The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
42
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sequence length |
124
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structure length |
124
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Chain Sequence |
PDISAKDLRNIMYDHLPGFGTAFHQLVQVICKLGKDSNSLDIIHAEFQASLAEGDSPQCALIQITKRVPIFQDAAPPVIHIRSRGDIPRACQKSLAPVPPSPAIDAGWVCVFQLQDGKTLGLKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Development of RNA Aptamers Targeting Ebola Virus VP35.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Zaire ebolavirus
|
| molecule keywords |
Polymerase cofactor VP35
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| total genus |
42
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| structure length |
124
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| sequence length |
124
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KS4 A; 3L28 A; 4IBK A; 3L29 A; 3L27 A; 4IBF A; 4GHL A; 4IBB A; 4GHA A; 3L2A A; 3L26 A; 4IBG A; 4IJE A; 4IBD A; 4IBJ A; 3KS8 A; 3FKE A; 4IJF A; 4LG2 A; 4IBI A; 3L25 A; 4IBE A; 4GH9 A; 5BPV A; 4IBC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JQJ C; 1XWI A; 1L6J A; 3WD2 A; 1HNX M; 1OJL A; 4OVZ B; 3W0L B; 2L4F A; 1TGU A; 4BLC A; 2MH8 A; 1WJ7 A; 2VDB B; 2L6O A; 3ZH9 B; 1IN8 A; 1SXJ E; 2CWB A; 1Z59 A; 1QYR A; 4JI0 M; 3L26 A; 4LJ4 A; 1E6P A; 1TR8 A; 2HWJ A; 3H4J A; 1SXJ C; 4GIP A; 1QDR A; 3OTO M; 4NSO B; 3NBI A; 1ZMU A; 3M6A A; 2XH9 A; 4B7H A; 4AI6 A; 1IXS A; 2EO2 A; 4QOS A; 1VEG A; 4QNR A; 3HY5 A; 3B89 A; 1H0G A; 4LGM A; 1PM5 A; 2CEA A; 4Z2L A; 3NWL A; 1XB2 B; 3HGI A; 5FTL A; 2J5Y A; 3W68 A; 2BJV A; 2JE5 A; 4X66 M; 3HON A; 4ANR A; 4L8R C; 3WD1 A; 4FCV A; 1R6B X; 2XGN A; 1YUB A; 2XSZ D; 5ITT A; 2L2D A; 4JI6 M; 4TX8 A; 2CHQ A; 1MX0 A; 2DZN B; 2QBY A; 1OFI A; 1XNR M; 2L7H A; 2KW0 A; 1G59 A; 1W1Y A; 2Y2P A; 4NZ4 A; 1Q39 A; 3L27 A; 1F4I A; 2DVW B; 4DR5 M; 2BWE A; 2Y2L A; 2KNZ A; 2HCB A; 3CF0 A; 4KOD A; 3K9P A; 2KEB A; 4JXJ A; 2VF7 A; 3RFW A; 4LF4 M; 1TDZ A; 4LF8 M; 2OOA A; 3F92 A; 4NRW A; 4Z2G A; 1QUT A; 3J7B A; 1O6I A; 7CAT A; 4JYA M; 4JI8 M; 4LJ7 A; 5KQ8 A; 2C98 A; 2JY5 A; 2MRO B; 3GPX A; 3T15 A; 4LZZ A; 1KSF X; 1ORY B; 3GRY A; 1PDC A; 1W1V A; 3FRI A; 2DHR A; 4LGY A; 3NBX X; 1XNQ M; 4AQY M; 3LVV A; 1NV9 A; 2LVO C; 5FLX S; 4LF5 M; 4GKK M; 2FH0 A; 1UR9 A; 1ZV1 A; 3RGP A; 2DEN A; 3U6L A; 3DFZ A; 3FTE A; 3VKH A; 3AKZ A; 1T43 A; 3J27 B; 3SAT A; 1E88 A; 4WW0 A; 1SXJ D; 2M60 A; 2ZTD A; 4PDI A; 1SG9 A; 5KPT A; 1OFH A; 4FD2 A; 4OJ6 A; 1QVR A; 5EXX A; 3LQQ A; 5LMN M; 2Y2H A; 2BJW A; 3J2P B; 4GIT A; 2DHY A; 3E4R A; 2Z8Y M; 1S3S A; 3C3E A; 4AW4 A; 4JI4 M; 3U6S A; 4NZ3 A; 4OJL A; 4MH0 E; 4AG6 A; 3PNV A; 4QOZ C; 2LVN C; 4P17 A; 2B3T A; 2EKF A; 1N36 M; 4BB9 A; 3UK6 A; 3U6Q A; 1IXZ A; 4DV7 M; 1YU0 A; 2LNH C; 4I5S A; 1N33 M; 2ERC A; 1WGN A; 1GKI A; 3TWK A; 2V1C A; 3KOY E; 3HU2 A; 2R6F A; 2JP7 A; 3AOE A; 1OTR A; 2CHG A; 3K8Z A; 4GH9 A; 4R3D A; 1Q02 A; 3HJ8 A; 3UGJ A; 2KA6 B; 1W5S A; 3SAW A; 5L8R F; 2I7N A; 5IT9 S; 1R5L A; 4IBF A; 1GVN A; 4FCW A; 5EP1 A; 4AG5 A; 3UJN A; 4L4U A; 2DZL A; 1PRB A; 4RNA A; 3J80 S; 3MHV C; 5ITQ A; 1LTM A; 2QSF X; 1IFY A; 1J7K A; 1Q3C A; 3WHL A; 3GLF A; 1GJT A; 4WUR A; 2UWX A; 3AOE C; 3FYC A; 3GRV A; 3SYL A; 3GLI B; 2JZ0 A; 1G8P A; 1MN3 A; 3KW6 A; 4L16 A; 2BNK A; 4G4R A; 1IM2 A; 3GLH A; 2RRU A; 3QWL A; 1TH2 A; 1PJJ A; 4X65 M; 3UMM A; 4IJF A; 2MGW A; 3GLG A; 1XHB A; 2LVA A; 5LMU M; 1KYI A; 1KS0 A; 2AHM A; 2RGH A; 2K47 A; 5EXS A; 5BPV A; 1CUK A; 4LFB M; 1N77 A; 3SMS A; 3U5Z A; 1Z5C A; 3U61 A; 3FYD A; 2XF3 A; 3A98 B; 2K6B A; 1T3T A; 2ZBK B; 4XGI A; 4G4O A; 1I4W A; 4X62 M; 1ED7 A; 1R2Y A; 3LMM A; 4RKU F; 3TWM A; 3J81 S; 1OAI A; 3FE3 A; 5EQT A; 1OIP A; 2CV1 A; 2EUC A; 2KHH A; 3I04 M; 2Y0Q A; 3MMP A; 1EE8 A; 4YHH M; 1W5T A; 3T1Y M; 3MQL A; 2JXN A; 3KOW E; 2HKJ A; 2FS1 A; 4G6Z A; 1N78 A; 3FUT A; 2IOU A; 4OW0 A; 1PJI A; 1E94 E; 2QP9 X; 4NYY A; 2BWB A; 3HU3 A; 3QYB A; 4XK8 F; 1AIW A; 1G3I A; 2R62 A; 1G4A E; 2Z4R A; 3B7N A; 2LBC A; 3DOA A; 4QNM A; 3WD3 A; 1WHC A; 1FJG M; 1D2N A; 2M5Z A; 2QNJ A; 4JI3 M; 1E6N A; 1V33 A; 4OVZ A; 1L1Z A; 3GRU A; 4OJO A; 2VII A; 4JI5 M; 3KVW A; 1JR3 A; 1E6R A; 1G41 A; 1E9S A; 4I81 A; 4L15 A; 4NXN M; 2Y0T A; 5DNY A; 4MB3 A; 4CIZ A; 1N34 M; 3HJQ A; 3ZCB B; 3BXW A; 3TWL A; 2UXC M; 4DV6 M; 1TF0 B; 1W1P A; 1ZQ9 A; 5GKN A; 4LFC M; 1CXW A; 2R44 A; 3IEC A; 1H0I A; 2L4E A; 4DR6 M; 4JV5 M; 2G3Q A; 4D82 A; 4MGH A; 4EIW A; 1IY1 A; 3C3D A; 3FKE A; 3HZJ A; 4PDG A; 3J7A S; 2DWZ B; 1K3W A; 4Z2H A; 2F5P A; 3VLF B; 3U6D A; 1QAN A; 4LG2 A; 2DWN A; 4GMQ A; 2V5O A; 4KT0 F; 2DWL A; 3V76 A; 1NJF A; 1IXR C; 1DO0 A; 1NV8 A; 2X49 A; 1UM8 A; 4DUZ M; 2KZU A; 4LF7 M; 5JI3 E; 3E46 A; 2FOI C; 4B7G A; 3FRH A; 3LVW A; 2Y2K A; 1LV7 A; 3KXE C; 4DV5 M; 2C9C A; 2DAE A; 3AOG A; 1L8Q A; 1KFV A; 3FUV A; 2Z3X A; 1X37 A; 2KRU A; 1DO2 A; 3PNY A; 1OQY A; 3EIH A; 3FTD A; 2DKL A; 4MM3 B; 3K92 A; 3TL4 X; 4PD2 A; 2CE7 A; 2O25 A; 4LJA A; 4DR3 M; 2CV0 A; 4X64 M; 2UUB M; 5KPZ A; 3I4Y A; 3I51 A; 2D7H A; 5E26 A; 3RE8 A; 4AZF A; 5JI2 E; 1JB0 F; 1H8P A; 4DV4 M; 5EXT A; 5IWA M; 4OX9 M; 2YNM D; 1E8B A; 1HNZ M; 1QZM A; 1L2C A; 3KSX A; 2OQ4 A; 2C96 A; 2D49 A; 2JA2 A; 1MJG M; 3SMP A; 3HHX A; 2LVP C; 3FTF A; 2QQ8 A; 2XLJ A; 1Z5B A; 1DGB A; 2JNH A; 2G5G X; 1H6U A; 3CGW A; 2E5L M; 3VDP A; 3LCU A; 2VQF M; 2RGO A; 4MGI E; 2R4J A; 3KP1 E; 3EIE A; 3C9P A; 2DAM A; 4S12 A; 3T6P A; 2C5R A; 3GP1 A; 2HAK A; 3B74 A; 3HX3 A; 2V1U A; 4JI1 M; 4LF6 M; 1V34 A; 2WSE F; 4DV3 M; 4NY2 A; 3JR4 A; 3B7Z A; 3U60 B; 1IN7 A; 2JUJ A; 3UZU A; 2GQF A; 4NC6 A; 3E21 A; 4HMD A; 2JWS A; 2XEP A; 1IBK M; 1NHW C; 5FTK A; 1W1T A; 2FN2 A; 1TDH A; 2QEN A; 3L28 A; 1QAM A; 3Q8X A; 3HHZ A; 2Y2N A; 4D80 A; 5EP3 A; 4BBA A; 3WX7 A; 3HHY A; 2J7O A; 3E9S A; 3VDU A; 1K82 A; 3I4V A; 2JY7 A; 1E6Z A; 1DGG A; 4LJ5 A; 1UR8 A; 3HKP A; 4LRT A; 1OIZ A; 3PFI A; 3AV0 A; 1L2B A; 4GHA A; 4NZ1 A; 2JCH A; 1YSY A; 1BVS A; 4B7F A; 3HWS A; 1E32 A; 1HT2 E; 3GLI A; 1NY5 A; 4IJE A; 5FTN A; 1VQ1 A; 1YU4 A; 1A5T A; 5C1B A; 4MB7 A; 1HR0 M; 2KRK A; 4LY6 A; 4NYU A; 1PJQ A; 4NOO B; 1IBM M; 1XXH B; 3LCV B; 2Z7J A; 4Y28 F; 4HEO A; 2L09 