The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
116
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sequence length |
343
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structure length |
330
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Chain Sequence |
GSMQTHAARMRTFMYWPSSVPVQPEQLASAGFYYVGRNDDVKCFSCDGGLRCWESGDDPWVEHAKWFPRCEFLIRMKGQEFVDEIQGRYPHLLEQLLSTEDAVMMNTPVVKSALEMGFNRDLVKQTVQSKILTTGENYKTVNDIVSALLNAEDEKREEEKEKQAEEMASDDLSLIRKNRMALFQQLTCVLPILDNLLKANVINKQEHDIIKQKTQIPLQARELIDTILVKGNAAANIFKNSLKEIDSTLYKNLFVDKNMKYIPTEDVSGLSLEEQLRRLQEERTCKVCMDKEVSVVFIPCGHLVVCQECAPSLRKCPICRGIIKGTVRTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Antagonists induce a conformational change in cIAP1 that promotes autoubiquitination.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Apoptosis
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Baculoviral IAP repeat-containing protein 2
|
| total genus |
116
|
| structure length |
330
|
| sequence length |
343
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2011-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00619 | CARD | Caspase recruitment domain |
| A | PF00653 | BIR | Inhibitor of Apoptosis domain |
| A | PF13920 | zf-C3HC4_3 | Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | DNA helicase RuvA subunit, C-terminal domain | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Death Domain, Fas | Death Domain, Fas | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A | Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C0K A; 2L4F A; 1D2Z A; 1NV9 A; 2VSL A; 1VDL A; 2L4E A; 3CL3 A; 2DO9 A; 1CUK A; 2L6A A; 5C7B A; 2DEN A; 4P4H A; 4J46 A; 2POI A; 1OKS A; 2DAG A; 1T6O A; 2BWE A; 4N1J A; 1IXS A; 1OQY A; 2CWB A; 4Q7J A; 2JY7 A; 5C3K A; 4ZBW A; 4MTI A; 2VGQ A; 4UZ0 A; 4HEO A; 4OXC A; 4MTZ A; 4N1L A; 2BBR A; 3SIP E; 4WP2 A; 1D2Z B; 1JD5 A; 4UN2 B; 3EZQ B; 1OY7 A; 3D9U A; 3CRD A; 3YGS P; 4EB9 A; 2DBD A; 4DWN A; 1A5T A; 2OF5 H; 4KMN A; 1G4A E; 2POP B; 3IHP A; 2LVQ D; 2DI0 A; 2HAK A; 4LGE A; 3T6P A; 3MOP G; 5C7A A; 1I3O E; 3F7H A; 2QSF X; 2OPZ A; 3UEE A; 2BBZ A; 1Y8G A; 1ZMW A; 2HWJ A; 1JD6 A; 1OTR A; 4EWI A; 2JNH A; 3UIG A; 