The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
217
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structure length |
217
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Chain Sequence |
MIKLRMPAGGERYIDGKSVYKLYLMIKQHMNGKYDVIKYNWCMRVSDAAYQKRRDKYFFQKLSEKYKLKELALIFISNLVANQDAWIGDISDADALVFYREYIGRLKQIKFKFEEDIRNIYYFSKKVEVSAFKEIFEYNPKVQSSYIFKLLQSNIISFETFILLDSFLNIIDKHDEQTDNLVWNNYSIKLKAYRKILNIDSQKAKNVFIETVKSCKY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Bacteriophage T4 gene 59 helicase assembly protein binds replication fork DNA. The 1.45 A resolution crystal structure reveals a novel alpha-helical two-domain fold.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| molecule keywords |
BPT4 GENE 59 HELICASE ASSEMBLY PROTEIN
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| total genus |
79
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| structure length |
217
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| sequence length |
217
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08993 | T4_Gp59_N | T4 gene Gp59 loader of gp41 DNA helicase |
| A | PF08994 | T4_Gp59_C | T4 gene Gp59 loader of gp41 DNA helicase C-term |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Annexin V; domain 1 | Bacteriophage T4, Gp59, helicase assembly protein, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1R7R A; 3PFI A; 1NY5 A; 1HQC A; 4LCB A; 1IQP A; 3HU1 A; 2QP9 X; 1S3S A; 1IXR C; 4FCW A; 2BJW A; 4L15 A; 2DZO B; 1E32 A; 4FWG A; 4LGM A; 2X8A A; 4ZPX A; 3D8B A; 1IN5 A; 3GLH A; 1SXJ A; 4QOS A; 1KSF X; 1W5S A; 3GLF A; 2CE7 A; 1JR3 A; 2R65 A; 3KDS E; 3WHL A; 2DZN B; 1IXS B; 2XSZ D; 3SYK A; 1NJF A; 3H4M A; 4JN6 A; 3VFD A; 2RKO A; 5EXT A; 3GLI A; 1SXJ E; 1G4A E; 3EIE A; 4QNM A; 2QBY A; 2Z4S A; 4EIW A; 3GLG A; 3PXG A; 1XXH B; 4A3V B; 2HCB A; 2ZAM A; 2ZAN A; 3HU2 A; 2C9O A; 1G41 A; 1LV7 A; 2C98 A; 3M0E A; 1X37 A; 1IY0 A; 2QPA A; 1IN6 A; 2C9C A; 1C1K A; 2VII A; 3M6A A; 4WW0 A; 5JI3 E; 1E94 E; 1HT1 E; 4L16 A; 1IM2 A; 5FTN A; 5EXX A; 4FW9 A; 5FTL A; 5FTM A; 2DHR A; 5EP2 A; 3WHK A; 3GLH B; 4FD2 A; 1SXJ B; 4QNR A; 4FCV A; 2V1U A; 3GLF