A; 2YQZ A; 2DNA A; 4B3S M; 4HMC A; 2K9D A; 3SHG B; 3W67 A; 4CIS A; 1IY0 A; 2XFT A; 2ZM6 M; 1L2D A; 4LJ8 A; 2UXD M; 4W5W A; 4LFA M; 1QO6 A; 3GLF E; 5EP4 A; 3GLI E; 4NL4 H; 1C7Y A; 4RF0 A; 4OJP A; 2OOB A; 1GL6 A; 2APL A; 3GQ4 A; 4Z2K A; 3AFH A; 1R4G A; 3L29 A; 2JZ1 A; 3JR5 A; 3KDS E; 2KNA A; 3VK7 A; 3GLH E; 3WHK A; 4HLQ A; 4M9S A; 8CAT A; 1K3X A; 1QQW A; 3GLG E; 3SAU A; 1HNW M; 3PXG A; 3VFD A; 3W0F A; 4IBD A; 3U6C A; 5DYI A; 2QZ4 A; 4B3R M; 2R0I A; 4GC5 A; 3TQS A; 3ZQJ A; 1NY6 A; 1EIJ A; 4Z2I A; 1YLA A; 4KHP M; 2R45 A; 2CRU A; 2R18 A; 3LQR A; 4MGK E; 1GXD A; 1WGL A; 2YR0 A; 1D0M A; 2O01 F; 4F2L A; 3KFU G; 4AKG A; 3LW5 F; 4REZ A; 2QPA A; 2KXE A; 1Q3B A; 2C9O A; 5ITY A; 2Y2J A; 4NXM M; 1WIV A; 4DR1 M; 4B3T M; 3HU1 A; 4IBK A; 2UXB M; 1E15 A; 1YE9 A; 1YU1 A; 2F5N A; 5A2Q S; 3HSH A; 4GRI A; 4GHL A; 1NNU C; 1NO1 A; 1OAO C; 4FWH A; 5E6J A; 1YUE A; 4D81 A; 3FD9 A; 2LVQ D; 3K2L A; 4CJ6 A; 1VEJ A; 1J7M A; 3BOS A; 2DAI A; 3SAR A; 2VF8 A; 1DGH B; 1IN6 A; 3GPY A; 2F5O A; 4AKH A; 4UN2 B; 1P3Q Q; 2QHO B; 1JR3 E; 3QAU A; 1OGB A; 4M0D A; 1NNJ A; 1OGG A; 3QYE A; 2Y21 A; 3KP0 E; 4DBG B; 4M9X A; 3AL0 C; 2KZS A; 4GEW A; 3HHW A; 3PVS A; 2DI0 A; 1SXJ B; 2OPF A; 4IBE A; 2DAK A; 3M0E A; 1XC8 A; 2DXI A; 2DZO B; 2J7N A; 3CTW B; 4F1I A; 4DR2 M; 5FSW A; 2Y2I A; 4DV2 M; 1G71 A; 4L6V 6; 2Y20 A; 4LF9 M; 1GLN A; 2OO9 A; 1QUS A; 1L1T A; 3GPP A; 1HQC A; 1DV0 A; 4MB5 A; 4IIW A; 2UUC M; 3CF6 E; 2ZAN A; 5H37 D; 3M7P A; 3T38 A; 1R7R A; 2CP8 A; 2WSF F; 4I4L A; 1AIP C; 3KS8 A; 3Q8G A; 1J5E M; 1IXS B; 4QHT A; 2L7I A; 2X8A A; 1NVM A; 4FWD A; 4LJ9 A; 4M9Z A; 1RU3 A; 1VEK A; 2CUZ A; 3THG A; 3K9O A; 4JI7 M; 1I94 M; 2V6Z M; 4IBC A; 5F3W A; 3FTC A; 3MK6 A; 4I8O A; 3TPZ A; 1ZMV A; 2WZJ A; 3KS4 A; 3SAS A; 2QBY B; 4LCB A; 3SBJ A; 3IG8 A; 4ITQ A; 4DR4 M; 1C1K A; 1V92 A; 2F4V M; 4DV0 M; 1QAQ A; 2YFQ A; 2DAG A; 3M7G A; 4GC9 A; 1PJT A; 4NSR A; 1IBL M; 4JI2 M; 1N75 A; 3ZC7 B; 1EFU B; 3L2A A; 3CF2 A; 2HL7 A; 3KOX E; 2H5X A; 1AUA A; 4KLN A; 1GO5 A; 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