2KNV A; 1DGN A; 1CWW A; 4A0J A; 2DBH A; 2KNA A; 4J44 A; 1A1Z A; 4HY5 A; 3K9O A; 1MN3 A; 2MPC A; 2EKF A; 1JR3 E; 2JZ1 A; 4A2W A; 2MS8 A; 2M5V A; 2MR9 A; 1ZMU A; 3MMP A; 3KAT A; 1KYI A; 1WHC A; 2QFA A; 2K0B X; 2JY8 A; 1XXH E; 4R71 A; 1G73 C; 4N1K A; 2YGS A; 3UED A; 1SE0 A; 3GTA A; 4EC4 A; 4J45 A; 1PGY A; 3YGS C; 1XOX A; 2LWD A; 3OZ1 A; 4F1I A; 2EKK A; 4RHW A; 1F9X A; 5JI2 E; 1WR1 B; 3GLI E; 3LCV B; 1DV0 A; 2N00 A; 2R0I A; 2KM6 A; 2KNZ A; 2A9I A; 2I3I A; 2D96 A; 2YU0 A; 1XB2 B; 2HM2 Q; 2QRA A; 4MU7 A; 1HQY E; 1G3F A; 2L9M A; 2G3Q A; 3UW5 A; 1Q4Q A; 3LQR A; 2JK7 A; 4NQK A; 4A2Q A; 1TTE A; 3UIH A; 2B1W A; 1UCP A; 3GLF E; 1OXN A; 1HT1 E; 3BBZ A; 2LBC A; 2JZ0 A; 4WVT A; 4I16 A; 4KMP A; 2JUJ A; 3H4J A; 2DAE A; 1VG5 A; 1JD4 A; 1G41 A; 4J3Y A; 4J47 A; 2MB9 A; 3UEH A; 5DFL A; 1YGO A; 2JP7 A; 3LQQ A; 4QOB A; 4M9S A; 3CLX A; 1BVS A; 1E3Y A; 2DKL A; 2DZL A; 1ICH A; 3K9P A; 2K9D A; 2LVA A; 2OOB A; 1WGN A; 4O9F A; 2LTU A; 2DHY A; 2G7R A; 5C7D A; 2L2D A; 3UEI A; 4P4H I; 3EYL A; 1OAI A; 3FRH A; 4RHW E; 2IB1 A; 2O25 A; 3UEC A; 2WZJ A; 2YVI A; 1VEG A; 1E41 A; 4WVU A; 2NSN A; 4F44 A; 2JY5 A; 1VEK A; 2LWE A; 1M4M A; 1TR8 A; 1C7Y A; 3CM2 A; 2RRU A; 2A5Y B; 2N80 A; 1V92 A; 3FRI A; 2N7Z A; 2O71 A; 2H5X A; 4HY4 A; 3MOP K; 3UII A; 4M9Z A; 3F7I A; 1DO2 A; 1EFU B; 1E94 E; 3F7G A; 3QF2 A; 1G3I A; 2NZ7 A; 4DBG B; 3J6J A; 2LVO C; 2RAX A; 4O6X A; 2ZTD A; 4E9M A; 1UFZ A; 4D8O A; 4A0N A; 1AIP C; 4JUP A; 2B3T A; 2VM5 A; 2UVL A; 1IM2 A; 2LVN C; 1IFY A; 1N3K A; 3MOP A; 4WVS A; 1NW9 A; 2DAI A; 1WJ7 A; 2NAQ A; 1WXP A; 3CM7 A; 1TFQ A; 3EZQ A; 3M0D D; 4G3O A; 2GF5 A; 1HT2 E; 1WH4 A; 1GO5 A; 1F3H A; 1TW6 A; 1F4I A; 3G76 A; 4J48 A; 1WIV A; 4M9X A; 3FE3 A; 4O9L A; 3J63 A; 2BWB A; 2ZTC A; 2OF5 A; 1P3Q Q; 1NV8 A; 1SDZ A; 1T43 A; 3M1D A; 2DAK A; 2F1S A; 1WGL A; 4KJU A; 5C7C A; 1NGR A; 1A1W A; 3D9T A; 3SIQ A; 3UIJ A; 2CP8 A; 1Z6T A; 4FH0 A; 2QNJ A; 3E46 A; 2P1H A; 1C9Q A; 4LGU A; 3LCU A; 1DO0 A; 2N1F A; 2JY6 B; 3GT9 A; 5C0L A; 1XB0 A; 4F2L A; 2YQF A; 1FAD A; 2OPY A; 1SG9 A; 1R4G A; 1VQ1 A; 4O7Q A; 2MN4 A; 2DAM A; 1WMG A; 1TFT A; 2QHO B; 1DDF A; 3UW4 A; 1PN5 A; 2MRO B; 2LVP C; 4A0I A; 4KJV A; 1C15 A; 1VEJ A; 1Q02 A; 3MUP A; 5C3H A; 1HJP A; 