The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
DMKDLRGVEEVVIKLKRKEIIIKNPKVNVMEFMGQKTYQVTGKARERSLEAEMEIPEDDIELVMNQTGASREDATRALQETGGDLAEAIMRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Chaperone
|
| source organism |
Methanothermobacter marburgensis
|
| publication title |
The crystal structure of archaeal nascent polypeptide-associated complex (NAC) reveals a unique fold and the presence of a UBA domain
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
conserved protein (MTH177)
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| total genus |
17
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; | Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WZJ A; 4DBG B; 2MR9 A; 2JY5 A; 3GLH E; 1ZMW A; 2LVN C; 2L2D A; 2DKL A; 1TTE A; 1CUK A; 2LVO C; 2BWB A; 3GLF E; 2JP7 A; 1QZE A; 2LVA A; 2CP8 A; 1F4I A; 1WJ7 A; 3IEC A; 2JZ0 A; 1XB2 B; 2DHY A; 1G4A E; 1VEJ A; 3H4J A; 3MCB A; 2K0B X; 1WGL A; 2DZL A; 1HQY E; 2JY8 A; 2QHO B; 3FRI A; 3K9O A; 4F1I A; 3LCU A; 1MN3 A; 1DO0 A; 1A5T A; 2QSF X; 1UFZ A; 2JZ1 A; 2MGW A; 2G3Q A; 2QNJ A; 2DAE A; 1HT1 E; 2HWJ A; 3BBZ A; 1G3I A; 1VEG A; 2H5X A; 3GLG E; 2MRO B; 1OAI A; 2LVQ D; 1XXH E; 3FRH A; 3FE3 A; 3LKX B; 1V92 A; 2OOA A; 1G41 A; 2RRU A; 2OO9 A; 1WGN A; 2ZTC A; 2O25 A; 2L4F A; 1OQY A; 1EFU B; 1KYI A; 1NV9 A; 2JUJ A; 1Q02 A; 1VQ1 A; 1IM2 A; 3E21 A; 2L4E A; 1DO2 A; 2R0I A; 1PGY A; 1C7Y A; 2BWE A; 2CWB A; 2LBC A; 3T6P A; 2EJS A; 1IFY A; 2KNV A; 1ZMU A; 3MMP A; 3LKX A; 4Q7J A; 4F2L A; 1TR8 A; 1SG9 A; 2DAG A; 1Y8G A; 1R4G A; 2JY6 B; 1IXS A; 1WR1 B; 2KNZ A; 4HEO A; 4G3O A; 1ZV1 A; 3GLI E; 1OKS A; 3E46 A; 4UN2 B; 3IHP A; 2LTU A; 2B3T A; 2KNA A; 2JNH A; 4GEW A; 2JY7 A; 2EKF A; 1VEK A; 2DI0 A; 1VDL A; 2OOB A; 1JR3 E; 1E94 E; 3LCV B; 2LVP C; 3K9P A; 1GO5 A; 1P3Q Q; 2DNA A; 1VG5 A; 5JI2 E; 2MJ5 B; 1ZMV A; 1DV0 A; 1AIP C; 3B89 A; 1OTR A; 1T43 A; 2ZTD A; 1HJP A; 2KHH A; 2K9D A; 4WP2 A; 3F92 A; 2EKK A; 2HAK A; 2DEN A; 2DAM A; 1T6O A; 1YLA A; 1WIV A; 4R71 A; 1NV8 A; 1BVS A; 2DAI A; 1WHC A; 3MCB B; 1HT2 E; 5DFL A; 2DAK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HGI A; 5IZ7 D; 3T15 A; 4DBG B; 1L1Z A; 1F8A B; 2ITK A; 4A0T A; 3SMP A; 2MR9 A; 2JY5 A; 4RKU F; 2DMV A; 1R2Y A; 1HQC A; 4R7G A; 1OFI A; 2FS1 