA 3CRBA 1OVBA 3B6TA 4F1YA 4GVOA 3RLFE 1TWYA 2ABHA 5KCJB 3OSRA 2Q9TA 1SD3A 3OD7A 4RYAA 2XXYA 4RK9A 1PBQA 2RINA 4H5GA 4C1UA 3C31A 2HZLA 4EUOA 3M3LA 2A5TB 1TT1A 5FHOA 1SQYA 3OO9A 3CFXA 1B51A 3IOTA 4N07A 2H4IA 5CBSA 3KJTA 4GQOA 1XHYA 4JWYA 3T22A 4GF8A 3DLNA 3ONMA 4G68A 5JTYB 1B4HA 3WAFA 5AA4A 2HEUA 1LLSA 1MY0A 5DEXA 1VE4A 2DSFA 3IK6B 3PU5A 3FGSA 1BTJA 3TTRA 1IXGA 4MLVA 1FTLA 4YU0A 4JBZA 1PB7A 3PV0E 2XXWA 2DXRA 2XD3A 5TPAB 4TLLB 2OK2A 5L9SA 4ZEKA 4YB7A 3QXMA 3V5AA 4RA1A 4KYDA 4G68C 5CMMA 3T9VA 3KEIA 3H6UA 2OWSA 3S9EA 2YJPA 4ELOA 3RUMA 1OLAA 2V93A 2O7IA 5DVIA 1O63A 3CI8A 3N6UA 2I3VA 2XX8A 1NH7A 2D21A 1IQ7A 2VHAA 3KFMA 1IUDA 4ZEDA 4NF4B 3BFTA 4POWA 4HCYA 3EHTA 3IB0A 1IEJA 3PD9A 4ZE8A 4O3AA 1A55A 3PPNA 1B3EA 3TAJA 5AA3A 1VFDA 4LQ5A 5TP9B 2PT2A 1UTHA 2OJTA 2G93A 4QFPA 1OQGA 3H4ZA 4K3FA 4X1BA 3K4UA 1MXXA 3U72A 3H6WA 1P1QA 5H8QB 3GXAA 3SETA 4LP2B 2Q88A 3DP6A 4YB6A 5H8FB 3OO8A 4ONYA 2X7QA 1PB8A 4X48A 4U1OA 4RPNA 1IXCA 3ECRA 2F7CA 5HM4B 5EYFA 1MY3A 1OMPA 1B0HA 1B1HA 1MXWA 3VLUA 3HPIA 1Y3NA 4U22A 2V25A 2RC8A 3TEPA 2NVUB 3KN7A 3MBPA 4EXKA 4GL0A 1RYXA 4R2FA 5I2NA 4KCCA 4PP0A 1UIUA 3LSWA 2O84X 2R71A 5AA2D 3K02A 3PUYE 1Y20A 3C36A 2KLFA 2HCAA 3EF7A 1Y4TA 4GXSB 5L9OA 5KDTA 3LSFB 3MZ1A 3TTMA 3R7XA 4DCXA 3O6GA 1B7HA 3VFJA 4GOTA 4FORA 5I57B 1VFEA 1MXZA 1R1NA 4KYEA 5B70A 2F6PA 3OELA 1N7XA 4MFIA 2I58A 3RY3A 3FVKA 5KCJA 4JDFA 1ANFA 1LGBC 1MXUA 1N04A 4LUBA 4OHNA 2VGQA 2I49A 4H67A 2QRYA 3MUQA 3I3VA 1IITA 4I8CA 2QSXA 3C32A 4ECFA 4UA8A 1N84A 2B65A 1HSJA 4PFUA 3V83A 3OEKA 1IXIA 4IO2A 4QFKA 2UVJA 4G8HA 4DCYA 2DWAA 4F3SA 3D4CA 1QUKA 3RGYA 1XS5A 3TTLA 2Z8FA 4PETA 3FIRA 4N13A 1FQBA 3FJGA 1FQCA 3QYTA 2I0BA 3KN8A 3HV1A 1DPPA 4GRKA 1MPBA 1EZ9A 1Y4CA 4RK2A 4GIZA 4Z0IA 4IY6A 3C33A 4IB2A 1SI1A 3H6TA 3GLBA 3OO7A 2O7UA 3PMVA 3RN8A 3RTFB 1SVXB 4LONB 1XC1A 2F8DA 3FZVA 1N7WA 2AYSA 3U1OA 3LSXA 3E13X 3RQTA 4LVQA 1LBCA 1LSTA 1Z7ME 4F1UA 3HO7A 2B3BA 5B7DA 3V8XB 3L6GA 3CVGA 2O69A 5ICTA 4Q5TA 2Y84A 1B3GA 1B46A 4IO7A 3TUSA 1LFIA 3GBBA 