B; 3HWS A; 1NSF A; 1NY6 A; 1HQY E; 3KW6 A; 1HT2 E; 4LJ8 A; 3SC3 A; 2QEN A; 5FTK A; 5DYG A; 1OJL A; 1DO2 A; 2DWZ B; 1W5T A; 4LJ5 A; 1XWI A; 5EXP A; 3GLI B; 4LJ4 A; 4I4L A; 2CHV A; 4LRT A; 2QBY B; 3GLG B; 2KRK A; 4LJ6 A; 5FTJ A; 1D2N A; 5JI2 E; 1NJG A; 1SXJ D; 3ZH9 B; 3PVS A; 4LJ9 A; 1IXZ A; 4LJA A; 2CHQ A; 5C1B A; 1JR3 D; 5EP1 A; 4GIT A; 2QZ4 A; 4I81 A; 3DZD A; 4LRS A; 3AJI B; 1QZM A; 3SYL A; 4L4U A; 3EIH A; 1QVR A; 2XSZ A; 4KOD A; 4D81 A; 1IY2 A; 1DO0 A; 4LZZ A; 2BJV A; 2ZAO A; 4Z8X A; 4KLN A; 3U61 B; 2R62 A; 3MHV C; 4QHS A; 3CF2 A; 5EXS A; 2FNA A; 1G3I A; 2Z4R A; 3U60 B; 1IN8 A; 4LY6 A; 2DVW B; 3HU3 A; 1L8Q A; 1OFI A; 2C99 A; 3K1J A; 3UK6 A; 4QHT A; 3B9P A; 4LJ7 A; 1IN4 A; 1KYI A; 1FNN A; 1IN7 A; 1R6B X; 1UM8 A; 3BOS A; 4D80 A; 2CEA A; 4FWD A; 1SXJ C; 5DYI A; 5EQT A; 3CF0 A; 5C18 A; 5EP3 A; 1OFH A; 4FCT A; 1IY1 A; 2C96 A; 4KO8 A; 5EP4 A; 3U5Z B; 1J7K A; 3VLF B; 2V6Z M; 1NVM A; 1XXH A; 4FWH A; 3R8F A; 1JQJ C; 2CHG A; 4D82 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JAM S; 3VK7 A; 3SAW A; 3IG8 A; 2IE6 A; 2FS1 A; 3PFI A; 4GC9 A; 5ITU A; 4BBA A; 2F5Q A; 1BCW A; 2RRU A; 2QNJ A; 4B08 A; 3KSX A; 3FUV A; 2M60 A; 3GPY A; 4FCW A; 4L6V 6; 4GMQ A; 1R5L A; 2DZO B; 5KO3 A; 2OOB A; 4LZJ A; 4JI2 M; 2HYU A; 4NSR A; 4GC5 A; 1KFV A; 2R0D A; 4C0A A; 4DR5 M; 3E9S A; 2UXB M; 1IN5 A; 3UGJ A; 1RU3 A; 3FRI A; 4MM3 B; 3HGI A; 3NBI A; 1GKI A; 1YE9 A; 1BCY A; 2CE7 A; 1LKV X; 2R65 A; 3HHY A; 3WHL A; 3FD9 A; 4OIY A; 1HR0 M; 2XSZ D; 2JP7 A; 3GO8 A; 4MGZ E; 2J5Y A; 3SYK A; 2L6O A; 3H4M A; 3JR4 A; 1I4W A; 3VFD A; 3F92 A; 1QZE A; 2KEB A; 3L28 A; 4LF8 M; 3VDP A; 3W67 A; 1YGM A; 3KP1 E; 1L2D A; 3FTE A; 1SXJ E; 2XEP A; 3FYC A; 3EIE A; 4XGI A; 1HVE A; 3B89 A; 3GLF E; 2HAK A; 1N32 M; 4JI7 M; 2CV1 A; 3GLG A; 4D7R A; 3KS4 A; 3PXG A; 3TWL A; 1JR3 E; 1PJS A; 4X66 M; 2XO3 A; 4LF6 M; 3I01 M; 3SWV A; 2XH9 A; 1I4A A; 1LV7 A; 3SAU A; 3K2L A; 1IY0 A; 1OAI A; 5E6J A; 2VII A; 3AV0 A; 3QWL A; 4M9S A; 4PD2 A; 5JI3 E; 1R4A E; 1W7B A; 2CUZ A; 3FYD A; 3NBX X; 3SAV A; 2F4V M; 4M9Z A; 3D8L A; 3U6P A; 2LVP C; 3FUX A; 2AHM A; 2K9D A; 3KOY E; 4RF0 A; 5FTM A; 2XFS A; 2JY7 A; 2UUC M; 3TW5 A; 2XFT A; 3Q8G