The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
140
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sequence length |
550
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structure length |
547
|
Chain Sequence |
SYQDEETKKKTKEELDKLMEPTLGVEAKIPRRNRALFDKEGNRKATPDTTDELSEAQIMAIWNENIDEIPHLKELNDKTTSGLIYHSHDGKQEDKKRNLQYVRSGYVFDESYSEIVKNKNGVPYIFKNGIDGYIYYLGTSPSKELPKGNKVTYKGTWDFTSDVKTSYELSGFSDAGNGKNVAATSISDNVNRDHKVGEKLGDNEVKGVAHSSEFAVDFDNKKLTGSLYRNGYINRNKAQEVTKRYSIEADITGNRFRGKAKAEKAGDPIFTDSNYLEGGFYGPKAEEMAGKFFTNNKSLFAVFAAKSENGETTTERIIDATKIDLTQFNAKELNNFGDASVLIIDGQKIDLAGVNFKNSKTVEINGKTMVAVACCSNLEYMKFGQLWQKEGKQQVKDNSLFLQGERTATDKMPAGGNYKYVGTWDALVSKGTNWIAEADNNRESGYRTEFDVNFSDKKVNGKLFDKGGVNPVFTVDATINGNGFIGSAKTSDSGFALDSQHGNAVFSDIKVNGGFYGPTAGELGGQFHHKSDNGSVGAVFGAKRQIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Variations within the Transferrin Binding Site on Transferrin-binding Protein B, TbpB.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transferrin binding protein B
|
| molecule tags |
Lipid binding protein
|
| source organism |
Actinobacillus suis
|
| total genus |
140
|
| structure length |
547
|
| sequence length |
550
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-11-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01298 | TbpB_B_D | C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B |
| A | PF17483 | TbpB_C | C-lobe handle domain of Tf-binding protein B |
| A | PF17484 | TbpB_A | N-Lobe handle Tf-binding protein B |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | Porin | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | Porin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4AYI D; 2W80 C; 3V8U A; 5T5F A; 4QQ1 A; 2LFU A; 4AYN A; 2YPV A; 3UAQ A; 3VE1 A; 4U9C A; 4O4U A; 3KVD D; 3PQU A; 2Y7S A; 4O49 A; 5EE2 A; 4O3Y A; 2KDY A; 4O3X B; 4O3Z A; 1YS5 A; 4AYE C; 4O4X A; 4Z3T A; 2W81 C; 3HOE A; 3PQS A; 4O3W A; 4AYM C; 4AYD C; 3VE2 A; 2KC0 A; 3HOL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5B10 O; 3BU1 A; 5HCC C; 3VHM A; 4LSH A; 2QTK A; 2OY8 A; 3NX1 A; 2CZU A; 4I3B A; 2NP1 A; 4QZT A; 4NV8 A; 4FBO A; 2ALL X; 1KZX A; 3AA0 B; 2R56 A; 4AUI A; 4OEL A; 4AW8 A; 1Q9G A; 3SYS A; 4CSB