The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
128
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structure length |
128
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Chain Sequence |
GWSFEEQFKQVRQLYEINDDPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPINRLPIMAKSVLDLYELYNLVIARGGLVDVINKKLWQEIIKGLHLPSSITSAAFTLRTQYMKYLYPYECEKKNLSTPAELQAAIDGNR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain from Dead ringer, a sequence-specific AT-rich interaction domain (ARID).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DEAD RINGER PROTEIN
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| total genus |
32
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| structure length |
128
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| sequence length |
128
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CEH A; 2RQ5 A; 2YQE A; 2JXJ A; 1KQQ A; 1C20 A; 1KN5 A; 2CXY A; 2LM1 A; 2EH9 A; 2EQY A; 2OEH A; 2JRZ A; 5K4L A; 1KKX A; 2KK0 A; 4LJX A; 1RYU A; 2LI6 A; 1IG6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EEL A; 4Q45 A; 3DEE A; 1N5X A; 4LZD A; 1J97 A; 3UMG A; 4MF8 A; 4LZG A; 3NRZ A; 4QZE A; 3PSF A; 2A1A A; 3V7J A; 2EH9 A; 3SAH A; 1SL0 A; 1X9X A; 5HP4 A; 3RJI A; 5KFW A; 1IXR A; 3IP4 B; 1FO4 A; 5B5E U; 3MR6 A; 5L9X A; 3SI8 A; 2XCA A; 4CF3 A; 1DOQ A; 4OJL A; 2DGZ A; 4BWJ A; 3FC4 A; 3GQC A; 4P4M A; 4MEX A; 2HOQ A; 1SWW A; 2C2R A; 5HMM A; 2E5S A; 4QZ9 A; 1X2I A; 3OGU A; 5EWE A; 4ED6 A; 2G06 A; 1QQ6 A; 2LBO A; 1X66 A; 1NK8 A; 4Y2V A; 4QZF A; 4I2F A; 2BHN A; 3IV6 A; 3AM9 A; 4ACO A; 2FPK A; 3ISB A; 2XY5 A; 5AM1 A; 2QB0 A; 4UB3 A; 4MFF A; 3RJK A; 1LKY B; 5KG3 A; 1N2X A; 3IG8 A; 3UM9 A; 1Z00 B; 8ICP A; 2PI5 A; 9ICI A; 5L1L A; 1DK3 A; 1B4F A; 4F72 A; 1ZET A; 1U45 A; 3PW4 A; 5EWG A; 2ZIU A; 4UAR A; 4C4R A; 1NK5 A; 4QW9 A; 4MHV A; 3GU3 A; 2E8P A; 4PPX