The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
138
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sequence length |
454
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structure length |
454
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Chain Sequence |
CIDGKAKIIFENEGEEHLTTMEEMYERYKHLGEFYDEEYNRWGIDVSNVPIYVKSFDPESKRVVKGKVNVIWKYELGKDVTKYEIITNKGTKILTSPWHPFFVLTPDFKIVEKRADELKEGDILIGGMPDGEDYKFIFDYWLAGFIAGDGCFDKYHSHVKGHEYIYDRLRIYDYRIETFEIINDYLEKTFGRKYSIQKDRNIYYIDIKARNITSHYLKLLEGIDNGIPPQILKEGKNAVLSFIAGLFDAEGHVSNKPGIELGMVNKRLIEDVTHYLNALGIKARIREKLRKDGIDYVLHVEEYSSLLRFYELIGKNLQNEEKREKLEKVLSNHKGGNFGLPLNFNAFKEWASEYGVEFKTNGSQTIAIINDERISLGQWHTRNRVSKAVLVKMLRKLYEATKDEEVKRMLHLIEGLEVVRHITTTNEPRTFYDLTVENYQNYLAGENGMIFVHN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of an archaeal intein-encoded homing endonuclease PI-PfuI.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Pyrococcus furiosus
|
| molecule keywords |
ENDONUCLEASE
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| total genus |
138
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| structure length |
454
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| sequence length |
454
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| ec nomenclature |
ec
1.17.4.1: Ribonucleoside-diphosphate reductase. |
| pdb deposition date | 1999-12-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09061 | Stirrup | Stirrup |
| A | PF09062 | Endonuc_subdom | PI-PfuI Endonuclease subdomain |
| A | PF14528 | LAGLIDADG_3 | LAGLIDADG-like domain |
| A | PF14890 | Intein_splicing | Intein splicing domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Complex | Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 | Hedgehog/Intein (Hint) domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Endonuclease I-creI | Homing endonucleases | ||