4F3GA 3O6HA 3FD3A 3IOWA 1SYIA 1AMFA 4YZZA 2ZYMA 5DTBA 4MLQA 1Y1MA 4DZ1A 1LAXA 1BKAA 3N26A 4ELQA 4ZE9A 3PUVE 3PUXE 4JB7A 4XXUA 3TDJA 2Y7RA 3CIJA 3BBRA 2VD3A 1O7TA 3LBSA 3FXRA 4EXLA 2ZYNA 4R9FA 3CSGA 1LAHE 1MDP1 1MM6A 2CZLA 3PPRA 5H8QA 1I6BA 4LZ7A 5H8FA 2RCBA 4BDLA 4XKPA 3KZGA 4IGRA 1M5FA 4OZ9A 4F2OA 3TTKA 4FE8A 4LQ2A 3TKDA 2XXVA 2X7PA 3M3KA 2VOZA 1QKBA 3UGWA 3G3HA 2REJA 2O1LA 5J1DA 3QIMA 3VVDA 3E9XA 4H5FA 4HCWA 1GGGA 1R9QA 3MAMA 4NF8A 3IAZA 3HHGA 4IO4A 5EHSA 2HXWA 4ELRA 5FTHA 2ZYOA 1B3LA 3V89B 3FASA 1SW2A 1MY4A 4ISUA 5H8NA 4OEUA 3MQ9A 1MQDA 3FVNA 2OZZA 3PUZE 3USDA 5CM6A 1P1NA 1EU8A 5I57A 1Z7NE 4YKIA 4RJZA 1SW5A 2W7YA 4YAHX 1LFGA 5M2VA 2XXPA 3PPQA 3FXQA 3FJMA 4PFYA 1Y3QA 3K2DA 3FXUA 3T93B 3MW0A 4LZ8A 1YPNA 3HSTA 2A5SA 1B40A 3OENA 1URSA 2PX1A 1NKXA 1FW0A 2PVUA 1JW1A 1MY2A 2B3FA 4RXLA 3K1PA 3VLVA 2OLBA 5L9MA 2DOJA 4R73A 5TU0A 3QAXA 2XXIA 2ZNSA 2Q8JA 4XKNA 1FTKA 4DXCA 3VVFA 3C35A 5H8HB 1B6HA 4H1XA 2P1SA 1DTGA 4ESXA 4OFJA 4QFLA 3T9XB 1XVYA 3LR1A 2DE2A 1US5A 1NH8A 3R6UA 5DVJA 3K6WA 2RF1A 2I4CA 4WXJA 1MXYA 1NNKA 2BJJX 1N76A 4POXA 1LCFA 1NL5A 1DOTA 4R2BA 2XX7A 1TXFA 3ZSFA 1O64A 3EHSA 5L8DA 4NWCA 1EZPA 1P99A 1QULA 4WEPA 2F97A 5AA2B 1MS7A 5CMKA 3IR1A 3DP4A 3K00A 4R9GA 1POTA 1A54A 2QMWA 3OXNA 3IO6A 3G3FA 3RT8A 2H99A 1NNTA 1DPEA 4DXUA 1OLCA 2I4BA 3OEMA 5I2KB 4P0GA 2XXRA 1D9VA 4R72A 1AH5A 4LATA 2Q2CA 4WEDA 1GV8A 1WDNA 3MZ9A 1Y9UA 4I62A 5F1QA 3ZS6A 3A3UA 4KI0E 5CI5A 3PMWA 4XKQA 2UYFA 5LOMA 1B1XA 1S9TA 1FTJA 5I59B 3KSXA 3SESA 4YICA 1LB8A 2O51A 5I84A 4F19A 5I58B 3OSQA 1FTOA 4OFOA 3BKIB 5FHNA 3LUYA 2M8CA 3K0VA 4FATA 4H8IA 1MH4A 4L17A 3A09A 1LAGE 5CMCA 1DSNA 2FA7A 4OESA 5ELVA 1OIBA 2Q2AA 4PFWA 4JSDA 3TFLA 3K6VA 4RNSA 4I9DA 2Q89A 1LFHA 3JZJA 4IGTA 5K2YA 1II5A 4H8JA 5FTIA 2F35A 4G8MA 3KG2A 2O1MA 1A8FA 2E1SA 2YPNA 1USYH 2I0CA 3T66A 2D3IA 3UIFA 2LAOA 4YMBA 4FIMA 3LSLA 1VSOA 4DXBA 4TLMB 2UYEA 4XKRA 1TFDA 4OVJA 4FECA 3MPLA 3U8QA 1SW4A 5H8SA 3G3KA 3KOTA 1SW1A 4JXIA 4PFTA 1MM7A 3PPOA 1FQFA 2A5TA 3UK4A 1JETA 