A; 5E62 A; 1ORY B; 4AZF A; 5KO3 A; 2DXI A; 1QDR A; 1GL7 A; 1FNN A; 3KXE C; 3SC3 A; 3GLF E; 2JP7 A; 2UXC M; 2MH8 A; 3J2P B; 2EUC A; 3U60 B; 2WSC F; 4KLN A; 1F4I A; 4B08 A; 1XMQ M; 3WHK A; 5L8R F; 2R45 A; 4LZJ A; 1XNQ M; 2JZ0 A; 3H4J A; 3GPP A; 4Z6Y A; 3MCB A; 2APL A; 2YR0 A; 1K82 A; 1WGL A; 1AUA A; 2QHO B; 3SMS A; 1R2Z A; 3L29 A; 2R44 A; 3SYK A; 4DV4 M; 3QWL A; 4F1I A; 3HU3 A; 2CV2 A; 1X37 A; 1N78 A; 3LVW A; 2VQE M; 1YW5 A; 5U47 A; 2R6F A; 1UFZ A; 3HU2 A; 3TE6 A; 2D7E A; 2RE3 A; 4LFC M; 4LF8 M; 2QNJ A; 3JR4 A; 4GH9 A; 4QHS A; 1QAO A; 2FFJ A; 2KXE A; 3FD9 A; 4I81 A; 3KW6 A; 2XP8 A; 5E5W A; 4GMQ A; 2R65 A; 3AOE A; 5DYG A; 3LQR A; 4LJ9 A; 4A3V B; 3U61 A; 2H5X A; 1GKI A; 2MRO B; 3AJI B; 1GJT A; 2LVQ D; 3W68 A; 2EA0 A; 3TPZ A; 1QQW A; 2Y21 A; 2CUZ A; 1QUS A; 4CHT B; 3HHZ A; 3ODK A; 5CQ2 A; 3CF2 A; 2RGO A; 1EG3 A; 4LJ8 A; 2D7G A; 4BBA A; 2OO9 A; 3IG8 A; 1IQP A; 3J7B A; 4MGI E; 4MH0 E; 3FTF A; 1IXS B; 1OQY A; 1KYI A; 2R18 A; 5EP2 A; 2DJY A; 2QEN A; 3R8F A; 4XGI A; 1HNW M; 1S3S A; 3GPY A; 2DK1 A; 2JUJ A; 4X66 M; 5FTL A; 3U6O A; 2XPB A; 2JXN A; 1IM2 A; 1DO2 A; 2XEP A; 3UMM A; 4FWH A; 3SAW A; 2MDI A; 1PGY A; 4L78 A; 3UJN A; 3GRR A; 3K92 A; 2VF7 A; 1ZMU A; 4B3M M; 3MMP A; 3CTW B; 2GNO A; 4IJE A; 3A46 A; 3KFU G; 1L2D A; 4Q7J A; 3M7G A; 1SG9 A; 5E65 A; 4YY3 M; 4LRS A; 4L15 A; 4LZZ A; 2QBY B; 4PDG A; 5E64 A; 2N35 A; 1N77 A; 2KNZ A; 4HEO A; 4RF1 A; 1ZV1 A; 4OVZ A; 1KFV A; 2F5S A; 1MJG M; 1MX0 A; 1DGF A; 2LTU A; 1O6W A; 3GRV A; 4QIB A; 3E9S A; 5KPZ A; 1VDL A; 2UXD M; 2BA1 A; 1J5E M; 3FUT A; 1W5T A; 2FH0 A; 4IBF A; 3FSC A; 2ERC A; 4LF9 M; 2X49 A; 1IN8 A; 4JI0 M; 3K9P A; 1SXJ B; 5FTN A; 2R4E A; 2DNA A; 4AKG A; 3ZQJ A; 4AG5 A; 5JI2 E; 3HJQ A; 3GLH B; 3KDS E; 3U6M A; 3R9X B; 4DR3 M; 3B89 A; 1OTR A; 1UM8 A; 2ZTD A; 5EP1 A; 2UUA M; 1HJP A; 4WP2 A; 2CV1 A; 4FW9 A; 3F92 A; 1PRB A; 1NHG C; 2DAM A; 2ZQV A; 5E6J A; 1T6O A; 4IBB A; 1G59 A; 1TK7 A; 1HNZ M; 1IBM M; 5FTM A; 3KAB A; 1E32 A; 1WIV A; 1Q39 A; 4CJ6 A; 3FSB A; 3B7N A; 3UZU A; 4A0U A; 1ZCN A; 1OIZ A; 3LE4 A; 1WHC A; 4I5S A; 4LFA M; 3KVW A; 5EP4 A; 4REX A; 1L2B A; 5EXT A; 3K1J A; 2C5R A; 4L4U A; 5DFL A; 5E26 A; 3Q8G A; 5ITY A; 2DAK A; 2WZJ A; 3K8Z A; 1SXJ E; 4NXN M; 1NNU C; 1SXJ D; 4QNM A; 2DWV A; 1NO1 A; 2CHG A; 