| Alpha Beta | Roll | Endonuclease I-creI | Homing endonucleases | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3UVF A; 4GIG A; 1T9I A; 4AQU A; 4EFJ A; 4LQ0 A; 4AAE A; 5I0A A; 2VBL B; 1LWT A; 2VBO A; 2IN0 A; 4UN7 G; 2IN9 A; 2JNQ A; 4YHX A; 4O1S A; 2VBJ A; 1U0C A; 2IN8 A; 4LOX A; 1R7M A; 1MOW A; 2CW7 A; 4UNC A; 4UN8 A; 1BP7 A; 3OOL A; 4KL6 A; 3FD2 A; 5AKN A; 1JVA A; 2VS8 A; 4UN9 A; 1ZD7 A; 2LWY A; 2VBL A; 2IMZ A; 4UNB A; 5A0M B; 3R7P A; 4Z20 A; 2XE0 B; 3MX9 A; 4AAF A; 5A0W A; 4E2T A; 1UM2 A; 5AK9 A; 3HYI A; 5E67 A; 3E54 A; 1M5X A; 4YIS A; 2FLD A; 2DCH X; 3OOR A; 1B24 A; 1AT0 A; 4OZ6 A; 3C0W A; 2LQM A; 1P8K Z; 4UT0 A; 5A0M A; 1T9J A; 3NZM A; 3KO2 A; 5E5S A; 2XE0 A; 2LCJ A; 3MXB B; 3QQY A; 3IGD A; 4AQX A; 5A72 A; 2I3P A; 4KL5 A; 4O1R A; 2VBN B; 3MIS A; 3IFJ A; 5AKF A; 2O7M A; 5A77 A; 2JMZ A; 5AKM A; 4UN8 G; 1U0D A; 4UNA A; 4AAD A; 4D6N A; 4Z1Z A; 4Z1X A; 3MXB A; 4UN9 G; 2KEQ A; 3MIP A; 2VBN A; 1LWS A; 2L8L A; 1MI8 A; 1DFA A; 2AB5 A; 1G9Y A; 1ZDE A; 4YIT A; 5A74 A; 2VS7 A; 5E5O A; 3C0X A; 1N3E A; 5K08 A; 3HYJ A; 2CW8 A; 1N3F A; 1VDE A; 4D6O A; 3MXA A; 4AAG A; 2VBO B; 1G9Z A; 4UN7 A; 1DQ3 A; 1EF0 A; 2I3Q A; 2EX5 A; 5A78 A; 4AAB A; 2VBJ B; 2QOJ Z; 1AM2 A; 1AF5 A; 1GPP A; 4E2U A; 5E63 A; 3EH8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L3J A; 4DR2 E; 1Z1B A; 3IWD A; 1X47 A; 2EM4 A; 5AC5 A; 2VBO A; 1N3G A; 2NA2 A; 5AE1 A; 2V8Q B; 4B3M E; 2EPZ A; 4QFQ A; 2D9H A; 1UBD C; 2YU5 A; 1PKP A; 2JR1 A; 1DGC A; 4JI1 E; 2CW7 A; 4UNC A; 4IS1 C; 1BP7 A; 3OOL A; 2LO3 A; 5A6J A; 4DR4 E; 4KL6 A; 1KJK A; 2DRP A; 4P7D A; 4DUZ E; 2PRT A; 4UN9 A; 4LF9 E; 2JY9 A; 2LWY A; 4BMJ A; 4GZN C; 5A69 A; 2EOQ A; 4MLV A; 1ZAA C; 1F2I G; 1IMU A; 1B69 A; 4UNB A; 4AQY E; 1GTK A; 4JI6 E; 2R1F A; 2GLI A; 4LFC E; 5DNY A; 1BB8 A; 1NCS A; 2LUQ A; 3JU0 A; 4R03 A; 5AK9 A; 3HYI A; 2DMY A; 3JTZ A; 3E54 A; 1HNW E; 1QNT A; 2RQL A; 2ELZ A; 1T38 A; 3TQM A; 1XMO E; 2KHX A; 2EMF A; 2EN3 A; 2ENC A; 2NUG A; 4IJD A; 4O43 A; 2VF1 A; 4I8O A; 3NZM A; 3ADJ A; 1ZR9 A; 1A1F A; 2LT7 A; 1LLM C; 3QQY A; 2M9A A; 4WXC A; 2I3P A; 2EPU A; 1YUI A; 4R2S A; 2EMA A; 4O1R A; 2HHH E; 4O4K A; 1G2F C; 5AE2 A; 5IWA E; 1YFH A; 3KZY A; 2F4V E; 2DLQ A; 5AKF A; 3C4T A; 3M99 B; 4OX9 E; 5AKM A; 4R2E A; 