4X9TA 1JVXA 2F6GA 2QJEA 5DT6A 3A3CA 3U92A 3H06B 3PMXA 2ZXTA 2NWJA 5H8HA 5IKBA 4THIA 1MG1A 4C0RA 2GFEA 1QVSA 3TQLA 3UA8A 3K6XA 2DE4A 5CC2A 5JTYA 1F9BA 2ESNA 3KJ7A 4E0WA 2ZNTA 3QSLA 3MVXA 3B6WA 1MQIA 1BP5A 3CG1A 4OTEA 1P1UA 3L6HA 1D4NA 1N3XA 1B9JA 5I56B 2REGA 4GXAA 1AL3A 4YMAA 5TPAA 1M5EA 1LAFE 5DVFA 3H3GA 3ILTB 3MC2A 1Y1ZA 1HSLA 2QS2A 5AA2A 1RYOA 3S9LC 3FV2A 1WODA 1ZMGA 3KBRA 1JW5A 3B6QA 2FYIA 4OXVA 1IXHA 3VXCA 1EZOA 3IJOB 5DEXB 1H44A 2DVCA 3AXFA 4E0XA 5ITOA 3MJNA 1IZ1A 4R6YA 3OOAA 1B3FA 5ITPA 3T9HB 4QFNA 2QS4A 4EQBA 4NF4A 5CBRA 4H65A 4F29A 3E4RA 4EQ7A 2XXUA 5ISUA 2Y7PA 4LZ5A 3IB2A 3G7WA 4ZZEA 4IY5A 3F11A 2NUVA 1GVCA 5KZTA 1FTMA 4RPOA 4F39A 1FQAA 2V3TA 5TP9A 5I59A 3T9UA 2H98A 3KSJA 4Q0CA 1ELJA 4NF5B 3C34A 2H25A 1OVTA 1A99A 2Z8EA 4OFLA 1YAEA 5I58A 4R6KA 4ZEIA 4X1DA 1R9LA 2Y7KA 3EQ1A 3DELB 4NWDA 3TPAA 4HS7A 3BFUA 4G4PA 1B0LA 2R6GE 1JEVA 3Q29A 5K2XA 1B2HA 4QF9A 3Q28A 3S9MC 4I1DA 1UTBB 3G3GA 3SERA 3MVZA 3GZGA 5JK4A 3K1MA 1DMBA 4DDDA 3IO4A 3CFLA 1H3DA 3H6VA 3QK6A 3HN0A 3DP8A 1ATGA 4NEDA 3ZKKA 3CSBA 3TMGA 4EF1A 2NXOA 1H45A 2I48A 2XHDA 2H5YA 1JQFA 2F34A 2PMSA 2XD2A 2DWIA 2QS3A 2OCUA 4JSOA 1URGA 3I5OA 2RCAA 4OERA 1URDA 4U4XA 3CR9A 5I2NB 2PBWA 2F7BA 4KFQA 4N6PA 3O28A 1BLFA 4ELPA 1XVXA 3TZAA 2CMOA 2H9BA 2Z23A 4NTLA 1USYE 3R26A 1CE2A 1ZKBA 3KN3A 4OYVA 4MH5A 1EH3A 4U4SA 5FHMA 1B52A 2Z8DA 2GRVA 2AL5A 3U93A 3Q26A 4F1VA 4ESWA 2XXQA 3TCHA 4HTGA 4P11A 3WAEA 1GR2A 2RKMA 2OWTA 4KQPA 2ONSA 2ONRA 1HSEA 3TELA 1H43A 2XXXA 2ONKE 2E0SA 4GLIA 3RTWB 5I56A 3TODA 1A8EA 2O68A 1N3WA 3TCFA 4ZDMA 4FEDA 1ZIUA 2DP8A 4H0WA 2DVZA 3TTNA 4Q8RA 4G8NA 4GD5A 4RY1A 3ZKLA 3MP6A 4FEBA 4OETA 4TOZA 3SEVA 2F36A 1B7ZA 4R75A 3FJ7A 2Z22A 4F2QA 4QFOA 1MXVA 1LBBA 3U94A 4O3BA 2XX9A 3GBAA 1I6QA 3H03A 3QUJA 4O3CA 3RT6B 5ICQA 1QUIA 4U2RA 3SEUA 3DM0A 3EN3A 3JV9A 1BIYA 3PGFA 1XOCA 3O97A 3EPEA 1IIWA 2O6AA 1Q1KA 3IB1A 2QPQA 3MWBA 3VXBA 3W15C 1QUJA 2NOOA 4IO6A 3CG3A 1M5DA 4NF5A 5EHMA 1NMUA 3O29A 3N94A 1POY1 3VV5A 3EHUA 2HFBA 4NF6B 1CB6A 1B5HA 