A; 2MA1 A; 1S0O A; 3BS5 A; 3HT3 A; 2KIV A; 1ZQW A; 2EAM A; 1NJZ A; 5DQH A; 4P2H A; 2W9B A; 5KFP A; 5CP2 A; 4XRH A; 5BOL A; 2HHT A; 5AKJ A; 4C8K A; 2F1H A; 3NRW A; 1NJX A; 4EX7 A; 1ZQE A; 1KN5 A; 5ALG A; 2IOF K; 1ZQQ A; 1RXW A; 2H3Q A; 4P0P B; 3H8M A; 4P0Q A; 7ICU A; 1QQ5 A; 4YXJ A; 1L3T A; 3GZF A; 1JIH A; 2JEF A; 4G9B A; 3GIM A; 4KLD A; 4RQ5 A; 2LM4 A; 3C5G A; 4ECY A; 1MA7 A; 5KL8 B; 4KLI A; 1YZ6 A; 1Z3E B; 2JR5 A; 4GLX A; 5EE1 A; 4PGQ A; 2KVS A; 3B0X A; 3GII A; 3BJY A; 3PW5 A; 1JRO A; 3SR6 A; 1SIJ A; 1X9M A; 1SB3 C; 4QW8 A; 3BS7 A; 1S0N A; 1L7N A; 4F4K A; 4ED3 A; 2DUY A; 3H0R B; 3H0M B; 2FPM A; 4DSK A; 2NRZ A; 4BJQ A; 4KLS A; 1L3V A; 1MN8 A; 4OD0 A; 1CRX A; 1Q8K A; 2DQN B; 3QU4 A; 3RBE A; 1PVP A; 2HBM A; 3L3F X; 2K60 A; 3Q8Q B; 4OCZ A; 4M04 A; 4IQW A; 5ALD A; 5G5G A; 2K8C B; 3ICX A; 1RZT A; 4RQ2 A; 5TZV A; 4XA5 A; 3RJH A; 5ALL A; 4FO6 A; 1Z4N A; 5DGA A; 4X5V A; 1ECW A; 4J9Q A; 4UAV A; 7ICL A; 2JH7 A; 4J9K A; 2D6F C; 3N7R C; 3AEV A; 3RAQ A; 3AN1 A; 4O5K A; 5IIN A; 5HR7 A; 2ZIX A; 3NTU A; 2JZB B; 4UAS A; 4O9M A; 5DGB A; 1T4G A; 5ALP A; 1UCV A; 7ICF A; 1SZH A; 2QAR A; 2K89 A; 3AUO A; 2WF5 A; 4FZN A; 3CP8 A; 3QU9 A; 4KLE A; 3OTQ A; 2BZF A; 2RP5 A; 3H4D A; 4DS4 A; 4BXO A; 4I2J A; 4ECW A; 2YMP A; 5AKZ A; 3BQ1 A; 1NK0 A; 1F0M A; 4EEK A; 1SKR A; 3M1Y A; 4ED2 A; 2E3T A; 3H7I A; 5DDY A; 3SZ2 A; 1BVS A; 2ASD A; 4DLG A; 1JRP A; 1RXV A; 4RNO A; 3K4G A; 1BPB A; 3OSP A; 3MR5 A; 2ZTC A; 1XU4 A; 2LYA A; 4UAY A; 2RQ5 A; 1KTQ A; 2KZZ A; 3V6H A; 1NKC A; 5IIL A; 4YCX A; 5JU5 A; 4MEY A; 4Z6F A; 4Q8E A; 4E0D A; 7ICP A; 2WAQ C; 4EBD A; 4IRK A; 3ZDE A; 1SKS A; 3SD7 A; 4PL1 A; 4RNM A; 8ICW A; 3SAF A; 2ZG6 A; 1S8O A; 4ED0 A; 4DOB A; 3ZI4 A; 3FAH A; 4PHP A; 2JRZ A; 9ICT A; 2MRL A; 4UB1 A; 3RJJ A; 3JPT A; 3RJF A; 2NO5 A; 2HHS A; 2F77 X; 3CNH A; 4TQS A; 4IC9 A; 4JWN A; 4KLO A; 2EDU A; 2G5H B; 2KOB A; 3BQ7 