2DNA A; 2KN6 A; 3UIK A; 1YLA A; 2RAW A; 3GLG E; 5C83 A; 2LS7 A; 3F92 A; 3GLH E; 2MS7 A; 2I3H A; 2N83 A; 1XB1 A; 4IZ5 E; 1ZV1 A; 3E21 A; 3UEF A; 4F42 A; 1QBH A; 4JQW A; 4GEW A; 2KHH A; 2MJ5 B; 2MGW A; 3B89 A; 5C84 A; 4IZA B; 1CY5 A; 1E31 A; 1ZMV A; 2OO9 A; 4HY0 A; 3M0A D; 2DBF A; 2EJS A; 3HL5 A; 3UEG A; 1OXQ A; 2OOA A; 3IEC A; 4IZ7 B; 2DBG A; 4LWD A; 1QZE A; 2N97 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G4N A; 2KDL A; 3U5Z B; 5C0K A; 3HU3 A; 4MGI E; 2R4E A; 3CGW A; 4CIS A; 1XMQ M; 2LNH C; 4B7F A; 2L4F A; 1D2Z A; 1NV9 A; 2VSL A; 1VDL A; 1IXZ A; 2L4E A; 2L7H A; 4S12 A; 3CF0 A; 1GJT A; 2XSZ A; 1K3W A; 4CIZ A; 3UGJ A; 3BXW A; 3DOA A; 3TQS A; 3CL3 A; 2KXE A; 1QYR A; 5EJC A; 2LHG A; 1CUK A; 4IBG A; 2DO9 A; 2L6A A; 3AL0 C; 5JI3 E; 1R5L A; 5FLX S; 5C7B A; 2DEN A; 4NRV A; 3LW5 F; 3TL4 X; 4P4H A; 2ZM6 M; 4J46 A; 1Q39 A; 2POI A; 1OKS A; 2NZ7 A; 3A42 A; 2DAG A; 1OAO C; 1XXH A; 2W82 A; 1T6O A; 2BWE A; 4HL4 A; 5FTM A; 4N1J A; 1SXJ C; 1IXS A; 1OQY A; 5GKN A; 2CWB A; 2DZN B; 4OW0 A; 4Q7J A; 4ZPX A; 2JY7 A; 4R7G A; 2C9C A; 3VDP A; 3W68 A; 5KPT A; 2YFQ A; 4JI8 M; 3KP0 E; 5C3K A; 4LJ9 A; 5KQ8 A; 1KSF X; 3ZCB B; 4ZBW A; 1RU3 A; 1DGB A; 1SXJ D; 3SAR A; 4MTI A; 5EP2 A; 2R46 A; 3FTC A; 1L2C A; 2JXN A; 3KOY E; 2VGQ A; 5ITX E; 2V1U A; 3AKZ A; 3JR5 A; 4QOZ C; 2FOI C; 4BLC A; 4UZ0 A; 3GP1 A; 5IT9 S; 1NJG A; 2FNA A; 4DR6 M; 4HY4 A; 1IN7 A; 4HEO A; 4OXC A; 4MTZ A; 3J27 B; 5FTJ A; 4EIW A; 4N1L A; 2FFJ A; 5FTK A; 4IJE A; 2BBR A; 4LF8 M; 2DWZ B; 3SIP E; 3KS4 A; 3J80 S; 1N77 A; 2HL7 A; 4ITQ A; 4NRW A; 4WP2 A; 3E9S A; 3HX3 A; 1R2Y A; 1D2Z B; 1MX0 A; 1Z5C A; 5L8R F; 4UN2 B; 4YY3 M; 4DR5 M; 1OIP A; 1HNX M; 1JD5 A; 3EZQ B; 4R3D A; 1OY7 A; 2C98 A; 3CRD A; 3D9U A; 3YGS P; 1K82 A; 4EB9 A; 2DBD A; 3FYC A; 4DWN A; 1IBM M; 3FUT A; 1A5T A; 2BNK A; 4QNR A; 2KRK A; 3GLI A; 2F5S A; 1QAQ A; 4LF6 M; 3HHW A; 2OF5 H; 4KMN A; 5E6J A; 2ERC A; 1G4A E; 2POP B; 3L29 A; 3IHP A; 4NXM M; 2LVQ D; 4LJ4 A; 4PDI A; 2DI0 A; 4AKI A; 1NO1 A; 1XXH B; 1YE9 A; 2HAK A; 4CGY B; 4LZZ A; 3T6P A; 3MOP G; 4LGE A; 1NHG C; 5DYG A; 1PM5 A; 2N35 A; 3ZH9 B; 5C7A A; 3SAU A; 1I3O E; 2Z4R A; 2QPA A; 4JI2 M; 5EXS A; 3ZC7 B; 5KO3 A; 2QSF X; 3F7H A; 2YNM D; 4AKH A; 3GRV