The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
201
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structure length |
201
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Chain Sequence |
MEKLNFGIPEWAFEFHGHKCPYMPMGYRAGSYALKIAGLEKEKDHRTYLLSEMSPEDMNGCFNDGAQAATGCTYGKGLFSLLGYGKLALILYRPGRKAIRVHVRNSFMDELSTRASDFFRYRKQGYEPSEIPAGAIDPVLEWISSLEDEEIFEYREIDGFTFEPVKKNGAKVRCDVCGEYTYEADAKLLNGKPVCKPDYYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of three members of Pfam PF02663 (FmdE) implicated in microbial methanogenesis reveal a conserved alpha+beta core domain and an auxiliary C-terminal treble-clef zinc finger.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Thermoplasma acidophilum
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| molecule keywords |
conserved hypothetical protein
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| total genus |
51
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| structure length |
201
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| sequence length |
201
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-05-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02663 | FmdE | FmdE, Molybdenum formylmethanofuran dehydrogenase operon |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | pa2218 like fold | pa2218 like domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; | Tubulin/FtsZ, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XX6 A; 2ELI A; 5LA6 B; 1XA6 A; 2RHL A; 5JVD B; 1TUB B; 5LA6 A; 3RYF A; 2VAP A; 5JVD A; 4B45 A; 4ZI7 A; 1W59 A; 2VAW A; 3JAR B; 2WVJ A; 1Z5W A; 2RHJ A; 1RQ2 A; 4L9M A; 4X1Y B; 4X1Y A; 3WGL A; 4I50 A; 2Q1X A; 4O4L B; 2J9R A; 4O4L A; 4TUY B; 2DB6 A; 3JAS A; 1W58 1; 4TUY A; 5KMG B; 5CB4 B; 5GON A; 2ENN A; 4HNA B; 4KWE A; 5CB4 A; 1KBF A; 4HNA A; 4U3J B; 5J2T B; 2VXY A; 4O2B B; 1Y8F A; 4U3J A; 5JQG B; 3N2G B; 4X1K B; 2QQE A; 4O2B A; 5JQG A; 3N2G A; 4X1K A; 3VOA A; 1OFU A; 3JAT B; 1TBO A; 4B6D A; 5BMV B; 3RYC B; 3JAT A; 4M8I A; 2QPO A; 5BMV A; 3HKD B; 3RYC A; 2RHO A; 4O4I B; 3HKD A; 4O4I A; 3WGJ A; 4O4H B; 4O4H A; 1Z5V A; 1TUB A; 4IIJ B; 2BTQ B; 4IIJ A; 3JAR A; 4X1I B; 