A; 4RQ0 A; 4EZ6 A; 2OEH A; 2F1J A; 4GFJ A; 3WK4 A; 4YP3 A; 2AQ4 A; 5KFO A; 4RQ6 A; 5ALK A; 1NJY A; 4DSF A; 3QUQ A; 5DB6 A; 3OHB A; 2HVH A; 3M7D A; 4EX6 A; 3ED5 A; 3ZD9 A; 2XVT A; 2BCS A; 5ALX A; 4KLF A; 2L5Y A; 4J03 A; 5H2F U; 4O3R A; 4PH5 A; 5AIB A; 1ZQB A; 1PUZ A; 4TUS A; 9ICR A; 5CHG A; 1S9F A; 8ICA A; 5EE0 A; 1P7D A; 2W9C A; 3PO5 A; 1U48 A; 3JPS A; 1K1Q A; 3EUB 2; 1D9F A; 1KFT A; 1LB2 B; 3EYZ A; 1J2M A; 5DDM A; 2IHM A; 3N7S C; 1TAU A; 1L7O A; 2LYH A; 4NWI A; 3KKA A; 2LYB A; 2JHD A; 9ICV A; 1X9S A; 5KFX A; 1O03 A; 2ZXI A; 2JGA A; 4IQU A; 2W9A A; 3C1Y A; 4IL6 U; 4OO1 J; 2YQE A; 3RFA A; 1XSN A; 4P4O A; 1UA1 A; 1NKE A; 5HNK A; 3A0H U; 4OJ6 A; 2C28 A; 2HHV A; 3F53 A; 3TAN A; 4DQP A; 4KX3 A; 5KFB A; 3PX6 A; 2I6X A; 1ZQT A; 3M9O B; 4FZL A; 3H8J A; 1LV5 A; 5TIS U; 2W11 A; 3NGD A; 5J0Y A; 2HHQ A; 5ALW A; 7ICG A; 5KFS A; 2AGO A; 2W04 A; 2YN4 A; 1NZB A; 1ZQX A; 2H3I A; 8ICX A; 2IA6 A; 1O08 A; 2BGW A; 2PKE A; 7ICR A; 4RPX A; 3QU7 A; 4YR2 A; 2M9N A; 1Y88 A; 4QZ8 A; 2AU0 A; 2VJ4 A; 3PSI A; 4KN4 A; 5AK5 A; 2DF4 B; 2HMX A; 5A0L A; 3ZDD A; 2NRT A; 3ISD A; 4O3O A; 3RJG A; 5KFK A; 4NLC A; 2KIW A; 3QXG A; 4PZN A; 2E8O A; 3KHR A; 2IOF A; 4UB6 U; 5ALU A; 2K8A A; 1Q3V A; 2KG5 A; 4QZA A; 4Y2Q A; 4ECR A; 4KLU A; 5DQI A; 2OCE A; 4NLB A; 1Z00 A; 4M6W A; 2KJ5 A; 1JXL A; 1D8Y A; 3BDP A; 2AH5 A; 3UMB A; 5AM4 A; 4ZH4 A; 1UT8 A; 2W03 A; 8ICN A; 1ZQS A; 4TUR A; 2P35 A; 3MGV A; 3K1R B; 9ICO A; 3OSN A; 5DB8 A; 5KFU A; 2Y1I A; 3KHH A; 3B0Y A; 2BPF A; 2NO4 A; 3N28 A; 5BOM A; 2YY6 A; 4F8R A; 1TAM A; 1S5L U; 5ALH A; 1ZQN A; 3TAQ A; 4QWD A; 4BDP A; 2HOF A; 4I29 A; 9ICF A; 3ZDA A; 4Y2J A; 1L3S A; 2C2D A; 1QSY A; 3QE9 Y; 4P0P A; 4XUS A; 1QTM A; 4OJO A; 5AKY A; 4DQI A; 1KDH A; 3C21 A; 4O3S A; 1UHU A; 5J2E A; 1A6S A; 3C23 A; 4C7Z A; 9ICA A; 5KFT A; 3UQ0 A; 2AJQ A; 7ICN A; 3HKZ F; 3ORY A; 4DWI A; 4F5Q A; 2UVR A; 2ZIW