A; 3MX7 A; 4AZM A; 3ZUI A; 1I04 A; 4XNK A; 1KT7 A; 1EXS A; 3VG2 A; 1YWC A; 2GTF X; 1PTS A; 4RLB A; 4MIR A; 1STS B; 4MVK A; 1N0S A; 4QYP A; 5CYB A; 1FE3 A; 4OS3 A; 2OY1 O; 3WOV A; 1OEJ A; 1X89 A; 1VWK B; 2R4N A; 2LFU A; 1X8U A; 2A8G A; 5DPQ A; 4A1Y A; 3LK2 A; 3VE1 A; 1LIE A; 1X8P A; 2XE2 A; 3T6L A; 4XMF A; 2IWW A; 2L5P A; 2WUT A; 4CTD A; 5IO6 A; 1GT5 A; 4I60 A; 3GE2 A; 1LID A; 2F1C X; 2AVI A; 3KVD D; 1SXU A; 2X8T A; 3P6G A; 2X34 A; 1EI5 A; 2ACO A; 4QZU A; 1YWA A; 3G7G A; 4O4S A; 4HFO A; 2CM4 A; 4YMY A; 2JW1 A; 3VE2 A; 1LIB A; 1GFM A; 4I3C A; 4NW4 A; 4FBR A; 5JD2 A; 4N74 A; 1VWM B; 1BM5 A; 1LF7 A; 3TF6 A; 1O8V A; 1LUQ A; 3BS2 A; 4LSE A; 2JU3 A; 1ICM A; 3CMP A; 1NP4 A; 4NLJ A; 1VWB B; 1SWE A; 1E54 A; 2X32 A; 2WJR A; 4Y0Q A; 2RTH B; 2A2U A; 1E5P A; 4U46 A; 1SWL A; 3S60 A; 4GKC A; 4TNN A; 4IRW A; 2GTL O; 3CQN A; 1BSO A; 3WJF A; 1QJ9 A; 2RTE B; 2XKL A; 1EAL A; 3UEX A; 1A3Y A; 3FMZ A; 3TGC A; 2RTK A; 1U0X A; 2LA7 A; 2X55 A; 4DQ4 A; 3AAA A; 3BX8 A; 3SLO A; 2R4O A; 1LDQ A; 2KXP A; 4GH7 A; 4FES A; 5CHK A; 3U03 A; 1KFF A; 1NGL A; 2Y0K A; 1DFV A; 5HZ5 A; 1NBX A; 1NQM A; 5HZ9 A; 2FS7 A; 3POU A; 5G3A A; 4BJ8 A; 1HMT A; 5FQ7 E; 3AA7 A; 2LB6 A; 4FQE A; 3WZP A; 1EIO A; 8PRN A; 3NQK A; 3IA8 A; 4GCS A; 2AKQ A; 1K24 A; 2HZR A; 1FDQ A; 1SXX A; 2W80 C; 4DCB A; 4MVE A; 4TKH A; 3FID A; 3T6F A; 2FGQ X; 2R74 A; 3F8A A; 3LK4 1; 3SY7 A; 4O3Y A; 2WQ9 A; 4ZR2 A; 2PY1 A; 5K67 A; 3T0S A; 1SLG B; 1N9M A; 3B2H A; 1HXU A; 2Q2M A; 4GJS A; 1ZHX A; 2FHN X; 4ORU A; 1KT6 A; 4CPH B; 2OFM X; 3JQO A; 3T1D A; 3D96 A; 2JN3 A; 3FR5 A; 1P4T A; 4B55 A; 4INN A; 1G5W A; 5LJE A; 2MO5 A; 1YWB A; 3LK3 A; 1GGL A; 1VWO B; 3KVN A; 5G38 A; 3AEH A; 1T8V A; 2RTI B; 1Y52 X; 5IO5 A; 1SRG A; 4YGZ A; 5HCD C; 4EEJ A; 4XMH A; 4M7M A; 5F6B A; 4AZR A; 4AYD C; 4Z27 A; 1I06 A; 5JR8 A; 6PRN A; 2L9C A; 2AH7 X; 1D3S A; 3NQ9 A; 1SXY A; 4NNT A; 4WFV A; 2YNK A; 1JMZ A; 1XCA A; 2Y0L A; 4O4O A; 2XST A; 3VG3 A; 4MVI A; 1BLR A; 4CPI A; 3SY9 A; 4FSO A; 2RTR B; 1OSM A; 4Y0P A; 2GC9 A; 2GH7 A; 4AYI D; 3WZQ A; 5EZ2 A; 3SZV A; 1QWD A; 2PRN A; 3PH5 A; 4ZGF A; 1SLF B; 4YFQ A; 1SWT A; 4F4B A; 1IFC A; 5G39 A; 3C77 X; 1UYO X; 2OFR X; 1SWJ A; 4I9S A; 1HXX A; 4AKM A; 3ZW1 B; 1OEK A; 1WBI A; 5HTD A; 1XKI A; 4HPA A; 