4UXI A; 4X1I A; 5FNV B; 4UXH A; 5EIB D; 3HKC B; 3JAW B; 3VO8 A; 1RLU A; 3HKC A; 3JAW A; 3HKE B; 5KMG A; 2B8T A; 1FSZ A; 1FFX B; 5MN5 A; 2UZ3 A; 1FFX A; 5J2T A; 3JAK B; 2GVI A; 5IJ0 B; 2ORV A; 3JAK A; 4UXJ A; 2E73 A; 4DXD A; 1PTR A; 4TV8 B; 4B46 A; 4DRX B; 5LOV B; 4DRX A; 5LOV A; 4FFB B; 4O4J B; 5IYZ B; 1FAQ A; 4O4J A; 3UGI A; 5IYZ A; 5FUW A; 4YJ2 B; 2R75 1; 4ZOL A; 4YJ2 A; 1JFF B; 1SA0 B; 5EZY B; 5MN4 A; 1JFF A; 1SA0 A; 5EZY A; 2RHH A; 2YUU A; 3CXL A; 1W5B A; 3JAL B; 1FAR A; 3BJI A; 4E6E A; 3WGM A; 1KBE A; 5FNV A; 2ROW A; 4I4T B; 5CA1 B; 5C8Y B; 3CB2 A; 5J2U B; 5CA0 B; 5C8Y A; 3E2I A; 1RQ7 A; 4YJ3 B; 5CA0 A; 4EB6 B; 5LXT B; 5J2U A; 4EB6 A; 3WGN A; 2ENZ A; 3HKE A; 5LXT A; 3C8L A; 4TV9 B; 1TVK B; 4F6R B; 3HKB B; 4IHJ B; 1TVK A; 3HKB A; 4ZOL B; 5MN6 A; 1W5A A; 3KY9 A; 3WGK A; 5EYP B; 5IJ0 A; 2VAM A; 5ITZ B; 5JH7 B; 2R6R 1; 5EYP A; 5ITZ A; 5JH7 A; 5KX5 A; 5KX5 B; 5LP6 B; 3UEY A; 3RYF B; 5LP6 A; 4TV8 A; 2ORW A; 4ZI7 B; 1W4R A; 2QQ0 A; 4FFB A; 3RYH B; 3RYH A; 5IJ9 B; 2VRW B; 5FUV A; 1W5E A; 4O2A B; 4WBN B; 4I50 B; 4O2A A; 5JCO A; 4WBN A; 5IJ9 A; 3UEJ A; 4I55 B; 3UGL A; 3JAS B; 4LNU B; 4I55 A; 1RFH A; 4LNU A; 2JA1 A; 5GON B; 3JAL A; 4X20 B; 2J87 A; 5LYJ B; 1TBN A; 4X20 A; 5LYJ A; 1W5F A; 5LP6 C; 3E22 B; 4I4T A; 5FUX A; 1PTQ A; 3RYI B; 3E22 A; 5CA1 A; 2BTO A; 3RYI A; 1R79 A; 5EIB C; 3UFF A; 4YJ3 A; 5FUY A; 3N2K B; 3N2K A; 4FKD A; 3VOB A; 5JCO C; 3UT5 B; 4TV9 A; 4F6R A; 2Q1Y A; 4IHJ A; 3UT5 A; 4ZHQ B; 1XBT A; 4U39 A; 3UGD A; 4ZHQ A; 2FNF X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ELI A; 1IV2 A; 2RIJ A; 5LA6 A; 3C9U A; 4ZI7 A; 2WVJ A; 3CCM F; 4MPI A; 1LR9 A; 2KTV A; 2P6A C; 4X1Y A; 3CCU F; 1QVG F; 1E7K A; 1Q7Y H; 3OXF A; 4O4L B; 3I7T A; 5HY2 A; 2J9R A; 4TUY B; 4XCQ A; 3CCR F; 4X3M A; 1W58 1; 2G9I A; 3M84 A; 2HRU A; 2QEX F; 5KMG B; 2WGC A; 1TOT A; 1YJN F; 4KWE A; 5FJ4 C; 2L7X A; 1DS2 I; 3CG6 A; 3KHN A; 3BYQ A; 4U3J A; 1Y8F A; 5JQG B; 5J2T B; 3E20 B; 1P9Z A; 3FC3 A; 2BO1 A; 4X1K A; 1Z7K B; 5EX0 A; 1SGY I; 3F0E A; 3WXM B; 1W40 A; 1XRG A; 2B33 A; 1OFU A; 3N4Z A; 1TBO A; 3T80 A; 2N17 A; 5GAP K; 3LFO A; 1H48 A; 2Z1F A; 3S02 A; 1K7V A; 2GKR I; 1CK2 A; 4M8I A; 1JD1 A; 4O4I B; 