B; 2ASJ A; 4F93 B; 5EWF A; 5L1K A; 2DPI A; 4UB8 U; 2J6S A; 4GIB A; 5AI8 A; 2BPG A; 2I1Q A; 3GIL A; 3PVX A; 2PMZ C; 1TFR A; 8ICM A; 5AM2 A; 1Q46 A; 5KAF U; 4J9R A; 3SYZ A; 4PHA A; 4USA A; 2KZ3 A; 2DBY A; 4PGX A; 2XCP A; 1UT5 A; 2M0N A; 3SQI A; 1L7P A; 3D6J A; 5AKL A; 1Q3U A; 4Z6C A; 4DFJ A; 3V6J A; 3UPQ A; 5J0X A; 4EBC A; 1BPZ A; 4C4S A; 8ICI A; 4JUZ A; 3M8S A; 5KFR A; 2IOH A; 4UB4 A; 5J0S A; 3KOO A; 2WB1 F; 2KMD A; 1CUK A; 5D46 A; 5L1I A; 2ASL A; 4NLK A; 5ALS A; 5J2G A; 5DBB A; 2ALZ A; 4O3M A; 4DL6 A; 4QIW F; 3ALR A; 5JUM A; 1ED1 A; 1TK5 A; 4C0Z A; 3T5K A; 2BQR A; 1MQ2 A; 2ISP A; 1ZQP A; 1QQ7 A; 3H8W A; 5DQG A; 3MDA A; 8ICY A; 3QNM A; 9ICS A; 3IG5 A; 2DWQ A; 1UPH A; 4NM1 A; 4MFA A; 2ZJA A; 2V4Q A; 1U47 A; 4I2E A; 1MSW D; 4Z6E A; 3WKB A; 2ES6 A; 1JX4 A; 3THV A; 4KLJ A; 3IDW A; 3WK5 A; 1K5O A; 4UAU A; 2AQ0 A; 3AL0 B; 5J8Y A; 4UBB A; 7ICJ A; 2KVC A; 4YD1 A; 2LMR A; 4U6P A; 2AGQ A; 1FIQ A; 4F2R A; 2G07 A; 3TI0 A; 4B9N A; 1D8L A; 4LJX A; 2AHO B; 4J9P A; 1FEZ A; 3KKA C; 1KW4 A; 3KTQ A; 4BUG A; 2K4E A; 1QCK A; 3F5A A; 5AKI A; 2A1J A; 4EEY A; 1TV9 A; 4R64 A; 2FMP A; 3GFK B; 4Y2X A; 4RQ4 A; 1QSS A; 1WWV A; 5FP0 A; 5KFN A; 1VDV A; 1Z1V A; 5JTI A; 2OYY A; 3TAD C; 2GH1 A; 1ZQY A; 5AK4 A; 4RUC A; 2F2A B; 4KLG A; 3QU2 A; 2DFL A; 1DXS A; 4QZC A; 2UVW A; 5J2B A; 4YFK A; 8ICF A; 8ICB A; 1PVR A; 1SXD A; 3ZDC A; 2JV3 A; 4FBT A; 1COK A; 3TFS A; 5KG1 A; 3WKC A; 1NK6 A; 1TAQ A; 4FZM A; 4P4P A; 4JV2 A; 5ALJ A; 2OM6 A; 5K4L A; 4K4H A; 4YQW A; 4G3I A; 5KFA A; 3B9J A; 2FJ6 A; 1BNP A; 1HUZ A; 4IRC A; 3JPR A; 4CGZ A; 2FI1 A; 4JV1 A; 2VAN A; 1XNS A; 5DKW A; 1TKD A; 1SV0 C; 3WKE A; 2Z7J A; 1URJ A; 1PK1 A; 4YXM A; 1AQ6 A; 3NVV A; 2ZJ5 A; 2ZIV B; 1Z19 A; 2R8H A; 1HUO A; 5KG4 A; 4O5E A; 8ICU A; 4R63 A; 3RF9 A; 1NK9 A; 2YB4 A; 1YT3 A; 4PZO A; 3N4M B; 1SWV A; 4R8U B; 3WK6 A; 4B9V A; 1L7M A; 2YMQ A; 9ICG A; 3ONN