A; 1C7Y A; 4KN4 X; 2EJS A; 4FCV A; 1BC3 A; 3SMS A; 3A46 A; 1DGB A; 1NSF A; 4G4N A; 4B7G A; 4FQ0 C; 1HVD A; 3SC3 A; 2OQ4 A; 3HJL A; 1K82 A; 2R6F A; 3I04 M; 2KZS A; 1R8M E; 4OX9 M; 1DO2 A; 1TH4 A; 2K47 A; 4RNA A; 3E4R A; 4WP2 A; 3I4V A; 2ZHI A; 2BWE A; 4CGY B; 3C58 A; 2QBY B; 2XO2 A; 1D2N A; 1G71 A; 3ZH9 B; 2HL7 A; 3A98 B; 4L8R C; 3J7A S; 3U6L A; 1OIZ A; 3LQR A; 3U6O A; 1ZMU A; 4LJA A; 4R3D A; 2DNA A; 4NL4 H; 5DNY A; 3SHG B; 2IIC A; 4PDG A; 3KSJ A; 1T43 A; 2LXE A; 1DGF A; 4OU7 A; 2KDL A; 2KNA A; 4AG6 A; 4DV1 M; 4GHL A; 5BR8 M; 1TDH A; 3FUT A; 4M9X A; 3E46 A; 2HHH M; 2H0K A; 4XBO A; 2Q2E B; 1XT0 B; 1WGN A; 3MHV C; 3E21 A; 3TPZ A; 3CF2 A; 1HVG A; 4MDU A; 4A4P A; 3FUU A; 5EXS A; 1ORY B; 1PJQ A; 1T3T A; 4ITQ A; 1D0K A; 1IN8 A; 4LY6 A; 1N36 M; 1GJT A; 2DVW B; 1SAV A; 1L8Q A; 1A5T A; 1DM5 A; 2WSE F; 2EO2 A; 3AL0 C; 3K1J A; 4QHT A; 2WZJ A; 3B9P A; 1KYI A; 2MRO B; 1R4G A; 1ANN A; 4HRE A; 1WHC A; 5LMU M; 1MN3 A; 2JZ0 A; 1MJG M; 1WXQ A; 5DYI A; 5EQT A; 4X62 M; 3U6S A; 5FSW A; 1PJI A; 1NNJ A; 1IY1 A; 1YUB A; 3U5Z B; 3ABR A; 3I4Y A; 3QAU A; 3VLF B; 1YII A; 4JWL A; 3KFU G; 1XJL A; 1YCN A; 2JNH A; 5IT9 S; 1UFZ A; 4FWH A; 4DR1 M; 4JV5 M; 2II2 A; 1NO1 A; 1NHW C; 3B7N A; 3L8N A; 2LWX A; 5BPV A; 4JI4 M; 1VDD A; 2FE8 A; 1AVC A; 4LCB A; 4MGI E; 1IQP A; 3HU1 A; 1A8B A; 3KOW E; 2QP9 X; 3LW5 F; 3VKH A; 3USW A; 1TF0 B; 3Q8X A; 2LBC A; 3AFH A; 2BJW A; 4OVZ B; 4IBC A; 3TE6 A; 4EVF A; 1TTE A; 2G8L A; 2Z3X A; 4LF7 M; 4CJ6 A; 1HNZ M; 2K6B A; 2JA2 A; 4LGM A; 5IWA M; 4DV3 M; 3QYE A; 1SXJ A; 1V34 A; 2B3T A; 2CV0 A; 1W5S A; 3GLF A; 2JY6 B; 2KRU A; 1JR3 A; 2KW0 A; 1OIP A; 2ZHJ A; 3AOE C; 1ANX A; 1IXS B; 3GRY A; 3TL4 X; 1HJP A; 4B7F A; 1L1T A; 4IBE A; 5KPR A; 2F5S A; 1G59 A; 1BCZ A; 2D7H A; 3TWK A; 1OQY A; 4QNM A; 3SBJ A; 4CIZ A; 2H5X A; 4GHA A; 1BO9 A; 4A3V B; 2BWB A; 2P5T A; 2Z7J A; 3UZU A; 1N77 A; 4AW4 A; 2HCB A; 3HU2 A; 2C9O A; 3TWM A; 2UUA M; 4JI6 M; 1LTM A; 3M0E A; 1I94 M; 3RGS A; 2OO9 A; 2QPA A; 2XF3 A; 3DOA A; 4G6Z A; 1L1Z A; 1OKS A; 2VQF M; 3U5Z A; 2X4A A; 2C9C A; 1AEI A; 4WW0 A; 2DAI A; 1G5N A; 1RE0 B; 2MH8 A; 1E94 E; 1WIV A; 1D0M A; 1HT1 E; 1IM2 A; 2YFQ A; 4JYA M; 5EXX A; 5ITY