2LVH A; 4X66 E; 4D6N A; 4Q35 B; 4JV5 E; 2EJ4 A; 5KL7 A; 4Z1Z A; 3OML A; 2YTE A; 4UN9 G; 5AE3 A; 2KEQ A; 3MIP A; 1TN9 A; 2EMC A; 2N8X A; 4F9B B; 5AAS A; 1SFE A; 4YHH E; 2YTJ A; 4Q28 A; 4FK5 C; 2N3H A; 2WBS A; 2M7Q A; 1RQ0 A; 4DMI A; 1MI8 A; 2EN4 A; 2YTQ A; 2L2M A; 4HEI A; 5A74 A; 2VS7 A; 4DV7 E; 3C0X A; 2I13 A; 1N3E A; 3F6H A; 2CW8 A; 1N3F A; 1UHZ A; 1WHQ A; 4LF8 E; 2EQ0 A; 1T39 A; 1X6H A; 1A1L A; 1IBL E; 2YRH A; 4YY3 E; 1WRJ A; 2E72 A; 2RPC A; 5KL2 A; 1EF0 A; 1WXR A; 4DV5 E; 2ZM6 E; 2VBJ B; 2EPM X; 3DJW A; 1TF3 A; 1EH6 A; 2MKN A; 2RSI A; 2CPN A; 1AF5 A; 2CSH A; 4BCA A; 3VK6 A; 2BB8 A; 4WPY A; 4M9V C; 1PJS A; 3KZZ A; 1RMD A; 1T9I A; 4GIG A; 3C6K A; 4AQU A; 1SR9 A; 2VBL B; 1LWT A; 4R2R A; 2EN7 A; 2IN0 A; 4JI4 E; 2LCE A; 4DR3 E; 4UN7 G; 2JNQ A; 4R2P A; 3JAM C; 2E1M A; 2K7I A; 2VBJ A; 2IN8 A; 2Q8U A; 1BBG A; 4BHB A; 2EM2 A; 2EM8 A; 3EPK A; 3FD2 A; 3H09 A; 2YPN A; 4BC9 A; 4LFB E; 3MHH C; 1JVA A; 2DLK A; 1A1I A; 2EQ3 A; 3OTO E; 1ZD7 A; 4F9A B; 3C6M A; 2V85 A; 4F54 A; 2VBL A; 2V87 A; 1HNZ E; 4O24 A; 5A0M B; 4F6N A; 2IHR 1; 4Z20 A; 1J5E E; 2EPR A; 4BC7 A; 2EN2 A; 1UM2 A; 5LMN E; 3LML A; 2EOE A; 2YTD A; 3ADL A; 1I94 E; 2YSO A; 1GZ6 A; 1KYQ A; 1YUJ A; 2DCH X; 1B24 A; 1YYW A; 4GKK E; 4F2J C; 1IQS A; 2EMZ A; 3ADI A; 1P8K Z; 2EM9 A; 2MKD A; 5A0M A; 2V89 A; 2MDG A; 4GEQ B; 3UK3 C; 1YZ9 A; 3BBG A; 2HGH A; 2JPA A; 3IGD A; 4AQX A; 3IWB A; 2YRM A; 3MSW A; 3THN A; 2WBT A; 3F6G A; 1GQE A; 3MIS A; 1IBK E; 3AV0 A; 2O7M A; 2JMZ A; 1U0D A; 2JVA A; 4LF4 E; 2G7H A; 5AC4 A; 1N32 E; 3P1X A; 4DV4 E; 4J8Z A; 2DMI A; 2FTX B; 2UUC E; 1L4S A; 2UXD E; 2EPX A; 3VYY A; 4M2Z A; 5F3W A; 3DF6 A; 2R76 A; 5IXM B; 4WYQ B; 1LWS A; 4K0K E; 2L8L A; 1T4N A; 1ZBQ A; 1N36 E; 2UXC E; 2AB5 A; 4OOG C; 3EQ1 A; 5T6J A; 2EMY A; 4WSP A; 2B3T B; 4LU9 A; 4M0V A; 4KHP E; 2VQE E; 1VDE A; 4D6O A; 5KL6 A; 2EL4 A; 5FLX C; 4LFA E; 2GPI A; 2EMH A; 1JK2 A; 4DR6 E; 1J26 A; 4UN7 A; 2UU9 E; 1DQ3 A; 1XNQ E; 1A1G A; 4DR7 E; 2EOM A; 2I3Q A; 2EX5 A; 2LTR A; 2CT1 A; 5A78 A; 4WSG A; 3EPL A; 1EH8 A; 1WHN A; 2YZT A; 5KL5 A; 2QOJ Z; 4L5N C; 2EOI