1DZK A; 4BX7 A; 1SLD B; 3AKN A; 2L68 A; 2A5C A; 5HA0 A; 1EW3 A; 5LJH A; 4ORR A; 3RDO A; 4N58 A; 3DTQ A; 2Y32 A; 4QAE A; 1JMX A; 4YDA A; 3UEV A; 5GV0 A; 1HQQ A; 4AYN A; 5GTI O; 3UAQ A; 3Q34 A; 3CQR A; 3ZI8 A; 1FEM A; 3RBY A; 4TLJ A; 2FR2 A; 2RTP B; 4PJ0 O; 5H9A A; 2GTL M; 4O3W A; 1N9Y A; 5F6Z A; 4IBA A; 2AL0 X; 1ZHT A; 1W5R A; 3KFH A; 4WHI A; 4NV7 A; 1MK5 A; 4U9C A; 3KQ0 A; 2ACP X; 2AT5 X; 3HWF A; 4A8Z A; 3EMM A; 1VWR B; 5GTH O; 2WR6 A; 1X8O A; 3EW2 A; 5IRA A; 5FEN A; 3FYF A; 3ZQ3 A; 2RTA A; 2MJI A; 3ZZV A; 1T0V A; 1GFN A; 3LHN A; 4U8U O; 3APX A; 1E06 A; 1RXJ A; 5H9N A; 3UEW A; 1BH3 A; 3T20 A; 2IZB A; 2WQA E; 4TKB A; 4B61 A; 4C4V A; 1N7Y A; 3G7X A; 1E2T A; 3EW1 A; 1TOU A; 1GT1 A; 3SLT A; 3HWG A; 4K3B A; 1KT3 A; 4AZP A; 1QJ8 A; 3WJC A; 3STK A; 2Y0H A; 1L6M A; 2I5V O; 2AF5 A; 2JMM A; 3FR4 A; 1A18 A; 4AYM C; 1A2D A; 3PED A; 2JMB A; 1PHO A; 3FIQ A; 1ZHY A; 3WZN A; 3CR6 A; 1PM1 X; 4K3C A; 3NAD A; 3FDC A; 1HXL A; 2A13 A; 4O49 A; 2BS6 A; 4LZU A; 1BRP A; 3BU9 A; 4O4X A; 2WVP A; 3RDS A; 2X9K A; 4GZV A; 2R8A A; 2ODJ A; 2RTD B; 3FA9 A; 1VWA B; 1FEN A; 4D6A A; 3L4R A; 4XMD A; 1E02 A; 1A57 A; 4UB6 O; 1KZW A; 1CJ5 A; 1VWP B; 4TJZ A; 1H91 A; 2KDY A; 3LV4 A; 2G5L A; 3AA6 A; 2W81 C; 1D2U A; 3UEU A; 3ELX A; 1SRI A; 2KZ7 A; 2Y3F A; 2F1V A; 4CPE A; 3PRN A; 4AZN A; 4ORW A; 1N4J A; 2QOM A; 4FT6 A; 3E3C A; 1X8Q A; 1B56 A; 2R4P A; 2UZ2 A; 4N7D A; 2YPV A; 2HNX A; 4OMW A; 2RD7 C; 2KTD A; 2OY5 O; 2G78 A; 2BLG A; 2DM5 A; 3FEP A; 3MBT A; 1H6S 1; 5G26 A; 3DA4 A; 3WYQ A; 1ICN A; 3AAE A; 3HW9 A; 2RQ0 A; 1LFO A; 2RA6 A; 1JJX A; 5TIS O; 4ZFX A; 3WXQ A; 3WBG A; 1MUP A; 2O62 A; 1BSY A; 4YFR A; 5JDP A; 1TOW A; 1QJP A; 1GKA B; 3B2J A; 1QAB E; 4CPF A; 2Z4H A; 4ZHG A; 1MPF A; 1MM5 A; 4ALO A; 2MHL A; 3SOT A; 3TGA A; 1YWD A; 2Y2X A; 4C69 X; 2F73 A; 1KQX A; 1SXW A; 4BX6 A; 2XE3 A; 1JJU A; 1VWI B; 4IAX A; 4L1N A; 3VG7 A; 5EED A; 1DZP A; 3S26 A; 5DL5 A; 2NND A; 7PRN A; 3F9D A; 4YGG A; 1QFT A; 4BCS A; 3WJE A; 4GDA A; 3FYX A; 1B4M A; 3RE6 A; 5T5F A; 1QY2 A; 3B2K A; 1KQW A; 3EBK A; 3POR A; 4EKV A; 3EM0 A; 4D65 A; 4KC7 A; 1SRE A; 4O3Z A; 4HWM A; 1MM9 A; 1HMS A; 5AFU L; 3CBC A; 3HTY A; 3BX7 A; 3VHI A; 3HOL A; 4D6B A; 4FSP A; 3DA3 A; 2C4I A; 1SWC A; 2KD2 A; 3NP1 A; 2F1T A; 