3GLH E; 3KOX E; 4NOO B; 1ZMW A; 3HJ8 A; 3GPU A; 2UU9 M; 3M0E A; 3FUX A; 3LVV A; 1XC8 A; 1TTE A; 2F5P A; 7CAT A; 3GLF A; 4DV2 M; 4IBI A; 4MGY E; 1Z6T A; 3U5Z A; 2M5Z A; 3M85 A; 3KS4 A; 2YSI A; 1NY5 A; 2V6Z M; 1V33 A; 1WJ7 A; 3L28 A; 3AL0 C; 1NJG A; 1L1T A; 4NRW A; 2XP6 A; 2V1U A; 2CE7 A; 1XB2 B; 4DR1 M; 1G4A E; 5JI3 E; 1PJQ A; 3PFI A; 1EE8 A; 2K0B X; 4II7 A; 3T1H M; 2DZL A; 1HQY E; 1EG4 A; 4JV5 M; 3V76 A; 4B7H A; 4DR2 M; 1DGH B; 2L7H A; 3I01 M; 1I94 M; 4XBO A; 3TL4 X; 3ZH9 B; 3LCU A; 4D80 A; 2F5Q A; 4IJF A; 3C3D A; 3FUW A; 1A5T A; 1YUB A; 3BXW A; 5KQD A; 4DR4 M; 2KA6 B; 2XH9 A; 3BBZ A; 3VDP A; 2F4V M; 3U6Q A; 4DUY M; 3ZC7 B; 1RU3 A; 2Y20 A; 5KQ8 A; 3SYL A; 1TH2 A; 4X62 M; 4B3S M; 4GLX A; 3MJ5 A; 4G4O A; 3GLG E; 4HLQ A; 1OAI A; 2QRV A; 1YE9 A; 4XK8 F; 3H4M A; 2L7I A; 5C1B A; 3VK8 A; 1XXH E; 3FRH A; 1C1K A; 3FE3 A; 5DYI A; 1TF0 B; 3HHW A; 3SAS A; 4JI1 M; 3J7A S; 2J7N A; 1IBL M; 4JI2 M; 2WSF F; 3D8B A; 2RRU A; 3CGW A; 4FWD A; 1WGN A; 3HZJ A; 2KRK A; 2ZTC A; 3PNY A; 4IBC A; 4FVM A; 4GIP A; 3TWL A; 2JMF A; 2K6B A; 2VDB B; 4G4N A; 3VFD A; 3OOB A; 3RFW A; 3PVS A; 4LG2 A; 3MK6 A; 2YSH A; 4AG6 A; 3T1Y M; 2XLJ A; 2V1C A; 3E21 A; 1EIJ A; 1R7R A; 2HKJ A; 4IBK A; 2E5L M; 4LFB M; 1WR7 A; 1C7Y A; 2F5N A; 2LBC A; 1RP5 A; 2G5G X; 3T6P A; 3KAD A; 2EJS A; 1IFY A; 2KNV A; 5IT9 S; 3FTE A; 3HX3 A; 2L6O A; 3C58 A; 4DUZ M; 2KW0 A; 4BB9 A; 4F2L A; 1QAN A; 3GQ5 A; 1SXJ C; 1Y8G A; 5ITX E; 3ZCB B; 8CAT A; 2XZU A; 1PJJ A; 2I7P A; 4QOZ C; 1IXS A; 3VLF B; 4NL4 H; 3M6A A; 2M8I A; 2KRU A; 2LHG A; 4JI6 M; 4QNR A; 2EZ5 W; 1QYR A; 4S12 A; 4UN2 B; 4NRV A; 3IHP A; 2ZAJ A; 3HHY A; 5LMN M; 2HHH M; 4REZ A; 4GEW A; 1H6U A; 2AHM A; 2RKO A; 2JY7 A; 3KSX A; 4ZPX A; 1K9R A; 2EO2 A; 2DI0 A; 4M0D A; 2KZU A; 4M9Z A; 2ZQT A; 2G8L A; 4YHH M; 2YAJ B; 2X8A A; 2DVW B; 4LJ5 A; 4L6V 6; 1E94 E; 3FUV A; 2UUC M; 1N33 M; 4JXJ A; 4JI5 M; 2D7H A; 2C9C A; 3NWL A; 2OWO A; 3GP1 A; 3TQS A; 1OFH A; 4P17 A; 3UK6 A; 2YNM D; 3SHF A; 4ITQ A; 2MJ5 B; 2QBY A; 3FKE A; 3PQH A; 4U85 A; 1AIP C; 2FNA A; 3CF6 E; 2WAD A; 2JV4 A; 2XP3 A; 1E9S A; 2KHH A; 4KO8 A; 3B7Q A; 1JQJ C; 3NBX X; 4OU7 A; 1LV7 A; 3GPX A; 1Q3B A; 4RF0 A; 2YSB A; 2CV0 A; 5A2Q S; 4R71 A; 1I5H W; 3HJS A; 4PCZ A; 1JB0 F; 1XMO M; 4LJ4 A; 1BVS A; 1K3W A; 3TCZ A; 