1SI0A 1YCJA 1J1NA 2ZYKA 1MRPA 4ZEFA 4GWOA 1PB9A 1R6ZA 4IO3A 4F31B 3MVYA 2GHBA 4KR5A 2X26A 1P1OA 3S4UA 5CMBA 3FVGA 4AB5A 3CFZA 1JEUA 1S50A 3PUWE 1MQGA 1UTBA 1Y3PA 4KD5A 1B5IA 3KOSA 4DIGA 2ANJA 2DE3A 4EQ9A 4ZEBA 4OENA 3PD8A 4AB6A 4F22A 2IEEA 1H76A 3IOUA 1B05A 4MBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CPNA 1SPIA 5AC5A 4QHQA 1IQSA 2E1MA 3RNNA 3T1BA 1FPEA 4F3PA 3C4MA 1FQDA 4O7MA 4JWXA 3UORA 5BUUA 2XWKA 4QSEA 4PE5B 2LMZA 2UXAA 1YZ0A 2CEYA 1L5TA 4R6HA 1GTKA 1KWHA 5A6KA 3P7IA 1SBPA 2P2AA 1EKZA 4AQ4A 4TUIA 1JNFA 4M1VA 4G2ZA 3S9NC 1B32A 2HAVA 1FCKA 3FUZA 3SEWA 4H6DA 4G77A 4IJDA 1K9ZA 4WKMA 1FJ9A 3VVEA 4F9BB 1YTVA 2FNCA 4O7IA 4NF8B 3IORA 3D4GA 2AL4A 3MPKA 3TQWA 2DXYA 2JVAA 2UVHA 2Y7IA 3JYRA 1MPDA 4GL8A 1DTZA 4OQOA 3B7DA 4FAJA 4AS5A 4BDRA 2DWHA 3M3FA 3S2VA 2VE7C 4GX3A 5H8NB 3O9PA 1NNFA 3GYYA 1PBPA 2L33A 4X8WA 4NAPA 4BLAA 4NHRA 4FJPA 2Y7WA 1YYKA 2LCEA 3NOHA 2YSPA 1G0IA 3BIDA 1A40A 5LMUE 2VQFE 2XWOA 4KPTA 5HPQA 5A5XB 1FBFA 2LUQA 1S7YA 1PEBA 4O8MA 4ZECA 5FBPA 4GX6A 3OMBA 4DLDA 3UN6A 4DI3D 3IL1B 1XI6A 2YU8A 2DQVA 1LCTA 3Q27A 1J5EE 1UBDC 1N32E 2YSOA 2MKNA 5A2QC 4O4KA 3E3KA 4NE4A 2GH9A 1RKMA 2CZIA 2EPKX 4BDQA 1ZU0A 4OX9E 1NI9A 4MNPA 1QW0A 2EMGA 2UVIA 1T0KA 2FIXA 4MF3A 2V85A 4OVTA 2V3QA 1FJGE 3O2AA 2D5WA 3HCQA 3O6IA 5DYHA 2QMXA 4BHCA 2DWJA 4JVDA 1X47A 2G29A 3MP8A 3O66A 4UABA 5AA1A 3SDFA 1ZLQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3VV5 A;  3EHU A;  2HFB A;  4NF6 B;  1CB6 A;  1B5H A;  1SI0 A;  1YCJ A;  1J1N A;  2ZYK A;  1MRP A;  4ZEF A;  4GWO A;  1PB9 A;  1R6Z A;  4IO3 A;  4F31 B;  3MVY A;  2GHB A;  4KR5 A;  2X26 A;  1P1O A;  3S4U A;  5CMB A;  3FVG A;  4AB5 A;  3CFZ A;  1JEU A;  1S50 A;  3PUW E;  1MQG A;  1UTB A;  1Y3P A;  4KD5 A;  1B5I A;  3KOS A;  4DIG A;  2ANJ A;  2DE3 A;  4EQ9 A;  4ZEB A;  4OEN A;  3PD8 A;  4AB6 A;  4F22 A;  2IEE A;  1H76 A;  3IOU A;  1B05 A;  4MBP A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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