A; 2EZ6 A; 4BS9 A; 1JK1 A; 4DV6 E; 2EPK X; 1GPP A; 2LBS B; 4TUI A; 1QU6 A; 5E63 A; 2LMZ A; 3HXL A; 3EH8 A; 4X8W A; 4ZYG A; 2JP9 A; 3HTX A; 4KWY A; 3UVF A; 2EPL X; 2EE8 A; 2EMB A; 5I0A A; 4JI8 E; 1X3C A; 2L92 A; 4KZS A; 2YTI A; 1N33 E; 2EL5 A; 2WZO A; 2VRD A; 2IN9 A; 3LLH A; 4YHX A; 3MHS C; 2LJU A; 2B7V A; 2EMI A; 3J7Y p; 2B7T A; 4L8N A; 1U0C A; 4LOX A; 1MOW A; 1PDA A; 5A6B A; 4GKJ E; 4LF5 E; 4LF7 E; 2JOB A; 2ENA A; 2EOZ A; 2F4L A; 4N4R B; 2LJH A; 2VS8 A; 4NZV A; 4R2D A; 4DV0 E; 2EOH A; 2MDR A; 2L33 A; 2IMZ A; 2YWQ A; 2GHF A; 4P78 A; 2EN1 A; 5TSE A; 2KOU A; 1IQO A; 2I9I A; 4DV1 E; 1MEY C; 2L8T A; 2XE0 B; 3MX9 A; 4E2T A; 3QG5 C; 3HQ1 A; 1O0W A; 4YIS A; 2EQ1 A; 2L6M A; 2EPC A; 2V88 A; 1DI2 A; 1AT0 A; 2VE7 C; 2UUA E; 2EPA A; 3C0W A; 2EWL A; 1T4L B; 2EPP A; 4WFT A; 4F9C B; 1YSA C; 2LQM A; 4UT0 A; 1X48 A; 3KO2 A; 1UIL A; 2EN8 A; 3C4B A; 2XE0 A; 2YTP A; 3MXB B; 3VHT B; 5BR8 E; 3L00 A; 5LLQ A; 4KL5 A; 2FV4 B; 2DB2 A; 4R8O A; 2EN6 A; 2YTO A; 3IFJ A; 2EOS A; 3J81 C; 2H36 X; 1XMQ E; 3THO B; 5A77 A; 2LTS A; 4TUG A; 1YPN A; 1HR0 E; 4UNA A; 1WJP A; 4B3T E; 3VYX A; 4O5G A; 2M1S A; 2DIX A; 3MXB A; 4DUY E; 2BBG A; 4DKK A; 2KON A; 3BGH A; 2WBU A; 2LUP B; 3RMP A; 5LMU E; 2F8B A; 2UXB E; 1DFA A; 1EH7 A; 2RTX A; 4RHB B; 4ZYH A; 1ZDE A; 1A1J A; 1UN6 B; 3ZOQ B; 2EPO A; 2DGC A; 4B3R E; 2EL6 A; 1P47 A; 3HYJ A; 1X6E A; 1G2D C; 2DSY A; 1TF6 A; 2FGG A; 4JYA E; 4JI3 E; 4BHC A; 5ADZ A; 4LF6 E; 2WCC 3; 2EMW A; 5CFF E; 3HPZ A; 1AM2 A; 2V86 A; 1PJT A; 3KWR A; 4X64 E; 4X65 E; 3HPS A; 1X5W A; 4DR5 E; 2J7J A; 4EFJ A; 4LQ0 A; 1BBO A; 4AAE A; 1PJQ A; 2CTD A; 4R2Q A; 4JI0 E; 4O1S A; 1NEI A; 4R2C A; 2L3C A; 1STU A; 2NUF A; 1R7M A; 4UN8 A; 4X9J A; 2LE2 A; 2YSP A; 4DV3 E; 5AKN A; 2YRK A; 4B3S E; 2E5L E; 2EM6 A; 4X62 E; 2EM7 A; 3IWC A; 4M30 A; 5IV8 B; 2MC6 A; 5A6B D; 2V83 A; 1IBM E; 3R7P A; 2HC5 A; 2JOX A; 3J80 C; 1FKA E; 2UUB E; 4NXM E; 4AAF A; 2L2N A; 5A0W A; 2LV2 A; 2YU8 A; 3FIG A; 2YT4 A; 2NUE A; 5E67 A; 1M5X A; 2LRS A; 2JXP A; 2FLD A; 4WX9 A; 3OOR A; 2RSM A; 4F6M A; 1AH5 A; 4HTG A; 2L2K B; 4LX3 A; 4ZYE A; 1ZU1 