A; 2OPZ A; 1SXJ A; 4B7G A; 3KW6 A; 2EA0 A; 3UEE A; 3SMS A; 3TWK A; 1GLN A; 1C1K A; 4NSR A; 3UZU A; 2BBZ A; 1E9R A; 3A45 A; 1Y8G A; 1ZMW A; 2HWJ A; 1HR0 M; 4LG2 A; 1JD6 A; 4YHH M; 1J09 A; 1OTR A; 4GMQ A; 2LXE A; 5EQT A; 1Z5B A; 2Y0Q A; 2XZU A; 1TF0 B; 1L1T A; 3AOE C; 4LJ8 A; 2F5N A; 4EWI A; 2JNH A; 3U6M A; 4LY6 A; 2L6O A; 3UIG A; 4LRT A; 2KNV A; 1IN6 A; 1TDZ A; 5EXP A; 2I7N A; 1PJJ A; 4DR1 M; 2YR0 A; 3GLF A; 1EIJ A; 1QZM A; 1TH3 A; 1DGH A; 3GRU A; 3I01 M; 4NXN M; 1DGN A; 5IZ7 D; 2K47 A; 4DR7 M; 1VDD A; 2V1C A; 1CWW A; 4LF5 M; 3GLI B; 4CHT B; 4DUY M; 4LFC M; 3C3E A; 3U6Q A; 2JWS A; 2DBH A; 4M0D A; 2KNA A; 4J44 A; 4A0J A; 1I94 M; 2ZAM A; 1ORY B; 1A1Z A; 4WUR A; 5ITR A; 1OFI A; 4HY5 A; 3K9O A; 1MN3 A; 4L4U A; 3GPX A; 4L6V 6; 3U60 A; 4LF9 M; 2MPC A; 2EKF A; 1JR3 E; 3SFZ A; 4GKJ M; 3TPZ A; 4GHL A; 1H6U A; 1QDT A; 1JQJ C; 4LJ6 A; 1IQP A; 3PFI A; 2JZ1 A; 4B7H A; 2MS8 A; 4A2W A; 5EXT A; 3MJ5 A; 4IBI A; 1GAB A; 1XNQ M; 1S3S A; 2M5V A; 2MR9 A; 3NBX X; 1ZMU A; 2XFS A; 3MMP A; 1KYI A; 2GQF A; 3KAT A; 1WHC A; 2QFA A; 1PJS A; 2K0B X; 3I4V A; 2JY8 A; 3FUW A; 1XXH E; 4R71 A; 3U6E A; 4MGZ E; 1IY1 A; 2F5Q A; 1OIZ A; 1G73 C; 3LVV A; 3AV0 A; 1NSF A; 1E9S A; 1NHW C; 2AHM A; 3VKH A; 4N1K A; 4E9M A; 1FNN A; 4LFA M; 2J7O A; 1XC8 A; 2YGS A; 3ZQJ A; 2OQ4 A; 3UED A; 2YQZ A; 3GRR A; 3VFD A; 2J5Y A; 3GLF B; 1SE0 A; 2RAX A; 3GTA A; 1DGH B; 4X66 M; 1YSY A; 3GPP A; 4XGI A; 4NOO B; 3NWL A; 2O01 F; 1L2B A; 4GHA A; 4EC4 A; 1FJG M; 4LGY A; 4D80 A; 1IXR C; 1Q3B A; 4FCT A; 2UXB M; 1GJS A; 4DV6 M; 4J45 A; 1QQW A; 1YUB A; 1PGY A; 3R9X B; 2L09 A; 4ANR A; 1GL7 A; 3E4R A; 3K1J A; 3U61 A; 3U60 B; 3YGS C; 3FTE A; 1XOX A; 4RKU F; 2LWD A; 4P16 A; 3OZ1 A; 4F1I A; 3U6P A; 2EKK A; 3KOW E; 4RHW A; 1F9X A; 2M60 A; 2Z3X A; 4II7 A; 5JI2 E; 3VK8 A; 1WR1 B; 3W0F A; 2CE7 A; 5BPV A; 1J7K A; 3GLI E; 3DZD A; 2VF8 A; 3LCV B; 2I7P A; 4RF1 A; 2XLJ A; 2DHR A; 3HHX A; 3U6S A; 1N34 M; 2UUB M; 3W67 A; 1DV0 A; 2Y0T A; 2N00 A; 1KFV A; 4LF4 M; 2FE8 A; 2R0I A; 3GRY A; 2KNZ A; 2KM6 A; 5H37 D; 1JB0 F; 1K3X A; 2RGH A; 2A9I A; 2CUZ A; 3EIE A; 2I3I A; 1GVN A; 3GQ4 A; 2D96 A; 4OU7 A; 2YU0 A; 2VF7 A; 1XB2 B; 4OVZ A; 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