3GP6 A; 4RUN A; 2WSJ A; 1MVG A; 2FRS A; 1CBI A; 3HWB A; 2WJQ A; 2RTG B; 4JFB A; 3RDQ A; 3O0E A; 4ALB A; 4FUV A; 4ZGU A; 3BY0 A; 1I9H A; 2BSZ A; 4GK9 A; 2IZI A; 1R0U A; 4GRJ A; 4A1H A; 3O2Y A; 1GX8 A; 2ZAI A; 1VWG B; 3JSQ A; 3QRC A; 4AKR B; 5D45 A; 2ZSC A; 1CBR A; 4U8U M; 3GAQ A; 4GD9 A; 4NLI A; 4Z28 A; 4CDF A; 3ZW0 A; 2OFB A; 4QGX A; 4BUM X; 2Z4I A; 4PUX A; 1NDJ A; 4UU2 A; 3VU1 A; 1T16 A; 3APV A; 3OJY C; 4TQ2 A; 3I0A A; 3HOE A; 1JV4 A; 1HN2 A; 1ADL A; 5LKE A; 4ODD A; 3TGB A; 3S5V A; 5ADX L; 3VZW X; 1CRB A; 5L8I A; 2KC0 A; 4ORX A; 4RUU A; 4EFG A; 4PR7 A; 2MWH A; 3VPJ E; 4BX5 B; 3SZD A; 4KR4 A; 4L3R A; 1HMR A; 5B5E O; 3BSZ E; 3WJD A; 3TZS A; 3H3I A; 2K4T A; 3P6F A; 5EEE A; 4JNJ A; 1HQP A; 2BT9 A; 1HXT A; 5B3M O; 1OEE A; 5B5F A; 2R4L A; 2C1Q A; 2W2B A; 5AJC A; 5H8T A; 1YP7 A; 4NP1 A; 1ZNL A; 2F09 A; 3DZM A; 4ID2 A; 1SWF A; 1X71 A; 1I05 A; 1MX7 A; 5B66 O; 4FQB B; 5IRW A; 2XTR A; 5BVT A; 3VY9 X; 3RZY A; 1MM4 A; 5DG4 A; 1JJJ A; 1Y9T A; 2JOZ A; 4I95 A; 4GGR A; 1SY3 A; 4I9R A; 1IZN B; 1W6F A; 4EQA C; 4FZL A; 1SRH A; 2ASN X; 1SWB A; 2VDF A; 3ZW2 A; 1EPB A; 4I6S A; 4GE1 A; 1OBU A; 1KL3 A; 2ANS A; 1EPA A; 4KT5 A; 2WEX A; 4QQ1 A; 3RKG A; 4CV7 A; 4CK4 A; 1ZNE A; 2FLJ A; 1RBP A; 1ZNG A; 3WVM A; 5FVN A; 3C5O A; 1IJ8 A; 3FW5 A; 3WU2 O; 2YG2 A; 1LNM A; 2OZQ A; 5BVS A; 2OVA A; 4RJW A; 1ERB A; 1GFO A; 4XMC A; 4Z2P A; 1WUB A; 5HZ6 A; 1QY0 A; 1FJ1 E; 1T1L A; 2FKG A; 2AMM X; 4XME A; 4GNY A; 4KII A; 1JZU A; 4M6S A; 2GJ5 A; 5BYP A; 3SLJ A; 1HBQ A; 3F6Z B; 2CM9 A; 1KL5 A; 3VZT X; 4G75 A; 2A3F X; 3RY2 A; 2EU7 X; 4IAW A; 3LK2 B; 3KZA A; 2QO5 A; 4AFK A; 4D5U A; 2BC3 A; 4HPB A; 1S5L O; 3WI5 A; 5HCE C; 3KFI A; 4ORS A; 1BXW A; 3VHH A; 2Y7S A; 3T2W A; 2IZK A; 1GX3 A; 5HZ8 A; 4YCE A; 1G90 A; 2IZC B; 1BT9 A; 4MIS A; 1OBP A; 4YBP A; 3C76 X; 4FZM A; 4QYN A; 5IRU A; 5LJB A; 4GUZ A; 1RXK A; 3AA0 A; 1VWH B; 5FQ6 E; 2NNE A; 4IAB A; 3U0D A; 4Y59 A; 5HA1 A; 2W2F A; 3AA1 B; 3DWN A; 1AEL A; 1JYJ A; 3LTW A; 1YP6 A; 3BS0 A; 1GXA A; 2FR3 A; 4MEE A; 1ALB A; 1LCZ A; 1ZNH A; 4XNL A; 4E1T A; 1Z24 A; 4GHB A; 1ZNK A; 1QFV A; 1MDC A; 2GTL N; 4IMO A; 5AEO A; 4LSI A; 2L67 A; 2A0A A; 1MEP A; 5CE4 A; 1AVD A; 4JCH A; 2Q39 A; 4N75 A; 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