4FCV A; 3I4Y A; 3U6D A; 3C9P A; 3JAM S; 1SXJ A; 5EJC A; 1HT2 E; 3QYE A; 4DV5 M; 2DHR A; 4OX9 M; 4WUR A; 3U6E A; 1QUT A; 3GLH A; 3U6L A; 2WSE F; 4JN6 A; 2XP5 A; 4LJA A; 1PJT A; 2UXB M; 3W0L B; 4LF7 M; 1WMV A; 2KDL A; 2DKL A; 3FTC A; 1CUK A; 3TC5 A; 2HL7 A; 3PNV A; 4GHA A; 4X65 M; 2LVO C; 4GKJ M; 2BWB A; 2Y0T A; 1QZE A; 3KAG A; 2CP8 A; 2Y0Q A; 2R62 A; 4MB7 A; 2DZN B; 4QHT A; 4Y28 F; 3GO8 A; 2DWN A; 2YSF A; 3W0F A; 3AOG A; 1G8P A; 3IEC A; 2DHY A; 1GJS A; 1VEJ A; 2LHC A; 4MGK E; 2XFS A; 4OW0 A; 2DWL A; 2KXQ A; 1FJG M; 3A45 A; 4GRI A; 5ITU A; 4M9X A; 1DGG A; 3K9O A; 4IBD A; 5FTK A; 1DO0 A; 2BNK A; 2QSF X; 1IN7 A; 4AW4 A; 3RGP A; 2ZBK B; 2MGW A; 2G3Q A; 2NQ8 C; 2VQF M; 3GRY A; 4B7F A; 2DAE A; 1HT1 E; 1TH4 A; 2R4J A; 3DZD A; 2LNH C; 3GLG A; 3JR5 A; 1I4W A; 3I51 A; 1XXH A; 2JWS A; 2P5T A; 4LY6 A; 3W67 A; 1IXZ A; 5E66 A; 3IG5 A; 4G6Z A; 3DFZ A; 3SAT A; 1J09 A; 2LWX A; 2QCU A; 3I04 M; 3LKX B; 1DGH A; 1V92 A; 4MM3 B; 4RNA A; 1IN6 A; 4JI4 M; 4G4R A; 4QOS A; 4M9S A; 4LF4 M; 2XSZ D; 1T3T A; 2C96 A; 3B74 A; 3GLI B; 3FYD A; 2XZF A; 1R5L A; 4CIS A; 4NSR A; 2L4F A; 2DWZ B; 1IN5 A; 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4KT0 F; 3J80 S; 1D0L A; 2EKK A; 1J7K A; 2HAK A; 4NXM M; 5AHT A; 2YFQ A; 2Y8N B; 1YLA A; 4L8R C; 3MHV C; 1N34 M; 1IN4 A; 1ZQ9 A; 3KSJ A; 3SFZ A; 4CIZ A; 4HL4 A; 4P16 A; 3KS8 A; 4GC5 A; 1NV8 A; 1QAM A; 3HY5 A; 3VDU A; 2ZR6 A; 3GRU A; 4LGY A; 3PXG A; 2XP4 A; 3QAU A; 3OTO M; 3MCB B; 1NSF A; 2Q2E B; 1W5S A; 3E4R A; 5KPT A; 4KHP M; 1WXQ A; 4LRT A; 4GHL A; 4X64 M; 1NNJ A; 1TDH A; 3B7Z A; 5EP3 A; 3M7N A; 3D8L A; 4WW0 A; 4IBE A; 3FYC A; 2LVN C; 2L2D A; 2Z3X A; 5C18 A; 1NHW C; 2HCB A; 5IRE B; 1R6B X; 1IXR C; 3FTD A; 5H37 D; 5EXS A; 5ITR A; 3L27 A; 1IY0 A; 2LVA A; 3U61 B; 3GQ3 A; 2DK7 A; 3LQQ A; 1XWI A; 4E5R A; 5KPR A; 4M0W A; 4ANR A; 1K3X A; 2JY8 A; 3FRI A; 3AV0 A; 3LW5 F; 2LAJ A; 3CNG A; 2KEB A; 1MN3 A; 1L8Q A; 2CFO A; 1G71 A; 3UGJ A; 2YSG A; 3WHL A; 4KOD A; 2L09 A; 2JZ1 A; 5FSW A; 2I7N A; 2R46 A; 4JI8 M; 2HWJ A; 4JYA M; 1Z5A A; 3ILK A; 4I8O A; 1L2C A; 3KAI A; 1G3I A; 4B3T M; 1VEG A; 2ZQU A; 3MQH A; 3SHG B; 4I4L A; 1LTM A; 1D0M A; 2Z4R A; 4NC6 A; 5F3W A; 2XP7 A; 4MGH A; 4FCW A; 1OIP A; 3VK7 A; 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