A; 2E5L M; 5FTL A; 3T15 A; 4LF9 M; 4QOZ C; 2DHR A; 3J80 S; 2VDB B; 5EP2 A; 3AJC A; 4LG2 A; 1L2C A; 3WHK A; 5KPT A; 1PGY A; 2C5R A; 2DAE A; 2JY5 A; 3GLH B; 2KNV A; 2R4J A; 3J7B A; 3DA1 A; 2JWS A; 3FUW A; 3GPU A; 2V1U A; 1HVF A; 3U60 A; 1BC1 A; 1QAN A; 3HJ8 A; 3KW6 A; 1HT2 E; 2CWB A; 4JK1 X; 4LJ8 A; 2JZ1 A; 4DV7 M; 4I5S A; 2R44 A; 1GJS A; 4MH0 E; 4JI0 M; 4GKK M; 2DAG A; 3UMM A; 4B3R M; 1L2B A; 1MCX A; 2L09 A; 4LJ5 A; 1W5T A; 4NC6 A; 5EXP A; 3W0F A; 4AG5 A; 3LCU A; 3GLI B; 1Z5A A; 3U6D A; 1R2Z A; 2CHV A; 1QC7 A; 2ZOC A; 1OTR A; 5LMN M; 2G5G X; 3KP0 E; 1NJG A; 3MJ5 A; 5JI2 E; 5L8R F; 1QUT A; 1XB2 B; 4IJE A; 3PVS A; 4LJ9 A; 4Q7J A; 4RF1 A; 3T6P A; 2XZU A; 3KXE C; 4MGK E; 2DHY A; 2N35 A; 4NSO B; 3PNV A; 2D7G A; 2EA0 A; 3L27 A; 2ZTC A; 4GKJ M; 2RAN A; 1AVH A; 3AJI B; 3T1H M; 4X65 M; 3LMM A; 1DGH B; 3EIH A; 3RGP A; 1H6U A; 2UU9 M; 1Y8G A; 4LZZ A; 1DO0 A; 2L7I A; 3SOH B; 1NV8 A; 4KLN A; 3J2P B; 2EUC A; 2R62 A; 4DV2 M; 3U61 B; 4QHS A; 3OTO M; 1SG9 A; 1G3I A; 2FH0 A; 3VDU A; 1M9I A; 1VG5 A; 1AII A; 1YSY A; 5DFL A; 3LVV A; 3FTD A; 3UK6 A; 2I7P A; 4B3M M; 3CTW B; 2LHC A; 2DAK A; 1MX0 A; 2VF8 A; 2CEA A; 4LGY A; 4X64 M; 4PCZ A; 4HEO A; 1Z59 A; 5C18 A; 4NOO B; 5EP3 A; 2MGW A; 3GQ5 A; 2DWL A; 1N34 M; 1QAM A; 2C96 A; 2G3Q A; 4IBG A; 5EP4 A; 3GQ4 A; 2F5O A; 2OY9 A; 2L4F A; 2DWN A; 2J7O A; 2W82 A; 1N42 A; 5KQD A; 2A5Y B; 1NVM A; 1V33 A; 2JXN A; 3R8F A; 1K3X A; 2YQZ A; 4D82 A; 1JB0 F; 2KNZ A; 1R7R A; 4HLQ A; 4LF4 M; 1NY5 A; 4K0K M; 1HQC A; 3CF6 E; 1IBK M; 4CIS A; 1KU1 A; 1W3W A; 1YLA A; 3GPP A; 1MU5 A; 4L78 A; 1IXR C; 2CP8 A; 1VDL A; 1Z5B A; 3ABO A; 4JXH A; 2QSF X; 5ITQ A; 2VXG A; 4FWG A; 3LQQ A; 2LH0 A; 4B7H A; 3FKE A; 3R9X B; 4F1I A; 1PJJ A; 2L4E A; 1NV9 A; 3HX3 A; 3NWL A; 4DBG B; 1XMO M; 3J27 B; 1S9D E; 3L26 A; 4JI1 M; 2R18 A; 3B7Z A; 4EVH A; 4GEW A; 1VEK A; 3KDS E; 5GKN A; 1XNR M; 1XHB A; 3SAT A; 2CFO A; 3TQS A; 4JMO A; 2Y0Q A; 1NJF A; 1QQW A; 4JN6 A; 1AIP C; 3M7G A; 3C9P A; 3J81 S; 1J5E M; 2DXI A; 1AUA A; 1V92 A; 3GLH E; 2LTU A; 4G4R A; 4BLC A; 1DV0 A; 8CAT A; 1NHG C; 2ZTD A; 3HHX A; 2Z4S A; 2BNK A; 4OW0 A; 2QBY A; 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