4BT7 A; 3HJW C; 3HKD A; 5DAE A; 1KNK A; 4ZHY B; 2JYY A; 1MJB A; 1W3S A; 3MDO A; 1W57 A; 2WCY A; 1N13 A; 3GHZ A; 4IIJ B; 2HQS C; 2BTQ B; 3R0P A; 4UXI A; 3SGB I; 5AVM A; 4C81 A; 1ULK A; 3K2X A; 3JAW B; 3R5C A; 3VYT C; 4BVS A; 2NMU A; 3FD5 A; 5CCL A; 1NQ3 A; 7WGA A; 5KMG A; 2B8T A; 1VH8 A; 5MN5 A; 5J2T A; 2BUS A; 3ZO8 A; 1DT9 A; 2ORV A; 3JAK A; 1Q82 H; 4DRX B; 3NMU C; 2YQP A; 2IAF A; 2DIP A; 2KMP A; 5IYZ B; 3CCJ F; 3TJQ A; 4O4J A; 3KE1 A; 2GLZ A; 5FUW A; 1K9M H; 1VQK F; 3CD6 F; 1W2B F; 4YJ2 A; 3CC7 F; 4B62 A; 4NQ3 A; 1JFF B; 2HP0 B; 5EZY B; 4ERH A; 1V1I A; 1VQP F; 3FSY A; 1SA0 A; 3TO7 A; 2RHH A; 2UVO A; 2OHW A; 1VQ7 F; 3KIZ A; 1QU9 A; 3S0Y A; 5GAN K; 3WGM A; 2Z1U A; 1T0K B; 4I4T B; 1UUC A; 4C8I A; 4YJ3 B; 1HPT A; 5J2U A; 3RE3 A; 1GZ0 A; 2ENZ A; 5LXT A; 3C8L A; 3OL0 A; 4NUT A; 3RA6 A; 4G4W A; 1YU6 C; 2K9H A; 3LDT A; 3WGK A; 5JH7 B; 3FSX A; 5EYP A; 2XRC A; 2A20 A; 3IEW A; 4E1R A; 1GO1 A; 1TBR R; 1R0R I; 3UEY A; 3EOR A; 3RYF B; 1VQ8 F; 1Q8R A; 3VDP A; 1IW4 A; 3CPW F; 4WP4 A; 2OTL F; 3IKF A; 1PCE A; 3IEQ A; 3RYH B; 3C9T A; 1SGD I; 5IJ9 A; 1RLG A; 4I50 B; 1TUS A; 4O2A A; 4WBN A; 3G4S F; 3PLA C; 1OAP A; 2ALE A; 2HP0 A; 3JAS B; 3ZP4 A; 3J7A R; 1RFH A; 2JA1 A; 5GON B; 4X20 B; 3MEK A; 4RQO A; 3G6E F; 3WJP A; 2L26 A; 2N71 A; 4I4T A; 1JJ2 F; 3G71 F; 3RYI A; 5EIB C; 3VYU C; 3DDN A; 4YJ3 A; 4HGU A; 5FUY A; 2NU4 I; 4FKD A; 3HTN A; 1YI2 F; 3P4E A; 3UT5 A; 2CHS A; 2UYJ A; 4AML A; 1NUB A; 3TO9 A; 4X3L A; 1ODE A; 2LBW A; 3FFM A; 1XX6 A; 2BTU A; 2YXZ A; 5LA6 B; 1XA6 A; 3WPX A; 2Z01 A; 3RYF A; 3S0W A; 2VAP A; 5JVD A; 3LWR C; 1W59 A; 3KJK A; 3LWO C; 3JAR B; 2F9Z C; 3NK6 A; 2V1C C; 1LR8 A; 4L9M A; 4X1Y B; 1PXW A; 4I50 A; 1CE3 A; 4G4V A; 1Y1B A; 1M8C A; 1PJU A; 3JAS A; 4SGB I; 3K14 A; 2VGM A; 5GON A; 2SGD I; 3LWV C; 1KBF A; 4U3J B; 5HP8 A; 1CGI I; 3CCL F; 1WGC A; 4BVT A; 3VIU A; 1FYB A; 4X1K B; 3S0H A; 2HP3 A; 5GIP C; 1Q86 H; 3N2G A; 3SIU A; 4JCV E; 2KGW A; 2VGN A; 2H8C A; 1UVF A; 1IV1 A; 2PHN A; 1R1M A; 5EO3 A; 1M1K H; 4B6D A; 3V7E A; 3JAT A; 2ARP F; 5BMV A; 3RYC A; 3HKD B; 3JCM M; 2GKV A; 3NVK E; 3IMP A; 1X4S A; 1T0A A; 1UVG A; 1CN7 A; 4O4H A; 3D01 A; 2I6D A; 3VDU A; 1FY7 A; 2QQC A; 3JAR A; 3V4D A; 