A; 2VA3 A; 2PXI A; 2ZUB A; 4XQ8 A; 7ICT A; 5CR0 A; 4F50 A; 3WKD A; 9ICH A; 3HRD D; 3HJE A; 2YML A; 3HKZ C; 3ZDB A; 3GDX A; 1MC8 A; 1ZQV A; 2XGP A; 2EZZ A; 2HCF A; 3KZI U; 5AKE A; 2KEY A; 1UA0 A; 3C1Z A; 3PX0 A; 4NM2 A; 2JEI A; 4YR0 A; 4QZG A; 4IR9 A; 1KKX A; 1IIP A; 5AI4 A; 4YMM A; 5ALM A; 4DFK A; 1F5S A; 4Y2T A; 3F2C A; 2JXJ A; 5IIJ A; 3R9K A; 2LHT A; 3M6Z A; 2VA2 A; 2P6U A; 2KSO B; 3H40 A; 3L5K A; 3PR5 B; 3T5J A; 4CDG A; 5AKH A; 4F2S A; 4ZOH C; 2EQY A; 3NUQ A; 2QLT A; 4F5O A; 2E1E A; 4QJF B; 2PI4 A; 3UXP A; 3T79 A; 2MUT A; 1ZQL A; 3KD3 A; 2N1R A; 4BGD A; 3D2N A; 3RRG A; 2W54 A; 3SEN A; 4UW9 A; 4ELV A; 1WUD A; 1ZQO A; 4NL9 A; 2FMS A; 4ECQ A; 4F92 B; 1Z1B A; 1ZJN A; 9ICW A; 3MBY A; 4M9N A; 3RB0 A; 4DQR A; 9ICJ A; 4ED8 A; 1X40 A; 3PST A; 2DPJ A; 3MFI A; 5J2K A; 1WCN A; 5J29 A; 1IV8 A; 4KN7 A; 4KLT A; 4I28 A; 5KFJ A; 2PFN A; 3IHQ B; 4B9S A; 5J0O A; 3QUB A; 1V38 A; 3E0F A; 2RHF A; 1T8E A; 5KFE A; 1ZQ1 C; 2YB1 A; 1N56 A; 2G08 A; 4DS5 A; 1ZD3 A; 4TQR A; 4F5N A; 2KE7 A; 4AYB F; 3M9M B; 1ZYQ A; 3SEI A; 5KFC A; 2W3R A; 9ICL A; 5ALY A; 3H8S A; 3I28 A; 2W7P A; 1TK8 A; 2YX8 A; 1RDF A; 1B0X A; 1OW5 A; 1ZD2 P; 3BQ0 A; 5EOZ A; 8ICG A; 1BGX T; 4OJ5 A; 7ICK A; 3HIL A; 3BS5 B; 1KLN A; 4QWC A; 5J2D A; 2XY7 A; 3AQE A; 2ZTE A; 3EPI A; 5J2C A; 2R8I A; 4ELT A; 5HHI A; 5IIO A; 2B21 A; 4DLE A; 4GXI A; 3CRX A; 3LDA A; 1BPY A; 3AU2 A; 1BNO A; 3O0F A; 3MAB A; 1NNL A; 4RQM A; 2VA8 A; 3OPX A; 3PW7 A; 1NK7 A; 1ZQH A; 4MFC A; 2F76 X; 5IIK A; 3N97 B; 2GLE A; 2ZJ8 A; 9ICB A; 3MFH A; 2EZX A; 3KZX A; 1JI7 A; 5DBA A; 3D2S A; 1S10 A; 3QEB Z; 1KFD A; 1V97 A; 3SV4 A; 1C7Y A; 9ICK A; 4J9L A; 3RH6 A; 5J2I A; 2EAN A; 3PW2 A; 4DL5 A; 5ALI A; 3RB6 A; 5E79 U; 2RDJ A; 4HAI A; 3OJU A; 4ECT A; 2FE9 A; 9ICQ A; 3KBB A; 2HW3 A; 2O6K A; 5ALQ A; 7ICE A; 2F1I A; 3C5F A; 2FLL A; 2R8J A; 2KJ9 A; 4YN4 A; 4R65 A; 3HP6 A; 2YTU A; 3OJS