A; 2A25 A; 4OZ6 A; 2YTG A; 2YTN A; 3T1Y E; 2ADR A; 1XNR E; 1T4O A; 2EM0 A; 1RC7 A; 1T9J A; 5E5S A; 2HJJ A; 2B9D A; 2EMG A; 2LCJ A; 2EML A; 3EPH A; 3K6Q A; 5A72 A; 1EKZ A; 2JWO A; 5LL6 R; 2NAB A; 2EOF A; 2VBN B; 4MLQ A; 2ELY A; 2EM3 A; 2EPN A; 3ADG A; 2JYA A; 2ODR C; 5A2Q C; 1ZBT A; 4RH8 A; 5KL3 A; 2EMX A; 1FJG E; 3EPJ A; 4UN8 G; 1YYO A; 4BBY A; 4AAD A; 4JI7 E; 5IT9 C; 2K4V A; 1A1H A; 4Z1X A; 2EOJ A; 3ECR A; 2ODR D; 3T1H E; 2VBN A; 2ENH A; 2EM5 A; 5A6K A; 4NHR A; 3J7A G; 2VQF E; 2EOY A; 2EOX A; 2EOO A; 4NXN E; 3BF2 A; 1G9Y A; 2EP3 A; 4YIT A; 3BID A; 1A1K A; 4JI2 E; 2RS7 A; 2YTF A; 5E5O A; 5KL4 A; 5K08 A; 2EMK A; 1HNX E; 2MC5 A; 2M4I A; 3MXA A; 4WXD A; 4AAG A; 1X6F A; 2EOR A; 1AAY A; 4DR1 E; 4ZYD A; 2VBO B; 1G9Z A; 1X49 A; 1YYK A; 4AAB A; 4DV2 E; 4LTY A; 3AUZ A; 1MGT A; 4JI5 E; 2N3G A; 4R2A A; 2RS6 A; 5A6A A; 4E2U A; 1N34 E; #chains in the Genus database with same CATH homology 2L3J A; 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2V87 A; 1HNZ E; 5A0M B; 2IHR 1; 4Z20 A; 1J5E E; 4BC7 A; 1UM2 A; 5LMN E; 3LML A; 3ADL A; 1I94 E; 1GZ6 A; 2DCH X; 1B24 A; 1YYW A; 4GKK E; 3ADI A; 1P8K Z; 5A0M A; 2V89 A; 4GEQ B; 1YZ9 A; 3IGD A; 4AQX A; 3IWB A; 3MSW A; 3F6G A; 1GQE A; 3MIS A; 1IBK E; 3AV0 A; 2O7M A; 2JMZ A; 1U0D A; 2JVA A; 4LF4 E; 2G7H A; 1N32 E; 3P1X A; 4DV4 E; 4J8Z A; 2FTX B; 2UUC E; 2UXD E; 3VYY A; 4M2Z A; 5F3W A; 3DF6 A; 4WYQ B; 1LWS A; 4K0K E; 2L8L A; 1T4N A; 1ZBQ A; 1N36 E; 2UXC E; 2AB5 A; 4OOG C; 5T6J A; 4WSP A; 2B3T B; 4LU9 A; 4M0V A; 4KHP E; 2VQE E; 1VDE A; 4D6O A; 5FLX C; 4LFA E; 4DR6 E; 1J26 A; 4UN7 A; 2UU9 E; 1DQ3 A; 1XNQ E; 4DR7 E; 2I3Q A; 2EX5 A; 2LTR A; 5A78 A; 1WHN A; 2YZT A; 2QOJ Z; 4L5N C; 2EZ6 A; 4BS9 A; 4DV6 E; 1GPP A; 2LBS B; 4TUI A; 1QU6 A; 5E63 A; 4X8W A; 2LMZ A; 3HXL A; 3EH8 A; 3HTX A; 3UVF A; 4JI8 E; 5I0A A; 2L92 A; 4KZS A; 1N33 E; 2WZO A; 3LLH A; 2IN9 A; 4YHX A; 2B7V A; 3J7Y p; 2B7T A; 4L8N A; 1U0C A; 4LOX A; 1MOW A; 4GKJ E; 4LF5 E; 4LF7 E; 2JOB A; 2LJH A; 2VS8 A; 4DV0 E; 2MDR A; 2L33 A; 2IMZ A; 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