2NU0 I; 1W41 A; 1KD1 H; 4X1I A; 3VTI C; 1HEV A; 3VE5 A; 3IR9 A; 3ESJ A; 1MT1 A; 1CT2 I; 1RLU A; 1CT4 I; 1ZWZ A; 4ZHW A; 1FSZ A; 1HJA I; 3CYQ A; 2UZ3 A; 1XHO A; 2FGY A; 1H7M A; 3JAK B; 3TOB A; 5EB0 A; 2W8B C; 1TGS I; 2SGF I; 4DXD A; 4TV8 B; 5E3R A; 2CHT A; 5LOV A; 3CCS F; 3SEK C; 4O4J B; 1IV4 A; 1FAQ A; 1UI9 A; 3LME A; 1XV2 A; 3CCE F; 4YJ2 B; 2R75 1; 3QHD A; 2ODD A; 2UYK A; 1SA0 B; 4PWT A; 2NU2 I; 1IV3 A; 4RHA A; 5FLX M; 1OMU A; 2K1S A; 1SGQ I; 3QTL D; 3CB2 A; 1VQN F; 5J2U B; 2LCA A; 4TZZ A; 5C8Y A; 4BY9 D; 1RQ7 A; 5LXT B; 4EB6 A; 1WGT A; 2YYE A; 2KMR A; 3TD3 A; 5EWR A; 4TV9 B; 3OW2 F; 2DT4 A; 3HKB A; 4EI8 A; 2QQD A; 2QTP A; 2OZU A; 2HS4 A; 5EYP B; 2R6R 1; 4NWO B; 5ITZ A; 5KX5 A; 4BT2 A; 1YQN A; 5LP6 A; 1CT0 I; 4TV8 A; 1QAH A; 2QQ0 A; 1K7U A; 3UOE A; 5HQ8 A; 1IY5 A; 5IJ9 B; 2E5R A; 1TUR A; 3QTY A; 2WAL A; 4O2A B; 4ZHV A; 4WBN B; 2LUY A; 2SGQ I; 5JCO A; 2KMO A; 1X7O A; 4DNC A; 3UGL A; 2AIF A; 4OVO A; 5HXZ A; 2OZB A; 1X74 A; 3VMF B; 3NVI B; 1PF5 A; 3PAF A; 5HY4 A; 2LB7 A; 3VI6 A; 1TBN A; 1LR7 A; 2CWH A; 4BVQ A; 3RYI B; 3E22 A; 4G88 A; 3QAH A; 4C8G A; 2GIV A; 1Z2I A; 3S06 A; 1HDL A; 3UT5 B; 4TV9 A; 1SDS A; 2Q1Y A; 3J80 M; 1RA4 A; 4ZHQ A; 3CXC F; 1K73 H; 2I6R A; 3D00 A; 2RHL A; 5JVD B; 5DCV A; 3MBM A; 3OBW A; 1XBI A; 3FBA A; 3CMA F; 1Z5W A; 2RHJ A; 2RC4 A; 1SZQ A; 2Q1X A; 4C82 A; 2V53 A; 5EB1 B; 1KC8 H; 3TD4 A; 4BT3 A; 1VQ5 F; 3SGQ I; 2NU1 I; 2ENN A; 5CB4 A; 1CGJ I; 3HWU A; 4HNA A; 2OTM A; 3N2G B; 3U0O A; 2QQE A; 4O2B A; 5A2Q M; 1M8B A; 1VQM F; 1N8R H; 3JAT B; 1FNJ A; 1GX1 A; 5BMV B; 3RYC B; 1UFY A; 2Z1T A; 3M4S A; 2RHO A; 1VK3 A; 2AIZ P; 3WGJ A; 1DS3 I; 1YIT F; 3K12 A; 2QA4 F; 4O4H B; 1IY6 A; 3CME F; 1BUS A; 4GI3 C; 4BT4 A; 9WGA A; 3CCQ F; 4X1I B; 1CLI A; 3F0G A; 4C8E A; 2JNB A; 1VQ4 F; 1BMO A; 2SGP I; 1U43 A; 1YIJ F; 2JXD A; 1FNK A; 3VO8 A; 3HKC A; 5B8F A; 1OYV I; 3V7Q A; 3OXG A; 1U40 A; 3CC2 F; 1H0Z A; 1FFX A; 2EWC A; 1MJA A; 2CWG A; 5IJ0 B; 1X7P A; 3SIV A; 5HXU A; 2E73 A; 3HH2 C; 4B46 A; 5HWE A; 3I3F A; 5LOV B; 1VQ6 F; 1WTJ A; 3UGI A; 4E1P A; 4B5C A; 5J8F A; 2N48 A; 2UYN A; 3LWQ C; 2LBX A; 2CVL A; 1VQL F; 3VCZ A; 1W5B A; 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