A; 4KLQ A; 8ICR A; 1ZQJ A; 1PK3 A; 4RQ8 A; 4QWE A; 4EYI B; 4NXZ A; 4TUP A; 3G6V A; 5KAI U; 1B43 A; 5BPC A; 2F44 A; 9ICU A; 5J2A A; 4EBE A; 5EE9 A; 8ICC A; 2DL0 A; 3HX0 A; 2HBK A; 3NAS A; 1JXE A; 3TAR A; 2FPL A; 1LKY A; 5AK3 A; 1KFS A; 2K8B B; 4QZH A; 5AKX A; 1XO1 A; 2EZY A; 3V7K A; 2HI0 A; 4YMN A; 2XGQ A; 2KHV A; 8ICH A; 4Q43 A; 3UQ2 A; 2V4R A; 1SL1 A; 3PZP A; 2K4P A; 8ICZ A; 5AIA A; 4ED7 A; 1KQQ A; 2ZUC A; 2J6U A; 5DLF A; 3GV7 B; 1XC9 A; 4IQT A; 1U4B A; 5C5J A; 3G6X A; 4Y2S A; 3HPO A; 4I27 A; 4CE6 A; 4YMO A; 3TAP A; 1ZXI A; 2FDR A; 4FE3 A; 2RDI A; 4C8L A; 3KHL A; 4NLG A; 1KEJ A; 3GV8 B; 1BPD A; 2JEJ A; 4ECZ A; 4ECV A; 2QKQ A; 2YMM A; 3TAC B; 8ICO A; 2XI9 A; 4Q44 A; 4BWM A; 2J6T A; 4RU9 A; 1FFU A; 3M6K A; 7ICO A; 3E58 A; 5KFI A; 2Y0S F; 2R8G A; 3DDH A; 4DSL A; 1XSL A; 2NRW A; 1WWU A; 4UQG A; 1ZQF A; 1VLB A; 2CRX A; 3NVY A; 2ATL A; 4F71 A; 5CEH A; 1KSP A; 1L8L A; 4M9J A; 1K1S A; 2ZIV A; 1U49 A; 4ECS A; 3WK8 A; 2KP7 A; 4ED1 A; 4F4W A; 2CXY A; 2GO7 A; 3PSP A; 4QWA A; 3MR3 A; 5IIM A; 5KG2 A; 1J2N A; 4IR1 A; 4U7C A; 1T94 A; 5KFF A; 4R8U A; 3NVW A; 2AXT U; 4DEZ A; 2G5I B; 5D4B A; 4CNQ A; 1N61 A; 5L1M A; 2EAP A; 3WK7 A; 7ICH A; 4AYB C; 1OXJ A; 5AKG A; 1H38 A; 4I2C A; 5AIC A; 3ZD8 A; 2HSZ A; 3RB4 A; 2XID A; 4DFM A; 4O3Q A; 4IS7 A; 2C22 A; 4RQ1 A; 1QH9 A; 2BCR A; 4M2Y A; 1RQN A; 4RQ7 A; 3ISC A; 1IG6 A; 3M9N B; 4UB5 A; 4DL2 A; 4YD2 A; 2AGP A; 1ZD4 A; 3I76 A; 3QU5 A; 5CJ7 A; 3NVZ A; 4M9G A; 3AMZ A; 1DGJ A; 4F5P A; 4DOC A; 2E8N A; 5C0Y A; 1B22 A; 1V9P A; 5J0U A; 1GO3 F; 2JZB A; 2Y1J A; 2NV3 A; 1BPX A; 3F2B A; 4QZI A; 5KG5 A; 1X6I A; 1WG8 A; 4KLH A; 1RG6 A; 2OHF A; 3F2D A; 2KSO A; 1PVQ A; 1S0V A; 5AI9 A; 2WF7 A; 1SKW A; 4I2H A; 3MDC A; 4J9S A; 2OH2 A; 3RRH A; 1L8O A; 5KTQ A; 2XC9 A; 4O5C A; 1ZQK A; 1NOM A; 4DSE A; 2R8K A; 2GWS A; 1HEK A; 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